MNase-seq

-seq , сокращение от микрококкового MNase нуклеазного расщепления глубоким с секвенированием , [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] это молекулярно-биологический метод, который был впервые использован в 2006 году для измерения занятости нуклеосом в геноме C. elegans . [ 1 ] и впоследствии был применен к геному человека в 2008 году. [ 2 ] Однако термин «MNase-seq» был придуман лишь год спустя, в 2009 году. [ 3 ] Вкратце, этот метод основан на использовании неспецифической эндоэкзонуклеазы , фермента микрококковой нуклеазы , полученного из бактерий Staphylococcus aureus , для связывания и расщепления несвязанных с белком участков ДНК на хроматине . ДНК, связанная с гистонами или другими белками, связанными с хроматином (например, факторами транскрипции ), может оставаться непереваренной. Неразрезанную ДНК затем очищают от белков и секвенируют с помощью одного или нескольких различных методов секвенирования следующего поколения . [ 5 ]
MNase-seq — один из четырех классов методов, используемых для оценки состояния эпигенома посредством анализа доступности хроматина. Остальные три метода — это DNase-seq , FAIRE-seq и ATAC-seq . [ 4 ] Хотя MNase-seq в основном используется для секвенирования областей ДНК, связанных с гистонами или другими белками, связанными с хроматином, [ 2 ] остальные три обычно используются для: картирования сайтов гиперчувствительности к дезоксирибонуклеазе I (DHS) , [ 6 ] секвенирование ДНК, несвязанной белками хроматина, [ 7 ] или секвенирование областей свободно упакованного хроматина посредством транспозиции маркеров, [ 8 ] [ 9 ] соответственно. [ 4 ]
История
[ редактировать ]Микрококковая нуклеаза (MNase) была впервые обнаружена у S. aureus в 1956 году. [ 10 ] белок кристаллизовался в 1966 году, [ 11 ] и охарактеризован в 1967 г. [ 12 ] Расщепление хроматина МНАзой было ключом к ранним исследованиям структуры хроматина; использовался для определения того, что каждая нуклеосомная единица хроматина состоит примерно из 200 пар оснований ДНК. [ 13 ] Это, наряду с моделью Олинса и Олинса «бусы на нитке» , [ 14 ] подтвердили представления Корнберга об основной структуре хроматина. [ 15 ] В ходе дополнительных исследований было обнаружено, что MNase не может разрушать связанную с гистонами ДНК длиной менее ~ 140 пар оснований, а ДНКаза I и II могут разрушать связанную ДНК до длины всего 10 bp. [ 16 ] [ 17 ] В конечном итоге это объяснило, что около 146 пар оснований ДНК обволакивают ядро нуклеосомы. [ 18 ] длиной ~50 п.н. Линкерная ДНК соединяет каждую нуклеосому, [ 19 ] и что 10 непрерывных пар оснований ДНК через определенные промежутки времени прочно связываются с ядром нуклеосомы. [ 17 ]
Помимо изучения структуры хроматина, расщепление микрококковой нуклеазой использовалось в экспериментах по секвенированию олигонуклеотидов с момента его характеристики в 1967 году. [ 20 ] Расщепление МНАзой дополнительно использовалось в нескольких исследованиях для анализа бесхроматиновых последовательностей, таких как дрожжей ( Saccharomyces cerevisiae ). митохондриальная ДНК [ 21 ] а также бактериофага ДНК [ 22 ] [ 23 ] за счет преимущественного переваривания областей, богатых аденином и тимином . [ 24 ] В начале 1980-х годов расщепление MNase использовалось для определения нуклеосомной фазировки и связанной с ней ДНК хромосом зрелого SV40 . [ 25 ] плодовые мушки ( Drosophila melanogaster ) , [ 26 ] дрожжи, [ 27 ] и обезьяны, [ 28 ] среди других. Первое исследование, в котором использовалось это расщепление для изучения значимости доступности хроматина для экспрессии генов у людей, было проведено в 1985 году. В этом исследовании нуклеаза использовалась для обнаружения ассоциации определенных онкогенных последовательностей с хроматином и ядерными белками. [ 29 ] Исследования, использующие расщепление MNase для определения положения нуклеосом без секвенирования или информации о массиве, продолжались и в начале 2000-х годов. [ 30 ]
С появлением полногеномного секвенирования в конце 1990-х и начале 2000-х годов стало возможным сравнивать очищенные последовательности ДНК с эукариотическим геномом S. cerevisiae. [ 31 ] Ценорхабдитис элегантный , [ 32 ] Д. меланогастер, [ 33 ] арабидопсис Талиана , [ 34 ] Mus musculusмышь [ 35 ] и Homo sapiens . [ 36 ] Расщепление МНАзой впервые было применено для полногеномных исследований занятости нуклеосом у S. cerevisiae. [ 37 ] сопровождался анализом с помощью микрочипов для определения того, какие области ДНК были обогащены нуклеосомами, устойчивыми к MNase. Анализы на микрочипах на основе MNase часто использовались в масштабах всего генома для дрожжевых клеток. [ 38 ] [ 39 ] и в ограниченных геномных регионах человека [ 40 ] [ 41 ] для определения положения нуклеосомы, что можно использовать в качестве вывода для инактивации транскрипции .
В 2006 году секвенирование следующего поколения было впервые объединено с расщеплением MNase для изучения положения нуклеосом и предпочтений последовательности ДНК у C. elegans, . [ 1 ] Это был первый пример MNase-seq в любом организме.
Лишь в 2008 году, примерно в то время, когда секвенирование следующего поколения стало более широко доступным, расщепление MNase было объединено с высокопроизводительным секвенированием, а именно секвенированием Solexa/Illumina , для изучения нуклеосомного позиционирования в полногеномном масштабе у людей. [ 2 ] Год спустя были наконец придуманы термины «MNase-Seq» и «MNase-ChIP», обозначающие расщепление микрококковой нуклеазой с иммунопреципитацией хроматина . [ 3 ] С момента своего первого применения в 2006 г. [ 1 ] MNase-seq использовался для глубокого секвенирования ДНК, связанной с заселенностью нуклеосом и эпигеномикой эукариот. [ 5 ] По состоянию на февраль 2020 года MNase-seq все еще применяется для анализа доступности хроматина. [ 42 ]
Описание
[ редактировать ]Хроматин динамичен, и положение нуклеосом на ДНК меняется под действием различных факторов транскрипции и комплексов ремоделирования , примерно отражая транскрипционную активность в этих сайтах. ДНК, обернутая вокруг нуклеосом, обычно недоступна для факторов транскрипции. [ 43 ] Следовательно, MNase-seq можно использовать для косвенного определения того, какие области ДНК недоступны для транскрипции, путем прямого определения того, какие области связаны с нуклеосомами. [ 5 ]
В типичном эксперименте MNase-seq ядра эукариотических клеток сначала выделяют из интересующей ткани. Затем MNase-seq использует эндо-экзонуклеазу микрококковой нуклеазы для связывания и расщепления несвязанных с белком участков ДНК эукариотического хроматина, сначала расщепляя и резецируя одну цепь, а затем расщепляя также и антипараллельную цепь. [ 3 ] Хроматин может быть сшит формальдегидом . необязательно [ 44 ] MNase требует Ca 2+ в качестве кофактора , обычно с конечной концентрацией 1 мМ. [ 5 ] [ 12 ] Если область ДНК связана с ядром нуклеосомы (т.е. гистонами ) или другими белками, связанными с хроматином (например, факторами транскрипции), то MNase не может связывать и расщеплять ДНК. Нуклеосомы или комплексы ДНК-белок можно очистить из образца, а связанную ДНК можно впоследствии очистить с помощью гель-электрофореза и экстракции . Очищенная ДНК обычно имеет размер ~150 п.н., если она очищена от нуклеосом. [ 2 ] или короче, если из другого белка (например, факторов транскрипции). [ 45 ] Это делает высокопроизводительное секвенирование с коротким считыванием идеальным для MNase-seq, поскольку считывания для этих технологий очень точны, но могут охватывать только пару сотен непрерывных пар оснований в длину. [ 46 ] После секвенирования чтения можно сопоставить с эталонным геномом, чтобы определить, какие области ДНК связаны интересующими нуклеосомами или белками, с помощью таких инструментов, как Bowtie . [ 4 ] Позиционирование нуклеосом, выявленное с помощью MNase-seq, затем можно использовать для прогнозирования геномной экспрессии. [ 47 ] и регулирование [ 48 ] в момент пищеварения.
Расширенные методы
[ редактировать ]
MNase-ChIP/ CUT&RUN Секвенирование
[ редактировать ]Недавно MNase-seq также был использован для определения того, где факторы транскрипции связываются с ДНК. [ 49 ] [ 50 ] Классический ChIP-seq демонстрирует проблемы с качеством разрешения, строгостью экспериментального протокола и фрагментацией ДНК . [ 50 ] Классический ChIP-seq обычно использует обработку ультразвуком для фрагментации хроматина , что смещает гетерохроматические области из-за конденсированного и прочного связывания областей хроматина друг с другом. [ 50 ] В отличие от гистонов , факторы транскрипции лишь временно связывают ДНК. Другие методы, такие как обработка ультразвуком в ChIP-seq, требующие использования повышенных температур и моющих средств, могут привести к потере фактора. Секвенирование CUT&RUN на основе MNase — это новая форма иммунопреципитации . Вкратце, он использует MNase, помеченную антителом, для специфического связывания ДНК-связанных белков, которые представляют эпитоп , распознаваемый этим антителом. Затем пищеварение происходит конкретно в регионах, окружающих этот транскрипционный фактор, что позволяет этому комплексу диффундировать из ядра и быть полученным, не беспокоясь о значительном фоне или осложнениях обработки ультразвуком. Использование этой техники не требует высоких температур или высоких концентраций моющего средства. Кроме того, MNase улучшает переваривание хроматина благодаря своей экзонуклеазной и эндонуклеазной активности. Клетки лизируют в растворе SDS / Triton X-100 . Затем добавляется комплекс MNase-антитело. И, наконец, можно выделить комплекс белок-ДНК, после чего ДНК очистить и секвенированный . Полученный растворимый экстракт содержит 25-кратное обогащение фрагментами размером менее 50 пар оснований. Такое повышенное обогащение приводит к получению экономически эффективных данных с высоким разрешением. [ 50 ]
Одноклеточный MNase-seq
[ редактировать ]Секвенирование одноклеточной микрококковой нуклеазы (scMNase-seq) — это новый метод, который используется для анализа положения нуклеосом и вывода о доступности хроматина с использованием только входных данных одной клетки. [ 51 ] Сначала клетки сортируют на отдельные аликвоты с использованием сортировки клеток, активируемой флуоресценцией (FACS) . [ 51 ] Затем клетки лизируют и расщепляют микрококковой нуклеазой. Выделенную ДНК подвергают ПЦР- амплификации, а затем выделяют и анализируют нужную последовательность. [ 51 ] Использование MNase в анализах отдельных клеток приводит к более эффективному обнаружению таких областей, как сайты гиперчувствительности к ДНКазе I, а также сайты связывания транскрипционных факторов. [ 51 ]
Сравнение с другими анализами доступности хроматина
[ редактировать ]
MNase-seq — один из четырех основных методов ( DNase-seq , MNase-seq, FAIRE-seq и ATAC-seq ) для более прямого определения доступности хроматина и последующих последствий для экспрессии генов . [ 52 ] Все четыре метода противопоставляются ChIP-seq , который основан на выводе о том, что определенные метки на хвостах гистонов указывают на активацию или репрессию гена. [ 53 ] не оценивает напрямую положение нуклеосомы, но вместо этого является ценным для оценки ферментативной функции модификатора гистонов. [ 4 ]
Как и в случае с MNase-seq, [ 2 ] DNase-seq была разработана путем объединения существующей ДНК-эндонуклеазы. [ 6 ] с технологией секвенирования следующего поколения для анализа доступности хроматина. [ 54 ] Оба метода использовались на нескольких эукариотах для получения информации о положении нуклеосом в соответствующих организмах. [ 4 ] и оба основаны на одном и том же принципе расщепления открытой ДНК для выделения полос ДНК размером ~ 140 п.н. из нуклеосом. [ 2 ] [ 55 ] или более короткие полосы при получении информации о факторе транскрипции. [ 45 ] [ 55 ] Оба метода недавно были оптимизированы для секвенирования отдельных клеток, что устраняет один из основных недостатков обоих методов; это требование к высокому входу ячейки. [ 56 ] [ 51 ]
В достаточных концентрациях ДНКаза I способна переваривать связанную с нуклеосомой ДНК до 10 п.о., тогда как микрококковая нуклеаза не может. [ 17 ] Кроме того, DNase-seq используется для идентификации DHS, которые представляют собой области ДНК, которые сверхчувствительны к обработке ДНКазой и часто указывают на наличие регуляторных областей (например, промоторов или энхансеров ). [ 57 ] Эквивалентный эффект не обнаружен при использовании MNase. В результате этого различия DNase-seq в первую очередь используется для прямой идентификации регуляторных областей, тогда как MNase-seq используется для идентификации фактора транскрипции и занятости нуклеосом, чтобы косвенно сделать вывод о влиянии на экспрессию генов. [ 4 ]
FAIRE-seq больше отличается от MNase-seq, чем от DNase-seq. [ 4 ] FAIRE-seq был разработан в 2007 году. [ 7 ] и три года спустя в сочетании с секвенированием следующего поколения для изучения DHS. [ 58 ] FAIRE-seq основан на использовании формальдегида для сшивания целевых белков с ДНК, а затем на последующей обработке ультразвуком и экстракции фенолом-хлороформом для разделения несшитой ДНК и сшитой ДНК. Несшитая ДНК секвенируется и анализируется, что позволяет непосредственно наблюдать открытый хроматин. [ 59 ]
MNase-seq не измеряет доступность хроматина так же напрямую, как FAIRE-seq. Однако, в отличие от FAIRE-seq, он не обязательно требует сшивания. [ 5 ] и при этом он не полагается на ультразвуковую обработку, [ 4 ] но может потребоваться экстракция фенолом и хлороформом . [ 5 ] Двумя основными недостатками FAIRE-seq по сравнению с тремя другими классами являются минимально необходимый ввод в размере 100 000 клеток и зависимость от сшивания. [ 7 ] Сшивка может связывать другие белки, связанные с хроматином, которые временно взаимодействуют с ДНК, тем самым ограничивая количество несшитой ДНК, которую можно выделить и проанализировать из водной фазы. [ 52 ] Таким образом, общее разрешение, полученное с помощью FAIRE-seq, может быть относительно ниже, чем у DNase-seq или MNase-seq. [ 52 ] и с учетом требования в 100 000 ячеек, [ 7 ] одноклеточные эквиваленты DNase-seq [ 56 ] или MNase-seq [ 51 ] сделать их гораздо более привлекательной альтернативой. [ 4 ]
ATAC-seq — это новейший класс анализов доступности хроматина. [ 8 ] ATAC-seq использует гиперактивную транспозазу для вставки мобильных маркеров со специальными адаптерами, способными связывать праймеры для секвенирования, в открытые области хроматина. Затем ПЦР можно использовать для амплификации последовательностей, соседних со вставленными транспозонами, что позволяет определять открытые последовательности хроматина, не вызывая сдвига в структуре хроматина. [ 8 ] [ 9 ] ATAC-seq доказал свою эффективность на людях, среди других эукариот, в том числе в замороженных образцах. [ 60 ] Как и в случае с ДНКазой-seq [ 56 ] и MNase-seq, [ 51 ] также была разработана успешная одноячеечная версия ATAC-seq. [ 61 ]
ATAC-seq имеет несколько преимуществ перед MNase-seq при оценке доступности хроматина. ATAC-seq не основан на вариабельном расщеплении микрококковой нуклеазой, а также на сшивании или фенол-хлороформной экстракции. [ 5 ] [ 9 ] Обычно он сохраняет структуру хроматина, поэтому результаты ATAC-seq можно использовать для прямой оценки доступности хроматина, а не косвенно с помощью MNase-seq. ATAC-seq также может быть завершен в течение нескольких часов. [ 9 ] тогда как другие три метода обычно требуют инкубационного периода в течение ночи. [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] Двумя основными недостатками ATAC-seq по сравнению с MNase-seq являются необходимость более высокого охвата секвенирования и распространенность митохондриального загрязнения из-за неспецифической вставки ДНК как в митохондриальную ДНК, так и в ядерную ДНК. [ 8 ] [ 9 ] Несмотря на эти незначительные недостатки, использование ATAC-seq вместо альтернатив становится все более распространенным. [ 4 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д Джонсон С.М., Тан Ф.Дж., Маккалоу Х.Л., Риордан Д.П., Fire AZ (декабрь 2006 г.). «Гибкость и ограничения в ядерном ландшафте нуклеосом хроматина Caenorhabditis elegans» . Геномные исследования . 16 (12): 1505–16. дои : 10.1101/гр.5560806 . ПМЦ 1665634 . ПМИД 17038564 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г Шонес Д.Э., Цуй К., Каддапа С., Ро Т.И., Барски А., Ван З. и др. (март 2008 г.). «Динамическая регуляция положения нуклеосом в геноме человека» . Клетка . 132 (5): 887–98. дои : 10.1016/j.cell.2008.02.022 . ПМЦ 10894452 . ПМИД 18329373 . S2CID 13320420 .
- ^ Jump up to: а б с д Куан П.Ф., Хьюберт Д., Гаш А., Келес С. (январь 2009 г.). «Неоднородная модель скрытого состояния на различиях первого порядка для автоматического определения положений нуклеосом» . Статистические приложения в генетике и молекулярной биологии . 8 (1): Статья 29. дои : 10.2202/1544-6115.1454 . ПМЦ 2861327 . ПМИД 19572828 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к Кляйн, округ Колумбия, Хайнер С.Дж. (ноябрь 2019 г.). «Геномные методы определения профиля доступности ДНК и локализации факторов» . Хромосомные исследования . 28 (1): 69–85. дои : 10.1007/s10577-019-09619-9 . ПМЦ 7125251 . ПМИД 31776829 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час Цуй К., Чжао К. (январь 2012 г.). «Общегеномные подходы к определению занятости нуклеосом у многоклеточных животных с использованием MNase-Seq». Ремоделирование хроматина . Методы молекулярной биологии. Том. 833. стр. 413–9. дои : 10.1007/978-1-61779-477-3_24 . ISBN 978-1-61779-476-6 . ПМК 3541821 . ПМИД 22183607 .
- ^ Jump up to: а б с Гиреси П.Г., Ким Дж., МакДэниелл Р.М., Айер В.Р., Либ Дж.Д. (июнь 2007 г.). «FAIRE (выделение регуляторных элементов с помощью формальдегида) изолирует активные регуляторные элементы из хроматина человека» . Геномные исследования . 17 (6): 877–85. дои : 10.1101/гр.5533506 . ПМЦ 3959825 . ПМИД 17179217 .
- ^ Jump up to: а б с д и Гиреси П.Г., Ким Дж., МакДэниелл Р.М., Айер В.Р., Либ Дж.Д. (июнь 2007 г.). «FAIRE (выделение регуляторных элементов с помощью формальдегида) изолирует активные регуляторные элементы из хроматина человека» . Геномные исследования . 17 (6): 877–85. дои : 10.1101/гр.5533506 . ЧВК 1891346 . ПМИД 17179217 .
- ^ Jump up to: а б с д Буэнростро Дж.Д., Гиреси П.Г., Заба Л.К., Чанг ХИ, Гринлиф У.Дж. (декабрь 2013 г.). «Транспозиция нативного хроматина для быстрого и чувствительного эпигеномного профилирования открытого хроматина, ДНК-связывающих белков и положения нуклеосомы» . Природные методы . 10 (12): 1213–8. дои : 10.1038/nmeth.2688 . ПМЦ 3959825 . ПМИД 24097267 .
- ^ Jump up to: а б с д и Буэнростро Дж.Д., Ву Б., Чанг Х.И., Гринлиф У.Дж. (январь 2015 г.). «ATAC-seq: метод анализа доступности хроматина по всему геному» . Современные протоколы молекулярной биологии . 109 : 21.29.1–21.29.9. дои : 10.1002/0471142727.mb2129s109 . ПМЦ 4374986 . ПМИД 25559105 .
- ^ Каннингем Л., Кэтлин Б.В., Де Гариль, член парламента (сентябрь 1956 г.). «Дезоксирибонуклеаза Micrococcus pyogenes». Журнал Американского химического общества . 78 (18): 4642–4645. дои : 10.1021/ja01599a031 .
- ^ Коттон Ф.А., Хейзен Э.Э., Ричардсон, округ Колумбия (октябрь 1966 г.). «Кристаллическая внеклеточная нуклеаза золотистого стафилококка» . Журнал биологической химии . 241 (19): 4389–90. дои : 10.1016/S0021-9258(18)99732-2 . ПМИД 5922963 .
- ^ Jump up to: а б Хейнс Дж. Н., Суриано Дж. Р., Таниучи Х., Анфинсен CB (март 1967 г.). «Характеристика нуклеазы, продуцируемой Staphylococcus aureus» . Журнал биологической химии . 242 (5): 1016–20. дои : 10.1016/S0021-9258(18)96225-3 . ПМИД 6020427 .
- ^ Нолл М. (сентябрь 1974 г.). «Субъединичная структура хроматина». Природа . 251 (5472): 249–51. Бибкод : 1974Natur.251..249N . дои : 10.1038/251249a0 . ПМИД 4422492 . S2CID 637383 .
- ^ Олинс А.Л., Олинс Д.Э. (январь 1974 г.). «Единицы сфероидного хроматина (v тельца)». Наука . 183 (4122): 330–2. Бибкод : 1974Sci...183..330O . дои : 10.1126/science.183.4122.330 . ПМИД 4128918 . S2CID 83480762 .
- ^ Корнберг Р.Д. (май 1974 г.). «Структура хроматина: повторяющаяся единица гистонов и ДНК». Наука . 184 (4139): 868–71. Бибкод : 1974Sci...184..868K . дои : 10.1126/science.184.4139.868 . ПМИД 4825889 .
- ^ Кейхлайн Л.Д., Вилли К.А., Вассарман П.М. (февраль 1976 г.). «Структура эукариотического хроматина. Оценка периодичности с помощью эндогенных и экзогенных нуклеаз». Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Нуклеиновые кислоты и синтез белка . 425 (1): 84–94. дои : 10.1016/0005-2787(76)90218-5 . ПМИД 1247619 .
- ^ Jump up to: а б с Дюрксен Дж. Д., Коннор К. В. (апрель 1978 г.). «Периодичность и размер фрагментов ДНК из хроматина TLT гепатомы мыши и фракций хроматина с использованием эндогенных и экзогенных нуклеаз». Молекулярная и клеточная биохимия . 19 (2): 93–112. дои : 10.1007/bf00232599 . ПМИД 206820 . S2CID 9230112 .
- ^ Корнберг Р.Д., Лорх Ю. (август 1999 г.). «Двадцать пять лет нуклеосомы, фундаментальной частицы хромосомы эукариот» . Клетка . 98 (3): 285–94. дои : 10.1016/s0092-8674(00)81958-3 . ПМИД 10458604 . S2CID 14039910 .
- ^ Уитлок Дж. П., Симпсон RT (июль 1976 г.). «Удаление гистона H1 обнажает сегмент ДНК из пятидесяти пар оснований между нуклеосомами». Биохимия . 15 (15): 3307–14. дои : 10.1021/bi00660a022 . ПМИД 952859 .
- ^ Фельдманн Х (июль 1967 г.). «[Анализ последовательности олиогонуклеотидов с помощью микрококковой нуклеазы]» . Европейский журнал биохимии . 2 (1): 102–5. дои : 10.1111/j.1432-1033.1967.tb00113.x . ПМИД 6079759 .
- ^ Прунелл А., Бернарди Дж. (июль 1974 г.). «Митохондриальный геном дрожжевых клеток дикого типа. IV. Гены и спейсеры». Журнал молекулярной биологии . 86 (4): 825–41. дои : 10.1016/0022-2836(74)90356-8 . ПМИД 4610147 .
- ^ Баррелл Б.Г., Вейт Х.Л., Донельсон Дж.Э., Робертсон Х.Д. (март 1975 г.). «Анализ последовательности фрагмента ДНК бактериофазы phiX174, защищенного рибосомой, содержащего сайт инициации гена G». Журнал молекулярной биологии . 92 (3): 377–93. дои : 10.1016/0022-2836(75)90287-9 . ПМИД 1095758 .
- ^ Бамбара Р., Ву Р (июнь 1975 г.). «Анализ последовательности ДНК. Концевые последовательности бактериофага phi80» . Журнал биологической химии . 250 (12): 4607–18. дои : 10.1016/S0021-9258(19)41345-8 . ПМИД 166999 .
- ^ Вингерт Л., Фон Хиппель PH (март 1968 г.). «Конформационно-зависимый гидролиз ДНК микрококковой нуклеазой». Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Нуклеиновые кислоты и синтез белка . 157 (1): 114–26. дои : 10.1016/0005-2787(68)90270-0 . ПМИД 4296058 .
- ^ Хиваса Т., Сегава М., Ямагути Н., Ода К. (май 1981 г.). «Фазировка нуклеосом в хроматине SV40, восстановленном in vitro». Журнал биохимии . 89 (5): 1375–89. doi : 10.1093/oxfordjournals.jbchem.a133329 . ПМИД 6168635 .
- ^ Самал Б., Ворсель А., Луи К., Шедл П. (февраль 1981 г.). «Хроматиновая структура гистоновых генов D. melanogaster». Клетка . 23 (2): 401–9. дои : 10.1016/0092-8674(81)90135-5 . ПМИД 6258802 . S2CID 42138156 .
- ^ Лор Д.Е. (октябрь 1981 г.). «Детальный анализ нуклеосомной организации транскрибируемой ДНК в хроматине дрожжей». Биохимия . 20 (21): 5966–72. дои : 10.1021/bi00524a007 . ПМИД 6272832 .
- ^ Музыкальный PR, Браун Флорида, Майо Джей Джей (январь 1982 г.). «Фазировка нуклеосом и микрококковое нуклеазное расщепление альфа-ДНК компонента африканской зеленой мартышки» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 79 (1): 118–22. Бибкод : 1982ПНАС...79..118М . дои : 10.1073/pnas.79.1.118 . ПМЦ 345673 . ПМИД 6275381 .
- ^ Кэсид У.Н., Хаф С., Травес П., Дритчило А., Смулсон М. (апрель 1985 г.). «Ассоциация последовательностей c-Ha-ras человека с хроматином и ядерными белками». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 128 (1): 226–32. дои : 10.1016/0006-291x(85)91668-7 . ПМИД 3885946 .
- ^ Гориели С., Демонте Д., Низе С., Де Вит Д., Виллемс Ф., Гольдман М., Ван Линт С. (июнь 2003 г.). «Активация гена IL-12 (p35) человека включает селективное ремоделирование одной нуклеосомы в области промотора, содержащей критические сайты связывания Sp1». Кровь . 101 (12): 4894–902. дои : 10.1182/кровь-2002-09-2851 . ПМИД 12576336 .
- ^ Гоффо А., Баррелл Б.Г., Басси Х., Дэвис Р.В., Дюжон Б., Фельдманн Х. и др. (октябрь 1996 г.). «Жизнь с 6000 генами». Наука . 274 (5287): 546, 563–7. Бибкод : 1996Sci...274..546G . дои : 10.1126/science.274.5287.546 . ПМИД 8849441 . S2CID 16763139 .
- ^ Консорциум по секвенированию C. Elegans (декабрь 1998 г.). «Последовательность генома нематоды C. elegans: платформа для изучения биологии». Наука . 282 (5396): 2012–8. Бибкод : 1998Наука...282.2012. . дои : 10.1126/science.282.5396.2012 . ПМИД 9851916 .
- ^ Адамс М.Д., Селникер С.Е., Холт Р.А., Эванс К.А., Гокейн Дж.Д., Аманатидес П.Г. и др. (март 2000 г.). «Последовательность генома Drosophila melanogaster». Наука . 287 (5461): 2185–95. Бибкод : 2000Sci...287.2185. . дои : 10.1126/science.287.5461.2185 . ПМИД 10731132 .
- ^ Инициатива по геному арабидопсиса; и др. (Инициатива по геному арабидопсиса) (декабрь 2000 г.). «Анализ последовательности генома цветкового растения Arabidopsis thaliana» . Природа . 408 (6814): 796–815. Бибкод : 2000Natur.408..796T . дои : 10.1038/35048692 . ПМИД 11130711 .
- ^ Уотерстон Р.Х., Линдблад-Тох К., Бирни Э., Роджерс Дж., Абриль Дж.Ф., Агарвал П. и др. (Консорциум по секвенированию генома мыши) (декабрь 2002 г.). «Первичное секвенирование и сравнительный анализ генома мыши» . Природа . 420 (6915): 520–62. Бибкод : 2002Natur.420..520W . дои : 10.1038/nature01262 . PMID 12466850 .
- ^ Международный консорциум по секвенированию генома человека (октябрь 2004 г.). «Завершение эухроматической последовательности генома человека» . Природа . 431 (7011): 931–45. Бибкод : 2004Natur.431..931H . дои : 10.1038/nature03001 . ПМИД 15496913 .
- ^ Бернштейн Б.Е., Лю К.Л., Хамфри Э.Л., Перлштейн Э.О., Шрайбер С.Л. (август 2004 г.). «Глобальная заселенность нуклеосом в дрожжах» . Геномная биология . 5 (9): С62. дои : 10.1186/gb-2004-5-9-r62 . ПМЦ 522869 . ПМИД 15345046 .
- ^ Юань Г.К., Лю Ю.Дж., Дион М.Ф., Слэк М.Д., Ву Л.Ф., Альтшулер С.Дж., Рандо О.Дж. (июль 2005 г.). «Идентификация положений нуклеосом в масштабе генома у S. cerevisiae» . Наука . 309 (5734): 626–630. Бибкод : 2005Sci...309..626Y . дои : 10.1126/science.1112178 . ПМИД 15961632 . S2CID 43625066 .
- ^ Ли В., Тилло Д., Брэй Н., Морс Р.Х., Дэвис Р.В., Хьюз Т.Р., Нислоу С. (октябрь 2007 г.). «Атлас занятости нуклеосом в дрожжах в высоком разрешении». Природная генетика . 39 (10): 1235–44. дои : 10.1038/ng2117 . ПМИД 17873876 . S2CID 12816925 .
- ^ Озсолак Ф., Сонг Дж.С., Лю К.С., Фишер Д.Е. (февраль 2007 г.). «Высокопроизводительное картирование структуры хроматина промоторов человека». Природная биотехнология . 25 (2): 244–8. дои : 10.1038/nbt1279 . ПМИД 17220878 . S2CID 365969 .
- ^ Деннис Дж.Х., Фан Х.И., Рейнольдс С.М., Юань Дж., Мелдрим Дж.К., Рихтер Дж.Д. и др. (июнь 2007 г.). «Независимые и дополняющие друг друга методы крупномасштабного структурного анализа хроматина млекопитающих» . Геномные исследования . 17 (6): 928–39. дои : 10.1101/гр.5636607 . ЧВК 1891351 . ПМИД 17568008 .
- ^ Чжао Х, Чжан В, Чжан Т, Линь Ю, Ху Ю, Фан С, Цзян Дж (февраль 2020 г.). «Полногеномный анализ гиперчувствительности к МНАзе выявляет отдельные классы открытого хроматина, связанные с H3K27me3 и метилированием ДНК у Arabidopsis thaliana» . Геномная биология . 21 (1): 24. дои : 10.1186/s13059-020-1927-5 . ПМК 6996174 . ПМИД 32014062 .
- ^ Харгривз, округ Колумбия, Крэбтри, Греция (март 2011 г.). «АТФ-зависимое ремоделирование хроматина: генетика, геномика и механизмы» . Клеточные исследования . 21 (3): 396–420. дои : 10.1038/cr.2011.32 . ПМК 3110148 . ПМИД 21358755 .
- ^ Мечковски Дж., Кук А., Боуман С.К., Мюллер Б., Алвер Б.Х., Кунду С. и др. (май 2016 г.). «Титрование MNase выявляет различия между заполненностью нуклеосом и доступностью хроматина» . Природные коммуникации . 7 : 11485. Бибкод : 2016NatCo...711485M . дои : 10.1038/ncomms11485 . ПМЦ 4859066 . ПМИД 27151365 .
- ^ Jump up to: а б Хайнер С.Дж., Фаццио Т.Г. (октябрь 2015 г.). «Регуляция нуклеосомной архитектуры и связывания факторов, выявленная с помощью нуклеазного следа генома ЭСК» . Отчеты по ячейкам . 13 (1): 61–69. дои : 10.1016/j.celrep.2015.08.071 . ПМК 4598306 . ПМИД 26411677 .
- ^ Лю Л., Ли Й., Ли С., Ху Н., Хэ Й., Понг Р. и др. (январь 2012 г.). «Сравнение систем секвенирования нового поколения» . Журнал биомедицины и биотехнологии . 2012 : 251364. дои : 10.1155/2012/251364 . ПМЦ 3398667 . ПМИД 22829749 .
- ^ Хеникофф С. (январь 2008 г.). «Нуклеосомная дестабилизация в эпигенетической регуляции экспрессии генов». Обзоры природы. Генетика . 9 (1): 15–26. дои : 10.1038/nrg2206 . ПМИД 18059368 . S2CID 24413271 .
- ^ Эркан С., Карроцца М.Дж., Уоркман Дж.Л. (сентябрь 2004 г.). «Глобальное распределение нуклеосом и регуляция транскрипции у дрожжей» . Геномная биология . 5 (10): 243. doi : 10.1186/gb-2004-5-10-243 . ПМЦ 545588 . ПМИД 15461807 .
- ^ Гутин Дж., Саде Р., Боденхаймер Н., Джозеф-Штраус Д., Кляйн-Брилл А., Аладжем А. и др. (март 2018 г.). «Картирование с высоким разрешением связывания TF и взаимодействий хроматина» . Отчеты по ячейкам . 22 (10): 2797–2807. дои : 10.1016/j.celrep.2018.02.052 . ПМК 5863041 . ПМИД 29514105 .
- ^ Jump up to: а б с д Скин П.Дж., Хеникофф С. (июнь 2015 г.). «Простой метод создания карт полногеномного связывания белков с высоким разрешением» . электронная жизнь . 4 : e09225. doi : 10.7554/eLife.09225 . ПМЦ 4480131 . ПМИД 26079792 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г Лай Б., Гао В., Цуй К., Се В., Тан Ц., Цзинь В. и др. (октябрь 2018 г.). «Принципы организации нуклеосом, выявленные с помощью секвенирования одноклеточных микрококковых нуклеаз» . Природа . 562 (7726): 281–285. Бибкод : 2018Natur.562..281L . дои : 10.1038/s41586-018-0567-3 . ПМЦ 8353605 . ПМИД 30258225 . S2CID 52841785 .
- ^ Jump up to: а б с Цомпана М., Бак М.Дж. (ноябрь 2014 г.). «Доступность хроматина: окно в геном» . Эпигенетика и хроматин . 7 (1): 33. дои : 10.1186/1756-8935-7-33 . ПМК 4253006 . ПМИД 25473421 .
- ^ Пак Пи Джей (октябрь 2009 г.). «ЧИП-сек: преимущества и проблемы развивающейся технологии» . Обзоры природы. Генетика . 10 (10): 669–80. дои : 10.1038/nrg2641 . ПМК 3191340 . ПМИД 19736561 .
- ^ Бойл А.П., Дэвис С., Шульха Х.П., Мельцер П., Маргулис Э.Х., Венг З. и др. (январь 2008 г.). «Картирование высокого разрешения и характеристика открытого хроматина по всему геному» . Клетка . 132 (2): 311–22. дои : 10.1016/j.cell.2007.12.014 . ПМЦ 2669738 . ПМИД 18243105 .
- ^ Jump up to: а б Хэ Х.Х., Мейер К.А., Ху С.С., Чен М.В., Занг С., Лю Ю и др. (январь 2014 г.). «Усовершенствованный протокол DNase-seq и анализ данных выявили внутреннюю предвзятость в идентификации следов транскрипционных факторов» . Природные методы . 11 (1): 73–78. дои : 10.1038/nmeth.2762 . ПМК 4018771 . ПМИД 24317252 .
- ^ Jump up to: а б с Купер Дж., Дин Ю., Сонг Дж., Чжао К. (ноябрь 2017 г.). «Полногеномное картирование сверхчувствительных участков ДНКазы I в популяциях редких клеток с использованием одноклеточного секвенирования ДНКазы» . Протоколы природы . 12 (11): 2342–2354. дои : 10.1038/нпрот.2017.099 . ПМЦ 11005227 . ПМИД 29022941 . S2CID 7993995 .
- ^ Турман Р.Э., Райнс Э., Гумберт Р., Виерстра Дж., Маурано М.Т., Хауген Э. и др. (сентябрь 2012 г.). «Доступный хроматиновый ландшафт человеческого генома» . Природа . 489 (7414): 75–82. Бибкод : 2012Natur.489...75T . дои : 10.1038/nature11232 . ПМЦ 2828505 . ПМИД 22955617 .
- ^ Голтон К.Дж., Наммо Т., Паскуали Л., Саймон Дж.М., Гиреси П.Г., Фогарти М.П. и др. (март 2010 г.). «Карта открытого хроматина островков поджелудочной железы человека» . Природная генетика . 42 (3): 255–9. дои : 10.1038/ng.530 . ПМЦ 2828505 . ПМИД 20118932 .
- ^ Саймон Дж.М., Гирези П.Г., Дэвис И.Дж., Либ Дж.Д. (январь 2012 г.). «Использование выделения регуляторных элементов с помощью формальдегида (FAIRE) для выделения активной регуляторной ДНК» . Протоколы природы . 7 (2): 256–67. дои : 10.1038/nprot.2011.444 . ПМЦ 3784247 . ПМИД 22262007 .
- ^ Корсес М.Р., Буэнростро Дж.Д., Ву Б., Гринсайд П.Г., Чан С.М., Кениг Дж.Л. и др. (октябрь 2016 г.). «Доступность хроматина, специфичного для линии и отдельных клеток, отображает кроветворение человека и эволюцию лейкемии» . Природная генетика . 48 (10): 1193–203. дои : 10.1038/ng.3646 . ПМК 5042844 . ПМИД 27526324 .
- ^ Буэнростро Дж.Д., Ву Б., Литценбургер У.М., Рафф Д., Гонсалес М.Л., Снайдер М.П. и др. (июль 2015 г.). «Доступность одноклеточного хроматина раскрывает принципы регуляторных вариаций» . Природа . 523 (7561): 486–90. Бибкод : 2015Natur.523..486B . дои : 10.1038/nature14590 . ПМЦ 4685948 . ПМИД 26083756 .