Экологическая ДНК

Экологическая ДНК или эДНК – это ДНК , которая собирается из различных образцов окружающей среды, таких как почва , морская вода , снег или воздух , а не непосредственно из отдельного организма . Когда различные организмы взаимодействуют с окружающей средой, ДНК выделяется и накапливается в окружающей среде из различных источников. ^{[ 2 ]} Такая эДНК может быть секвенирована с помощью омики окружающей среды, чтобы выявить факты о видах, присутствующих в экосистеме, даже микроскопические, которые иначе не очевидны или не обнаруживаются.

В последние годы электронная ДНК использовалась как инструмент для обнаружения находящихся под угрозой исчезновения диких животных, которые иначе были бы невидимы. В 2020 году исследователи в области здравоохранения начали перепрофилировать методы электронной ДНК для отслеживания пандемии COVID-19. ^{[ 3 ]}

Примеры источников эДНК включают, помимо прочего, фекалии , слизь , гаметы , сброшенную кожу , туши и волосы . ^{[ 2 ]}^{[ 4 ]} Образцы можно анализировать с помощью методов высокопроизводительного секвенирования ДНК , известных как метагеномика , метабаркодирование и обнаружение одного вида, для быстрого мониторинга и измерения биоразнообразия . Чтобы лучше различать организмы в образце, используется метабаркодирование ДНК , при котором образец анализируется и используются ранее изученные библиотеки ДНК, такие как BLAST , для определения того, какие организмы присутствуют. ^{[ 5 ]}

Метабаркодирование эДНК — это новый метод оценки биоразнообразия , при котором образцы берутся из окружающей среды через воду, осадок или воздух, из которых извлекается ДНК, а затем амплифицируются с использованием общих или универсальных праймеров в полимеразной цепной реакции и секвенируются с использованием секвенирования нового поколения для создания тысяч миллионам прочтений. На основе этих данных можно определить наличие видов и оценить общее биоразнообразие. Это междисциплинарный метод, который объединяет традиционную полевой экологии с углубленными молекулярными методами и передовыми вычислительными инструментами. ^{[ 6 ]}

Анализ эДНК имеет большой потенциал не только для мониторинга распространенных видов, но и для генетического обнаружения и идентификации других существующих видов, которые могут повлиять на усилия по сохранению. ^{[ 7 ]} Этот метод позволяет проводить биомониторинг, не требуя сбора живого организма, создавая возможность изучения инвазивных, неуловимых или находящихся под угрозой исчезновения организмов, не создавая антропогенного стресса для организма. Доступ к этой генетической информации вносит решающий вклад в понимание размера популяции, распределения видов и динамики популяций для видов, которые недостаточно документированы. Важно отметить, что эДНК зачастую более рентабельна по сравнению с традиционными методами отбора проб. ^{[ 8 ]} Целостность образцов эДНК зависит от их сохранности в окружающей среде.

Почва, вечная мерзлота , пресная и морская вода — это хорошо изученные макросреды, из которых были извлечены образцы эДНК, каждая из которых включает в себя множество более кондиционированных субсред . ^{[ 9 ]} Из-за своей универсальности eDNA применяется во многих субсредах, таких как отбор проб пресной воды, отбор проб морской воды, отбор проб наземной почвы (вечная мерзлота тундры), отбор проб водной почвы (реки, озера, пруды и океанические отложения), ^{[ 10 ]} или в других средах, где обычные процедуры отбора проб могут стать проблематичными. ^{[ 9 ]}

7 декабря 2022 года исследование, опубликованное в журнале Nature, сообщило об обнаружении в отложениях Гренландии эДНК возрастом два миллиона лет, которая в настоящее время считается самой старой ДНК, секвенированной на данный момент. ^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}

Обзор

Глобальный мониторинг экосистем и биоразнообразия
с метабаркодированием ДНК окружающей среды ^{[ 6 ]}

ДНК окружающей среды или эДНК описывает генетический материал, присутствующий в образцах окружающей среды, таких как отложения, вода и воздух, включая целые клетки, внеклеточную ДНК и, возможно, целые организмы. ^{[ 13 ]}^{[ 14 ]} Анализ эДНК начинается со сбора представляющего интерес образца окружающей среды. ДНК в образце экстрагируется и очищается . Очищенная ДНК затем амплифицируется для конкретного гена-мишени, чтобы ее можно было секвенировать и классифицировать на основе ее последовательности. ^{[ 15 ]} На основе этой информации возможно обнаружение и классификация видов. ^{[ 6 ]}

ЭДНК может происходить из кожи, слизистых, слюны, спермы, секретов, яиц, фекалий, мочи, крови, корней, листьев, фруктов, пыльцы и гниющих тел более крупных организмов, тогда как микроорганизмы могут быть получены целиком. ^{[ 16 ]}^{[ 7 ]}^{[ 14 ]} Производство эДНК зависит от биомассы, возраста и пищевой активности организма, а также от физиологии, истории жизни и использования пространства. ^{[ 2 ]}^{[ 17 ]}^{[ 14 ]}^{[ 18 ]}^{[ 19 ]}^{[ 6 ]}

Несмотря на то, что эДНК является относительно новым методом исследования, она уже доказала свой огромный потенциал в биологическом мониторинге . Обычные методы исследования богатства и численности ограничены таксономической идентификацией , могут вызвать нарушение или разрушение среды обитания и могут основываться на методах, с помощью которых трудно обнаружить мелкие или неуловимые виды, что делает невозможными оценки для целых сообществ. еДНК может дополнять эти методы, ориентируясь на различные виды, отбирая большее разнообразие и повышая таксономическое разрешение . ^{[ 20 ]} Кроме того, eDNA способна обнаруживать редкие виды , ^{[ 21 ]}^{[ 17 ]} но не для определения информации о качестве населения, такой как соотношение полов и состояние тела, поэтому он идеально подходит для дополнения традиционных исследований. ^{[ 18 ]}^{[ 20 ]} Тем не менее, он имеет полезные применения для обнаружения первых случаев появления инвазивных видов, продолжающегося присутствия местных видов, которые считаются вымершими или иным образом находящихся под угрозой исчезновения, а также других неуловимых видов, встречающихся в низкой плотности, которые было бы трудно обнаружить традиционными средствами. ^{[ 6 ]}

Деградация эДНК в окружающей среде ограничивает возможности исследований эДНК, поскольку часто остаются лишь небольшие сегменты генетического материала, особенно в теплых тропических регионах. Кроме того, различная продолжительность времени деградации в зависимости от условий окружающей среды и возможности ДНК путешествовать по средам, таким как вода, могут повлиять на выводы о мелкомасштабных пространственно-временных тенденциях видов и сообществ. ^{[ 17 ]}^{[ 22 ]}^{[ 16 ]}^{[ 23 ]}^{[ 18 ]}^{[ 20 ]}^{[ 19 ]} Несмотря на эти недостатки, эДНК по-прежнему обладает потенциалом для определения относительной или ранговой численности, поскольку некоторые исследования показали, что она соответствует биомассе, хотя вариации, присущие образцам окружающей среды, затрудняют количественную оценку. ^{[ 7 ]}^{[ 14 ]} Хотя эДНК имеет множество применений в сохранении, мониторинге и оценке экосистем, а также в других областях, которые еще предстоит описать, сильно варьирующиеся концентрации эДНК и потенциальная гетерогенность в водном объекте делают необходимым оптимизацию процедуры, в идеале с помощью пилотного исследования. для каждого нового применения, чтобы гарантировать, что план выборки подходит для обнаружения цели. ^{[ 24 ]}^{[ 18 ]}^{[ 20 ]}^{[ 6 ]}

ДНК сообщества

Хотя определение эДНК кажется простым, границы между различными формами ДНК становятся размытыми, особенно по сравнению с ДНК сообщества , которая описывается как объемные образцы организмов. ^{[ 20 ]} Возникает вопрос относительно целых микроорганизмов, захваченных в образцах эДНК: изменяют ли эти организмы классификацию образца на образец ДНК сообщества? Кроме того, классификация генетического материала из фекалий проблематична, и его часто называют эДНК. ^{[ 20 ]} Дифференциация между ними важна, поскольку ДНК сообщества указывает на присутствие организма в определенное время и в определенном месте, в то время как эДНК могла прийти из другого места, из фекалий хищников или из прошлого присутствия, однако такая дифференциация часто невозможна. ^{[ 25 ]}^{[ 20 ]} Однако эДНК можно условно классифицировать как включающую многие отрасли исследований биоразнообразия ДНК, включая анализ фекалий и массовые образцы, когда они применимы к исследованиям биоразнообразия и анализу экосистем. ^{[ 6 ]}

собственная ДНК

Концепция selfDNA основана на открытиях, сделанных учеными из Неаполитанского университета имени Федерико II , о которых сообщалось в 2015 году в журнале New Phytologies . ^{[ 26 ]} о самоингибирующем эффекте внеклеточной ДНК у растений, ^{[ 27 ]} но также в бактериях, грибах, водорослях, растениях, простейших и насекомых. ^{[ 28 ]} Предполагается, что источником такой внеклеточной ДНК в окружающей среде является растительный мусор , а также другие источники в различных экосистемах и организмах, при этом экспериментально показано, что размер фрагментов ДНК оказывает ингибирующее воздействие на соответствующие им организмы, обычно колеблясь от 200 до 500 пар оснований. Было постулировано, что феномен самоДНК стимулирует экологические взаимодействия и механически опосредован молекулярными паттернами, связанными с повреждениями (DAMP). ^{[ 29 ]}^{[ 30 ]} и иметь потенциал для разработки биоцидных применений. ^{[ 31 ]}

метабаркодирование эДНК

Применение метабаркодирования ДНК окружающей среды в водных и наземных экосистемах ^{[ 6 ]}

К 2019 году методы исследования электронной ДНК были расширены, и теперь можно оценивать целые сообщества по одному образцу. Этот процесс включает в себя метабаркодирование , которое можно точно определить как использование общих или универсальных праймеров полимеразной цепной реакции (ПЦР) на смешанных образцах ДНК любого происхождения с последующим высокопроизводительным секвенированием следующего поколения (NGS) для определения видового состава ДНК. образец. Этот метод уже много лет широко используется в микробиологии, но только начинает применяться для оценки макроорганизмов. ^{[ 32 ]}^{[ 22 ]}^{[ 25 ]}^{[ 20 ]} Применение метабаркодирования eDNA в масштабах всей экосистемы может не только описывать сообщества и биоразнообразие, но также обнаруживать взаимодействия и функциональную экологию в больших пространственных масштабах. ^{[ 33 ]} хотя это может быть ограничено ложными показаниями из-за загрязнения или других ошибок. ^{[ 32 ]}^{[ 7 ]}^{[ 34 ]}^{[ 25 ]}^{[ 19 ]} В целом метабаркодирование eDNA увеличивает скорость, точность и идентификацию по сравнению с традиционным штрих-кодированием и снижает стоимость, но требует стандартизации и унификации, интеграции таксономии и молекулярных методов для полного экологического исследования. ^{[ 22 ]}^{[ 35 ]}^{[ 36 ]}^{[ 37 ]}^{[ 19 ]}^{[ 6 ]}^{[ 38 ]}

Метабаркодирование eDNA применяется для мониторинга разнообразия во всех средах обитания и таксономических группах, реконструкции древних экосистем, взаимодействия растений и опылителей , анализа рациона, обнаружения инвазивных видов, реагирования на загрязнение и мониторинга качества воздуха. Метабаркодирование eDNA — это уникальный метод, который все еще находится в разработке и, вероятно, будет продолжать меняться в течение некоторого времени по мере развития технологий и стандартизации процедур. Однако по мере того, как метабаркодирование будет оптимизировано и его использование станет более распространенным, оно, вероятно, станет важным инструментом экологического мониторинга и глобальных исследований по сохранению природы. ^{[ 6 ]}

Внеклеточная и реликтовая ДНК

Динамика реликтовой ДНК ^{[ 39 ]}

Внеклеточная ДНК, иногда называемая реликтовой ДНК, представляет собой ДНК мертвых микробов. Голая внеклеточная ДНК (эДНК), большая часть которой высвобождается в результате гибели клеток, практически повсеместно встречается в окружающей среде. Его концентрация в почве может достигать 2 мкг/л, а в естественной водной среде - до 88 мкг/л. ^{[ 40 ]} Для эДНК были предложены различные возможные функции: она может участвовать в горизонтальном переносе генов ; ^{[ 41 ]} он может обеспечивать питательные вещества; ^{[ 42 ]} и он может действовать как буфер для рекрутирования или титрования ионов или антибиотиков. ^{[ 43 ]} Внеклеточная ДНК действует как функциональный компонент внеклеточного матрикса в биопленках нескольких видов бактерий. Он может действовать как фактор узнавания, регулируя прикрепление и распространение определенных типов клеток в биопленке; ^{[ 44 ]} это может способствовать образованию биопленок; ^{[ 45 ]} и это может способствовать повышению физической силы биопленки и устойчивости к биологическому стрессу. ^{[ 46 ]}

Под названием ДНК окружающей среды eDNA получила все более широкое применение в естественных науках в качестве инструмента исследования экологии , мониторинга перемещения и присутствия видов в воде, воздухе или на суше, а также оценки биоразнообразия территории. ^{[ 47 ]}^{[ 48 ]}

На диаграмме справа количество реликтовой ДНК в микробной среде определяется вкладами, связанными со смертностью жизнеспособных особей с интактной ДНК, и потерями, связанными с деградацией реликтовой ДНК. Если разнообразие последовательностей, содержащихся в пуле реликтовой ДНК, существенно отличается от такового в пуле интактной ДНК, то реликтовая ДНК может искажать оценки микробного биоразнообразия (как указано в разноцветных прямоугольниках) при отборе проб из общей (интактной + реликтовой) ДНК. бассейн. ^{[ 39 ]} Стандартизированные данные об инициативах (STARDIT) были предложены как один из способов стандартизации как данных о методах отбора проб и анализа, так и таксономических и онтологических отношений. ^{[ 49 ]}

Коллекция

Земные отложения

Методы современной и древней морской геномики
(а) Метабаркодирование — это амплификация и анализ фрагментов ДНК одинакового размера из общего экстракта ДНК. (б) Метагеномика — это извлечение, амплификация и анализ всех фрагментов ДНК независимо от их размера. (c) Захват мишени описывает обогащение и анализ конкретных (выбранных) фрагментов ДНК, независимых от размера, из общего экстракта ДНК. ^{[ 50 ]}

Важность анализа eDNA возникла из-за признания ограничений, связанных с культуральными исследованиями. ^{[ 7 ]} Организмы приспособились к процветанию в специфических условиях их естественной среды. Хотя ученые работают над имитацией этой среды, многие микробные организмы невозможно удалить и культивировать в лабораторных условиях. ^{[ 9 ]} Самая ранняя версия этого анализа началась с рибосомальной РНК ( рРНК ) в микробах, чтобы лучше понять микробы, живущие во враждебной среде. ^{[ 51 ]} Генетический состав некоторых микробов становится доступен только с помощью анализа eDNA. Аналитические методы эДНК были впервые применены к земным отложениям, в результате чего была получена ДНК как вымерших, так и современных млекопитающих, птиц, насекомых и растений. ^{[ 52 ]} Образцы, извлеченные из этих земных отложений, обычно называют «осадочной древней ДНК» ( седа -ДНК или грязевая ДНК). ^{[ 53 ]} Анализ eDNA также можно использовать для изучения существующих лесных сообществ, включая все: от птиц и млекопитающих до грибов и червей. ^{[ 9 ]} Образцы можно получить из почвы, фекалий, «ДНК укусов» с мест, где были укушены листья, растений и листьев с мест, где находились животные, а также из крови пойманных комаров, которые могли питаться кровью любых животных в этом районе. ^{[ 54 ]} Некоторые методы также могут попытаться захватить клетки с помощью ловушек для волос и наждачной бумаги в местах, обычно пересекаемых целевыми видами.

Водные отложения

Впоследствии седаДНК была использована для изучения разнообразия древних животных и проверена с использованием известных записей окаменелостей в водных отложениях. ^{[ 9 ]} Водные отложения лишены кислорода и, таким образом, защищают ДНК от разрушения. ^{[ 9 ]} Помимо древних исследований, этот подход можно использовать для понимания современного разнообразия животных с относительно высокой чувствительностью. В то время как в типичных образцах воды ДНК может разлагаться относительно быстро, образцы водных отложений могут содержать полезную ДНК через два месяца после присутствия вида. ^{[ 55 ]} Одна из проблем с водными отложениями заключается в том, что неизвестно, где организм отложил эДНК, поскольку она могла перемещаться в толще воды.

Буровое судно извлекает керн отложений для анализа седаДНК и гипотетического состава морских сообществ в прошлом. ^{[ 50 ]}
Непрерывное отбор керна подледных водных отложений ^{[ 56 ]}

Водный (столб воды)

Изучение эДНК в толще воды может указать на состав сообщества водоема. До появления eDNA основными способами изучения разнообразия открытой воды было использование рыболовства и отлова, что требует таких ресурсов, как финансирование и квалифицированная рабочая сила, тогда как eDNA нужны только образцы воды. ^{[ 10 ]} Этот метод эффективен, поскольку pH воды не влияет на ДНК так сильно, как считалось ранее, а чувствительность можно относительно легко повысить. ^{[ 10 ]}^{[ 57 ]} Чувствительность – это то, насколько вероятно, что ДНК-маркер будет присутствовать в пробе воды, и ее можно повысить, просто взяв больше проб, увеличив объем проб и увеличив количество ПЦР . ^{[ 57 ]} ЭДНК относительно быстро разлагается в толще воды, что очень полезно для краткосрочных исследований по сохранению, таких как определение присутствующих видов. ^{[ 9 ]}

Исследователи из Экспериментальной зоны озер в Онтарио, Канада , и Университета Макгилла обнаружили, что распределение эДНК отражает стратификацию озер . ^{[ 58 ]} По мере изменения времен года и температуры воды плотность воды также меняется так, что она образует отдельные слои в небольших бореальных летом и зимой озерах. Эти слои смешиваются весной и осенью. ^{[ 59 ]} Как обнаружили эти исследователи, использование среды обитания рыб коррелирует со стратификацией (например, холодноводные рыбы, такие как озерная форель , остаются в холодной воде), как и распределение эДНК. ^{[ 58 ]}

Мониторинг видов

ЭДНК может использоваться для мониторинга видов в течение всего года и может быть очень полезна при мониторинге их сохранения. ^{[ 17 ]}^{[ 60 ]}^{[ 61 ]} Анализ эДНК успешно позволил идентифицировать множество различных таксонов водных растений. ^{[ 62 ]} водные млекопитающие, ^{[ 21 ]}^{[ 17 ]} Рыбы, ^{[ 32 ]}^{[ 61 ]} моллюски, ^{[ 60 ]} грибы ^{[ 63 ]}^{[ 64 ]} и даже паразиты. ^{[ 65 ]}^{[ 51 ]} еДНК использовалась для изучения видов, сводя к минимуму любой стресс, вызывающий взаимодействие между людьми, что позволяет исследователям более эффективно отслеживать присутствие видов в более крупных пространственных масштабах. ^{[ 66 ]}^{[ 67 ]} Наиболее распространенным применением в текущих исследованиях является использование электронной ДНК для изучения местонахождения видов, находящихся в опасности, инвазивных видов и ключевых видов во всех средах. ^{[ 66 ]} еДНК особенно полезна для изучения видов с небольшими популяциями, поскольку еДНК достаточно чувствительна, чтобы подтвердить присутствие вида с относительно небольшими усилиями по сбору данных, что часто можно сделать с помощью образца почвы или воды. ^{[ 7 ]}^{[ 66 ]} еДНК зависит от эффективности геномного секвенирования и анализа, а также от используемых методов исследования, которые продолжают становиться все более эффективными и дешевыми. ^{[ 68 ]} Некоторые исследования показали, что эДНК, взятая из ручья и прибрежной среды, разложилась до необнаружимого уровня примерно в течение 48 часов. ^{[ 69 ]}^{[ 70 ]}

ДНК окружающей среды может применяться как инструмент для обнаружения организмов с низкой численностью как в активных, так и в пассивных формах. Активные исследования eDNA нацелены на отдельные виды или группы таксонов для обнаружения с использованием высокочувствительной видоспецифичной количественной ПЦР в реальном времени. ^{[ 71 ]} или маркеры цифровой капельной ПЦР . ^{[ 72 ]} Методология CRISPR-Cas также применялась для обнаружения отдельных видов по эДНК; ^{[ 73 ]} использование фермента Cas12a и обеспечение большей специфичности при обнаружении симпатрических таксонов. Пассивные исследования eDNA используют массово-параллельное секвенирование ДНК для амплификации всех молекул eDNA в образце без какой- либо априорной цели, обеспечивая общие доказательства ДНК о составе биотического сообщества. ^{[ 74 ]}

Упадок наземных членистоногих

Дифференциация сообществ членистоногих по видам растений
Двусторонний график гена COI , показывающий, от каких растений получено каждое семейство членистоногих. Названия растений: Анжелика ( Angelicaarchangelica ), Центау ( Centaurea jacea ), Даукус ( Daucus carota ), Эхий ( Echium vulgare ), Эупато ( Eupatorium cannabinum ), Солида ( Solidago canadensis ), Танаце ( Tanacetum vulgare ). ^{[ 1 ]}

Наземные членистоногие переживают массовое сокращение численности как в Европе, так и во всем мире. ^{[ 75 ]}^{[ 76 ]}^{[ 77 ]}^{[ 78 ]} хотя изучена лишь часть видов, а большинство насекомых до сих пор не описаны наукой. ^{[ 79 ]} Например, луговые экосистемы являются домом для разнообразных таксономических и функциональных групп наземных членистоногих , таких как опылители , насекомые -фитофаги и хищники, которые используют нектар и пыльцу в качестве источников пищи, а ткани стеблей и листьев для питания и развития. В этих сообществах обитают виды, находящиеся под угрозой исчезновения , поскольку многие места обитания исчезли или находятся под серьезной угрозой. ^{[ 80 ]}^{[ 81 ]} Поэтому предпринимаются обширные усилия по восстановлению европейских луговых экосистем и сохранению биоразнообразия . ^{[ 82 ]} Например, опылители, такие как пчелы и бабочки, представляют собой важную экологическую группу, численность которой в Европе сильно сократилась, что указывает на резкую потерю биоразнообразия пастбищ. ^{[ 83 ]}^{[ 84 ]}^{[ 85 ]}^{[ 86 ]} Подавляющее большинство цветковых растений опыляются насекомыми и другими животными как в умеренных регионах, так и в тропиках. ^{[ 87 ]} Большинство видов насекомых являются травоядными, питающимися различными частями растений, и большинство из них являются специалистами, использующими один или несколько видов растений в качестве основного пищевого ресурса. ^{[ 88 ]} Однако, учитывая пробел в знаниях о существующих видах насекомых и тот факт, что большинство видов до сих пор не описаны, становится ясно, что для большинства видов растений в мире существуют ограниченные знания о сообществах членистоногих, с которыми они живут и с которыми они взаимодействуют. ^{[ 1 ]}

Сообщества наземных членистоногих традиционно собирались и изучались с использованием таких методов, как ловушки Малеза и ловушки-ловушки , которые являются очень эффективными, но несколько громоздкими и потенциально инвазивными методами. В некоторых случаях эти методы не позволяют проводить эффективные и стандартизированные исследования, например, из-за фенотипической пластичности , близкородственных видов и трудностей с определением ювенильных стадий. Кроме того, морфологическая идентификация напрямую зависит от таксономической компетентности, которая находится в упадке. ^{[ 89 ]}^{[ 90 ]}^{[ 91 ]} Все подобные ограничения традиционного мониторинга биоразнообразия создали спрос на альтернативные подходы. Между тем, развитие технологий секвенирования ДНК постоянно открывает новые способы получения биологических данных. ^{[ 7 ]}^{[ 92 ]}^{[ 25 ]}^{[ 9 ]} Таким образом, недавно было предложено несколько новых молекулярных подходов для получения быстрых и эффективных данных о сообществах членистоногих и их взаимодействиях с помощью неинвазивных генетических методов. Это включает в себя извлечение ДНК из таких источников, как массовые образцы или супы насекомых. ^{[ 93 ]}^{[ 94 ]}^{[ 95 ]}^{[ 96 ]} пустые листовые мины, ^{[ 97 ]} паутина, ^{[ 98 ]} кувшинная растительная жидкость, ^{[ 99 ]} образцы окружающей среды, такие как почва, вода, воздух и даже целые цветы (экологическая ДНК [eDNA]), ^{[ 100 ]}^{[ 101 ]}^{[ 102 ]}^{[ 9 ]}^{[ 103 ]} идентификация растений-хозяев и рациона хищников на основе экстрактов ДНК насекомых, ^{[ 104 ]}^{[ 105 ]} и хищник какает от летучих мышей. ^{[ 106 ]}^{[ 107 ]} Недавно ДНК пыльцы, прикрепленной к насекомым, стала использоваться для получения информации о взаимодействиях растений и опылителей . ^{[ 108 ]}^{[ 109 ]} Многие из таких недавних исследований основаны на метабаркодировании ДНК — высокопроизводительном секвенировании ПЦР ампликонов с использованием универсальных праймеров. ^{[ 110 ]}^{[ 101 ]}^{[ 1 ]}

Млекопитающие

Канадская рысь
Следы канадской рыси на снегу

Снежные трассы

Исследователи дикой природы в заснеженных районах также используют образцы снега для сбора и извлечения генетической информации об интересующих видах. ДНК из образцов снежных следов была использована для подтверждения присутствия таких неуловимых и редких видов, как белые медведи, песец, рысь, росомахи и рыбаки. ^{[ 111 ]}^{[ 112 ]}^{[ 113 ]}^{[ 114 ]}

ДНК из воздуха

В 2021 году исследователи продемонстрировали, что эДНК можно собирать из воздуха и использовать для идентификации млекопитающих. ^{[ 115 ]}^{[ 116 ]}^{[ 117 ]}^{[ 118 ]} В 2023 году ученые разработали специализированный зонд для отбора проб и авиационные исследования для оценки биоразнообразия нескольких таксонов, включая млекопитающих, с использованием эДНК воздуха. ^{[ 119 ]}

Управление рыболовством

Успешное управление коммерческим рыболовством опирается на стандартизированные исследования для оценки количества и распределения рыбных запасов . Атлантическая треска ( Gadus morhua ) является ярким примером, демонстрирующим, как плохо ограниченные данные и необоснованное принятие решений могут привести к катастрофическому сокращению запасов и вытекающим из этого экономическим и социальным проблемам. ^{[ 121 ]} Традиционные оценки запасов демерсальных видов рыб основывались главным образом на траловых съемках, которые предоставили ценный поток информации лицам, принимающим решения. ^{[ 122 ]} Однако у донных траловых съемок есть некоторые заметные недостатки, включая стоимость, ^{[ 123 ]} избирательность/уловистость передач, ^{[ 124 ]} разрушение среды обитания ^{[ 125 ]} и ограниченный охват (например, дно с твердым субстратом, охраняемые морские территории). ^{[ 126 ]}

Экологическая ДНК (эДНК) стала потенциально мощной альтернативой для изучения динамики экосистем. Постоянная потеря и выделение генетического материала макроорганизмов оставляет молекулярный след в образцах окружающей среды, который можно проанализировать, чтобы определить либо наличие конкретных целевых видов, либо ^{[ 13 ]}^{[ 127 ]} или охарактеризовать биоразнообразие. ^{[ 128 ]}^{[ 129 ]} Сочетание секвенирования нового поколения и отбора проб эДНК было успешно применено в водных системах для документирования пространственных и временных закономерностей в разнообразии ихтиофауны. ^{[ 130 ]}^{[ 131 ]}^{[ 132 ]}^{[ 133 ]} Для дальнейшего развития полезности эДНК для управления рыболовством важным следующим шагом является понимание способности количества эДНК отражать биомассу рыбы в океане. ^{[ 126 ]}

Положительная взаимосвязь между количеством эДНК, биомассой и численностью рыб была продемонстрирована в экспериментальных системах. ^{[ 134 ]}^{[ 135 ]}^{[ 136 ]} Однако известные различия между производством эДНК ^{[ 137 ]}^{[ 138 ]} и деградация ^{[ 139 ]}^{[ 140 ]}^{[ 141 ]}^{[ 142 ]} ожидается, что темпы усложнят эти отношения в природных системах. Более того, в океанических системах большие объемы среды обитания и сильные течения могут привести к физическому рассеиванию фрагментов ДНК от целевых организмов. ^{[ 143 ]} Ранее считалось, что эти мешающие факторы ограничивают применение количественного мониторинга эДНК в океанических условиях. ^{[ 143 ]}^{[ 126 ]}

Несмотря на эти потенциальные ограничения, многочисленные исследования в морской среде обнаружили положительную взаимосвязь между количеством эДНК и дополнительными исследованиями, включая радиометку, ^{[ 144 ]} визуальные обследования, ^{[ 133 ]}^{[ 145 ]} эхо-звучание ^{[ 146 ]} и траловые исследования. ^{[ 132 ]}^{[ 147 ]} Однако исследований, позволяющих количественно оценить целевые концентрации эДНК промысловых видов рыб с помощью стандартизированных траловых съемок в морской среде, гораздо меньше. ^{[ 147 ]} В этом контексте необходимо прямое сравнение концентраций эДНК с показателями оценки биомассы и запасов, такими как улов на единицу усилия (CPUE), чтобы понять применимость мониторинга эДНК для содействия усилиям по управлению рыболовством. ^{[ 126 ]}

Глубоководные отложения

Сеть OTU (оперативная таксономическая единица) пулов внеклеточной ДНК из отложений различных континентальных окраин. ^{[ 148 ]}

Внеклеточная ДНК в поверхностных глубоководных отложениях является крупнейшим резервуаром ДНК Мирового океана. ^{[ 149 ]} Основными источниками внеклеточной ДНК в таких экосистемах являются высвобождение ДНК in situ из мертвых донных организмов и/или другие процессы, включая лизис клеток вследствие вирусной инфекции, клеточную экссудацию и выделение из жизнеспособных клеток, разложение вирусов и аллохтонные поступления из водяной столб. ^{[ 149 ]}^{[ 150 ]}^{[ 151 ]}^{[ 152 ]} Предыдущие исследования предоставили доказательства того, что значительная часть внеклеточной ДНК может избежать процессов деградации, оставаясь в отложениях. ^{[ 153 ]}^{[ 154 ]} Эта ДНК потенциально представляет собой генетическое хранилище, в котором фиксируются биологические процессы, происходящие с течением времени. ^{[ 155 ]}^{[ 156 ]}^{[ 148 ]}

Недавние исследования показали, что ДНК, сохранившаяся в морских отложениях, характеризуется большим количеством весьма разнообразных генных последовательностей. ^{[ 155 ]}^{[ 156 ]}^{[ 157 ]} В частности, внеклеточная ДНК использовалась для реконструкции прошлого прокариотического и эукариотического разнообразия в донных экосистемах, характеризующихся низкими температурами и/или постоянно бескислородными условиями. ^{[ 157 ]}^{[ 158 ]}^{[ 159 ]}^{[ 160 ]}^{[ 161 ]}^{[ 148 ]}

На диаграмме справа показана сеть OTU ( оперативной таксономической единицы ) пулов внеклеточной ДНК из отложений различных окраин континентов. Размер точки внутри сети пропорционален количеству последовательностей для каждого OTU. Точки, обведенные красным, представляют OTU внеклеточного ядра, точки, обведенные желтым, являются частично общими (между двумя или более пулами) OTU, точки, обведенные черным, представляют собой OTU, исключающие каждый пул. Показаны основные OTU, вносящие вклад как минимум в 20 последовательностей. Цифры в скобках обозначают количество соединений между OTU и выборками: 1 для эксклюзивных OTU, 2–3 для частично общих OTU и 4 для основных OTU. ^{[ 148 ]}

Предыдущие исследования показали, что сохранение ДНК может быть также предпочтительным в донных системах, характеризующихся высоким содержанием органических веществ и скоростью осадконакопления, таких как континентальные окраины. ^{[ 162 ]}^{[ 163 ]} Эти системы, которые представляют собой ок. 15% мирового морского дна также являются очагами разнообразия донных прокариот. ^{[ 164 ]}^{[ 165 ]}^{[ 166 ]} и поэтому они могут представлять собой оптимальные места для исследования прокариотического разнообразия, сохраняющегося во внеклеточной ДНК. ^{[ 148 ]}

Пространственное распределение разнообразия прокариот интенсивно изучается в донных глубоководных экосистемах. ^{[ 167 ]}^{[ 168 ]}^{[ 169 ]}^{[ 170 ]} посредством анализа «экологической ДНК» (т.е. генетического материала, полученного непосредственно из образцов окружающей среды без каких-либо явных признаков биологического исходного материала). ^{[ 9 ]} Однако степень, в которой последовательности генов, содержащиеся во внеклеточной ДНК, могут изменить оценки разнообразия современных прокариотических комплексов, неизвестна. ^{[ 171 ]}^{[ 148 ]}

Осадочная древняя ДНК

Анализ древней ДНК, хранящейся в различных архивах, изменил понимание эволюции видов и экосистем. В то время как более ранние исследования были сосредоточены на ДНК, извлеченной из таксономически ограниченных образцов (таких как кости или замороженные ткани), достижения в области высокопроизводительного секвенирования и биоинформатики теперь позволяют анализировать древнюю ДНК, извлеченную из осадочных архивов. ^{[ 172 ]} так называемая седаДНК. Накопление и сохранение седаДНК, захороненной в наземных и озерных отложениях, являются предметом активных исследований и интерпретаций. ^{[ 173 ]} Однако изучение отложения ДНК на дне океана и ее сохранения в морских отложениях сложнее, поскольку ДНК приходится преодолевать толщу воды на несколько километров. ^{[ 174 ]} В отличие от наземной среды, где субископаемая биомасса повсеместно переносится с суши, наибольшая часть морской седаДНК происходит из планктонного сообщества, в котором преобладают морские микробы и морские протисты . ^{[ 175 ]} После гибели поверхностного планктона его ДНК подвергается транспорту через толщу воды, во время которого, как известно, большая часть связанного органического вещества потребляется и вдыхается . ^{[ 176 ]} Эта транспортировка может занять от 3 до 12 дней в зависимости от размера и морфологии теста. ^{[ 177 ]} Однако остается неясным, как именно планктонная эДНК, определяемая как общая ДНК, присутствующая в окружающей среде после ^{[ 178 ]} выживает ли этот транспорт, связана ли деградация или транспорт с сортировкой или латеральной адвекцией и, наконец, сохраняется ли эДНК, достигающая морского дна, в морских отложениях без дальнейшего искажения ее состава. ^{[ 179 ]}

Несмотря на длительную подверженность деградации в кислородных условиях во время транспортировки в толще воды и существенно более низкую концентрацию органического вещества на морском дне, есть свидетельства того, что планктонная эДНК сохраняется в морских отложениях и содержит полезный экологический сигнал. ^{[ 180 ]} Более ранние исследования показали сохранение sedaDNA в морских отложениях, отложившихся в условиях аноксии, с сохранением необычно большого количества органического вещества. ^{[ 181 ]} но более поздние исследования показывают, что седаДНК также может быть извлечена из нормальных морских отложений, в которых преобладают обломочные или биогенные минеральные фракции. ^{[ 182 ]}^{[ 183 ]}^{[ 184 ]} Кроме того, низкая температура глубоководной воды (0–4 °С) обеспечивает хорошую сохранность седаДНК. ^{[ 178 ]}^{[ 180 ]} Используя планктонные фораминиферы в качестве «Розеттского камня», позволяющего проводить сравнительный анализ сигнатур седаДНК путем одновременных тестов окаменелостей этих организмов, Морард и др. показали в 2017 году, что отпечаток планктонной эДНК, попадающей на морское дно, сохраняет экологическую подпись этих организмов в большом географическом масштабе. ^{[ 181 ]} Это указывает на то, что эДНК планктонного сообщества откладывается на морском дне внизу вместе с агрегатами, скелетами и другим тонущим планктонным материалом. Если это правда, то sedaDNA сможет регистрировать признаки гидрографии поверхности океана, влияющие на состав планктонных сообществ, с тем же пространственным разрешением, что и скелетные остатки планктона. Кроме того, если планктонная эДНК попадает на морское дно в сочетании с агрегатами или раковинами, возможно, она выдерживает перенос через толщу воды за счет фиксации на минеральных поверхностях. Тот же механизм был предложен для объяснения сохранения седаДНК в отложениях. ^{[ 182 ]}^{[ 183 ]}^{[ 184 ]} подразумевая, что поток планктонной эДНК, инкапсулированной в кальцитовый тест, поступающий на морское дно, обусловлен для сохранения при захоронении. ^{[ 179 ]}

Планктонная фораминифера sedaDNA является идеальным показателем как «по горизонтали» для оценки пространственного разрешения реконструкции гидрографических особенностей прошлого поверхностного океана, так и «по вертикали» для однозначного отслеживания захоронения ее сигнала в толще отложений. Действительно, поток эДНК планктонных фораминифер должен быть пропорционален потоку мертвых раковин фораминифер, опускающихся на морское дно, что позволяет проводить независимый эталонный анализ сигнала эДНК. Электронная ДНК является мощным инструментом для изучения экосистемы, поскольку она не требует прямых таксономических знаний, что позволяет собирать информацию о каждом организме, присутствующем в образце, даже на загадочном уровне . Однако отнесение последовательностей эДНК к известным организмам осуществляется путем сравнения с эталонными последовательностями (или штрих-кодами ), доступными в общедоступных репозиториях или курируемых базах данных. ^{[ 185 ]} Систематика планктонных фораминифер хорошо изучена. ^{[ 186 ]} и существуют штрих-коды, позволяющие почти полностью картировать ампликоны эДНК в таксономии, основанной на морфологии тестовых фораминифер. ^{[ 187 ]}^{[ 188 ]} Важно отметить, что состав планктонных сообществ фораминифер тесно связан с гидрографией поверхности, и этот сигнал сохраняется в окаменелостях, отложенных на морском дне. ^{[ 189 ]}^{[ 190 ]} Поскольку эДНК фораминифер, накопленную в океанских отложениях, можно восстановить, ее можно использовать для анализа изменений в планктонных и донных сообществах с течением времени. ^{[ 191 ]}^{[ 192 ]}^{[ 193 ]}^{[ 194 ]}^{[ 179 ]}

В 2022 году в Гренландии был обнаружен и секвенирован генетический материал эДНК возрастом два миллиона лет, и в настоящее время он считается самой старой ДНК, обнаруженной на сегодняшний день. ^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}

Совместные исследования и гражданская наука

Относительная простота отбора образцов эДНК позволяет реализовать проекты, направленные на вовлечение местных сообществ в участие в исследовательских проектах, включая сбор и анализ образцов ДНК. Это может дать возможность местным сообществам (включая коренные народы) активно участвовать в мониторинге видов в окружающей среде и помочь принимать обоснованные решения в рамках модели совместных действий. Пример такого проекта продемонстрировала благотворительная организация «Наука для всех» с проектом «Дикая ДНК». ^{[ 195 ]}

См. также

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Томсен, Филип Фрэнсис; Сигсгаард, Ева Э. (2019). «Метабаркодирование ДНК диких цветов окружающей среды выявляет разнообразные сообщества наземных членистоногих» . Экология и эволюция . 9 (4): 1665–1679. Бибкод : 2019EcoEv...9.1665T . дои : 10.1002/ece3.4809 . ПМК 6392377 . ПМИД 30847063 . S2CID 71143282 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Стюарт, Кэтрин А. (1 апреля 2019 г.). «Понимание влияния биотических и абиотических факторов на источники ДНК водной среды» . Биоразнообразие и сохранение . 28 (5): 983–1001. Бибкод : 2019BiCon..28..983S . дои : 10.1007/s10531-019-01709-8 . hdl : 11245.1/1caeb8dd-3d0b-493c-90dd-c180c9c8f21c . ISSN 1572-9710 . S2CID 61811470 .
^ «Экологическая ДНК – как инструмент, используемый для обнаружения находящихся под угрозой исчезновения диких животных, помог в борьбе с пандемией COVID-19» . 21 апреля 2021 г.
^ «Что такое эДНК?» . Фонд пресноводных сред обитания .
^ Фанер, Николь (2016). «Крупномасштабный мониторинг растений с помощью метабаркодирования ДНК окружающей среды почвы: восстановление, разрешение и аннотация четырех маркеров ДНК» . ПЛОС ОДИН . 11 (6): 1–16. Бибкод : 2016PLoSO..1157505F . дои : 10.1371/journal.pone.0157505 . ISSN 1932-6203 . ПМЦ 4911152 . PMID 27310720 – через Справочник журналов открытого доступа.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж Руперт, Криста М.; Клайн, Ричард Дж.; Рахман, доктор Сайдур (2019). «Прошлые, настоящие и будущие перспективы метабаркодирования ДНК окружающей среды (EDNA): систематический обзор методов, мониторинга и применения глобальной eDNA» . Глобальная экология и охрана природы . 17 : e00547. дои : 10.1016/j.gecco.2019.e00547 . S2CID 133855497 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г Боманн, Кристина; Эванс, Элис; Гилберт, М. Томас П.; Карвальо, Гэри Р.; Крир, Саймон; Кнапп, Майкл; Ю, Дуглас В.; де Брюин, Марк (1 июня 2014 г.). «Экологическая ДНК для биологии дикой природы и мониторинга биоразнообразия». Тенденции в экологии и эволюции . 29 (6): 358–367. дои : 10.1016/j.tree.2014.04.003 . ISSN 1872-8383 . ПМИД 24821515 .
^ Цюй, Чаньцзюань; Стюарт, Кэтрин А. (18 февраля 2019 г.). «Оценка вариантов мониторинга для сохранения: сравнение традиционных и экологических инструментов ДНК для млекопитающих, находящихся под угрозой исчезновения» . Наука о природе . 106 (3): 9. Бибкод : 2019SciNa.106....9Q . дои : 10.1007/s00114-019-1605-1 . hdl : 11245.1/d02ea724-b763-42b2-8f97-696ef88db996 . ISSN 1432-1904 . ПМИД 30778682 . S2CID 66881381 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж Томсен, Филип Фрэнсис; Виллерслев, Эске (1 марта 2015 г.). «Экологическая ДНК – новый инструмент сохранения для мониторинга прошлого и настоящего биоразнообразия» . Биологическая консервация . Специальный выпуск: Экологическая ДНК: новый мощный инструмент биологического сохранения. 183 : 4–18. Бибкод : 2015BCons.183....4T . дои : 10.1016/j.biocon.2014.11.019 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Цудзи, Сацуки (2016). «Влияние pH воды и обработки протеиназой K на выход ДНК окружающей среды из проб воды». Лимнология . 18 : 1–7. дои : 10.1007/s10201-016-0483-x . ISSN 1439-8621 . S2CID 44793881 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Циммер, Карл (7 декабря 2022 г.). «Самая старая известная ДНК дает представление о некогда пышной Арктике. В вечной мерзлоте Гренландии ученые обнаружили генетический материал возрастом два миллиона лет от множества видов растений и животных, включая мастодонтов, гусей, леммингов и муравьев» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 7 декабря 2022 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б Кьер, Курт Х.; и др. (7 декабря 2022 г.). «Экосистема Гренландии возрастом 2 миллиона лет, обнаруженная ДНК окружающей среды» . Природа . 612 (7939): 283–291. Бибкод : 2022Natur.612..283K . дои : 10.1038/s41586-022-05453-y . ПМЦ 9729109 . ПМИД 36477129 . S2CID 254367944 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Фичетола, Джентиле Франческо; Мио, Клод; Помпанон, Франсуа; Таберле, Пьер (2008). «Обнаружение видов с использованием ДНК окружающей среды из проб воды» . Письма по биологии . 4 (4): 423–425. дои : 10.1098/rsbl.2008.0118 . ПМК 2610135 . ПМИД 18400683 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Барнс, Мэтью А.; Тернер, Кэмерон Р. (2016). «Экология ДНК окружающей среды и значение для сохранения генетики» . Сохраняющая генетика . 17 (1): 1–17. Бибкод : 2016ConG...17....1B . дои : 10.1007/s10592-015-0775-4 . hdl : 2346/87600 . S2CID 14914544 .
^ Дайнер, Кристи; Вальзер, Жан-Клод; Мехлер, Эльвира; Альтерматт, Флориан (2015). «Выбор методов улавливания и извлечения влияет на выявление пресноводного биоразнообразия по ДНК окружающей среды» . Биологическая консервация . 183 : 53–63. Бибкод : 2015BCons.183...53D . дои : 10.1016/j.biocon.2014.11.018 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Таберле, Пьер; Куассак, Эрик; Помпанон, Франсуа; Брохманн, Кристиан; Виллерслев, Эске (2012). «На пути к оценке биоразнообразия следующего поколения с использованием метабаркодирования ДНК». Молекулярная экология . 21 (8): 2045–2050. Бибкод : 2012MolEc..21.2045T . дои : 10.1111/j.1365-294X.2012.05470.x . ПМИД 22486824 . S2CID 41437334 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и Стюарт, Кэтрин; Ма, Хунцзюань; Чжэн, Цзиньсун; Чжао, Цзяньфу (2017). «Использование ДНК окружающей среды для оценки использования пространственно-временных резервов в масштабах всего населения» . Биология сохранения (на испанском языке). 31 (5): 1173–1182. Бибкод : 2017ConBi..31.1173S . дои : 10.1111/cobi.12910 . ISSN 1523-1739 . ПМИД 28221696 . S2CID 3781648 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Голдберг, Карен С.; Тернер, Кэмерон Р.; Дайнер, Кристи; Климус, Кэти Э.; Томсен, Филип Фрэнсис; Мерфи, Мелани А.; Спир, Стивен Ф.; Макки, Анна; Ойлер-Макканс, Сара Дж.; Корнман, Роберт Скотт; Ларами, Мэтью Б.; Махон, Эндрю Р.; Лэнс, Ричард Ф.; Пиллиод, Дэвид С.; Стриклер, Кэтрин М.; Уэйтс, Лизетт П.; Фремье, Александр К.; Такахара, Терухико; Гердер, Джелгер Э.; Таберле, Пьер (2016). «Важные соображения по применению методов ДНК окружающей среды для обнаружения водных видов» . Методы экологии и эволюции . 7 (11): 1299–1307. Бибкод : 2016MEcEv...7.1299G . дои : 10.1111/2041-210X.12595 . hdl : 20.500.11850/502281 . S2CID 89432389 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Геринг, Дэниел; Борха, Ангел; Джонс, Дж.Иван; Пон, Дидье; Боэтс, Питер; Буше, Агнес; Брюс, Кэт; Дракаре, Стина; Хэнфлинг, Бернд; Калерт, Мария; Лиз, Флориан; Мейснер, Кристиан; Мерген, Патрисия; Рейджол, Йорик; Сегурадо, Педро; Фоглер, Альфрид; Келли, Мартин (2018). «Варианты внедрения идентификации на основе ДНК в оценку экологического статуса в соответствии с Европейской водной рамочной директивой» . Исследования воды . 138 : 192–205. Бибкод : 2018WatRe.138..192H . дои : 10.1016/j.watres.2018.03.003 . ПМИД 29602086 . S2CID 5008250 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час Дайнер, Кристи; Бик, Холли М.; Мехлер, Эльвира; Сеймур, Мэтью; Лакурсьер-Руссель, Анаис; Альтерматт, Флориан; Крир, Саймон; Биста, Илиана; Лодж, Дэвид М.; Вере, Наташа; Пфрендер, Майкл Э.; Бернатчес, Луи (2017). «Метабаркодирование ДНК окружающей среды: изменение методов исследования сообществ животных и растений» . Молекулярная экология . 26 (21): 5872–5895. Бибкод : 2017MolEc..26.5872D . дои : 10.1111/mec.14350 . hdl : 20.500.11850/455284 . ПМИД 28921802 . S2CID 8001074 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Ма, Хунцзюань; Стюарт, Кэтрин; Лохид, Стивен; Чжэн, Цзиньсун; Ван, Юйсян; Чжао, Цзяньфу (1 декабря 2016 г.). «Характеристика, оптимизация и проверка маркеров ДНК окружающей среды (эДНК) для обнаружения находящихся под угрозой исчезновения водных млекопитающих» . Ресурсы по сохранению генетики . 8 (4): 561–568. Бибкод : 2016КонГР...8..561М . дои : 10.1007/s12686-016-0597-9 . ISSN 1877-7260 . S2CID 1613649 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Куассак, Эрик; Риаз, Тиайба; Пуйландр, Николя (2012). «Биоинформатические задачи метабаркодирования ДНК растений и животных» . Молекулярная экология . 21 (8): 1834–1847. Бибкод : 2012MolEc..21.1834C . дои : 10.1111/j.1365-294X.2012.05550.x . ПМИД 22486822 . S2CID 24398174 .
^ Эйхмиллер, Джессика Дж.; Бест, Сендреа Э.; Соренсен, Питер В. (2016). «Влияние температуры и трофического состояния на деградацию ДНК окружающей среды в воде озера». Экологические науки и технологии . 50 (4): 1859–1867. Бибкод : 2016EnST...50.1859E . doi : 10.1021/acs.est.5b05672 . ПМИД 26771292 .
^ Кэрью, Мелисса Э.; Петтигроув, Винсент Дж.; Метцелинг, Леон; Хоффманн, Ари А. (2013). «Экологический мониторинг с использованием секвенирования нового поколения: быстрая идентификация видов-биоиндикаторов макробеспозвоночных» . Границы в зоологии . 10 (1): 45. дои : 10.1186/1742-9994-10-45 . ПМЦ 3750358 . ПМИД 23919569 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Крир, Саймон; Дайнер, Кристи; Фрей, Серита ; Поразинска, Дорота; Таберле, Пьер; Томас, В. Келли; Поттер, Кейтлин; Бик, Холли М. (2016). «Полевое руководство эколога по последовательной идентификации биоразнообразия» . Методы экологии и эволюции . 7 (9): 1008–1018. Бибкод : 2016MEcEv...7.1008C . дои : 10.1111/2041-210X.12574 . hdl : 20.500.11850/125378 . S2CID 87512991 .
^ «Внеклеточная собственная ДНК предупреждает растения об опасности» . www.newphytologies.org . Проверено 10 января 2022 г.
^ Маццолени С., Бонаноми Г., Инчерти Г., Кьюзано М.Л., Термолино П., Минго А., Сенаторе М., Джаннино Ф., Картени Ф., Риткерк М., Ланцотти В. 2015a. Ингибирующее и токсическое действие внеклеточной собственной ДНК в подстилке: механизм негативных обратных связей растение-почва? Новый Фитолог 205: 1195–1210.
^ Маццолени С, Картени Ф, Бонаноми Г, Сенаторе М, Термолино П, Джаннино Ф, Инчерти Г, Риткерк М, Ланцотти В, Кьюзано МЛ. 2015б. Тормозные эффекты внеклеточной ауто-ДНК: общебиологический процесс? Новый фитолог 206:127–132.
^ Вересоглу, С.Д., Агилар-Тригерос, Калифорния, Мансур, И., Риллиг, MC 2015. Самостоятельная ДНК: скрытое благословение? Новый фитолог 207: 488–490.
^ Дюран-Флорес, Д., Хайль, М. 2015. Ингибирование роста собственной ДНК: феномен и его многочисленные объяснения. Новый фитолог 207: 482–485.
^ Патент WO 2014/020624 А9.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Цюй, Чаньцзюань; Стюарт, Кэтрин А.; Клементе-Карвальо, Руте; Чжэн, Цзиньсун; Ван, Юйсян; Гонг, Ченг; Ма, Лимин; Чжао, Цзяньфу; Лохид, Стивен К. (7 октября 2020 г.). «Сравнение разнообразия рыбной добычи водных млекопитающих, находящихся под угрозой исчезновения, в заповеднике и в дикой природе с использованием метабаркодирования eDNA» . Научные отчеты . 10 (1): 16715. doi : 10.1038/s41598-020-73648-2 . ISSN 2045-2322 . ПМЦ 7542144 . ПМИД 33028872 .
^ Банерджи, Притам; Стюарт, Кэтрин А.; Антоньяцца, Катерина М.; Бунхоли, Ингрид В.; Дайнер, Кристи; Барнс, Мэтью А.; Саха, Сантану; Вердье, Элоиза; Дои, Хидеюки; Майти, Джьоти Пракаш; Чан, Майкл Вайоминг; Чен, Чиен Йен (2022). «Взаимодействие растений и животных в эпоху ДНК окружающей среды (эДНК) — обзор» . Экологическая ДНК . 4 (5): 987–999. дои : 10.1002/edn3.308 . hdl : 11383/2137932 . S2CID 248977497 .
^ Фичетола, Джентиле Франческо; Таберле, Пьер; Куассак, Эрик (2016). «Как ограничить ложные срабатывания ДНК окружающей среды и метабаркодирования?» . Ресурсы молекулярной экологии . 16 (3): 604–607. дои : 10.1111/1755-0998.12508 . ПМИД 27062589 . S2CID 785279 .
^ Ю, Дуглас В.; Цзи, Иньцю; Эмерсон, Брент К.; Ван, Сяоян; Е, Чэнси; Ян, Чунянь; Дин, Чжаоли (2012). «Суп биоразнообразия: метабаркодирование членистоногих для быстрой оценки биоразнообразия и биомониторинга» . Методы экологии и эволюции . 3 (4): 613–623. Бибкод : 2012MEcEv...3..613Y . дои : 10.1111/j.2041-210X.2012.00198.x . hdl : 10261/193380 . S2CID 83095866 .
^ Кристеску, Мелания Э. (2014). «От штрих-кодирования отдельных людей к метабаркодированию биологических сообществ: на пути к интегративному подходу к изучению глобального биоразнообразия». Тенденции в экологии и эволюции . 29 (10): 566–571. дои : 10.1016/j.tree.2014.08.001 . ПМИД 25175416 . S2CID 18352572 .
^ Гибсон, Джоэл Ф.; Шокралла, Шади; Карри, Колин; Бэрд, Дональд Дж.; Монк, Венди А.; Кинг, Ян; Хаджибабаи, Мехрдад (2015). «Крупномасштабный биомониторинг удаленных и находящихся под угрозой исчезновения экосистем посредством высокопроизводительного секвенирования» . ПЛОС ОДИН . 10 (10): e0138432. Бибкод : 2015PLoSO..1038432G . дои : 10.1371/journal.pone.0138432 . ПМЦ 4619546 . ПМИД 26488407 .
^ Чуа, Физилия Ю.С.; Бурла, Сара Дж.; Фергюсон, Кэмерон; Корлевич, Петра; Чжао, Лея; Экрем, Торбьёрн; Мейер, Рудольф; Лавничак, Мара К.Н. (10 марта 2023 г.). «Будущее мониторинга насекомых на основе ДНК». Тенденции в генетике . 39 (7): 531–544. дои : 10.1016/j.tig.2023.02.012 . ПМИД 36907721 . S2CID 257470926 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Леннон, Джей Ти; Мускарелла, Мэн; Плацелла, ЮАР; Лемкуль, БК (2018). «Как, когда и где реликтовая ДНК влияет на микробное разнообразие» . мБио . 9 (3). дои : 10.1128/mBio.00637-18 . ПМК 6016248 . ПМИД 29921664 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
^ Тани К., Насу М (2010). «Роль внеклеточной ДНК в бактериальных экосистемах». В: Кикучи Ю., Рыкова Е.Ю. (ред.). Внеклеточные нуклеиновые кислоты . Спрингер. стр. 25–38 . ISBN 978-3-642-12616-1 .
^ Власов В.В., Лактионов П.П., Рыкова Е.Ю. (июль 2007 г.). «Внеклеточные нуклеиновые кислоты». Биоэссе . 29 (7): 654–67. doi : 10.1002/bies.20604 . ПМИД 17563084 . S2CID 32463239 .
^ Финкель С.Е., Колтер Р. (ноябрь 2001 г.). «ДНК как питательное вещество: новая роль гомологов генов бактериальной компетентности» . Журнал бактериологии . 183 (21): 6288–93. дои : 10.1128/JB.183.21.6288-6293.2001 . ПМК 100116 . ПМИД 11591672 .
^ Малкахи Х., Чаррон-Мазенод Л., Левенца С. (ноябрь 2008 г.). «Внеклеточная ДНК хелатирует катионы и индуцирует устойчивость к антибиотикам в биопленках Pseudomonas aeruginosa» . ПЛОС Патогены . 4 (11): e1000213. дои : 10.1371/journal.ppat.1000213 . ПМК 2581603 . ПМИД 19023416 .
^ Берн С., Кисела Д.Т., Брун Ю.В. (август 2010 г.). «Бактериальная внеклеточная ДНК ингибирует заселение подвижных клеток-потомков внутри биопленки» . Молекулярная микробиология . 77 (4): 815–29. дои : 10.1111/j.1365-2958.2010.07267.x . ПМЦ 2962764 . ПМИД 20598083 .
^ Уитчерч CB, Толкер-Нильсен Т, Рагас ПК, Мэттик Дж.С. (февраль 2002 г.). «Внеклеточная ДНК, необходимая для образования бактериальной биопленки». Наука . 295 (5559): 1487. doi : 10.1126/science.295.5559.1487 . ПМИД 11859186 .
^ Ху В., Ли Л., Шарма С., Ван Дж., Макхарди И., Люкс Р., Ян З., Хе Х, Гимжевски Дж.К., Ли Ю., Ши В. (2012). «ДНК строит и укрепляет внеклеточный матрикс в биопленках Myxococcus xanthus путем взаимодействия с экзополисахаридами» . ПЛОС ОДИН . 7 (12): е51905. Бибкод : 2012PLoSO...751905H . дои : 10.1371/journal.pone.0051905 . ПМЦ 3530553 . ПМИД 23300576 .
^ Фут А.Д., Томсен П.Ф., Свегаард С., Уолберг М., Килгаст Дж., Кин Л.А. и др. (2012). «Исследование потенциального использования ДНК окружающей среды (эДНК) для генетического мониторинга морских млекопитающих» . ПЛОС ОДИН . 7 (8): е41781. Бибкод : 2012PLoSO...741781F . дои : 10.1371/journal.pone.0041781 . ПМЦ 3430683 . ПМИД 22952587 .
^ «Исследователи обнаруживают наземных животных по ДНК в близлежащих водоемах» .
^ Нанн, Джек С.; Шафи, Томас (2022). «Стандартизированные данные об инициативах – STARDIT: Бета-версия» . Препринты OSF . 8 (1): 31. doi : 10.31219/osf.io/w5xj6 . ПМЦ 9294764 . ПМИД 35854364 . S2CID 242248848 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Армбрехт, Линда (2020). «Потенциал осадочной древней ДНК для реконструкции прошлых океанских экосистем». Океанография . 33 (2). дои : 10.5670/oceanog.2020.211 . S2CID 221020884 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Басс, Дэвид (2015). «Разнообразные применения методов ДНК окружающей среды в паразитологии» . Тенденции в паразитологии . 31 (10): 499–513. дои : 10.1016/j.pt.2015.06.013 . hdl : 20.500.11850/105112 . ПМИД 26433253 .
^ Виллерслев, Эске; Хансен, Андерс Дж.; Бинладен, Йонас; Брэнд, Тина Б.; Гилберт, М. Томас, член П.; Шапиро, Бет; Банс, Майкл; Виуф, Карстен; Гиличинский, Дэвид А. (2 мая 2003 г.). «Разнообразные генетические записи растений и животных из отложений голоцена и плейстоцена» . Наука . 300 (5620): 791–795. Бибкод : 2003Sci...300..791W . дои : 10.1126/science.1084114 . ISSN 0036-8075 . ПМИД 12702808 . S2CID 1222227 .
^ Андерсен, Кеннет; Берд, Карен Лиз; Расмуссен, Мортен; Хейл, Джеймс; Бройнинг-Мадсен, Хенрик; Кьер, Курт Х.; Орландо, Людовик; Гилберт, М. Томас П.; Виллерслев, Эске (1 апреля 2012 г.). «Мета-штрихкодирование «грязной» ДНК из почвы отражает биоразнообразие позвоночных». Молекулярная экология . 21 (8): 1966–1979. Бибкод : 2012MolEc..21.1966A . дои : 10.1111/j.1365-294X.2011.05261.x . ISSN 1365-294X . ПМИД 21917035 . S2CID 43351435 .
^ Нанн, Джек (2020). «Наука для всех — отчет об исследовании, финансируемом государством (июнь 2018 г. – декабрь 2019 г.)» . Фиговая доля . дои : 10.26181/5eba630a64e08 .
^ Тернер, Кэмерон Р. (2014). «ДНК рыб из окружающей среды более сконцентрирована в водных отложениях, чем в поверхностных водах» . Биологическая консервация . 183 : 93–102. дои : 10.1016/j.biocon.2014.11.017 . ISSN 0006-3207 .
^ Гонг; Вентилятор; Ли; Ли; Чжан; Громиг; Смит; Думманн; Бергер; Эйзен; Рассказывать; Бискаборн; Коглин; Вильгельмс; Брой; Лю; Ян; Ли; Лю; Талалай (2019). «Выбор керна из антарктических подледных отложений» . Журнал морской науки и техники . 7 (6): 194. doi : 10.3390/jmse7060194 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Шульц, Мартин (2015). «Моделирование чувствительности полевых исследований для обнаружения ДНК окружающей среды (эДНК)» . ПЛОС ОДИН . 10 (10): 1–16. Бибкод : 2015PLoSO..1041503S . дои : 10.1371/journal.pone.0141503 . ISSN 1932-6203 . ПМЦ 4624909 . ПМИД 26509674 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Литтлфэр, Джоан Э.; Хренчук, Ли Э.; Бланчфилд, Пол Дж.; Ренни, Майкл Д.; Кристеску, Мелания Э. (26 апреля 2020 г.). «Термическая стратификация и температурные предпочтения рыб объясняют вертикальное распределение эДНК в озерах» . биоRxiv . 30 (13): 3083–3096. дои : 10.1101/2020.04.21.042820 . PMID 32888228 . S2CID 218466213 .
^ «Как и почему озера расслаиваются и переворачиваются: мы объясняем науку» . Район экспериментальных озер МИУР . 16 мая 2018 года . Проверено 14 июля 2020 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б Стокль, Бернхард (2016). «Экологическая ДНК как инструмент мониторинга находящихся под угрозой исчезновения пресноводных жемчужниц (Margaritifera margaritifera L.): замена классическим подходам к мониторингу?». Охрана водных ресурсов: морские и пресноводные экосистемы . 26 (6): 1120–1129. Бибкод : 2016ACMFE..26.1120S . дои : 10.1002/aqc.2611 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Соуза, Лесли (2016). «На вероятность обнаружения ДНК окружающей среды (эДНК) влияет сезонная активность организмов» . ПЛОС ОДИН . 11 (10): 1–15. Бибкод : 2016PLoSO..1165273D . дои : 10.1371/journal.pone.0165273 . ISSN 1932-6203 . ПМК 5077074 . ПМИД 27776150 .
^ Саэко, Мацухаси (2016). «Оценка метода ДНК окружающей среды для оценки распределения и биомассы подводных водных растений» . ПЛОС ОДИН . 11 (6): 1–14. Бибкод : 2016PLoSO..1156217M . дои : 10.1371/journal.pone.0156217 . ISSN 1932-6203 . ПМК 4909283 . ПМИД 27304876 .
^ Тедерсоо, Вчера; Бахрам, Мохаммед; Пыльме, Сергей; Кылялг, Урмас; Йору, Нуру С.; Виджесундер, Рави; Руис, Луис Вильярреал; Васко-Палас, Аида М.; Четверг, Фам Куанг (28 ноября 2014 г.). «Глобальное разнообразие и география почвенных грибов» (PDF) . Наука 346 6213):1256688.doi : ( 10.1126/science.1256688 . hdl : 10447/102930 . ISSN 0036-8075 . ПМИД 25430773 . S2CID 206559506 .
^ Детеридж, Эндрю Пол; Комон, Дэвид; Каллаган, Тони Мартин; Бассел, Дженнифер; Брэнд, Грэм; Гвинн-Джонс, Дилан; Скаллион, Джон; Гриффит, Гарет Вин (июнь 2018 г.). «Растительность и эдафические факторы влияют на быстрое формирование отдельных грибковых сообществ на бывших участках добычи угля» . Грибная экология . 33 : 92–103. дои : 10.1016/j.funeco.2018.02.002 . ISSN 1754-5048 .
^ Джонс, Рис Алед; Брофи, Питер М.; Дэвис, Челси Н.; Дэвис, Тери Э.; Эмберсон, Холли; Рис Стивенс, Полин; Уильямс, Хефин Вин (8 июня 2018 г.). «Обнаружение ДНК Galba truncatula, Fasciola hepatica и Calicophoron daubneyi в источниках воды на пастбищах — будущий инструмент борьбы с трематодами?» . Паразиты и переносчики . 11 (1): 342. doi : 10.1186/s13071-018-2928-z . ISSN 1756-3305 . ПМК 5994096 . ПМИД 29884202 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Бергман, Пол С.; Шумер, Грегг; Бланкеншип, Скотт; Кэмпбелл, Элизабет (2016). «Обнаружение взрослых зеленых осетров с использованием анализа ДНК окружающей среды» . ПЛОС ОДИН . 11 (4): 1–8. Бибкод : 2016PLoSO..1153500B . дои : 10.1371/journal.pone.0153500 . ISSN 1932-6203 . ПМЦ 4838217 . ПМИД 27096433 .
^ «Руководство по ДНК окружающей среды (эДНК) биомов» . Биомема .
^ Ван, Синькунь (2016). Анализ данных секвенирования нового поколения . Бока-Ратон: CRC Press. ISBN 9781482217889 . OCLC 940961529 .
^ Сеймур, Мэтью; Дюранс, Изабель; Косби, Бернард Дж.; Рэнсом-Джонс, Эмма; Дайнер, Кристи; Ормерод, Стив Дж.; Колбурн, Джон К.; Уилгар, Грегори; Карвалью, Гэри Р. (22 января 2018 г.). «Кислотность способствует деградации многовидовой ДНК окружающей среды в лотичных мезокосмах» . Коммуникационная биология . 1 (1): 4. дои : 10.1038/s42003-017-0005-3 . ISSN 2399-3642 . ПМК 6123786 . ПМИД 30271891 .
^ Коллинз, Руперт А.; Вангенстин, Оуэн С.; О'Горман, Эоин Дж.; Мариани, Стефано; Симс, Дэвид В.; Геннер, Мартин Дж. (5 ноября 2018 г.). «Сохранение ДНК окружающей среды в морских системах» . Коммуникационная биология . 1 (1): 185. дои : 10.1038/s42003-018-0192-6 . ISSN 2399-3642 . ПМК 6218555 . ПМИД 30417122 .
^ «Платформа TripleLock™ — прецизионный биомониторинг» . Услуги экологической ДНК . Проверено 12 февраля 2019 г.
^ Хантер, Маргарет Э.; Дорацио, Роберт М.; Баттерфилд, Джон СС; Мейгс-Френд, Гея; Нико, Лео Г.; Ферранте, Джейсон А. (20 ноября 2016 г.). «Пределы обнаружения количественных и цифровых ПЦР-анализов и их влияние на исследования присутствия-отсутствия ДНК окружающей среды» . Ресурсы молекулярной экологии . 17 (2): 221–229. дои : 10.1111/1755-0998.12619 . ISSN 1755-098X . PMID 27768244 .
^ Уильямс, Молли-Энн; О'Грэйди, Джойс; Болл, Бернард; Карлссон, Йенс; Эйто, Эльвира де; Макгиннити, Филип; Дженнингс, Элеонора; Риган, Фиона; Парл-Макдермотт, Энн (2019). «Применение CRISPR-Cas для идентификации отдельных видов по ДНК окружающей среды» . Ресурсы молекулярной экологии . 19 (5): 1106–1114. дои : 10.1111/1755-0998.13045 . hdl : 10468/8053 . ISSN 1755-0998 . ПМИД 31177615 . S2CID 182949780 .
^ Возможности в области наук об океане . Вашингтон, округ Колумбия: Издательство национальных академий. 1 января 1998 г. doi : 10.17226/9500 . ISBN 9780309582926 .
^ Коллен, Бен; (зоолог) Моника Бём; Кемп, Рэйчел; Бэйли, Джонатан (2012). Бесхребетные: состояние и тенденции развития беспозвоночных в мире . ISBN 9780900881701 .
^ Дирзо, Р.; Янг, HS; Галетти, М.; Себальос, Г.; Исаак, NJB; Коллен, Б. (2014). «Дефаунация в антропоцене» (PDF ) Наука 345 (6195): 401–406. Бибкод : 2014Sci...345..401D . дои : 10.1126/science.1251817 . ПМИД 25061202 . S2CID 206555761 .
^ Европейская красная книга пчел . Офис публикаций. 2014. ISBN 9789279445125 .
^ Суэй, Крис ван (2010). Европейский Красный список бабочек . МСОП (Международный союз охраны природы). ISBN 9789279141515 .
^ Сторк, Найджел Э. (2018). «Сколько видов насекомых и других наземных членистоногих существует на Земле?» . Ежегодный обзор энтомологии . 63 : 31–45. doi : 10.1146/annurev-ento-020117-043348 . ПМИД 28938083 . S2CID 23755007 .
^ Хабель, Ян Кристиан; Денглер, Юрген; Янишова, Моника; Тёрёк, Питер; Веллштейн, Камилла; Визик, Михал (2013). «Европейские луговые экосистемы: горячие точки биоразнообразия, находящиеся под угрозой исчезновения» . Биоразнообразие и сохранение . 22 (10): 2131–2138. Бибкод : 2013BiCon..22.2131H . дои : 10.1007/s10531-013-0537-x . S2CID 15901140 .
^ Йорн, Энтони; Законы, Анджела Н. (2013). «Экологические механизмы, лежащие в основе видового разнообразия членистоногих на лугах». Ежегодный обзор энтомологии . 58 : 19–36. doi : 10.1146/annurev-ento-120811-153540 . ПМИД 22830354 .
^ Силва, Жоау Педро (2008). ЖИЗНЬ и луга Европы: восстановление забытой среды обитания . Управление официальных публикаций Европы. Сообщества. ISBN 9789279101595 .
^ Бисмейер, Дж. К.; Робертс, СП; Ример, М.; Олемюллер, Р.; Эдвардс, М.; Питерс, Т.; Шафферс, AP; Поттс, СГ; Клейкерс, Р.; Томас, CD; Сеттеле, Дж.; Кунин, МЫ (2006). «Параллельное сокращение количества опылителей и насекомоопыляемых растений в Великобритании и Нидерландах». Наука . 313 (5785): 351–354. Бибкод : 2006Sci...313..351B . дои : 10.1126/science.1127863 . ПМИД 16857940 . S2CID 16273738 .
^ Гулсон, Д.; Николлс, Э.; Ботиас, К.; Ротерей, Эл. (2015). «Сокращение численности пчел вызвано комбинированным стрессом, вызванным паразитами, пестицидами и отсутствием цветов» . Наука . 347 (6229). дои : 10.1126/science.1255957 . ПМИД 25721506 . S2CID 206558985 .
^ Поттс, Саймон Г.; Бисмейер, Якобус К.; Кремен, Клэр; Нойманн, Питер; Швайгер, Оливер; Кунин, Уильям Э. (2010). «Глобальное сокращение численности опылителей: тенденции, последствия и движущие силы». Тенденции в экологии и эволюции . 25 (6): 345–353. дои : 10.1016/j.tree.2010.01.007 . ПМИД 20188434 .
^ Европейское агентство по окружающей среде (2013). Индикатор европейских луговых бабочек: 1990–2011 гг . Офис публикаций. дои : 10.2800/89760 . ISBN 9789292134020 .
^ Оллертон, Джефф; Уинфри, Рэйчел; Таррант, Сэм (2011). «Сколько цветковых растений опыляются животными?». Ойкос . 120 (3): 321–326. Бибкод : 2011Ойкос.120..321О . дои : 10.1111/j.1600-0706.2010.18644.x .
^ Прайс, Питер В.; Денно, Роберт Ф.; Юбэнкс, Микки Д.; Финке, Дебора Л.; Каплан, Ян (2011). Экология насекомых . дои : 10.1017/CBO9780511975387 . ISBN 9780511975387 .
^ Хопкинс, GW; Фреклтон, Р.П. (2002). «Снижение числа любителей и профессиональных систематиков: последствия для сохранения». Охрана животных . 5 (3): 245–249. Бибкод : 2002AnCon...5..245H . дои : 10.1017/S1367943002002299 . S2CID 86182871 .
^ Сангстер, Джордж; Луксенбург, Иоланда А. (2015). «Снижение количества описываемых видов на одного систематика: замедление прогресса или побочный эффект повышения качества систематики?» . Систематическая биология . 64 (1): 144–151. дои : 10.1093/sysbio/syu069 . ПМИД 25190593 .
^ Уиллер, QD; Рэйвен, штат Пенсильвания; Уилсон, Э.О. (2004). «Таксономия: препятствие или целесообразность?» . Наука . 303 (5656): 285. doi : 10.1126/science.303.5656.285 . hdl : 1808/295 . ПМИД 14726557 . S2CID 27481787 .
^ Буш, Алекс; Зольманн, Рахель; Уилтинг, Андреас; Боманн, Кристина; Коул, Бет; Бальцтер, Хайко; Мартиус, Кристофер; Злински, Андраш; Кальвиньяк-Спенсер, Себастьен; Кобболд, Кристина А.; Доусон, Теренс П.; Эмерсон, Брент К.; Ферье, Саймон; Гилберт, М. Томас П.; Герольд, Мартин; Джонс, Лоуренс; Лендерц, Фабиан Х.; Мэтьюз, Луиза; Миллингтон, Джеймс Д.А.; Олсон, Джон Р.; Оваскайнен, Отсо; Рафаэлли, Дэйв; Рив, Ричард; Рёдель, Марк-Оливер; Роджерс, Торри В.; Снейп, Стюарт; Виссерен-Хамакерс, Ингрид; Фоглер, Альфрид П.; Уайт, Пиран CL; и др. (2017). «Соединение наблюдений Земли с высокопроизводительными данными о биоразнообразии» (PDF) . Экология и эволюция природы . 1 (7): 176. Бибкод : 2017NatEE...1..176B . дои : 10.1038/s41559-017-0176 . ПМИД 28812589 . S2CID 205564094 .
^ Аррибас, Паула; Андухар, Кармело; Хопкинс, Кевин; Шепард, Мэтью; Фоглер, Альфрид П. (2016). «Метабаркодирование и митохондриальная метагеномика эндогейских членистоногих для раскрытия мезофауны почвы» . Методы экологии и эволюции . 7 (9): 1071–1081. Бибкод : 2016MEcEv...7.1071A . дои : 10.1111/2041-210X.12557 . hdl : 10044/1/49935 . S2CID 51899316 .
^ Эльбрехт, Васко; Таберле, Пьер; Дежан, Тони; Валентини, Алиса; Уссельо-Полатера, Филипп; Бейзель, Жан-Николя; Куассак, Эрик; Бойер, Фредерик; Лиз, Флориан (2016). «Тестирование потенциала рибосомального маркера 16S для метабаркодирования ДНК насекомых» . ПерДж . 4 : 1966 год. дои : 10.7717/peerj.1966 . ПМЦ 4841222 . ПМИД 27114891 .
^ Хаджибабаи, Мехрдад; Шокралла, Шади; Чжоу, Синь; Певец, Грегори AC; Бэрд, Дональд Дж. (2011). «Экологическое штрих-кодирование: подход к секвенированию нового поколения для приложений биомониторинга с использованием речного бентоса» . ПЛОС ОДИН . 6 (4): e17497. Бибкод : 2011PLoSO...617497H . дои : 10.1371/journal.pone.0017497 . ПМК 3076369 . ПМИД 21533287 .
^ Сюй, Чарльз Сай; Йен, Айви Дж.; Боуман, Дин; Тернер, Кэмерон Р. (2015). «ДНК паутины: новый взгляд на неинвазивную генетику хищников и жертв» . ПЛОС ОДИН . 10 (11): e0142503. Бибкод : 2015PLoSO..1042503X . дои : 10.1371/journal.pone.0142503 . ПМЦ 4659541 . ПМИД 26606730 . S2CID 5331545 .
^ Дерокл, Стефан AP; Эванс, Даррен М.; Николс, Пол С.; Эванс, С. Эйфионн; Лант, Дэвид Х. (2015). «Определение взаимодействия растений, минеров и паразитоидов: подход к штрих-кодированию ДНК» . ПЛОС ОДИН . 10 (2): e0117872. Бибкод : 2015PLoSO..1017872D . дои : 10.1371/journal.pone.0117872 . ПМЦ 4339730 . ПМИД 25710377 .
^ Блейк, Макс; Маккеун, Найл Дж.; Бушелл, Марк LT; Шоу, Пол В. (2016). «Извлечение ДНК из паутины» . Ресурсы по сохранению генетики . 8 (3): 219–221. Бибкод : 2016ConGR...8..219B . дои : 10.1007/s12686-016-0537-8 . hdl : 2160/43510 . S2CID 15122457 .
^ Биттлстон, Леонора С.; Бейкер, Кристофер CM; Строминджер, Лила Б.; Прингл, Энн; Пирс, Наоми Э. (2016). «Метабаркодирование как инструмент исследования разнообразия членистоногих растений Nepenthespitcher ». Австралийская экология . 41 (2): 120–132. Бибкод : 2016AusEc..41..120B . дои : 10.1111/aec.12271 .
^ Гамонал Гомес, Нерея; Соренсен, Дидде Хедегор; Чуа, Физилия Ин Ши; Сигсгаард, Лен (6 декабря 2022 г.). «Оценка разнообразия членистоногих, посещающих цветы, в яблоневых садах посредством метабаркодирования окружающей <scp>ДНК</scp> цветов и визуальной переписи» . Экологическая ДНК . дои : 10.1002/edn3.362 . ISSN 2637-4943 . S2CID 254391183 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Таберле, Пьер; Куассак, Эрик; Хаджибабаи, Мехрдад; Ризеберг, Лорен Х. (2012). «Экологическая ДНК». Молекулярная экология . 21 (8): 1789–1793. Бибкод : 2012MolEc..21.1789T . дои : 10.1111/j.1365-294X.2012.05542.x . ПМИД 22486819 . S2CID 3961830 .
^ Томсен, Филип Фрэнсис; Килгаст, JOS; Иверсен, Ларс Л.; Виуф, Карстен; Расмуссен, Мортен; Гилберт, М. Томас П.; Орландо, Людовик; Виллерслев, Эске (2012). «Мониторинг находящегося под угрозой исчезновения пресноводного биоразнообразия с использованием ДНК окружающей среды». Молекулярная экология . 21 (11): 2565–2573. Бибкод : 2012MolEc..21.2565T . дои : 10.1111/j.1365-294X.2011.05418.x . ПМИД 22151771 .
^ Зингер, Люси; Таберле, Пьер; Шиманн, Хайди; Бонен, Орели; Бойер, Фредерик; Де Барба, Марта; Гоше, Филипп; Джелли, Людовик; Жиге-Ковекс, Шарлин; Ирибар, Амайя; Режу-Мешен, Максим; Райе, Жиль; Риу, Дельфин; Шиллинг, Винсент; Таймен, Блез; Вирс, Жером; Зуитен, Кирилл; Тюллер, Вильфрид; Куассак, Эрик; Шав, Жером (2019). «Размер тела определяет состав почвенного сообщества в тропическом лесу». Молекулярная экология . 28 (3): 528–543. Бибкод : 2019MolEc..28..528Z . дои : 10.1111/mec.14919 . ПМИД 30375061 . S2CID 53114166 .
^ Хурадо-Ривера, Хосе А.; Фоглер, Альфрид П.; Рид, Крис AM; Петитпьер, Эдуард; Гомес-Зурита, Хесус (2009). «Штрих-кодирование ДНК ассоциации насекомых и растений-хозяев» . Труды Королевского общества B: Биологические науки . 276 (1657): 639–648. дои : 10.1098/rspb.2008.1264 . ПМК 2660938 . ПМИД 19004756 .
^ Паула, Дебора П.; Линард, Бенджамин; Крэмптон-Платт, Алекс; Шриватсан, Амрита; Тиммерманс, Мартин Дж.Т.Н.; Суджи, Эдисон Р.; Пирес, Кармен СС; Соуза, Лукас М.; Андоу, Дэвид А.; Фоглер, Альфрид П. (2016). «Выявление трофических взаимодействий у членистоногих-хищников посредством секвенирования ДНК содержимого кишечника» . ПЛОС ОДИН . 11 (9): e0161841. Бибкод : 2016PLoSO..1161841P . дои : 10.1371/journal.pone.0161841 . ПМК 5021305 . ПМИД 27622637 .
^ Боманн, Кристина; Монадджем, Ара; Лемкуль Ноер, Кристина; Расмуссен, Мортен; Зил, Мэтт РК; Клэр, Элизабет; Джонс, Гарет; Виллерслев, Эске; Гилберт, М. Томас П. (2011). «Анализ молекулярной диеты двух африканских летучих мышей со свободным хвостом (Molossidae) с использованием высокопроизводительного секвенирования» . ПЛОС ОДИН . 6 (6): e21441. Бибкод : 2011PLoSO...621441B . дои : 10.1371/journal.pone.0021441 . ПМК 3120876 . ПМИД 21731749 .
^ Вестеринен, Ээро Дж.; Лилли, Томас; Лайне, Вероника Н.; Уолберг, Никлас (2013). «Секвенирование фекальной ДНК нового поколения раскрывает разнообразие рациона широко распространенной насекомоядной летучей мыши-хищника Добентона (Myotis daubentonii) на юго-западе Финляндии» . ПЛОС ОДИН . 8 (11): е82168. Бибкод : 2013PLoSO...882168V . дои : 10.1371/journal.pone.0082168 . ПМЦ 3842304 . ПМИД 24312405 .
^ Белл, Карен Л.; Фаулер, Джули; Берджесс, Кевин С.; Доббс, Эмили К.; Грюневальд, Дэвид; Лоули, Брайс; Морозуми, Коннор; Брози, Берри Дж. (2017). «Применение метабаркодирования ДНК пыльцы для изучения взаимодействий растений и опылителей» . Приложения в науках о растениях . 5 (6). дои : 10.3732/apps.1600124 . ПМК 5499302 . ПМИД 28690929 . S2CID 6590244 .
^ Порнон, Андре; Эскаравадж, Натали; Буррус, Моник; Холота, Хелен; Химун, Орели; Мариетт, Джером; Пелиццари, Шарлин; Ирибар, Амайя; Этьен, Розелин; Таберле, Пьер; Видаль, Мари; Винтертон, Питер; Зингер, Люси; Андало, Кристоф (2016). «Использование метабаркодирования для выявления и количественной оценки взаимодействия растений и опылителей» . Научные отчеты . 6 : 27282. Бибкод : 2016NatSR...627282P . дои : 10.1038/srep27282 . ПМЦ 4891682 . ПМИД 27255732 .
^ Таберле, Пьер (2018). Экологическая ДНК: для исследования и мониторинга биоразнообразия . Оксфорд. ISBN 9780198767220 . {{cite book}}: CS1 maint: отсутствует местоположение издателя ( ссылка )
^ «Арно Лиет из WWF об измерении популяций диких животных» . Всемирный фонд дикой природы . Проверено 26 ноября 2018 г.
^ «ЭДНК – больше не только для биологов-рыболовов» . сайт дикой природы . 8 декабря 2017 года . Проверено 26 ноября 2018 г.
^ Рот, Энни (19 ноября 2018 г.). «Как ДНК из снега помогает ученым выслеживать неуловимых животных» . Нэшнл Географик . Архивировано из оригинала 19 ноября 2018 года . Проверено 26 ноября 2018 г.
^ Франклин, Томас В.; Маккелви, Кевин С.; Голдинг, Джесси Д.; Мейсон, Дэниел Х.; Дист, Джозеф К.; Пилигрим, Кристина Л.; Сквайрс, Джон Р.; Обри, Кейт Б.; Лонг, Роберт А.; Гривз, Сэмюэл Э.; Рэйли, Кэтрин М.; Джексон, Скотт; Маккей, Паула; Лиссабон, Джошуа; Саудер, Джоэл Д.; Прусс, Майкл Т.; Хеффингтон, Дон; Шварц, Майкл К. (2019). «Использование методов ДНК окружающей среды для улучшения зимних исследований редких хищников: ДНК из снега и улучшенные неинвазивные методы» . Биологическая консервация . 229 : 50–58. Бибкод : 2019BCons.229...50F . дои : 10.1016/j.biocon.2018.11.006 . S2CID 91312879 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
^ Линггаард, Кристина; Бертельсен, Мэдс Фрост; Дженсен, Каспер В.; Джонсон, Мэтью С.; Фрёслев, Тобиас Гульдберг; Олсен, Мортен Танге; Боманн, Кристина (6 января 2022 г.). «ДНК окружающей среды по воздуху для мониторинга сообществ наземных позвоночных» . Современная биология . 32 (3): 701–707.e5. Бибкод : 2022CBio...32E.701L . дои : 10.1016/j.cub.2021.12.014 . ПМЦ 8837273 . ПМИД 34995490 . S2CID 245772800 .
^ Клэр, Элизабет Л.; Эконому, Хлоя К.; Беннетт, Фрэнсис Дж.; Дайер, Кейтлин Э.; Адамс, Кэтрин; МакРоби, Бенджамин; Дринкуотер, Рози; Литтлфэр, Джоан Э. (январь 2022 г.). «Измерение биоразнообразия по ДНК в воздухе» . Современная биология . 32 (3): 693–700.e5. Бибкод : 2022CBio...32E.693C . дои : 10.1016/j.cub.2021.11.064 . ПМИД 34995488 . S2CID 245772825 .
^ Клэр, Элизабет Л.; Эконому, Хлоя К.; Фолкс, Крис Г.; Гилберт, Джеймс Д.; Беннетт, Фрэнсис; Дринкуотер, Рози; Литтлфэр, Джоан Э. (2021). «EDNAir: подтверждение концепции того, что ДНК животных можно собирать из проб воздуха» . ПерДж . 9 : e11030. дои : 10.7717/peerj.11030 . ПМК 8019316 . ПМИД 33850648 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
↑ Теперь исследователи могут собирать и секвенировать ДНК из эфира Live Science , 6 апреля 2021 г.
^ Метрис, Кимберли Л.; Метрис, Жереми (14 апреля 2023 г.). «Авиационные исследования электронной ДНК в воздухе: исследование биоразнообразия в небе» . ПерДж . 11 : e15171. дои : 10.7717/peerj.15171 . ISSN 2167-8359 . ПМЦ 10108859 . ПМИД 37077310 .
^ Кеннет Т. Франк; Брайан Петри; Джэ С. Чой; Уильям К. Леггетт (2005). «Трофические каскады в экосистеме, где раньше доминировала треска». Наука . 308 (5728): 1621–1623. Бибкод : 2005Sci...308.1621F . дои : 10.1126/science.1113075 . ПМИД 15947186 . S2CID 45088691 .
^ Уолтерс, Карл; Магуайр, Жан-Жак (1996). «Уроки оценки запасов северной трески». Обзоры по биологии рыб и рыболовству . 6 (2). дои : 10.1007/BF00182340 . S2CID 20224324 .
^ ИКЕС (2018). «Запрос НЕАФК об обновлении рекомендаций по треске (Gadus morhua) на участке 5.b.1 (Фарерское плато)» (PDF) . дои : 10.17895/ices.pub.4651 . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )
^ Хессен, Хенк Дж.Л.; Даан, Нильс; Эллис, Джим Р. (сентябрь 2015 г.). Рыбный атлас Кельтского, Северного и Балтийского морей: на основе исследований международных исследовательских судов . Брилл. ISBN 9789086868780 .
^ Пушедду, А.; Бьянчелли, С.; Мартин, Дж.; Пуиг, П.; Паланкес, А.; Маск, П.; Дановаро, Р. (2014). «Хроническое и интенсивное донное траление ухудшает глубоководное биоразнообразие и функционирование экосистем» . Труды Национальной академии наук . 111 (24): 8861–8866. Бибкод : 2014PNAS..111.8861P . дои : 10.1073/pnas.1405454111 . ПМК 4066481 . ПМИД 24843122 .
^ Аррегин-Санчес, Франциско (1996). «Уловистость: ключевой параметр оценки рыбных запасов». Обзоры по биологии рыб и рыболовству . 6 (2). дои : 10.1007/BF00182344 . S2CID 9589700 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Солтер, Ян; Йоэнсен, Муриц; Кристиансен, Регин; Штейнгрунд, Петур; Вестергор, Пол (2019). «Концентрация ДНК в окружающей среде коррелирует с региональной биомассой атлантической трески в океанических водах» . Коммуникационная биология . 2 : 461. doi : 10.1038/s42003-019-0696-8 . ПМК 6904555 . ПМИД 31840106 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
^ Голдберг, Карен С.; Пиллиод, Дэвид С.; Аркл, Роберт С.; Уэйтс, Лизетт П. (2011). «Молекулярное обнаружение позвоночных в речной воде: демонстрация с использованием хвостатых лягушек Скалистых гор и гигантских саламандр Айдахо» . ПЛОС ОДИН . 6 (7): e22746. Бибкод : 2011PLoSO...622746G . дои : 10.1371/journal.pone.0022746 . ПМК 3144250 . ПМИД 21818382 .
^ Валентини, Алиса; Таберле, Пьер; Мио, Клод; Сиваде, Рафаэль; Гердер, Джелгер; Томсен, Филип Фрэнсис; Бельмен, Ева; Беснар, Орельен; Куассак, Эрик; Бойер, Фредерик; Габорио, Колин; Жан, Полина; Пуле, Николя; Розет, Николас; Копп, Гордон Х.; Женье, Филипп; Пон, Дидье; Аржилье, Кристина; Бодуэн, Жан-Марк; Перу, Тифан; Кривелли, Ален Дж.; Оливье, Энтони; Акберж, Манон; Ле Брун, Матье; Моллер, Питер Р.; Виллерслев, Эске; Дежан, Тони (2016). «Мониторинг водного биоразнообразия нового поколения с использованием метабаркодирования ДНК окружающей среды» (PDF) . Молекулярная экология . 25 (4): 929–942. Бибкод : 2016MolEc..25..929В . дои : 10.1111/mec.13428 . ПМИД 26479867 . S2CID 2801412 .
^ Гудвин, Келли Д.; Томпсон, Люк Р.; Дуарте, Бернардо; Кальке, Тим; Томпсон, Эндрю Р.; Маркиш, Жоау К.; Касадор, Изабель (2017). «Секвенирование ДНК как инструмент мониторинга экологического состояния моря» . Границы морской науки . 4 . дои : 10.3389/fmars.2017.00107 . hdl : 10453/125704 . S2CID 27034312 .
^ Стокл, Марк Ю.; Соболева, Любовь; Чарлоп-Пауэрс, Закари (2017). «ДНК водной среды определяет сезонное изобилие рыб и предпочтения среды обитания в городском устье» . ПЛОС ОДИН . 12 (4): e0175186. Бибкод : 2017PLoSO..1275186S . дои : 10.1371/journal.pone.0175186 . ПМК 5389620 . ПМИД 28403183 .
^ Томсен, Филип Фрэнсис; Килгаст, Джос; Иверсен, Ларс Лёнсманн; Моллер, Питер Раск; Расмуссен, Мортен; Виллерслев, Эске (2012). «Обнаружение разнообразной морской рыбной фауны с использованием ДНК окружающей среды из образцов морской воды» . ПЛОС ОДИН . 7 (8): е41732. Бибкод : 2012PLoSO...741732T . дои : 10.1371/journal.pone.0041732 . ПМЦ 3430657 . ПМИД 22952584 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Томсен, Филип Фрэнсис; Моллер, Питер Раск; Сигсгаард, Ева Эгелинг; Кнудсен, Стин Вильгельм; Йоргенсен, Оле Анкьер; Виллерслев, Эске (2016). «Экологическая ДНК из образцов морской воды коррелирует с траловым выловом субарктических глубоководных рыб» . ПЛОС ОДИН . 11 (11): e0165252. Бибкод : 2016PLoSO..1165252T . дои : 10.1371/journal.pone.0165252 . ПМЦ 5112899 . ПМИД 27851757 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Сигсгаард, Ева Эгелинг; Нильсен, Ида Броман; Карл, Хенрик; Крэг, Маркус Андерс; Кнудсен, Стин Вильгельм; Син, Инчунь; Хольм-Хансен, Торе Хейл; Моллер, Питер Раск; Томсен, Филип Фрэнсис (2017). «Экологическая ДНК морской воды отражает сезонность прибрежного рыбного сообщества». Морская биология . 164 (6): 128. Бибкод : 2017МарБи.164..128С . дои : 10.1007/s00227-017-3147-4 . S2CID 89773962 .
^ Такахара, Терухико; Яманака, Хироки; Кавабата, Зен'Ичиро (2012 . . PLOS . ) ONE Bibcode : 2012PLoSO .. .735868T.doi doi: 10.1371 . PMC 3338542 . journal.pone.0035868 /
^ Дои, Хидеюки; Учии, Кимико; Такахара, Терухико; Мацухаси, Саэко; Яманака, Хироки; Минамото, Тосифуми (2015). «Использование капельной цифровой ПЦР для оценки численности и биомассы рыбы в исследованиях ДНК окружающей среды» . ПЛОС ОДИН . 10 (3): e0122763. Бибкод : 2015PLoSO..1022763D . дои : 10.1371/journal.pone.0122763 . ПМК 4370432 . ПМИД 25799582 .
^ Лакурсьер-Руссель, Анаис; Розабаль, Майкель; Бернатчес, Луи (2016). «Оценка численности и биомассы рыбы по концентрации эДНК: изменчивость методов отлова и условий окружающей среды». Ресурсы молекулярной экологии . 16 (6): 1401–1414. дои : 10.1111/1755-0998.12522 . ПМИД 26946353 . S2CID 4507565 .
^ Маруяма, Ацуши; Накамура, Кейсуке; Яманака, Хироки; Кондо, Мичио; Минамото, Тосифуми (2014). «Скорость выделения ДНК из окружающей среды из молоди и взрослой рыбы» . ПЛОС ОДИН . 9 (12): e114639. Бибкод : 2014PLoSO...9k4639M . дои : 10.1371/journal.pone.0114639 . ПМЦ 4257714 . ПМИД 25479160 .
^ Климус, Кэти Э.; Рихтер, Кэтрин А.; Чепмен, Дуэйн К.; Паукерт, Крейг (2015). «Количественная оценка скорости выделения эДНК от инвазивного пестрого карпа Hypophthalmichthys nobilis и толстолобика Hypophthalmichthys molitrix». Биологическая консервация . 183 : 77–84. Бибкод : 2015BCons.183...77K . дои : 10.1016/j.biocon.2014.11.020 .
^ Ли, Цзяньлун; Лоусон Хэндли, Лори Дж.; Харпер, Линси Р.; Брис, Рейн; Уотсон, Хейли В.; Ди Мури, Кристина; Чжан, Сян; Хэнфлинг, Бернд (2019). «Ограниченная дисперсия и быстрая деградация ДНК окружающей среды в рыбных прудах, выявленная с помощью метабаркодирования» . Экологическая ДНК . 1 (3): 238–250. дои : 10.1002/edn3.24 . S2CID 198403033 .
^ Солтер, Ян (2018). «Сезонная изменчивость стойкости растворенной ДНК окружающей среды (EDNA) в морской системе: роль ограничения микробных питательных веществ» . ПЛОС ОДИН . 13 (2): e0192409. Бибкод : 2018PLoSO..1392409S . дои : 10.1371/journal.pone.0192409 . ПМК 5825020 . ПМИД 29474423 .
^ Бакстон, Эндрю С.; Грумбридж, Джим Дж.; Гриффитс, Ричард А. (2018). «Сезонные изменения в обнаружении ДНК окружающей среды в пробах отложений и воды» . ПЛОС ОДИН . 13 (1): e0191737. Бибкод : 2018PLoSO..1391737B . дои : 10.1371/journal.pone.0191737 . ПМЦ 5774844 . ПМИД 29352294 .
^ Коллинз, Руперт А.; Вангенстин, Оуэн С.; о'Горман, Эоин Дж.; Мариани, Стефано; Симс, Дэвид В.; Геннер, Мартин Дж. (2018). «Сохранение ДНК окружающей среды в морских системах» . Коммуникационная биология . 1 : 185. дои : 10.1038/s42003-018-0192-6 . ПМК 6218555 . ПМИД 30417122 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Андрушкевич, Элизабет А.; Косефф, Джеффри Р.; Фрингер, Оливер Б.; Уэллетт, Николас Т.; Лоу, Анна Б.; Эдвардс, Кристофер А.; Бём, Александрия Б. (2019). «Моделирование транспорта ДНК окружающей среды в прибрежном океане с использованием отслеживания лагранжевых частиц» . Границы морской науки . 6 . дои : 10.3389/fmars.2019.00477 . S2CID 199447701 .
^ Эйхмиллер, Джессика Дж.; Баер, Пшемыслав Г.; Соренсен, Питер В. (2014). «Взаимосвязь между распространением обыкновенного карпа и их экологической ДНК в небольшом озере» . ПЛОС ОДИН . 9 (11): е112611. Бибкод : 2014PLoSO...9k2611E . дои : 10.1371/journal.pone.0112611 . ПМК 4226586 . ПМИД 25383965 .
^ Гарган, Лаура М.; Морато, Тельмо; Фам, Кристофер К.; Финарелли, Джон А.; Карлссон, Жанетт Э.Л.; Карлссон, Йенс (2017). «Разработка чувствительного метода обнаружения для исследования пелагического биоразнообразия с использованием электронной ДНК и количественной ПЦР: тематическое исследование дьявольского ската на подводных горах» . Морская биология . 164 (5): 112. Бибкод : 2017МарБи.164..112Г . дои : 10.1007/s00227-017-3141-x . S2CID 91149351 .
^ Ямамото, Кэндзи, Кейичи; Савада, Хидеки; Цудзи, Хироки; Хориучи, Томоя; Юта, Аяка, Михо; Сюнсуке, Кейта В.; Араки, Яманака, Хироки; Мияшита, Кадзуси; Кондо, Мичио (2016) . «Распространение рыбы: пример японской ставриды в заливе Майдзуру Японского моря» . PLOS ONE .11 / : e0149786 Bibcode : 2016PLoSO..1149786Y . doi : journal.pone.0149786 . PMC 4775019. . PMID 26933889 10.1371 . ( 3 )
^ Перейти обратно: ^а ^б Кнудсен, Стин Вильгельм; Эберт, Расмус Бах; Хессельсё, Мартин; Кунтке, Франциска; Хассингбо, Якоб; Мортенсен, Питер Бондгаард; Томсен, Филип Фрэнсис; Сигсгаард, Ева Эгелинг; Хансен, Брайан Клитгаард; Нильсен, Эйнар Эг; Моллер, Питер Раск (2019). «Видоспецифическое обнаружение и количественная оценка ДНК окружающей среды морских рыб Балтийского моря». Журнал экспериментальной морской биологии и экологии . 510 : 31–45. дои : 10.1016/j.jembe.2018.09.004 . S2CID 92601423 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Коринальдези, К.; Тангерлини, М.; Манеа, Э.; Делл'Анно, А. (2018). «Внеклеточная ДНК как генетический регистратор микробного разнообразия в донных глубоководных экосистемах» . Научные отчеты . 8 (1): 1839. Бибкод : 2018НатСР...8.1839С . дои : 10.1038/s41598-018-20302-7 . ПМЦ 5789842 . ПМИД 29382896 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Делл'Анно, А.; Дановаро, Р. (2005). «Внеклеточная ДНК играет ключевую роль в функционировании глубоководной экосистемы». Наука . 309 (5744): 2179. doi : 10.1126/science.1117475 . ПМИД 16195451 . S2CID 39216262 .
^ Коринальдези, Чинция; Делл'Анно, Антонио; Дановаро, Роберто (2007). «Вирусная инфекция играет ключевую роль в динамике внеклеточной ДНК в морских бескислородных системах» . Лимнология и океанография . 52 (2): 508–516. Бибкод : 2007LimOc..52..508C . дои : 10.4319/lo.2007.52.2.0508 . S2CID 85601366 .
^ Делл'Анно, Антонио; Коринальдези, Чинция; Дановаро, Роберто (2015). «Разложение вируса вносит важный вклад в функционирование донной глубоководной экосистемы» . Труды Национальной академии наук . 112 (16): Е2014–Е2019. Бибкод : 2015PNAS..112E2014D . дои : 10.1073/pnas.1422234112 . ПМЦ 4413343 . ПМИД 25848024 .
^ Нильсен, Кааре М.; Джонсен, Пол Дж.; Бенсассон, Доуда; Даффонкио, Даниэле (2007). «Высвобождение и сохранение внеклеточной ДНК в окружающей среде» . Исследования экологической биобезопасности . 6 (1–2): 37–53. дои : 10.1051/ebr:2007031 . ПМИД 17961479 .
^ Кулен, Марко Дж.Л.; Оверманн, Йорг (1998). «Анализ субфоссильных молекулярных остатков пурпурных серных бактерий в осадке озера» . Прикладная и экологическая микробиология . 64 (11): 4513–4521. Бибкод : 1998ApEnM..64.4513C . дои : 10.1128/АЕМ.64.11.4513-4521.1998 . ПМЦ 106678 . ПМИД 9797316 .
^ Кулен, М.; Мейзер, Жерар; Рийпстра, В. Ирен К.; Схоутен, Стефан; Волкман, Джон К.; Синнингхе Дамсте, Яап С. (2004). «Комбинированный анализ ДНК и липидов отложений выявляет изменения в голоценовых популяциях гаптофитов и диатомей в антарктическом озере». Письма о Земле и планетологии . 223 (1–2): 225–239. Бибкод : 2004E&PSL.223..225C . дои : 10.1016/j.epsl.2004.04.014 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Кулен, MJL; Орси, штат Вирджиния; Балкема, К.; Айва, К.; Харрис, К.; Сильва, СП; Филипова-Маринова М.; Гиосан, Л. (2013). «Эволюция палеома планктона Черного моря от дегляциала до антропоцена» . Труды Национальной академии наук . 110 (21): 8609–8614. Бибкод : 2013PNAS..110.8609C . дои : 10.1073/pnas.1219283110 . ПМЦ 3666672 . ПМИД 23650351 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Коринальдези, К.; Тангерлини, М.; Луна, генеральный менеджер; Делл'Анно, А. (2014). «Внеклеточная ДНК может сохранять генетические признаки настоящих и прошлых вирусных инфекций в глубоких гиперсоленых бескислородных бассейнах» . Труды Королевского общества B: Биологические науки . 281 (1780). дои : 10.1098/rspb.2013.3299 . ПМК 4027399 . ПМИД 24523277 . S2CID 1214760 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Боре, Арьян К.; Рийпстра, В. Ирен К.; Де Ланге, Герт Дж.; Малинверно, Элиза; Синнингхе Дамсте, Яап С.; Кулен, Марко Дж.Л. (2011). «Изучение сохранившихся сигнатур ДНК ископаемых динофлагеллят и гаптофитов, чтобы сделать вывод об экологических и экологических изменениях во время отложения сапропеля S1 в восточном Средиземноморье» (PDF) . Палеоокеанография . 26 (2): н/д. Бибкод : 2011PalOc..26.2204B . дои : 10.1029/2010PA001948 . S2CID 53599204 .
^ Кулен, MJL; Ципионка, Х.; Сасс, AM; Сасс, Х.; Оверманн, Дж. (2002). «Текущая модификация сапропелей средиземноморского плейстоцена при посредничестве прокариотов». Наука . 296 (5577): 2407–2410. Бибкод : 2002Sci...296.2407C . дои : 10.1126/science.1071893 . ПМИД 12089447 . S2CID 33722848 .
^ Кулен, Марко Дж.Л.; Оверманн, Йорг (2007). «Последовательности ДНК зеленых серных бактерий возрастом 217 000 лет в средиземноморских сапропелях и их значение для реконструкции палеосреды». Экологическая микробиология . 9 (1): 238–249. дои : 10.1111/j.1462-2920.2006.01134.x . HDL : 1912/1506 . ПМИД 17227428 .
^ Кулен, Марко Дж.Л.; Волкман, Джон К.; Аббас, Бен; Мейзер, Жерар; Схоутен, Стефан; Синнингхе Дамсте, Яап С. (2007). «Идентификация источников органического вещества в сульфидных отложениях антарктических фьордов позднеголоцена на основе анализа последовательностей ископаемых рДНК» . Палеоокеанография . 22 (2): PA2211. Бибкод : 2007PalOc..22.2211C . дои : 10.1029/2006PA001309 . hdl : 1912/3447 .
^ Кулен, Марко Дж.Л.; Саенс, Джеймс П.; Гиосан, Ливиу; Троубридж, Нэн Ю.; Димитров, Петко; Димитров, Димитар; Эглинтон, Тимоти И. (2009). «Молекулярно-стратиграфические записи ДНК и липидов сукцессии гаптофитов в Черном море в голоцене». Письма о Земле и планетологии . 284 (3–4): 610–621. Бибкод : 2009E&PSL.284..610C . дои : 10.1016/j.epsl.2009.05.029 .
^ Делл'Анно, Антонио; Коринальдези, Чинция; Ставракакис, Спирос; Ликусис, Василис; Дановаро, Роберто (2005). «Пелагически-бентосное соединение и диагенез нуклеиновых кислот в глубоководной континентальной окраине и системе открытого склона Восточного Средиземноморья» . Прикладная и экологическая микробиология . 71 (10): 6070–6076. Бибкод : 2005ApEnM..71.6070D . дои : 10.1128/АЕМ.71.10.6070-6076.2005 . ПМЦ 1265925 . ПМИД 16204523 .
^ Левин, Лиза А.; Лю, Кон-Ки; Эмейс, Кей-Кристиан; Брейтбург, Дениз Л.; Клерн, Джеймс; Дойч, Кертис; Джани, Микеле; Гоффарт, Энн; Хофманн, Эйлин Э.; Лачкар, Зухайр; Лимбург, Карин; Лю, Су-Мэй; Монтес, Энрике; Накви, Ваджих; Рагено, Оливье; Рабуй, Кристоф; Саркар, Сантош Кумар; Суони, Деннис П.; Вассман, Пол; Вишнер, Карен Ф. (2015). «Сравнительное взаимодействие биогеохимии, экосистем и человека на динамических окраинах континентов» . Журнал морских систем . 141 : 3–17. Бибкод : 2015JMS...141....3L . дои : 10.1016/j.jmarsys.2014.04.016 . S2CID 7139186 .
^ Йоргенсен, Бо Баркер; Боэций, Антье (2007). «Пир и голод — микробная жизнь на глубоководном дне». Обзоры природы Микробиология . 5 (10): 770–781. дои : 10.1038/nrmicro1745 . ПМИД 17828281 . S2CID 22970703 .
^ Оркатт, Б.Н.; Сильван, Дж.Б.; Кнаб, Нью-Джерси; Эдвардс, К.Дж. (2011). «Микробная экология Темного океана над, на и под морским дном» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 75 (2): 361–422. дои : 10.1128/MMBR.00039-10 . ПМК 3122624 . ПМИД 21646433 .
^ Коринальдези, Чинция (2015). «Новые перспективы в донной глубоководной микробной экологии» . Границы морской науки . 2 . дои : 10.3389/fmars.2015.00017 . S2CID 2350681 .
^ Зингер, Люси; Амарал-Зеттлер, Линда А.; Фурман, Джед А.; Хорнер-Девайн, М. Клэр; Хьюз, Сьюзен М.; Уэлч, Дэвид Б. Марк; Мартини, Дженнифер Б.Х.; Согин, Митчелл; Боэций, Антье; Раметт, Альбан (2011). «Глобальные закономерности бактериального бета-разнообразия в экосистемах морского дна и морской воды» . ПЛОС ОДИН . 6 (9): e24570. Бибкод : 2011PLoSO...624570Z . дои : 10.1371/journal.pone.0024570 . ПМК 3169623 . ПМИД 21931760 .
^ Бьенхольд, Кристина; Боэций, Антье; Раметт, Альбан (2012). «Взаимосвязь энергии и разнообразия сложных бактериальных сообществ в глубоководных арктических отложениях» . Журнал ISME . 6 (4): 724–732. Бибкод : 2012ISMEJ...6..724B . дои : 10.1038/ismej.2011.140 . ПМК 3309351 . ПМИД 22071347 .
^ Зингер, Л.; Боэций, А.; Раметт, А. (2014). «Взаимосвязь бактериальных таксонов и площади и расстояния и распада в морской среде» . Молекулярная экология . 23 (4): 954–964. Бибкод : 2014MolEc..23..954Z . дои : 10.1111/mec.12640 . ПМК 4230465 . ПМИД 24460915 .
^ Драммонд, Алексей Дж.; Ньюкомб, Ричард Д.; Бакли, Томас Р.; Се, Донг; Дофейд, Эндрю; Поттер, Бенджамин CM; Хелед, Джозеф; Росс, Ховард А.; Туман, Лия; Гроссер, Стефани; Парк, Дакчул; Деметрас, Николас Дж.; Стивенс, Марк И.; Рассел, Джеймс С.; Андерсон, Сандра Х.; Картер, Анна; Нельсон, Никола (2015). «Оценка подхода к мультигенной ДНК окружающей среды для оценки биоразнообразия» . ГигаСайенс . 4 : 46. дои : 10.1186/s13742-015-0086-1 . ПМК 4595072 . ПМИД 26445670 . S2CID 28846124 .
^ Коринальдези, К.; Беолчини, Ф.; Делл'Анно, А. (2008). «Скорость повреждения и деградации внеклеточной ДНК в морских отложениях: значение для сохранения последовательностей генов». Молекулярная экология . 17 (17): 3939–3951. Бибкод : 2008MolEc..17.3939C . дои : 10.1111/j.1365-294X.2008.03880.x . ПМИД 18643876 . S2CID 22062643 .
^ Педерсен, Миккель Винтер; Овербалле-Петерсен, Сёрен; Эрмини, Лука; Саркисян, Клио Дер; Хейл, Джеймс; Хеллстром, Микаэла; Спенс, Йохан; Томсен, Филип Фрэнсис; Боманн, Кристина; Каппеллини, Энрико; Шнелл, Ида Берхольм; Уэльс, Натан А.; Карё, Кристиан; Кампос, Паула Ф.; Шмидт, Астрид МЗ; Гилберт, М. Томас П.; Хансен, Андерс Дж.; Орландо, Людовик; Виллерслев, Эске (2015). «Древняя и современная ДНК окружающей среды» . Философские труды Королевского общества B: Биологические науки . 370 (1660). дои : 10.1098/rstb.2013.0383 . ПМЦ 4275890 . ПМИД 25487334 .
^ Пардуччи, Лаура; Беннетт, Кейт Д.; Фичетола, Джентиле Франческо; Алсос, Ингер Греве; Суяма, Ёсихиса; Вуд, Джейми Р.; Педерсен, Миккель Винтер (2017). «ДНК древних растений в озерных отложениях» . Новый фитолог . 214 (3): 924–942. дои : 10.1111/nph.14470 . hdl : 10023/13063 . ПМИД 28370025 .
^ Армбрехт, Линда Х.; Кулен, Марко Дж.Л.; Лейзерович, Франк; Джордж, Саймон С.; Неганди, Карита; Сузуки, Йохей; Янг, Дженнифер; Фостер, Николь Р.; Арманд, Линн К.; Купер, Алан; Островский, Мартин; Фокарди, Амаранта; Стат, Майкл; Моро, Джон В.; Вейрих, Лаура С. (2019). «Древняя ДНК из морских отложений: меры предосторожности и соображения при отборе керна морского дна, обработке проб и генерации данных». Обзоры наук о Земле . 196 : 102887. Бибкод : 2019ESRv..19602887A . doi : 10.1016/j.earscirev.2019.102887 . hdl : 10453/134221 . S2CID 198406152 .
^ Де Варгас, К.; и др. (2015). «Разнообразие эукариотического планктона в освещенном солнцем океане» . Наука . 348 (6237). дои : 10.1126/science.1261605 . hdl : 10261/117736 . ПМИД 25999516 . S2CID 12853481 .
^ Иверсен, МХ; Плауг, Х. (2010). «Балластные минералы и опускающийся поток углерода в океане: скорость дыхания углерода и скорость погружения агрегатов морского снега» . Биогеонауки . 7 (9): 2613–2624. Бибкод : 2010BGeo....7.2613I . дои : 10.5194/bg-7-2613-2010 .
^ Такахаси, Кодзо; Будь, Аллан WH (1984). «Планктонные фораминиферы: факторы, контролирующие скорость погружения». Глубоководные исследования. Часть A. Статьи океанографических исследований . 31 (12): 1477–1500. Бибкод : 1984DSRA...31.1477T . дои : 10.1016/0198-0149(84)90083-9 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Создатель, Штейн; Рэй, Джессика Л.; Скаар, Катрин Санднес; Садацки, Хенрик; Иджаз, Умер З.; Штейн, Рюдигер; Ларсен, Ауд (2019). «Потенциал древней осадочной ДНК для реконструкции прошлой эволюции морского льда» . Журнал ISME . 13 (10): 2566–2577. Бибкод : 2019ISMEJ..13.2566D . дои : 10.1038/s41396-019-0457-1 . ПМК 6776040 . ПМИД 31235841 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Барренечеа Анхелес, Инес; Лейзерович, Франк; Кордье, Тристан; Шеплиц, Жанен; Кучера, Михал; Аристеги, Даниэль; Павловский, Ян; Морар, Рафаэль (2020). «Подпись эДНК планктонных фораминифер, отложенная на морском дне, остается сохранившейся после захоронения в морских отложениях» . Научные отчеты . 10 (1): 20351. doi : 10.1038/s41598-020-77179-8 . ПМЦ 7684305 . ПМИД 33230106 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Бриггс, Лиза (2020). «Исследование древней ДНК в морской и подводной археологии: ловушки, перспективы и будущие направления» . Открытый четвертичный период . 6 . дои : 10.5334/ок.71 . S2CID 213677121 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Морар, Рафаэль; Лейзерович, Франк; Дорогая, Кейт Ф.; Лекрок-Бенне, Беатрис; Винтер Педерсен, Миккель; Орландо, Людовик; Павловский, Ян; Мулица, Стефан; Де Варгас, Колумбан; Кучера, Михал (2017). «ДНК окружающей среды, полученная из планктонных фораминифер, извлеченная из глубинных отложений, сохраняет закономерности макроэкологии планктона» . Биогеонауки . 14 (11): 2741–2754. Бибкод : 2017BGeo...14.2741M . дои : 10.5194/bg-14-2741-2017 . hdl : 10023/11053 . S2CID 55213856 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Коринальдези, К.; Беолчини, Ф.; Делл'Анно, А. (2008). «Скорость повреждения и деградации внеклеточной ДНК в морских отложениях: значение для сохранения последовательностей генов». Молекулярная экология . 17 (17): 3939–3951. Бибкод : 2008MolEc..17.3939C . дои : 10.1111/j.1365-294X.2008.03880.x . ПМИД 18643876 . S2CID 22062643 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Коринальдези, Чинция; Делл'Анно, Антонио; Дановаро, Роберто (2007). «Ранний диагенез и трофическая роль внеклеточной ДНК в различных донных экосистемах». Лимнология и океанография . 52 (4): 1710–1717. Бибкод : 2007LimOc..52.1710C . дои : 10.4319/lo.2007.52.4.1710 . S2CID 53631156 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Коринальдези, К.; Барука, М.; Луна, генеральный менеджер; Делл'Анно, А. (2011). «Сохранение, происхождение и генетический отпечаток внеклеточной ДНК в постоянно бескислородных глубоководных отложениях». Молекулярная экология . 20 (3): 642–654. Бибкод : 2011MolEc..20..642C . дои : 10.1111/j.1365-294X.2010.04958.x . ПМИД 21155913 . S2CID 22920579 .
^ Гийу, Лора; и др. (2012). «Справочная база данных протистских рибосом (PR2): каталог последовательностей рРНК малых субъединиц одноклеточных эукариот с тщательно подобранной таксономией» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D597–D604. дои : 10.1093/нар/gks1160 . ПМК 3531120 . ПМИД 23193267 .
^ Шибель, Ральф; Хемлебен, Кристоф (17 февраля 2017 г.). Планктонные фораминиферы современного океана . Спрингер. ISBN 978-3-662-50297-6 .
^ Морар, Рафаэль; Дорогая, Кейт Ф.; Маэ, Фредерик; Аудик, Стефан; Уджие, Юрика; Вайнер, Агнес К.М.; Андре, Аврора; Сирс, Хайди А.; Уэйд, Кристофер М.; Кийлевере, Фредерик; Дуади, Кристоф Дж.; Эскаргюэль, Жиль; Де Гаридель-Торон, Тибо; Сикча, Майкл; Кучера, Михал; Де Варгас, Колумбан (2015). «PFR2: Кураторская база данных рибосомальной ДНК 18S планктонных фораминифер как ресурс для изучения экологии, биогеографии и эволюции планктона» (PDF) . Ресурсы молекулярной экологии . 15 (6): 1472–1485. дои : 10.1111/1755-0998.12410 . ПМИД 25828689 . S2CID 39066123 .
^ Морар, Рафаэль; Воллмар, Неле М.; Греко, Маттиа; Кучера, Михал (2019). «Неустановленное разнообразие планктонных фораминифер, полученное в результате секвенирования окружающей среды, выявлено как известные, но игнорируемые виды» . ПЛОС ОДИН . 14 (3): e0213936. Бибкод : 2019PLoSO..1413936M . дои : 10.1371/journal.pone.0213936 . ПМК 6428320 . ПМИД 30897140 .
^ Резерфорд, Скотт; д'Ондт, Стивен; Прелл, Уоррен (1999). «Экологический контроль географического распространения разнообразия зоопланктона». Природа . 400 (6746): 749–753. Бибкод : 1999Natur.400..749R . дои : 10.1038/23449 . S2CID 4418045 .
^ Сикча, Майкл; Кучера, Михал (2017). «ForCenS, тщательно подобранная база данных подсчета планктонных фораминифер в образцах морских поверхностных отложений» . Научные данные . 4 : 170109. Бибкод : 2017NatSD...470109S . дои : 10.1038/sdata.2017.109 . ПМК 5566098 . ПМИД 28829434 .
^ Лейзерович, Франк; Эслинг, Филипп; Маевский, Войцех; Щуциньский, Витольд; Десель, Йохан; Обадия, Кирилл; Арбису, Педро Мартинес; Павловский, Ян (2013). «Древняя ДНК дополняет записи микрофоссилий в глубоководных подземных отложениях» . Письма по биологии . 9 (4). дои : 10.1098/rsbl.2013.0283 . ПМЦ 3730641 . ПМИД 23658006 .
^ Павловска Ю.; Лейзерович, Ф.; Эслинг, П.; Щуциньский, В.; Зайончковский, М.; Павловский, Дж. (2014). «Древняя ДНК проливает новый свет на летопись окаменелостей фораминифер Шпицбергена последнего тысячелетия». Геобиология . 12 (4): 277–288. Бибкод : 2014Gbio...12..277P . дои : 10.1111/gbi.12087 . ПМИД 24730667 . S2CID 205140049 .
^ Павловская, Иоанна; Зайончковский, Марек; Лонка, Магдалена; Лейзерович, Франк; Эслинг, Филипп; Павловский, Ян (2016). «Палеоокеанографические изменения в Хорнсунн-фьорде (Шпицберген, Шпицберген) за последнее тысячелетие: новые открытия на основе древней ДНК» . Климат прошлого . 12 (7): 1459–1472. Бибкод : 2016CliPa..12.1459P . дои : 10.5194/cp-12-1459-2016 . S2CID 43985949 .
^ Щуциньский, Витольд; Павловска, Джоанна; Лейзерович, Франк; Нисимура, Юичи; Кокоцинский, Николай; Маевский, Войцех; Накамура, Юго; Павловский, Ян (2016). «Древняя осадочная ДНК раскрывает отложения цунами прошлого» . Морская геология . 381 : 29–33. Бибкод : 2016МГеол.381...29С . дои : 10.1016/j.margeo.2016.08.006 .
^ Нанн, Джек (2020). «Наука для всех — отчет об исследовании, финансируемом государством (июнь 2018 г. – декабрь 2019 г.)» . Фиговая доля . дои : 10.26181/5eba630a64e08 .

Дальнейшие ссылки

Шалленберг, Лена; Вуд, Сьюзи А.; Почон, Ксавьер; Пирман, Джон К. (2020). «Что ДНК в окружающей среде может рассказать нам об экосистеме?» . Границы для молодых умов . 7 . дои : 10.3389/фрим.2019.00150 . S2CID 210714520 .

Внешние ссылки

[Thomsen2019-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Томсен, Филип Фрэнсис; Сигсгаард, Ева Э. (2019). «Метабаркодирование ДНК диких цветов окружающей среды выявляет разнообразные сообщества наземных членистоногих» . Экология и эволюция . 9 (4): 1665–1679. Бибкод : 2019EcoEv...9.1665T . дои : 10.1002/ece3.4809 . ПМК 6392377 . ПМИД 30847063 . S2CID 71143282 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .

[:8-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с Стюарт, Кэтрин А. (1 апреля 2019 г.). «Понимание влияния биотических и абиотических факторов на источники ДНК водной среды» . Биоразнообразие и сохранение . 28 (5): 983–1001. Бибкод : 2019BiCon..28..983S . дои : 10.1007/s10531-019-01709-8 . hdl : 11245.1/1caeb8dd-3d0b-493c-90dd-c180c9c8f21c . ISSN 1572-9710 . S2CID 61811470 .

[3] «Экологическая ДНК – как инструмент, используемый для обнаружения находящихся под угрозой исчезновения диких животных, помог в борьбе с пандемией COVID-19» . 21 апреля 2021 г.

[4] «Что такое эДНК?» . Фонд пресноводных сред обитания .

[5] Фанер, Николь (2016). «Крупномасштабный мониторинг растений с помощью метабаркодирования ДНК окружающей среды почвы: восстановление, разрешение и аннотация четырех маркеров ДНК» . ПЛОС ОДИН . 11 (6): 1–16. Бибкод : 2016PLoSO..1157505F . дои : 10.1371/journal.pone.0157505 . ISSN 1932-6203 . ПМЦ 4911152 . PMID 27310720 – через Справочник журналов открытого доступа.

[Ruppert2019-6] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж Руперт, Криста М.; Клайн, Ричард Дж.; Рахман, доктор Сайдур (2019). «Прошлые, настоящие и будущие перспективы метабаркодирования ДНК окружающей среды (EDNA): систематический обзор методов, мониторинга и применения глобальной eDNA» . Глобальная экология и охрана природы . 17 : e00547. дои : 10.1016/j.gecco.2019.e00547 . S2CID 133855497 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .

[Bohmann2014-7] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г Боманн, Кристина; Эванс, Элис; Гилберт, М. Томас П.; Карвальо, Гэри Р.; Крир, Саймон; Кнапп, Майкл; Ю, Дуглас В.; де Брюин, Марк (1 июня 2014 г.). «Экологическая ДНК для биологии дикой природы и мониторинга биоразнообразия». Тенденции в экологии и эволюции . 29 (6): 358–367. дои : 10.1016/j.tree.2014.04.003 . ISSN 1872-8383 . ПМИД 24821515 .

[8] Цюй, Чаньцзюань; Стюарт, Кэтрин А. (18 февраля 2019 г.). «Оценка вариантов мониторинга для сохранения: сравнение традиционных и экологических инструментов ДНК для млекопитающих, находящихся под угрозой исчезновения» . Наука о природе . 106 (3): 9. Бибкод : 2019SciNa.106....9Q . дои : 10.1007/s00114-019-1605-1 . hdl : 11245.1/d02ea724-b763-42b2-8f97-696ef88db996 . ISSN 1432-1904 . ПМИД 30778682 . S2CID 66881381 .

[Thomsen2015-9] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж Томсен, Филип Фрэнсис; Виллерслев, Эске (1 марта 2015 г.). «Экологическая ДНК – новый инструмент сохранения для мониторинга прошлого и настоящего биоразнообразия» . Биологическая консервация . Специальный выпуск: Экологическая ДНК: новый мощный инструмент биологического сохранения. 183 : 4–18. Бибкод : 2015BCons.183....4T . дои : 10.1016/j.biocon.2014.11.019 .

[:2-10] Перейти обратно: ^а ^б ^с Цудзи, Сацуки (2016). «Влияние pH воды и обработки протеиназой K на выход ДНК окружающей среды из проб воды». Лимнология . 18 : 1–7. дои : 10.1007/s10201-016-0483-x . ISSN 1439-8621 . S2CID 44793881 .

[NYT-20221207-11] Перейти обратно: ^а ^б Циммер, Карл (7 декабря 2022 г.). «Самая старая известная ДНК дает представление о некогда пышной Арктике. В вечной мерзлоте Гренландии ученые обнаружили генетический материал возрастом два миллиона лет от множества видов растений и животных, включая мастодонтов, гусей, леммингов и муравьев» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 7 декабря 2022 г.

[NAT-20221207-12] Перейти обратно: ^а ^б Кьер, Курт Х.; и др. (7 декабря 2022 г.). «Экосистема Гренландии возрастом 2 миллиона лет, обнаруженная ДНК окружающей среды» . Природа . 612 (7939): 283–291. Бибкод : 2022Natur.612..283K . дои : 10.1038/s41586-022-05453-y . ПМЦ 9729109 . ПМИД 36477129 . S2CID 254367944 .

[Species_detection_using_environment-13] Перейти обратно: ^а ^б Фичетола, Джентиле Франческо; Мио, Клод; Помпанон, Франсуа; Таберле, Пьер (2008). «Обнаружение видов с использованием ДНК окружающей среды из проб воды» . Письма по биологии . 4 (4): 423–425. дои : 10.1098/rsbl.2008.0118 . ПМК 2610135 . ПМИД 18400683 .

[Barnes2016-14] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Барнс, Мэтью А.; Тернер, Кэмерон Р. (2016). «Экология ДНК окружающей среды и значение для сохранения генетики» . Сохраняющая генетика . 17 (1): 1–17. Бибкод : 2016ConG...17....1B . дои : 10.1007/s10592-015-0775-4 . hdl : 2346/87600 . S2CID 14914544 .

[15] Дайнер, Кристи; Вальзер, Жан-Клод; Мехлер, Эльвира; Альтерматт, Флориан (2015). «Выбор методов улавливания и извлечения влияет на выявление пресноводного биоразнообразия по ДНК окружающей среды» . Биологическая консервация . 183 : 53–63. Бибкод : 2015BCons.183...53D . дои : 10.1016/j.biocon.2014.11.018 .

[Taberlet2012-16] Перейти обратно: ^а ^б Таберле, Пьер; Куассак, Эрик; Помпанон, Франсуа; Брохманн, Кристиан; Виллерслев, Эске (2012). «На пути к оценке биоразнообразия следующего поколения с использованием метабаркодирования ДНК». Молекулярная экология . 21 (8): 2045–2050. Бибкод : 2012MolEc..21.2045T . дои : 10.1111/j.1365-294X.2012.05470.x . ПМИД 22486824 . S2CID 41437334 .

[:9-17] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и Стюарт, Кэтрин; Ма, Хунцзюань; Чжэн, Цзиньсун; Чжао, Цзяньфу (2017). «Использование ДНК окружающей среды для оценки использования пространственно-временных резервов в масштабах всего населения» . Биология сохранения (на испанском языке). 31 (5): 1173–1182. Бибкод : 2017ConBi..31.1173S . дои : 10.1111/cobi.12910 . ISSN 1523-1739 . ПМИД 28221696 . S2CID 3781648 .

[Goldberg2016-18] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Голдберг, Карен С.; Тернер, Кэмерон Р.; Дайнер, Кристи; Климус, Кэти Э.; Томсен, Филип Фрэнсис; Мерфи, Мелани А.; Спир, Стивен Ф.; Макки, Анна; Ойлер-Макканс, Сара Дж.; Корнман, Роберт Скотт; Ларами, Мэтью Б.; Махон, Эндрю Р.; Лэнс, Ричард Ф.; Пиллиод, Дэвид С.; Стриклер, Кэтрин М.; Уэйтс, Лизетт П.; Фремье, Александр К.; Такахара, Терухико; Гердер, Джелгер Э.; Таберле, Пьер (2016). «Важные соображения по применению методов ДНК окружающей среды для обнаружения водных видов» . Методы экологии и эволюции . 7 (11): 1299–1307. Бибкод : 2016MEcEv...7.1299G . дои : 10.1111/2041-210X.12595 . hdl : 20.500.11850/502281 . S2CID 89432389 .

[Hering2018-19] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Геринг, Дэниел; Борха, Ангел; Джонс, Дж.Иван; Пон, Дидье; Боэтс, Питер; Буше, Агнес; Брюс, Кэт; Дракаре, Стина; Хэнфлинг, Бернд; Калерт, Мария; Лиз, Флориан; Мейснер, Кристиан; Мерген, Патрисия; Рейджол, Йорик; Сегурадо, Педро; Фоглер, Альфрид; Келли, Мартин (2018). «Варианты внедрения идентификации на основе ДНК в оценку экологического статуса в соответствии с Европейской водной рамочной директивой» . Исследования воды . 138 : 192–205. Бибкод : 2018WatRe.138..192H . дои : 10.1016/j.watres.2018.03.003 . ПМИД 29602086 . S2CID 5008250 .

[Deiner2017-20] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час Дайнер, Кристи; Бик, Холли М.; Мехлер, Эльвира; Сеймур, Мэтью; Лакурсьер-Руссель, Анаис; Альтерматт, Флориан; Крир, Саймон; Биста, Илиана; Лодж, Дэвид М.; Вере, Наташа; Пфрендер, Майкл Э.; Бернатчес, Луи (2017). «Метабаркодирование ДНК окружающей среды: изменение методов исследования сообществ животных и растений» . Молекулярная экология . 26 (21): 5872–5895. Бибкод : 2017MolEc..26.5872D . дои : 10.1111/mec.14350 . hdl : 20.500.11850/455284 . ПМИД 28921802 . S2CID 8001074 .

[:10-21] Перейти обратно: ^а ^б Ма, Хунцзюань; Стюарт, Кэтрин; Лохид, Стивен; Чжэн, Цзиньсун; Ван, Юйсян; Чжао, Цзяньфу (1 декабря 2016 г.). «Характеристика, оптимизация и проверка маркеров ДНК окружающей среды (эДНК) для обнаружения находящихся под угрозой исчезновения водных млекопитающих» . Ресурсы по сохранению генетики . 8 (4): 561–568. Бибкод : 2016КонГР...8..561М . дои : 10.1007/s12686-016-0597-9 . ISSN 1877-7260 . S2CID 1613649 .

[Coissac2013-22] Перейти обратно: ^а ^б ^с Куассак, Эрик; Риаз, Тиайба; Пуйландр, Николя (2012). «Биоинформатические задачи метабаркодирования ДНК растений и животных» . Молекулярная экология . 21 (8): 1834–1847. Бибкод : 2012MolEc..21.1834C . дои : 10.1111/j.1365-294X.2012.05550.x . ПМИД 22486822 . S2CID 24398174 .

[23] Эйхмиллер, Джессика Дж.; Бест, Сендреа Э.; Соренсен, Питер В. (2016). «Влияние температуры и трофического состояния на деградацию ДНК окружающей среды в воде озера». Экологические науки и технологии . 50 (4): 1859–1867. Бибкод : 2016EnST...50.1859E . doi : 10.1021/acs.est.5b05672 . ПМИД 26771292 .

[24] Кэрью, Мелисса Э.; Петтигроув, Винсент Дж.; Метцелинг, Леон; Хоффманн, Ари А. (2013). «Экологический мониторинг с использованием секвенирования нового поколения: быстрая идентификация видов-биоиндикаторов макробеспозвоночных» . Границы в зоологии . 10 (1): 45. дои : 10.1186/1742-9994-10-45 . ПМЦ 3750358 . ПМИД 23919569 .

[Creer2016-25] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Крир, Саймон; Дайнер, Кристи; Фрей, Серита ; Поразинска, Дорота; Таберле, Пьер; Томас, В. Келли; Поттер, Кейтлин; Бик, Холли М. (2016). «Полевое руководство эколога по последовательной идентификации биоразнообразия» . Методы экологии и эволюции . 7 (9): 1008–1018. Бибкод : 2016MEcEv...7.1008C . дои : 10.1111/2041-210X.12574 . hdl : 20.500.11850/125378 . S2CID 87512991 .

[26] «Внеклеточная собственная ДНК предупреждает растения об опасности» . www.newphytologies.org . Проверено 10 января 2022 г.

[27] Маццолени С., Бонаноми Г., Инчерти Г., Кьюзано М.Л., Термолино П., Минго А., Сенаторе М., Джаннино Ф., Картени Ф., Риткерк М., Ланцотти В. 2015a. Ингибирующее и токсическое действие внеклеточной собственной ДНК в подстилке: механизм негативных обратных связей растение-почва? Новый Фитолог 205: 1195–1210.

[28] Маццолени С, Картени Ф, Бонаноми Г, Сенаторе М, Термолино П, Джаннино Ф, Инчерти Г, Риткерк М, Ланцотти В, Кьюзано МЛ. 2015б. Тормозные эффекты внеклеточной ауто-ДНК: общебиологический процесс? Новый фитолог 206:127–132.

[29] Вересоглу, С.Д., Агилар-Тригерос, Калифорния, Мансур, И., Риллиг, MC 2015. Самостоятельная ДНК: скрытое благословение? Новый фитолог 207: 488–490.

[30] Дюран-Флорес, Д., Хайль, М. 2015. Ингибирование роста собственной ДНК: феномен и его многочисленные объяснения. Новый фитолог 207: 482–485.

[31] Патент WO 2014/020624 А9.

[:11-32] Перейти обратно: ^а ^б ^с Цюй, Чаньцзюань; Стюарт, Кэтрин А.; Клементе-Карвальо, Руте; Чжэн, Цзиньсун; Ван, Юйсян; Гонг, Ченг; Ма, Лимин; Чжао, Цзяньфу; Лохид, Стивен К. (7 октября 2020 г.). «Сравнение разнообразия рыбной добычи водных млекопитающих, находящихся под угрозой исчезновения, в заповеднике и в дикой природе с использованием метабаркодирования eDNA» . Научные отчеты . 10 (1): 16715. doi : 10.1038/s41598-020-73648-2 . ISSN 2045-2322 . ПМЦ 7542144 . ПМИД 33028872 .

[33] Банерджи, Притам; Стюарт, Кэтрин А.; Антоньяцца, Катерина М.; Бунхоли, Ингрид В.; Дайнер, Кристи; Барнс, Мэтью А.; Саха, Сантану; Вердье, Элоиза; Дои, Хидеюки; Майти, Джьоти Пракаш; Чан, Майкл Вайоминг; Чен, Чиен Йен (2022). «Взаимодействие растений и животных в эпоху ДНК окружающей среды (эДНК) — обзор» . Экологическая ДНК . 4 (5): 987–999. дои : 10.1002/edn3.308 . hdl : 11383/2137932 . S2CID 248977497 .

[34] Фичетола, Джентиле Франческо; Таберле, Пьер; Куассак, Эрик (2016). «Как ограничить ложные срабатывания ДНК окружающей среды и метабаркодирования?» . Ресурсы молекулярной экологии . 16 (3): 604–607. дои : 10.1111/1755-0998.12508 . ПМИД 27062589 . S2CID 785279 .

[35] Ю, Дуглас В.; Цзи, Иньцю; Эмерсон, Брент К.; Ван, Сяоян; Е, Чэнси; Ян, Чунянь; Дин, Чжаоли (2012). «Суп биоразнообразия: метабаркодирование членистоногих для быстрой оценки биоразнообразия и биомониторинга» . Методы экологии и эволюции . 3 (4): 613–623. Бибкод : 2012MEcEv...3..613Y . дои : 10.1111/j.2041-210X.2012.00198.x . hdl : 10261/193380 . S2CID 83095866 .

[36] Кристеску, Мелания Э. (2014). «От штрих-кодирования отдельных людей к метабаркодированию биологических сообществ: на пути к интегративному подходу к изучению глобального биоразнообразия». Тенденции в экологии и эволюции . 29 (10): 566–571. дои : 10.1016/j.tree.2014.08.001 . ПМИД 25175416 . S2CID 18352572 .

[37] Гибсон, Джоэл Ф.; Шокралла, Шади; Карри, Колин; Бэрд, Дональд Дж.; Монк, Венди А.; Кинг, Ян; Хаджибабаи, Мехрдад (2015). «Крупномасштабный биомониторинг удаленных и находящихся под угрозой исчезновения экосистем посредством высокопроизводительного секвенирования» . ПЛОС ОДИН . 10 (10): e0138432. Бибкод : 2015PLoSO..1038432G . дои : 10.1371/journal.pone.0138432 . ПМЦ 4619546 . ПМИД 26488407 .

[38] Чуа, Физилия Ю.С.; Бурла, Сара Дж.; Фергюсон, Кэмерон; Корлевич, Петра; Чжао, Лея; Экрем, Торбьёрн; Мейер, Рудольф; Лавничак, Мара К.Н. (10 марта 2023 г.). «Будущее мониторинга насекомых на основе ДНК». Тенденции в генетике . 39 (7): 531–544. дои : 10.1016/j.tig.2023.02.012 . ПМИД 36907721 . S2CID 257470926 .

[Lennon2018-39] Перейти обратно: ^а ^б Леннон, Джей Ти; Мускарелла, Мэн; Плацелла, ЮАР; Лемкуль, БК (2018). «Как, когда и где реликтовая ДНК влияет на микробное разнообразие» . мБио . 9 (3). дои : 10.1128/mBio.00637-18 . ПМК 6016248 . ПМИД 29921664 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .

[Tani_2010-40] Тани К., Насу М (2010). «Роль внеклеточной ДНК в бактериальных экосистемах». В: Кикучи Ю., Рыкова Е.Ю. (ред.). Внеклеточные нуклеиновые кислоты . Спрингер. стр. 25–38 . ISBN 978-3-642-12616-1 .

[Vlassov_2007-41] Власов В.В., Лактионов П.П., Рыкова Е.Ю. (июль 2007 г.). «Внеклеточные нуклеиновые кислоты». Биоэссе . 29 (7): 654–67. doi : 10.1002/bies.20604 . ПМИД 17563084 . S2CID 32463239 .

[pmid11591672-42] Финкель С.Е., Колтер Р. (ноябрь 2001 г.). «ДНК как питательное вещество: новая роль гомологов генов бактериальной компетентности» . Журнал бактериологии . 183 (21): 6288–93. дои : 10.1128/JB.183.21.6288-6293.2001 . ПМК 100116 . ПМИД 11591672 .

[Mulcahy_2008-43] Малкахи Х., Чаррон-Мазенод Л., Левенца С. (ноябрь 2008 г.). «Внеклеточная ДНК хелатирует катионы и индуцирует устойчивость к антибиотикам в биопленках Pseudomonas aeruginosa» . ПЛОС Патогены . 4 (11): e1000213. дои : 10.1371/journal.ppat.1000213 . ПМК 2581603 . ПМИД 19023416 .

[Berne_2010-44] Берн С., Кисела Д.Т., Брун Ю.В. (август 2010 г.). «Бактериальная внеклеточная ДНК ингибирует заселение подвижных клеток-потомков внутри биопленки» . Молекулярная микробиология . 77 (4): 815–29. дои : 10.1111/j.1365-2958.2010.07267.x . ПМЦ 2962764 . ПМИД 20598083 .

[Whitchurch_2002-45] Уитчерч CB, Толкер-Нильсен Т, Рагас ПК, Мэттик Дж.С. (февраль 2002 г.). «Внеклеточная ДНК, необходимая для образования бактериальной биопленки». Наука . 295 (5559): 1487. doi : 10.1126/science.295.5559.1487 . ПМИД 11859186 .

[Hu_2012-46] Ху В., Ли Л., Шарма С., Ван Дж., Макхарди И., Люкс Р., Ян З., Хе Х, Гимжевски Дж.К., Ли Ю., Ши В. (2012). «ДНК строит и укрепляет внеклеточный матрикс в биопленках Myxococcus xanthus путем взаимодействия с экзополисахаридами» . ПЛОС ОДИН . 7 (12): е51905. Бибкод : 2012PLoSO...751905H . дои : 10.1371/journal.pone.0051905 . ПМЦ 3530553 . ПМИД 23300576 .

[47] Фут А.Д., Томсен П.Ф., Свегаард С., Уолберг М., Килгаст Дж., Кин Л.А. и др. (2012). «Исследование потенциального использования ДНК окружающей среды (эДНК) для генетического мониторинга морских млекопитающих» . ПЛОС ОДИН . 7 (8): е41781. Бибкод : 2012PLoSO...741781F . дои : 10.1371/journal.pone.0041781 . ПМЦ 3430683 . ПМИД 22952587 .

[48] «Исследователи обнаруживают наземных животных по ДНК в близлежащих водоемах» .

[49] Нанн, Джек С.; Шафи, Томас (2022). «Стандартизированные данные об инициативах – STARDIT: Бета-версия» . Препринты OSF . 8 (1): 31. doi : 10.31219/osf.io/w5xj6 . ПМЦ 9294764 . ПМИД 35854364 . S2CID 242248848 .

[Armbrecht2020-50] Перейти обратно: ^а ^б Армбрехт, Линда (2020). «Потенциал осадочной древней ДНК для реконструкции прошлых океанских экосистем». Океанография . 33 (2). дои : 10.5670/oceanog.2020.211 . S2CID 221020884 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .

[:4-51] Перейти обратно: ^а ^б Басс, Дэвид (2015). «Разнообразные применения методов ДНК окружающей среды в паразитологии» . Тенденции в паразитологии . 31 (10): 499–513. дои : 10.1016/j.pt.2015.06.013 . hdl : 20.500.11850/105112 . ПМИД 26433253 .

[52] Виллерслев, Эске; Хансен, Андерс Дж.; Бинладен, Йонас; Брэнд, Тина Б.; Гилберт, М. Томас, член П.; Шапиро, Бет; Банс, Майкл; Виуф, Карстен; Гиличинский, Дэвид А. (2 мая 2003 г.). «Разнообразные генетические записи растений и животных из отложений голоцена и плейстоцена» . Наука . 300 (5620): 791–795. Бибкод : 2003Sci...300..791W . дои : 10.1126/science.1084114 . ISSN 0036-8075 . ПМИД 12702808 . S2CID 1222227 .

[53] Андерсен, Кеннет; Берд, Карен Лиз; Расмуссен, Мортен; Хейл, Джеймс; Бройнинг-Мадсен, Хенрик; Кьер, Курт Х.; Орландо, Людовик; Гилберт, М. Томас П.; Виллерслев, Эске (1 апреля 2012 г.). «Мета-штрихкодирование «грязной» ДНК из почвы отражает биоразнообразие позвоночных». Молекулярная экология . 21 (8): 1966–1979. Бибкод : 2012MolEc..21.1966A . дои : 10.1111/j.1365-294X.2011.05261.x . ISSN 1365-294X . ПМИД 21917035 . S2CID 43351435 .

[54] Нанн, Джек (2020). «Наука для всех — отчет об исследовании, финансируемом государством (июнь 2018 г. – декабрь 2019 г.)» . Фиговая доля . дои : 10.26181/5eba630a64e08 .

[55] Тернер, Кэмерон Р. (2014). «ДНК рыб из окружающей среды более сконцентрирована в водных отложениях, чем в поверхностных водах» . Биологическая консервация . 183 : 93–102. дои : 10.1016/j.biocon.2014.11.017 . ISSN 0006-3207 .

[56] Гонг; Вентилятор; Ли; Ли; Чжан; Громиг; Смит; Думманн; Бергер; Эйзен; Рассказывать; Бискаборн; Коглин; Вильгельмс; Брой; Лю; Ян; Ли; Лю; Талалай (2019). «Выбор керна из антарктических подледных отложений» . Журнал морской науки и техники . 7 (6): 194. doi : 10.3390/jmse7060194 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .

[:3-57] Перейти обратно: ^а ^б Шульц, Мартин (2015). «Моделирование чувствительности полевых исследований для обнаружения ДНК окружающей среды (эДНК)» . ПЛОС ОДИН . 10 (10): 1–16. Бибкод : 2015PLoSO..1041503S . дои : 10.1371/journal.pone.0141503 . ISSN 1932-6203 . ПМЦ 4624909 . ПМИД 26509674 .

[:7-58] Перейти обратно: ^а ^б Литтлфэр, Джоан Э.; Хренчук, Ли Э.; Бланчфилд, Пол Дж.; Ренни, Майкл Д.; Кристеску, Мелания Э. (26 апреля 2020 г.). «Термическая стратификация и температурные предпочтения рыб объясняют вертикальное распределение эДНК в озерах» . биоRxiv . 30 (13): 3083–3096. дои : 10.1101/2020.04.21.042820 . PMID 32888228 . S2CID 218466213 .

[59] «Как и почему озера расслаиваются и переворачиваются: мы объясняем науку» . Район экспериментальных озер МИУР . 16 мая 2018 года . Проверено 14 июля 2020 г.

[:5-60] Перейти обратно: ^а ^б Стокль, Бернхард (2016). «Экологическая ДНК как инструмент мониторинга находящихся под угрозой исчезновения пресноводных жемчужниц (Margaritifera margaritifera L.): замена классическим подходам к мониторингу?». Охрана водных ресурсов: морские и пресноводные экосистемы . 26 (6): 1120–1129. Бибкод : 2016ACMFE..26.1120S . дои : 10.1002/aqc.2611 .

[:6-61] Перейти обратно: ^а ^б Соуза, Лесли (2016). «На вероятность обнаружения ДНК окружающей среды (эДНК) влияет сезонная активность организмов» . ПЛОС ОДИН . 11 (10): 1–15. Бибкод : 2016PLoSO..1165273D . дои : 10.1371/journal.pone.0165273 . ISSN 1932-6203 . ПМК 5077074 . ПМИД 27776150 .

[62] Саэко, Мацухаси (2016). «Оценка метода ДНК окружающей среды для оценки распределения и биомассы подводных водных растений» . ПЛОС ОДИН . 11 (6): 1–14. Бибкод : 2016PLoSO..1156217M . дои : 10.1371/journal.pone.0156217 . ISSN 1932-6203 . ПМК 4909283 . ПМИД 27304876 .

[63] Тедерсоо, Вчера; Бахрам, Мохаммед; Пыльме, Сергей; Кылялг, Урмас; Йору, Нуру С.; Виджесундер, Рави; Руис, Луис Вильярреал; Васко-Палас, Аида М.; Четверг, Фам Куанг (28 ноября 2014 г.). «Глобальное разнообразие и география почвенных грибов» (PDF) . Наука 346 6213):1256688.doi : ( 10.1126/science.1256688 . hdl : 10447/102930 . ISSN 0036-8075 . ПМИД 25430773 . S2CID 206559506 .

[64] Детеридж, Эндрю Пол; Комон, Дэвид; Каллаган, Тони Мартин; Бассел, Дженнифер; Брэнд, Грэм; Гвинн-Джонс, Дилан; Скаллион, Джон; Гриффит, Гарет Вин (июнь 2018 г.). «Растительность и эдафические факторы влияют на быстрое формирование отдельных грибковых сообществ на бывших участках добычи угля» . Грибная экология . 33 : 92–103. дои : 10.1016/j.funeco.2018.02.002 . ISSN 1754-5048 .

[65] Джонс, Рис Алед; Брофи, Питер М.; Дэвис, Челси Н.; Дэвис, Тери Э.; Эмберсон, Холли; Рис Стивенс, Полин; Уильямс, Хефин Вин (8 июня 2018 г.). «Обнаружение ДНК Galba truncatula, Fasciola hepatica и Calicophoron daubneyi в источниках воды на пастбищах — будущий инструмент борьбы с трематодами?» . Паразиты и переносчики . 11 (1): 342. doi : 10.1186/s13071-018-2928-z . ISSN 1756-3305 . ПМК 5994096 . ПМИД 29884202 .

[:1-66] Перейти обратно: ^а ^б ^с Бергман, Пол С.; Шумер, Грегг; Бланкеншип, Скотт; Кэмпбелл, Элизабет (2016). «Обнаружение взрослых зеленых осетров с использованием анализа ДНК окружающей среды» . ПЛОС ОДИН . 11 (4): 1–8. Бибкод : 2016PLoSO..1153500B . дои : 10.1371/journal.pone.0153500 . ISSN 1932-6203 . ПМЦ 4838217 . ПМИД 27096433 .

[67] «Руководство по ДНК окружающей среды (эДНК) биомов» . Биомема .

[68] Ван, Синькунь (2016). Анализ данных секвенирования нового поколения . Бока-Ратон: CRC Press. ISBN 9781482217889 . OCLC 940961529 .

[69] Сеймур, Мэтью; Дюранс, Изабель; Косби, Бернард Дж.; Рэнсом-Джонс, Эмма; Дайнер, Кристи; Ормерод, Стив Дж.; Колбурн, Джон К.; Уилгар, Грегори; Карвалью, Гэри Р. (22 января 2018 г.). «Кислотность способствует деградации многовидовой ДНК окружающей среды в лотичных мезокосмах» . Коммуникационная биология . 1 (1): 4. дои : 10.1038/s42003-017-0005-3 . ISSN 2399-3642 . ПМК 6123786 . ПМИД 30271891 .

[70] Коллинз, Руперт А.; Вангенстин, Оуэн С.; О'Горман, Эоин Дж.; Мариани, Стефано; Симс, Дэвид В.; Геннер, Мартин Дж. (5 ноября 2018 г.). «Сохранение ДНК окружающей среды в морских системах» . Коммуникационная биология . 1 (1): 185. дои : 10.1038/s42003-018-0192-6 . ISSN 2399-3642 . ПМК 6218555 . ПМИД 30417122 .

[71] «Платформа TripleLock™ — прецизионный биомониторинг» . Услуги экологической ДНК . Проверено 12 февраля 2019 г.

[72] Хантер, Маргарет Э.; Дорацио, Роберт М.; Баттерфилд, Джон СС; Мейгс-Френд, Гея; Нико, Лео Г.; Ферранте, Джейсон А. (20 ноября 2016 г.). «Пределы обнаружения количественных и цифровых ПЦР-анализов и их влияние на исследования присутствия-отсутствия ДНК окружающей среды» . Ресурсы молекулярной экологии . 17 (2): 221–229. дои : 10.1111/1755-0998.12619 . ISSN 1755-098X . PMID 27768244 .

[73] Уильямс, Молли-Энн; О'Грэйди, Джойс; Болл, Бернард; Карлссон, Йенс; Эйто, Эльвира де; Макгиннити, Филип; Дженнингс, Элеонора; Риган, Фиона; Парл-Макдермотт, Энн (2019). «Применение CRISPR-Cas для идентификации отдельных видов по ДНК окружающей среды» . Ресурсы молекулярной экологии . 19 (5): 1106–1114. дои : 10.1111/1755-0998.13045 . hdl : 10468/8053 . ISSN 1755-0998 . ПМИД 31177615 . S2CID 182949780 .

[74] Возможности в области наук об океане . Вашингтон, округ Колумбия: Издательство национальных академий. 1 января 1998 г. doi : 10.17226/9500 . ISBN 9780309582926 .

[75] Коллен, Бен; (зоолог) Моника Бём; Кемп, Рэйчел; Бэйли, Джонатан (2012). Бесхребетные: состояние и тенденции развития беспозвоночных в мире . ISBN 9780900881701 .

[76] Дирзо, Р.; Янг, HS; Галетти, М.; Себальос, Г.; Исаак, NJB; Коллен, Б. (2014). «Дефаунация в антропоцене» (PDF ) Наука 345 (6195): 401–406. Бибкод : 2014Sci...345..401D . дои : 10.1126/science.1251817 . ПМИД 25061202 . S2CID 206555761 .

[77] Европейская красная книга пчел . Офис публикаций. 2014. ISBN 9789279445125 .

[78] Суэй, Крис ван (2010). Европейский Красный список бабочек . МСОП (Международный союз охраны природы). ISBN 9789279141515 .

[79] Сторк, Найджел Э. (2018). «Сколько видов насекомых и других наземных членистоногих существует на Земле?» . Ежегодный обзор энтомологии . 63 : 31–45. doi : 10.1146/annurev-ento-020117-043348 . ПМИД 28938083 . S2CID 23755007 .

[80] Хабель, Ян Кристиан; Денглер, Юрген; Янишова, Моника; Тёрёк, Питер; Веллштейн, Камилла; Визик, Михал (2013). «Европейские луговые экосистемы: горячие точки биоразнообразия, находящиеся под угрозой исчезновения» . Биоразнообразие и сохранение . 22 (10): 2131–2138. Бибкод : 2013BiCon..22.2131H . дои : 10.1007/s10531-013-0537-x . S2CID 15901140 .

[81] Йорн, Энтони; Законы, Анджела Н. (2013). «Экологические механизмы, лежащие в основе видового разнообразия членистоногих на лугах». Ежегодный обзор энтомологии . 58 : 19–36. doi : 10.1146/annurev-ento-120811-153540 . ПМИД 22830354 .

[82] Силва, Жоау Педро (2008). ЖИЗНЬ и луга Европы: восстановление забытой среды обитания . Управление официальных публикаций Европы. Сообщества. ISBN 9789279101595 .

[83] Бисмейер, Дж. К.; Робертс, СП; Ример, М.; Олемюллер, Р.; Эдвардс, М.; Питерс, Т.; Шафферс, AP; Поттс, СГ; Клейкерс, Р.; Томас, CD; Сеттеле, Дж.; Кунин, МЫ (2006). «Параллельное сокращение количества опылителей и насекомоопыляемых растений в Великобритании и Нидерландах». Наука . 313 (5785): 351–354. Бибкод : 2006Sci...313..351B . дои : 10.1126/science.1127863 . ПМИД 16857940 . S2CID 16273738 .

[84] Гулсон, Д.; Николлс, Э.; Ботиас, К.; Ротерей, Эл. (2015). «Сокращение численности пчел вызвано комбинированным стрессом, вызванным паразитами, пестицидами и отсутствием цветов» . Наука . 347 (6229). дои : 10.1126/science.1255957 . ПМИД 25721506 . S2CID 206558985 .

[85] Поттс, Саймон Г.; Бисмейер, Якобус К.; Кремен, Клэр; Нойманн, Питер; Швайгер, Оливер; Кунин, Уильям Э. (2010). «Глобальное сокращение численности опылителей: тенденции, последствия и движущие силы». Тенденции в экологии и эволюции . 25 (6): 345–353. дои : 10.1016/j.tree.2010.01.007 . ПМИД 20188434 .

[86] Европейское агентство по окружающей среде (2013). Индикатор европейских луговых бабочек: 1990–2011 гг . Офис публикаций. дои : 10.2800/89760 . ISBN 9789292134020 .

[87] Оллертон, Джефф; Уинфри, Рэйчел; Таррант, Сэм (2011). «Сколько цветковых растений опыляются животными?». Ойкос . 120 (3): 321–326. Бибкод : 2011Ойкос.120..321О . дои : 10.1111/j.1600-0706.2010.18644.x .

[88] Прайс, Питер В.; Денно, Роберт Ф.; Юбэнкс, Микки Д.; Финке, Дебора Л.; Каплан, Ян (2011). Экология насекомых . дои : 10.1017/CBO9780511975387 . ISBN 9780511975387 .

[89] Хопкинс, GW; Фреклтон, Р.П. (2002). «Снижение числа любителей и профессиональных систематиков: последствия для сохранения». Охрана животных . 5 (3): 245–249. Бибкод : 2002AnCon...5..245H . дои : 10.1017/S1367943002002299 . S2CID 86182871 .

[90] Сангстер, Джордж; Луксенбург, Иоланда А. (2015). «Снижение количества описываемых видов на одного систематика: замедление прогресса или побочный эффект повышения качества систематики?» . Систематическая биология . 64 (1): 144–151. дои : 10.1093/sysbio/syu069 . ПМИД 25190593 .

[91] Уиллер, QD; Рэйвен, штат Пенсильвания; Уилсон, Э.О. (2004). «Таксономия: препятствие или целесообразность?» . Наука . 303 (5656): 285. doi : 10.1126/science.303.5656.285 . hdl : 1808/295 . ПМИД 14726557 . S2CID 27481787 .

[92] Буш, Алекс; Зольманн, Рахель; Уилтинг, Андреас; Боманн, Кристина; Коул, Бет; Бальцтер, Хайко; Мартиус, Кристофер; Злински, Андраш; Кальвиньяк-Спенсер, Себастьен; Кобболд, Кристина А.; Доусон, Теренс П.; Эмерсон, Брент К.; Ферье, Саймон; Гилберт, М. Томас П.; Герольд, Мартин; Джонс, Лоуренс; Лендерц, Фабиан Х.; Мэтьюз, Луиза; Миллингтон, Джеймс Д.А.; Олсон, Джон Р.; Оваскайнен, Отсо; Рафаэлли, Дэйв; Рив, Ричард; Рёдель, Марк-Оливер; Роджерс, Торри В.; Снейп, Стюарт; Виссерен-Хамакерс, Ингрид; Фоглер, Альфрид П.; Уайт, Пиран CL; и др. (2017). «Соединение наблюдений Земли с высокопроизводительными данными о биоразнообразии» (PDF) . Экология и эволюция природы . 1 (7): 176. Бибкод : 2017NatEE...1..176B . дои : 10.1038/s41559-017-0176 . ПМИД 28812589 . S2CID 205564094 .

[93] Аррибас, Паула; Андухар, Кармело; Хопкинс, Кевин; Шепард, Мэтью; Фоглер, Альфрид П. (2016). «Метабаркодирование и митохондриальная метагеномика эндогейских членистоногих для раскрытия мезофауны почвы» . Методы экологии и эволюции . 7 (9): 1071–1081. Бибкод : 2016MEcEv...7.1071A . дои : 10.1111/2041-210X.12557 . hdl : 10044/1/49935 . S2CID 51899316 .

[94] Эльбрехт, Васко; Таберле, Пьер; Дежан, Тони; Валентини, Алиса; Уссельо-Полатера, Филипп; Бейзель, Жан-Николя; Куассак, Эрик; Бойер, Фредерик; Лиз, Флориан (2016). «Тестирование потенциала рибосомального маркера 16S для метабаркодирования ДНК насекомых» . ПерДж . 4 : 1966 год. дои : 10.7717/peerj.1966 . ПМЦ 4841222 . ПМИД 27114891 .

[95] Хаджибабаи, Мехрдад; Шокралла, Шади; Чжоу, Синь; Певец, Грегори AC; Бэрд, Дональд Дж. (2011). «Экологическое штрих-кодирование: подход к секвенированию нового поколения для приложений биомониторинга с использованием речного бентоса» . ПЛОС ОДИН . 6 (4): e17497. Бибкод : 2011PLoSO...617497H . дои : 10.1371/journal.pone.0017497 . ПМК 3076369 . ПМИД 21533287 .

[96] Сюй, Чарльз Сай; Йен, Айви Дж.; Боуман, Дин; Тернер, Кэмерон Р. (2015). «ДНК паутины: новый взгляд на неинвазивную генетику хищников и жертв» . ПЛОС ОДИН . 10 (11): e0142503. Бибкод : 2015PLoSO..1042503X . дои : 10.1371/journal.pone.0142503 . ПМЦ 4659541 . ПМИД 26606730 . S2CID 5331545 .

[97] Дерокл, Стефан AP; Эванс, Даррен М.; Николс, Пол С.; Эванс, С. Эйфионн; Лант, Дэвид Х. (2015). «Определение взаимодействия растений, минеров и паразитоидов: подход к штрих-кодированию ДНК» . ПЛОС ОДИН . 10 (2): e0117872. Бибкод : 2015PLoSO..1017872D . дои : 10.1371/journal.pone.0117872 . ПМЦ 4339730 . ПМИД 25710377 .

[98] Блейк, Макс; Маккеун, Найл Дж.; Бушелл, Марк LT; Шоу, Пол В. (2016). «Извлечение ДНК из паутины» . Ресурсы по сохранению генетики . 8 (3): 219–221. Бибкод : 2016ConGR...8..219B . дои : 10.1007/s12686-016-0537-8 . hdl : 2160/43510 . S2CID 15122457 .

[99] Биттлстон, Леонора С.; Бейкер, Кристофер CM; Строминджер, Лила Б.; Прингл, Энн; Пирс, Наоми Э. (2016). «Метабаркодирование как инструмент исследования разнообразия членистоногих растений Nepenthespitcher ». Австралийская экология . 41 (2): 120–132. Бибкод : 2016AusEc..41..120B . дои : 10.1111/aec.12271 .

[100] Гамонал Гомес, Нерея; Соренсен, Дидде Хедегор; Чуа, Физилия Ин Ши; Сигсгаард, Лен (6 декабря 2022 г.). «Оценка разнообразия членистоногих, посещающих цветы, в яблоневых садах посредством метабаркодирования окружающей <scp>ДНК</scp> цветов и визуальной переписи» . Экологическая ДНК . дои : 10.1002/edn3.362 . ISSN 2637-4943 . S2CID 254391183 .

[Environmental_DNA-101] Перейти обратно: ^а ^б Таберле, Пьер; Куассак, Эрик; Хаджибабаи, Мехрдад; Ризеберг, Лорен Х. (2012). «Экологическая ДНК». Молекулярная экология . 21 (8): 1789–1793. Бибкод : 2012MolEc..21.1789T . дои : 10.1111/j.1365-294X.2012.05542.x . ПМИД 22486819 . S2CID 3961830 .

[102] Томсен, Филип Фрэнсис; Килгаст, JOS; Иверсен, Ларс Л.; Виуф, Карстен; Расмуссен, Мортен; Гилберт, М. Томас П.; Орландо, Людовик; Виллерслев, Эске (2012). «Мониторинг находящегося под угрозой исчезновения пресноводного биоразнообразия с использованием ДНК окружающей среды». Молекулярная экология . 21 (11): 2565–2573. Бибкод : 2012MolEc..21.2565T . дои : 10.1111/j.1365-294X.2011.05418.x . ПМИД 22151771 .

[103] Зингер, Люси; Таберле, Пьер; Шиманн, Хайди; Бонен, Орели; Бойер, Фредерик; Де Барба, Марта; Гоше, Филипп; Джелли, Людовик; Жиге-Ковекс, Шарлин; Ирибар, Амайя; Режу-Мешен, Максим; Райе, Жиль; Риу, Дельфин; Шиллинг, Винсент; Таймен, Блез; Вирс, Жером; Зуитен, Кирилл; Тюллер, Вильфрид; Куассак, Эрик; Шав, Жером (2019). «Размер тела определяет состав почвенного сообщества в тропическом лесу». Молекулярная экология . 28 (3): 528–543. Бибкод : 2019MolEc..28..528Z . дои : 10.1111/mec.14919 . ПМИД 30375061 . S2CID 53114166 .

[104] Хурадо-Ривера, Хосе А.; Фоглер, Альфрид П.; Рид, Крис AM; Петитпьер, Эдуард; Гомес-Зурита, Хесус (2009). «Штрих-кодирование ДНК ассоциации насекомых и растений-хозяев» . Труды Королевского общества B: Биологические науки . 276 (1657): 639–648. дои : 10.1098/rspb.2008.1264 . ПМК 2660938 . ПМИД 19004756 .

[105] Паула, Дебора П.; Линард, Бенджамин; Крэмптон-Платт, Алекс; Шриватсан, Амрита; Тиммерманс, Мартин Дж.Т.Н.; Суджи, Эдисон Р.; Пирес, Кармен СС; Соуза, Лукас М.; Андоу, Дэвид А.; Фоглер, Альфрид П. (2016). «Выявление трофических взаимодействий у членистоногих-хищников посредством секвенирования ДНК содержимого кишечника» . ПЛОС ОДИН . 11 (9): e0161841. Бибкод : 2016PLoSO..1161841P . дои : 10.1371/journal.pone.0161841 . ПМК 5021305 . ПМИД 27622637 .

[106] Боманн, Кристина; Монадджем, Ара; Лемкуль Ноер, Кристина; Расмуссен, Мортен; Зил, Мэтт РК; Клэр, Элизабет; Джонс, Гарет; Виллерслев, Эске; Гилберт, М. Томас П. (2011). «Анализ молекулярной диеты двух африканских летучих мышей со свободным хвостом (Molossidae) с использованием высокопроизводительного секвенирования» . ПЛОС ОДИН . 6 (6): e21441. Бибкод : 2011PLoSO...621441B . дои : 10.1371/journal.pone.0021441 . ПМК 3120876 . ПМИД 21731749 .

[107] Вестеринен, Ээро Дж.; Лилли, Томас; Лайне, Вероника Н.; Уолберг, Никлас (2013). «Секвенирование фекальной ДНК нового поколения раскрывает разнообразие рациона широко распространенной насекомоядной летучей мыши-хищника Добентона (Myotis daubentonii) на юго-западе Финляндии» . ПЛОС ОДИН . 8 (11): е82168. Бибкод : 2013PLoSO...882168V . дои : 10.1371/journal.pone.0082168 . ПМЦ 3842304 . ПМИД 24312405 .

[108] Белл, Карен Л.; Фаулер, Джули; Берджесс, Кевин С.; Доббс, Эмили К.; Грюневальд, Дэвид; Лоули, Брайс; Морозуми, Коннор; Брози, Берри Дж. (2017). «Применение метабаркодирования ДНК пыльцы для изучения взаимодействий растений и опылителей» . Приложения в науках о растениях . 5 (6). дои : 10.3732/apps.1600124 . ПМК 5499302 . ПМИД 28690929 . S2CID 6590244 .

[109] Порнон, Андре; Эскаравадж, Натали; Буррус, Моник; Холота, Хелен; Химун, Орели; Мариетт, Джером; Пелиццари, Шарлин; Ирибар, Амайя; Этьен, Розелин; Таберле, Пьер; Видаль, Мари; Винтертон, Питер; Зингер, Люси; Андало, Кристоф (2016). «Использование метабаркодирования для выявления и количественной оценки взаимодействия растений и опылителей» . Научные отчеты . 6 : 27282. Бибкод : 2016NatSR...627282P . дои : 10.1038/srep27282 . ПМЦ 4891682 . ПМИД 27255732 .

[110] Таберле, Пьер (2018). Экологическая ДНК: для исследования и мониторинга биоразнообразия . Оксфорд. ISBN 9780198767220 . {{cite book}}: CS1 maint: отсутствует местоположение издателя ( ссылка )

[111] «Арно Лиет из WWF об измерении популяций диких животных» . Всемирный фонд дикой природы . Проверено 26 ноября 2018 г.

[112] «ЭДНК – больше не только для биологов-рыболовов» . сайт дикой природы . 8 декабря 2017 года . Проверено 26 ноября 2018 г.

[113] Рот, Энни (19 ноября 2018 г.). «Как ДНК из снега помогает ученым выслеживать неуловимых животных» . Нэшнл Географик . Архивировано из оригинала 19 ноября 2018 года . Проверено 26 ноября 2018 г.

[Franklin2019-114] Франклин, Томас В.; Маккелви, Кевин С.; Голдинг, Джесси Д.; Мейсон, Дэниел Х.; Дист, Джозеф К.; Пилигрим, Кристина Л.; Сквайрс, Джон Р.; Обри, Кейт Б.; Лонг, Роберт А.; Гривз, Сэмюэл Э.; Рэйли, Кэтрин М.; Джексон, Скотт; Маккей, Паула; Лиссабон, Джошуа; Саудер, Джоэл Д.; Прусс, Майкл Т.; Хеффингтон, Дон; Шварц, Майкл К. (2019). «Использование методов ДНК окружающей среды для улучшения зимних исследований редких хищников: ДНК из снега и улучшенные неинвазивные методы» . Биологическая консервация . 229 : 50–58. Бибкод : 2019BCons.229...50F . дои : 10.1016/j.biocon.2018.11.006 . S2CID 91312879 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .

[115] Линггаард, Кристина; Бертельсен, Мэдс Фрост; Дженсен, Каспер В.; Джонсон, Мэтью С.; Фрёслев, Тобиас Гульдберг; Олсен, Мортен Танге; Боманн, Кристина (6 января 2022 г.). «ДНК окружающей среды по воздуху для мониторинга сообществ наземных позвоночных» . Современная биология . 32 (3): 701–707.e5. Бибкод : 2022CBio...32E.701L . дои : 10.1016/j.cub.2021.12.014 . ПМЦ 8837273 . ПМИД 34995490 . S2CID 245772800 .

[116] Клэр, Элизабет Л.; Эконому, Хлоя К.; Беннетт, Фрэнсис Дж.; Дайер, Кейтлин Э.; Адамс, Кэтрин; МакРоби, Бенджамин; Дринкуотер, Рози; Литтлфэр, Джоан Э. (январь 2022 г.). «Измерение биоразнообразия по ДНК в воздухе» . Современная биология . 32 (3): 693–700.e5. Бибкод : 2022CBio...32E.693C . дои : 10.1016/j.cub.2021.11.064 . ПМИД 34995488 . S2CID 245772825 .

[117] Клэр, Элизабет Л.; Эконому, Хлоя К.; Фолкс, Крис Г.; Гилберт, Джеймс Д.; Беннетт, Фрэнсис; Дринкуотер, Рози; Литтлфэр, Джоан Э. (2021). «EDNAir: подтверждение концепции того, что ДНК животных можно собирать из проб воздуха» . ПерДж . 9 : e11030. дои : 10.7717/peerj.11030 . ПМК 8019316 . ПМИД 33850648 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .

[118] Теперь исследователи могут собирать и секвенировать ДНК из эфира Live Science , 6 апреля 2021 г.

[:0-119] Метрис, Кимберли Л.; Метрис, Жереми (14 апреля 2023 г.). «Авиационные исследования электронной ДНК в воздухе: исследование биоразнообразия в небе» . ПерДж . 11 : e15171. дои : 10.7717/peerj.15171 . ISSN 2167-8359 . ПМЦ 10108859 . ПМИД 37077310 .

[Frank-120] Кеннет Т. Франк; Брайан Петри; Джэ С. Чой; Уильям К. Леггетт (2005). «Трофические каскады в экосистеме, где раньше доминировала треска». Наука . 308 (5728): 1621–1623. Бибкод : 2005Sci...308.1621F . дои : 10.1126/science.1113075 . ПМИД 15947186 . S2CID 45088691 .

[121] Уолтерс, Карл; Магуайр, Жан-Жак (1996). «Уроки оценки запасов северной трески». Обзоры по биологии рыб и рыболовству . 6 (2). дои : 10.1007/BF00182340 . S2CID 20224324 .

[122] ИКЕС (2018). «Запрос НЕАФК об обновлении рекомендаций по треске (Gadus morhua) на участке 5.b.1 (Фарерское плато)» (PDF) . дои : 10.17895/ices.pub.4651 . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )

[123] Хессен, Хенк Дж.Л.; Даан, Нильс; Эллис, Джим Р. (сентябрь 2015 г.). Рыбный атлас Кельтского, Северного и Балтийского морей: на основе исследований международных исследовательских судов . Брилл. ISBN 9789086868780 .

[124] Пушедду, А.; Бьянчелли, С.; Мартин, Дж.; Пуиг, П.; Паланкес, А.; Маск, П.; Дановаро, Р. (2014). «Хроническое и интенсивное донное траление ухудшает глубоководное биоразнообразие и функционирование экосистем» . Труды Национальной академии наук . 111 (24): 8861–8866. Бибкод : 2014PNAS..111.8861P . дои : 10.1073/pnas.1405454111 . ПМК 4066481 . ПМИД 24843122 .

[125] Аррегин-Санчес, Франциско (1996). «Уловистость: ключевой параметр оценки рыбных запасов». Обзоры по биологии рыб и рыболовству . 6 (2). дои : 10.1007/BF00182344 . S2CID 9589700 .

[Salter2019-126] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Солтер, Ян; Йоэнсен, Муриц; Кристиансен, Регин; Штейнгрунд, Петур; Вестергор, Пол (2019). «Концентрация ДНК в окружающей среде коррелирует с региональной биомассой атлантической трески в океанических водах» . Коммуникационная биология . 2 : 461. doi : 10.1038/s42003-019-0696-8 . ПМК 6904555 . ПМИД 31840106 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .

[127] Голдберг, Карен С.; Пиллиод, Дэвид С.; Аркл, Роберт С.; Уэйтс, Лизетт П. (2011). «Молекулярное обнаружение позвоночных в речной воде: демонстрация с использованием хвостатых лягушек Скалистых гор и гигантских саламандр Айдахо» . ПЛОС ОДИН . 6 (7): e22746. Бибкод : 2011PLoSO...622746G . дои : 10.1371/journal.pone.0022746 . ПМК 3144250 . ПМИД 21818382 .

[128] Валентини, Алиса; Таберле, Пьер; Мио, Клод; Сиваде, Рафаэль; Гердер, Джелгер; Томсен, Филип Фрэнсис; Бельмен, Ева; Беснар, Орельен; Куассак, Эрик; Бойер, Фредерик; Габорио, Колин; Жан, Полина; Пуле, Николя; Розет, Николас; Копп, Гордон Х.; Женье, Филипп; Пон, Дидье; Аржилье, Кристина; Бодуэн, Жан-Марк; Перу, Тифан; Кривелли, Ален Дж.; Оливье, Энтони; Акберж, Манон; Ле Брун, Матье; Моллер, Питер Р.; Виллерслев, Эске; Дежан, Тони (2016). «Мониторинг водного биоразнообразия нового поколения с использованием метабаркодирования ДНК окружающей среды» (PDF) . Молекулярная экология . 25 (4): 929–942. Бибкод : 2016MolEc..25..929В . дои : 10.1111/mec.13428 . ПМИД 26479867 . S2CID 2801412 .

[129] Гудвин, Келли Д.; Томпсон, Люк Р.; Дуарте, Бернардо; Кальке, Тим; Томпсон, Эндрю Р.; Маркиш, Жоау К.; Касадор, Изабель (2017). «Секвенирование ДНК как инструмент мониторинга экологического состояния моря» . Границы морской науки . 4 . дои : 10.3389/fmars.2017.00107 . hdl : 10453/125704 . S2CID 27034312 .

[130] Стокл, Марк Ю.; Соболева, Любовь; Чарлоп-Пауэрс, Закари (2017). «ДНК водной среды определяет сезонное изобилие рыб и предпочтения среды обитания в городском устье» . ПЛОС ОДИН . 12 (4): e0175186. Бибкод : 2017PLoSO..1275186S . дои : 10.1371/journal.pone.0175186 . ПМК 5389620 . ПМИД 28403183 .

[131] Томсен, Филип Фрэнсис; Килгаст, Джос; Иверсен, Ларс Лёнсманн; Моллер, Питер Раск; Расмуссен, Мортен; Виллерслев, Эске (2012). «Обнаружение разнообразной морской рыбной фауны с использованием ДНК окружающей среды из образцов морской воды» . ПЛОС ОДИН . 7 (8): е41732. Бибкод : 2012PLoSO...741732T . дои : 10.1371/journal.pone.0041732 . ПМЦ 3430657 . ПМИД 22952584 .

[Thomsen2016-132] Перейти обратно: ^а ^б Томсен, Филип Фрэнсис; Моллер, Питер Раск; Сигсгаард, Ева Эгелинг; Кнудсен, Стин Вильгельм; Йоргенсен, Оле Анкьер; Виллерслев, Эске (2016). «Экологическая ДНК из образцов морской воды коррелирует с траловым выловом субарктических глубоководных рыб» . ПЛОС ОДИН . 11 (11): e0165252. Бибкод : 2016PLoSO..1165252T . дои : 10.1371/journal.pone.0165252 . ПМЦ 5112899 . ПМИД 27851757 .

[Sigsgaard2017-133] Перейти обратно: ^а ^б Сигсгаард, Ева Эгелинг; Нильсен, Ида Броман; Карл, Хенрик; Крэг, Маркус Андерс; Кнудсен, Стин Вильгельм; Син, Инчунь; Хольм-Хансен, Торе Хейл; Моллер, Питер Раск; Томсен, Филип Фрэнсис (2017). «Экологическая ДНК морской воды отражает сезонность прибрежного рыбного сообщества». Морская биология . 164 (6): 128. Бибкод : 2017МарБи.164..128С . дои : 10.1007/s00227-017-3147-4 . S2CID 89773962 .

[134] Такахара, Терухико; Яманака, Хироки; Кавабата, Зен'Ичиро (2012 . . PLOS . ) ONE Bibcode : 2012PLoSO .. .735868T.doi doi: 10.1371 . PMC 3338542 . journal.pone.0035868 /

[135] Дои, Хидеюки; Учии, Кимико; Такахара, Терухико; Мацухаси, Саэко; Яманака, Хироки; Минамото, Тосифуми (2015). «Использование капельной цифровой ПЦР для оценки численности и биомассы рыбы в исследованиях ДНК окружающей среды» . ПЛОС ОДИН . 10 (3): e0122763. Бибкод : 2015PLoSO..1022763D . дои : 10.1371/journal.pone.0122763 . ПМК 4370432 . ПМИД 25799582 .

[136] Лакурсьер-Руссель, Анаис; Розабаль, Майкель; Бернатчес, Луи (2016). «Оценка численности и биомассы рыбы по концентрации эДНК: изменчивость методов отлова и условий окружающей среды». Ресурсы молекулярной экологии . 16 (6): 1401–1414. дои : 10.1111/1755-0998.12522 . ПМИД 26946353 . S2CID 4507565 .

[137] Маруяма, Ацуши; Накамура, Кейсуке; Яманака, Хироки; Кондо, Мичио; Минамото, Тосифуми (2014). «Скорость выделения ДНК из окружающей среды из молоди и взрослой рыбы» . ПЛОС ОДИН . 9 (12): e114639. Бибкод : 2014PLoSO...9k4639M . дои : 10.1371/journal.pone.0114639 . ПМЦ 4257714 . ПМИД 25479160 .

[138] Климус, Кэти Э.; Рихтер, Кэтрин А.; Чепмен, Дуэйн К.; Паукерт, Крейг (2015). «Количественная оценка скорости выделения эДНК от инвазивного пестрого карпа Hypophthalmichthys nobilis и толстолобика Hypophthalmichthys molitrix». Биологическая консервация . 183 : 77–84. Бибкод : 2015BCons.183...77K . дои : 10.1016/j.biocon.2014.11.020 .

[139] Ли, Цзяньлун; Лоусон Хэндли, Лори Дж.; Харпер, Линси Р.; Брис, Рейн; Уотсон, Хейли В.; Ди Мури, Кристина; Чжан, Сян; Хэнфлинг, Бернд (2019). «Ограниченная дисперсия и быстрая деградация ДНК окружающей среды в рыбных прудах, выявленная с помощью метабаркодирования» . Экологическая ДНК . 1 (3): 238–250. дои : 10.1002/edn3.24 . S2CID 198403033 .

[140] Солтер, Ян (2018). «Сезонная изменчивость стойкости растворенной ДНК окружающей среды (EDNA) в морской системе: роль ограничения микробных питательных веществ» . ПЛОС ОДИН . 13 (2): e0192409. Бибкод : 2018PLoSO..1392409S . дои : 10.1371/journal.pone.0192409 . ПМК 5825020 . ПМИД 29474423 .

[141] Бакстон, Эндрю С.; Грумбридж, Джим Дж.; Гриффитс, Ричард А. (2018). «Сезонные изменения в обнаружении ДНК окружающей среды в пробах отложений и воды» . ПЛОС ОДИН . 13 (1): e0191737. Бибкод : 2018PLoSO..1391737B . дои : 10.1371/journal.pone.0191737 . ПМЦ 5774844 . ПМИД 29352294 .

[142] Коллинз, Руперт А.; Вангенстин, Оуэн С.; о'Горман, Эоин Дж.; Мариани, Стефано; Симс, Дэвид В.; Геннер, Мартин Дж. (2018). «Сохранение ДНК окружающей среды в морских системах» . Коммуникационная биология . 1 : 185. дои : 10.1038/s42003-018-0192-6 . ПМК 6218555 . ПМИД 30417122 .

[Modeling_Environmental_DNA_Transpor-143] Перейти обратно: ^а ^б Андрушкевич, Элизабет А.; Косефф, Джеффри Р.; Фрингер, Оливер Б.; Уэллетт, Николас Т.; Лоу, Анна Б.; Эдвардс, Кристофер А.; Бём, Александрия Б. (2019). «Моделирование транспорта ДНК окружающей среды в прибрежном океане с использованием отслеживания лагранжевых частиц» . Границы морской науки . 6 . дои : 10.3389/fmars.2019.00477 . S2CID 199447701 .

[144] Эйхмиллер, Джессика Дж.; Баер, Пшемыслав Г.; Соренсен, Питер В. (2014). «Взаимосвязь между распространением обыкновенного карпа и их экологической ДНК в небольшом озере» . ПЛОС ОДИН . 9 (11): е112611. Бибкод : 2014PLoSO...9k2611E . дои : 10.1371/journal.pone.0112611 . ПМК 4226586 . ПМИД 25383965 .

[145] Гарган, Лаура М.; Морато, Тельмо; Фам, Кристофер К.; Финарелли, Джон А.; Карлссон, Жанетт Э.Л.; Карлссон, Йенс (2017). «Разработка чувствительного метода обнаружения для исследования пелагического биоразнообразия с использованием электронной ДНК и количественной ПЦР: тематическое исследование дьявольского ската на подводных горах» . Морская биология . 164 (5): 112. Бибкод : 2017МарБи.164..112Г . дои : 10.1007/s00227-017-3141-x . S2CID 91149351 .

[146] Ямамото, Кэндзи, Кейичи; Савада, Хидеки; Цудзи, Хироки; Хориучи, Томоя; Юта, Аяка, Михо; Сюнсуке, Кейта В.; Араки, Яманака, Хироки; Мияшита, Кадзуси; Кондо, Мичио (2016) . «Распространение рыбы: пример японской ставриды в заливе Майдзуру Японского моря» . PLOS ONE .11 / : e0149786 Bibcode : 2016PLoSO..1149786Y . doi : journal.pone.0149786 . PMC 4775019. . PMID 26933889 10.1371 . ( 3 )

[Knudsen2019-147] Перейти обратно: ^а ^б Кнудсен, Стин Вильгельм; Эберт, Расмус Бах; Хессельсё, Мартин; Кунтке, Франциска; Хассингбо, Якоб; Мортенсен, Питер Бондгаард; Томсен, Филип Фрэнсис; Сигсгаард, Ева Эгелинг; Хансен, Брайан Клитгаард; Нильсен, Эйнар Эг; Моллер, Питер Раск (2019). «Видоспецифическое обнаружение и количественная оценка ДНК окружающей среды морских рыб Балтийского моря». Журнал экспериментальной морской биологии и экологии . 510 : 31–45. дои : 10.1016/j.jembe.2018.09.004 . S2CID 92601423 .

[Corinaldesi2018-148] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Коринальдези, К.; Тангерлини, М.; Манеа, Э.; Делл'Анно, А. (2018). «Внеклеточная ДНК как генетический регистратор микробного разнообразия в донных глубоководных экосистемах» . Научные отчеты . 8 (1): 1839. Бибкод : 2018НатСР...8.1839С . дои : 10.1038/s41598-018-20302-7 . ПМЦ 5789842 . ПМИД 29382896 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .

[DellAnno2005-149] Перейти обратно: ^а ^б Делл'Анно, А.; Дановаро, Р. (2005). «Внеклеточная ДНК играет ключевую роль в функционировании глубоководной экосистемы». Наука . 309 (5744): 2179. doi : 10.1126/science.1117475 . ПМИД 16195451 . S2CID 39216262 .

[150] Коринальдези, Чинция; Делл'Анно, Антонио; Дановаро, Роберто (2007). «Вирусная инфекция играет ключевую роль в динамике внеклеточной ДНК в морских бескислородных системах» . Лимнология и океанография . 52 (2): 508–516. Бибкод : 2007LimOc..52..508C . дои : 10.4319/lo.2007.52.2.0508 . S2CID 85601366 .

[151] Делл'Анно, Антонио; Коринальдези, Чинция; Дановаро, Роберто (2015). «Разложение вируса вносит важный вклад в функционирование донной глубоководной экосистемы» . Труды Национальной академии наук . 112 (16): Е2014–Е2019. Бибкод : 2015PNAS..112E2014D . дои : 10.1073/pnas.1422234112 . ПМЦ 4413343 . ПМИД 25848024 .

[152] Нильсен, Кааре М.; Джонсен, Пол Дж.; Бенсассон, Доуда; Даффонкио, Даниэле (2007). «Высвобождение и сохранение внеклеточной ДНК в окружающей среде» . Исследования экологической биобезопасности . 6 (1–2): 37–53. дои : 10.1051/ebr:2007031 . ПМИД 17961479 .

[153] Кулен, Марко Дж.Л.; Оверманн, Йорг (1998). «Анализ субфоссильных молекулярных остатков пурпурных серных бактерий в осадке озера» . Прикладная и экологическая микробиология . 64 (11): 4513–4521. Бибкод : 1998ApEnM..64.4513C . дои : 10.1128/АЕМ.64.11.4513-4521.1998 . ПМЦ 106678 . ПМИД 9797316 .

[154] Кулен, М.; Мейзер, Жерар; Рийпстра, В. Ирен К.; Схоутен, Стефан; Волкман, Джон К.; Синнингхе Дамсте, Яап С. (2004). «Комбинированный анализ ДНК и липидов отложений выявляет изменения в голоценовых популяциях гаптофитов и диатомей в антарктическом озере». Письма о Земле и планетологии . 223 (1–2): 225–239. Бибкод : 2004E&PSL.223..225C . дои : 10.1016/j.epsl.2004.04.014 .

[Coolen2013-155] Перейти обратно: ^а ^б Кулен, MJL; Орси, штат Вирджиния; Балкема, К.; Айва, К.; Харрис, К.; Сильва, СП; Филипова-Маринова М.; Гиосан, Л. (2013). «Эволюция палеома планктона Черного моря от дегляциала до антропоцена» . Труды Национальной академии наук . 110 (21): 8609–8614. Бибкод : 2013PNAS..110.8609C . дои : 10.1073/pnas.1219283110 . ПМЦ 3666672 . ПМИД 23650351 .

[Corinaldesi2014-156] Перейти обратно: ^а ^б Коринальдези, К.; Тангерлини, М.; Луна, генеральный менеджер; Делл'Анно, А. (2014). «Внеклеточная ДНК может сохранять генетические признаки настоящих и прошлых вирусных инфекций в глубоких гиперсоленых бескислородных бассейнах» . Труды Королевского общества B: Биологические науки . 281 (1780). дои : 10.1098/rspb.2013.3299 . ПМК 4027399 . ПМИД 24523277 . S2CID 1214760 .

[Corinaldesi2010-157] Перейти обратно: ^а ^б Боре, Арьян К.; Рийпстра, В. Ирен К.; Де Ланге, Герт Дж.; Малинверно, Элиза; Синнингхе Дамсте, Яап С.; Кулен, Марко Дж.Л. (2011). «Изучение сохранившихся сигнатур ДНК ископаемых динофлагеллят и гаптофитов, чтобы сделать вывод об экологических и экологических изменениях во время отложения сапропеля S1 в восточном Средиземноморье» (PDF) . Палеоокеанография . 26 (2): н/д. Бибкод : 2011PalOc..26.2204B . дои : 10.1029/2010PA001948 . S2CID 53599204 .

[158] Кулен, MJL; Ципионка, Х.; Сасс, AM; Сасс, Х.; Оверманн, Дж. (2002). «Текущая модификация сапропелей средиземноморского плейстоцена при посредничестве прокариотов». Наука . 296 (5577): 2407–2410. Бибкод : 2002Sci...296.2407C . дои : 10.1126/science.1071893 . ПМИД 12089447 . S2CID 33722848 .

[159] Кулен, Марко Дж.Л.; Оверманн, Йорг (2007). «Последовательности ДНК зеленых серных бактерий возрастом 217 000 лет в средиземноморских сапропелях и их значение для реконструкции палеосреды». Экологическая микробиология . 9 (1): 238–249. дои : 10.1111/j.1462-2920.2006.01134.x . HDL : 1912/1506 . ПМИД 17227428 .

[160] Кулен, Марко Дж.Л.; Волкман, Джон К.; Аббас, Бен; Мейзер, Жерар; Схоутен, Стефан; Синнингхе Дамсте, Яап С. (2007). «Идентификация источников органического вещества в сульфидных отложениях антарктических фьордов позднеголоцена на основе анализа последовательностей ископаемых рДНК» . Палеоокеанография . 22 (2): PA2211. Бибкод : 2007PalOc..22.2211C . дои : 10.1029/2006PA001309 . hdl : 1912/3447 .

[161] Кулен, Марко Дж.Л.; Саенс, Джеймс П.; Гиосан, Ливиу; Троубридж, Нэн Ю.; Димитров, Петко; Димитров, Димитар; Эглинтон, Тимоти И. (2009). «Молекулярно-стратиграфические записи ДНК и липидов сукцессии гаптофитов в Черном море в голоцене». Письма о Земле и планетологии . 284 (3–4): 610–621. Бибкод : 2009E&PSL.284..610C . дои : 10.1016/j.epsl.2009.05.029 .

[162] Делл'Анно, Антонио; Коринальдези, Чинция; Ставракакис, Спирос; Ликусис, Василис; Дановаро, Роберто (2005). «Пелагически-бентосное соединение и диагенез нуклеиновых кислот в глубоководной континентальной окраине и системе открытого склона Восточного Средиземноморья» . Прикладная и экологическая микробиология . 71 (10): 6070–6076. Бибкод : 2005ApEnM..71.6070D . дои : 10.1128/АЕМ.71.10.6070-6076.2005 . ПМЦ 1265925 . ПМИД 16204523 .

[163] Левин, Лиза А.; Лю, Кон-Ки; Эмейс, Кей-Кристиан; Брейтбург, Дениз Л.; Клерн, Джеймс; Дойч, Кертис; Джани, Микеле; Гоффарт, Энн; Хофманн, Эйлин Э.; Лачкар, Зухайр; Лимбург, Карин; Лю, Су-Мэй; Монтес, Энрике; Накви, Ваджих; Рагено, Оливье; Рабуй, Кристоф; Саркар, Сантош Кумар; Суони, Деннис П.; Вассман, Пол; Вишнер, Карен Ф. (2015). «Сравнительное взаимодействие биогеохимии, экосистем и человека на динамических окраинах континентов» . Журнал морских систем . 141 : 3–17. Бибкод : 2015JMS...141....3L . дои : 10.1016/j.jmarsys.2014.04.016 . S2CID 7139186 .

[164] Йоргенсен, Бо Баркер; Боэций, Антье (2007). «Пир и голод — микробная жизнь на глубоководном дне». Обзоры природы Микробиология . 5 (10): 770–781. дои : 10.1038/nrmicro1745 . ПМИД 17828281 . S2CID 22970703 .

[165] Оркатт, Б.Н.; Сильван, Дж.Б.; Кнаб, Нью-Джерси; Эдвардс, К.Дж. (2011). «Микробная экология Темного океана над, на и под морским дном» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 75 (2): 361–422. дои : 10.1128/MMBR.00039-10 . ПМК 3122624 . ПМИД 21646433 .

[166] Коринальдези, Чинция (2015). «Новые перспективы в донной глубоководной микробной экологии» . Границы морской науки . 2 . дои : 10.3389/fmars.2015.00017 . S2CID 2350681 .

[167] Зингер, Люси; Амарал-Зеттлер, Линда А.; Фурман, Джед А.; Хорнер-Девайн, М. Клэр; Хьюз, Сьюзен М.; Уэлч, Дэвид Б. Марк; Мартини, Дженнифер Б.Х.; Согин, Митчелл; Боэций, Антье; Раметт, Альбан (2011). «Глобальные закономерности бактериального бета-разнообразия в экосистемах морского дна и морской воды» . ПЛОС ОДИН . 6 (9): e24570. Бибкод : 2011PLoSO...624570Z . дои : 10.1371/journal.pone.0024570 . ПМК 3169623 . ПМИД 21931760 .

[168] Бьенхольд, Кристина; Боэций, Антье; Раметт, Альбан (2012). «Взаимосвязь энергии и разнообразия сложных бактериальных сообществ в глубоководных арктических отложениях» . Журнал ISME . 6 (4): 724–732. Бибкод : 2012ISMEJ...6..724B . дои : 10.1038/ismej.2011.140 . ПМК 3309351 . ПМИД 22071347 .

[169] Зингер, Л.; Боэций, А.; Раметт, А. (2014). «Взаимосвязь бактериальных таксонов и площади и расстояния и распада в морской среде» . Молекулярная экология . 23 (4): 954–964. Бибкод : 2014MolEc..23..954Z . дои : 10.1111/mec.12640 . ПМК 4230465 . ПМИД 24460915 .

[170] Драммонд, Алексей Дж.; Ньюкомб, Ричард Д.; Бакли, Томас Р.; Се, Донг; Дофейд, Эндрю; Поттер, Бенджамин CM; Хелед, Джозеф; Росс, Ховард А.; Туман, Лия; Гроссер, Стефани; Парк, Дакчул; Деметрас, Николас Дж.; Стивенс, Марк И.; Рассел, Джеймс С.; Андерсон, Сандра Х.; Картер, Анна; Нельсон, Никола (2015). «Оценка подхода к мультигенной ДНК окружающей среды для оценки биоразнообразия» . ГигаСайенс . 4 : 46. дои : 10.1186/s13742-015-0086-1 . ПМК 4595072 . ПМИД 26445670 . S2CID 28846124 .

[171] Коринальдези, К.; Беолчини, Ф.; Делл'Анно, А. (2008). «Скорость повреждения и деградации внеклеточной ДНК в морских отложениях: значение для сохранения последовательностей генов». Молекулярная экология . 17 (17): 3939–3951. Бибкод : 2008MolEc..17.3939C . дои : 10.1111/j.1365-294X.2008.03880.x . ПМИД 18643876 . S2CID 22062643 .

[172] Педерсен, Миккель Винтер; Овербалле-Петерсен, Сёрен; Эрмини, Лука; Саркисян, Клио Дер; Хейл, Джеймс; Хеллстром, Микаэла; Спенс, Йохан; Томсен, Филип Фрэнсис; Боманн, Кристина; Каппеллини, Энрико; Шнелл, Ида Берхольм; Уэльс, Натан А.; Карё, Кристиан; Кампос, Паула Ф.; Шмидт, Астрид МЗ; Гилберт, М. Томас П.; Хансен, Андерс Дж.; Орландо, Людовик; Виллерслев, Эске (2015). «Древняя и современная ДНК окружающей среды» . Философские труды Королевского общества B: Биологические науки . 370 (1660). дои : 10.1098/rstb.2013.0383 . ПМЦ 4275890 . ПМИД 25487334 .

[173] Пардуччи, Лаура; Беннетт, Кейт Д.; Фичетола, Джентиле Франческо; Алсос, Ингер Греве; Суяма, Ёсихиса; Вуд, Джейми Р.; Педерсен, Миккель Винтер (2017). «ДНК древних растений в озерных отложениях» . Новый фитолог . 214 (3): 924–942. дои : 10.1111/nph.14470 . hdl : 10023/13063 . ПМИД 28370025 .

[174] Армбрехт, Линда Х.; Кулен, Марко Дж.Л.; Лейзерович, Франк; Джордж, Саймон С.; Неганди, Карита; Сузуки, Йохей; Янг, Дженнифер; Фостер, Николь Р.; Арманд, Линн К.; Купер, Алан; Островский, Мартин; Фокарди, Амаранта; Стат, Майкл; Моро, Джон В.; Вейрих, Лаура С. (2019). «Древняя ДНК из морских отложений: меры предосторожности и соображения при отборе керна морского дна, обработке проб и генерации данных». Обзоры наук о Земле . 196 : 102887. Бибкод : 2019ESRv..19602887A . doi : 10.1016/j.earscirev.2019.102887 . hdl : 10453/134221 . S2CID 198406152 .

[175] Де Варгас, К.; и др. (2015). «Разнообразие эукариотического планктона в освещенном солнцем океане» . Наука . 348 (6237). дои : 10.1126/science.1261605 . hdl : 10261/117736 . ПМИД 25999516 . S2CID 12853481 .

[176] Иверсен, МХ; Плауг, Х. (2010). «Балластные минералы и опускающийся поток углерода в океане: скорость дыхания углерода и скорость погружения агрегатов морского снега» . Биогеонауки . 7 (9): 2613–2624. Бибкод : 2010BGeo....7.2613I . дои : 10.5194/bg-7-2613-2010 .

[177] Такахаси, Кодзо; Будь, Аллан WH (1984). «Планктонные фораминиферы: факторы, контролирующие скорость погружения». Глубоководные исследования. Часть A. Статьи океанографических исследований . 31 (12): 1477–1500. Бибкод : 1984DSRA...31.1477T . дои : 10.1016/0198-0149(84)90083-9 .

[DeSchepper2019-178] Перейти обратно: ^а ^б Создатель, Штейн; Рэй, Джессика Л.; Скаар, Катрин Санднес; Садацки, Хенрик; Иджаз, Умер З.; Штейн, Рюдигер; Ларсен, Ауд (2019). «Потенциал древней осадочной ДНК для реконструкции прошлой эволюции морского льда» . Журнал ISME . 13 (10): 2566–2577. Бибкод : 2019ISMEJ..13.2566D . дои : 10.1038/s41396-019-0457-1 . ПМК 6776040 . ПМИД 31235841 .

[Barrenechea2020-179] Перейти обратно: ^а ^б ^с Барренечеа Анхелес, Инес; Лейзерович, Франк; Кордье, Тристан; Шеплиц, Жанен; Кучера, Михал; Аристеги, Даниэль; Павловский, Ян; Морар, Рафаэль (2020). «Подпись эДНК планктонных фораминифер, отложенная на морском дне, остается сохранившейся после захоронения в морских отложениях» . Научные отчеты . 10 (1): 20351. doi : 10.1038/s41598-020-77179-8 . ПМЦ 7684305 . ПМИД 33230106 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .

[Briggs2018-180] Перейти обратно: ^а ^б Бриггс, Лиза (2020). «Исследование древней ДНК в морской и подводной археологии: ловушки, перспективы и будущие направления» . Открытый четвертичный период . 6 . дои : 10.5334/ок.71 . S2CID 213677121 .

[Morard2017-181] Перейти обратно: ^а ^б Морар, Рафаэль; Лейзерович, Франк; Дорогая, Кейт Ф.; Лекрок-Бенне, Беатрис; Винтер Педерсен, Миккель; Орландо, Людовик; Павловский, Ян; Мулица, Стефан; Де Варгас, Колумбан; Кучера, Михал (2017). «ДНК окружающей среды, полученная из планктонных фораминифер, извлеченная из глубинных отложений, сохраняет закономерности макроэкологии планктона» . Биогеонауки . 14 (11): 2741–2754. Бибкод : 2017BGeo...14.2741M . дои : 10.5194/bg-14-2741-2017 . hdl : 10023/11053 . S2CID 55213856 .

[Corinaldesi2011-182] Перейти обратно: ^а ^б Коринальдези, К.; Беолчини, Ф.; Делл'Анно, А. (2008). «Скорость повреждения и деградации внеклеточной ДНК в морских отложениях: значение для сохранения последовательностей генов». Молекулярная экология . 17 (17): 3939–3951. Бибкод : 2008MolEc..17.3939C . дои : 10.1111/j.1365-294X.2008.03880.x . ПМИД 18643876 . S2CID 22062643 .

[Corinaldesi2007-183] Перейти обратно: ^а ^б Коринальдези, Чинция; Делл'Анно, Антонио; Дановаро, Роберто (2007). «Ранний диагенез и трофическая роль внеклеточной ДНК в различных донных экосистемах». Лимнология и океанография . 52 (4): 1710–1717. Бибкод : 2007LimOc..52.1710C . дои : 10.4319/lo.2007.52.4.1710 . S2CID 53631156 .

[Corinaldesi2010b-184] Перейти обратно: ^а ^б Коринальдези, К.; Барука, М.; Луна, генеральный менеджер; Делл'Анно, А. (2011). «Сохранение, происхождение и генетический отпечаток внеклеточной ДНК в постоянно бескислородных глубоководных отложениях». Молекулярная экология . 20 (3): 642–654. Бибкод : 2011MolEc..20..642C . дои : 10.1111/j.1365-294X.2010.04958.x . ПМИД 21155913 . S2CID 22920579 .

[185] Гийу, Лора; и др. (2012). «Справочная база данных протистских рибосом (PR2): каталог последовательностей рРНК малых субъединиц одноклеточных эукариот с тщательно подобранной таксономией» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D597–D604. дои : 10.1093/нар/gks1160 . ПМК 3531120 . ПМИД 23193267 .

[186] Шибель, Ральф; Хемлебен, Кристоф (17 февраля 2017 г.). Планктонные фораминиферы современного океана . Спрингер. ISBN 978-3-662-50297-6 .

[187] Морар, Рафаэль; Дорогая, Кейт Ф.; Маэ, Фредерик; Аудик, Стефан; Уджие, Юрика; Вайнер, Агнес К.М.; Андре, Аврора; Сирс, Хайди А.; Уэйд, Кристофер М.; Кийлевере, Фредерик; Дуади, Кристоф Дж.; Эскаргюэль, Жиль; Де Гаридель-Торон, Тибо; Сикча, Майкл; Кучера, Михал; Де Варгас, Колумбан (2015). «PFR2: Кураторская база данных рибосомальной ДНК 18S планктонных фораминифер как ресурс для изучения экологии, биогеографии и эволюции планктона» (PDF) . Ресурсы молекулярной экологии . 15 (6): 1472–1485. дои : 10.1111/1755-0998.12410 . ПМИД 25828689 . S2CID 39066123 .

[188] Морар, Рафаэль; Воллмар, Неле М.; Греко, Маттиа; Кучера, Михал (2019). «Неустановленное разнообразие планктонных фораминифер, полученное в результате секвенирования окружающей среды, выявлено как известные, но игнорируемые виды» . ПЛОС ОДИН . 14 (3): e0213936. Бибкод : 2019PLoSO..1413936M . дои : 10.1371/journal.pone.0213936 . ПМК 6428320 . ПМИД 30897140 .

[189] Резерфорд, Скотт; д'Ондт, Стивен; Прелл, Уоррен (1999). «Экологический контроль географического распространения разнообразия зоопланктона». Природа . 400 (6746): 749–753. Бибкод : 1999Natur.400..749R . дои : 10.1038/23449 . S2CID 4418045 .

[190] Сикча, Майкл; Кучера, Михал (2017). «ForCenS, тщательно подобранная база данных подсчета планктонных фораминифер в образцах морских поверхностных отложений» . Научные данные . 4 : 170109. Бибкод : 2017NatSD...470109S . дои : 10.1038/sdata.2017.109 . ПМК 5566098 . ПМИД 28829434 .

[191] Лейзерович, Франк; Эслинг, Филипп; Маевский, Войцех; Щуциньский, Витольд; Десель, Йохан; Обадия, Кирилл; Арбису, Педро Мартинес; Павловский, Ян (2013). «Древняя ДНК дополняет записи микрофоссилий в глубоководных подземных отложениях» . Письма по биологии . 9 (4). дои : 10.1098/rsbl.2013.0283 . ПМЦ 3730641 . ПМИД 23658006 .

[192] Павловска Ю.; Лейзерович, Ф.; Эслинг, П.; Щуциньский, В.; Зайончковский, М.; Павловский, Дж. (2014). «Древняя ДНК проливает новый свет на летопись окаменелостей фораминифер Шпицбергена последнего тысячелетия». Геобиология . 12 (4): 277–288. Бибкод : 2014Gbio...12..277P . дои : 10.1111/gbi.12087 . ПМИД 24730667 . S2CID 205140049 .

[193] Павловская, Иоанна; Зайончковский, Марек; Лонка, Магдалена; Лейзерович, Франк; Эслинг, Филипп; Павловский, Ян (2016). «Палеоокеанографические изменения в Хорнсунн-фьорде (Шпицберген, Шпицберген) за последнее тысячелетие: новые открытия на основе древней ДНК» . Климат прошлого . 12 (7): 1459–1472. Бибкод : 2016CliPa..12.1459P . дои : 10.5194/cp-12-1459-2016 . S2CID 43985949 .

[194] Щуциньский, Витольд; Павловска, Джоанна; Лейзерович, Франк; Нисимура, Юичи; Кокоцинский, Николай; Маевский, Войцех; Накамура, Юго; Павловский, Ян (2016). «Древняя осадочная ДНК раскрывает отложения цунами прошлого» . Морская геология . 381 : 29–33. Бибкод : 2016МГеол.381...29С . дои : 10.1016/j.margeo.2016.08.006 .

[195] Нанн, Джек (2020). «Наука для всех — отчет об исследовании, финансируемом государством (июнь 2018 г. – декабрь 2019 г.)» . Фиговая доля . дои : 10.26181/5eba630a64e08 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]

[ 27 ]

[ 28 ]

[ 29 ]

[ 30 ]

[ 31 ]

[ 32 ]

[ 33 ]

[ 34 ]

[ 35 ]

[ 36 ]

[ 37 ]

[ 38 ]

[ 39 ]

[ 40 ]

[ 41 ]

[ 42 ]

[ 43 ]

[ 44 ]

[ 45 ]

[ 46 ]

[ 47 ]

[ 48 ]

[ 49 ]

[ 50 ]

[ 51 ]

[ 52 ]

[ 53 ]

[ 54 ]

[ 55 ]

[ 56 ]

[ 57 ]

[ 58 ]

[ 59 ]

[ 60 ]

[ 61 ]

[ 62 ]

[ 63 ]

[ 64 ]

[ 65 ]

[ 66 ]

[ 67 ]

[ 68 ]

[ 69 ]

[ 70 ]

[ 71 ]

[ 72 ]

[ 73 ]

[ 74 ]

[ 75 ]

[ 76 ]

[ 77 ]

[ 78 ]

[ 79 ]

[ 80 ]

[ 81 ]

[ 82 ]

[ 83 ]

[ 84 ]

[ 85 ]

[ 86 ]

[ 87 ]

[ 88 ]

[ 89 ]

[ 90 ]

[ 91 ]

[ 92 ]

[ 93 ]

[ 94 ]

[ 95 ]

[ 96 ]

[ 97 ]

[ 98 ]

[ 99 ]

[ 100 ]