✖


Jump to content

Топоизомераза типа II

(Перенаправлено с Топоизомеразы II )
ДНК-топоизомераза II (АТФ-гидролизующая)
Структура фрагмента N-концевой АТФазы массой 42 кДа и преобразовательных доменов ДНК-гиразы гомологична всем остальным топоизомеразам типа IIA.
Идентификаторы
Номер ЕС. 5.6.2.2
Базы данных
ИнтЭнк вид IntEnz
БРЕНДА БРЕНДА запись
Экспаси Просмотр NiceZyme
КЕГГ КЕГГ запись
МетаЦик метаболический путь
ПРЯМОЙ профиль
PDB Структуры RCSB PDB PDBe PDBsum
Поиск
PMCarticles
PubMedarticles
NCBIproteins

Топоизомеразы типа II — это топоизомеразы , которые одновременно разрезают обе цепи спирали ДНК, чтобы управлять ДНК клубками и суперспиралями . Они используют гидролиз АТФ , в отличие от топоизомеразы I типа . В этом процессе эти ферменты изменяют число связей кольцевой ДНК на ±2. Топоизомеразы — широко распространенные ферменты, обнаруженные во всех живых организмах. [ 1 ]

У животных мишенью химиотерапии является топоизомераза II. У прокариот гираза является антибактериальной мишенью. [ 2 ] Действительно, эти ферменты представляют интерес из-за широкого спектра эффектов.

Функция

[ редактировать ]

Топоизомеразы типа II увеличивают или уменьшают число связей петли ДНК на 2 единицы, что способствует распутыванию хромосом. Например, ДНК-гираза , топоизомераза типа II, наблюдаемая у E. coli и большинства других прокариот , образует отрицательные суперспирали и уменьшает число связей на 2. Гираза также способна удалять узлы из бактериальной хромосомы . Наряду с гиразой большинство прокариот также содержат топоизомеразу второго типа IIA, называемую топоизомеразой IV. Гираза и топоизомераза IV различаются по С-концевым доменам, что, как полагают, определяет субстратную специфичность и функциональность этих двух ферментов. Футпринтинг показывает, что гираза, которая образует след из 140 пар оснований и оборачивает ДНК, образует отрицательные суперспирали , тогда как топоизомераза IV, которая образует след из 28 пар оснований, не оборачивает ДНК.

Эукариотическая топоизомераза типа II не может образовывать суперспирали; это может только расслабить их.

Роль топоизомераз типа IIB менее изучена. В отличие от топоизомераз типа IIA, топоизомеразы типа IIB не могут упростить топологию ДНК (см. Ниже), но они имеют некоторые общие структурные особенности с топоизомеразами типа IIA.

Упрощение топологии

[ редактировать ]

Топоизомеразы типа IIA необходимы для разделения запутанных дочерних цепей во время репликации. Считается, что эту функцию выполняет топоизомераза II у эукариот и топоизомераза IV у прокариот. Неспособность разделить эти нити приводит к гибели клеток. Топоизомеразы типа IIA обладают особой способностью релаксировать ДНК до состояния ниже состояния термодинамического равновесия, в отличие от топоизомераз типов IA, IB и IIB. Эта способность, известная как упрощение топологии, была впервые обнаружена Рыбенковым и др. [ 3 ] Гидролиз АТФ приводит к такому упрощению, но четкий молекулярный механизм этого упрощения до сих пор отсутствует. Было предложено несколько моделей для объяснения этого явления, в том числе две модели, основанные на способности топоизомераз типа IIA распознавать изогнутые дуплексы ДНК. [ 4 ] Биохимия, электронная микроскопия и недавние структуры топоизомеразы II, связанной с ДНК, показывают, что топоизомеразы типа IIA связываются на вершинах ДНК, что подтверждает эту модель.

Классификация

[ редактировать ]

Существует два подкласса топоизомераз типа II: типа IIA и IIB.

  • Топоизомеразы типа IIA включают ферменты ДНК-гиразу , эукариотическую топоизомеразу II (топо II) и бактериальную топоизомеразу IV (топо IV). Эти ферменты охватывают все сферы жизни и необходимы для функционирования. [ 5 ]
  • Топоизомеразы типа IIB структурно и биохимически различны и включают одного члена семейства, топоизомеразу VI (топо VI). Топоизомеразы типа IIB обнаружены у архей и некоторых высших растений.

Некоторые организмы, включая человека, имеют две изоформы топоизомеразы II: альфа и бета . При раке топоизомераза IIα высоко экспрессируется в пролиферирующих клетках. При некоторых видах рака, таких как опухоли оболочек периферических нервов, высокая экспрессия кодируемого им белка также связана с плохой выживаемостью пациентов.

Два класса топоизомераз обладают сходным механизмом прохождения цепи и доменной структурой (см. ниже), однако они также имеют несколько важных различий. Топоизомеразы типа IIA образуют двухцепочечные разрывы с выступами из четырех пар оснований, тогда как топоизомеразы типа IIB образуют двухцепочечные разрывы с выступами из двух оснований. [ 6 ] Кроме того, топоизомеразы типа IIA способны упрощать топологию ДНК, [ 3 ] тогда как топоизомеразы типа IIB этого не делают. [ 7 ]

Структура

[ редактировать ]

Тип IIA

[ редактировать ]
Схематическая структура гиразы, перевернутая по сравнению с другими примерами в этой статье.
Структура дрожжевой топоизомеразы II, связанной с 34-мерным дуплексом ДНК с двойным разрывом ( PDB : 2RGR ). Складка Топрима окрашена в голубой цвет; ДНК окрашена в оранжевый цвет; HTH окрашен в пурпурный цвет; а C-ворота окрашены в фиолетовый цвет. Обратите внимание, что ДНК изогнута примерно на 160 градусов за счет инвариантного изолейцина (Ile833 у дрожжей).

Топоизомеразы типа IIA состоят из нескольких ключевых мотивов:

  • N-концевой домен АТФазы GHKL (для гиразы, Hsp, киназы и MutL),
  • домен Toprim ( подкласс складки Россмана ), который существует как в топоизомеразах типа II, топоизомеразах типа IA, так и в бактериальных примазах ( DnaG ),
  • центральное ДНК-связывающее ядро ​​(которое структурно образует структуру в форме сердца) и
  • вариабельный С-концевой домен.

Эукариотические топоизомеразы типа II являются гомодимерами (А 2 ), тогда как прокариотические топоизомеразы типа II являются гетеротетрамерами (А 2 В 2 ). Прокариоты имеют АТФазный домен и складку Топрима на одном полипептиде ( Pfam PF00204 ), тогда как ядро ​​расщепления ДНК и CTD расположены на втором полипептиде ( Pfam PF00521 ). Для гиразы первый полипептид называется GyrB, а второй полипептид — GyrA. Для topo IV первый полипептид называется ParE, а второй полипептид — ParC. Обе сигнатуры Pfam обнаружены в одноцепочечной эукаиотической топоизомеразе.

Структуры N-концевого АТФазного домена гиразы [ 8 ] и дрожжевая топоизомераза II [ 9 ] были решены в комплексе с AMPPNP (аналогом АТФ), показав, что два домена АТФазы димеризуются с образованием закрытой конформации. Что касается гиразы, структура имеет значительное отверстие посередине, которое, как предполагается, предназначено для размещения Т-сегмента.

Связывание домена АТФазы со складкой Топрима представляет собой спиральный элемент, известный как домен-преобразователь. Считается, что этот домен передает нуклеотидное состояние домена АТФазы остальной части белка. Модификации этого домена влияют на активность топоизомеразы, а структурные исследования, проведенные группой Verdine, показывают, что состояние АТФ влияет на ориентацию домена-преобразователя. [ 10 ]

Центральное ядро ​​белка содержит складку Toprim и ДНК-связывающее ядро, которое содержит домен крылатой спирали (WHD), часто называемый доменом CAP, поскольку впервые было идентифицировано, что он напоминает WHD белка-активатора катаболита. Каталитический тирозин находится на этом WHD. Складка Топрима представляет собой складку Россмана, которая содержит три инвариантных кислотных остатка, которые координируют ионы магния, участвующие в расщеплении ДНК и повторном лигировании ДНК. [ 11 ] Структура складки Топрима и ДНК-связывающего ядра дрожжевой топоизомеразы II была впервые раскрыта Бергером и Вангом. [ 12 ] а первое ядро, связывающее ДНК гиразы, было обнаружено Morais Cabral et al. [ 13 ] Структура, раскрытая Бергером, позволила получить важную информацию о функции фермента. ДНК-связывающее ядро ​​состоит из WHD, который ведет к домену башни. Область спиральной спирали ведет к C-концевому домену, который образует основной интерфейс димера для этого кристаллического состояния (часто называемый C-затвором). В то время как исходная структура топоизомеразы II демонстрирует ситуацию, когда WHD разделены большим расстоянием, структура гиразы демонстрирует закрытую конформацию, в которой WHD закрываются.

Ядро топоизомеразы II позже было решено в новых конформациях, в том числе Fass et al. [ 14 ] и один от Dong et al. [ 15 ] Структура Fass показывает, что домен Toprim является гибким и что эта гибкость может позволить домену Toprim координироваться с WHD с образованием компетентного комплекса расщепления. В конечном итоге это было подтверждено Dong et al. структура, которая была решена в присутствии ДНК. Эта последняя структура показала, что домен Toprim и WHD образуют комплекс расщепления, очень похожий на комплекс топоизомераз типа IA, и указала на то, как связывание ДНК и расщепление могут быть разделены, а структура показала, что ДНК изгибалась на ~ 150 градусов через инвариантный изолейцин (у топоизомеразы II — I833, у гиразы — I172). Этот механизм изгиба очень похож на механизм интеграции фактора хозяина (IHF) и HU, двух архитектурных белков бактерий. Кроме того, в то время как предыдущие структуры ДНК-связывающего ядра имели закрытые C-ворота, эта структура захватывала ворота открытыми, что является ключевым этапом в двухворотном механизме (см. ниже).

Совсем недавно было решено несколько структур ДНК-связанной структуры в попытке понять как химический механизм расщепления ДНК, так и структурную основу ингибирования топоизомеразы антибактериальными ядами. Первая полная архитектура ДНК-гиразы E. coli была раскрыта с помощью криоэлектронной микроскопии с разрешением, близким к атомному. [ 16 ] Нуклеопротеиновый комплекс был захвачен с помощью длинного дуплекса ДНК и гепотидацина , нового ингибитора бактериальной топоизомеразы.

С-концевая область прокариотических топоизомераз определена для нескольких видов. Первая структура С-концевого домена гиразы была раскрыта Corbett et al. [ 17 ] а С-концевой домен топоизомеразы IV был решен Corbett et al. [ 7 ] Структуры сформировали новый бета-цилиндр, который изгибает ДНК, обертывая нуклеиновую кислоту вокруг себя. Изгиб ДНК под действием гиразы был предложен как ключевой механизм способности гиразы создавать отрицательные суперспирали в ДНК. Это согласуется с данными о следе, которые показывают, что гираза имеет след из 140 пар оснований. CTD как гиразы, так и топоизомеразы IV изгибают ДНК, но только гираза образует отрицательные суперспирали.

В отличие от функции С-концевого домена прокариотических топоизомераз, функция С-концевого участка эукариотической топоизомеразы II до сих пор не ясна. Исследования показали, что эта область регулируется фосфорилированием, и это модулирует активность топоизомеразы, однако для изучения этого необходимо провести дополнительные исследования.

Тип IIВ

[ редактировать ]
Структура топо VI ( PDB : 2Q2E ) в ориентации аналогична примеру с дрожжами. Цепочки окрашены по-разному. Домен Toprim расположен сверху, а домен АТФазы — снизу; каждый образует ворота ДНК.

Организация топоизомераз типа IIB аналогична организации топоизомераз типа IIA, за исключением того, что все типы IIB имеют два гена и образуют гетеротетрамеры. Один ген, названный topo VI-B (поскольку он напоминает gyrB), содержит домен АТФазы, домен преобразователя ( Pfam PF09239 ) и C-концевой Ig-фолд-подобный домен H2TH ( Pfam PF18000 ). Второй ген, названный topo VI-A ( Pfam PF04406 ), содержит WHD и домен Toprim.

АТФазный домен топо VI B был решен в нескольких нуклеотидных состояниях. [ 18 ] Он очень похож на домен GHKL topo II и MutL и показывает, что состояние нуклеотидов (ADP или ATP) влияет на ориентацию домена преобразователя (и 1MX0).

Структура топо VI-A была раскрыта Bergerat et al. [ 19 ] показывая, что складка HTH и Toprim имела новую конформацию по сравнению с topo IIA.

Была расшифрована недавняя структура комплекса topo VI A/B, показывающая открытую и закрытую конформацию, два состояния, которые предсказаны в двухворотном механизме (см. ниже). Эти структуры, одна из которых представляет собой рентгеновскую кристаллическую структуру, а другая представляет собой реконструкцию малоуглового рентгеновского рассеяния (SAXS), показывают, что домен АТФазы может быть либо открытым, либо закрытым. [ 20 ]

Механизм действия

[ редактировать ]

Береговой проход

[ редактировать ]

Топоизомераза типа IIA действует посредством «двухворотного» механизма (хотя это историческое обозначение), механизма, поддерживаемого биохимией. [ 21 ] а также структурной работой. [ 22 ]

Нить ДНК, называемая воротами или G-сегментом, связана центральными воротами связывания ДНК (ДНК-воротами). Вторая цепь ДНК, называемая транспортной, или Т-сегментом, захватывается в результате димеризации N-концевого домена АТФазы (ворота АТФазы), когда связываются две молекулы АТФ. Гидролиз АТФ и высвобождение неорганического фосфата приводит к расщеплению G-сегмента, поскольку каталитические тирозины образуют ковалентную фосфотирозиновую связь с 5'-концом ДНК. Это создает выступ из четырех оснований и двухцепочечный разрыв G-сегмента. Когда ворота связывания ДНК разделяются, Т-сегмент передается через G-сегмент. G-сегмент запечатан, что приводит к открытию C-концевых ворот (или C-ворот), позволяя освободить Т-сегмент. Выпуск продукта ADP приводит к перезагрузке системы и позволяет захватить второй Т-сегмент.

Топоизомеразы типа IIB действуют аналогичным образом, за исключением того, что белок образует выступ из двух оснований в G-сегменте, а С-концевые ворота полностью отсутствуют.

расщепление ДНК

[ редактировать ]

В механизме прохождения цепи расщепление ДНК является ключевым моментом, позволяющим Т-сегменту пройти через G-сегмент. Механизм расщепления ДНК топоизомеразами типа IIA в последнее время находится в центре внимания многих биохимических и структурно-биологических исследований.

катенация

[ редактировать ]

Катенация — это процесс, при котором две кольцевые цепи ДНК соединяются друг с другом, как звенья цепи. Это происходит после репликации ДНК, когда две одиночные цепи соединяются и все еще могут реплицироваться, но не могут разделиться на две дочерние клетки. Поскольку топоизомеразы II типа разрывают двойную цепь, они могут зафиксировать это состояние (топоизомеразы I типа могли бы сделать это только в том случае, если уже был одноцепочечный разрыв), и правильное число хромосом может остаться в дочерних клетках. Линейная ДНК у эукариот настолько длинная, что ее можно считать не имеющей концов; Топоизомеразы типа II необходимы по той же причине.

Торможение

[ редактировать ]
Основная статья: Ингибитор топоизомеразы

Малые молекулы, нацеленные на топоизомеразу типа II, делятся на два класса: ингибиторы и яды. Из-за их частого присутствия в пролиферирующих эукариотических клетках ингибиторы топоизомераз типа II широко изучались и использовались в качестве противораковых препаратов. [ 23 ]

  • Ингибиторы топоизомеразы типа II включают HU-331 , ICRF-187 , ICRF-193 и митиндомид . Эти молекулы действуют путем ингибирования активности АТФазы, действуя как неконкурентные ингибиторы АТФ. Это было показано структурными исследованиями. [ 9 ] и биохимические исследования, проведенные группой Линдсли.
  • Яды топоизомераз II типа включают доксорубицин , этопозид , новобиоцин , хинолоны (в том числе ципрофлоксацин ) и тенипозид . Эти небольшие молекулы нацелены на комплекс ДНК-белок. Некоторые из этих молекул приводят к усилению расщепления, тогда как другие, такие как этопозид, ингибируют повторное лигирование.

Экспериментальный противоопухолевый препарат м-АМСА (4'-(9'-акридиниламино)метансульфон-м-анизидид) также ингибирует топоизомеразу 2 типа. [ 24 ]

Яды топоизомеразы широко используются как в противораковых, так и в антибактериальных целях. Хотя антибактериальные соединения, такие как ципрофлоксацин, нацелены на бактериальную гиразу, они не способны ингибировать эукариотические топоизомеразы типа IIA. Кроме того, устойчивые к лекарствам бактерии часто имеют точечную мутацию гиразы (серин79аланин в E. coli ), которая делает хинолоны неэффективными. [ нужна ссылка ] Недавние структурные исследования привели к открытию соединения, которое больше не зависит от этого остатка и, следовательно, обладает эффективностью против устойчивых к лекарствам бактерий. [ нужна ссылка ]

Гираза бактериофага Т4

[ редактировать ]

Гираза бактериофага (фага) Т4 (топоисмераза II типа) представляет собой многосубъединичный белок, состоящий из продуктов генов 39, 52 и, вероятно, 60. [ 25 ] [ 26 ] Он катализирует релаксацию отрицательно или положительно суперспиральной ДНК и используется в репликации ДНК фага во время заражения бактериального хозяина E. coli . [ 27 ] Белок фагового гена 52 имеет гомологию с E. coli. субъединицей gyrA гиразы [ 28 ] а белок фагового гена 39 имеет гомологию с субъединицей gyr B. [ 29 ] хозяина Поскольку ДНК-гираза E. coli может частично компенсировать потерю продуктов гена фага Т4, мутанты с дефектами в генах 39, 52 или 60 не полностью отменяют репликацию ДНК фага, а скорее задерживают ее инициацию. [ 27 ] Скорость элонгации ДНК при таких мутантных инфекциях не ниже, чем у дикого типа. [ 30 ] Мутанты с дефектами в генах 39, 52 или 60 демонстрируют повышенную генетическую рекомбинацию , а также повышенную мутацию замены оснований и делеции, что позволяет предположить, что компенсируемый хозяином синтез ДНК менее точен, чем синтез, направляемый фагом дикого типа. [ 31 ] Мутант с дефектом гена 39 демонстрирует повышенную чувствительность к инактивации ультрафиолетовым множественные копии фаговой хромосомы . облучением на стадии фаговой инфекции после инициации репликации ДНК, когда присутствуют [ 32 ] Мутанты с дефектами генов 39, 52 и 60 имеют пониженную способность осуществлять реактивацию множественности — форму рекомбинационной репарации, которая может справляться с различными типами повреждений ДНК. [ 33 ] Гираза, специфичная в геноме неинфицированной E. coli , также, по-видимому, участвует в рекомбинационной репарации, обеспечивая точку инициации взаимного обмена цепей, управляемого белком RecA. [ 34 ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Дьюиз Дж. Э., Ошерофф Н. (февраль 2009 г.). «Реакция расщепления ДНК топоизомеразой II: волк в овечьей шкуре» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (3): 738–748. дои : 10.1093/нар/gkn937 . ПМК   2647315 . ПМИД   19042970 .
  2. ^ Рис Р.Дж., Максвелл А. (1991). «ДНК-гираза: строение и функции». Критические обзоры по биохимии и молекулярной биологии . 26 (3–4): 335–375. дои : 10.3109/10409239109114072 . ПМИД   1657531 .
  3. ^ Jump up to: а б Рыбенков В.В., Улльспергер С., Вологодский А.В., Коцарелли Н.Р. (август 1997 г.). «Упрощение топологии ДНК ниже равновесных значений топоизомеразами типа II». Наука . 277 (5326). Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: 690–3. дои : 10.1126/science.277.5326.690 . ПМИД   9235892 .
  4. ^ Вологодский А.В., Чжан В., Рыбенков В.В., Подтележников А.А., Субраманиан Д., Гриффит Дж.Д., Коццарелли Н.Р. (март 2001 г.). «Механизм упрощения топологии ДНК-топоизомеразами типа II» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 98 (6): 3045–9. Бибкод : 2001PNAS...98.3045V . дои : 10.1073/pnas.061029098 . ПМК   30604 . ПМИД   11248029 .
  5. ^ Рис Р.Дж., Максвелл А. (январь 1991 г.). «ДНК-гираза: строение и функции». Критические обзоры по биохимии и молекулярной биологии . 26 (3–4): 335–75. дои : 10.3109/10409239109114072 . ПМИД   1657531 .
  6. ^ Бюлер С., Леббинк Дж. Х., Бокс С., Ладенштайн Р., Фортер П. (октябрь 2001 г.). «ДНК-топоизомераза VI генерирует АТФ-зависимые двухцепочечные разрывы с двумя нуклеотидными выступами» . Журнал биологической химии . 276 (40): 37215–22. дои : 10.1074/jbc.M101823200 . ПМИД   11485995 . S2CID   24354635 .
  7. ^ Jump up to: а б ПДБ : 1звт ; Корбетт К.Д., Шеффлер А.Дж., Томсен Н.Д., Бергер Дж.М. (август 2005 г.). «Структурные основы субстратной специфичности ДНК-топоизомеразы IV». Журнал молекулярной биологии . 351 (3): 545–61. дои : 10.1016/j.jmb.2005.06.029 . ПМИД   16023670 .
  8. ^ Вигли Д.Б., Дэвис Г.Дж., Додсон Э.Дж., Максвелл А., Додсон Дж. (июнь 1991 г.). «Кристаллическая структура N-концевого фрагмента белка ДНК-гиразы B». Природа . 351 (6328): 624–9. Бибкод : 1991Natur.351..624W . дои : 10.1038/351624a0 . ПМИД   1646964 . S2CID   4373125 .
  9. ^ Jump up to: а б ПДБ : 1ПВГ ; Классен С., Олланд С., Бергер Дж. М. (сентябрь 2003 г.). «Структура АТФазной области топоизомеразы II и механизм ее ингибирования химиотерапевтическим средством ICRF-187» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 100 (19): 10629–34. Бибкод : 2003PNAS..10010629C . дои : 10.1073/pnas.1832879100 . ЧВК   196855 . ПМИД   12963818 .
  10. ^ Вэй Х., Рутенбург А.Дж., Бечис С.К., Вердин Г.Л. (ноябрь 2005 г.). «Нуклеотид-зависимое движение домена в АТФазном домене ДНК-топоизомеразы типа IIA человека» (PDF) . Журнал биологической химии . 280 (44): 37041–7. дои : 10.1074/jbc.M506520200 . ПМИД   16100112 . S2CID   35186716 .
  11. ^ Аравинд Л., Лейпе Д.Д., Кунин Е.В. (сентябрь 1998 г.). «Топрим - консервативный каталитический домен в топоизомеразах типа IA и II, примазах типа DnaG, нуклеазах семейства OLD и белках RecR» . Исследования нуклеиновых кислот . 26 (18): 4205–13. дои : 10.1093/нар/26.18.4205 . ПМЦ   147817 . ПМИД   9722641 .
  12. ^ ВВП : 1BGW ; Бергер Дж. М., Гамблин С. Дж., Харрисон С. К., Ван Дж. К. (январь 1996 г.). «Структура и механизм ДНК-топоизомеразы II». Природа . 379 (6562): 225–32. Бибкод : 1996Natur.379..225B . дои : 10.1038/379225a0 . ПМИД   8538787 . S2CID   4360011 .
  13. ^ ПДБ : 1AB4 ; Мораиш Кабрал Дж. Х., Джексон А. П., Смит К. В., Шикотра Н., Максвелл А., Лиддингтон Р. К. (август 1997 г.). «Кристаллическая структура домена разрыва-воссоединения ДНК-гиразы» . Природа . 388 (6645): 903–6. Бибкод : 1997Natur.388..903M . дои : 10.1038/42294 . ПМИД   9278055 . S2CID   4320715 .
  14. ^ PDB : 1БДжТ ; Фасс Д., Богден С.Э., Бергер Дж.М. (апрель 1999 г.). «Четвертичные изменения в топоизомеразе II могут направлять ортогональное движение двух цепей ДНК». Структурная биология природы . 6 (4): 322–6. дои : 10.1038/7556 . ПМИД   10201398 . S2CID   947461 .
  15. ^ PDB : 2RGR ; Донг К.К., Бергер Дж.М. (декабрь 2007 г.). «Структурные основы распознавания и изгибания воротной ДНК топоизомеразами типа IIA». Природа . 450 (7173): 1201–5. Бибкод : 2007Natur.450.1201D . дои : 10.1038/nature06396 . ПМИД   18097402 . S2CID   1756317 .
  16. ^ Ванден Брук А., Лотц С., Ортис Дж., Ламур В. (октябрь 2019 г.). «Крио-ЭМ структура полного нуклеопротеинового комплекса ДНК-гиразы E. coli» . Природные коммуникации . 10 (1): 4935. Бибкод : 2019NatCo..10.4935V . дои : 10.1038/s41467-019-12914-y . ПМК   6821735 . ПМИД   31666516 .
  17. ^ PDB : 1SU ; Корбетт К.Д., Шульцабергер Р.К., Бергер Дж.М. (май 2004 г.). «С-концевой домен ДНК-гиразы А имеет складку бета-вертушки, изгибающую ДНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (19): 7293–8. Бибкод : 2004PNAS..101.7293C . дои : 10.1073/pnas.0401595101 . ПМК   409912 . ПМИД   15123801 .
  18. ^ ПДБ : 1MU5 ; Корбетт К.Д., Бергер Дж.М. (январь 2003 г.). «Структура субъединицы топоизомеразы VI-B: значение для механизма и эволюции топоизомеразы II типа» . Журнал ЭМБО . 22 (1): 151–63. дои : 10.1093/emboj/cdg008 . ПМК   140052 . ПМИД   12505993 .
  19. ^ Бергера А, де Масси Б, Гадель Д, Варутас ПК, Николя А, Фортер П (март 1997 г.). «Атипичная топоизомераза II из архей, имеющая значение для мейотической рекомбинации». Природа . 386 (6623): 414–7. Бибкод : 1997Natur.386..414B . дои : 10.1038/386414a0 . ПМИД   9121560 . S2CID   4327493 .
  20. ^ PDB : 2Q2E ; Корбетт К.Д., Бенедетти П., Бергер Дж.М. (июль 2007 г.). «Сборка голофермента и АТФ-опосредованная конформационная динамика топоизомеразы VI». Структурная и молекулярная биология природы . 14 (7): 611–9. дои : 10.1038/nsmb1264 . ПМИД   17603498 . S2CID   2159631 .
  21. ^ Рока Дж., Ван Дж.К. (май 1994 г.). «Транспорт ДНК с помощью ДНК-топоизомеразы типа II: свидетельства в пользу двухворотного механизма». Клетка . 77 (4): 609–16. дои : 10.1016/0092-8674(94)90222-4 . ПМИД   8187179 . S2CID   19776252 .
  22. ^ Бергер Дж. М., Ван Дж. К. (февраль 1996 г.). «Последние разработки в области структуры и механизма ДНК-топоизомеразы II». Современное мнение в области структурной биологии . 6 (1): 84–90. дои : 10.1016/s0959-440x(96)80099-6 . ПМИД   8696977 .
  23. ^ Альбертс Б (18 ноября 2014 г.). Молекулярная биология клетки (Шестое изд.). Нью-Йорк, штат Нью-Йорк. ISBN  978-0-8153-4432-2 . OCLC   887605755 . {{cite book}}: CS1 maint: отсутствует местоположение издателя ( ссылка )
  24. ^ Уиллмор Э., де Ко С., Сантер, Нью-Джерси, Тилби М.Дж., Джексон Г.Х., Остин Калифорния, Дуркач Б.В. (июнь 2004 г.). «Новый ДНК-зависимый ингибитор протеинкиназы NU7026 усиливает цитотоксичность ядов топоизомеразы II, используемых при лечении лейкемии» . Кровь . 103 (12): 4659–65. дои : 10.1182/кровь-2003-07-2527 . ПМИД   15010369 .
  25. ^ Лю Л.Ф. , Лю CC, Альбертс Б.М. (октябрь 1979 г.). «ДНК-топоизомераза Т4: новый АТФ-зависимый фермент, необходимый для инициации репликации ДНК бактериофага Т4». Природа . 281 (5731): 456–61. Бибкод : 1979Natur.281..456L . дои : 10.1038/281456a0 . ПМИД   226889 . S2CID   4343962 .
  26. ^ Стетлер Г.Л., Кинг Г.Дж., Хуан В.М. (август 1979 г.). «Белки задержки ДНК Т4, необходимые для специфической репликации ДНК, образуют комплекс, обладающий АТФ-зависимой ДНК-топоизомеразной активностью» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 76 (8): 3737–41. Бибкод : 1979PNAS...76.3737S . дои : 10.1073/pnas.76.8.3737 . ПМЦ   383908 . ПМИД   226976 .
  27. ^ Jump up to: а б Маккарти Д. (январь 1979 г.). «Гиразозависимая инициация репликации ДНК бактериофага Т4: взаимодействие гиразы Escherichia coli с новобиоцином, кумермицином и продуктами генов задержки ДНК фага». Журнал молекулярной биологии . 127 (3): 265–83. дои : 10.1016/0022-2836(79)90329-2 . ПМИД   372540 .
  28. ^ Хуан В.М. (сентябрь 1986 г.). «52-белковая субъединица ДНК-топоизомеразы Т4 гомологична белку gyrA гиразы» . Исследования нуклеиновых кислот . 14 (18): 7379–90. ПМК   311757 . ПМИД   3020513 .
  29. ^ Хуан В.М. (октябрь 1986 г.). «Нуклеотидная последовательность гена ДНК-топоизомеразы типа II. Ген 39 бактериофага Т4» . Исследования нуклеиновых кислот . 14 (19): 7751–65. дои : 10.1093/нар/14.19.7751 . ПМК   311794 . ПМИД   3022233 .
  30. ^ Маккарти Д., Миннер С., Бернштейн Х., Бернштейн С. (октябрь 1976 г.). «Скорость элонгации ДНК и распределение точек роста фага Т4 дикого типа и янтарного мутанта с задержкой ДНК». Журнал молекулярной биологии . 106 (4): 963–81. дои : 10.1016/0022-2836(76)90346-6 . ПМИД   789903 .
  31. ^ Муфтий С., Бернштейн Х. (октябрь 1974 г.). «Мутанты с задержкой ДНК бактериофага Т4» . Журнал вирусологии . 14 (4): 860–71. doi : 10.1128/JVI.14.4.860-871.1974 . ПМЦ   355592 . ПМИД   4609406 .
  32. ^ Хайман П. (август 1993 г.). «Генетика эффекта Лурии-Латарже в бактериофаге Т4: доказательства участия множественных путей репарации ДНК» . Генетические исследования . 62 (1): 1–9. дои : 10.1017/s0016672300031499 . ПМИД   8405988 .
  33. ^ Мискиминс Р., Шнайдер С., Джонс В., Бернштейн Х. (июнь 1982 г.). «Участие топоизомеразы в множественной реактивации фага Т4» . Генетика . 101 (2): 157–77. doi : 10.1093/genetics/101.2.157 (неактивен 31 января 2024 г.). ПМК   1201854 . ПМИД   6293912 . {{cite journal}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на январь 2024 г. ( ссылка )
  34. ^ Кассуто Э. (сентябрь 1984 г.). «Образование ковалентно замкнутой гетеродуплексной ДНК совместным действием гиразы и белка RecA» . Журнал ЭМБО . 3 (9): 2159–64. дои : 10.1002/j.1460-2075.1984.tb02106.x . ПМК   557658 . ПМИД   6092061 .

Дальнейшее чтение

[ редактировать ]
  • Ван Дж.К. (июнь 2002 г.). «Клеточная роль ДНК-топоизомераз: молекулярная перспектива». Обзоры природы. Молекулярно-клеточная биология . 3 (6): 430–40. дои : 10.1038/nrm831 . ПМИД   12042765 . S2CID   205496065 .
[ редактировать ]
Викискладе есть медиафайлы, связанные с ДНК-топоизомеразой типа II .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Type_II_topoisomerase&oldid=1203793970"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: ccb82217beb2a8801d4558b7ce3fe29c__1707138900
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/cc/9c/ccb82217beb2a8801d4558b7ce3fe29c.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Type II topoisomerase - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)