Лигаза
В биохимии лигаза , — это фермент который может катализировать соединение ( связывание ) двух молекул путем образования новой химической связи . Обычно это происходит посредством гидролиза небольшой боковой химической группы на одной из молекул, что обычно приводит к образованию новых связей CO, CS или CN. Например, ДНК-лигаза может соединять два комплементарных фрагмента нуклеиновой кислоты, образуя фосфодиэфирные связи, и восстанавливать одноцепочечные разрывы, возникающие в двухцепочечной ДНК во время репликации.
В общем, лигаза катализирует следующую реакцию дегидратации, соединяя таким образом молекулы A и B:
А-ОН + ВН → А–В + Н 2 О
Номенклатура
[ редактировать ]Названия лигаз противоречивы, поэтому эти ферменты обычно известны под несколькими разными названиями. Как правило, общие названия лигаз включают слово «лигаза», например, в ДНК-лигазе , ферменте, обычно используемом в лабораториях молекулярной биологии для соединения фрагментов ДНК . Однако во многих общих названиях вместо этого используется термин «синтетаза» или «синтаза», поскольку они используются для синтеза новых молекул. [1] Существуют также некоторые лигазы, которые используют название «карбоксилаза», чтобы указать, что фермент специфически катализирует реакцию карбоксилирования .
Обратите внимание: биохимическая номенклатура иногда отличала синтетазы от синтаз , а иногда рассматривала эти слова как синонимы . [2] Обычно эти два термина используются как взаимозаменяемые и оба используются для описания лигаз.
Классификация
[ редактировать ]Лигазы классифицируются как EC 6 в EC классификации ферментов . Лигазы можно разделить на шесть подклассов:
- EC 6.1 включает лигазы, используемые для образования углерод-кислородных связей.
- EC 6.2 включает лигазы, используемые для образования связей углерод-сера.
- EC 6.3 включает лигазы, используемые для образования углерод-азотных связей (включая аргининосукцинатсинтетазу ).
- EC 6.4 включает лигазы, используемые для образования углерод-углеродных связей, такие как ацетил-КоА-карбоксилаза.
- EC 6.5 включает лигазы, используемые для образования сложноэфирных связей фосфорной кислоты, такие как ДНК-лигаза.
- EC 6.6 включает лигазы, используемые для образования связей азот-металл, как в хелатазах.
Мембранно-ассоциированные лигазы
[ редактировать ]Некоторые лигазы связываются с биологическими мембранами в виде периферических мембранных белков или закрепляются через одну трансмембранную спираль . [3] например, некоторые белки, родственные убиквитинлигазе .
Этимология и произношение
[ редактировать ]В слове «лигаза» используются комбинированные формы ( lig- от латинского глагола ligāre , «связывать» или «связывать вместе») + -аза (обозначающая фермент), что дает «связывающий фермент».
См. также
[ редактировать ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «ИнтЭнц-ЭК 6» . www.ebi.ac.uk. Проверено 2 мая 2023 г.
- ^ «Синтетазы – Лигазы – Ферменты – Продукты» . www.axonmedchem.com . Проверено 2 мая 2023 г.
- ^ Суперсемейства однопроходных трансмембранных лигаз в базе данных Membranome.
- EC 6 Введение от факультета химии Лондонского университета Королевы Марии.
| Базы данных органов управления : Национальные |
|---|
