Muramyl ligase
| Мур_лигаза | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Символ | Мур_лигаза | ||
| Пфам | PF01225 | ||
| Пфам Клан | CL0063 | ||
| ИнтерПро | IPR000713 | ||
| PROSITE | PDOC00773 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1уаг / СКОПе / СУПФАМ | ||
| Суперсемейство OPM | 350 | ||
| белок OPM | 1п31 | ||
| |||
Стенка бактериальной клетки обеспечивает прочность и жесткость для противодействия внутреннему осмотическому давлению и защиты от окружающей среды. Слой пептидогликана клеточной стенке прочность и помогает поддерживать общую форму клетки придает . Основная цепей , структура пептидогликана как грамположительных, так и грамотрицательных бактерий включает лист гликановых соединенных короткими сшивающими полипептидами . Биосинтез пептидогликана представляет собой многостадийный (11-12 стадий) процесс, включающий три основные стадии:
- образование УДФ -N-ацетилмурамовой кислоты (UDPMurNAc) из N-ацетилглюкозамина (GlcNAc).
- добавление короткой полипептидной цепи к UDPMurNAc.
- добавление второго GlcNAc к дисахарид- пентапептидному строительному блоку и транспорт этой единицы через цитоплазматическую мембрану и включение в растущий слой пептидогликана.
Вторая стадия включает четыре ключевых Mur -лигазы фермента : MurC , [ 1 ] МурД , [ 2 ] МурЭ ( ЕС ) [ 3 ] и МурФ ( ЕС ). [ 4 ] Эти четыре Мур-лигазы ответственны за последовательное присоединение L -аланина, D -глутамата, мезодиаминопимелата кислоте N или L -лизина и D -аланил- D -аланина к УДФ- -ацетилмурамовой . Все четыре Mur-лигазы топологически подобны друг другу, хотя их последовательности имеют низкую идентичность. Каждый из них состоит из трех доменов: N-концевого домена Россмана, ответственного за связывание субстрата UDPMurNAc; центральный домен (похожий на АТФ-связывающие домены некоторых АТФаз и ГТФаз ); и С-концевой домен (похожий на укладку дигидрофолатредуктазы ), который, по-видимому, связан со связыванием поступающей аминокислоты . Мотивы консервативной последовательности, также картируются с другими членами семейства лигаз Mur, включая фолилполиглутаматсинтетазу, цианофицинсинтетазу обнаруженные в четырех ферментах Mur , и фермент capB из Bacillales . [ 5 ]
В это семейство входят UDP-N-ацетилмурамат-L-аланинлигаза (MurC), UDP-N-ацетилмурамоилаланил-D-глутамат-2,6-диаминопимелат-лигаза (MurE) и UDP-N-ацетилмурамоилтрипептид-D-аланил-лигаза. D-аланинлигаза (МурФ). В эту статью также входят фолилполиглутаматсинтаза , которая переносит глутамат в фолилполиглутамат, и цианофицинсинтетаза, которая катализирует биосинтез резервного материала цианобактерий мульти-L-аргинил-поли-L-аспартата ( цианофицина ). [ 6 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Дева Т., Бейкер Э.Н., Сквайр С.Дж., Смит Калифорния (декабрь 2006 г.). «Структура Escherichia coli UDP-N-ацетилмурамоил:L-аланинлигазы (MurC)». Акта Кристаллогр. Д. 62 (Часть 12): 1466–74. дои : 10.1107/S0907444906038376 . ПМИД 17139082 .
- ^ Пердих А., Котник М., Ходошек М., Солмайер Т. (июль 2007 г.). «Целевые молекулярно-динамические исследования связывания и конформационных изменений в E. coli MurD». Белки . 68 (1): 243–54. дои : 10.1002/прот.21374 . ПМИД 17427948 . S2CID 11577329 .
- ^ Бонифаций А, Бусс А, Менжен-Лекрель Д, Блано Д (июнь 2006 г.). «Синтетаза MurE из Thermotoga maritima наделена необычной активностью добавления D-лизина» . Ж. Биол. Хим . 281 (23): 15680–6. дои : 10.1074/jbc.M506311200 . ПМИД 16595662 .
- ^ Лонгенекер К.Л., Стампер Г.Ф., Хайдук П.Дж., Фрай Э.Х., Якоб К.Г., Харлан Дж.Э., Идалджи Р., Бартли Д.М., Уолтер К.А., Соломон Л.Р., Хольцман Т.Ф., Гу Ю.Г., Лернер К.Г., Бойтель Б.А., Столл В.С. (декабрь 2005 г.). «Структура MurF из Streptococcus pneumoniae, сокристаллизованная с низкомолекулярным ингибитором, демонстрирует междоменное закрытие» . Белковая наука . 14 (12): 3039–47. дои : 10.1110/ps.051604805 . ПМЦ 2253247 . ПМИД 16322581 .
- ^ Смит, Калифорния (сентябрь 2006 г.). «Структура, функции и динамика семейства лигаз бактериальной клеточной стенки mur». Дж. Мол. Биол . 362 (4): 640–55. дои : 10.1016/j.jmb.2006.07.066 . ПМИД 16934839 .
- ^ Зиглер К., Динер А., Херпин С., Рихтер Р., Дойцманн Р., Локау В. (май 1998 г.). «Молекулярная характеристика цианофицинсинтетазы, фермента, катализирующего биосинтез резервного материала цианобактерий мульти-L-аргинил-поли-L-аспартата (цианофицина)» . Евро. Дж. Биохим . 254 (1): 154–9. дои : 10.1046/j.1432-1327.1998.2540154.x . ПМИД 9652408 .
