Гаплогруппа D-CTS3946

Гаплогруппа D-CTS3946
Гаплогруппа D-CTS3946
Возможное время происхождения	80 700–64 700 лет назад (ок. 72 700 лет назад)
Возможное место происхождения	Африка
Предок	ИЗ
Потомки	D-M174 (также известный как D1) ; D-A5580.2 (также известный как D2 и D0)
Определение мутаций	CTS3946, CTS4030/Z1605

Гаплогруппа D , также известная как D-CTS3946 , представляет собой гаплогруппу Y-хромосомы . Как и его относительный дальний брат, гаплогруппа E-M96 , D-CTS3946 обладает полиморфизмом уникальных событий YAP+ , который определяет их родительскую гаплогруппу DE . D-CTS3946 имеет две базальные ветви: D1 и D2 . D1 и D2 встречаются главным образом в Восточной Азии , с низкой частотой — в Центральной Азии и Юго-Восточной Азии и с очень низкой частотой — в Западной Африке и Западной Азии .

Происхождение

Гаплогруппа D ранее называлась линией D D-M174 . Существуют различные предположения относительно происхождения гаплогруппы DE , родительской гаплогруппы D, некоторые предполагают африканское происхождение. ^{[ 2 ]} и другие азиатского происхождения. ^{[ 3 ]} Но D-M174 считалось и обычно считается азиатского происхождения и встречается исключительно в Азии.

Хабер и др. (2019) идентифицировали гаплогруппу, названную «D0», у трех нигерийцев. Гаплогруппа «D0», определенная SNP A5580.2, находится за пределами M174, но принадлежит к линии D, разделяет с D-M174 7 SNP, которых нет у E, и было установлено, что она рано отошла от ветви D (около D-M174). /E разделить). Хабер и др. (2019) рассмотрели несколько возможностей, включая африканское и азиатское происхождение гаплогруппы, но отчасти из-за глубокого укоренения гаплогруппы «D0», а также недавно рассчитали время раннего расхождения для нее и ее родительской гаплогруппы DE. авторы делают вывод в пользу африканского происхождения D0 и DE, а также общего предка (теперь известного как D-CTS3946 или «D») D0 и D-M174. По данным Хабера и др. (2019), D0 — это ветвь линии DE, расположенная рядом с разделением D/E, но на ветви D, разошедшаяся около 71000 лет назад. Авторы находят время расхождения для DE*, E и D0, вероятно, в пределах периода около 76 000–71 000 лет назад, а вероятную дату выхода предков современных евразийцев из Африки (и последующей примеси неандертальцев) позже. , примерно 50 300–59 400 лет назад, что, по их мнению, также подтверждает африканское происхождение этих гаплогрупп. ^{[ 1 ]} Таким образом, предполагается, что D-CTS3946 распространился как внутри, так и за пределами Африки: одна ветвь дивергировала в D0 в Африке, а другая ветвь, покинувшая Африку, в конечном итоге дивергировала в D-M174 (т.е. с мутацией M174, позже возникшей из D-CTS3946). распространился в Азию).

Халласт и др. (2020) о древних и современных гаплогруппах с использованием филогенетического анализа последовательностей гаплогрупп C, D и FT, включая очень редкие линии с глубокими корнями (такие как D0/D2, отобранные Хабером и др., 2019), утверждает, принимая «редкие глубокие -rooted D0» учитывает, что первоначальные расколы внутри гаплогруппы CT (предка DE) произошли в Африке. Они также утверждают, что все филогеографические анализы древних и современных неафриканских Y-хромосом указывают на Восточную/Юго-Восточную Азию как на источник 55 000–50 000 лет назад всех известных сохранившихся неафриканских мужских линий (кроме недавних мигрантов) вскоре после этого. первоначальная миграция базальной гаплогруппы D и других базальных Y-линий из Африки, произошедшая 70–55 000 лет назад. Они утверждают, что эти линии затем быстро распространились по Евразии, позже диверсифицировались в Юго-Восточной Азии, а затем распространились на запад около 55–50 000 лет назад, заменив другие местные линии в Евразии, и пришли к выводу, что гаплогруппа D (как D-M174) затем подверглась быстрой экспансии внутри Евразии. Восточно-евразийское население и состоит из 5 различных ветвей, сформировавшихся около 45 000 лет назад. Они обнаружили, что эти гаплогруппы в настоящее время имеют наибольшее разнообразие в Восточной Евразии (восток/юго-восточная Азия). Было обнаружено, что тибето-бирманское население Восточной и Юго-Восточной Азии отличается наибольшим разнообразием. ^{[ 4 ]}

Распределение

FTDNA также обнаружила три других образца D2 (также в 2019 году): два в Аль-Ваджхе на западном побережье Саудовской Аравии. ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]} и еще один на сирийском (он же D2b-FT51782). ^{[ 7 ]}^{[ 5 ]} Образец D2b-FT51782 также был найден в Аль-Кирби из Байды. ^{[ 8 ]} в Йемене, который, как оказалось, на несколько тысяч лет был связан с сирийским. ^{[ 7 ]} есть еще один человек (фамилия неизвестна) В соседней провинции Шабва с TMRCA 1700 г. назад с первым. ^{[ 9 ]} В 2020 году Майкл Сейгер из FTDNA объявил, что еще один образец был найден у афроамериканца. ^{[ 10 ]} и один в другом афроамериканец. ^{[ 10 ]}^{[ 11 ]} Образцы, обнаруженные у сирийского потомка и у одного из афроамериканцев, на сегодняшний день являются наиболее базальными образцами D2. ^{[ 10 ]}^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 11 ]} Другая афроамериканская выборка делит ветвь с тремя нигерийцами. ^{[ 10 ]} Недавние данные (как также предположили Хабер и др.) предполагают, что D2 представляет собой сильно дивергентную гаплогруппу, близкую к расколу DE, но на ветви D и лишенную мутации M174, которой обладают другие известные линии D (принадлежащие ее родственному брату D- М174). ^{[ 5 ]}

Субклады

Д1

Гаплогруппа D1 является субкладом гаплогруппы D-CTS3946.

Д2

Гаплогруппа D2 представляет собой субклад верхнего палеолита гаплогруппы D-CTS3946. В связи с этим открытием D0 был переименован в D2, а D-M174 был переименован в D1. ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}

Филогенетические деревья

ISOGG (версия: 14.151). ^{[ 12 ]}

DE (YAP) Карибские острова , Гвинея-Бисау , Тибет , Нигерия
- Д (CTS3946)
  - D1 (M174/Страница30, IMS-JST021355)
    - Д1а (CTS11577)　
      - Д1а1 (F6251/Z27276)
        D1a1a (M15) Китай (особенно Мяо , И , тибетцы ) и др. , Юго-Восточная Азия , Монголия , Средняя Азия
        Д1а1а1 (Ф849)
        Д1а1а1а (Н1)
        D1a1a1a1 (Z27269) Япония , Китай , Тибет ^{[ 13 ]}
        D1a1a1a1a (PH4979)
        D1a1a1a1a1 (BY15119/Z29428)
        
        D1a1a1a2 (Z31591) Непал (Таманг), Казахстан , Китай (И)
        
        D1a1a2 (F1070) Китай, Таиланд
        
        D1a1b (P99) Часто встречается в Тибете и изредка в других частях Китая , Монголии , ^{[ 12 ]} Средняя Азия , ^{[ 13 ]} и Республика Алтай
      - Д1а2 (Z3660)
        D1a2a (M64.1/Page44.1, M55) Япония ^{[ 13 ]}
        Д1а2а1 (М116.1)
        
        Д1а2а2 (CTS131)
        Д1а2а2а (CTS220)
        
        D1a2a2b (CTS68) Япония (остров Ребун)
        
        D1a2b (Y34637) Андаманские острова ^{[ 14 ]}
    - D1b (L1378) Филиппины ^{[ 15 ]}
  - D2 (A5580.2) Нигерия , Саудовская Аравия , Сирия , США , Йемен

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с Хабер М., Джонс А.Л., Коннелл Б.А., Арсьеро Э., Ян Х., Томас М.Г. и др. (август 2019 г.). «Редкая глубоко укоренившаяся африканская гаплогруппа Y-хромосомы D0 и ее значение для расселения современного человека за пределы Африки» . Генетика . 212 (4): 1421–1428. дои : 10.1534/genetics.119.302368 . ПМК 6707464 . ПМИД 31196864 .
^ Андерхилл, Пенсильвания, Кивисилд Т (2007). «Использование структуры популяции Y-хромосомы и митохондриальной ДНК для отслеживания миграций человека». Ежегодный обзор генетики . 41 : 539–64. дои : 10.1146/annurev.genet.41.110306.130407 . ПМИД 18076332 .
^ Кабрера В.М. (2017). «Носители основных линий макрогаплогруппы L3 митохондриальной ДНК мигрировали обратно в Африку из Азии около 70 000 лет назад». bioRxiv 10.1101/233502 .
^ Халласт П., Агджоян А., Балановский О., Сюэ Ю., Тайлер-Смит С. (февраль 2021 г.). «Происхождение современных неафриканских Y-хромосом человека из Юго-Восточной Азии» . Генетика человека . 140 (2): 299–307. дои : 10.1007/s00439-020-02204-9 . ПМЦ 7864842 . ПМИД 32666166 . Принимая во внимание редкую африканскую линию D0 и временные рамки, изложенные выше, мы пришли к выводу (Haber et al. 2019), что первоначальные расколы внутри CT, вероятно, произошли в Африке до выхода, и что три линии, C, D, и FT, осуществлялись предками современных неафриканцев. Каждая из этих трех линий впоследствии расширилась: C и D умеренно, а FT массово». лет назад, за которым следовала смесь неандертальцев, составлявшая ~ 2% всех неафриканцев. Однако детали этой первоначальной миграции остаются плохо изученными, поскольку анализы древней ДНК за этот ключевой период времени недоступны, а интерпретация современных аутосомных данных затруднена из-за последующих перемещений/изменений популяции. Однако один локус действительно сохраняет информацию, специфичную для самцов этого раннего периода: Y-хромосома, где была построена детальная калиброванная филогения. В результате первоначальной миграции были перенесены три современные линии Y: редкая гаплогруппа D, умеренно редкая C и очень распространенная линия FT, которая сейчас доминирует в большинстве неафриканских популяций. В эту статью включен текст из этого источника, доступного по лицензии CC BY 4.0 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Эстес, Роберта (21 июня 2019 г.). «Захватывающие новые открытия гаплогруппы D ДНК Y!» . DNAeXplained – Генетическая генеалогия . Проверено 06 июля 2019 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с "Изображение" .
^ Jump up to: ^а ^б «FamilyTreeDNA – Проект гаплогруппы Y-ДНК D» .
^ "Д YДерево" .
^ «D-Y330435 YДерево» . Архивировано из оригинала 1 мая 2023 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Сагер, Майкл (февраль 2020 г.). Древо человечества от FTDNA (Майк Сагер) .
^ Jump up to: ^а ^б Эстес, Роберта (10 декабря 2020 г.). «Новые открытия проливают свет на теорию выхода из Африки и за ее пределы» . DNAeXplained – Генетическая генеалогия .
^ Jump up to: ^а ^б Гаплогруппа D Y-ДНК и ее субклады – 2019 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с Хаммер М.Ф., Карафет Т.М., Парк Х. и др. (2006). «Двойное происхождение японцев: общая основа для Y-хромосом охотников-собирателей и фермеров». Дж. Хум. Жене. 51 (1): 47–58. doi:10.1007/s10038-005-0322-0. ПМИД 16328082 .
^ "Д YДерево" . www.yfull.com . Проверено 3 сентября 2019 г.
^ Гаплогруппа D Y-ДНК и ее субклады - 2014 г.

[vanOven2014-16] Van Oven M, Van Geystelen A, Kayser M, Decorte R, Larmuseau HD (2014). "Seeing the wood for the trees: a minimal reference phylogeny for the human Y chromosome". Human Mutation. 35 (2): 187–91. doi:10.1002/humu.22468. PMID 24166809. S2CID 23291764.

[ISOGG2015-17] International Society of Genetic Genealogy (ISOGG; 2015), Y-DNA Haplogroup Tree 2015. (Access date: 1 February 2015.)

[A0-T-18] Haplogroup A0-T is also known as A-L1085 (and previously as A0'1'2'3'4).

[A1-19] Haplogroup A1 is also known as A1'2'3'4.

[F-Y27277-20] F-Y27277, sometimes known as F2'4, is both the parent clade of F2 and F4 and a child of F-M89.

[LT-21] Haplogroup LT (L298/P326) is also known as Haplogroup K1.

[K2-22] Between 2002 and 2008, Haplogroup T-M184 was known as "Haplogroup K2". That name has since been re-assigned to K-M526, the sibling of Haplogroup LT.

[K2b-23] Haplogroup K2b (M1221/P331/PF5911) is also known as Haplogroup MPS.

[K2b1-24] Haplogroup K2b1 (P397/P399) is also known as Haplogroup MS, but has a broader and more complex internal structure.

[P-25] Haplogroup P (P295) is also klnown as K2b2.

[K-M2313-26] K-M2313*, which as yet has no phylogenetic name, has been documented in two living individuals, who have ethnic ties to India and South East Asia. In addition, K-Y28299, which appears to be a primary branch of K-M2313, has been found in three living individuals from India. See: Poznik op. cit.; YFull YTree v5.08, 2017, "K-M2335", and; PhyloTree, 2017, "Details of the Y-SNP markers included in the minimal Y tree" (Access date of these pages: 9 December 2017)

[S-27] Haplogroup S, as of 2017, is also known as K2b1a. (Previously the name Haplogroup S was assigned to K2b1a4.)

[M-28] Haplogroup M, as of 2017, is also known as K2b1b. (Previously the name Haplogroup M was assigned to K2b1d.)

[ReferenceC-1] Jump up to: ^а ^б ^с Хабер М., Джонс А.Л., Коннелл Б.А., Арсьеро Э., Ян Х., Томас М.Г. и др. (август 2019 г.). «Редкая глубоко укоренившаяся африканская гаплогруппа Y-хромосомы D0 и ее значение для расселения современного человека за пределы Африки» . Генетика . 212 (4): 1421–1428. дои : 10.1534/genetics.119.302368 . ПМК 6707464 . ПМИД 31196864 .

[underhill2007-2] Андерхилл, Пенсильвания, Кивисилд Т (2007). «Использование структуры популяции Y-хромосомы и митохондриальной ДНК для отслеживания миграций человека». Ежегодный обзор генетики . 41 : 539–64. дои : 10.1146/annurev.genet.41.110306.130407 . ПМИД 18076332 .

[3] Кабрера В.М. (2017). «Носители основных линий макрогаплогруппы L3 митохондриальной ДНК мигрировали обратно в Африку из Азии около 70 000 лет назад». bioRxiv 10.1101/233502 .

[4] Халласт П., Агджоян А., Балановский О., Сюэ Ю., Тайлер-Смит С. (февраль 2021 г.). «Происхождение современных неафриканских Y-хромосом человека из Юго-Восточной Азии» . Генетика человека . 140 (2): 299–307. дои : 10.1007/s00439-020-02204-9 . ПМЦ 7864842 . ПМИД 32666166 . Принимая во внимание редкую африканскую линию D0 и временные рамки, изложенные выше, мы пришли к выводу (Haber et al. 2019), что первоначальные расколы внутри CT, вероятно, произошли в Африке до выхода, и что три линии, C, D, и FT, осуществлялись предками современных неафриканцев. Каждая из этих трех линий впоследствии расширилась: C и D умеренно, а FT массово». лет назад, за которым следовала смесь неандертальцев, составлявшая ~ 2% всех неафриканцев. Однако детали этой первоначальной миграции остаются плохо изученными, поскольку анализы древней ДНК за этот ключевой период времени недоступны, а интерпретация современных аутосомных данных затруднена из-за последующих перемещений/изменений популяции. Однако один локус действительно сохраняет информацию, специфичную для самцов этого раннего периода: Y-хромосома, где была построена детальная калиброванная филогения. В результате первоначальной миграции были перенесены три современные линии Y: редкая гаплогруппа D, умеренно редкая C и очень распространенная линия FT, которая сейчас доминирует в большинстве неафриканских популяций. В эту статью включен текст из этого источника, доступного по лицензии CC BY 4.0 .

[Estes-5] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Эстес, Роберта (21 июня 2019 г.). «Захватывающие новые открытия гаплогруппы D ДНК Y!» . DNAeXplained – Генетическая генеалогия . Проверено 06 июля 2019 г.

[Image-6] Jump up to: ^а ^б ^с "Изображение" .

[familytreedna.com-7] Jump up to: ^а ^б «FamilyTreeDNA – Проект гаплогруппы Y-ДНК D» .

[8] "Д YДерево" .

[9] «D-Y330435 YДерево» . Архивировано из оригинала 1 мая 2023 г.

[auto3-10] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Сагер, Майкл (февраль 2020 г.). Древо человечества от FTDNA (Майк Сагер) .

[auto-11] Jump up to: ^а ^б Эстес, Роберта (10 декабря 2020 г.). «Новые открытия проливают свет на теорию выхода из Африки и за ее пределы» . DNAeXplained – Генетическая генеалогия .

[docs.google.com-12] Jump up to: ^а ^б Гаплогруппа D Y-ДНК и ее субклады – 2019 г.

[Hammer2006-13] Jump up to: ^а ^б ^с Хаммер М.Ф., Карафет Т.М., Парк Х. и др. (2006). «Двойное происхождение японцев: общая основа для Y-хромосом охотников-собирателей и фермеров». Дж. Хум. Жене. 51 (1): 47–58. doi:10.1007/s10038-005-0322-0. ПМИД 16328082 .

[14] "Д YДерево" . www.yfull.com . Проверено 3 сентября 2019 г.

[ISOGG2014-15] Гаплогруппа D Y-ДНК и ее субклады - 2014 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ х 1 ]

[ х 2 ]

[χ 3]

[χ 4]

[χ 5]

[χ 6]

[χ 7]

[χ 8]

[χ 9]

[χ 10]

[χ 11]

[χ 12]

[χ 13]