✖


Jump to content

Список филогенетических программ

Edit links

Этот список программного обеспечения для филогенетического обеспечения представляет собой компиляцию программного обеспечения для вычислительной филогенетической программы, используемого для производства филогенетических деревьев . Такие инструменты обычно используются в сравнительной геномике , кладистике и биоинформатике . Методы оценки филогений включают в себя соседнее мнение , максимальную экономию (также просто называемая экономией), невзвешенным методом парной группы со средним арифметическим средним ( UPGMA ), байесовским филогенетическим выводом , максимальным вероятностью и методами дистанционной матрицы .

Список

[ редактировать ]
Имя Описание Методы Автор
Admixtools [ 1 ] R Software Package, который содержит программы QPGraph, QPADM, QPWAVE и QPDSTAT Ник Паттерсон , Дэвид Рейх
Ancestree [ 2 ] Алгоритм реконструкции клональных деревьев из данных секвенирования рака с несколькими образцами. Максимальная вероятность, целочисленное линейное программирование (ILP) М. Эль-Кебир, Л. Эспер, Х. Ачесон-Фелд, Б.Дж. Рафаэль
Алигрув [ 3 ] Визуализация гетерогенной дивергенции последовательностей в рамках множества выравниваний последовательностей и обнаружения поддержки завышенной ветви Идентификация отдельных таксонов, которые показывают преимущественно рандомизированную сходство последовательностей по сравнению с другими таксонами при выравнивании множественных последовательностей и оценке надежности поддержки узлов в данной топологии Патрик Кюк, Сандра А. Мейд, Кристиан Грос, Бернхард Мисоф, Иоганн Вольфганг Венагеле.
обезьяна [ 4 ] Пакет R-проекта для анализа филогенетики и эволюции Обеспечивает большое разнообразие филогенетических функций Содействие: Эммануэль Парадис
Armadillo Workflow Platform [ 5 ] Платформа рабочего процесса, посвященная филогенетическому и общему биоинформационному анализу Вывод филогенетических деревьев с использованием расстояния, максимальной вероятности, максимальной экономии, байесовских методов и связанных с ними рабочих процессов Э. Лорд, М. Леклерк, А. Бок, А.Б.
Бали-миш [ 6 ] Одновременный байесовский вывод выравнивания и филогения Байесовский вывод, выравнивание, а также поиск деревьев MA Suchard, BD Redelings
Бэтвинг [ 7 ] Байесовский анализ деревьев с внутренним генерацией узлов Байесовский вывод, демографическая история, расщепление населения IJ Wilson, Weale, D.Balding
Байесфилогения [ 8 ] Байесовский вывод деревьев с использованием Markov Chain Monte Carlo методов Байесовский вывод, несколько моделей, модель смеси (автоматическая практика) М. Пейджел, А. Мид
Bayestraits [ 9 ] Анализ эволюции признаков среди групп видов, для которых доступна филогения или образец филогении Черта анализа М. Пейджел, А. Мид
ЗВЕРЬ [ 10 ] Байесовский эволюционный анализ выборки деревьев Байесовский вывод, расслабленные молекулярные часы, демографическая история AJ Drummond, Ma Suchard, D Xie & A. Rambaut
Бионерия Универсальная платформа для управления, хранения и анализа всех типов биологических данных, включая дерево и сетевой вывод данных Соседство, максимальная экономия, UPGMA, максимальная вероятность, методы матрицы расстояний, ... расчет надежности деревьев/ветвей с использованием начальной загрузки, повторной выборки перестановки или повторной выборки ошибок L. Vautin & P. ​​Vauterin.
Лес Интегрированное графическое программное обеспечение для проведения филогенетических анализов, от импорта последовательностей до графического и графического издания деревьев и выравниваний Методы расстояния и максимальной вероятности (через Phyml, Phylip, Tree Puzle) С. Рамирес, Э. Родригес.
Баки Байесовская согласованность генов Байесовская согласованность с использованием модифицированного жадного консенсуса непредвзятых квартетов C. Ané , B. Larget, Baum, SD Smith, A. Rokas и B. Larget, Sk Kotha, CN Dewey, C. Ané
Навес [ 11 ] Оценка внутриопухолевой гетерогенности и отслеживания продольной и пространственной клональной эволюционной истории посредством секвенирования следующего поколения Максимальная вероятность, Markov Chain Monte Carlo (MCMC) методы Y. Jang, J. Qiu, AJ Min и Nr.
Cgrphylo [ 12 ] Метод CGR для точной классификации и отслеживания быстро развивающихся вирусов Метод представления игры в хаосе (CGR), основанный на концепциях статистической физики Амариндер Сингх Тинд, Сомдатта Синха
Связка Вывод клональности в опухолях с использованием филогении Исчерпывающий поиск, квадратное целочисленное программирование (QIP) S. Malikic, AW McPherson, N. Donmez, CS Sahinalp
Класт w Прогрессивное выравнивание множественных последовательностей Матрица расстояния/ближайший сосед Thompson et al. [ 13 ]
Coalevol Моделирование эволюции ДНК и белка вдоль филогенетических деревьев (которые также можно моделировать с коалциклами) Моделирование множественных выравниваний последовательностей ДНК или белковых последовательностей М. Аренас, Д. Посада
Кодабк Совместная замена, рекомбинация и DN/DS в белковых последовательностях Приблизительные байесовские вычисления M. Arenas, JS Lopes, Ma Beaumont, D. Posada
Дендроскоп [ 14 ] Инструмент для визуализации укоренившихся деревьев и вычисления коренных сетей Укорененные деревья, тутгригмы, консенсусные сети, гибридизационные сети Daniel Huson et al.
ТОЧНЫЙ [ 15 ] [ 16 ] Точный основан на идеальной модели филогения и использует очень быстрый алгоритм гомотопии для оценки пригодности разных деревьев, а затем грубое заставляет поиск дерева с помощью графических процессоров или нескольких процессоров, на одних и тех же или на разных машинах Алгоритм поиска и гомотопия Цзя Б., Рэй С., Сафави С., Бенто Дж.
Эзедитор [ 17 ] Ezeditor-это редактор выравнивания последовательности на основе Java для генов кодирующих рРНК и белка. Это позволяет манипулировать как выравнивания последовательностей ДНК и белков для филогенетического анализа Сосед присоединится Jeon, YS et al.
FASTDNAML Оптимизированный максимальный вероятность (только нуклеотиды) Максимальная вероятность GJ Olsen
Fasttree 2 [ 18 ] Быстрый филогенетический вывод для выравнивания с сотнями тысяч последовательностей Приблизительный максимальный вероятность Mn Price, PS Dehal, AP Arkin
FitModel Подходит для моделей кодонов филиала без необходимости предварительного знания клад, перенесших положительный отбор Максимальная вероятность С. Гиндон
Гнойный Geneious предоставляет инструменты исследования генома и протеома Соседство соседка, Upgma, плагин Mrbayes, плагин Phyml, плагин Raxml, плагин Fasttree, плагин Garli, плагин paup* A. J. Drummond, M.Suchard, V.Lefort et al.
Гайфи Гипотеза тестирование с использованием филогений Максимальное вероятность, соседние, методы кластеризации, матрицы расстояний S.L. Kosakovsky Pond, S.D.W. Frost, S.V. Muse
Iqpn Итеративный ML Treesearch с правилом остановки Максимальная вероятность, соседнее LS Vinh, A. Von Haeseler, BQ Minh
IQ-Tree [ 19 ] Эффективное филогеномное программное обеспечение по максимальной вероятности, как преемник IQPNNI и Tree-Puzle Максимальное вероятность, выбор модели, обнаружение схемы распределения, AIC, AICC, BIC, сверхбыстровая начальная загрузка, [ 20 ] филиалы, тесты на топологию деревьев, картирование правдоподобия Lam-Tung Nguyen, O. Chernomor, Ha Schmidt, A. Von Haeseler, BQ Minh
Jmodeltest 2 Высокопроизводительная вычислительная программа для выполнения статистического выбора лучших моделей нуклеотидного замены Максимальное вероятность, AIC, BIC, DT, HLTR, DLTR Д. Дарриба, Гл. Taboada, R. Doallo, D. Posada
Джолитри [ 21 ] [ 22 ] Процедура биоинформатики без выравнивания для вывода филогенетических деревьев на основе расстояний из сборки генома, специально предназначенных для быстрого вывода деревьев из геномов, принадлежащих к тому же роду Минхаш на основе парного расстояния генома, сбалансированная минимальная эволюция (BME), поиск дерева на основе риттер, скорость элементарных квартетов A. Criscuolo
Лисбет Три-элемент-анализ для филогенетики и биогеографии Три-элемент-анализ J. Ducasse, N. Cao & R. Zaragüeta-Bagils
МЕГА Молекулярная эволюционная генетика -анализ Расстояние, скупость и методы максимальной композитной вероятности Тамура К., Дадли Дж., Ней М & Кумар С.
Megalign Pro Megalign Pro является частью пакета Lasergene Molecular Biology от Lasergene . Это приложение выполняет множественные и парные выравнивания последовательности, обеспечивает редактирование выравнивания и генерирует филогенетические деревья. Максимальное вероятность (RAXML) и соседний ДНАСТАР
Мескит Mesquite - это программное обеспечение для эволюционной биологии, предназначенное для того, чтобы помочь биологам анализировать сравнительные данные об организмах. Его акцент делается на филогенетический анализ, но некоторые из его модулей касаются сравнительного анализа или генетики популяции, в то время как другие проводят нефилогенетический многомерный анализ. Его также можно использовать для создания сроков, включающих геологический шкалу времени, с некоторыми дополнительными модулями. Максимальная экономия, матрица расстояния, максимальная вероятность Уэйн Мэддисон и доктор Мэддисон
Metapiga2 Максимальное вероятность вывода филогения многоялова для последовательностей ДНК и белков, а также морфологические данные. Анализы могут быть выполнены с использованием обширного и удобного графического интерфейса или с помощью пакетных файлов. Он также реализует инструменты визуализации деревьев, наследственные последовательности и автоматический выбор лучшей модели и параметров замены. Максимальная вероятность, стохастическая эвристика ( генетический алгоритм , генетический алгоритм метапопуляции, моделируемый отжиг и т. Д.), Дискретная гетерогенность гамма, реконструкция наследственного состояния, модельное тестирование Мишель С. Милинкович и Рафаэль Хелеерс
Микрообетра MicrobeTrace-это бесплатное веб-приложение на основе браузера. 2D и 3D-инструмент визуализации сети, визуализация дерева соседей, диаграммы Гантта, пузырьки, сети, визуализированные на картах, схемы потока, заполнительные таблицы, кривые EPI, гистограммы, просмотрщик выравнивания и многое другое. Эллсворт М. Кэмпбелл, Энтони Бойлз, Анупама Шанкар, Джей Ким, Сергей Кньязв, Роксана Цинтрон, Уильям М. Свейцер [ 23 ]
MNHN-Tree-Tools MNHN-Tree-Tools-это программное обеспечение для вывода филогенетического вывода OpenSource, работающее на нуклеических и белковых последовательностях. Кластеризация последовательностей ДНК или белка и вывода филогенетического дерева из набора последовательностей. В основе он использует подход, основанный на расстоянии. Томас Хашо, Лоик Понгер [ 24 ]
Модель Выбор модели (белок или нуклеотид) Максимальная вероятность Томас Кин
Молфи Молекулярная филогенетика (белок или нуклеотид) Максимальная вероятность Дж. Адачи и М. Хасегава
Морфобанк Веб -приложение для организации данных признаков (морфологических символов) для построения деревьев Для использования с максимальной экономией (через портал CIPRES), максимальная вероятность и байесовский анализ) О'Лири, Ма, и С. Кауфман, [ 25 ] Также К. Альфонс
Mrbayes Оценка апостериорной вероятности Байесовский вывод J. Huelsenbeck, et al. [ 26 ]
Сеть Бесплатное филогенетическое сетевое программное обеспечение Медиана присоединения, уменьшенная медиана, сеть Steiner А. Роль
Для него Филогенетический вывод Максимальная экономия, подразумеваемое взвешивание, храповое П. Голобофф
ПАМЛ Филогенетический анализ по максимальной вероятности Максимальное вероятность и байесовский вывод З. Кто
Парафило [ 27 ] Расчет генов и видовых деревьев на основе передач событий (ортология, паралита) Кограф редактирует и тройной инференция Hellmuth
Раздел Комбинированный выбор моделей молекулярной эволюции и распределения схем для выравнивания ДНК и белка Максимальное вероятность, AIC, AICC, BIC R. Lanfear, B Каллотт, Syw Ho, S Guindon
PASTIS R пакет для филогенетической сборки R, двухэтапный байесовский вывод с использованием MRBayes 3.2 Thomas et al. 2013 [ 28 ]
Apup* Филогенетический анализ с использованием экономии (*и других методов) Максимальная экономия, матрица расстояния, максимальная вероятность D. Swofford
Фангорн [ 29 ] Филогенетический анализ в R ML, MP, Матрица расстояний, начальная загрузка, филогентические сети, начальная загрузка, выбор модели, SH-тест, Sowh-test Содействие: К. Шлип
Фибаза [ 30 ] пакет R для анализа дерева видов Функции филогенетики, Star, NJST, Steac, Maxstree и т. Д. L. Liu & L. Yu
Phyclust Филогенетическая кластеризация (филокластерация) Максимальная вероятность конечных режимов смеси Вэй-Чен Чен
Филип Пакет вывода филогения Максимальная экономия, матрица расстояния, максимальная вероятность Дж. Фелсенштейн
филот Генерирует филогенетические деревья в различных форматах, на основе таксономии NCBI никто I. letunic
Филоквард Реализация квартета (использует последовательности или расстояния) Метод квартета V. Berry
Phylowgs Реконструкция субклональной композиции и эволюции из секвенирования всего генома опухолей MCMC Ag Desshwar, S. Vembu, CK Yung, GH Jang, L. Stein и Q. Morris
Лампочка [ 31 ] Быстрая и точная оценка филогении с использованием максимальной вероятности Максимальная вероятность S. Guindon & O. Gascuel
Phyx [ 32 ] Филогенетические инструменты командной строки Unix/Linux Исследуйте, манипулируют, анализируют и смоделируют филогенетические объекты (выравнивания, деревья и журналы MCMC) JW Brown, JF Walker и Sa Smith
По -прежнему Программа филогенетического анализа, которая поддерживает множество видов данных и может выполнять выравнивание и вывод филогения. Разнообразие эвристических алгоритмов было разработано для этой цели Максимальная экономия, максимальная вероятность, перестройка хромосомы, осторожные символы, непрерывные символы, выравнивание А. Варон, Н. Лукарони, Л. Хонг, В. Уилер
Protasr2 [ 33 ] Рконечная реконструкция белковых последовательностей учет стабильности складывания Максимальная вероятность, модели замещения M. Arenas, U. Bastolla
Протевол Моделирование белковых последовательностей в структурно ограниченных моделях замещения Моделирование последовательностей, моделей замещения М. Аренас, А. Санчес-Кобос, У. Бастолла у
Белок Моделирование белковых последовательностей вдоль филогении в эмпирических и структурно ограниченных моделях замещения эволюции белка Моделирование последовательностей вперед во времени, модели замены М. Аренас, HG Dos Santos, D. Posada, U. Bastolle
Proteinevolverabc [ 34 ] Совместная скорость рекомбинации и замещения в последовательностях белков Приблизительные байесовские вычисления М. Аренас
Протест3 Высокопроизводительная вычислительная программа для выбора модели эволюции белка, которая наилучшим образом соответствует данному набору выровненных последовательностей Максимальная вероятность, AIC, BIC, DT Д. Дарриба, Гл. Taboada, R. Doallo, D. Posada
Пикогент Библиотека программного обеспечения для геномной биологии Моделирование последовательностей, выравнивания, контроля сторонних приложений, рабочих процессов, запросов баз данных, генерации графики и филогенетических деревьев Knight et al.
Quicktree Строительство деревьев оптимизировано для эффективности Соседний К. Хоу, А. Бейтман, Р. Дурбин
RAXML-HPC Рандомизированная акселератная максимальная вероятность высокопроизводительных вычислений (нуклеотиды и аминокислоты) Максимальная вероятность, простая максимальная экономия А. Стаматакис
RAXML-NNG [ 35 ] Рандомизированное акселератированное максимальное вероятность высокопроизводительных вычислений (нуклеотиды и аминоциды) Следующее поколение Максимальная вероятность, простая максимальная экономия A. Kozlov, D. Darriba, T. Flacli, B. More, A. Stamatakis
Семфи Реконструкция деревьев с использованием комбинированных сильных сторон максимального правдоподобия (точность) и соседнего состязания (скорость). Semphy устарела. Авторы теперь направляют пользователей в RAXML, который превосходит точность и скорость. Гибридный максимально-правдоподобие-метод, связанный с соседством M. Nnio, E. Privman, T. Pupko, N. Friedman
С Моделирование эволюции по всему геному вдоль филогенетических деревьев Имитация последовательностей по всему геному вперед Аренас М., Посада Д.
Simplot ++ [ 36 ] Графики сходства последовательностей (Simpretots [ 37 ] ), обнаружение внутригенных и межгенных событий рекомбинации, анализ Bootscan [ 38 ] и сети сходства последовательностей Simplot с использованием различных моделей дистанции нуклеотидов/белка; Тесты рекомбинации PHI, χ2 и NSS; Анализ сети последовательности сети S. Samson, E. Lord, V. Makarenkov
Ну и что [ 39 ] Гипотеза тестирование Sowh Test Церковь, Райан, Данн
Splatche3 [ 40 ] Моделирование генетических данных при разнообразных пространственно явных эволюционных сценариях Коалценция, молекулярная эволюция, последовательности ДНК, SNP, STRS, RFLPS Маркус управляет Ал.
Splitstree [ 41 ] Программа дерева и сети Вычисление, визуализация и исследование филогенетических деревьев и сетей DH Huson и D. Bryant
Тн Филогенетический вывод Экологичность, взвешивание, храповик, дрейф деревьев, слитие деревьев, отраслевые поиски P. Goloboff et al.
TOPALi Филогенетический вывод Выбор филогенетической модели, байесовский анализ и оценка филогенетического дерева максимально Iain Milne, Dominik Lindner et al.
ТРЕДЖЕН Конструкция дерева дана предварительно вычисленные данные о расстоянии Дистанционная матрица Эт Цюрих
TreeAlign Эффективный гибридный метод Матрица расстояния и приблизительная экономия Дж. Хейн
Троин Алгоритм строительства деревьев в рамках пакета Decipher для R Максимальная вероятность, максимальная экономия и расстояние Э. Райт
Деревофинд [ 42 ] Реконструкция дерева ML ML, анализ начальной загрузки, выбор модели, тестирование гипотезы, калибровка деревьев, манипуляция и визуализацию деревьев, вычисление скоростей сайта, моделирование последовательностей, многие модели эволюции (ДНК, белок, рРНК, смешанный белок, пользовательский), графический интерфейс, графический интерфейс, графический интерфейс), графический интерфейс, графический интерфейс), GUI (ДНК, белок, рРНК, смешанный белок, и язык сценариев Максимальная вероятность, расстояния и другие Jobb G, von Haeseler A, Strimmer K
Дерево-прокал [ 43 ] [ 44 ] Максимальное вероятность и статистический анализ Максимальная вероятность Makarenkov
T-Rex (WebServer) [ 45 ] Вывод и визуализация дерева, горизонтальное обнаружение переноса генов , выравнивание множественных последовательностей Расстояние ( соединение соседей ), экономия и максимальная вероятность (Phyml, Raxml) выравнивание деревьев, выравнивания последовательности мышц, маффта и Clustalw и связанных с ними применений Boc A, Diallo AB, Makarenkov V
Ашер [ 46 ] Филогенетическое размещение с использованием максимальной экономии для вирусных геномов Максимальная экономия Турахия и Торнлоу Б.
Генон Быстрый и бесплатный редактор многоплатформенного дерева GUI с алгоритмами Phylip 3.6 и IQTree Unipro
Перевезти [ 47 ] Высокооплачиваемый инструмент, который использует параллелизирующие и векторизационные стратегии для ускорения вывода филогении для огромных выравниваний Приблизительный максимальный вероятность Сезар Пиньейро. Хосе М. Абуин и Хуан С. Пичель
Лебедка Редактор графического интерфейса и деревьев (требует NONA) Максимальная экономия, Ratchet К. Никсон
Xrate Филограмный двигатель Оценка ставки, оценка длины ветви, аннотация выравнивания И. Холмс

Смотрите также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Паттерсон Н., Мурджани П., Луо Ю., Маллик С., Рохленд Н., Чжан Ю., Геншорек Т., Вебстер Т., Рейх Д. (ноябрь 2012). «Древняя примесь в истории человечества» . Генетика . 192 (3): 1065–93. doi : 10.1534/Genetics.112.145037 . PMC   3522152 . PMID   22960212 .
  2. ^ Эль-Кебир М., Эспер Л., Ачесон-Фелд Х., Рафаэль Б.Дж. (июнь 2015 г.). «Реконструкция клональных деревьев и состав опухоли из данных секвенирования с несколькими образцами» . Биоинформатика . 31 (12): I62-70. doi : 10.1093/bioinformatics/btv261 . PMC   4542783 . PMID   26072510 .
  3. ^ Kück P, Meid SA, Groß C, Wägele JW, Misof B (август 2014 г.). «Aligrove-визуализация гетерогенной дивергенции последовательностей в рамках нескольких выравниваний последовательностей и обнаружения поддержки завышенной ветви» . BMC Bioinformatics . 15 (1): 294. DOI : 10.1186/1471-2105-15-294 . PMC   4167143 . PMID   25176556 .
  4. ^ Paradis E, Claude J, Strimmer K (январь 2004 г.). «APE: анализ филогенетики и эволюции на языке R» . Биоинформатика . 20 (2). Оксфорд, Англия: 289–90. doi : 10.1093/bioinformatics/btg412 . PMID   14734327 .
  5. ^ Лорд Э., Леклерк М., Бок А., Диало А.Б., Макаренков В. (2012). «Armadillo 1.1: оригинальная платформа рабочего процесса для проектирования и проведения филогенетического анализа и моделирования» . Plos один . 7 (1): E29903. BIBCODE : 2012PLOSO ... 729903L . doi : 10.1371/journal.pone.0029903 . PMC   3256230 . PMID   22253821 .
  6. ^ Suchard MA, Redelings BD (август 2006 г.). «Bali-Phy: одновременный байесовский вывод о выравнивании и филогении» . Биоинформатика . 22 (16): 2047–8. doi : 10.1093/bioinformatics/btl175 . PMID   16679334 .
  7. ^ Уилсон IJ, Weale Me, лысеть DJ (июнь 2003 г.). «Выводы из данных ДНК: история популяции, эволюционные процессы и судебные вероятности сопоставления» . Журнал Королевского статистического общества, серия A (Статистика в обществе) . 166 (2): 155–88. doi : 10.1111/1467-985x.00264 .
  8. ^ Pagel M, Meade A (2007), Bayesphylogenies 1.0. Программное обеспечение, распространяемое авторами.
  9. ^ Pagel M, Meade A (2007). «Bayestraits. Компьютерная программа и документация» . С. 1216–23.
  10. ^ Drummond A, Suchard MA, Xie D, Rambaut A (2012). «Байесовская филогенетика с Beauti и Beast 1.7» . Молекулярная биология и эволюция . 29 (8): 1969–1973. doi : 10.1093/molbev/mss075 . PMC   3408070 . PMID   22367748 .
  11. ^ Цзян Ю., Цю Й, Минн А.Дж., Чжан Н.Р. (сентябрь 2016 г.). «Оценка внутриопухолевой гетерогенности и отслеживания продольной и пространственной клональной эволюционной истории путем секвенирования следующего поколения» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 113 (37): E5528-37. BIBCODE : 2016PNAS..113E5528J . doi : 10.1073/pnas.1522203113 . PMC   5027458 . PMID   27573852 .
  12. ^ Тинд, Амариндер Сингх; Синха, Сомдатта (2023). «Использование представленности хаос-игры для анализа линий SARS-COV-2, новых новых штаммов и рекомбинантных» . Текущая геномика . 24 (3): 187–195. doi : 10.2174/0113892029264990231013112156 . PMC   10761335 . PMID   38178984 . S2CID   264500732 .
  13. ^ Томпсон, Джули Д.; Гибсон, Тоби Дж.; Хиггинс, Дес Г. (август 2002 г.). «Выравнивание множественных последовательностей с использованием Clustalw и Clustalx». Текущие протоколы в биоинформатике . Глава 2: 2.3.1–2.3.22. doi : 10.1002/0471250953.bi0203S00 . ISSN   1934-340x . PMID   18792934 . S2CID   34156490 .
  14. ^ Хусон Д.Х., Scornavacca C (декабрь 2012 г.). «Дендроскоп 3: интерактивный инструмент для корневых филогенетических деревьев и сетей» . Систематическая биология . 61 (6): 1061–7. doi : 10.1093/sysbio/sys062 . PMID   22780991 .
  15. ^ Цзя Б., Рэй С., Сафави С., Бенто Дж. (2018). «Эффективная проекция на идеальную модель филогения». В Bengio S, Wallach H, Larochelle H, Grauman K, Cesa-Bianchi N, Garnett R (Eds.). Достижения в системах обработки нейронной информации 31 (Neurips 2018) . С. 4108–4118.
  16. ^ Ray S, Jia B, Safavi S, Opijnen T, Isberg R, Rosch J, Bento J. Точный вывод под идеальной моделью филогения . Arxiv : 1908,08623 .
  17. ^ Jeon YS, Lee K, Park SC, Kim BS, Cho YJ, Ha SM, Chun J (февраль 2014 г.). «Ezeditor: универсальный редактор выравнивания последовательности как для генов, так и для кодирования рРНК». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 64 (Pt 2): 689–91. doi : 10.1099/ijs.0.059360-0 . PMID   24425826 .
  18. ^ Прайс М.Н., Дехал П.С., Аркин А.П. (март 2010 г.). «Fasttree 2-примечательно максимально-правдоподобные деревья для больших выравниваний» . Plos один . 5 (3): E9490. Bibcode : 2010ploso ... 5.9490p . doi : 10.1371/journal.pone.0009490 . PMC   2835736 . PMID   20224823 .
  19. ^ Нгуен Л.Т., Шмидт Х.А., фон Хеселер А., Минь Б.К. (январь 2015 г.). «IQ-Tree: быстрый и эффективный стохастический алгоритм для оценки филогений максимального правдоподобия» . Молекулярная биология и эволюция . 32 (1): 268–74. doi : 10.1093/molbev/msu300 . PMC   4271533 . PMID   25371430 .
  20. ^ Minh BQ, Nguyen MA, фон Хейзелер A (май 2013). «Сверхбыщее приближение для филогенетической начальной загрузки» . Молекулярная биология и эволюция . 30 (5): 1188–95. doi : 10.1093/molbev/mst024 . PMC   3670741 . PMID   23418397 .
  21. ^ Criscuolo A (июнь 2019 г.). «Процедура биоинформатики без выравнивания для вывода точных филогенетических деревьев на основе расстояний из сборки генома» . Идеи и результаты исследования . 5 : E36178. doi : 10.3897/rio.5.e36178 . S2CID   196180156 .
  22. ^ Criscuolo A (ноябрь 2020 г.). «О трансформации некорректированных расстояний на основе Минхаша в надлежащие эволюционные расстояния для филогенетического вывода» . F1000Research . 9 : 1309. DOI : 10.12688/f1000research.26930.1 . PMC   7713896 . PMID   3335719 .
  23. ^ Кэмпбелл, Эллсворт М.; Бойлз, Энтони; Шанкар, Анупама; Ким, Джей; Knyazev, Sergey; Cintron, Roxana; Свитцер, Уильям М. (2021-09-07). «Microbetrace: переоборудование молекулярной эпидемиологии для быстрой реакции общественного здравоохранения» . PLOS Computational Biology . 17 (9): E1009300. BIBCODE : 2021PLSCB..17E9300C . doi : 10.1371/journal.pcbi.1009300 . ISSN   1553-7358 . PMC   8491948 . PMID   34492010 .
  24. ^ Хашка, Томас; Ponger, Loic; Эскаде, Кристоф; Mozziconacci, Жюльен (2021-06-08). «Tree-Tools MNHN: набор инструментов для вывода деревьев с использованием многомасштабной кластеризации набора последовательностей» . Биоинформатика . 37 (21): 3947–3949. doi : 10.1093/bioinformatics/btab430 . ISSN   1367-4803 .
  25. ^ О'Лири, Морин А.; Кауфман, Сет (октябрь 2011 г.). «Морфобанк: филофеномика в« облаке » » . Кладистика . 27 (5): 529–537. doi : 10.1111/j.1096-0031.2011.00355.x . PMID   34875801 . S2CID   76652345 .
  26. ^ Huelsenbeck, JP; Ronquist, F. (август 2001 г.). «Mrbayes: байесовский вывод филогенетических деревьев» . Биоинформатика . 17 (8): 754–755. doi : 10.1093/bioinformatics/17.8.754 . ISSN   1367-4803 . PMID   11524383 .
  27. ^ Hellmuth M, Wieseke N, Lechner M, Lenhof HP, Middendorf M, Stadler PF (февраль 2015 г.). «Филогеномика с паралогами» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 112 (7): 2058–63. Arxiv : 1712.06442 . Bibcode : 2015pnas..112.2058h . doi : 10.1073/pnas.1412770112 . PMC   4343152 . PMID   25646426 .
  28. ^ Томас, Гэвин Х.; Хартманн, Клаас; Джетц, Уолтер; Джой, Джеффри Б.; Mimoto, AKI; Mooers, Arne O. (2013). «Pastis: пакет R для облегчения филогенетической сборки с мягкими таксономическими выводами». Методы экологии и эволюции . 4 (11): 1011–1017. Bibcode : 2013mecev ... 4.1011t . doi : 10.1111/2041-210x.12117 . ISSN   2041-210x . S2CID   866944418 .
  29. ^ Schliep KP (февраль 2011 г.). "Phangorn: филогенетический анализ в R" . Биоинформатика . 27 (4): 592–3. doi : 10.1093/bioinformatics/btq706 . PMC   3035803 . PMID   21169378 .
  30. ^ Лю Л., Юл (апрель 2010 г.). «Фибаза: пакет R для анализа дерева видов» . Биоинформатика . 26 (7): 962–3. doi : 10.1093/bioinformatics/btq062 . PMID   20156990 .
  31. ^ Гиндон, Стефан; Dufayard, Жан-Франсуа; Лефорт, Винсент; Анисимова, Мария; Hordijk, Wim; Gascuel, Olivier (2010-03-29). «Новые алгоритмы и методы для оценки филогений максимального правдоподобия: оценка эффективности Phyml 3.0» . Систематическая биология . 59 (3): 307–321. doi : 10.1093/sysbio/syq010 . HDL : 20.500.11850/25281 . ISSN   1076-836X .
  32. ^ Браун Дж.В., Уокер Дж.Ф., Смит С.А. (июнь 2017 г.). «Phyx: филогенетические инструменты для Unix» . Биоинформатика . 33 (12): 1886–1888. doi : 10.1093/bioinformatics/btx063 . PMC   5870855 . PMID   28174903 .
  33. ^ Аренас, Мигель; Бастолла, Уго (2020). «ProTASR2: наследственная реконструкция белковых последовательностей соблюдает стабильность складывания» . Методы экологии и эволюции . 11 (2): 248–257. Bibcode : 2020mecev..11..248a . doi : 10.1111/2041-210x.13341 . ISSN   2041-210x .
  34. ^ Аренас, Мигель (2021-08-27). «Белокволверабк: коэффициент скорости рекомбинации и замещения в белковых последовательностях посредством приблизительных байесовских вычислений» . Биоинформатика . 38 (1): 58–64. doi : 10.1093/bioinformatics/btab617 . ISSN   1367-4803 . PMC   8696103 . PMID   34450622 .
  35. ^ Козлов А.М., Дарриба Д., Флури Т., Морель Б., Стаматакис А (май 2019). «Raxml-NG: быстрый, масштабируемый и удобный инструмент для филогенетического вывода максимального вероятности» . Биоинформатика . 35 (21): 4453–4455. doi : 10.1093/bioinformatics/btz305 . PMC   6821337 . PMID   31070718 .
  36. ^ Самсон, Стефан; Господь, Этьенн; Макаренков, Владимир (26 мая 2022 г.). «Simplot ++: приложение Python для представления сходства последовательностей и обнаружения рекомбинации». Биоинформатика . 38 (11): 3118–3120. Arxiv : 2112.09755 . doi : 10.1093/bioinformatics/btac287 . PMID   35451456 .
  37. ^ Лоле, Кавита С.; Боллингер, Роберт С.; Paranjape, Ramesh S.; Гадкари, Дипак; Кулкарни, Смита С.; Новак, Николь Г.; Ingersoll, Roxann; Шеппард, Хейнс В.; Рэй, Стюарт С. (январь 1999 г.). «Полноразмерные геномы вируса иммунодефицита человека типа 1 из C-инфицированных C-инфицированных сероконвертеров в Индии с доказательствами рекомбинации межсубтипов» . Журнал вирусологии . 73 (1): 152–160. doi : 10.1128/jvi.73.1.152-160.1999 . PMC   103818 . PMID   9847317 .
  38. ^ Salminen, Mika O.; Карр, Джин К.; Берк, Дональд С.; Маккатчан, Франсин Э. (ноябрь 1995 г.). «Идентификация точек останова в межгггггротипических рекомбинантах ВИЧ типа 1 путем Bootscanning». Исследование СПИДа и ретровирусы человека . 11 (11): 1423–1425. doi : 10.1089/aid.1995.11.1423 . PMID   8573403 .
  39. ^ Church SH, Ryan JF, Dunn CW (ноябрь 2015). «Автоматизация и оценка теста Sowh с Sowhat» . Систематическая биология . 64 (6): 1048–58. doi : 10.1093/sysbio/syv055 . PMC   4604836 . PMID   26231182 .
  40. ^ Куррат, Матиас; Аренас, Мигель; Quilodràn, Claudio S; Экскурсионный, Лоран; Рэй, Николас (2019-05-11). «SPLATCHE3: моделирование последовательных генетических данных при пространственно явных эволюционных сценариях, включая рассеивание на расстоянии» . Биоинформатика . 35 (21): 4480–4483. doi : 10.1093/bioinformatics/btz311 . ISSN   1367-4803 . PMC   6821363 . PMID   31077292 .
  41. ^ Хусон Д.Х., Брайант Д. (февраль 2006 г.). «Применение филогенетических сетей в эволюционных исследованиях» . Молекулярная биология и эволюция . 23 (2): 254–67. doi : 10.1093/molbev/msj030 . PMID   16221896 .
  42. ^ Jobb G, Von Haeseler A, Strimmer K (июнь 2004 г.). «TreeFinder: мощная среда графического анализа для молекулярной филогенетики» . BMC Эволюционная биология . 4 : 18. doi : 10.1186/1471-2148-4-18 . PMC   459214 . PMID   15222900 . (Втянут, см Doi : 10.1186/s12862-015-0513-z , PMID   26542699 , Retraction Watch . Если это преднамеренная цитата с втянутой бумагой, пожалуйста, замените {{retracted|...}} с {{retracted|...|intentional=yes}}. )
  43. ^ Макаренков V (июль 2001 г.). «Т-рекс: реконструкция и визуализация филогенетических деревьев и сети ретикуляции» . Биоинформатика . 17 (7): 664–8. doi : 10.1093/bioinformatics/17.7.664 . PMID   11448889 .
  44. ^ Schmidt HA, Strimmer K, Vingron M, Von Haeseler A (март 2002 г.). «Трево-прокал: филогенетический анализ максимального вероятности с использованием квартетов и параллельных вычислений» . Биоинформатика . 18 (3): 502–4. doi : 10.1093/bioinformatics/18.3.502 . PMID   11934758 .
  45. ^ BOC A, Diallo AB, Makarenkov V (июль 2012 г.). «T-Rex: веб-сервер для вывода, проверки и визуализации филогенетических деревьев и сетей» . Исследование нуклеиновых кислот . 40 (проблема веб -сервера): W573–9. doi : 10.1093/nar/gks485 . PMC   3394261 . PMID   22675075 .
  46. ^ Turakhia Y, Thornlow B, Hinrichs AS, De Maio N, Gozashti L, Lanfear R, Haussler D, Corbett-Detig R (июнь 2021 г.). «Ультрастановное размещение образцов на существующих деревьях (USHER) расширяет возможности филогенетики в реальном времени для пандемии SARS-COV-2» . Природа генетика . 53 (6): 809–816. doi : 10.1038/s41588-021-00862-7 . PMC   9248294 . PMID   33972780 .
  47. ^ Пиньейро, Сезар; Абуин, Хосе М; Пишель, Хуан С (2020-11-01). Понти, Янн (ред.). «Очень быстрое дерево: ускорение оценки филогении для больших выравниваний посредством стратегий параллелизации и векторизации» . Биоинформатика . 36 (17): 4658–4659. doi : 10.1093/bioinformatics/btaa582 . ISSN   1367-4803 . PMID   32573652 .
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=List_of_phylogenetics_software&oldid=1245520480"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 933a6768ad23cde4aef1ecf992debe22__1726222800
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/93/22/933a6768ad23cde4aef1ecf992debe22.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
List of phylogenetics software - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)