Jump to content

ЛЧН

LCHN — это белок, который у человека кодируется геном KIAA1147 (идентификатор гена NCBI 57189), расположенным на хромосоме 7 . [ 1 ] Вероятно, это часть трехчастного семейства белков DENN-доменов, которые часто функционируют как Rab - GEF. [ 2 ] [ 3 ] регулировать везикулярный трафик . [ 2 ] Было показано, что и мРНК, и белок активируются после ишемического инсульта . [ 4 ] и производиться на измененных уровнях у пациентов с ЛВД - БАС , [ 5 ] однако вклад гена в эти состояния недостаточно изучен.

KIAA1147 расположен на 7-й хромосоме у человека от оснований 141652381-141702188 на отрицательной цепи. [ 6 ] Дополнительные названия KIAA1147 включают PRO25611 , [ 7 ] AI841796 в мышке [ 8 ] и RGD1563986 у крысы. [ 9 ] только об одном транскрипте мРНК KIAA1147 в NCBI, который состоит из 9 экзонов. Сообщается [ 1 ]

Белки LCHN и DENND1b, при этом домен cDENN выделен, чтобы показать сходство вторичной и третичной структуры.

Человеческий LCHN представляет собой цитоплазматический белок, состоящий из 455 аминокислот, который, по прогнозам, имел массу 51,4 кДа до модификаций с изоэлектрической точкой 5,06. [ 10 ] Большинство из 455 аминокислот составляют трехчастные домены DENN, которые обычно встречаются в белках, действующих как Rab-GEF. [ 2 ] и регулируют везикулярный трафик. [ 2 ] LCHN имеет несколько предсказанных сайтов фосфорилирования. [ 11 ] и содержит множество мотивов связывания киназы . [ 12 ] Предполагается, что домены uDENN и cDENN LCHN будут преимущественно спиральными , в то время как домен dDENN будет представлять собой комбинацию альфа-спирали и бета-листа . [ 13 ] [ 14 ] [ 15 ] Домен cDENN является наиболее консервативным доменом среди белков семейства DENN. [ 2 ] а также в основном является спиралью белка DENND1B, [ 16 ] который был кристаллизован и подтвержден, что он взаимодействует с обменным доменом гуаниновых нуклеотидов Rab-35 . [ 16 ] LCHN также содержит область оси стабильности полярности (SPA). [ 6 ] это может позволить ему играть роль в делении клеток . [ 17 ]

Выражение

[ редактировать ]
Иммуногистохимия показывает локализацию LCHN на цитоплазматической поверхности аппарата Гольджи.

В Атласе белков человека KIAA1147 сообщается о высоких уровнях транскрипции в нескольких областях мозга, включая кору головного мозга , мозжечок и сетчатку , а также в областях, не относящихся к мозгу, включая селезенку, тимус, желудок, простату, легкие и восходящую кишку. [ 18 ] Иммуногистохимия показала, что LCHN локализуется на цитоплазматической поверхности аппарата Гольджи в клеточной культуре. [ 19 ] и мозг в развитии эмбриона мыши . [ 20 ] В мозгу взрослых мышей и человека LCHN экспрессируется относительно повсеместно. [ 21 ] [ 22 ] Было показано, что экспрессия LCHN увеличивается в ответ на хронический алкоголизм . [ 23 ] незрелый и зрелый дендритный ответ на гипоксию и ишемический инсульт . [ 4 ]

Транскрипционная регуляция

[ редактировать ]

имеются сайты связывания двух основных групп транскрипционных факторов В предсказанном промоторе KIAA1147 . Первая группа состоит из элементов, связанных с клеточным циклом и развитием нейронов , и включает AP-2 , NRF1 , BRAC, E2F , NEUR и NRSF . [ 24 ] Второй состоит из элементов, связанных с повреждением головного мозга, включая HIFF (фактор, индуцируемый гипоксией), CREB (фактор, реагирующий на цАМФ, связанный с реакцией на стресс ER), GREF ( фактор, ответственный за глюкокортикоиды ), HEAT (фактор, реагирующий на тепловой шок) и HDBP ( болезнь Хантингтона) . регуляторный связывающий белок). [ 24 ] У пациентов с ЛВД-АЛС сообщалось об аномальном метилировании CpG KIAA1147, расположенном выше. [ 5 ]

Взаимодействующие белки

[ редактировать ]

НАСТРОЙКА1

[ редактировать ]

Двухгибридные дрожжевые анализы показали, что LCHN физически взаимодействует с SETBP1 . [ 25 ] белок, содержащий 3 сигнала ядерной локализации . [ 26 ] Несмотря на отсутствие предсказанного сигнала ядерной локализации в собственной последовательности, это взаимодействие предполагает, что LCHN может быть способен проникать в ядро ​​и иметь функциональное значение .

В исследованиях аффинной хроматографии сообщалось, что LCHN имеет физическую связь с TGOLN2 . [ 27 ] [ 28 ] поверхностный белок аппарата Гольджи. [ 29 ] Это, вероятно, объясняет иммуногистохимическое обнаружение сильной локализации LCHN вблизи аппарата Гольджи. [ 19 ] несмотря на то, что он является предсказанным цитоплазматическим белком. [ 10 ]

Калликреины

[ редактировать ]

Исследования аффинной хроматографии также сообщили о физической связи между LCHN и калликреинами KLK5 и KLK11 . [ 27 ] [ 28 ] сериновые протеазы . [ 30 ] Возможно, что расщепление этими протеазами может иметь отношение к функции LCHN.

Сообщается, что LCHN способен к физической ассоциации с EFNB3 . [ 27 ] лиганд рецептора эфрина , о значимости которого сообщается в развитии нейронов . [ 31 ] Это, в сочетании с высокой экспрессией LCHN в развивающейся центральной нервной системе , позволяет предположить, что связывание LCHN с EFNB3 может модулировать развитие нейронов.

Прогнозируемая функция

[ редактировать ]

Нейрональное инсульт

[ редактировать ]
LCHN локализован в развивающемся мозге мыши.

Сообщалось, что экспрессия LCHN не регулируется после ишемического инсульта, хронического алкоголизма и реакции клеточной культуры незрелых и зрелых дендритов на длительную гипоксию. [ 4 ] [ 23 ] Кроме того, снижение экспрессии в результате метилирования CpG считается патогенным у пациентов с ЛВД - АЛС . [ 5 ] Внутри предсказанного промотора KIAA1147 предсказаны сайты связывания для элементов ответа на гипоксию , которые будут сопровождать ишемический инсульт , белки теплового шока , факторы, связанные с опосредованной глюкокортикоидами реакцией на стресс , и факторы, реагирующие на цАМФ, связанные с ER реакцией на стресс . [ 32 ] В связи с сообщениями о повышении регуляции LCHN после ишемического инсульта , который часто приводит к повреждению или смерти нейронов , [ 33 ] а также наличие нескольких мест связывания факторов, вызванных быстрой травмой головного мозга , [ 24 ] вполне вероятно, что KIAA1147 играет роль в реакции мозга на внезапный стресс и травму.

Развитие нейронов

[ редактировать ]

Присутствие домена SPA в составе LCHN предполагает, что он может играть роль в делении клеток . [ 6 ] [ 17 ] Было показано, что LCHN физически связан с EFNB3 , белком, который, как сообщается, важен для развития нейронов. [ 27 ] [ 31 ] Второе сообщение о связи с SETBP1 может открыть для LCHN возможность играть роль в регуляции клеточного цикла изнутри ядра. [ 25 ] [ 26 ] Предсказанный промотор связанных с клеточным делением, KIAA1147 содержит сайты связывания для факторов, и факторов, которые, как известно, имеют специфическую экспрессию во время развития нейронов . Гибридизация РНК in situ показала, что KIAA1147 находится на высоких уровнях в развивающемся мозге. В совокупности эти данные позволяют предположить, что LCHN играет роль в регуляции клеточного деления во время развития мозга.

Клиническое значение

[ редактировать ]

Было показано, что LCHN активируется после ряда повреждений головного мозга, включая реакцию на хронический алкоголизм , незрелый и зрелый ответ дендритов на гипоксию и ишемический инсульт . [ 4 ] [ 23 ] Недавние исследования выявили аномальное метилирование CpG LCHN при FTD-ALS. [ 5 ] Ни о каких заболеваниях, вызывающих SNP в LCHN, с высокой частотой не сообщалось. [ 34 ]

Гомология

[ редактировать ]
Животные ортологи LCHN
Неживотные ортологи LCHN

не сообщалось . О паралогах LCHN у человека [ 1 ] LCHN Гомологи существуют у животных, начиная с самых ранних губок , с заметным отсутствием экспрессии у Drosophila и C. elegans . [ 1 ] Существует также ряд гомологов LCHN у простейших, включая хоанофлагелляты , амебы и водоросли , а также у других одноклеточных эукариот, включая грибы . [ 1 ]

  1. ^ Jump up to: а б с д и «KIAA1147 KIAA1147 [Homo sapiens (человек)] — Ген — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 1 мая 2018 г.
  2. ^ Jump up to: а б с д и Марат А.Л., Докаиниш Х., Макферсон П.С. (апрель 2011 г.). «Белки домена DENN: регуляторы Rab GTPases» . Журнал биологической химии . 286 (16): 13791–800. дои : 10.1074/jbc.R110.217067 . ПМК   3077579 . ПМИД   21330364 .
  3. ^ Барр Ф., Ламбрайт Д.Г. (август 2010 г.). «Раб ГЭФ и пробелы» . Современное мнение в области клеточной биологии . 22 (4): 461–70. дои : 10.1016/j.ceb.2010.04.007 . ПМЦ   2929657 . ПМИД   20466531 .
  4. ^ Jump up to: а б с д Чжан Г., Юнг Б.П., Хо В., Джуглофф Д.Г., Чунг Х.Х., Гурд Дж.В. и др. (апрель 2007 г.). «Выделение и характеристика LCHN: новый фактор, вызванный транзиторной глобальной ишемией в гиппокампе взрослых крыс» . Журнал нейрохимии . 101 (1): 263–73. дои : 10.1111/j.1471-4159.2006.04374.x . ПМИД   17394467 . S2CID   44890608 .
  5. ^ Jump up to: а б с д Таскесен Э., Мишра А., ван дер Слюис С., Феррари Р., Велдинк Дж.Х., ван Эс М.А. и др. (август 2017 г.). «Восприимчивые гены и механизмы заболевания, идентифицированные при лобно-височной деменции и лобно-височной деменции с боковым амиотрофическим склерозом с помощью метилирования ДНК и GWAS» . Научные отчеты . 7 (1): 8899. Бибкод : 2017НатСР...7.8899Т . дои : 10.1038/s41598-017-09320-z . ПМК   5567187 . ПМИД   28827549 .
  6. ^ Jump up to: а б с «Ген: KIAA1147 (ENSG00000257093) - Краткое описание - Homo sapiens - Браузер генома Ensembl 91» . useast.ensembl.org . Проверено 4 февраля 2018 г.
  7. ^ «KIAA1147 KIAA1147 [Homo sapiens (человек)] — Ген — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 4 февраля 2018 г.
  8. ^ «E330009J07Rik RIKEN кДНК E330009J07 ген [Mus musculus (домовая мышь)] — Ген — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 4 февраля 2018 г.
  9. ^ «RGD1563986 аналогичен гену кДНК RIKEN E330009J07 [Rattus norvegicus (норвежская крыса)] — Ген — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 4 февраля 2018 г.
  10. ^ Jump up to: а б ЭМБЛ-ЭБИ. «SAPS <Статистика последовательности <EMBL-EBI» . www.ebi.ac.uk. ​Проверено 1 мая 2018 г.
  11. ^ «Сервер NetPhos 3.1» . www.cbs.dtu.dk. ​Проверено 1 мая 2018 г.
  12. ^ «ELM — Поиск ресурса ELM» . elm.eu.org . Проверено 1 мая 2018 г.
  13. ^ UCBL Ид. «NPS@: прогноз вторичной структуры SOPMA» . npsa-prabi.ibcp.fr . Проверено 1 мая 2018 г. {{cite web}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
  14. ^ UCBL Ид. «NPS@: прогноз вторичной структуры GOR4» . npsa-prabi.ibcp.fr . Проверено 1 мая 2018 г. {{cite web}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
  15. ^ Кумар ПТ. «CFSSP: Сервер прогнозирования вторичной структуры Чоу и Фасмана» . www.biogem.org . Проверено 1 мая 2018 г.
  16. ^ Jump up to: а б Ву X, Куммел Д., Райниш К. (16 ноября 2011 г.). «GEF-домен DENND 1B в комплексе с Rab GTPase Rab35» . www.rcsb.org . дои : 10.2210/pdb3tw8/pdb . Проверено 1 мая 2018 г.
  17. ^ Jump up to: а б «SP NCBI CDD консервативного белкового домена» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 3 мая 2018 г.
  18. ^ «Тканевая экспрессия KIAA1147 - Резюме - Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 3 мая 2018 г.
  19. ^ Jump up to: а б «Клеточный атлас - KIAA1147 - Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 3 мая 2018 г.
  20. ^ «Genepaint — хранилище данных об экспрессии генов в высоком разрешении» . gp3.mpg.de. ​Проверено 3 мая 2018 г.
  21. ^ «Детали гена :: Атлас мозга Аллена: Мозг мыши» . mouse.brain-map.org . Проверено 3 мая 2018 г.
  22. ^ «Пренатальная микроматрица LMD :: BrainSpan: Атлас развивающегося человеческого мозга» . www.brainspan.org . Проверено 3 мая 2018 г.
  23. ^ Jump up to: а б с гео. «Обозреватель набора данных GEO» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 3 мая 2018 г.
  24. ^ Jump up to: а б с «Эльдорадо: Аннотация и анализ» . www.genomatix.de . Проверено 5 мая 2018 г.
  25. ^ Jump up to: а б Роллан Т., Ташан М., Шарлото Б., Певзнер С.Дж., Чжун К., Сахни Н. и др. (ноябрь 2014 г.). «Карта интерактомной сети человека в масштабе протеома» . Клетка . 159 (5): 1212–1226. дои : 10.1016/j.cell.2014.10.050 . ПМК   4266588 . ПМИД   25416956 .
  26. ^ Jump up to: а б База данных ГХ. «Ген SETBP1 — GeneCards | Белок SETBP | Антитело SETBP» . www.genecards.org . Проверено 3 мая 2018 г.
  27. ^ Jump up to: а б с д Хаттлин Э.Л., Тинг Л., Брукнер Р.Дж., Гебреаб Ф., Гиги М.П., ​​Шпит Дж. и др. (июль 2015 г.). «Сеть BioPlex: систематическое исследование человеческого интерактома» . Клетка . 162 (2): 425–440. дои : 10.1016/j.cell.2015.06.043 . ПМЦ   4617211 . ПМИД   26186194 .
  28. ^ Jump up to: а б Хаттлин Э.Л., Брукнер Р.Дж., Пауло Дж.А., Кэннон Дж.Р., Тинг Л., Балтиер К. и др. (май 2017 г.). «Архитектура интерактома человека определяет белковые сообщества и сети заболеваний» . Природа . 545 (7655): 505–509. Бибкод : 2017Natur.545..505H . дои : 10.1038/nature22366 . ПМЦ   5531611 . ПМИД   28514442 .
  29. ^ База данных ГХ. «Ген TGOLN2 - GeneCards | Белок TGON2 | Антитело TGON2» . www.genecards.org . Проверено 3 мая 2018 г.
  30. ^ Калинска М., Мейер-Хофферт У., Кантика Т., Потемпа Дж. (март 2016 г.). «Калликреины — плавильный котел активности и функции» . Биохимия . 122 : 270–82. дои : 10.1016/j.biochi.2015.09.023 . ПМЦ   4747678 . ПМИД   26408415 .
  31. ^ Jump up to: а б База данных ГХ. «Ген EFNB3 - GeneCards | Белок EFNB3 | Антитело EFNB3» . www.genecards.org . Проверено 3 мая 2018 г.
  32. ^ Сюй С., Байи-Мэтр Б., Рид Дж.К. (01 октября 2005 г.). «Стресс эндоплазматической сети: решения о жизни и смерти клеток» . Журнал клинических исследований . 115 (10): 2656–2664. дои : 10.1172/JCI26373 . ISSN   0021-9738 . ПМЦ   1236697 . ПМИД   16200199 .
  33. ^ Тауфик Э., Проберт Л. (2008). «Ишемическое повреждение нейронов». Текущий фармацевтический дизайн . 14 (33): 3565–3573. дои : 10.2174/138161208786848748 . ISSN   1873-4286 . ПМИД   19075733 .
  34. ^ «Главная — СНП — НЦБИ» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 5 мая 2018 г.
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: c9e15b9fb78d5085d1595199c6e4610c__1712422500
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/c9/0c/c9e15b9fb78d5085d1595199c6e4610c.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
LCHN - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)