ЭМБнет
 | Эта статья нуждается в дополнительных цитатах для проверки . ( ноябрь 2008 г. ) |
Европейская сеть молекулярной биологии ( EMBnet ) — это международная научная сеть и группа по интересам, целью которой является улучшение услуг в области биоинформатики путем объединения опыта и потенциала в области биоинформатики. [ 1 ] В 2011 году EMBnet имела 37 узлов в 32 странах. В состав узлов входят университетские кафедры, связанные с биоинформатикой, исследовательские институты и национальные поставщики услуг.
Операции
[ редактировать ]Основная задача большинства узлов EMBnet — предоставить своему национальному научному сообществу доступ к банкам данных биоинформатики , специализированному программному обеспечению и достаточным вычислительным ресурсам и опыту. EMBnet также работает в области обучения биоинформатике и разработке программного обеспечения . Примеры программного обеспечения, созданного членами EMBnet: EMBOSS , wEMBOSS, [ 2 ] УТОПИЯ .
EMBnet представляет широкую группу пользователей и тесно сотрудничает с производителями баз данных, такими как Европейский институт биоинформатики (EBI) EMBL, Швейцарский институт биоинформатики ( Swiss-Prot ), Мюнхенский информационный центр белковых последовательностей (MIPS), чтобы предоставить единообразный охват услугами по всей Европе . EMBnet зарегистрирован в Нидерландах как общественный фонд ( Stichting ).
С момента своего создания в 1988 году EMBnet превратилась из неформальной сети людей, отвечающих за поддержание биологических баз данных , в единственную всемирную организацию, объединяющую профессионалов биоинформатики для совместной работы в расширяющихся областях генетики и молекулярной биологии . Несмотря на то, что EMBnet состоит преимущественно из академических узлов, он приобретает важное дополнительное измерение за счет своих промышленных участников. Успех EMBnet привлекает к участию все большее число организаций за пределами Европы .
EMBnet имеет проверенную инфраструктуру для организации учебных курсов, оказания технической помощи и помощи своим членам эффективно взаимодействовать и реагировать на быстро меняющиеся потребности биологических исследований так, как не может сделать ни один институт.
В 2005 году организация создала дополнительные типы узлов, позволяющие иметь более одного члена от каждой страны. Новое наименование категории — «связанный узел».
Координация и организация
[ редактировать ]EMBnet управляется Ежегодными общими собраниями (AGM) и координируется исполнительным советом (EB), который контролирует деятельность трех проектных комитетов:
- Комитет по образованию и обучению (E&T). Образовательная поддержка включает серию курсов, организованных в странах-членах и на разных языках. Комитет также работает над постоянной разработкой доступных онлайн-образовательных материалов.
- Комитет по рекламе и связям с общественностью (P&PR). Этот комитет отвечает за продвижение любого вида деятельности EMBnet, за рекламу продуктов и услуг, предоставляемых сообществом EMBnet, а также за предложение и разработку новых стратегий, направленных на повышение заметности EMBnet, а также за заботу о связях с общественностью с сообществами EMBnet. и связанные с ними сети/общества.
- Комитет технических менеджеров (ТМ). ПК TM предоставляет помощь и практическую помощь участвующим узлам и их пользователям.
Достижения
[ редактировать ]У EMBnet были первые суслики и серверы Всемирной паутины в биологии (CSC BioBox).
EMBnet был первым, кто предложил решения для ежедневного обновления баз данных с использованием Интернета (NDT), распределенных вычислений (HASSLE), а также эффективного просмотра и связывания баз данных (система поиска последовательностей, SRS).
Проект Ping был создан как средство постоянного получения информации об эффективности сети по всей Европе .
EMBnet стремится новейшие программные алгоритмы бесплатно предоставлять пользователю (Extended GCG или EGCG). [ 3 ] ) и продолжает разрабатывать современное общедоступное программное обеспечение ( EMBOSS ).
ЧЕЛОВЕК [ постоянная мертвая ссылка ] : Европейский мультимедийный образовательный ресурс по биоинформатике. EMBER был проектом, финансируемым Европейским Союзом (ЕС), направленным на разработку набора мультимедийных образовательных инструментов в области биоинформатики. [ 4 ] . EMBER включает в себя автономное интерактивное веб-руководство по биоинформатике и эквивалентный отдельный курс на компакт-диске .
Сообщество EMBnet участвовало в создании рецензируемого журнала Briefings in Bioinformatics (BiB). BiB также получил поддержку образовательного гранта от EMBnet.
Глобальная организация по обучению, образованию и подготовке кадров в области биоинформатики (GOBLET) была создана как некоммерческий фонд на ежегодном собрании EMBnet в 2012 году. [ 5 ] [ 6 ]
Журнал
[ редактировать ]| Дисциплина | Биоинформатика |
|---|---|
| Язык | Английский |
| редакцией Под | Эрик Бонгкам-Рудлофф |
| Подробности публикации | |
| История | 2010-настоящее время |
| Издатель | ЭМБнет |
| Частота | Ежеквартальный |
| Да | |
| Стандартные сокращения | |
| ИСО 4 | EMBnet.журнал |
| Индексирование | |
| ISSN | 2226-6089 |
| Ссылки | |
Начиная с 1994 года и по 2009 год EMBnet издавал EMBnet.news . [ 7 ] Его основной целью было донести информацию и сообщить о последних новостях и событиях в сети до сообщества пользователей.
Основанный в 2010 году как преемник EMBnet.news ( с непрерывной нумерацией томов), EMBnet.journal представляет собой рецензируемый открытого доступа, научный журнал публикующий оригинальные исследовательские и технические статьи в области биоинформатики . [ 8 ] [ 9 ] Журнал содержит два основных раздела: один для исследовательских статей, обзоров и технических заметок, а другой для нерецензируемых комментариев, репортажей, руководств для пользователей, обучающей информации и новостей. EMBnet.journal также публикует в качестве приложений материалы конференций и тезисы заседаний.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Доменика Д'Элия; Андреас Гизель; Нильс-Эйнар Эрикссон; София Коссида; Киммо Маттила; Любош Клучар и Эрик Бонгкам-Рудлофф (2009). «20-летие EMBnet: 20 лет биоинформатики для сообщества наук о жизни» . БМК Биоинформатика . 10 (Приложение 6): S1. дои : 10.1186/1471-2105-10-S6-S1 . ПМЦ 2697632 . ПМИД 19534734 .
- ^ Мартин Сарачу; Марк Колет (2005). «wEMBOSS: веб-интерфейс для EMBOSS» . Биоинформатика . 21 (4): 540–541. doi : 10.1093/биоинформатика/bti031 . ПМИД 15388516 .
- ^ «ЭГКГ 8.0» . cmgm.stanford.edu .
- ^ Т.К.Аттвуд; И.Селимас; Р.Буис; Р.Альтенбург; Р.Герцог; В.Ледент; В.Гита; П.Фернандес; И.Маркеш; М.Бругман (2005). «Отчет о проекте EMBER — европейском мультимедийном образовательном ресурсе по биоинформатике» . Электронный журнал бионаучного образования . 6–4 . Архивировано из оригинала 9 декабря 2011 г. Проверено 24 ноября 2011 г.
- ^ «КУБОК | ЭМБнет» . www.embnet.org . Проверено 26 августа 2016 г.
- ^ Этвуд, Тереза К.; Бонгкам-Рудлофф, Эрик; Бразас, Мишель Э.; Корпас, Мануэль; Годе, Паскаль; Левиттер, Фрэн; Малдер, Никола; Палаги, Патрисия М.; Шнайдер, Мария Виктория; ван Гелдер, Селия В.Г.; Уэлч, Лонни (9 апреля 2015 г.). «КУБОК: Глобальная организация по обучению, образованию и подготовке кадров в области биоинформатики» . PLOS Вычислительная биология . 11 (4): e1004143. Бибкод : 2015PLSCB..11E4143A . дои : 10.1371/journal.pcbi.1004143 . ПМК 4391932 . ПМИД 25856076 .
- ^ «Архивы» . журнал.embnet.org .
- ^ Доменика Д'Элия; Андреас Гизель; Нильс-Эйнар Эрикссон; София Коссида; Киммо Маттила; Любош Клучар и Эрик Бонгкам-Рудлофф (2009). «20-летие EMBnet: 20 лет биоинформатики для сообщества наук о жизни» . БМК Биоинформатика . 10 (Приложение 6): S1. дои : 10.1186/1471-2105-10-S6-S1 . ПМЦ 2697632 . ПМИД 19534734 .
- ^ Дублин, Мэтью. «EMBnet.news превращается в новый журнал по биоинформатике» . genomeweb.com . Проверено 14 января 2013 г.
