✖


Jump to content

Вывод о горизонтальном переносе генов

Edit links
Эта статья была опубликована в рецензируемом журнале PLOS Computational Biology (2015). Нажмите, чтобы просмотреть опубликованную версию.

Горизонтальный или латеральный перенос генов (HGT или LGT) — это передача частей геномной ДНК между организмами посредством процесса, не связанного с вертикальным наследованием . При наличии событий HGT разные фрагменты генома являются результатом разной эволюционной истории. Поэтому это может затруднить исследования эволюционного родства линий и видов. Кроме того, поскольку ГПГ может привносить в геномы радикально отличающиеся генотипы из отдаленных линий или даже новые гены , несущие новые функции, он является основным источником фенотипических инноваций и механизмом адаптации ниши . Например, особое значение для здоровья человека имеет латеральный перенос резистентности к антибиотикам и детерминантов патогенности , приводящий к появлению патогенных линий. [ 1 ]

Вывод о горизонтальном переносе генов посредством компьютерной идентификации событий HGT основан на исследовании состава последовательностей или истории эволюции генов. Методы, основанные на составе последовательностей («параметрические»), ищут отклонения от среднего геномного значения, тогда как подходы, основанные на эволюционной истории (« филогенетические »), идентифицируют гены, эволюционная история которых значительно отличается от истории видов- хозяев . Оценка и сравнительное тестирование методов вывода HGT обычно полагаются на смоделированные геномы, для которых известна истинная история. На реальных данных разные методы имеют тенденцию выводить разные события HGT, и в результате может быть трудно установить все, кроме простых и четких событий HGT.

Обзор

[ редактировать ]
Концептуальный обзор методов вывода HGT. (1) Параметрические методы определяют HGT путем вычисления статистики, здесь содержания GC, для скользящего окна и сравнения ее с типичным диапазоном по всему геному, который здесь указан между двумя красными горизонтальными линиями. Предполагается, что регионы с нетипичными значениями были перенесены горизонтально. (2) Филогенетические подходы основаны на различиях между генами и эволюцией дерева видов, возникающих в результате HGT. Явные филогенетические методы реконструируют генные деревья и делают вывод о событиях HGT, которые, вероятно, привели к созданию этого конкретного генного дерева. Неявные филогенетические методы обходят реконструкцию генного дерева, например, рассматривая несоответствия между парными расстояниями между генами и соответствующими им видами.

Горизонтальный перенос генов был впервые обнаружен в 1928 году в Фредерика Гриффита : эксперименте к невирулентным показав, что вирулентность может передаваться от вирулентных штаммов Streptococcus pneumoniae , Гриффит продемонстрировал, что генетическая информация может передаваться горизонтально между бактериями посредством механизма, известного как трансформация . [ 2 ] Подобные наблюдения в 1940-е гг. [ 3 ] и 1950-е годы [ 4 ] показали доказательства того, что конъюгация и трансдукция являются дополнительными механизмами горизонтального переноса генов. [ 5 ]

Чтобы сделать вывод о событиях HGT, которые не обязательно могут привести к фенотипическим изменениям, большинство современных методов основаны на анализе данных геномных последовательностей. Эти методы можно условно разделить на две группы: параметрические и филогенетические методы. Параметрические методы ищут участки генома, которые значительно отличаются от среднего по геному, например, по содержанию GC или использованию кодонов . [ 6 ] Филогенетические методы изучают эволюционную историю задействованных генов и выявляют противоречивые филогении. Филогенетические методы можно разделить на те, которые явно реконструируют и сравнивают филогенетические деревья , и те, которые используют суррогатные меры вместо филогенетических деревьев. [ 7 ]

Основная особенность параметрических методов заключается в том, что они полагаются только на изучаемый геном для вывода о событиях HGT, которые могли произойти в его линии. Это было значительным преимуществом на заре эры секвенирования, когда для сравнительных методов было доступно лишь несколько близкородственных геномов. Однако, поскольку для вывода о событиях HGT они полагаются на единообразие подписи хозяина, игнорирование внутригеномной изменчивости хозяина приведет к завышенным прогнозам - пометке нативных сегментов как возможных событий HGT. [ 8 ] Аналогичным образом, передаваемые сегменты должны иметь подпись донора и существенно отличаться от сегментов получателя. [ 6 ] Более того, геномные сегменты чужеродного происхождения подвержены тем же мутационным процессам, что и остальная часть генома хозяина, и поэтому разница между ними имеет тенденцию со временем исчезать - процесс, называемый улучшением. [ 9 ] Это ограничивает возможности параметрических методов обнаружения древних HGT.

Филогенетические методы выигрывают от недавней доступности многих секвенированных геномов . Действительно, как и все сравнительные методы, филогенетические методы могут интегрировать информацию из нескольких геномов, в частности интегрировать их с использованием модели эволюции. Это дает им возможность лучше охарактеризовать события HGT, которые они предполагают, в частности, путем указания вида донора и времени переноса. Однако модели имеют ограничения, и их следует использовать осторожно. Например, конфликтующие филогении могут быть результатом событий, не учтенных моделью, таких как нераспознанная паралогия из-за дупликации с последующей потерей генов . Кроме того, многие подходы полагаются на эталонное дерево видов, которое должно быть известно, хотя во многих случаях получить надежное дерево может быть затруднительно. Наконец, вычислительные затраты на реконструкцию многих деревьев генов/видов могут быть непомерно дорогими. Филогенетические методы, как правило, применяются к генам или белковым последовательностям как к основным эволюционным единицам, что ограничивает их способность обнаруживать HGT в регионах вне или за границами генов.

Благодаря взаимодополняющим подходам и часто непересекающимся наборам генов-кандидатов HGT объединение прогнозов параметрических и филогенетических методов может дать более полный набор генов-кандидатов HGT . Действительно, сообщается, что сочетание различных параметрических методов значительно улучшает качество прогнозов. [ 10 ] [ 11 ] Более того, в отсутствие полного набора истинных горизонтально передаваемых генов расхождения между различными методами [ 12 ] [ 13 ] может быть решена путем объединения параметрических и филогенетических методов. Однако объединение выводов нескольких методов также влечет за собой риск увеличения процента ложноположительных результатов . [ 14 ]

Параметрические методы

[ редактировать ]

Параметрические методы вывода HGT используют характеристики последовательности генома, специфичные для конкретных видов или клад , также называемые геномными сигнатурами . Если фрагмент генома сильно отклоняется от геномной сигнатуры, это признак потенциального горизонтального переноса. Например, поскольку содержание GC в бактериях находится в широком диапазоне, содержание GC в сегменте генома является простой геномной сигнатурой. Обычно используемые геномные сигнатуры включают нуклеотидный состав, [ 15 ] частоты олигонуклеотидов , [ 16 ] или структурные особенности генома. [ 17 ]

Чтобы обнаружить HGT с помощью параметрических методов, геномная подпись хозяина должна быть четко распознаваемой. Однако геном хозяина не всегда однороден по сигнатуре генома: например, содержание GC в третьем положении кодона ниже ближе к репликации . концу [ 18 ] и содержание GC имеет тенденцию быть выше в высокоэкспрессированных генах . [ 19 ] Игнорирование такой внутригеномной изменчивости хозяина может привести к завышенным прогнозам, помечающим нативные сегменты как кандидатов на HGT. [ 8 ] Большие скользящие окна могут учитывать эту изменчивость за счет снижения способности обнаруживать меньшие области HGT. [ 12 ]

Не менее важно и то, что горизонтально перенесенные сегменты должны иметь геномную подпись донора. Это может быть не так в случае древних переносов, когда переносимые последовательности подвергаются тем же мутационным процессам, что и остальная часть генома хозяина, что потенциально приводит к «улучшению» их отдельных сигнатур. [ 9 ] и становятся необнаружимыми параметрическими методами. Например, Bdellovibrio бактериоворус , хищная δ-протеобактерия , имеет гомогенное содержание GC, и можно сделать вывод, что ее геном устойчив к HGT. [ 20 ] Однако последующий анализ с использованием филогенетических методов выявил ряд древних событий HGT в геноме B. бактериоворуса . [ 21 ] Аналогично, если вставленный сегмент ранее был адаптирован к геному хозяина, как в случае вставок профагов , [ 22 ] параметрические методы могут не предсказать эти события HGT. Кроме того, состав донора должен значительно отличаться от состава реципиента, чтобы быть идентифицированным как ненормальный, - состояние, которое можно пропустить в случае ГПГ на коротком и среднем расстоянии, которые являются наиболее распространенными. Более того, сообщалось, что недавно приобретенные гены, как правило, содержат больше АТ, чем в среднем у реципиента. [ 15 ] это указывает на то, что различия в сигнатуре содержания GC могут быть результатом неизвестных мутационных процессов после приобретения, а не генома донора.

Нуклеотидный состав

[ редактировать ]
Среднее содержание GC в кодирующих регионах по сравнению с размером генома выбранных бактерий. Существуют значительные различия в среднем содержании GC у разных видов, что делает его важным признаком генома.

Содержание бактериальных ГК находится в широком диапазоне: Ca. Zinderia Insecticola с содержанием GC 13,5%. [ 23 ] и Anaeromyxobacter dehalogenans с содержанием GC 75%. [ 24 ] Даже внутри близкородственной группы α-протеобактерий значения варьируются примерно от 30% до 65%. [ 25 ] Эти различия можно использовать при обнаружении событий HGT, поскольку существенно отличающееся содержание GC для сегмента генома может указывать на чужеродное происхождение. [ 15 ]

Спектр олигонуклеотидов

[ редактировать ]

Спектр олигонуклеотидов (или частоты k-меров ) измеряет частоту всех возможных нуклеотидных последовательностей определенной длины в геноме. Он имеет тенденцию меньше различаться внутри генома, чем между геномами, и поэтому его также можно использовать в качестве геномной подписи. [ 26 ] Отклонение от этой сигнатуры предполагает, что геномный сегмент мог попасть в результате горизонтального переноса.

Спектр олигонуклеотидов во многом обязан своей дискриминационной способностью количеству возможных олигонуклеотидов: если n — размер словаря, а w — размер олигонуклеотида, количество возможных различных олигонуклеотидов равно n. В ; например, есть 4 5 =1024 возможных пентануклеотидов. Некоторые методы могут улавливать сигнал, записанный в мотивах переменного размера. [ 27 ] таким образом фиксируя как редкие и отличительные мотивы, так и частые, но более распространенные.

Смещение использования кодонов , мера, связанная с частотой кодонов , была одним из первых методов обнаружения, используемых в методической оценке HGT. [ 16 ] Этот подход требует, чтобы геном хозяина содержал смещение в сторону определенных синонимичных кодонов (разные кодоны, кодирующие одну и ту же аминокислоту), что явно отличается от смещение, обнаруженное в геноме донора. Простейшим олигонуклеотидом, используемым в качестве геномной подписи, является динуклеотид, например, третий нуклеотид в кодоне и первый нуклеотид в следующем кодоне представляют собой динуклеотид, наименее ограниченный предпочтением аминокислот и использованием кодона. [ 28 ]

Важно оптимизировать размер скользящего окна для подсчета частоты олигонуклеотидов: большее скользящее окно будет лучше буферизировать изменчивость в геноме хозяина за счет ухудшения обнаружения меньших областей HGT. [ 29 ] Сообщалось о хорошем компромиссе с использованием частот тетрануклеотидов в скользящем окне размером 5 КБ с шагом 0,5 КБ. [ 30 ]

Удобный метод моделирования геномных сигнатур олигонуклеотидов — использование цепей Маркова . Матрицу вероятности перехода можно получить для эндогенных и приобретенных генов. [ 31 ] из которого можно получить байесовские апостериорные вероятности для определенных участков ДНК. [ 32 ]

Конструктивные особенности

[ редактировать ]

Подобно тому, как нуклеотидный состав молекулы ДНК может быть представлен последовательностью букв, ее структурные особенности могут быть закодированы числовой последовательностью. Структурные особенности включают энергии взаимодействия между соседними парами оснований, [ 33 ] угол поворота, при котором два пары некомпланарны основания , [ 34 ] или деформируемость ДНК, индуцированная белками, формирующими хроматин. [ 35 ]

Автокорреляционный . анализ некоторых из этих числовых последовательностей показывает характерную периодичность в полных геномах [ 36 ] Фактически, после обнаружения археоподобных областей у термофильных бактерий Thermotoga maritima , [ 37 ] Спектры периодичности этих участков сравнивались со спектрами периодичности гомологичных участков архей Pyrococcus horikoshii . [ 17 ] Выявленное сходство периодичности послужило убедительным доказательством случая массивного ГПГ между бактериями и царствами архей . [ 17 ]

Геномный контекст

[ редактировать ]

Существование геномных островов , коротких (обычно длиной 10–200 КБ) участков генома, приобретенных горизонтально, подтверждает способность идентифицировать неродные гены по их расположению в геноме. [ 38 ] Например, ген неоднозначного происхождения, который является частью ненативного оперона, можно считать ненативным. Альтернативно, фланкирующие повторяющиеся последовательности или присутствие близлежащих интеграз или транспозаз могут указывать на ненативный регион. [ 39 ] Сообщается, что подход машинного обучения , сочетающий сканирование частот олигонуклеотидов с контекстной информацией, эффективен при идентификации геномных островов. [ 40 ] В другом исследовании контекст использовался в качестве вторичного индикатора после удаления генов, которые считаются нативными или неродными, с помощью других параметрических методов. [ 10 ]

Филогенетические методы

[ редактировать ]

Использование филогенетического анализа для обнаружения HGT стало возможным благодаря доступности многих недавно секвенированных геномов. Филогенетические методы выявляют несоответствия в истории эволюции генов и видов двумя способами: явно, путем реконструкции генного дерева и согласования его с эталонным деревом вида, или неявно, путем изучения аспектов, которые коррелируют с эволюционной историей рассматриваемых генов, например: закономерности присутствия/отсутствия у разных видов или неожиданно короткие или далекие попарные эволюционные расстояния.

Явные филогенетические методы

[ редактировать ]

Целью явных филогенетических методов является сравнение деревьев генов с деревьями связанных с ними видов. Хотя слабо подтвержденные различия между деревьями генов и видов могут быть связаны с неопределенностью выводов, статистически значимые различия могут указывать на события HGT. Например, если два гена разных видов имеют общий самый последний предковый соединительный узел в генном дереве, но соответствующие виды находятся на расстоянии друг от друга в дереве видов, может быть вызвано событие HGT. Такой подход может дать более подробные результаты, чем параметрические подходы, поскольку потенциально можно определить вовлеченные виды, время и направление переноса.

Как более подробно обсуждается ниже, филогенетические методы варьируются от простых методов, просто выявляющих несоответствие между деревьями генов и видов, до механистических моделей, выводящих вероятные последовательности событий HGT. Промежуточная стратегия предполагает деконструкцию генного дерева на более мелкие части, пока каждая из них не будет соответствовать дереву видов (спектральные подходы генома).

Явные филогенетические методы полагаются на точность введенных корневых генов и деревьев видов, однако их построение может оказаться сложной задачей. [ 41 ] Даже если во входных деревьях нет никаких сомнений, конфликтующие филогении могут быть результатом эволюционных процессов, отличных от HGT, таких как дупликации и потери, в результате чего эти методы ошибочно делают вывод о событиях HGT, когда паралогия правильным объяснением является . Точно так же при наличии неполной сортировки линий явные методы филогении могут ошибочно сделать вывод о событиях HGT. [ 42 ] Вот почему некоторые явные методы, основанные на моделях, проверяют множество эволюционных сценариев, включающих различные виды событий, и сравнивают их соответствие данным с учетом экономных или вероятностных критериев.

Тесты топологий

[ редактировать ]

Чтобы обнаружить наборы генов, которые плохо соответствуют эталонному дереву, можно использовать статистические тесты топологии, такие как Кишино-Хасэгава (KH), [ 43 ] Симодайра-Хасэгава (SH), [ 44 ] и приблизительно объективный (AU) [ 45 ] тесты. Эти тесты оценивают вероятность выравнивания последовательностей генов , когда эталонная топология задана как нулевая гипотеза.

Отказ от эталонной топологии является показателем того, что эволюционная история этого семейства генов несовместима с эталонным деревом. Когда эти несоответствия невозможно объяснить с помощью небольшого количества негоризонтальных событий, таких как потеря и дупликация генов, предполагается событие HGT.

Один из таких анализов проверил наличие HGT в группах гомологов линии γ-протеобактерий . [ 46 ] Шесть эталонных деревьев были реконструированы с использованием либо высококонсервативных последовательностей рибосомальных РНК малых субъединиц, консенсуса доступных генных деревьев, либо сцепленных выравниваний ортологов . Неспособность отвергнуть шесть оцененных топологий и отказ от семи альтернативных топологий были интерпретированы как свидетельство небольшого количества событий HGT в выбранных группах.

Тесты топологии выявляют различия в топологии дерева, принимая во внимание неопределенность вывода дерева, но они не пытаются сделать вывод о том, как возникли различия. Чтобы сделать вывод о специфике конкретных событий, обрезки генома или поддерева и пересадки необходимы методы .

Геномно-спектральные подходы

[ редактировать ]

Чтобы определить местонахождение событий HGT, геномно-спектральные подходы разлагают генное дерево на подструктуры (такие как бичасти или квартеты) и идентифицируют те, которые согласуются или несовместимы с древом вида.

Двуразделения Удаление одного ребра из эталонного дерева приводит к созданию двух несвязанных поддеревьев, каждое из которых представляет собой непересекающийся набор узлов — двудольное разделение. Если биразделение присутствует как в генном, так и в видовом дереве, оно совместимо; в противном случае это противоречит. Эти конфликты могут указывать на событие HGT или могут быть результатом неопределенности в выводах генного дерева. Чтобы уменьшить неопределенность, анализ двухразделов обычно фокусируется на строго поддерживаемых разделах, например, связанных с ветвями со значениями начальной загрузки или апостериорными вероятностями выше определенных пороговых значений. Любое семейство генов, в котором обнаружено одно или несколько конфликтующих, но строго поддерживаемых биразделов, считается кандидатом в HGT. [ 47 ] [ 48 ] [ 49 ]

Квартетная декомпозиция Квартеты – это деревья, состоящие из четырех листьев. В раздвоенных (полностью разрешенных) деревьях каждая внутренняя ветвь порождает квартет, листья которого являются либо поддеревьями исходного дерева, либо фактическими листьями исходного дерева. Если топология квартета, извлеченная из дерева эталонных видов, встроена в генное дерево, квартет совместим с генным деревом. И наоборот, несовместимые квартеты, пользующиеся сильной поддержкой, указывают на потенциальные события HGT. [ 50 ] Методы квартетного картирования гораздо более эффективны в вычислительном отношении и естественным образом справляются с гетерогенным представлением таксонов среди семейств генов, что делает их хорошей основой для разработки крупномасштабного сканирования HGT, поиска путей совместного использования генов в базах данных, состоящих из сотен полных геномов. [ 51 ] [ 52 ]

Обрезка и перепрививка поддеревьев

[ редактировать ]

Механистический способ моделирования события HGT на опорном дереве состоит в том, чтобы сначала отрезать внутреннюю ветвь, т. е. обрезать дерево, а затем пересадить ее на другое ребро. Эта операция называется обрезкой и пересадкой поддерева (SPR). [ 53 ] Если генное дерево топологически соответствует исходному эталонному дереву, редактирование приводит к несогласованности. Аналогичным образом, когда исходное дерево генов несовместимо с эталонным деревом, можно получить согласованную топологию с помощью серии одной или нескольких операций обрезки и пересадки, примененных к эталонному дереву. Интерпретируя путь редактирования обрезки и пересадки, можно пометить узлы-кандидаты HGT и сделать вывод о геномах хозяина и донора. [ 49 ] [ 48 ] [ 54 ] Чтобы избежать сообщения о ложноположительных событиях HGT из-за неопределенной топологии генного дерева, оптимальный «путь» операций SPR можно выбрать среди множества возможных комбинаций, учитывая поддержку ветвей в генном дереве. Слабо поддерживаемые ребра генного дерева можно априори игнорировать. [ 55 ] или опору можно использовать для вычисления критерия оптимальности. [ 49 ] [ 56 ] [ 57 ] [ 58 ]

Поскольку преобразование одного дерева в другое минимальным количеством операций SPR является NP-Hard , [ 59 ] решение проблемы становится значительно сложнее по мере рассмотрения большего количества узлов. Вычислительная задача заключается в поиске оптимального пути редактирования, т. е. такого, который требует наименьшего количества шагов. [ 60 ] [ 61 ] и для решения проблемы используются разные стратегии. Например, алгоритм HorizStory уменьшает проблему, сначала устраняя согласованные узлы; [ 62 ] рекурсивная обрезка и пересадка согласовывают эталонное дерево с генным деревом, а оптимальные изменения интерпретируются как события HGT. Методы SPR, включенные в пакет реконструкции супердерева SPRSupertrees, существенно сокращают время поиска оптимального набора операций SPR за счет рассмотрения множества локализованных подзадач в больших деревьях с помощью подхода кластеризации. [ 63 ] T -REX (веб-сервер) включает в себя ряд методов обнаружения HGT. [ 56 ] (в основном на основе SPR) и позволяет пользователям рассчитывать начальную поддержку предполагаемых передач. [ 49 ]

Методы сверки на основе моделей

[ редактировать ]

Согласование деревьев генов и видов влечет за собой отображение эволюционных событий на деревьях генов таким образом, чтобы они согласовывались с деревом видов. Существуют разные модели согласования, различающиеся типами событий, которые они рассматривают для объяснения несоответствий между топологиями генного и видового дерева. Ранние методы моделировали исключительно горизонтальные передачи (T). [ 53 ] [ 57 ] [ 56 ] Более поздние из них также объясняют события дупликации (D), потери (L), неполной сортировки линий (ILS) или гомологичной рекомбинации (HR). Трудность заключается в том, что, допуская несколько типов событий, количество возможных согласований быстро увеличивается. Например, конфликтующие топологии генного дерева можно объяснить с точки зрения одного события HGT или нескольких событий дублирования и потери. Обе альтернативы можно считать правдоподобным примирением в зависимости от частоты соответствующих событий на древе видов.

Методы согласования могут опираться на экономную или вероятностную структуру для определения наиболее вероятного сценария(ов), где относительная стоимость/вероятность событий D, T, L может быть установлена ​​априорно или оценена на основе данных. [ 64 ] Пространство согласований DTL и их экономия, которая может быть чрезвычайно огромной для больших многокопийных генеалогических деревьев, можно эффективно исследовать с помощью алгоритмов динамического программирования . [ 64 ] [ 65 ] [ 66 ] В некоторых программах топология генного дерева может быть уточнена там, где она не была уверена в том, что она соответствует лучшему эволюционному сценарию, а также первоначальному выравниванию последовательностей. [ 65 ] [ 67 ] [ 68 ] Более усовершенствованные модели объясняют необъективную частоту HGT между близкородственными линиями. [ 69 ] отражающие потерю эффективности HR с филогенетической дистанцией, [ 70 ] для ИЛС , [ 71 ] или из-за того, что фактические доноры большинства HGT принадлежат к вымершим или невыбранным линиям. [ 72 ] Дальнейшие расширения моделей DTL разрабатываются для комплексного описания процессов эволюции генома. В частности, некоторые из них рассматривают горизонтальность в нескольких масштабах – моделирование независимой эволюции фрагментов генов. [ 73 ] или признание совместной эволюции нескольких генов (например, вследствие совместного переноса) внутри и между геномами. [ 74 ] [ 75 ] [ 76 ]

Неявные филогенетические методы

[ редактировать ]

В отличие от явных филогенетических методов, которые сравнивают соответствие между деревьями генов и видов, неявные филогенетические методы сравнивают эволюционные расстояния или сходство последовательностей. Здесь неожиданно короткое или большое расстояние от данного эталона по сравнению со средним значением может указывать на событие HGT. Поскольку построение дерева не требуется, неявные подходы, как правило, проще и быстрее, чем явные методы.

Однако неявные методы могут быть ограничены различиями между основной правильной филогенией и рассматриваемыми эволюционными расстояниями. Например, наиболее похожая последовательность, полученная в результате попадания BLAST с наибольшим количеством баллов , не всегда является самой близкой с эволюционной точки зрения. [ 77 ]

Соответствие верхней последовательности у далекого вида

[ редактировать ]

Простой способ идентификации событий HGT — поиск совпадений последовательностей с высокой оценкой у отдаленно родственных видов. Например, анализ лучших совпадений BLAST белковых последовательностей у бактерий Thermotoga maritima показал, что большинство совпадений было у архей, а не у близкородственных бактерий, что указывает на обширный HGT между ними; [ 37 ] эти предсказания позже были подтверждены анализом структурных особенностей молекулы ДНК. [ 17 ]

Однако этот метод ограничен обнаружением относительно недавних событий HGT. Действительно, если HGT произошел у общего предка двух или более видов, включенных в базу данных, ближайшее совпадение будет находиться внутри этой клады, и, следовательно, HGT не будет обнаружен этим методом. Таким образом, порог минимального количества иностранных топ-попаданий BLAST, на основании которого можно принять решение о переносе гена, сильно зависит от таксономического охвата баз данных последовательностей. Таким образом, экспериментальные настройки, возможно, придется определять специальным образом. [ 78 ]

Несоответствие между генными и видовыми расстояниями

[ редактировать ]

Гипотеза молекулярных часов утверждает, что гомологичные гены развиваются примерно с постоянной скоростью у разных видов. [ 79 ] Если рассматривать только гомологичные гены, связанные с событиями видообразования (называемые «ортологичными» генами), их основное дерево должно по определению соответствовать дереву видов. Следовательно, предполагая молекулярные часы, эволюционное расстояние между ортологичными генами должно быть примерно пропорционально эволюционные расстояния между соответствующими видами. Если предполагаемая группа ортологов содержит ксенологов (пары генов, связанных через HGT), пропорциональность эволюционных расстояний может сохраняться только среди ортологов, а не ксенологов. [ 80 ]

Простые подходы сравнивают распределение показателей сходства конкретных последовательностей и их ортологичных аналогов у других видов; HGT выводятся из выбросов. [ 81 ] [ 82 ] Более сложный метод DLIGHT («Вывод горизонтально перенесенных генов на основе вероятностного расстояния») учитывает одновременно влияние HGT на все последовательности внутри групп предполагаемых ортологов: [ 7 ] если проверка отношения правдоподобия гипотезы HGT по сравнению с гипотезой об отсутствии HGT является значимой, делается вывод о предполагаемом событии HGT. Кроме того, метод позволяет сделать вывод о потенциальных видах доноров и реципиентов и оценить время, прошедшее с момента события HGT.

Филогенетические профили

[ редактировать ]

Группа ортологичных или гомологичных генов может быть проанализирована с точки зрения присутствия или отсутствия членов группы в эталонных геномах; такие закономерности называются филогенетическими профилями . [ 83 ] Чтобы обнаружить события HGT, филогенетические профили сканируются на предмет необычного распределения генов. Отсутствие гомолога у некоторых представителей группы близкородственных видов указывает на то, что исследуемый ген мог попасть в результате события HGT. Например, три факультативно-симбиотических Frankia sp. Штаммы имеют поразительно разные размеры: 5,43 Мбит/с, 7,50 Мбит/с и 9,04 Мбит/с, в зависимости от диапазона хозяев. [ 84 ] Было обнаружено, что отмеченные части генов, специфичных для штамма, не имеют существенного совпадения в справочной базе данных и, возможно, были приобретены в результате переноса HGT от других бактерий. Аналогичным образом, три фенотипически различных штамма Escherichia coli ( уропатогенный , энтерогеморрагический и доброкачественный) разделяют около 40% общего объединенного генофонда , а остальные 60% являются генами, специфичными для штамма, и, следовательно, кандидатами на HGT. [ 85 ] Дополнительным доказательством существования этих генов, возникших в результате HGT, были их поразительно отличные модели использования кодонов от основных генов и отсутствие сохранения порядка генов (сохранение порядка типично для вертикально эволюционировавших генов). [ 85 ] Таким образом, наличие/отсутствие гомологов (или их эффективное количество) может использоваться программами для реконструкции наиболее вероятного сценария эволюции на дереве видов. Как и в случае с методами примирения , этого можно достичь за счет экономного подхода. [ 86 ] или вероятностная оценка количества событий прибылей и убытков. [ 87 ] [ 88 ] Модели можно усложнять, добавляя такие процессы, как усечение генов, [ 89 ] но также путем моделирования неоднородности темпов прироста и потерь в разных линиях. [ 90 ] и/или семейства генов. [ 88 ] [ 91 ]

Кластеры полиморфных сайтов

[ редактировать ]

Гены обычно рассматриваются как основные единицы, передаваемые в результате события HGT. Однако HGT также может возникать внутри генов. Например, было показано, что горизонтальный перенос между близкородственными видами приводит к большему обмену фрагментами ORF . [ 92 ] [ 93 ] тип переноса, называемый конверсией гена , опосредованный гомологичной рекомбинацией. Анализ группы из четырех штаммов Escherichia coli и двух штаммов Shigella flexneri показал, что участки последовательности, общие для всех шести штаммов, содержат полиморфные сайты , являющиеся следствием гомологичной рекомбинации. [ 94 ] Таким образом, кластеры избытка полиморфных сайтов можно использовать для обнаружения следов рекомбинации ДНК с дальним родственником. [ 95 ] Однако этот метод обнаружения ограничен сайтами, общими для всех анализируемых последовательностей, ограничивая анализ группой близкородственных организмов.

Оценка

[ редактировать ]

Существование многочисленных и разнообразных методов вывода HGT поднимает вопрос о том, как проверить отдельные выводы и как сравнить различные методы.

Основная проблема заключается в том, что, как и в случае с другими типами филогенетических выводов, реальная история эволюции не может быть установлена ​​с уверенностью. В результате трудно получить репрезентативный тестовый набор событий HGT. Более того, методы вывода HGT значительно различаются по информации, которую они рассматривают, и часто идентифицируют противоречивые группы кандидатов HGT: [ 6 ] [ 96 ] неясно, в какой степени использование пересечения , объединения или какой-либо другой комбинации отдельных методов влияет на показатели ложноположительных и ложноотрицательных результатов. [ 14 ]

Параметрические и филогенетические методы используют разные источники информации; поэтому трудно сделать общие заявления об их относительной эффективности. Однако можно использовать концептуальные аргументы. В то время как параметрические методы ограничены анализом одного или пар геномов, филогенетические методы обеспечивают естественную основу для использования информации, содержащейся в нескольких геномах. Во многих случаях сегменты геномов, отнесенные к HGT на основании их аномального состава, также могут быть признаны таковыми на основе филогенетического анализа или просто по их отсутствию в геномах родственных организмов. Кроме того, филогенетические методы опираются на явные модели эволюции последовательностей, которые обеспечивают хорошо понятную основу для вывода параметров, проверки гипотез и выбора модели. Это отражено в литературе, которая склонна отдавать предпочтение филогенетическим методам в качестве стандарта доказательства ГПГ. [ 97 ] [ 98 ] [ 99 ] [ 100 ] Таким образом, использование филогенетических методов представляется предпочтительным стандартом, особенно с учетом того, что увеличение вычислительной мощности в сочетании с усовершенствованием алгоритмов сделало их более управляемыми. [ 63 ] [ 72 ] и что все более плотная выборка геномов придает этим тестам большую эффективность.

Что касается филогенетических методов, было принято несколько подходов к проверке индивидуальных выводов HGT и методов сравнительного анализа, обычно основанных на различных формах моделирования . Поскольку истина известна при моделировании, количество ложноположительных и ложноотрицательных результатов подсчитать несложно. Однако данные моделирования не решают проблему тривиально, поскольку истинный масштаб HGT в природе остается в значительной степени неизвестным, а указание уровня HGT в моделируемой модели всегда опасно. Тем не менее, исследования, включающие сравнение нескольких филогенетических методов в рамках моделирования, могут дать количественную оценку их соответствующих характеристик и, таким образом, помочь биологу в выборе объективно подходящих инструментов. [ 58 ]

Стандартные инструменты для моделирования эволюции последовательностей по деревьям, такие как INDELible [ 101 ] или ФилоСим [ 102 ] может быть адаптирован для моделирования HGT. События HGT приводят к конфликту соответствующих генных деревьев с деревом видов. Такие события HGT можно смоделировать посредством обрезки поддеревьев и повторной прививки видового дерева. [ 55 ] Однако важно моделировать данные, которые достаточно реалистичны, чтобы отражать проблему, создаваемую реальными наборами данных, поэтому моделирование на основе сложных моделей является предпочтительным. Была разработана модель для моделирования генных деревьев с процессами гетерогенного замещения в дополнение к возникновению переноса и учета того факта, что перенос может происходить от ныне вымерших донорских линий. [ 103 ] Альтернативный вариант – симулятор эволюции генома ALF. [ 104 ] непосредственно генерирует семейства генов, подверженные HGT, учитывая целый ряд эволюционных сил на базовом уровне, но в контексте полного генома. Учитывая смоделированные последовательности, которые имеют HGT, анализ этих последовательностей с использованием интересующих методов и сравнение их результатов с известной истиной позволяет изучить их эффективность. Аналогичным образом, тестирование методов на последовательностях, которые, как известно, не содержат HGT, позволяет изучить уровень ложноположительных результатов.

Моделирование событий HGT также может быть выполнено путем манипулирования самими биологическими последовательностями. Искусственные химерные геномы можно получить путем вставки известных чужеродных генов в случайные позиции генома хозяина. [ 12 ] [ 105 ] [ 106 ] [ 107 ] Донорские последовательности вставляются в организм хозяина в неизмененном виде или могут быть дополнительно модифицированы путем моделирования. [ 7 ] например, с помощью инструментов, описанных выше.

Одним из важных предостережений в отношении моделирования как способа оценки различных методов является то, что моделирование основано на сильных упрощающих предположениях, которые могут отдавать предпочтение конкретным методам. [ 108 ]

См. также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]

Эта статья была адаптирована из следующего источника под лицензией CC BY 4.0 ( 2015 г. ) ( отчеты рецензента ): Мэтт Рэйвенхолл; Нивес Шкунка; Флоран Лассаль; Кристоф Дессимо (май 2015 г.). «Вывод о горизонтальном переносе генов» . PLOS Вычислительная биология . 11 (5): e1004095. doi : 10.1371/JOURNAL.PCBI.1004095 . ISSN   1553-734X . ПМЦ   4462595 . ПМИД   26020646 . Викиданные   Q21045419 .

  1. ^ Хирамацу К., Куи Л., Курода М., Ито Т. (октябрь 2001 г.). «Появление и эволюция метициллинрезистентного золотистого стафилококка ». Тенденции в микробиологии . 9 (10): 486–93. дои : 10.1016/s0966-842x(01)02175-8 . ПМИД   11597450 .
  2. ^ Гриффит Ф. (январь 1928 г.). «Значение типов пневмококков» . Журнал гигиены . 27 (2): 113–59. дои : 10.1017/s0022172400031879 . ПМК   2167760 . ПМИД   20474956 .
  3. ^ Татум Э.Л., Ледерберг Дж. (июнь 1947 г.). «Рекомбинация генов в бактерии Escherichia coli» . Журнал бактериологии . 53 (6): 673–84. дои : 10.1128/JB.53.6.673-684.1947 . ПМК   518375 . ПМИД   16561324 .
  4. ^ Зиндер Н.Д. , Ледерберг Дж. (ноябрь 1952 г.). «Генетический обмен при сальмонелле» . Журнал бактериологии . 64 (5): 679–99. дои : 10.1128/JB.64.5.679-699.1952 . ПМК   169409 . ПМИД   12999698 .
  5. ^ Джонс Д., Снит П.Х. (март 1970 г.). «Генетический трансфер и бактериальная систематика» . Бактериологические обзоры . 34 (1): 40–81. дои : 10.1128/ММБР.34.1.40-81.1970 . ПМЦ   378348 . ПМИД   4909647 .
  6. ^ Jump up to: а б с Лоуренс Дж.Г., Охман Х. (январь 2002 г.). «Примирение многогранности бокового переноса генов». Тенденции в микробиологии . 10 (1): 1–4. дои : 10.1016/s0966-842x(01)02282-x . ПМИД   11755071 .
  7. ^ Jump up to: а б с Дессимоз С., Маргадант Д., Гонне Г.Х. (2008). «DLIGHT - обнаружение латерального переноса генов с использованием парных эволюционных расстояний в статистической системе». Исследования в области вычислительной молекулярной биологии . Конспекты лекций по информатике. Том. 4955. стр. 315–330. дои : 10.1007/978-3-540-78839-3_27 . ISBN  978-3-540-78838-6 . S2CID   12776750 .
  8. ^ Jump up to: а б Гуиндон С., Перьер Дж. (сентябрь 2001 г.). «Внутригеномные вариации базового содержания являются потенциальным источником ошибок при поиске горизонтально переносимых генов» . Молекулярная биология и эволюция . 18 (9): 1838–40. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a003972 . ПМИД   11504864 .
  9. ^ Jump up to: а б Лоуренс Дж. Г., Охман Х. (апрель 1997 г.). «Улучшение бактериальных геномов: скорость изменений и обмена». Журнал молекулярной эволюции . 44 (4): 383–97. Бибкод : 1997JMolE..44..383L . CiteSeerX   10.1.1.590.7214 . дои : 10.1007/pl00006158 . ПМИД   9089078 . S2CID   7928957 .
  10. ^ Jump up to: а б Азад Р.К., Лоуренс Дж.Г. (май 2011 г.). «К более надежным методам обнаружения чужеродных генов» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (9): е56. дои : 10.1093/nar/gkr059 . ПМК   3089488 . ПМИД   21297116 .
  11. ^ Сюн Д., Сяо Ф., Лю Л., Ху К., Тан Ю., Хэ С., Гао Икс (2012). «На пути к лучшему обнаружению горизонтально переносимых генов за счет эффективного объединения необычных свойств» . ПЛОС ОДИН . 7 (8): е43126. Бибкод : 2012PLoSO...743126X . дои : 10.1371/journal.pone.0043126 . ПМК   3419211 . ПМИД   22905214 .
  12. ^ Jump up to: а б с Бек Дж., Курло С., Дешаванн П. (апрель 2010 г.). «Эталон параметрических методов обнаружения горизонтальных перемещений» . ПЛОС ОДИН . 5 (4): e9989. Бибкод : 2010PLoSO...5.9989B . дои : 10.1371/journal.pone.0009989 . ПМЦ   2848678 . ПМИД   20376325 .
  13. ^ Попцова М (2009). «Тестирование филогенетических методов для выявления горизонтального переноса генов». Горизонтальный перенос генов . Методы молекулярной биологии. Том. 532. стр. 227–40. дои : 10.1007/978-1-60327-853-9_13 . ISBN  978-1-60327-852-2 . ПМИД   19271188 .
  14. ^ Jump up to: а б Попцова М.С., Гогартен Дж.П. (март 2007 г.). «Сила филогенетических подходов в обнаружении горизонтально переносимых генов» . Эволюционная биология BMC . 7 (1): 45. Бибкод : 2007BMCEE...7...45P . дои : 10.1186/1471-2148-7-45 . ПМК   1847511 . ПМИД   17376230 .
  15. ^ Jump up to: а б с Добен В., Лерат Э., Перьер Ж. (2003). «Источник латерально переносимых генов в бактериальных геномах» . Геномная биология . 4 (9): Р57. дои : 10.1186/gb-2003-4-9-r57 . ЧВК   193657 . ПМИД   12952536 .
  16. ^ Jump up to: а б Лоуренс Дж. Г., Охман Х. (август 1998 г.). «Молекулярная археология генома кишечной палочки» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (16): 9413–7. Бибкод : 1998PNAS...95.9413L . дои : 10.1073/pnas.95.16.9413 . ПМК   21352 . ПМИД   9689094 .
  17. ^ Jump up to: а б с д Уорнинг П., Дженсен Л.Дж., Нельсон К.Е., Брунак С., Ассери Д.В. (февраль 2000 г.). «Структурный анализ последовательности ДНК: доказательства латерального переноса генов у Thermotoga maritima» . Исследования нуклеиновых кислот . 28 (3): 706–9. дои : 10.1093/нар/28.3.706 . ПМК   102551 . ПМИД   10637321 .
  18. ^ Дешаванн П., Филипски Дж. (апрель 1995 г.). «Корреляция содержания GC со временем репликации и механизмами репарации в слабовыраженных генах E.coli» . Исследования нуклеиновых кислот . 23 (8): 1350–3. дои : 10.1093/нар/23.8.1350 . ПМК   306860 . ПМИД   7753625 .
  19. ^ Вуйчик Дж.Д., Каррер К.М. (1999). «Анализ геномного содержания G + C, использования кодонов, контекста инициаторных кодонов и сайтов терминации трансляции у Tetrahymena thermophila». Журнал эукариотической микробиологии . 46 (3): 239–47. дои : 10.1111/j.1550-7408.1999.tb05120.x . ПМИД   10377985 . S2CID   28836138 .
  20. ^ Рендулик С., Джагтап П., Розинус А., Эппингер М., Баар С., Ланц С. и др. (январь 2004 г.). «Хищник без маски: жизненный цикл Bdellovibrio бактериоворуса с точки зрения генома». Наука . 303 (5658): 689–92. Бибкод : 2004Sci...303..689R . дои : 10.1126/science.1093027 . ПМИД   14752164 . S2CID   38154836 .
  21. ^ Гофна У, Шарлебуа Р.Л., Дулиттл В.Ф. (февраль 2006 г.). «Древний боковой перенос генов в эволюции Bdellovibrio бактериоворуса». Тенденции в микробиологии . 14 (2): 64–9. дои : 10.1016/j.tim.2005.12.008 . ПМИД   16413191 .
  22. ^ Верникос Г.С., Томсон Н.Р., Паркхилл Дж. (2007). «Генетический поток с течением времени в линии сальмонеллы» . Геномная биология . 8 (6): 100 рандов. дои : 10.1186/gb-2007-8-6-r100 . ПМК   2394748 . ПМИД   17547764 .
  23. ^ Маккатчеон Дж. П., Моран Н. А. (2010). «Функциональная конвергенция редуцированных геномов бактериальных симбионтов, охватывающих 200 млн лет эволюции» . Геномная биология и эволюция . 2 : 708–18. дои : 10.1093/gbe/evq055 . ПМЦ   2953269 . ПМИД   20829280 .
  24. ^ Лю З, Венкатеш СС, Малей СС (октябрь 2008 г.). «Охват пространства последовательностей, энтропия геномов и возможность обнаружения нечеловеческой ДНК в образцах человека» . БМК Геномика . 9 :509. дои : 10.1186/1471-2164-9-509 . ПМЦ   2628393 . ПМИД   18973670 .
  25. ^ Бентли С.Д., Паркхилл Дж. (2004). «Сравнительная геномная структура прокариот». Ежегодный обзор генетики . 38 : 771–92. дои : 10.1146/annurev.genet.38.072902.094318 . ПМИД   15568993 . S2CID   5524251 .
  26. ^ Карлин С., Бердж С. (июль 1995 г.). «Крайние значения относительного содержания динуклеотидов: геномная подпись» . Тенденции в генетике . 11 (7): 283–90. дои : 10.1016/S0168-9525(00)89076-9 . ПМИД   7482779 .
  27. ^ Верникос Г.С., Паркхилл Дж. (сентябрь 2006 г.). «Интерполированные мотивы переменного порядка для идентификации горизонтально приобретенной ДНК: новый взгляд на острова патогенности сальмонеллы» . Биоинформатика . 22 (18): 2196–203. doi : 10.1093/биоинформатика/btl369 . ПМИД   16837528 .
  28. ^ Хупер С.Д., Берг О.Г. (март 2002 г.). «Обнаружение генов с атипичной нуклеотидной последовательностью в геномах микробов». Журнал молекулярной эволюции . 54 (3): 365–75. Бибкод : 2002JMolE..54..365H . дои : 10.1007/s00239-001-0051-8 . ПМИД   11847562 . S2CID   6872232 .
  29. ^ Дешаванн П.Дж., Жирон А., Вилен Дж., Фагот Дж., Фертил Б. (октябрь 1999 г.). «Геномная подпись: характеристика и классификация видов, оцененная с помощью представления последовательностей в игре хаоса» . Молекулярная биология и эволюция . 16 (10): 1391–9. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026048 . ПМИД   10563018 .
  30. ^ Дюфрейн С., Фертил Б., Леспинац С., Жирон А., Дешаванн П. (январь 2005 г.). «Обнаружение и характеристика горизонтальных переносов у прокариот с использованием геномной подписи» . Исследования нуклеиновых кислот . 33 (1): e6. дои : 10.1093/nar/gni004 . ПМК   546175 . ПМИД   15653627 .
  31. ^ Кортес Д., Фортер П., Грибальдо С. (2009). «Скрытый резервуар интегративных элементов является основным источником недавно приобретенных чужеродных генов и ORF в геномах архей и бактерий» . Геномная биология . 10 (6): 65 рандов. дои : 10.1186/gb-2009-10-6-r65 . ПМЦ   2718499 . ПМИД   19531232 .
  32. ^ Накамура И., Ито Т., Мацуда Х., Годобори Т. (июль 2004 г.). «Смещенные биологические функции горизонтально перенесенных генов в геномах прокариот» . Природная генетика . 36 (7): 760–6. дои : 10.1038/ng1381 . ПМИД   15208628 .
  33. ^ Орнштейн Р.Л., Рейн Р. (октябрь 1978 г.). «Оптимизированная потенциальная функция для расчета энергий взаимодействия нуклеиновых кислот I. укладка оснований». Биополимеры . 17 (10): 2341–60. дои : 10.1002/bip.1978.360171005 . ПМИД   24624489 . S2CID   13063636 .
  34. ^ Эль Хасан М.А., Калладин Ч.Р. (май 1996 г.). «Скручивание пар оснований и конформационная подвижность динуклеотидных ступеней в ДНК». Журнал молекулярной биологии . 259 (1): 95–103. дои : 10.1006/jmbi.1996.0304 . ПМИД   8648652 .
  35. ^ Олсон В.К., Горин А.А., Лу XJ, Хок Л.М., Журкин В.Б. (сентябрь 1998 г.). «Зависящая от последовательности ДНК деформируемость, выведенная на основе кристаллических комплексов белок-ДНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (19): 11163–8. Бибкод : 1998PNAS...9511163O . дои : 10.1073/pnas.95.19.11163 . ПМК   21613 . ПМИД   9736707 .
  36. ^ Герцель Х., Вайс О., Трифонов Е.Н. (март 1999 г.). «Периодичность 10–11 п.н. в полных геномах отражает структуру белка и сворачивание ДНК» . Биоинформатика . 15 (3): 187–93. дои : 10.1093/биоинформатика/15.3.187 . ПМИД   10222405 .
  37. ^ Jump up to: а б Нельсон К.Е., Клейтон Р.А., Гилл С.Р., Гвинн М.Л., Додсон Р.Дж., Хафт Д.Х. и др. (май 1999 г.). «Доказательства латерального переноса генов между архей и бактериями из последовательности генома Thermotoga maritima». Природа . 399 (6734): 323–9. Бибкод : 1999Natur.399..323N . дои : 10.1038/20601 . ПМИД   10360571 . S2CID   4420157 .
  38. ^ Ланжиль М.Г., Сяо В.В., Бринкман Ф.С. (май 2010 г.). «Обнаружение геномных островов с использованием подходов биоинформатики». Обзоры природы. Микробиология . 8 (5): 373–82. дои : 10.1038/nrmicro2350 . ПМИД   20395967 . S2CID   2373228 .
  39. ^ Хакер Дж., Блюм-Олер Г., Мюльдорфер И., Чепе Х. (март 1997 г.). «Островки патогенности вирулентных бактерий: строение, функции и влияние на эволюцию микробов» . Молекулярная микробиология . 23 (6): 1089–97. дои : 10.1046/j.1365-2958.1997.3101672.x . ПМИД   9106201 . S2CID   27524815 .
  40. ^ Верникос Г.С., Паркхилл Дж. (февраль 2008 г.). «Разрешение структурных особенностей геномных островов: подход машинного обучения» . Геномные исследования . 18 (2): 331–42. дои : 10.1101/гр.7004508 . ПМК   2203631 . ПМИД   18071028 .
  41. ^ Альтенхофф А.М., Дессимоз С. (2012). «Вывод об ортологии и паралогии» (PDF) . Эволюционная геномика . Методы молекулярной биологии. Том. 855. Тотова, Нью-Джерси: Humana Press. стр. 259–79. дои : 10.1007/978-1-61779-582-4_9 . ISBN  978-1-61779-581-7 . ПМИД   22407712 .
  42. ^ Тан С., Рутс Д., Иннан Х., Наклех Л. (май 2007 г.). «Смешивающие факторы при обнаружении HGT: статистическая ошибка, эффекты слияния и множественные решения». Журнал вычислительной биологии . 14 (4): 517–35. CiteSeerX   10.1.1.121.7834 . дои : 10.1089/cmb.2007.A010 . ПМИД   17572027 .
  43. ^ Голдман Н., Андерсон Дж.П., Родриго А.Г. (декабрь 2000 г.). «Основанные на вероятностях тесты топологий в филогенетике» . Систематическая биология . 49 (4): 652–70. дои : 10.1080/106351500750049752 . ПМИД   12116432 .
  44. ^ Симодайра Х., Хасегава М. (1999). «Множественные сравнения логарифмических правдоподобий с применением к филогенетическому выводу» . Молекулярная биология и эволюция . 16 (8): 1114–1116. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026201 .
  45. ^ Симодайра Х (июнь 2002 г.). «Примерно объективный тест выбора филогенетического дерева». Систематическая биология . 51 (3): 492–508. дои : 10.1080/10635150290069913 . ПМИД   12079646 . S2CID   11586099 .
  46. ^ Лерат Э., Добен В., Моран Н.А. (октябрь 2003 г.). «От генных деревьев к филогении организмов у прокариот: случай гамма-протеобактерий» . ПЛОС Биология . 1 (1): Е19. дои : 10.1371/journal.pbio.0000019 . ПМК   193605 . ПМИД   12975657 .
  47. ^ Жахыбаева О, Хамель Л, Раймонд Дж, Гогартен Дж. П. (2004). «Визуализация филогенетического содержания пяти геномов с помощью декапентагональных карт» . Геномная биология . 5 (3): 20 р. дои : 10.1186/gb-2004-5-3-r20 . ПМЦ   395770 . ПМИД   15003123 .
  48. ^ Jump up to: а б Бейко Р.Г., Харлоу Т.Дж., Раган М.А. (октябрь 2005 г.). «Автомагистрали обмена генами у прокариот» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 102 (40): 14332–7. Бибкод : 2005PNAS..10214332B . дои : 10.1073/pnas.0504068102 . ПМЦ   1242295 . ПМИД   16176988 .
  49. ^ Jump up to: а б с д Бок А., Филипп Х., Макаренков В. (март 2010 г.). «Вывод и проверка событий горизонтального переноса генов с использованием различия двух частей» . Систематическая биология . 59 (2). Издательство Оксфордского университета: 195–211. дои : 10.1093/sysbio/syp103 . ПМИД   20525630 .
  50. ^ Жахыбаева О., Гогартен Дж.П., Шарлебуа Р.Л., Дулиттл В.Ф., Папке Р.Т. (сентябрь 2006 г.). «Филогенетический анализ геномов цианобактерий: количественная оценка событий горизонтального переноса генов» . Геномные исследования . 16 (9): 1099–108. дои : 10.1101/гр.5322306 . ПМЦ   1557764 . ПМИД   16899658 .
  51. ^ Бансал М.С., Банай Г., Гогартен Дж.П., Шамир Р. (сентябрь 2011 г.). «Обнаружение путей горизонтального переноса генов». Журнал вычислительной биологии . 18 (9): 1087–114. CiteSeerX   10.1.1.418.3658 . дои : 10.1089/cmb.2011.0066 . ПМИД   21899418 .
  52. ^ Бансал М.С., Банай Дж., Харлоу Т.Дж., Гогартен Дж.П., Шамир Р. (март 2013 г.). «Систематический вывод о путях горизонтального переноса генов у прокариот» . Биоинформатика . 29 (5): 571–9. doi : 10.1093/биоинформатика/btt021 . ПМИД   23335015 .
  53. ^ Jump up to: а б Халлетт М.Т., Лагергрен Дж. РЕКОМБ 2001. Монреаль: ACM; 2001. Эффективные алгоритмы решения проблем латерального переноса генов; стр. 149–156.
  54. ^ Барони М., Грюневальд С., Моултон В., Семпл С. (август 2005 г.). «Ограничение количества событий гибридизации для последовательной эволюционной истории». Журнал математической биологии . 51 (2): 171–82. дои : 10.1007/s00285-005-0315-9 . hdl : 10092/12222 . ПМИД   15868201 . S2CID   3180904 .
  55. ^ Jump up to: а б Бейко Р.Г., Гамильтон Н. (февраль 2006 г.). «Филогенетическая идентификация событий латерального генетического переноса» . Эволюционная биология BMC . 6 (1): 15. Бибкод : 2006BMCEE...6...15B . дои : 10.1186/1471-2148-6-15 . ПМЦ   1431587 . ПМИД   16472400 .
  56. ^ Jump up to: а б с Бок А., Диалло А.Б., Макаренков В. (июль 2012 г.). «T-REX: веб-сервер для вывода, проверки и визуализации филогенетических деревьев и сетей» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (П1). Издательство Оксфордского университета: W573-9. дои : 10.1093/nar/gks485 . ПМК   3394261 . ПМИД   22675075 .
  57. ^ Jump up to: а б Наклех Л., Рутс Д.А., Ван Л.: RIATA-HGT: быстрая и точная эвристика для реконструкции горизонтального переноса генов. КОКООН, 16–29 августа 2005 г.; Куньмин 2005.
  58. ^ Jump up to: а б Эбби С.С., Танье Э., Гуи М., Добен В. (июнь 2010 г.). «Обнаружение латерального переноса генов путем статистической сверки филогенетических лесов» . БМК Биоинформатика . 11 : 324. дои : 10.1186/1471-2105-11-324 . ПМЦ   2905365 . ПМИД   20550700 .
  59. ^ Хики Дж., Дене Ф., Рау-Чаплин А., Блуэн С. (февраль 2008 г.). «Расчет расстояния SPR для некорневых деревьев» . Эволюционная биоинформатика онлайн . 4 : 17–27. дои : 10.4137/ebo.s419 . ПМК   2614206 . ПМИД   19204804 .
  60. ^ Хейн Дж., Цзян Т., Ван Л., Чжан К. (1996). «О сложности сравнения эволюционных деревьев» . Дискретная прикладная математика . 71 (1–3): 153–169. дои : 10.1016/S0166-218X(96)00062-5 .
  61. ^ Аллен Б.Л., Стил М (2001). «Операции переноса поддеревьев и их индуцированные метрики на эволюционных деревьях». Анналы комбинаторики . 5 : 1–15. CiteSeerX   10.1.1.24.8389 . дои : 10.1007/s00026-001-8006-8 . S2CID   2934442 .
  62. ^ МакЛауд Д., Шарлебуа Р.Л., Дулиттл Ф., Баптест Э. (апрель 2005 г.). «Вычет вероятных событий латерального переноса генов путем сравнения филогенетических деревьев путем рекурсивной консолидации и перестановки» . Эволюционная биология BMC . 5:27 . дои : 10.1186/1471-2148-5-27 . ПМЦ   1087482 . ПМИД   15819979 .
  63. ^ Jump up to: а б Уидден С., Зе Н., Бейко Р.Г. (июль 2014 г.). «Супердеревья на основе расстояния обрезки и пересадки поддерева» . Систематическая биология . 63 (4): 566–81. дои : 10.1093/sysbio/syu023 . ПМК   4055872 . ПМИД   24695589 .
  64. ^ Jump up to: а б Дойон Дж.П., Хамель С., Шов С. (2012). «Эффективный метод исследования пространства согласования генного дерева и дерева видов в вероятностной структуре» (PDF) . Транзакции IEEE/ACM по вычислительной биологии и биоинформатике . 9 (1): 26–39. дои : 10.1109/TCBB.2011.64 . ПМИД   21464510 . S2CID   2493991 .
  65. ^ Jump up to: а б Дэвид Л.А., Альм Э.Дж. (январь 2011 г.). «Быстрые эволюционные инновации во время архейской генетической экспансии» (PDF) . Природа . 469 (7328): 93–6. Бибкод : 2011Natur.469...93D . дои : 10.1038/nature09649 . hdl : 1721.1/61263 . ПМИД   21170026 . S2CID   4420725 .
  66. ^ Сёллоси Г.Дж., Буссау Б., Эбби С.С., Танье Э., Добен В. (октябрь 2012 г.). «Филогенетическое моделирование латерального переноса генов реконструирует структуру и относительное время видообразования» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 109 (43): 17513–8. Бибкод : 2012PNAS..10917513S . дои : 10.1073/pnas.1202997109 . ПМЦ   3491530 . ПМИД   23043116 .
  67. ^ Нгуен Т.Х., Ранвез В., Пуанте С., Шифолло А.М., Дойон Дж.П., Берри В. (апрель 2013 г.). «Примирение и локальная перестройка генного дерева могут принести взаимную выгоду» . Алгоритмы молекулярной биологии . 8 (1): 12. дои : 10.1186/1748-7188-8-12 . ПМЦ   3871789 . ПМИД   23566548 .
  68. ^ Сёллоси Г.Дж., Танье Э., Лартильо Н., Добен В. (май 2013 г.). «Боковой перенос генов от мертвых» . Систематическая биология . 62 (3): 386–97. arXiv : 1211.4606 . дои : 10.1093/sysbio/syt003 . ПМЦ   3622898 . ПМИД   23355531 .
  69. ^ Бансал М.С., Алм Э.Дж., Келлис М. (июнь 2012 г.). «Эффективные алгоритмы решения проблемы согласования при дупликации генов, горизонтальном переносе и потере» . Биоинформатика . 28 (12): i283-91. doi : 10.1093/биоинформатика/bts225 . ПМК   3371857 . ПМИД   22689773 .
  70. ^ Маевски Дж., Завадски П., Пикерилл П., Кохан Ф.М., Доусон К.Г. (февраль 2000 г.). «Барьеры для генетического обмена между видами бактерий: трансформация Streptococcus pneumoniae» . Журнал бактериологии . 182 (4): 1016–23. дои : 10.1128/jb.182.4.1016-1023.2000 . ПМК   94378 . ПМИД   10648528 .
  71. ^ Сьёстранд Дж, Тофиг А, Добин В, Арвестад Л, Сеннблад Б, Лагергрен Дж (май 2014 г.). «Байесовский метод анализа латерального переноса генов» . Систематическая биология . 63 (3): 409–20. дои : 10.1093/sysbio/syu007 . ПМИД   24562812 .
  72. ^ Jump up to: а б Сёллёси Г.Ю., Росикевич В., Буссау Б., Таннье Э., Добин В. (ноябрь 2013 г.). «Эффективное исследование пространства согласованных генных деревьев» . Систематическая биология . 62 (6): 901–12. arXiv : 1306.2167 . Бибкод : 2013arXiv1306.2167S . дои : 10.1093/sysbio/syt054 . ПМЦ   3797637 . ПМИД   23925510 .
  73. ^ Хаггерти Л.С., Джачиет П.А., Ханадж В.П., Фитцпатрик Д.А., Лопес П., О'Коннелл М.Дж. и др. (март 2014 г.). «Плюралистический подход к гомологии: адаптация моделей к данным» . Молекулярная биология и эволюция . 31 (3): 501–16. дои : 10.1093/molbev/mst228 . ПМЦ   3935183 . ПМИД   24273322 .
  74. ^ Сёллёси Г.Дж., Таннье Э., Добен В., Буссау Б. (январь 2015 г.). «Связь генных деревьев с деревьями видов» . Систематическая биология . 64 (1): е42-62. дои : 10.1093/sysbio/syu048 . ПМЦ   4265139 . ПМИД   25070970 .
  75. ^ Лассаль Ф., Планель Р., Пенель С., Шапульо Д., Барб В., Дюбост А. и др. (декабрь 2017 г.). «Оценка генома предков раскрывает историю экологического разнообразия агробактерий» . Геномная биология и эволюция . 9 (12): 3413–3431. дои : 10.1093/gbe/evx255 . ПМК   5739047 . ПМИД   29220487 .
  76. ^ Дюшемен В., Ансельметти И., Паттерсон М., Понти Ю., Берар С., Шов С. и др. (май 2017 г.). «DeCoSTAR: реконструкция наследственной организации генов или геномов с использованием согласованных филогений» . Геномная биология и эволюция . 9 (5): 1312–1319. дои : 10.1093/gbe/evx069 . ПМЦ   5441342 . ПМИД   28402423 .
  77. ^ Коски Л.Б., Голдинг ГБ (июнь 2001 г.). «Ближайший удар BLAST часто не является ближайшим соседом». Журнал молекулярной эволюции . 52 (6): 540–2. Бибкод : 2001JMolE..52..540K . дои : 10.1007/s002390010184 . ПМИД   11443357 . S2CID   24848333 .
  78. ^ Вишневски-Дайе Ф., Борзиак К., Хальса-Мойерс Г., Александр Г., Сухарников Л.О., Вуичет К. и др. (декабрь 2011 г.). Ричардсон П.М. (ред.). «Геномы азоспирилл свидетельствуют о переходе бактерий из водной среды в наземную» . ПЛОС Генетика . 7 (12): е1002430. дои : 10.1371/journal.pgen.1002430 . ПМК   3245306 . ПМИД   22216014 .
  79. ^ Цукеркандл, Э. и Полинг, Л.Б. 1965. Эволюционное расхождение и конвергенция белков. В Брайсоне В. и Фогеле Х.Дж. (редакторы). Эволюционирующие гены и белки. Академик Пресс, Нью-Йорк. стр. 97–166.
  80. ^ Новичков П.С., Омельченко М.В., Гельфанд М.С., Миронов А.А., Вольф Ю.И., Кунин Е.В. (октябрь 2004 г.). «Общегеномные молекулярные часы и горизонтальный перенос генов в эволюции бактерий» . Журнал бактериологии . 186 (19): 6575–85. дои : 10.1128/JB.186.19.6575-6585.2004 . ПМК   516599 . ПМИД   15375139 .
  81. ^ Лоуренс Дж.Г., Хартл Д.Л. (июль 1992 г.). «Вывод о горизонтальном генетическом переносе на основе молекулярных данных: подход с использованием бутстрепа» . Генетика . 131 (3): 753–60. дои : 10.1093/генетика/131.3.753 . ПМК   1205046 . ПМИД   1628816 .
  82. ^ Кларк Г.Д., Бейко Р.Г., Раган М.А., Шарлебуа Р.Л. (апрель 2002 г.). «Вывод геномных деревьев с использованием фильтра для устранения филогенетически несогласованных последовательностей и матрицы расстояний на основе средних нормализованных показателей BLASTP» . Журнал бактериологии . 184 (8): 2072–80. дои : 10.1128/jb.184.8.2072-2080.2002 . ПМК   134965 . ПМИД   11914337 .
  83. ^ Пеллегрини М., Маркотт Э.М., Томпсон М.Дж., Айзенберг Д., Йейтс Т.О. (апрель 1999 г.). «Назначение функций белка путем сравнительного анализа генома: филогенетические профили белков» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 96 (8): 4285–8. Бибкод : 1999PNAS...96.4285P . дои : 10.1073/pnas.96.8.4285 . ПМК   16324 . ПМИД   10200254 .
  84. ^ Норманд П., Лапьер П., Тиса Л.С., Гогартен Дж.П., Аллоизио Н., Баньярол Э. и др. (январь 2007 г.). «Характеристики генома факультативно-симбиотических штаммов Frankia sp. отражают круг хозяев и биогеографию растения-хозяина» . Геномные исследования . 17 (1): 7–15. дои : 10.1101/гр.5798407 . ПМК   1716269 . ПМИД   17151343 .
  85. ^ Jump up to: а б Уэлч Р.А., Берланд В., Планкетт Г., Редфорд П., Роеш П., Раско Д. и др. (декабрь 2002 г.). «Обширная мозаичная структура, выявленная с помощью полной последовательности генома уропатогенной Escherichia coli» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (26): 17020–4. Бибкод : 2002PNAS...9917020W . дои : 10.1073/pnas.252529799 . ПМК   139262 . ПМИД   12471157 .
  86. ^ Чсурёс М.С. (2008). «Реконструкция предков посредством асимметричной вагнеровской скупости в отношении непрерывных символов и квадратурной скупости в отношении распределений». Сравнительная геномика . Конспекты лекций по информатике. Том. 5267. стр. 72–86. дои : 10.1007/978-3-540-87989-3_6 . ISBN  978-3-540-87988-6 . S2CID   10717969 .
  87. ^ Пейгель М. (октябрь 1999 г.). «Вывод об исторических закономерностях биологической эволюции». Природа . 401 (6756): 877–84. Бибкод : 1999Natur.401..877P . дои : 10.1038/44766 . hdl : 2027.42/148253 . ПМИД   10553904 . S2CID   205034365 .
  88. ^ Jump up to: а б Чурёш М, Миклош I (сентябрь 2009 г.). «Упорядочение и большие предковые геномы архей, выявленные с помощью филогенетической модели рождения и смерти» . Молекулярная биология и эволюция . 26 (9): 2087–95. дои : 10.1093/molbev/msp123 . ПМК   2726834 . ПМИД   19570746 .
  89. ^ Хао В., Голдинг ГБ (сентябрь 2010 г.). «Вывод о потоке бактериального генома с учетом усеченных генов» . Генетика . 186 (1): 411–26. дои : 10.1534/genetics.110.118448 . ПМК   2940306 . ПМИД   20551435 .
  90. ^ Хао В., Голдинг ГБ (май 2006 г.). «Судьба латерально перенесенных генов: жизнь на скорости к адаптации или смерти» . Геномные исследования . 16 (5): 636–43. дои : 10.1101/гр.4746406 . ПМК   1457040 . ПМИД   16651664 .
  91. ^ Хао В., Голдинг ГБ (май 2008 г.). «Выявление изменения скорости латерального переноса генов в ходе эволюции бактериального генома» . БМК Геномика . 9 :235. дои : 10.1186/1471-2164-9-235 . ПМК   2426709 . ПМИД   18492275 .
  92. ^ Охман Х., Лоуренс Дж.Г., Гройсман Э.А. (май 2000 г.). «Боковой перенос генов и природа бактериальных инноваций». Природа . 405 (6784): 299–304. Бибкод : 2000Natur.405..299O . дои : 10.1038/35012500 . ПМИД   10830951 . S2CID   85739173 .
  93. ^ Папке Р.Т., Кениг Дж.Э., Родригес-Валера Ф., Дулиттл В.Ф. (декабрь 2004 г.). «Частая рекомбинация в соленой популяции Halorubrum». Наука . 306 (5703): 1928–9. Бибкод : 2004Sci...306.1928P . дои : 10.1126/science.1103289 . ПМИД   15591201 . S2CID   21595153 .
  94. ^ Мау Б., Гласнер Дж.Д., Дарлинг А.Е., Перна НТ (2006). «Полногеномное обнаружение и анализ гомологичной рекомбинации среди секвенированных штаммов Escherichia coli» . Геномная биология . 7 (5): Р44. дои : 10.1186/gb-2006-7-5-r44 . ПМЦ   1779527 . ПМИД   16737554 .
  95. ^ Дидло X, Фалуш Д (март 2007 г.). «Вывод о бактериальной микроэволюции с использованием данных мультилокусной последовательности» . Генетика . 175 (3): 1251–66. дои : 10.1534/genetics.106.063305 . ПМК   1840087 . ПМИД   17151252 .
  96. ^ Раган М.А. (июль 2001 г.). «О суррогатных методах обнаружения латерального переноса генов» . Письма FEMS по микробиологии . 201 (2): 187–91. дои : 10.1111/j.1574-6968.2001.tb10755.x . ПМИД   11470360 .
  97. ^ Рэган М.А., Харлоу Т.Дж., Бейко Р.Г. (январь 2006 г.). «Выявляют ли разные суррогатные методы события латерального генетического переноса разного относительного возраста?». Тенденции в микробиологии . 14 (1): 4–8. дои : 10.1016/j.tim.2005.11.004 . ПМИД   16356716 .
  98. ^ Кекрис К.Дж., Лин Дж.К., Бикель П.Дж., Глейзер А.Н. (июнь 2006 г.). «Количественное исследование возникновения латерального переноса генов с использованием генов фиксации азота в качестве примера» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (25): 9584–9. Бибкод : 2006PNAS..103.9584K . дои : 10.1073/pnas.0603534103 . ПМК   1480450 . ПМИД   16769896 .
  99. ^ Моран Н.А., Ярвик Т. (апрель 2010 г.). «Боковой перенос генов грибов лежит в основе производства каротиноидов у тли». Наука . 328 (5978): 624–7. Бибкод : 2010Sci...328..624M . дои : 10.1126/science.1187113 . ПМИД   20431015 . S2CID   14785276 .
  100. ^ Данчин Э.Г., Россо М.Н., Виейра П., де Алмейда-Энглер Дж., Коутиньо П.М., Хенриссат Б., Абад П. (октябрь 2010 г.). «Множественные латеральные переносы и дупликации генов способствовали развитию у нематод способности паразитировать на растениях» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 107 (41): 17651–6. Бибкод : 2010PNAS..10717651D . дои : 10.1073/pnas.1008486107 . ПМК   2955110 . ПМИД   20876108 .
  101. ^ Флетчер В., Ян З. (август 2009 г.). «INDELible: гибкий симулятор эволюции биологических последовательностей» . Молекулярная биология и эволюция . 26 (8): 1879–88. дои : 10.1093/molbev/msp098 . ПМК   2712615 . ПМИД   19423664 .
  102. ^ Сипос Б., Массингем Т., Джордан Г.Э., Голдман Н. (апрель 2011 г.). «PhyloSim — моделирование эволюции последовательностей по методу Монте-Карло в среде статистических вычислений R» . БМК Биоинформатика . 12 :104. дои : 10.1186/1471-2105-12-104 . ПМК   3102636 . ПМИД   21504561 .
  103. ^ Галтье Н. (август 2007 г.). «Модель горизонтального переноса генов и проблема бактериальной филогении» . Систематическая биология . 56 (4): 633–42. дои : 10.1080/10635150701546231 . ПМИД   17661231 .
  104. ^ Далкен Д.А., Анисимова М., Гонне Г.Х., Десимоз С. (апрель 2012 г.). «ALF — система моделирования эволюции генома» . Молекулярная биология и эволюция . 29 (4): 1115–23. дои : 10.1093/molbev/msr268 . ПМЦ   3341827 . ПМИД   22160766 .
  105. ^ Кортес ДК, Ласкано А, Бесерра А (2005). «Сравнительный анализ методологий обнаружения горизонтально переносимых генов: переоценка марковских моделей первого порядка». В кремниевой биологии . 5 (5–6): 581–92. ПМИД   16610135 .
  106. ^ Циригос А, Ригуцос I (2005). «Новый вычислительный метод обнаружения событий горизонтального переноса генов» . Исследования нуклеиновых кислот . 33 (3): 922–33. дои : 10.1093/nar/gki187 . ПМК   549390 . ПМИД   15716310 .
  107. ^ Азад Р.К., Лоуренс Дж.Г. (ноябрь 2005 г.). «Использование искусственных геномов в оценке методов обнаружения атипичных генов» . PLOS Вычислительная биология . 1 (6): е56. Бибкод : 2005PLSCB...1...56A . дои : 10.1371/journal.pcbi.0010056 . ПМЦ   1282332 . ПМИД   16292353 .
  108. ^ Янторно С., Гори К., Голдман Н., Гил М., Дессимоз С. (2014). «Кто наблюдает за стражами? Оценка критериев для множественного выравнивания последовательностей». Множественные методы выравнивания последовательностей . Методы молекулярной биологии. Том. 1079. стр. 59–73. arXiv : 1211.2160 . дои : 10.1007/978-1-62703-646-7_4 . ISBN  978-1-62703-645-0 . ПМИД   24170395 . S2CID   2363657 .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Inferring_horizontal_gene_transfer&oldid=1223374893"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 1c20ffb0546ad36a274be2d6f21007ef__1715440860
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/1c/ef/1c20ffb0546ad36a274be2d6f21007ef.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Inferring horizontal gene transfer - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)