Хромосома 9 открыта рамка считывания 43
| C9orf43 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | C9orf43 , хромосома 9, открытая рамка считывания 43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | МГИ : 3045314 ; Гомологен : 51897 ; Генные карты : C9orf43 ; OMA : C9orf43 — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Открытая рамка считывания 43 хромосомы 9 — это белок , который у человека кодируется геном C9orf43 . [ 5 ] Ген также известен как MGC17358 и LOC257169. C9orf43 содержит DUF 4647 и область повторов полиглутамина, хотя функция белка недостаточно изучена. [ 6 ]
Ген
[ редактировать ]Расположение
[ редактировать ]C9orf43 расположен на длинном плече хромосомы 9 в районе 9q32 и экспрессируется на положительной цепи. [ 7 ] [ 8 ] Геномная последовательность начинается на 113 410 054 п.н. и заканчивается на 113 429 684 п.н. [ 8 ] Соседство генов C9orf43 содержит еще 5 генов: HDHD3, ALAD , POLE3 , RGS3 и LOC105376222. [ 9 ]
Промоутер
[ редактировать ]Промоторная область C9orf43 , предсказанная Genomatix ElDorado, имеет длину 1199 пар оснований и содержит островок CpG и часть 5'-UTR . [ 10 ] транскрипционных факторов Определенные сайты связывания включают белок цинкового пальца, факторы GC-Box SP1/GC и комплексы HOX-PBX, связанные с развитием.
Шаблон выражения
[ редактировать ]Экспрессия гена C9orf43 у людей относительно высока, в 0,7 раза превышает средний уровень гена. [ 11 ] C9orf43 экспрессируется во многих различных тканях на плода и взрослого человека стадиях развития в соответствии с профилем EST NCBI. [ 12 ] Самая высокая экспрессия наблюдается в семенниках , а более низкая относительная экспрессия - в пуповине , шейке матки и головном мозге . Экспрессия также наблюдается в плода печени , легких , печени, головном мозге , сердце , спинном мозге , поджелудочной железе , тимусе , слюнной железе и плаценте . [ 13 ]
C9orf43 экспрессируется при различных состояниях здоровья, включая опухоли шейки матки , нормальные опухоли и опухоли мягких тканей/мышц. [ 12 ] C9orf43 экспрессируется на высоких уровнях в клетках спермы по сравнению с более низкой относительной экспрессией при тератозооспермии . [ 14 ] Более высокая относительная экспрессия C9orf43 наблюдается в гиперпластической увеличенной дольковой единице молочной железы по сравнению с нормальной дольковой единицей терминального протока. [ 15 ] Экспрессия C9orf43 варьируется в зависимости от дифференцировки мегакариоцитов , что видно в клетках CD34 плюс периферической крови по сравнению с клетками CHRF-288-11. [ 16 ]
мРНК
[ редактировать ]Варианты
[ редактировать ]C9orf43 содержит 10 альтернативно сплайсированных мРНК , 8 из которых кодируют хорошие белки. [ 11 ] мРНК, обсуждаемая в этой статье, имеет инвентарный номер NM_001278629.1 и отличается от других вариантов мРНК усечением 5'- и 3'-концов и включением или исключением шести экзонов кассеты . [ 9 ]
Транскрипционная регуляция
[ редактировать ]376 пар оснований C9orf43 являются антисмысловыми по отношению к сплайсированному гену POLE3, что указывает на возможную регуляцию альтернативной экспрессии. [ 11 ] Короткая открытая рамка считывания перед основной открытой рамкой считывания может снизить эффективность трансляции . 3'-нетранслируемая область C9orf43 содержит 3 предсказанные структуры «стебель-петля» с 4 предполагаемыми микроРНК, которые будут связываться. [ 17 ] [ 18 ]
Белок
[ редактировать ]Характеристики и изоформы
[ редактировать ]C9orf43 имеет три известные полные изоформы и четыре частичные изоформы. [ 11 ] Изоформа X1 с инвентарным номером NP_001265558.1 представляет собой изоформу, обсуждаемую в этой статье, и содержит 461 аминокислоту и 16 экзонов. [ 9 ] Изоформа X1 имеет прогнозируемую молекулярную массу 52,2 кДа и прогнозируемую изоэлектрическую точку 8,037. [ 19 ] [ 20 ] Предполагается, что содержание белка изоформы X1 будет нормальным с нормальной экспрессией. [ 21 ]
Структура
[ редактировать ]Анализ состава C9orf43 показал частоту содержания глютамина выше средней, в то время как все остальные аминокислоты находились в нормальном диапазоне для белков человека. [ 23 ] DUF4647, домен неизвестной функции, присутствует в аминокислотах 1-454. [ 24 ] Глобулярные домены предсказаны по аминокислотам 193–361 и 375–461. [ 25 ] Предполагается, что вторичная структура C9orf43 будет на 36% альфа-спиральной и на 3% бета-листной, а 73% - неупорядоченной . [ 26 ] Предсказания вторичной структуры сохраняются в ортологичных белках.
Гомология/Эволюция
[ редактировать ]C9orf43 не имеет известных паралогов , но имеет ортологи от млекопитающих отрядов до рептилий Crocodylus porosus . [ 22 ] [ 27 ] обнаружены У беспозвоночных и растений ортологи не . Согласно гипотезе молекулярных часов, расхождение C9orf43 является умеренным . [ 22 ] Видно, что C9orf43 расходится быстрее, чем цитохром c , но медленнее, чем быстро развивающиеся фибринопептиды . Таблица ортологичных белков, созданных с использованием BLAST, содержит небольшую подгруппу ортологов, демонстрирующих разнообразие C9orf43. [ 27 ]
| Род и вид [ 27 ] | Общее имя | Таксономия | Инвенционный номер [ 27 ] | Дата расхождения [ 22 ] | Процент идентичности [ 27 ] |
|---|---|---|---|---|---|
| Аотус Нансимаэ | Ночная обезьяна мамы | Приматы | XP_009186498.1 | 42.6 | 79% |
| Птеропус был выбран | Черная летучая лисица | Хордовые | XP_015448812.1 | 94 | 62% |
| Бос Телец | Корова | Церартиодактилия | XP_01532817.9 | 94 | 57% |
| Эринацеус европейский | Европейский ёжик | Сорикоморфа | XP_007526825.1 | 94 | 54% |
| Фасколарктос серый | Коала | Дипротодонтия | XP_020821154.1 | 159 | 44% |
| Морской медведь | Белый Медведь | Плотоядный | XP_008706212.1 | 94 | 43% |
| Монодельфис домашний | Серый короткохвостый опоссум | Дидельфиморфия | XP_007475046.1 | 160 | 41% |
| Саркофил харисии | Тасманийский дьявол | Дасюроморфия | XP_003757404.3 | 160 | 32% |
| Крокодил пороз | Морской крокодил | Рептилии | XP_019396109.1 | 312 | 30% |
Посттрансляционная модификация
[ редактировать ]SUMOylation , O-связанное гликозилирование , присоединение N-ацетилглюозы и фосфорилирование являются предсказанными посттрансляционными модификациями C9orf43. [ 28 ]
Субклеточная локализация
[ редактировать ]Предполагается, что C9orf43 находится внутриклеточно с сигналом ядерной локализации , который консервативен среди ортологов. [ 25 ] Белок не содержит сигнальных пептидов или сигналов, направляющих на митохондрии , что указывает на то, что белок не будет секретироваться или направляться в митохондрии . [ 29 ]
Взаимодействующие белки
[ редактировать ]Прогнозируемое взаимодействие C9orf43 с OR7D2 и OR4X2 обонятельными рецепторами вероятно, поскольку прогнозируется, что связанный с обонянием белок цинкового пальца связывается с вышестоящим промотором C9orf43. [ 30 ] Прогнозируемое взаимодействие C9orf43 с CATSPER3 , потенциалзависимым кальциевым каналом, связанным со сперматозоидами, также вероятно, поскольку C9orf43 высоко экспрессируется в сперматозоидах. [ 31 ]
Клиническое значение
[ редактировать ]C9orf43 не имеет известных ассоциаций с заболеваниями, однако область полиглутаминовых повторов аналогична генетическим предшественникам при нарушениях с тринуклеотидными повторами . [ 32 ] Увеличение длины области повторов полиглутамина наблюдается при таких заболеваниях, как болезнь Хантингтона и спиноцеребеллярная атаксия .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000157653 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000058046 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ген Энтрез: хромосома 9, открытая рамка считывания 43» .
- ^ Батленд С.Л., Девон Р.С., Хуанг Й., Мид К.Л., Мейнерт А.М., Нил С.Дж., Ли С.С., Уилкинсон А., Ян Г.С., Юэнь М.М., Хайден М.Р., Холт Р.А., Ливитт Б.Р., Уэллетт Б.Ф. (май 2007 г.). «CAG-кодируемый полиморфизм длины полиглутамина в геноме человека» . БМК Геномика . 8 : 126. дои : 10.1186/1471-2164-8-126 . ЧВК 1896166 . ПМИД 17519034 .
- ^ «БЛАТ» .
- ^ Jump up to: а б База данных GeneCards Human Gene. «Ген C9orf43 — GeneCards | Белок CI043 | Антитело CI043» . www.genecards.org . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ Jump up to: а б с д «Ген NCBI» .
- ^ «Эльдорадо» .
- ^ Jump up to: а б с д «АйсВью» .
- ^ Jump up to: а б «NCBI, Профиль Unigene EST» .
- ^ «ГДС3113/167802» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ "ГДС2697/1554280_а_ат" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ "GDS2739/Hs2.190121.2.S1_3p_s_at" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ «ГДС2926/3613» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ «Подробности результатов поиска miRDB» . www.mirdb.org . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ «Нет строки запроса» . unafold.rna.albany.edu . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ «Экспрессия C9orf43 при раке - Резюме - Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ Козловский, Лукаш П. «IPC – РАСЧЕТ ИЗОЭЛЕКТРИЧЕСКОЙ ТОЧКИ БЕЛКОВ И ПЕПТИДОВ» . isoelectric.org . Проверено 06 мая 2018 г.
- ^ «ПаксДб» .
- ^ Jump up to: а б с д «Дерево Времени:: Временная шкала жизни» . www.timetree.org . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ «САПС» .
- ^ «C9orf43 - Неохарактеризованный белок C9orf43 - Homo sapiens (Человек) - Ген и белок C9orf43» . www.uniprot.org . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ Jump up to: а б «ЭЛМ» .
- ^ «Результаты Phyre 2 для неопределенного» . www.sbg.bio.ic.ac.uk. Архивировано из оригинала 06 мая 2018 г. Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ Jump up to: а б с д и «Protein BLAST: поиск по базам данных белков с помощью запроса белков» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ ЭМБЛ-ЭБИ. «Инструменты EBI: задание недоступно» . www.ebi.ac.uk. Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ «Сервер SignalP 4.1» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 06 мая 2018 г.
- ^ «Геноматикс: Страница входа» . www.genomatix.de . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ «STRING: сети функциональных белковых ассоциаций» . string-db.org . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ Орр Х.Т., Зогби Х.И. (2007). «Нарушения тринуклеотидных повторов». Ежегодный обзор неврологии . 30 : 575–621. дои : 10.1146/annurev.neuro.29.051605.113042 . ПМИД 17417937 .