C18orf63
| C18orf63 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | C18orf63 , DKFZP781G0119, хромосома 18, открытая рамка считывания 63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | МГИ : 4936900 ; Гомологен : 124404 ; Генные карты : C18orf63 ; OMA : C18orf63 — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
хромосомы 18 Открытая рамка считывания 63 представляет собой белок , который у человека кодируется геном C18orf63 . [ 5 ] Этот белок еще недостаточно изучен научным сообществом. Было проведено исследование, предполагающее, что C18orf63 может быть потенциальным биомаркером ранней стадии рака поджелудочной железы и рака молочной железы . [ 6 ] [ 7 ]
Ген
[ редактировать ]Этот ген расположен на участке 22, поддиапазоне 3, на длинном плече 18 хромосомы . Он состоит из 5065 пар оснований длиной от 74 315 875 до 74 359 187 пар оснований на хромосоме 18. [ 5 ] Ген имеет в общей сложности 14 экзонов . [ 5 ] C18orf63 также известен под псевдонимом DKFZP78G0119. [ 8 ] Для этого гена не существует изоформ. [ 5 ]
Выражение
[ редактировать ]C18orf63 имеет высокую экспрессию в семенниках . [ 5 ] Ген демонстрирует низкую экспрессию в почках, печени, легких и тазу. [ 9 ] С этим геном не связан фенотип . [ 5 ] [ 10 ]
Промоутер
[ редактировать ]Длина промоторной области C18orf63 составляет 1163 п.о., начиная с 74 314 813 п.н. и заканчивая 74 315 975 п.н. [ 11 ] Идентификатор промоутера: GXP_4417391. Присутствие множественных транскрипционных факторов, связывающих y-бокс, и сайтов связывания транскрипционных факторов SRY позволяет предположить, что C18orf63 участвует в определении мужского пола. [ 12 ]
Белок
[ редактировать ]
Белок C18orf63 состоит из 685 аминокислот и имеет молекулярную массу 77230,50 Да с прогнозируемой изоэлектрической точкой 9,83. [ 5 ] [ 13 ] Для этого белка не существует изоформ . [ 14 ] Этот белок богат глютамином , изолейцином , лизином и серином по сравнению со средним белком, но ему не хватает аспарагиновой кислоты и глицина . [ 15 ] [ 16 ]
Структура
[ редактировать ]
В предсказанной вторичной структуре этого белка имеется ряд бета-витков , бета-цепей и альфа-спиралей . Ожидается, что для C18orf63 48,6% белка образуют альфа-спирали, а 28,6% структуры, как ожидается, будут состоять из бета-цепей. [ 17 ] [ 18 ]
Домены и мотивы
[ редактировать ]
Белок содержит один домен неизвестной функции , DUF 4709, простирающийся от 7-й до 280-й аминокислоты. [ 19 ] мотивов Предполагается, что существование включает N-концевой мотив, мотив RxxL и KEN-консервирующий мотив, которые сигнализируют о деградации белка . [ 20 ] Другой мотив, который, как предполагается, существует, - это мотив Wxxx, который облегчает вход белков-грузов PTS1 в просвет органеллы, и мотив RVxPx, который обеспечивает транспорт белка из транс-Гольджи к плазматической мембране ресничек сети . [ 21 ] [ 22 ] также имеется двудольный сигнал ядерной локализации . В конце белковой последовательности [ 23 ] Трансмембранный домен отсутствует, что указывает на то, что C18orf63 не является трансмембранным белком. [ 24 ]
Посттрансляционные модификации
[ редактировать ]Предполагается, что посттрансляционные модификации, которым подвергается белок, включают SUMOилирование , PKC и CK2 фосфорилирование , N -гликозилирование , амидитацию и расщепление. [ 25 ] [ 26 ] [ 27 ] [ 28 ] Всего имеется шесть сайтов фосфорилирования PKC и 2 сайта фосфорилирования CK2, 2 сайта SUMOилирования и 2 сайта N -гликозилирования. В этой последовательности отсутствуют сигнальные пептиды. [ 28 ]
Субклеточное расположение
[ редактировать ]Предполагается, что из-за сигнала ядерной локализации в конце белковой последовательности C18orf63 будет ядерным . Также было предсказано, что C18orf63 будет нацелен на митохондрии . не только на ядро, но и [ 29 ] [ 30 ] [ 31 ]
Гомология
[ редактировать ]Ортологи
[ редактировать ]Ортологи обнаружены у большинства эукариот , за исключением класса земноводных . [ 14 ] не существует человеческих паралогов . Для C18orf63 [ 14 ] [ 32 ] Наиболее отдаленным гомологом, который можно обнаружить, является Mizuhopecten Yessoensis , который на 37% совпадает с последовательностью белка человека. Домен с неизвестной функцией был единственным гомологичным доменом, присутствующим в последовательности белка; было обнаружено, что он высококонсервативен у всех ортологов. В таблице ниже приведены некоторые примеры различных ортологов этого белка.
| Род | Разновидность | Общее имя | Инвентарный номер | Длина последовательности | Идентификация последовательности | Сходство последовательностей | |
| Млекопитающие | Галеоптерус | вариегат | Летающий лемур | XP_008582575.1 | 677 | 78% | 87% |
| Фукомис | дамаренсис | Дамарский слепыш | XP_019061329.1 | 654 | 70% | 81% | |
| Эквус | Пржевальский | Лошадь Пржевальского | XP_008534756.1 | 751 | 76% | 83% | |
| Локсодонта | Африкана | Африканский кустарниковый слон | XP_023399495.1 | 676 | 73% | 83% | |
| Шиншилла | Ланизировать | Длиннохвостая шиншилла | XP_005373135.1 | 679 | 74% | 83% | |
| Птицы | Ворона | карниз | Ворона с капюшоном | XP_019138065.2 | 743 | 52% | 69% |
| Скворец | обыкновенный | Обыкновенный скворец | XP_014726419.1 | 742 | 51% | 68% | |
| Струтио | верблюд | Южный страус | XP_009668441.1 | 741 | 44% | 62% | |
| Фаэтон | случайность | Белохвостая тропическая птица | XP_010287785.1 | 740 | 44% | 60% | |
| Нестор | замечательный | Кеа | XP_010018784.1 | 741 | 43% | 60% | |
| Рептилия | Офиофаг | Ханна | Королевская кобра | ЭТЕ73844.1 | 671 | 55% | 69% |
| Анолисы | Каролинская | Каролина анол | XP_008106943.1 | 719 | 48% | 66% | |
| Водить машину | виттицепс | Центральный бородатый дракон | XP_020657479.1 | 676 | 52% | 70% | |
| Хрисемида | краска | Раскрашенная черепаха | XP_008162704.1 | 770 | 45% | 60% | |
| Рыба | Каллоринх | milii | Австралийская акула-призрак | XP_007901438.1 | 738 | 57% | 74% |
| ринкодон | тип | Китовая акула | XP_020370482.1 | 712 | 41% | 55% | |
| Сальмо | зарплата | Атлантический лосось | XP_0140366110.1 | 626 | 43% | 60% | |
| Беспозвоночные | Стилофора | вводить | Коралл | XP_022802513.1 | 721 | 33% | 57% |
| Акантастер | плакать | Морская звезда терновый венец | XP_022082271.1 | 750 | 37% | 56% | |
| Мизухопектен | дасоенсис | Гребешок | OWF48219.1 | 260 | 37% | 57% |
Скорость эволюции
[ редактировать ]C18orf63 представляет собой белок, эволюционирующий умеренно медленно. Белок развивается быстрее, чем цитокорм С , но медленнее, чем бетаглобин . [ 14 ]
Взаимодействующие белки
[ редактировать ]Факторы транскрипции, представляющие интерес, которые, по прогнозам, связываются с регуляторной последовательностью, включают супрессоры опухоли p53 , факторы, определяющие SRY семенников , факторы транскрипции, связывающие Y-бокс , и элементы, чувствительные к глюкокортикоидам . [ 11 ] Было обнаружено, что белок JUN взаимодействует с C18orf63 посредством коиммунопреципитации против приманки . [ 33 ] Белок JUN связывается с промотором USP28 в клетках колоректального рака и участвует в активации этих раковых клеток. [ 34 ] [ 35 ]
Клиническое значение
[ редактировать ]Мутации
[ редактировать ]различные миссенс-мутации В человеческой популяции этого белка происходят . В регуляторной последовательности миссенс-мутации происходят в двух сайтах связывания транскрипционных факторов. [ 32 ] Затронутыми факторами транскрипции являются элементы, чувствительные к глюкокортикоидам , и регуляторы клеточного цикла E2F-myc . Существует одиннадцать распространенных мутаций, которые влияют на саму последовательность белка. [ 32 ] Ни одна из этих мутаций не влияет на предсказанные посттрансляционные модификации, которым подвергается последовательность белка.
Ассоциация заболеваний
[ редактировать ]C18orf63 был связан с расстройствами личности , ожирением и диабетом второго типа Согласно полногеномному исследованию связи . [ 36 ] [ 37 ] [ 38 ] В настоящее время исследования не показали, играет ли C18orf63 прямую роль в каком-либо из этих заболеваний.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000206043 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000117781 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г «C18orf63 хромосома 18, открытая рамка считывания 63 [Homo sapiens (человек)] — Ген — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 19 февраля 2018 г.
- ^ Чжэн Х., Чжао С., Цянь М., Рой С., Сохерварди А., Рой Д., Куруц М. (30 сентября 2015 г.). Новые протеомные рабочие процессы, сочетающие в себе истощение альбумина и переваривание на гранулах, для количественного анализа сыворотки рака (PDF) . Группа поддержки биотехнологий (Отчет). Отчет о применении. Рутгерский центр интегративной протеомики.
- ^ Куруц М. (апрель 2016 г.). Общность фенотипа протеома раковой сыворотки, проанализированная с помощью ЖХ-МС/МС, и его применение для мониторинга нарушений регуляции здоровья . Ежегодное собрание Американской ассоциации исследований рака, 2016 г. Новый Орлеан, Лос-Анджелес, США. дои : 10.13140/rg.2.2.23237.65765 .
- ^ «Ген C18orf63» . Генные карты . Проверено 19 февраля 2018 г.
- ^ github.com/gxa/atlas/graphs/contributors, группа разработчиков EMBL-EBI Expression Atlas. «Результаты поиска <Атлас выражений <EMBL-EBI» . www.ebi.ac.uk. Проверено 26 апреля 2018 г.
{{cite web}}:|last=имеет общее имя ( справка ) - ^ Космический. «Ген C18orf63 — КОСМИЧЕСКИЙ» . Cancer.sanger.ac.uk . Проверено 27 апреля 2018 г.
- ^ Jump up to: а б «Геноматикс — анализ данных NGS и персонализированная медицина» . www.genomatix.de . Архивировано из оригинала 24 февраля 2001 г. Проверено 27 апреля 2018 г.
- ^ «Ген СРЮ» . Домашний справочник по генетике . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ «ExPASy — инструмент вычисления pi/Mw» . web.expasy.org . Проверено 26 апреля 2018 г.
- ^ Jump up to: а б с д «Protein BLAST: поиск по базам данных белков с помощью запроса белков» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 26 апреля 2018 г.
- ^ ЭМБЛ-ЭБИ. «SAPS <Статистика последовательности <EMBL-EBI» . www.ebi.ac.uk. Проверено 1 мая 2018 г.
- ^ «Частота аминокислот» . www.tiem.utk.edu . Архивировано из оригинала 29 апреля 2017 г. Проверено 1 мая 2018 г.
- ^ Кумар Т.А. «CFSSP: Сервер прогнозирования вторичной структуры Чоу и Фасмана» . www.biogem.org . Проверено 1 мая 2018 г.
- ^ «Сервер I-TASSER для прогнозирования структуры и функций белков» . zhanglab.ccmb.med.umich.edu . Проверено 1 мая 2018 г.
- ^ «неохарактеризованный белок C18orf63 [Homo sapiens] — Белок — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 26 апреля 2018 г.
- ^ Морган Д.О. (июнь 2013 г.). «Коробка D соответствует своему назначению» . Молекулярная клетка . 50 (5): 609–10. doi : 10.1016/j.molcel.2013.05.023 . ПМК 3702177 . ПМИД 23746347 .
- ^ Нойхаус А., Кушапур Х., Вольф Дж., Мейер Н.Х., Мадл Т., Саидовски Дж., Хамбрух Э., Лазам А., Юнг М., Саттлер М., Шлибс В., Эрдманн Р. (январь 2014 г.). «Новый сайт взаимодействия с белком Pex14 человеческого Pex5 имеет решающее значение для импорта матриксного белка в пероксисомы» . Журнал биологической химии . 289 (1): 437–48. дои : 10.1074/jbc.M113.499707 . ПМЦ 3879566 . ПМИД 24235149 .
- ^ Оу Ю, Чжан Ю, Ченг М, Раттнер Дж.Б., Добрински И., ван дер Хорн Ф.А. (2012). «Нацеливание CRMP-2 на первичную ресничку модулируется GSK-3β» . ПЛОС ОДИН . 7 (11): е48773. Бибкод : 2012PLoSO...748773O . дои : 10.1371/journal.pone.0048773 . ПМК 3504062 . ПМИД 23185275 .
- ^ Накаи К., Хортон П. (январь 1999 г.). «PSORT: программа для обнаружения сигналов сортировки в белках и прогнозирования их субклеточной локализации». Тенденции биохимических наук . 24 (1): 34–6. дои : 10.1016/S0968-0004(98)01336-X . ПМИД 10087920 .
- ^ Мёллер С., Кронинг, доктор медицинских наук, Апвейлер Р. (июль 2001 г.). «Оценка методов прогнозирования областей, охватывающих мембраны». Биоинформатика . 17 (7): 646–53. дои : 10.1093/биоинформатика/17.7.646 . ПМИД 11448883 .
- ^ «Сканирование мотивов» . myhits.isb-sib.ch . Проверено 27 апреля 2018 г.
- ^ «Сервер NetAcet 1.0» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 27 апреля 2018 г.
- ^ «Сервер NetNGlyc 1.0» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 27 апреля 2018 г.
- ^ Jump up to: а б Петерсен Т.Н., Брунак С., фон Хейне Г., Нильсен Х. (сентябрь 2011 г.). «SignalP 4.0: распознавание сигнальных пептидов из трансмембранных областей» . Природные методы . 8 (10): 785–6. дои : 10.1038/nmeth.1701 . ПМИД 21959131 . S2CID 16509924 .
- ^ «Атлас клеток - C18orf63 - Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 1 мая 2018 г.
- ^ «PSORT: Инструмент прогнозирования субклеточной локализации белков» . www.genscript.com . Проверено 1 мая 2018 г.
- ^ «Сервер TargetP 1.1» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 1 мая 2018 г.
- ^ Jump up to: а б с «Человеческий БЛАТ-поиск» . genome.ucsc.edu . Проверено 27 апреля 2018 г.
- ^ Ли Х, Ван В, Ван Дж, Малованная А, Си Ю, Ли В, Герра Р, Хоук Д.Х., Цинь Дж, Чен Дж (январь 2015 г.). «Протеомный анализ выявляет различные комплексы связанных с хроматином и растворимых факторов транскрипции» . Молекулярная системная биология . 11 (1): 775. doi : 10.15252/msb.20145504 . ПМЦ 4332150 . ПМИД 25609649 .
- ^ «JUN - Фактор транскрипции AP-1 - Homo sapiens (Человек) - Ген и белок JUN» . www.uniprot.org . Проверено 1 мая 2018 г.
- ^ Серра Р.В., Фанг М., Парк С.М., Хатчинсон Л., Грин М.Р. (март 2014 г.). «Путь транскрипционного молчания, направленный на KRAS, который опосредует фенотип метилатора островков CpG» . электронная жизнь . 3 : e02313. doi : 10.7554/eLife.02313 . ПМЦ 3949416 . ПМИД 24623306 .
- ^ Терраччано А, Санна С, Уда М, Дейана Б, Усала Г, Бусонеро Ф, Маскио А, Скалли М, Патрисио Н, Чен ВМ, Дистел М.А., Слагбум Э.П., Бумсма Д.И., Виллафуэрте С., Сливерска Е., Бурмейстер М., Амин Н. , Янссенс АС, ван Дуйн СМ, Шлессингер Д, Абекасис ГР, Коста ПТ (июнь 2010 г.). «Полногеномное сканирование ассоциаций пяти основных измерений личности» . Молекулярная психиатрия . 15 (6): 647–56. дои : 10.1038/mp.2008.113 . ПМЦ 2874623 . ПМИД 18957941 .
- ^ Comuzzie AG, Коул С.А., Ластон С.Л., Воруганти В.С., Хаак К., Гиббс Р.А., Бьютт Н.Ф. (2012). «Идентифицированы новые генетические локусы патофизиологии детского ожирения среди латиноамериканского населения» . ПЛОС ОДИН . 7 (12): е51954. Бибкод : 2012PLoSO...751954C . дои : 10.1371/journal.pone.0051954 . ПМЦ 3522587 . ПМИД 23251661 .
- ^ Саксена Р., Войт Б.Ф., Лысенко В., Бертт Н.П., де Баккер П.И., Чен Х., Ройс Дж.Дж., Кэтиресан С., Хиршхорн Дж.Н., Дейли М.Дж., Хьюз Т.Е., Груп Л., Альтшулер Д., Альмгрен П., Флорес Дж.К., Мейер Дж., Ардли К, Бенгтссон Бострем К, Исомаа Б, Леттре Дж, Линдблад Ю, Лион ХН, Меландер О, Ньютон-Че С, Нильссон П, Орхо-Меландер М, Ростам Л, Спелиотес Е.К., Таскинен М.Р., Туоми Т., Гуидуччи С., Берглунд А., Карлсон Дж., Джаннини Л., Хакетт Р., Холл Л., Холмквист Дж. , Лаурила Э, Шегрен М, Штернер М, Сурти А, Свенссон М, Свенссон М, Тьюи Р, Блюменстил Б, Паркин М, Дефелис М, Барри Р, Бродер В, Камарата Дж, Чиа Н, Фава М, Гиббонс Дж, Рукосакер Б, Хили С, Нгуен К, Гейтс С, Суньез С, Гейдж Д., Ниццари М., Габриэль С.Б., Чирн Г.В., Ма Кью, Парих Х., Ричардсон Д., Рике Д., Перселл С. (июнь 2007 г.). «Полногеномный анализ ассоциаций идентифицирует локусы диабета 2 типа и уровни триглицеридов» . Наука . 316 (5829): 1331–6. Бибкод : 2007Sci...316.1331. . дои : 10.1126/science.1142358 . ПМИД 17463246 . S2CID 26332244 .