✖


Jump to content

MNase-seq

Расщепление MNase с секвенированием

-seq , сокращение от микрококкового MNase нуклеазного расщепления глубоким с секвенированием , [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] это молекулярно-биологический метод, который был впервые использован в 2006 году для измерения занятости нуклеосом в геноме C. elegans . [ 1 ] и впоследствии был применен к геному человека в 2008 году. [ 2 ] Однако термин «MNase-seq» был придуман лишь год спустя, в 2009 году. [ 3 ] Вкратце, этот метод основан на использовании неспецифической эндоэкзонуклеазы , фермента микрококковой нуклеазы , полученного из бактерий Staphylococcus aureus , для связывания и расщепления несвязанных с белком участков ДНК на хроматине . ДНК, связанная с гистонами или другими белками, связанными с хроматином (например, факторами транскрипции ), может оставаться непереваренной. Неразрезанную ДНК затем очищают от белков и секвенируют с помощью одного или нескольких различных методов секвенирования следующего поколения . [ 5 ]

MNase-seq — один из четырех классов методов, используемых для оценки состояния эпигенома посредством анализа доступности хроматина. Остальные три метода — это DNase-seq , FAIRE-seq и ATAC-seq . [ 4 ] Хотя MNase-seq в основном используется для секвенирования областей ДНК, связанных с гистонами или другими белками, связанными с хроматином, [ 2 ] остальные три обычно используются для: картирования сайтов гиперчувствительности к дезоксирибонуклеазе I (DHS) , [ 6 ] секвенирование ДНК, несвязанной белками хроматина, [ 7 ] или секвенирование областей свободно упакованного хроматина посредством транспозиции маркеров, [ 8 ] [ 9 ] соответственно. [ 4 ]

История

[ редактировать ]

Микрококковая нуклеаза (MNase) была впервые обнаружена у S. aureus в 1956 году. [ 10 ] белок кристаллизовался в 1966 году, [ 11 ] и охарактеризован в 1967 г. [ 12 ] Расщепление хроматина МНАзой было ключом к ранним исследованиям структуры хроматина; использовался для определения того, что каждая нуклеосомная единица хроматина состоит примерно из 200 пар оснований ДНК. [ 13 ] Это, наряду с моделью Олинса и Олинса «бусы на нитке» , [ 14 ] подтвердили представления Корнберга об основной структуре хроматина. [ 15 ] В ходе дополнительных исследований было обнаружено, что MNase не может разрушать связанную с гистонами ДНК длиной менее ~ 140 пар оснований, а ДНКаза I и II могут разрушать связанную ДНК до длины всего 10 bp. [ 16 ] [ 17 ] В конечном итоге это объяснило, что около 146 пар оснований ДНК обволакивают ядро ​​нуклеосомы. [ 18 ] длиной ~50 п.н. Линкерная ДНК соединяет каждую нуклеосому, [ 19 ] и что 10 непрерывных пар оснований ДНК через определенные промежутки времени прочно связываются с ядром нуклеосомы. [ 17 ]

Помимо изучения структуры хроматина, расщепление микрококковой нуклеазой использовалось в экспериментах по секвенированию олигонуклеотидов с момента его характеристики в 1967 году. [ 20 ] Расщепление МНАзой дополнительно использовалось в нескольких исследованиях для анализа бесхроматиновых последовательностей, таких как дрожжей ( Saccharomyces cerevisiae ). митохондриальная ДНК [ 21 ] а также бактериофага ДНК [ 22 ] [ 23 ] за счет преимущественного переваривания областей, богатых аденином и тимином . [ 24 ] В начале 1980-х годов расщепление MNase использовалось для определения нуклеосомной фазировки и связанной с ней ДНК хромосом зрелого SV40 . [ 25 ] плодовые мушки ( Drosophila melanogaster ) , [ 26 ] дрожжи, [ 27 ] и обезьяны, [ 28 ] среди других. Первое исследование, в котором использовалось это расщепление для изучения значимости доступности хроматина для экспрессии генов у людей, было проведено в 1985 году. В этом исследовании нуклеаза использовалась для обнаружения ассоциации определенных онкогенных последовательностей с хроматином и ядерными белками. [ 29 ] Исследования, использующие расщепление MNase для определения положения нуклеосом без секвенирования или информации о массиве, продолжались и в начале 2000-х годов. [ 30 ]

С появлением полногеномного секвенирования в конце 1990-х и начале 2000-х годов стало возможным сравнивать очищенные последовательности ДНК с эукариотическим геномом S. cerevisiae. [ 31 ] Ценорхабдитис элегантный , [ 32 ] Д. меланогастер, [ 33 ] арабидопсис Талиана , [ 34 ] Mus musculusмышь [ 35 ] и Homo sapiens . [ 36 ] Расщепление МНАзой впервые было применено для полногеномных исследований занятости нуклеосом у S. cerevisiae. [ 37 ] сопровождался анализом с помощью микрочипов для определения того, какие области ДНК были обогащены нуклеосомами, устойчивыми к MNase. Анализы на микрочипах на основе MNase часто использовались в масштабах всего генома для дрожжевых клеток. [ 38 ] [ 39 ] и в ограниченных геномных регионах человека [ 40 ] [ 41 ] для определения положения нуклеосомы, что можно использовать в качестве вывода для инактивации транскрипции .

В 2006 году секвенирование следующего поколения было впервые объединено с расщеплением MNase для изучения положения нуклеосом и предпочтений последовательности ДНК у C. elegans, . [ 1 ] Это был первый пример MNase-seq в любом организме.

Лишь в 2008 году, примерно в то время, когда секвенирование следующего поколения стало более широко доступным, расщепление MNase было объединено с высокопроизводительным секвенированием, а именно секвенированием Solexa/Illumina , для изучения нуклеосомного позиционирования в полногеномном масштабе у людей. [ 2 ] Год спустя были наконец придуманы термины «MNase-Seq» и ​​«MNase-ChIP», обозначающие расщепление микрококковой нуклеазой с иммунопреципитацией хроматина . [ 3 ] С момента своего первого применения в 2006 г. [ 1 ] MNase-seq использовался для глубокого секвенирования ДНК, связанной с заселенностью нуклеосом и эпигеномикой эукариот. [ 5 ] По состоянию на февраль 2020 года MNase-seq все еще применяется для анализа доступности хроматина. [ 42 ]

Описание

[ редактировать ]

Хроматин динамичен, и положение нуклеосом на ДНК меняется под действием различных факторов транскрипции и комплексов ремоделирования , примерно отражая транскрипционную активность в этих сайтах. ДНК, обернутая вокруг нуклеосом, обычно недоступна для факторов транскрипции. [ 43 ] Следовательно, MNase-seq можно использовать для косвенного определения того, какие области ДНК недоступны для транскрипции, путем прямого определения того, какие области связаны с нуклеосомами. [ 5 ]

В типичном эксперименте MNase-seq ядра эукариотических клеток сначала выделяют из интересующей ткани. Затем MNase-seq использует эндо-экзонуклеазу микрококковой нуклеазы для связывания и расщепления несвязанных с белком участков ДНК эукариотического хроматина, сначала расщепляя и резецируя одну цепь, а затем расщепляя также и антипараллельную цепь. [ 3 ] Хроматин может быть сшит формальдегидом . необязательно [ 44 ] MNase требует Ca 2+ в качестве кофактора , обычно с конечной концентрацией 1 мМ. [ 5 ] [ 12 ] Если область ДНК связана с ядром нуклеосомы (т.е. гистонами ) или другими белками, связанными с хроматином (например, факторами транскрипции), то MNase не может связывать и расщеплять ДНК. Нуклеосомы или комплексы ДНК-белок можно очистить из образца, а связанную ДНК можно впоследствии очистить с помощью гель-электрофореза и экстракции . Очищенная ДНК обычно имеет размер ~150 п.н., если она очищена от нуклеосом. [ 2 ] или короче, если из другого белка (например, факторов транскрипции). [ 45 ] Это делает высокопроизводительное секвенирование с коротким считыванием идеальным для MNase-seq, поскольку считывания для этих технологий очень точны, но могут охватывать только пару сотен непрерывных пар оснований в длину. [ 46 ] После секвенирования чтения можно сопоставить с эталонным геномом, чтобы определить, какие области ДНК связаны интересующими нуклеосомами или белками, с помощью таких инструментов, как Bowtie . [ 4 ] Позиционирование нуклеосом, выявленное с помощью MNase-seq, затем можно использовать для прогнозирования геномной экспрессии. [ 47 ] и регулирование [ 48 ] в момент пищеварения.

Расширенные методы

[ редактировать ]
Технические применения MNase в секвенировании

MNase-ChIP/ CUT&RUN Секвенирование

[ редактировать ]

Недавно MNase-seq также был использован для определения того, где факторы транскрипции связываются с ДНК. [ 49 ] [ 50 ] Классический ChIP-seq демонстрирует проблемы с качеством разрешения, строгостью экспериментального протокола и фрагментацией ДНК . [ 50 ] Классический ChIP-seq обычно использует обработку ультразвуком для фрагментации хроматина , что смещает гетерохроматические области из-за конденсированного и прочного связывания областей хроматина друг с другом. [ 50 ] В отличие от гистонов , факторы транскрипции лишь временно связывают ДНК. Другие методы, такие как обработка ультразвуком в ChIP-seq, требующие использования повышенных температур и моющих средств, могут привести к потере фактора. Секвенирование CUT&RUN на основе MNase — это новая форма иммунопреципитации . Вкратце, он использует MNase, помеченную антителом, для специфического связывания ДНК-связанных белков, которые представляют эпитоп , распознаваемый этим антителом. Затем пищеварение происходит конкретно в регионах, окружающих этот транскрипционный фактор, что позволяет этому комплексу диффундировать из ядра и быть полученным, не беспокоясь о значительном фоне или осложнениях обработки ультразвуком. Использование этой техники не требует высоких температур или высоких концентраций моющего средства. Кроме того, MNase улучшает переваривание хроматина благодаря своей экзонуклеазной и эндонуклеазной активности. Клетки лизируют в растворе SDS / Triton X-100 . Затем добавляется комплекс MNase-антитело. И, наконец, можно выделить комплекс белок-ДНК, после чего ДНК очистить и секвенированный . Полученный растворимый экстракт содержит 25-кратное обогащение фрагментами размером менее 50 пар оснований. Такое повышенное обогащение приводит к получению экономически эффективных данных с высоким разрешением. [ 50 ]

Одноклеточный MNase-seq

[ редактировать ]

Секвенирование одноклеточной микрококковой нуклеазы (scMNase-seq) — это новый метод, который используется для анализа положения нуклеосом и вывода о доступности хроматина с использованием только входных данных одной клетки. [ 51 ] Сначала клетки сортируют на отдельные аликвоты с использованием сортировки клеток, активируемой флуоресценцией (FACS) . [ 51 ] Затем клетки лизируют и расщепляют микрококковой нуклеазой. Выделенную ДНК подвергают ПЦР- амплификации, а затем выделяют и анализируют нужную последовательность. [ 51 ] Использование MNase в анализах отдельных клеток приводит к более эффективному обнаружению таких областей, как сайты гиперчувствительности к ДНКазе I, а также сайты связывания транскрипционных факторов. [ 51 ]

Сравнение с другими анализами доступности хроматина

[ редактировать ]

MNase-seq — один из четырех основных методов ( DNase-seq , MNase-seq, FAIRE-seq и ATAC-seq ) для более прямого определения доступности хроматина и последующих последствий для экспрессии генов . [ 52 ] Все четыре метода противопоставляются ChIP-seq , который основан на выводе о том, что определенные метки на хвостах гистонов указывают на активацию или репрессию гена. [ 53 ] не оценивает напрямую положение нуклеосомы, но вместо этого является ценным для оценки ферментативной функции модификатора гистонов. [ 4 ]

ДНКаза-секвенирование

[ редактировать ]

Как и в случае с MNase-seq, [ 2 ] DNase-seq была разработана путем объединения существующей ДНК-эндонуклеазы. [ 6 ] с технологией секвенирования следующего поколения для анализа доступности хроматина. [ 54 ] Оба метода использовались на нескольких эукариотах для получения информации о положении нуклеосом в соответствующих организмах. [ 4 ] и оба основаны на одном и том же принципе расщепления открытой ДНК для выделения полос ДНК размером ~ 140 п.н. из нуклеосом. [ 2 ] [ 55 ] или более короткие полосы при получении информации о факторе транскрипции. [ 45 ] [ 55 ] Оба метода недавно были оптимизированы для секвенирования отдельных клеток, что устраняет один из основных недостатков обоих методов; это требование к высокому входу ячейки. [ 56 ] [ 51 ]

В достаточных концентрациях ДНКаза I способна переваривать связанную с нуклеосомой ДНК до 10 п.о., тогда как микрококковая нуклеаза не может. [ 17 ] Кроме того, DNase-seq используется для идентификации DHS, которые представляют собой области ДНК, которые сверхчувствительны к обработке ДНКазой и часто указывают на наличие регуляторных областей (например, промоторов или энхансеров ). [ 57 ] Эквивалентный эффект не обнаружен при использовании MNase. В результате этого различия DNase-seq в первую очередь используется для прямой идентификации регуляторных областей, тогда как MNase-seq используется для идентификации фактора транскрипции и занятости нуклеосом, чтобы косвенно сделать вывод о влиянии на экспрессию генов. [ 4 ]

DO-последовательность

[ редактировать ]

FAIRE-seq больше отличается от MNase-seq, чем от DNase-seq. [ 4 ] FAIRE-seq был разработан в 2007 году. [ 7 ] и три года спустя в сочетании с секвенированием следующего поколения для изучения DHS. [ 58 ] FAIRE-seq основан на использовании формальдегида для сшивания целевых белков с ДНК, а затем на последующей обработке ультразвуком и экстракции фенолом-хлороформом для разделения несшитой ДНК и сшитой ДНК. Несшитая ДНК секвенируется и анализируется, что позволяет непосредственно наблюдать открытый хроматин. [ 59 ]

MNase-seq не измеряет доступность хроматина так же напрямую, как FAIRE-seq. Однако, в отличие от FAIRE-seq, он не обязательно требует сшивания. [ 5 ] и при этом он не полагается на ультразвуковую обработку, [ 4 ] но может потребоваться экстракция фенолом и хлороформом . [ 5 ] Двумя основными недостатками FAIRE-seq по сравнению с тремя другими классами являются минимально необходимый ввод в размере 100 000 клеток и зависимость от сшивания. [ 7 ] Сшивка может связывать другие белки, связанные с хроматином, которые временно взаимодействуют с ДНК, тем самым ограничивая количество несшитой ДНК, которую можно выделить и проанализировать из водной фазы. [ 52 ] Таким образом, общее разрешение, полученное с помощью FAIRE-seq, может быть относительно ниже, чем у DNase-seq или MNase-seq. [ 52 ] и с учетом требования в 100 000 ячеек, [ 7 ] одноклеточные эквиваленты DNase-seq [ 56 ] или MNase-seq [ 51 ] сделать их гораздо более привлекательной альтернативой. [ 4 ]

ATAC-последовательность

[ редактировать ]

ATAC-seq — это новейший класс анализов доступности хроматина. [ 8 ] ATAC-seq использует гиперактивную транспозазу для вставки мобильных маркеров со специальными адаптерами, способными связывать праймеры для секвенирования, в открытые области хроматина. Затем ПЦР можно использовать для амплификации последовательностей, соседних со вставленными транспозонами, что позволяет определять открытые последовательности хроматина, не вызывая сдвига в структуре хроматина. [ 8 ] [ 9 ] ATAC-seq доказал свою эффективность на людях, среди других эукариот, в том числе в замороженных образцах. [ 60 ] Как и в случае с ДНКазой-seq [ 56 ] и MNase-seq, [ 51 ] также была разработана успешная одноячеечная версия ATAC-seq. [ 61 ]

ATAC-seq имеет несколько преимуществ перед MNase-seq при оценке доступности хроматина. ATAC-seq не основан на вариабельном расщеплении микрококковой нуклеазой, а также на сшивании или фенол-хлороформной экстракции. [ 5 ] [ 9 ] Обычно он сохраняет структуру хроматина, поэтому результаты ATAC-seq можно использовать для прямой оценки доступности хроматина, а не косвенно с помощью MNase-seq. ATAC-seq также может быть завершен в течение нескольких часов. [ 9 ] тогда как другие три метода обычно требуют инкубационного периода в течение ночи. [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] Двумя основными недостатками ATAC-seq по сравнению с MNase-seq являются необходимость более высокого охвата секвенирования и распространенность митохондриального загрязнения из-за неспецифической вставки ДНК как в митохондриальную ДНК, так и в ядерную ДНК. [ 8 ] [ 9 ] Несмотря на эти незначительные недостатки, использование ATAC-seq вместо альтернатив становится все более распространенным. [ 4 ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Jump up to: а б с д Джонсон С.М., Тан Ф.Дж., Маккалоу Х.Л., Риордан Д.П., Fire AZ (декабрь 2006 г.). «Гибкость и ограничения в ядерном ландшафте нуклеосом хроматина Caenorhabditis elegans» . Геномные исследования . 16 (12): 1505–16. дои : 10.1101/гр.5560806 . ПМЦ   1665634 . ПМИД   17038564 .
  2. ^ Jump up to: а б с д и ж г Шонес Д.Э., Цуй К., Каддапа С., Ро Т.И., Барски А., Ван З. и др. (март 2008 г.). «Динамическая регуляция положения нуклеосом в геноме человека» . Клетка . 132 (5): 887–98. дои : 10.1016/j.cell.2008.02.022 . ПМЦ   10894452 . ПМИД   18329373 . S2CID   13320420 .
  3. ^ Jump up to: а б с д Куан П.Ф., Хьюберт Д., Гаш А., Келес С. (январь 2009 г.). «Неоднородная модель скрытого состояния на различиях первого порядка для автоматического определения положений нуклеосом» . Статистические приложения в генетике и молекулярной биологии . 8 (1): Статья 29. дои : 10.2202/1544-6115.1454 . ПМЦ   2861327 . ПМИД   19572828 .
  4. ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к Кляйн, округ Колумбия, Хайнер С.Дж. (ноябрь 2019 г.). «Геномные методы определения профиля доступности ДНК и локализации факторов» . Хромосомные исследования . 28 (1): 69–85. дои : 10.1007/s10577-019-09619-9 . ПМЦ   7125251 . ПМИД   31776829 .
  5. ^ Jump up to: а б с д и ж г час Цуй К., Чжао К. (январь 2012 г.). «Общегеномные подходы к определению занятости нуклеосом у многоклеточных животных с использованием MNase-Seq». Ремоделирование хроматина . Методы молекулярной биологии. Том. 833. стр. 413–9. дои : 10.1007/978-1-61779-477-3_24 . ISBN  978-1-61779-476-6 . ПМК   3541821 . ПМИД   22183607 .
  6. ^ Jump up to: а б с Гиреси П.Г., Ким Дж., МакДэниелл Р.М., Айер В.Р., Либ Дж.Д. (июнь 2007 г.). «FAIRE (выделение регуляторных элементов с помощью формальдегида) изолирует активные регуляторные элементы из хроматина человека» . Геномные исследования . 17 (6): 877–85. дои : 10.1101/гр.5533506 . ПМЦ   3959825 . ПМИД   17179217 .
  7. ^ Jump up to: а б с д и Гиреси П.Г., Ким Дж., МакДэниелл Р.М., Айер В.Р., Либ Дж.Д. (июнь 2007 г.). «FAIRE (выделение регуляторных элементов с помощью формальдегида) изолирует активные регуляторные элементы из хроматина человека» . Геномные исследования . 17 (6): 877–85. дои : 10.1101/гр.5533506 . ЧВК   1891346 . ПМИД   17179217 .
  8. ^ Jump up to: а б с д Буэнростро Дж.Д., Гиреси П.Г., Заба Л.К., Чанг ХИ, Гринлиф У.Дж. (декабрь 2013 г.). «Транспозиция нативного хроматина для быстрого и чувствительного эпигеномного профилирования открытого хроматина, ДНК-связывающих белков и положения нуклеосомы» . Природные методы . 10 (12): 1213–8. дои : 10.1038/nmeth.2688 . ПМЦ   3959825 . ПМИД   24097267 .
  9. ^ Jump up to: а б с д и Буэнростро Дж.Д., Ву Б., Чанг Х.И., Гринлиф У.Дж. (январь 2015 г.). «ATAC-seq: метод анализа доступности хроматина по всему геному» . Современные протоколы молекулярной биологии . 109 : 21.29.1–21.29.9. дои : 10.1002/0471142727.mb2129s109 . ПМЦ   4374986 . ПМИД   25559105 .
  10. ^ Каннингем Л., Кэтлин Б.В., Де Гариль, член парламента (сентябрь 1956 г.). «Дезоксирибонуклеаза Micrococcus pyogenes». Журнал Американского химического общества . 78 (18): 4642–4645. дои : 10.1021/ja01599a031 .
  11. ^ Коттон Ф.А., Хейзен Э.Э., Ричардсон, округ Колумбия (октябрь 1966 г.). «Кристаллическая внеклеточная нуклеаза золотистого стафилококка» . Журнал биологической химии . 241 (19): 4389–90. дои : 10.1016/S0021-9258(18)99732-2 . ПМИД   5922963 .
  12. ^ Jump up to: а б Хейнс Дж. Н., Суриано Дж. Р., Таниучи Х., Анфинсен CB (март 1967 г.). «Характеристика нуклеазы, продуцируемой Staphylococcus aureus» . Журнал биологической химии . 242 (5): 1016–20. дои : 10.1016/S0021-9258(18)96225-3 . ПМИД   6020427 .
  13. ^ Нолл М. (сентябрь 1974 г.). «Субъединичная структура хроматина». Природа . 251 (5472): 249–51. Бибкод : 1974Natur.251..249N . дои : 10.1038/251249a0 . ПМИД   4422492 . S2CID   637383 .
  14. ^ Олинс А.Л., Олинс Д.Э. (январь 1974 г.). «Единицы сфероидного хроматина (v тельца)». Наука . 183 (4122): 330–2. Бибкод : 1974Sci...183..330O . дои : 10.1126/science.183.4122.330 . ПМИД   4128918 . S2CID   83480762 .
  15. ^ Корнберг Р.Д. (май 1974 г.). «Структура хроматина: повторяющаяся единица гистонов и ДНК». Наука . 184 (4139): 868–71. Бибкод : 1974Sci...184..868K . дои : 10.1126/science.184.4139.868 . ПМИД   4825889 .
  16. ^ Кейхлайн Л.Д., Вилли К.А., Вассарман П.М. (февраль 1976 г.). «Структура эукариотического хроматина. Оценка периодичности с помощью эндогенных и экзогенных нуклеаз». Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Нуклеиновые кислоты и синтез белка . 425 (1): 84–94. дои : 10.1016/0005-2787(76)90218-5 . ПМИД   1247619 .
  17. ^ Jump up to: а б с Дюрксен Дж. Д., Коннор К. В. (апрель 1978 г.). «Периодичность и размер фрагментов ДНК из хроматина TLT гепатомы мыши и фракций хроматина с использованием эндогенных и экзогенных нуклеаз». Молекулярная и клеточная биохимия . 19 (2): 93–112. дои : 10.1007/bf00232599 . ПМИД   206820 . S2CID   9230112 .
  18. ^ Корнберг Р.Д., Лорх Ю. (август 1999 г.). «Двадцать пять лет нуклеосомы, фундаментальной частицы хромосомы эукариот» . Клетка . 98 (3): 285–94. дои : 10.1016/s0092-8674(00)81958-3 . ПМИД   10458604 . S2CID   14039910 .
  19. ^ Уитлок Дж. П., Симпсон RT (июль 1976 г.). «Удаление гистона H1 обнажает сегмент ДНК из пятидесяти пар оснований между нуклеосомами». Биохимия . 15 (15): 3307–14. дои : 10.1021/bi00660a022 . ПМИД   952859 .
  20. ^ Фельдманн Х (июль 1967 г.). «[Анализ последовательности олиогонуклеотидов с помощью микрококковой нуклеазы]» . Европейский журнал биохимии . 2 (1): 102–5. дои : 10.1111/j.1432-1033.1967.tb00113.x . ПМИД   6079759 .
  21. ^ Прунелл А., Бернарди Дж. (июль 1974 г.). «Митохондриальный геном дрожжевых клеток дикого типа. IV. Гены и спейсеры». Журнал молекулярной биологии . 86 (4): 825–41. дои : 10.1016/0022-2836(74)90356-8 . ПМИД   4610147 .
  22. ^ Баррелл Б.Г., Вейт Х.Л., Донельсон Дж.Э., Робертсон Х.Д. (март 1975 г.). «Анализ последовательности фрагмента ДНК бактериофазы phiX174, защищенного рибосомой, содержащего сайт инициации гена G». Журнал молекулярной биологии . 92 (3): 377–93. дои : 10.1016/0022-2836(75)90287-9 . ПМИД   1095758 .
  23. ^ Бамбара Р., Ву Р (июнь 1975 г.). «Анализ последовательности ДНК. Концевые последовательности бактериофага phi80» . Журнал биологической химии . 250 (12): 4607–18. дои : 10.1016/S0021-9258(19)41345-8 . ПМИД   166999 .
  24. ^ Вингерт Л., Фон Хиппель PH (март 1968 г.). «Конформационно-зависимый гидролиз ДНК микрококковой нуклеазой». Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Нуклеиновые кислоты и синтез белка . 157 (1): 114–26. дои : 10.1016/0005-2787(68)90270-0 . ПМИД   4296058 .
  25. ^ Хиваса Т., Сегава М., Ямагути Н., Ода К. (май 1981 г.). «Фазировка нуклеосом в хроматине SV40, восстановленном in vitro». Журнал биохимии . 89 (5): 1375–89. doi : 10.1093/oxfordjournals.jbchem.a133329 . ПМИД   6168635 .
  26. ^ Самал Б., Ворсель А., Луи К., Шедл П. (февраль 1981 г.). «Хроматиновая структура гистоновых генов D. melanogaster». Клетка . 23 (2): 401–9. дои : 10.1016/0092-8674(81)90135-5 . ПМИД   6258802 . S2CID   42138156 .
  27. ^ Лор Д.Е. (октябрь 1981 г.). «Детальный анализ нуклеосомной организации транскрибируемой ДНК в хроматине дрожжей». Биохимия . 20 (21): 5966–72. дои : 10.1021/bi00524a007 . ПМИД   6272832 .
  28. ^ Музыкальный PR, Браун Флорида, Майо Джей Джей (январь 1982 г.). «Фазировка нуклеосом и микрококковое нуклеазное расщепление альфа-ДНК компонента африканской зеленой мартышки» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 79 (1): 118–22. Бибкод : 1982ПНАС...79..118М . дои : 10.1073/pnas.79.1.118 . ПМЦ   345673 . ПМИД   6275381 .
  29. ^ Кэсид У.Н., Хаф С., Травес П., Дритчило А., Смулсон М. (апрель 1985 г.). «Ассоциация последовательностей c-Ha-ras человека с хроматином и ядерными белками». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 128 (1): 226–32. дои : 10.1016/0006-291x(85)91668-7 . ПМИД   3885946 .
  30. ^ Гориели С., Демонте Д., Низе С., Де Вит Д., Виллемс Ф., Гольдман М., Ван Линт С. (июнь 2003 г.). «Активация гена IL-12 (p35) человека включает селективное ремоделирование одной нуклеосомы в области промотора, содержащей критические сайты связывания Sp1». Кровь . 101 (12): 4894–902. дои : 10.1182/кровь-2002-09-2851 . ПМИД   12576336 .
  31. ^ Гоффо А., Баррелл Б.Г., Басси Х., Дэвис Р.В., Дюжон Б., Фельдманн Х. и др. (октябрь 1996 г.). «Жизнь с 6000 генами». Наука . 274 (5287): 546, 563–7. Бибкод : 1996Sci...274..546G . дои : 10.1126/science.274.5287.546 . ПМИД   8849441 . S2CID   16763139 .
  32. ^ Консорциум по секвенированию C. Elegans (декабрь 1998 г.). «Последовательность генома нематоды C. elegans: платформа для изучения биологии». Наука . 282 (5396): 2012–8. Бибкод : 1998Наука...282.2012. . дои : 10.1126/science.282.5396.2012 . ПМИД   9851916 .
  33. ^ Адамс М.Д., Селникер С.Е., Холт Р.А., Эванс К.А., Гокейн Дж.Д., Аманатидес П.Г. и др. (март 2000 г.). «Последовательность генома Drosophila melanogaster». Наука . 287 (5461): 2185–95. Бибкод : 2000Sci...287.2185. . дои : 10.1126/science.287.5461.2185 . ПМИД   10731132 .
  34. ^ Инициатива по геному арабидопсиса; и др. (Инициатива по геному арабидопсиса) (декабрь 2000 г.). «Анализ последовательности генома цветкового растения Arabidopsis thaliana» . Природа . 408 (6814): 796–815. Бибкод : 2000Natur.408..796T . дои : 10.1038/35048692 . ПМИД   11130711 .
  35. ^ Уотерстон Р.Х., Линдблад-Тох К., Бирни Э., Роджерс Дж., Абриль Дж.Ф., Агарвал П. и др. (Консорциум по секвенированию генома мыши) (декабрь 2002 г.). «Первичное секвенирование и сравнительный анализ генома мыши» . Природа . 420 (6915): 520–62. Бибкод : 2002Natur.420..520W . дои : 10.1038/nature01262 . PMID   12466850 .
  36. ^ Международный консорциум по секвенированию генома человека (октябрь 2004 г.). «Завершение эухроматической последовательности генома человека» . Природа . 431 (7011): 931–45. Бибкод : 2004Natur.431..931H . дои : 10.1038/nature03001 . ПМИД   15496913 .
  37. ^ Бернштейн Б.Е., Лю К.Л., Хамфри Э.Л., Перлштейн Э.О., Шрайбер С.Л. (август 2004 г.). «Глобальная заселенность нуклеосом в дрожжах» . Геномная биология . 5 (9): С62. дои : 10.1186/gb-2004-5-9-r62 . ПМЦ   522869 . ПМИД   15345046 .
  38. ^ Юань Г.К., Лю Ю.Дж., Дион М.Ф., Слэк М.Д., Ву Л.Ф., Альтшулер С.Дж., Рандо О.Дж. (июль 2005 г.). «Идентификация положений нуклеосом в масштабе генома у S. cerevisiae» . Наука . 309 (5734): 626–630. Бибкод : 2005Sci...309..626Y . дои : 10.1126/science.1112178 . ПМИД   15961632 . S2CID   43625066 .
  39. ^ Ли В., Тилло Д., Брэй Н., Морс Р.Х., Дэвис Р.В., Хьюз Т.Р., Нислоу С. (октябрь 2007 г.). «Атлас занятости нуклеосом в дрожжах в высоком разрешении». Природная генетика . 39 (10): 1235–44. дои : 10.1038/ng2117 . ПМИД   17873876 . S2CID   12816925 .
  40. ^ Озсолак Ф., Сонг Дж.С., Лю К.С., Фишер Д.Е. (февраль 2007 г.). «Высокопроизводительное картирование структуры хроматина промоторов человека». Природная биотехнология . 25 (2): 244–8. дои : 10.1038/nbt1279 . ПМИД   17220878 . S2CID   365969 .
  41. ^ Деннис Дж.Х., Фан Х.И., Рейнольдс С.М., Юань Дж., Мелдрим Дж.К., Рихтер Дж.Д. и др. (июнь 2007 г.). «Независимые и дополняющие друг друга методы крупномасштабного структурного анализа хроматина млекопитающих» . Геномные исследования . 17 (6): 928–39. дои : 10.1101/гр.5636607 . ЧВК   1891351 . ПМИД   17568008 .
  42. ^ Чжао Х, Чжан В, Чжан Т, Линь Ю, Ху Ю, Фан С, Цзян Дж (февраль 2020 г.). «Полногеномный анализ гиперчувствительности к МНАзе выявляет отдельные классы открытого хроматина, связанные с H3K27me3 и метилированием ДНК у Arabidopsis thaliana» . Геномная биология . 21 (1): 24. дои : 10.1186/s13059-020-1927-5 . ПМК   6996174 . ПМИД   32014062 .
  43. ^ Харгривз, округ Колумбия, Крэбтри, Греция (март 2011 г.). «АТФ-зависимое ремоделирование хроматина: генетика, геномика и механизмы» . Клеточные исследования . 21 (3): 396–420. дои : 10.1038/cr.2011.32 . ПМК   3110148 . ПМИД   21358755 .
  44. ^ Мечковски Дж., Кук А., Боуман С.К., Мюллер Б., Алвер Б.Х., Кунду С. и др. (май 2016 г.). «Титрование MNase выявляет различия между заполненностью нуклеосом и доступностью хроматина» . Природные коммуникации . 7 : 11485. Бибкод : 2016NatCo...711485M . дои : 10.1038/ncomms11485 . ПМЦ   4859066 . ПМИД   27151365 .
  45. ^ Jump up to: а б Хайнер С.Дж., Фаццио Т.Г. (октябрь 2015 г.). «Регуляция нуклеосомной архитектуры и связывания факторов, выявленная с помощью нуклеазного следа генома ЭСК» . Отчеты по ячейкам . 13 (1): 61–69. дои : 10.1016/j.celrep.2015.08.071 . ПМК   4598306 . ПМИД   26411677 .
  46. ^ Лю Л., Ли Й., Ли С., Ху Н., Хэ Й., Понг Р. и др. (январь 2012 г.). «Сравнение систем секвенирования нового поколения» . Журнал биомедицины и биотехнологии . 2012 : 251364. дои : 10.1155/2012/251364 . ПМЦ   3398667 . ПМИД   22829749 .
  47. ^ Хеникофф С. (январь 2008 г.). «Нуклеосомная дестабилизация в эпигенетической регуляции экспрессии генов». Обзоры природы. Генетика . 9 (1): 15–26. дои : 10.1038/nrg2206 . ПМИД   18059368 . S2CID   24413271 .
  48. ^ Эркан С., Карроцца М.Дж., Уоркман Дж.Л. (сентябрь 2004 г.). «Глобальное распределение нуклеосом и регуляция транскрипции у дрожжей» . Геномная биология . 5 (10): 243. doi : 10.1186/gb-2004-5-10-243 . ПМЦ   545588 . ПМИД   15461807 .
  49. ^ Гутин Дж., Саде Р., Боденхаймер Н., Джозеф-Штраус Д., Кляйн-Брилл А., Аладжем А. и др. (март 2018 г.). «Картирование с высоким разрешением связывания TF и ​​взаимодействий хроматина» . Отчеты по ячейкам . 22 (10): 2797–2807. дои : 10.1016/j.celrep.2018.02.052 . ПМК   5863041 . ПМИД   29514105 .
  50. ^ Jump up to: а б с д Скин П.Дж., Хеникофф С. (июнь 2015 г.). «Простой метод создания карт полногеномного связывания белков с высоким разрешением» . электронная жизнь . 4 : e09225. doi : 10.7554/eLife.09225 . ПМЦ   4480131 . ПМИД   26079792 .
  51. ^ Jump up to: а б с д и ж г Лай Б., Гао В., Цуй К., Се В., Тан Ц., Цзинь В. и др. (октябрь 2018 г.). «Принципы организации нуклеосом, выявленные с помощью секвенирования одноклеточных микрококковых нуклеаз» . Природа . 562 (7726): 281–285. Бибкод : 2018Natur.562..281L . дои : 10.1038/s41586-018-0567-3 . ПМЦ   8353605 . ПМИД   30258225 . S2CID   52841785 .
  52. ^ Jump up to: а б с Цомпана М., Бак М.Дж. (ноябрь 2014 г.). «Доступность хроматина: окно в геном» . Эпигенетика и хроматин . 7 (1): 33. дои : 10.1186/1756-8935-7-33 . ПМК   4253006 . ПМИД   25473421 .
  53. ^ Пак Пи Джей (октябрь 2009 г.). «ЧИП-сек: преимущества и проблемы развивающейся технологии» . Обзоры природы. Генетика . 10 (10): 669–80. дои : 10.1038/nrg2641 . ПМК   3191340 . ПМИД   19736561 .
  54. ^ Бойл А.П., Дэвис С., Шульха Х.П., Мельцер П., Маргулис Э.Х., Венг З. и др. (январь 2008 г.). «Картирование высокого разрешения и характеристика открытого хроматина по всему геному» . Клетка . 132 (2): 311–22. дои : 10.1016/j.cell.2007.12.014 . ПМЦ   2669738 . ПМИД   18243105 .
  55. ^ Jump up to: а б Хэ Х.Х., Мейер К.А., Ху С.С., Чен М.В., Занг С., Лю Ю и др. (январь 2014 г.). «Усовершенствованный протокол DNase-seq и анализ данных выявили внутреннюю предвзятость в идентификации следов транскрипционных факторов» . Природные методы . 11 (1): 73–78. дои : 10.1038/nmeth.2762 . ПМК   4018771 . ПМИД   24317252 .
  56. ^ Jump up to: а б с Купер Дж., Дин Ю., Сонг Дж., Чжао К. (ноябрь 2017 г.). «Полногеномное картирование сверхчувствительных участков ДНКазы I в популяциях редких клеток с использованием одноклеточного секвенирования ДНКазы» . Протоколы природы . 12 (11): 2342–2354. дои : 10.1038/нпрот.2017.099 . ПМЦ   11005227 . ПМИД   29022941 . S2CID   7993995 .
  57. ^ Турман Р.Э., Райнс Э., Гумберт Р., Виерстра Дж., Маурано М.Т., Хауген Э. и др. (сентябрь 2012 г.). «Доступный хроматиновый ландшафт человеческого генома» . Природа . 489 (7414): 75–82. Бибкод : 2012Natur.489...75T . дои : 10.1038/nature11232 . ПМЦ   2828505 . ПМИД   22955617 .
  58. ^ Голтон К.Дж., Наммо Т., Паскуали Л., Саймон Дж.М., Гиреси П.Г., Фогарти М.П. и др. (март 2010 г.). «Карта открытого хроматина островков поджелудочной железы человека» . Природная генетика . 42 (3): 255–9. дои : 10.1038/ng.530 . ПМЦ   2828505 . ПМИД   20118932 .
  59. ^ Саймон Дж.М., Гирези П.Г., Дэвис И.Дж., Либ Дж.Д. (январь 2012 г.). «Использование выделения регуляторных элементов с помощью формальдегида (FAIRE) для выделения активной регуляторной ДНК» . Протоколы природы . 7 (2): 256–67. дои : 10.1038/nprot.2011.444 . ПМЦ   3784247 . ПМИД   22262007 .
  60. ^ Корсес М.Р., Буэнростро Дж.Д., Ву Б., Гринсайд П.Г., Чан С.М., Кениг Дж.Л. и др. (октябрь 2016 г.). «Доступность хроматина, специфичного для линии и отдельных клеток, отображает кроветворение человека и эволюцию лейкемии» . Природная генетика . 48 (10): 1193–203. дои : 10.1038/ng.3646 . ПМК   5042844 . ПМИД   27526324 .
  61. ^ Буэнростро Дж.Д., Ву Б., Литценбургер У.М., Рафф Д., Гонсалес М.Л., Снайдер М.П. и др. (июль 2015 г.). «Доступность одноклеточного хроматина раскрывает принципы регуляторных вариаций» . Природа . 523 (7561): 486–90. Бибкод : 2015Natur.523..486B . дои : 10.1038/nature14590 . ПМЦ   4685948 . ПМИД   26083756 .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=MNase-seq&oldid=1224015866"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 9ec2310a70c71bc6c25851a2367a47e7__1715789400
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/9e/e7/9ec2310a70c71bc6c25851a2367a47e7.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
MNase-seq - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)