КИАА0895
| КИАА0895 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | КИАА0895 , 9530077С05Рик, 1110003Н12Рик, Киаа0895, мКИАА0895 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | МГИ : 1915533 ; Гомологен : 19280 ; Генные карты : KIAA0895 ; СОБСТВЕННЫЙ : КИАА0895 - ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KIAA0895 — белок , который у человека разумного кодируется геном KIAA0895 . Ген кодирует белок, широко известный как белок KIAA0895. Его псевдонимы включают гипотетический белок LOC23366, OTTHUMP00000206979, OTTHUMP00000206980, 9530077C05Rik и 1110003N12Rik. [ 5 ] Он расположен по адресу 7p14.2. [ 6 ]
Исследования белков KIAA показали, что они похожи на известные гены с функциями, связанными с передачей сигналов/коммуникацией клеток , структурой/подвижностью клеток и управлением нуклеиновыми кислотами. [ 7 ]
Ген
[ редактировать ]Локус
[ редактировать ]Ген KIAA0895 расположен в позиции 7p14.2. [ 6 ] Геномная ДНК имеет длину 65 976 пар оснований. [ 8 ] в то время как самая длинная мРНК, которую он производит, имеет длину 4463 основания.
Его можно транскрибировать в 15 вариантов транскрипта , которые, в свою очередь, могут производить 13 различных изоформ белка. [ 9 ]
Джин Район
[ редактировать ]KIAA0895 окружен следующими генами на хромосоме 7: [ 8 ]
- ЭПДД1
- МАРК2П7
- АНЛН
- LOC111365168
- внешняя реклама
Размер гена
[ редактировать ]Ген, кодируемый белком KIAA0895, имеет длину 65 975 нуклеотидов , от нуклеотидов 36324150 до 36390125, с семью экзонами .
мРНК
[ редактировать ]Существует десять различных изоформ KIAA0895. [ 6 ]
- НП_001093895.1
- EAW94064.1
- НП_056129.2
- НП_001186636.1
- НП_001186635.1
- XP_005249746.1
- EAW94065.1
- XP_024302470.1
- НП_001186637.1
- НП_001287885.1
Белок
[ редактировать ]Самая длинная изоформа белка , вырабатываемая геном KIAA0895, называется изоформой 1 LOC23366 и имеет длину 520 аминокислот . [ 10 ] Прогнозируемая молекулярная масса составляет 61 кДа. [ 11 ] Кроме того, теоретическая изоэлектрическая точка равна 10. [ 11 ]
Аминокислотный состав
[ редактировать ]KIAA0895 представляет собой лизином и аргинином белок. полуобогащенный [ 12 ] KIAA0895 частично обогащен положительно заряженными группами лизина и аргинина, а также положительно и отрицательно заряженными группами лизина, аргинина, глутаминовой кислоты и аспарагиновой кислоты . [ 12 ] Однако KIAA0895 наполовину обеднен неполярными группами аланина , глицина и пролина . [ 12 ]
Анализ распределения заряда показывает, что кластеров отрицательных или смешанных зарядов нет. [ 12 ] Однако существует один кластер положительных зарядов среди аминокислот с 12 по 36. [ 12 ]
| Область неизвестной функции 1704 | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Символ | ДУФ1704 | ||
| Пфам | PF08014 | ||
| ИнтерПро | ИПР012548 | ||
| |||
Регионы
[ редактировать ]LOC23366 содержит белковый домен неизвестной функции под названием DUF1704. [ 13 ] Он также содержит область низкой сложности от положения 120 до положения 150 в белке. [ 14 ] и область, богатую аргинином, от положения 12 до положения 51. [ 15 ]
Промоутеры
[ редактировать ]С помощью ElDorado от Genomatrix была найдена последовательность промоторной области. [ 16 ] Наиболее вероятный промоутер KIAA0895 начинается с номера 36389926 и заканчивается 36391149, его длина равна 1224. [ 16 ]
Посттрансляционная модификация
[ редактировать ]Предполагается, что KIAA0895 подвергается фосфорилированию по нескольким серинам , треонинам и тирозинам по всей своей структуре. [ 17 ] Фосфорилирование в этих сайтах является формой регуляции генов . Фосфорилирование приводит к конформационным изменениям структуры многих ферментов и рецепторов. Это приводит к их активации или деактивации.
Стеблевые петли
[ редактировать ]Используя базу данных под названием Mfold, формирование стебля-петли для 5'-UTR региона показывает отсутствие консервации, а это означает, что существует некоторый приоритет, когда эти стебли и петли не используются для регуляции трансляции. [ 18 ] Значение ΔG составило -12,90 ккал/моль с тремя петлями. [ 18 ] Используя ту же базу данных, формирование стебля-петли для региона 3'UTR показывает, что существует консервация, а это означает, что существует некоторый приоритет в том, что они используются для регуляции трансляции. [ 18 ] Значение ΔG составило -636,80 ккал/моль. [ 18 ]
Третичная структура
[ редактировать ]KIAA0895 имеет третичную структуру с альфа-спиралями и бета-листами . [ 19 ]
Взаимодействующие белки
[ редактировать ]Есть три белка, которые могут взаимодействовать с KIAA0895. Эти белки — ELAVL1 , [ 20 ] вата, [ 21 ] и глим. [ 21 ] Эти взаимодействия имеют экспериментальное подтверждение из предоставленных источников.
Выражение
[ редактировать ]KIAA0895 чаще всего обнаруживается в семенниках , однако он также имеет сильную экспрессию в почках , надпочечниках и мозге . [ 6 ]
По состоянию здоровья
[ редактировать ]Используя профиль EST от NCBI, KIAA0895 имеет сильную экспрессию в опухолях шейки матки и карциноме мочевого пузыря. [ 22 ]
Взаимодействующие белки
[ редактировать ]Используя три разные базы данных, были найдены три разных взаимодействующих белка. К ним относятся ELAVL1, VATA и GLYM. [ 21 ] Существовали экспериментальные доказательства существования всех трех взаимодействующих белков.
Гомологи и ортологи
[ редактировать ]KIAA0895 имеет более 228 ортологов . [ 6 ] Ортологи были обнаружены у млекопитающих и эукариот . [ 23 ] имеются Гомологи у 9 видов. [ 6 ] Полный список организмов, у которых обнаружены гомологи, приведен ниже.
Паралоги
[ редактировать ]KIAA0895 имеет 7 паралогов у Homo sapiens : [ 23 ]
- Безымянный белковый продукт
- Неохарактеризованный белок, подобный KIAA0895
- hCG28832, изоформа CRA_a
- Гипотетический белок
- Безымянный белковый продукт
- hCG38687, изоформа CRA_a, частичная
- hCG38687, изоформа CRA_b
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000164542 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000036411 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «GeneCards: KIAA0895 Gene» . Проверено 24 апреля 2011 г.
- ^ Jump up to: а б с д и ж «KIAA0895 KIAA0895 [Homo sapiens (человек)] — Ген — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 24 февраля 2019 г.
- ^ Нагасе Т., Исикава К., Суяма М., Кикуно Р., Хиросава М., Миядзима Н., Танака А., Котани Х., Номура Н., Охара О (декабрь 1998 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. XII. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК головного мозга, которые кодируют большие белки in vitro» . Исследования ДНК . 5 (6): 355–64. дои : 10.1093/dnares/5.6.355 . ПМИД 10048485 .
- ^ Jump up to: а б «Энтрез Ген: КИАА0895» . Проверено 24 апреля 2011 г.
- ^ «NCBI AceView: KIAA0895» . Проверено 24 апреля 2011 г.
- ^ «Белок NCBI: изоформа 1 LOC23366» . Проверено 9 мая 2011 г.
- ^ Jump up to: а б «ExPASy — инструмент вычисления pi/Mw» . web.expasy.org . Проверено 17 апреля 2019 г.
- ^ Jump up to: а б с д и «SAPS <Статистика последовательности <EMBL-EBI» . www.ebi.ac.uk. Проверено 17 апреля 2019 г.
- ^ «Институт Wellcome Trust Sanger, Пфам» . Архивировано из оригинала 17 июня 2014 г. Проверено 9 мая 2011 г.
- ^ «MyHits Dotlet» . Проверено 9 мая 2011 г.
- ^ «Юнипрот» . Проверено 9 мая 2011 г.
- ^ Jump up to: а б «Введение в Эльдорадо» . www.genomatix.de . Архивировано из оригинала 2 июня 2016 г. Проверено 13 мая 2019 г.
- ^ «ДТУ Центр биологических наук, НетФос» . Проверено 9 мая 2011 г.
- ^ Jump up to: а б с д «Веб-сервер Mfold | mfold.rit.albany.edu» . unafold.rna.albany.edu . Проверено 17 апреля 2019 г.
- ^ «Сервер распознавания складок белка PHYRE2» . www.sbg.bio.ic.ac.uk. Проверено 20 апреля 2019 г.
- ^ «mentha: интерактивный браузер» . mentha.uniroma2.it . Проверено 20 апреля 2019 г.
- ^ Jump up to: а б с «По запросу KIAA0895 найдено 2 бинарных взаимодействия» . База данных молекулярных взаимодействий IntAct . Проверено 20 апреля 2019 г.
- ^ «Тканевая экспрессия KIAA0895 - Резюме - Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 13 мая 2019 г.
- ^ Jump up to: а б «NCBI ВЗРЫВ» . Проверено 9 мая 2011 г.