ЛЧН
LCHN — это белок, который у человека кодируется геном KIAA1147 (идентификатор гена NCBI 57189), расположенным на хромосоме 7 . [ 1 ] Вероятно, это часть трехчастного семейства белков DENN-доменов, которые часто функционируют как Rab - GEF. [ 2 ] [ 3 ] регулировать везикулярный трафик . [ 2 ] Было показано, что и мРНК, и белок активируются после ишемического инсульта . [ 4 ] и производиться на измененных уровнях у пациентов с ЛВД - БАС , [ 5 ] однако вклад гена в эти состояния недостаточно изучен.
Ген
[ редактировать ]KIAA1147 расположен на 7-й хромосоме у человека от оснований 141652381-141702188 на отрицательной цепи. [ 6 ] Дополнительные названия KIAA1147 включают PRO25611 , [ 7 ] AI841796 в мышке [ 8 ] и RGD1563986 у крысы. [ 9 ] только об одном транскрипте мРНК KIAA1147 в NCBI, который состоит из 9 экзонов. Сообщается [ 1 ]
Белок
[ редактировать ]

Человеческий LCHN представляет собой цитоплазматический белок, состоящий из 455 аминокислот, который, по прогнозам, имел массу 51,4 кДа до модификаций с изоэлектрической точкой 5,06. [ 10 ] Большинство из 455 аминокислот составляют трехчастные домены DENN, которые обычно встречаются в белках, действующих как Rab-GEF. [ 2 ] и регулируют везикулярный трафик. [ 2 ] LCHN имеет несколько предсказанных сайтов фосфорилирования. [ 11 ] и содержит множество мотивов связывания киназы . [ 12 ] Предполагается, что домены uDENN и cDENN LCHN будут преимущественно спиральными , в то время как домен dDENN будет представлять собой комбинацию альфа-спирали и бета-листа . [ 13 ] [ 14 ] [ 15 ] Домен cDENN является наиболее консервативным доменом среди белков семейства DENN. [ 2 ] а также в основном является спиралью белка DENND1B, [ 16 ] который был кристаллизован и подтвержден, что он взаимодействует с обменным доменом гуаниновых нуклеотидов Rab-35 . [ 16 ] LCHN также содержит область оси стабильности полярности (SPA). [ 6 ] это может позволить ему играть роль в делении клеток . [ 17 ]
Выражение
[ редактировать ]
Ткани
[ редактировать ]В Атласе белков человека KIAA1147 сообщается о высоких уровнях транскрипции в нескольких областях мозга, включая кору головного мозга , мозжечок и сетчатку , а также в областях, не относящихся к мозгу, включая селезенку, тимус, желудок, простату, легкие и восходящую кишку. [ 18 ] Иммуногистохимия показала, что LCHN локализуется на цитоплазматической поверхности аппарата Гольджи в клеточной культуре. [ 19 ] и мозг в развитии эмбриона мыши . [ 20 ] В мозгу взрослых мышей и человека LCHN экспрессируется относительно повсеместно. [ 21 ] [ 22 ] Было показано, что экспрессия LCHN увеличивается в ответ на хронический алкоголизм . [ 23 ] незрелый и зрелый дендритный ответ на гипоксию и ишемический инсульт . [ 4 ]
Транскрипционная регуляция
[ редактировать ]имеются сайты связывания двух основных групп транскрипционных факторов В предсказанном промоторе KIAA1147 . Первая группа состоит из элементов, связанных с клеточным циклом и развитием нейронов , и включает AP-2 , NRF1 , BRAC, E2F , NEUR и NRSF . [ 24 ] Второй состоит из элементов, связанных с повреждением головного мозга, включая HIFF (фактор, индуцируемый гипоксией), CREB (фактор, реагирующий на цАМФ, связанный с реакцией на стресс ER), GREF ( фактор, ответственный за глюкокортикоиды ), HEAT (фактор, реагирующий на тепловой шок) и HDBP ( болезнь Хантингтона) . регуляторный связывающий белок). [ 24 ] У пациентов с ЛВД-АЛС сообщалось об аномальном метилировании CpG KIAA1147, расположенном выше. [ 5 ]
Взаимодействующие белки
[ редактировать ]НАСТРОЙКА1
[ редактировать ]Двухгибридные дрожжевые анализы показали, что LCHN физически взаимодействует с SETBP1 . [ 25 ] белок, содержащий 3 сигнала ядерной локализации . [ 26 ] Несмотря на отсутствие предсказанного сигнала ядерной локализации в собственной последовательности, это взаимодействие предполагает, что LCHN может быть способен проникать в ядро и иметь функциональное значение .
ТГОЛН2
[ редактировать ]В исследованиях аффинной хроматографии сообщалось, что LCHN имеет физическую связь с TGOLN2 . [ 27 ] [ 28 ] поверхностный белок аппарата Гольджи. [ 29 ] Это, вероятно, объясняет иммуногистохимическое обнаружение сильной локализации LCHN вблизи аппарата Гольджи. [ 19 ] несмотря на то, что он является предсказанным цитоплазматическим белком. [ 10 ]
Калликреины
[ редактировать ]Исследования аффинной хроматографии также сообщили о физической связи между LCHN и калликреинами KLK5 и KLK11 . [ 27 ] [ 28 ] сериновые протеазы . [ 30 ] Возможно, что расщепление этими протеазами может иметь отношение к функции LCHN.
ЭФНБ3
[ редактировать ]Сообщается, что LCHN способен к физической ассоциации с EFNB3 . [ 27 ] лиганд рецептора эфрина , о значимости которого сообщается в развитии нейронов . [ 31 ] Это, в сочетании с высокой экспрессией LCHN в развивающейся центральной нервной системе , позволяет предположить, что связывание LCHN с EFNB3 может модулировать развитие нейронов.
Прогнозируемая функция
[ редактировать ]Нейрональное инсульт
[ редактировать ]
Сообщалось, что экспрессия LCHN не регулируется после ишемического инсульта, хронического алкоголизма и реакции клеточной культуры незрелых и зрелых дендритов на длительную гипоксию. [ 4 ] [ 23 ] Кроме того, снижение экспрессии в результате метилирования CpG считается патогенным у пациентов с ЛВД - АЛС . [ 5 ] Внутри предсказанного промотора KIAA1147 предсказаны сайты связывания для элементов ответа на гипоксию , которые будут сопровождать ишемический инсульт , белки теплового шока , факторы, связанные с опосредованной глюкокортикоидами реакцией на стресс , и факторы, реагирующие на цАМФ, связанные с ER реакцией на стресс . [ 32 ] В связи с сообщениями о повышении регуляции LCHN после ишемического инсульта , который часто приводит к повреждению или смерти нейронов , [ 33 ] а также наличие нескольких мест связывания факторов, вызванных быстрой травмой головного мозга , [ 24 ] вполне вероятно, что KIAA1147 играет роль в реакции мозга на внезапный стресс и травму.
Развитие нейронов
[ редактировать ]Присутствие домена SPA в составе LCHN предполагает, что он может играть роль в делении клеток . [ 6 ] [ 17 ] Было показано, что LCHN физически связан с EFNB3 , белком, который, как сообщается, важен для развития нейронов. [ 27 ] [ 31 ] Второе сообщение о связи с SETBP1 может открыть для LCHN возможность играть роль в регуляции клеточного цикла изнутри ядра. [ 25 ] [ 26 ] Предсказанный промотор связанных с клеточным делением, KIAA1147 содержит сайты связывания для факторов, и факторов, которые, как известно, имеют специфическую экспрессию во время развития нейронов . Гибридизация РНК in situ показала, что KIAA1147 находится на высоких уровнях в развивающемся мозге. В совокупности эти данные позволяют предположить, что LCHN играет роль в регуляции клеточного деления во время развития мозга.
Клиническое значение
[ редактировать ]Было показано, что LCHN активируется после ряда повреждений головного мозга, включая реакцию на хронический алкоголизм , незрелый и зрелый ответ дендритов на гипоксию и ишемический инсульт . [ 4 ] [ 23 ] Недавние исследования выявили аномальное метилирование CpG LCHN при FTD-ALS. [ 5 ] Ни о каких заболеваниях, вызывающих SNP в LCHN, с высокой частотой не сообщалось. [ 34 ]
Гомология
[ редактировать ]

не сообщалось . О паралогах LCHN у человека [ 1 ] LCHN Гомологи существуют у животных, начиная с самых ранних губок , с заметным отсутствием экспрессии у Drosophila и C. elegans . [ 1 ] Существует также ряд гомологов LCHN у простейших, включая хоанофлагелляты , амебы и водоросли , а также у других одноклеточных эукариот, включая грибы . [ 1 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д и «KIAA1147 KIAA1147 [Homo sapiens (человек)] — Ген — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 1 мая 2018 г.
- ^ Jump up to: а б с д и Марат А.Л., Докаиниш Х., Макферсон П.С. (апрель 2011 г.). «Белки домена DENN: регуляторы Rab GTPases» . Журнал биологической химии . 286 (16): 13791–800. дои : 10.1074/jbc.R110.217067 . ПМК 3077579 . ПМИД 21330364 .
- ^ Барр Ф., Ламбрайт Д.Г. (август 2010 г.). «Раб ГЭФ и пробелы» . Современное мнение в области клеточной биологии . 22 (4): 461–70. дои : 10.1016/j.ceb.2010.04.007 . ПМЦ 2929657 . ПМИД 20466531 .
- ^ Jump up to: а б с д Чжан Г., Юнг Б.П., Хо В., Джуглофф Д.Г., Чунг Х.Х., Гурд Дж.В. и др. (апрель 2007 г.). «Выделение и характеристика LCHN: новый фактор, вызванный транзиторной глобальной ишемией в гиппокампе взрослых крыс» . Журнал нейрохимии . 101 (1): 263–73. дои : 10.1111/j.1471-4159.2006.04374.x . ПМИД 17394467 . S2CID 44890608 .
- ^ Jump up to: а б с д Таскесен Э., Мишра А., ван дер Слюис С., Феррари Р., Велдинк Дж.Х., ван Эс М.А. и др. (август 2017 г.). «Восприимчивые гены и механизмы заболевания, идентифицированные при лобно-височной деменции и лобно-височной деменции с боковым амиотрофическим склерозом с помощью метилирования ДНК и GWAS» . Научные отчеты . 7 (1): 8899. Бибкод : 2017НатСР...7.8899Т . дои : 10.1038/s41598-017-09320-z . ПМК 5567187 . ПМИД 28827549 .
- ^ Jump up to: а б с «Ген: KIAA1147 (ENSG00000257093) - Краткое описание - Homo sapiens - Браузер генома Ensembl 91» . useast.ensembl.org . Проверено 4 февраля 2018 г.
- ^ «KIAA1147 KIAA1147 [Homo sapiens (человек)] — Ген — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 4 февраля 2018 г.
- ^ «E330009J07Rik RIKEN кДНК E330009J07 ген [Mus musculus (домовая мышь)] — Ген — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 4 февраля 2018 г.
- ^ «RGD1563986 аналогичен гену кДНК RIKEN E330009J07 [Rattus norvegicus (норвежская крыса)] — Ген — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 4 февраля 2018 г.
- ^ Jump up to: а б ЭМБЛ-ЭБИ. «SAPS <Статистика последовательности <EMBL-EBI» . www.ebi.ac.uk. Проверено 1 мая 2018 г.
- ^ «Сервер NetPhos 3.1» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 1 мая 2018 г.
- ^ «ELM — Поиск ресурса ELM» . elm.eu.org . Проверено 1 мая 2018 г.
- ^ UCBL Ид. «NPS@: прогноз вторичной структуры SOPMA» . npsa-prabi.ibcp.fr . Проверено 1 мая 2018 г.
{{cite web}}
: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка ) - ^ UCBL Ид. «NPS@: прогноз вторичной структуры GOR4» . npsa-prabi.ibcp.fr . Проверено 1 мая 2018 г.
{{cite web}}
: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка ) - ^ Кумар ПТ. «CFSSP: Сервер прогнозирования вторичной структуры Чоу и Фасмана» . www.biogem.org . Проверено 1 мая 2018 г.
- ^ Jump up to: а б Ву X, Куммел Д., Райниш К. (16 ноября 2011 г.). «GEF-домен DENND 1B в комплексе с Rab GTPase Rab35» . www.rcsb.org . дои : 10.2210/pdb3tw8/pdb . Проверено 1 мая 2018 г.
- ^ Jump up to: а б «SP NCBI CDD консервативного белкового домена» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 3 мая 2018 г.
- ^ «Тканевая экспрессия KIAA1147 - Резюме - Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 3 мая 2018 г.
- ^ Jump up to: а б «Клеточный атлас - KIAA1147 - Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 3 мая 2018 г.
- ^ «Genepaint — хранилище данных об экспрессии генов в высоком разрешении» . gp3.mpg.de. Проверено 3 мая 2018 г.
- ^ «Детали гена :: Атлас мозга Аллена: Мозг мыши» . mouse.brain-map.org . Проверено 3 мая 2018 г.
- ^ «Пренатальная микроматрица LMD :: BrainSpan: Атлас развивающегося человеческого мозга» . www.brainspan.org . Проверено 3 мая 2018 г.
- ^ Jump up to: а б с гео. «Обозреватель набора данных GEO» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 3 мая 2018 г.
- ^ Jump up to: а б с «Эльдорадо: Аннотация и анализ» . www.genomatix.de . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ Jump up to: а б Роллан Т., Ташан М., Шарлото Б., Певзнер С.Дж., Чжун К., Сахни Н. и др. (ноябрь 2014 г.). «Карта интерактомной сети человека в масштабе протеома» . Клетка . 159 (5): 1212–1226. дои : 10.1016/j.cell.2014.10.050 . ПМК 4266588 . ПМИД 25416956 .
- ^ Jump up to: а б База данных ГХ. «Ген SETBP1 — GeneCards | Белок SETBP | Антитело SETBP» . www.genecards.org . Проверено 3 мая 2018 г.
- ^ Jump up to: а б с д Хаттлин Э.Л., Тинг Л., Брукнер Р.Дж., Гебреаб Ф., Гиги М.П., Шпит Дж. и др. (июль 2015 г.). «Сеть BioPlex: систематическое исследование человеческого интерактома» . Клетка . 162 (2): 425–440. дои : 10.1016/j.cell.2015.06.043 . ПМЦ 4617211 . ПМИД 26186194 .
- ^ Jump up to: а б Хаттлин Э.Л., Брукнер Р.Дж., Пауло Дж.А., Кэннон Дж.Р., Тинг Л., Балтиер К. и др. (май 2017 г.). «Архитектура интерактома человека определяет белковые сообщества и сети заболеваний» . Природа . 545 (7655): 505–509. Бибкод : 2017Natur.545..505H . дои : 10.1038/nature22366 . ПМЦ 5531611 . ПМИД 28514442 .
- ^ База данных ГХ. «Ген TGOLN2 - GeneCards | Белок TGON2 | Антитело TGON2» . www.genecards.org . Проверено 3 мая 2018 г.
- ^ Калинска М., Мейер-Хофферт У., Кантика Т., Потемпа Дж. (март 2016 г.). «Калликреины — плавильный котел активности и функции» . Биохимия . 122 : 270–82. дои : 10.1016/j.biochi.2015.09.023 . ПМЦ 4747678 . ПМИД 26408415 .
- ^ Jump up to: а б База данных ГХ. «Ген EFNB3 - GeneCards | Белок EFNB3 | Антитело EFNB3» . www.genecards.org . Проверено 3 мая 2018 г.
- ^ Сюй С., Байи-Мэтр Б., Рид Дж.К. (01 октября 2005 г.). «Стресс эндоплазматической сети: решения о жизни и смерти клеток» . Журнал клинических исследований . 115 (10): 2656–2664. дои : 10.1172/JCI26373 . ISSN 0021-9738 . ПМЦ 1236697 . ПМИД 16200199 .
- ^ Тауфик Э., Проберт Л. (2008). «Ишемическое повреждение нейронов». Текущий фармацевтический дизайн . 14 (33): 3565–3573. дои : 10.2174/138161208786848748 . ISSN 1873-4286 . ПМИД 19075733 .
- ^ «Главная — СНП — НЦБИ» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 5 мая 2018 г.