✖


Jump to content

Атлас генома рака

(Перенаправлено из Атласа генома рака )

Атлас генома рака ( TCGA ) – это проект по каталогизации геномных изменений, ответственных за рак, с использованием секвенирования генома и биоинформатики . [ 1 ] [ 2 ] Главной целью было применить методы высокопроизводительного анализа генома, чтобы улучшить возможности диагностики, лечения и предотвращения рака за счет лучшего понимания генетической основы заболевания.

TCGA контролировался Национального института рака и Центром геномики рака Национальным научно-исследовательским институтом генома человека, финансируемым правительством США. Трехлетний пилотный проект, начатый в 2006 году, был сосредоточен на характеристике трех типов рака человека: мультиформной глиобластомы , плоскоклеточного рака легких и серозной аденокарциномы яичников . [ 3 ] В 2009 году он расширился до фазы II, в ходе которой к 2014 году планировалось завершить геномную характеристику и анализ последовательностей 20–25 различных типов опухолей. В конечном итоге TCGA превзошла эту цель, охарактеризовав 33 типа рака, включая 10 редких видов рака. [ 4 ] [ 5 ]

Первоначально целью проекта было собрать и охарактеризовать 500 образцов пациентов, что больше, чем в большинстве геномных исследований того времени, и использовалось множество различных молекулярных методов. Методы включали профилирование экспрессии генов , вариаций числа копий профилирование , генотипирование SNP , полногеномное метилирования ДНК профилирование , профилирование микроРНК и экзонов секвенирование . Из-за ограничений зарождающихся технологий и затрат в начале проекта было реализовано множество технологий на основе массивов и ограниченное целевое секвенирование генов. Во время II TCGA смогла начать выполнять секвенирование всего экзома и всего транскриптома во всех случаях, а также полногеномное секвенирование в 10% случаев, использованных в проекте.

Цели

[ редактировать ]

Целью пилотного проекта TCGA было создание инфраструктуры для сбора, молекулярной характеристики и анализа 500 видов рака и соответствующих контрольных групп. Работа потребовала обширного сотрудничества между командой ученых из различных учреждений и оценки множества развивающихся высокопроизводительных технологий. TCGA хотела не только генерировать высококачественные и биологически значимые геномные данные, но и сделать эти данные бесплатными для сообщества исследователей рака. [ 6 ]

На пилотном этапе были исследованы три типа опухолей: мультиформная глиобластома (ГБМ), серозная аденокарцинома яичников высокой степени злокачественности и плоскоклеточный рак легких. После успеха пилотного этапа TCGA расширила свои усилия по описанию дополнительных типов рака и предоставлению богатого и большого набора геномных данных для дальнейших открытий в области исследований рака. [ нужна ссылка ]

Управление

[ редактировать ]

TCGA совместно управлялась учеными и менеджерами Национального института рака (NCI) и Национального института исследования генома человека (NHGRI). С расширением TCGA от пилотного этапа до этапа II в октябре 2009 года NCI создал Программный офис TCGA для помощи в управлении проектом. Доктор Жан-Клод Зенклюзен является директором офиса с августа 2013 года. [ нужна ссылка ]

Офис программы TCGA отвечал за работу шести центров характеристики генома, семи центров анализа генома, основного ресурса биообразцов, центра координации данных и примерно одну треть секвенирования, выполненного для проекта тремя центрами секвенирования генома. [ 7 ] Кроме того, проектный офис TCGA отвечал за координацию сбора тканей для TCGA. Доктор Кэролин Хаттер, руководитель проекта NHGRI, руководила двумя третями секвенирования в Центрах секвенирования генома.

Члены групп NCI и NHGRI, а также главные исследователи, финансируемые проектом, вошли в состав Руководящего комитета. Руководящему комитету было поручено контролировать научную обоснованность проекта, в то время как административная команда NCI/NHGRI следила за тем, чтобы научный прогресс и цели проекта были достигнуты, проект был завершен вовремя и в рамках бюджета, а различные компоненты проекта работали вместе.

Нарастание тканей

[ редактировать ]

Требования к тканям варьировались от типа ткани к типу ткани и от типа рака к типу рака. Эксперты по болезням из рабочих групп проекта по заболеваниям помогли определить характеристики типичных образцов тканей, полученных в качестве «стандарта лечения» в Соединенных Штатах, и то, как TCGA может лучше всего использовать эти ткани. Например, Рабочая группа по заболеваниям головного мозга определила, что образцы, содержащие более 50% некроза , не подходят для TCGA и что в жизнеспособной части опухоли необходимо 80% ядер опухоли. TCGA следовала некоторым общим рекомендациям в качестве отправной точки для сбора образцов из любого типа опухоли, включая размер минимум 200 мг , не менее 80% ядер опухоли и соответствующий источник ДНК зародышевой линии (например, кровь или очищенная ДНК ). [ 8 ] Кроме того, учреждения, отправляющие ткани в TCGA, должны были включать минимальный набор клинических данных, определенный Рабочей группой по заболеваниям, подписанные согласия, одобренные IRB их учреждения, а также соглашение о передаче материала с TCGA.

В 2009 году NCI исключил около 130 миллионов долларов ARRA из «основного контракта» NCI с Международной корпорацией научных приложений (SAIC) для финансирования накопления тканей и множества других мероприятий через Управление закупок NCI. 42 миллиона долларов были доступны для накопления тканей через NCI с использованием «Запросов цен» (RFQ) и «Запросов предложений» (RFP) для создания заказов на поставку и контрактов соответственно. Запросы предложений в основном использовались для сбора ретроспективных образцов от существующих банков, тогда как запросы предложений использовались для перспективного сбора образцов. TCGA завершил сбор образцов в декабре 2013 года, включающий около 20 000 биообразцов. [ 9 ]

Учреждения, предоставлявшие образцы в TCGA, получали оплату и получали предварительный доступ к молекулярным данным, полученным на их образцах, сохраняя при этом связь между уникальным идентификатором TCGA и их собственным уникальным идентификатором. Это позволило участвующим учреждениям получить обратную связь с клиническими данными своих образцов и начать сотрудничество с другими учреждениями, у которых были аналогичные данные по образцам TCGA, тем самым увеличив эффективность анализа результатов.

Организация

[ редактировать ]

TCGA управляла рядом различных типов центров, которые финансировались для сбора и анализа данных. TCGA был первым крупномасштабным геномным проектом, финансируемым НИЗ, который включил значительные ресурсы в биоинформационные открытия. NCI выделил 50% средств, выделенных TCGA, примерно 12 миллионов долларов в год, на финансирование биоинформатических открытий. Данные были получены Центрами характеристики генома и Центрами секвенирования генома. Два отдельных центра анализа геномных данных использовали эти данные для биоинформатических открытий. Два центра были профинансированы для выделения биомолекул из образцов пациентов, а один центр - для хранения данных. Этот рабочий процесс развивался с годами и не известен как «Конвейер характеристики генома NCI». [ 10 ]

Основной ресурс биообразцов

[ редактировать ]

Основной ресурс биообразцов (BCR) отвечал за проверку качества и количества тканей, отправленных из источников тканей, выделение ДНК и РНК из образцов, контроль качества этих биомолекул и отправку обработанных образцов в GSC и GCC. Международный консорциум геномики получил контракт на инициирование BCR для пилотного проекта. В начале реализации проекта NCI финансировал два BCR: Национальную детскую больницу и Международный консорциум геномики. В 2010 году конкурс BCR был повторен, и контракт получила Национальная детская больница. [ 11 ]

Центры секвенирования генома

[ редактировать ]

Три центра секвенирования генома (GCC) финансировались совместно NCI и NHGRI: Институт Броуда , Институт генома Макдоннелла при Вашингтонском университете и Медицинский колледж Бэйлора . Все три центра секвенирования перешли от секвенирования по Сэнгеру к секвенированию нового поколения (NGS). Одновременно были протестированы и внедрены различные технологии NGS.

Центры характеристики генома

[ редактировать ]

NCI профинансировал семь центров характеристики генома: Институт Броуда, Гарвард, Университет Северной Каролины, Онкологический центр доктора медицины Андерсона, Институт Ван Андела, Медицинский колледж Бэйлора и Раковый центр Британской Колумбии.

Координационный центр данных

[ редактировать ]

Координационный центр данных (DCC) был центральным хранилищем данных TCGA. Он также отвечал за контроль качества данных, поступающих в базу данных TCGA. DCC также поддерживал портал данных TCGA, на котором пользователи могли получить доступ к обработанным данным TCGA. Эта работа была выполнена по контракту учеными и разработчиками биоинформатики из SRA International , Inc. Однако DCC не хранил необработанные данные секвенирования. (CGHub) NCI Центр геномики рака был безопасным хранилищем для хранения, каталогизации и доступа к данным, связанным с последовательностями. Эту работу выполнили ученые и сотрудники Санта-Крус Калифорнийского университета Института геномики . С 2017 года все типы данных были перенесены в базу данных Genomic Data Commons NCI. [ 12 ]

Центры анализа геномных данных

[ редактировать ]

Семь центров анализа геномных данных (GDAC), финансируемых NCI/NHGRI, отвечали за интеграцию данных всех центров характеристики и секвенирования, а также за биологическую интерпретацию данных TCGA. В состав GDAC входили Институт Броуда, Университет Северной Каролины, Орегонский университет здравоохранения и науки, Калифорнийский университет в Санта-Крус, Онкологический центр доктора медицины Андерсона, Мемориальный онкологический центр Слоана-Кеттеринга и Институт системной биологии. Все семь GDAC работали вместе над разработкой интегрированного конвейера анализа данных.

Типы рака, выбранные для изучения

[ редактировать ]

Предварительный список опухолей для изучения TCGA был составлен путем сбора статистики заболеваемости и выживаемости с веб-сайта SEER Cancer Statistic. Кроме того, при выборе 25 основных типов опухолей учитывался действующий в США «Стандарт лечения», поскольку TCGA ориентировалась на те типы опухолей, при которых резекция до дополнительной терапии была стандартом лечения. Доступность образцов также сыграла решающую роль в определении того, какие типы опухолей следует изучать и в каком порядке начинать опухолевые проекты; чем более распространен тип рака, тем больше вероятность того, что образцы будут быстро собраны для исследования. Это привело к тому, что распространенные типы опухолей, такие как рак толстой кишки, легких и молочной железы, стали первыми типами опухолей, включенными в проект, перед редкими типами опухолей.

Типы рака, выбранные для исследования TCGA, включали: плоскоклеточный рак легких , папиллярный рак почки , светлоклеточный рак почки , рак протоков молочной железы , ( почечно-клеточный рак , рак шейки матки плоскоклеточный), аденокарциному толстой кишки , аденокарциному желудка , рак прямой кишки , гепатоцеллюлярный рак , рак головы и плоскоклеточный рак шеи (ротовой полости), рак щитовидной железы , уротелиальный рак мочевого пузыря – непапиллярный, тела матки ( карцинома эндометрия ), аденокарцинома протоков поджелудочной железы , острый миелолейкоз , аденокарцинома простаты , аденокарцинома легких , меланома кожи , дольковый рак молочной железы и глиома нижней степени злокачественности , пищевода карцинома яичника , серозная цистаденокарцинома яичника , плоскоклеточная карцинома легких , адренокортикальная карцинома , диффузная крупноклеточная В-клеточная лимфома , параганглиома и феохромоцитома , холангиокарцинома , карциносаркома матки , увеальная меланома , тимома , саркома , мезотелиома и рак яичек.

TCGA начала собирать образцы для всех этих типов опухолей одновременно. Типы опухолей, с которых было собрано наибольшее количество образцов, были введены в процесс характеристики в первую очередь. Более редкие типы опухолей, которые было труднее обнаружить, и типы опухолей, для которых TCGA не смог определить источник высококачественных образцов, были введены в производственный конвейер TCGA на втором году проекта. Это дало офису программы TCGA дополнительное время для сбора достаточного количества образцов для проекта.

TCGA и Атлас клеток органогенеза мыши (MOCA) были разработаны с помощью машинного и глубокого обучения для сравнения и обнаружения корреляции между раковыми и эмбриональными клетками клеток на ранних стадиях развития и дифференцировки . Их также применяли для различения изменений в характере экспрессии генов между различными типами опухолей из неизвестного источника. [ 13 ]

Публикации TCGA

[ редактировать ]
Прогресс по состоянию на 15 октября 2018 г.
Изученный тип рака Финал

Число, проанализированное на оригинальной маркерной бумаге

Результаты анализа TCGA
Мультиформная глиобластома 206 Подтипы GBM Классический, Мезенхимальный и Пронейральный определяются мутациями EGFR , NF1 и PDGFRA / IDH1 соответственно; [ 14 ] более 40% опухолей имеют мутации в генах-модификаторах хроматина; [ 15 ] другие часто мутирующие гены включают TP53 , PlK3R1 , PIK3CA , IDH1 , PTEN , RB1 , LZTR1. [ 16 ]
Глиома нижней степени 293 Определены три подтипа, коррелирующие с исходами пациентов: IDH1 мутант с делецией 1p/19q, мутант IDH без делеции 1p/19q и дикий тип IDH ; IDH дикого типа геномно похож на глиобластому. [ 17 ]
Дольковая карцинома молочной железы 203 Дольковая карцинома, отличная от протоковой карциномы; FOXA1 повышен при дольковой карциноме, GATA3 повышен при протоковой карциноме; дольковая карцинома, обогащенная потерей PTEN и активацией Akt [ 18 ] [ 19 ]
Протоковая карцинома молочной железы 784 Четыре различных геномных подтипа: базальный, Her2, люминальный A, люминальный B; наиболее распространенные мутации драйверов TP53 , PIK3CA , GATA3 ; базальный подтип похож на серозный рак яичников [ 18 ]
Колоректальная аденокарцинома 276 Рак толстой и прямой кишки имеют схожие геномные профили; гипермутированный подтип (16% образцов), чаще встречающийся в правой части толстой кишки и связанный с благоприятным прогнозом; новые потенциальные драйверы: ARlD1A , SOX9 , FAM123B / WTX ; сверхэкспрессия: ERBB2 , IGF2 ; мутации в пути WNT [ 20 ]
Аденокарцинома желудка 295 Выявлено четыре подтипа: EBV, характеризующийся вирусной инфекцией Эпштейна-Барр, MSI (микросателлитная нестабильность), характеризующийся гипермутацией, GS, характеризующийся геномной стабильностью, CIN, характеризующийся хромосомной нестабильностью; CIN обогащен мутациями тирозинкиназ [ 21 ]
Рак пищевода 164 Плоскоклеточная и аденокарцинома молекулярно различны; плоскоклеточный рак был похож на плоскоклеточный рак головы и шеи и имел частые амплификации CCND1, SOX2 и TP63; Аденокарциномы были похожи на хромосомно-нестабильную аденокарциному желудка и имели частые амплификации ERBB2, VEGFA, GATA4 и GATA6. [ 22 ]
Серозная цистаденокарцинома яичников 489 Мутации TP53 произошли в 96% изученных случаев; [ 23 ] мутации в BRCA1 и BRCA2 произошли в 21% случаев и были связаны с более благоприятными исходами. [ 24 ]
Карцинома эндометрия тела матки 373 Классифицировали рак эндометрия на четыре категории: ультрамутированный POLE , гипермутированный MSI (микросателлитная нестабильность), низкое число копий и высокое число копий; Серозные карциномы матки были похожи на серозные карциномы яичников и базальноподобные карциномы молочной железы и имели менее благоприятный прогноз, чем эндометриоидные карциномы матки. [ 25 ]
Плоскоклеточный рак шейки матки и аденокарцинома 228 Выявление ВПЧ-негативного эндометриоподобного рака шейки матки с мутациями в KRAS , ARID1A и PTEN генах ; амплификация CD274 и PDCD1LG2 генов иммунных контрольных точек ; изменения генов, включая MED1 , ERBB3 , CASP8 , HLA-A и TGFBR2 , и слияния с участием lncRNA BCAR4 ; почти три четверти образцов имели изменения в одном или обоих сигнальных путях PI3K/MAPK и TGF-бета. [ 26 ]
Плоскоклеточный рак головы и шеи 279 Выявленные геномные особенности рака, связанного с ВПЧ и курением: ВПЧ-положительный, характеризующийся укороченным или удаленным TRAF3 , ВПЧ-негативный, характеризующийся совместной амплификацией 11q13 и 11q22, связанный с курением, характеризующийся TP53 мутациями , инактивацией CDKN2A и изменениями числа копий. [ 27 ]
Карцинома щитовидной железы 496 Большинство обусловлено мутациями RAS или BRAFV600E; опухоли, вызванные этими мутациями, различны [ 28 ]
Острый миелоидный лейкоз 200 Низкая мутационная нагрузка: в среднем на опухоль приходится всего 13 кодирующих мутаций; классифицировали драйверные события на девять категорий, включая слияния факторов транскрипции, мутации модификаторов гистонов, мутации сплайсосом и другие. [ 29 ]
Кожная меланома 331 Установлено четыре подтипа: BRAF мутант , мутант RAS , мутант NF1 и тройной дикий тип на основе мутаций-драйверов; более высокие уровни инфильтрации иммунных лимфоцитов коррелировали с лучшей выживаемостью пациентов [ 30 ]
Аденокарцинома легких 230 Высокая мутационная нагрузка; В 76% опухолей наблюдалась активация рецепторных тирозинкиназных путей. [ 31 ]
Плоскоклеточный рак легких 178 Высокое среднее количество мутаций и аберраций числа копий; как и серозная цистаденокарцинома яичника, почти все плоскоклеточные карциномы легких содержат мутацию TP53 ; многие опухоли содержат инактивирующие мутации HLA-A , которые могут помочь раку избежать иммунного обнаружения. [ 32 ]
Светлоклеточный почечноклеточный рак 446 Часто мутировавшие гены включали VHL, участвующий в чувствительности к кислороду, SED2 , участвующий в эпигенетических модификациях, приводящих к глобальному гипометилированию, и гены пути PI3K/AKT/mTOR; метаболический сдвиг, подобный «эффекту Варбурга», коррелирует с плохим прогнозом. [ 33 ]
Папиллярная карцинома почки 161 81% опухолей 1-го типа содержали изменения MET; геномные профили опухолей 2-го типа были гетерогенными, с изменениями CDKN2A, SETD2, TFE3 или повышенной экспрессией пути NRF2-ARE; потеря экспрессии фенотипа метилирования CDKN2A и островков CpG была связана с плохим исходом. [ 34 ]
Инвазивный уротелиальный рак мочевого пузыря 131 Курение связано с повышенным риском; часто мутирующие гены включают TP53, который был инактивирован в 76% опухолей, и ERBB2 (HER2), гены в путях рецепторной тирозинкиназы (RTK)/RAS, измененные в 44% опухолей; [ 35 ]
Аденокарцинома простаты 333 Высокая гетерогенность: 26% образцов вызваны неизвестными молекулярными изменениями; 7 подтипов, определяемых слиянием генов транскрипционных факторов ETS или мутациями в SPOP , FOXA1 или IDH1 ; действенные повреждения в путях восстановления PI3K, MAPK и ДНК [ 36 ]
Хромофобная почечно-клеточная карцинома 66 Чрезвычайно низкая мутационная нагрузка; карцинома возникает из более дистальных отделов почки по сравнению со светлоклеточным раком, который преимущественно возникает из проксимальных отделов; метаболический сдвиг, отличный от сдвига «эффекта Варбурга», наблюдаемого при светлоклеточной карциноме; Гены-супрессоры опухолей TP53 и PTEN часто мутировали; Промотор гена TERT часто менялся [ 37 ]
Адренокортикальная карцинома 91 Общими признаками были сверхэкспрессия IGF2 , мутации в TP53 , PRKAR1A и других генах, а также изменения числа копий; гипоплоидия с последующим удвоением всего генома может быть движущим механизмом развития опухоли [ 38 ]
Параганглиома и феохромоцитома 173 Четыре различных подтипа: Wnt-измененный, корковая примесь, псевдогипоксия и передача сигналов киназы; Слитый ген MAML3 и соматическая мутация CSDE1 определяют и обусловливают плохой прогноз, Wnt-измененный подтип [ 39 ]
Холангиокарцинома 38 Низкая экспрессия генов CDKN2, BAP1 и ARID1 и сверхэкспрессия генов FGFR2 и IDH1/2; четыре подтипа, один подтип характеризуется изменениями IDH, подавлением ARID1A и низкой экспрессией других модификаторов хроматина, а также высокой экспрессией митохондриальных генов; другой подтип, характеризующийся мутациями BAP1 и слиянием генов FGFR2; рак может существовать в непрерывном спектре с подмножеством карцином печени с мутациями IDH или FGFR. [ 40 ]
Гепатоцеллюлярная карцинома печени 363 Мутации промотора TERT, выявленные в 44% опухолей, связаны с повышенным удлинением теломер и молчанием CDKN2A; TP53 обычно мутирует или недостаточно экспрессируется; CTNNBB1 значительно мутировал; многие опухоли с высоким уровнем инфильтрации лимфоцитов или сверхэкспрессией генов иммунных контрольных точек CTLA4, PD-1 и PD-L1. [ 41 ]
Протоковая аденокарцинома поджелудочной железы 150 Использовали глубокое и целенаправленное секвенирование для лучшего анализа низкой неопластической клеточности; Мутации KRAS присутствуют в 93% опухолей; мутации в RREB1 или других участниках сигнального пути RAS-MAPK [ 42 ]
Карциносаркома матки 57 Выявлена ​​сильная и разнообразная степень эпителиально-мезенхимального перехода; Мутации TP53 присутствуют в 91% образцов; изменения PI3K присутствуют в половине образцов [ 43 ]
Увеальная меланома 80 Сложные мутации в BAP1; идентифицировали отдельные подразделения подтипов дисомии 3 (D3) и моносомии 3 (M3); в M3 взаимоисключающие мутации EIF1AX и SRSF2/SF3B1 имеют разные профили метилирования и прогнозы. [ 44 ]
Тимома 117 Обнаружено четыре основных молекулярных подтипа, которые соответствуют известным гистопатологическим подтипам B, TC, AB и смеси A и AB; низкая мутационная нагрузка; обогащение HRAS , NRAS , TP53 и рецидивирующие мутации GTF2I наблюдалось ; экспрессия аутоиммунных мишеней и анеуплоидия связывают тимому с миастенией гравис. [ 45 ]
Саркома 206 TP53, ATRX и RB1 среди немногих генов, периодически мутирующих в разных типах саркомы; изменения числа копий часто возникали при сложных кариотипических саркомах, влияя на клеточный цикл p53 и RB1 и другие пути; синовиальная саркома с выраженным слиянием сарком SSX1 или SSX2 и TERT; Для дедифференцированной липосаркомы амплификация JUN связана с худшей выживаемостью; измененный путь PI3K-AKT-mTOR при лейомиосаркоме; недифференцированная плеоморфная саркома и миксофибросаркома могут быть обусловлены изменениями в пути Hippo. [ 46 ]
Мезотелиома 74 Идентифицирован новый геномный подтип, составляющий около 3% образцов с: мутациями TP53 и SETDB1 и потерей одной копии почти всех хромосом (что исследователи назвали геномной «почти гаплоидизацией»); изменения BAP1 присутствовали более чем в половине изученных случаев и могут влиять на активность транскрипционных факторов и передачу иммунных сигналов; Ген иммунного контрольного пункта VISTA был сильно экспрессирован в эпителиоидной мезотелиоме. [ 47 ]
Герминогенный рак яичек 137 Основные гистологические подтипы заболевания (семинома, эмбриональный рак, желточный мешок, тератома) имели различные молекулярные структуры; все гистологические типы демонстрировали обширную анеуплоидию и низкую частоту мутаций, но различные закономерности метилирования ДНК и экспрессии микроРНК; подмножество чистых семином определяется мутациями KIT , различными профилями метилирования ДНК и иммунной инфильтрации, а также снижением количества копий KRAS . значимые соматические мутации присутствуют только в опухолях с компонентами семиномы. [ 48 ]

Мультиформная глиобластома

[ редактировать ]

В 2008 году TCGA опубликовала свои первые результаты по мультиформной глиобластоме (GBM) в журнале Nature . [ 49 ] Эти первые результаты охарактеризовали и проанализировали 91 пару совпадающих опухолей и нормальных клеток. Хотя для исследования было собрано 587 биообразцов, большинство из них было отклонено в ходе контроля качества: образцы опухолей должны были содержать не менее 80% ядер опухоли и не более 50% некроза, а оценка вторичной патологии должна была подтвердить, что первоначальный диагноз ГБМ был точен. Последняя партия образцов была исключена, поскольку собранная ДНК или РНК не имела достаточного качества или количества для анализа всеми различными платформами, использованными в исследовании.

Все данные этого исследования, а также данные, собранные с момента публикации, были обнародованы в Координационном центре данных TCGA (DCC) для публичного доступа (позже перенесены в Genomic Data Commons). [ 50 ] Большая часть обрабатываемых данных TCGA находится в полностью открытом доступе. Для данных, которые потенциально могут идентифицировать конкретных пациентов, пользователи подают заявку на контролируемый доступ к данным в Комитет доступа к данным (DAC), который оценивает, является ли конечный пользователь добросовестным исследователем и задает законный научный вопрос, который заслуживает доступа к данным на индивидуальном уровне. данные. [ 51 ] NIH Учетные данные для доступа к данным теперь управляются через dbGAP .

С момента публикации первой маркерной статьи несколько аналитических групп в сети TCGA представили более подробный анализ данных по глиобластоме . Аналитическая группа, возглавляемая Роэлом Верхааком, доктором философии, Кэтрин А. Ходли , доктором философии, и Д. Нилом Хейсом , доктором медицинских наук, успешно сопоставила подтипы экспрессии генов глиомы с геномными аномалиями. [ 52 ] Группа анализа данных о метилировании ДНК под руководством Хутана Нушмера, доктора философии, и Питера Лэрда, доктора философии, выявила отдельную подгруппу образцов глиомы , которая демонстрирует согласованное гиперметилирование в большом количестве локусов, что указывает на существование фенотипа метилатора глиомы-островка CpG ( G -ЦИМП ). Опухоли G-CIMP относятся к пронейральной подгруппе и тесно связаны с соматическими мутациями IDH1 . [ 53 ] [ 54 ]

Серозная аденокарцинома яичников

[ редактировать ]

В июне 2011 года TCGA сообщила об экспрессии мРНК, экспрессии микроРНК, метилировании промотора, количестве копий ДНК и секвенировании экзома 316 образцов опухолей серозного рака яичников высокой степени злокачественности в журнале Nature в июне 2011 года. [ 55 ] Исследователи обнаружили мутации гена TP53 в подавляющем большинстве проанализированных случаев. Рекуррентные мутации с более низкой частотой были обнаружены в нескольких других генах, включая NF1 , BRCA1 , BRCA2 , RB1 и CDK12 .

Исследователи TCGA также смогли выявить закономерности экспрессии генов, которые коррелируют с выживаемостью пациентов. Они определили четыре подтипа рака в соответствии с экспрессией генов и характером метилирования ДНК: иммунореактивный, дифференцированный, пролиферативный и мезенхимальный. Они также определили 68 генов как потенциальные мишени для лекарств.

Колоректальный рак

[ редактировать ]

TCGA сообщил о последовательности экзома, количестве копий ДНК, метилировании промотора и характеристике информационной РНК 276 образцов опухолей толстой и прямой кишки в журнале Nature в июле 2012 года. [ 56 ] 97 образцов также подверглись полногеномному секвенированию со сверхнизким охватом.

Исследователи TCGA обнаружили одинаковые изменения в опухолях толстой и прямой кишки, что указывает на то, что они представляют собой один тип рака. Некоторые различия, такие как гиперметилирование, были очевидны в опухолях, возникающих в правой части толстой кишки. Было обнаружено, что часть опухолей гипермутирована; у большинства из них также была высокая микросателлитная нестабильность. Было обнаружено две дюжины значительно мутировавших генов и повторяющиеся изменения числа копий. Исследование выявило новые маркеры агрессивной колоректальной карциномы и важную роль MYC-направленной активации и репрессии транскрипции.

Фаза II: расширение TCGA до 33 типов рака

[ редактировать ]

Благодаря Закону о восстановлении и реинвестировании Америки от 2009 года НИЗ расширил TCGA, чтобы охватить 20 типов рака. Это включало в себя усилия по изучению редких видов рака, которые стали возможными при поддержке пациентов, групп защиты интересов пациентов и врачей. Начиная с 2011 года, TCGA начал проводить ежегодные научные симпозиумы для обсуждения и обмена новыми биологическими открытиями в области рака, аналитических методов и трансляционных подходов с использованием данных.

В декабре 2013 года TCGA завершила сбор образцов, отправив и обработав более 20 000 образцов. По завершении проекта TCGA опубликовала «документы-маркеры», описывающие характеристики и основные анализы, охватывающие 33 типа рака. Для нескольких типов рака, таких как уротелиальная карцинома мочевого пузыря и GBM, были собраны дополнительные случаи и проведен второй анализ.

Анализ Панракового атласа

[ редактировать ]

В 2013 году TCGA опубликовала первоначальный анализ панраковых заболеваний, описывающий «мутационный ландшафт», определяемый как часто повторяющиеся мутации, выявленные в результате секвенирования экзома 3281 опухоли из 12 часто встречающихся подтипов рака. Двенадцать изученных подтипов включали аденокарциному молочной железы , аденокарциному легких , плоскоклеточный рак легких , рак эндометрия , мультиформную глиобластому , плоскоклеточный рак головы и шеи, рак толстой кишки , рак прямой кишки , рак мочевого пузыря , светлоклеточный рак почки , рак яичников и острый миелоидный рак. лейкемия . [ 57 ]

В 2018 году Исследовательская сеть TCGA опубликовала так называемый Пан-Атлас рака: сборник из 35 статей, обобщающих работу, проделанную TCGA, и описывающих всеобъемлющие темы биологии рака, выявляемые путем анализа всех данных TCGA в целом.

Основными темами являются (1) структуры клеточного происхождения, которые группируют и анализируют опухоли на основе биологической системы или гистологического подтипа; (2) онкогенные процессы, в которых рассматриваются сложные последующие воздействия, которые изменения могут оказывать на молекулярные пути и микроокружение, и (3) сигнальные пути, в которых исследуется роль, которую различные пути играют в различных видах рака, и их потенциальная уязвимость.

Завершение Панракового атласа ознаменовало официальное завершение TCGA как программы, хотя данные, методы анализа и другие ресурсы, созданные TCGA, продолжают служить ресурсом для исследователей. Например, данные всего генома TCGA были проанализированы в рамках Панракового анализа целых геномов (PCAWG), международной попытки проанализировать 2600 целых геномов рака, чтобы понять соматические и зародышевые вариации как в кодирующих, так и в некодирующих областях.

Тема Публикация
Шаблоны ячеек происхождения Паттерны клеточного происхождения доминируют в молекулярной классификации 10 000 опухолей 33 типов рака (обзорная статья) [ 58 ]
Машинное обучение идентифицирует особенности стволовости, связанные с онкогенной дедифференцировкой [ 59 ]
Комплексное панраковое молекулярное исследование гинекологического рака и рака молочной железы [ 60 ]
Сравнительный молекулярный анализ аденокарцином желудочно-кишечного тракта [ 61 ]
Геномные, путевые сети и иммунологические особенности, отличающие плоскоклеточный рак [ 62 ]
Атлас генома рака. Комплексная молекулярная характеристика почечно-клеточного рака. [ 63 ]
Онкогенные процессы Перспектива онкогенных процессов в конце начала геномики рака (резюме) [ 64 ]
Патогенные варианты зародышевой линии при 10 389 видах рака у взрослых [ 65 ]
Комплексная характеристика генов и мутаций, вызывающих рак [ 66 ]
Слияния драйверов и их значение в развитии и лечении рака человека [ 67 ]
Иммунный ландшафт рака [ 68 ]
Пространственная организация и молекулярная корреляция лимфоцитов, инфильтрирующих опухоль, с использованием глубокого обучения на изображениях патологии [ 69 ]
Геномный и функциональный подходы к пониманию раковой анеуплоидии [ 70 ]
Панраковый анализ экспрессии энхансеров почти в 9000 образцах пациентов [ 71 ]
Анализ эпигенетического ландшафта днРНК идентифицирует EPIC1 как онкогенную днРНК, которая взаимодействует с MYC и способствует прогрессированию клеточного цикла при раке [ 72 ]
Панраковый анализ регуляции днРНК подтверждает их нацеливание на раковые гены в каждом опухолевом контексте [ 73 ]
Систематический анализ мутаций, создающих сайты сплайсинга при раке [ 74 ]
Масштабируемый открытый научный подход к вызову мутаций экзомов опухолей с использованием нескольких геномных конвейеров [ 75 ]
Интегрированный ресурс клинических данных TCGA по панраковым заболеваниям для обеспечения высококачественной аналитики результатов выживаемости [ 76 ]
Комплексный анализ альтернативного сплайсинга опухолей у 8705 пациентов [ 77 ]
Сигнальные пути Онкогенные сигнальные пути в Атласе генома рака (резюме) [ 78 ]
Панраковые изменения онкогена MYC и его проксимальной сети в Атласе генома рака [ 79 ]
Машинное обучение обнаруживает активацию пути Ras панрака в Атласе генома рака [ 80 ]
Геномный и молекулярный ландшафт дефицита восстановления повреждений ДНК в Атласе генома рака [ 81 ]
Молекулярная характеристика и клиническая значимость подтипов метаболической экспрессии при раке человека [ 82 ]
Комплексный геномный анализ пути убиквитина при различных типах рака [ 83 ]
Соматический мутационный ландшафт генов факторов сплайсинга и их функциональные последствия при 33 типах рака [ 84 ]
Панраковый анализ выявил высокочастотные генетические изменения в медиаторах передачи сигналов суперсемейства TGF-β [ 85 ]
Комплексная молекулярная характеристика сигнального пути гиппопотама при раке [ 86 ]

Анализ некодирующих регионов

[ редактировать ]

Исследователи TCGA также приступили к систематическому изучению некодирующих областей генома множественных видов рака. Команда применила анализ доступного для транспозазы хроматина с помощью секвенирования (ATAC-seq) к 410 образцам опухолей TCGA, охватывающим 23 первичных рака, чтобы получить представление о дисрегуляции генов при раке. ATAC-seq — недорогой метод идентификации областей открытого или активного хроматина и положений ДНК-связывающих белков.

С помощью ATAC-seq исследователи смогли идентифицировать десятки тысяч потенциальных регуляторных элементов ДНК, специфичных для различных видов рака и типов клеток. Это позволило понять, как нарушение регуляции генов может способствовать возникновению и прогрессированию рака. Понимание доступности хроматина известных регуляторных элементов, специфичных для иммунных клеток, также дало ключ к пониманию иммунного микроокружения и доступности мишеней иммунотерапии. Исследование «Хроматиновый ландшафт первичных раковых заболеваний человека» было опубликовано в 2018 году в журнале Science . [ 87 ]

См. также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ «Домашняя страница Атласа генома рака» . НЦИ и НХГРИ . Проверено 28 апреля 2009 г.
  2. ↑ НИЗ запускает проект генома рака Washington Post, 14 декабря 2005 г.
  3. ^ Даниэла С. Герхард (27 мая 2008 г.). «TCGA продвигает молекулярную онкологию вперед» . Бюллетень рака NCI, новости директора . Национальный институт рака . Проверено 27 августа 2009 г.
  4. ^ «Рак, выбранный для изучения» . Атлас генома рака – Национальный институт рака . Проверено 2 ноября 2015 г.
  5. ^ «Проекты характеристики редких опухолей» . Атлас генома рака – Национальный институт рака . Проверено 2 ноября 2015 г.
  6. ^ МакЛендон, Р.; Фридман, Аллан; Бигнер, Даррелл; Ван Меир, Эрвин Г.; Брат, Дэниел Дж.; М. Мастроджанакис, Гена; Олсон, Джеффри Дж.; Миккельсен, Том; и др. (23 октября 2008 г.). «Комплексная геномная характеристика определяет гены глиобластомы человека и основные пути» . Природа . 455 (7216): 1061–1068. Бибкод : 2008Natur.455.1061M . дои : 10.1038/nature07385 . ПМЦ   2671642 . ПМИД   18772890 .
  7. ^ «Победитель Сэмми 2015: Приз зрительских симпатий» . Медали за службу Америке . Проверено 15 октября 2015 г.
  8. ^ Сеть исследований Атласа генома рака (23 октября 2008 г.). «Комплексная геномная характеристика определяет гены глиобластомы человека и основные пути» . Природа . 455 (7216): 1061–1068. Бибкод : 2008Natur.455.1061M . дои : 10.1038/nature07385 . ISSN   0028-0836 . ПМЦ   2671642 . ПМИД   18772890 .
  9. ^ «История и хронология» . Атлас генома рака – Национальный институт рака . Проверено 2 ноября 2015 г.
  10. ^ «Конвейер характеристики генома NCI» . 4 августа 2017 г.
  11. ^ «Портал данных Атласа генома рака: основной ресурс биообразцов» . НЦИ и НХГРИ . Проверено 24 января 2014 г.
  12. ^ «Главная страница | Общее собрание геномных данных NCI» . gdc.cancer.gov .
  13. ^ Мойсо, Э.; Фарахани, А.; Мрамор, HD; Хендрикс, А.; Милдрам, С.; Левин, С.; Леннерц, Дж. К.; Гарг, С. (5 сентября 2022 г.). «Новый подход глубокого обучения, разработанный в Массачусетском технологическом институте, идентифицирует недиагностируемые виды рака путем более пристального изучения программ экспрессии генов, связанных с ранним развитием и дифференцировкой клеток» . Открытие рака . 12 (11): 2566–2585. дои : 10.1158/2159-8290.CD-21-1443 . ПМЦ   9627133 . ПМИД   36041084 .
  14. ^ Верхаак, Роэл Г.В.; Ходли, Кэтрин А.; Пурдом, Элизабет; Ван, Виктория; Ци, Юань; Вилкерсон, Мэтью Д.; Миллер, К. Райан; Дин, Ли ; Голуб, Тодд (19 января 2010 г.). «Комплексный геномный анализ идентифицирует клинически значимые подтипы глиобластомы, характеризующиеся аномалиями PDGFRA, IDH1, EGFR и NF1» . Раковая клетка . 17 (1): 98–110. дои : 10.1016/j.ccr.2009.12.020 . ISSN   1535-6108 . ПМЦ   2818769 . ПМИД   20129251 .
  15. ^ Бреннан, Кэмерон В.; Верхаак, Роэл Г.В.; Маккенна, Аарон; Кампос, Бенито; Нушмер, Хоутан; Салама, Софи Р.; Чжэн, Сиюань; Чакраварти, Дебиани; Сэнборн, Дж. Закари (10 октября 2013 г.). «Сомато-геномный ландшафт глиобластомы» . Клетка . 155 (2): 462–477. дои : 10.1016/j.cell.2013.09.034 . ISSN   1097-4172 . ПМК   3910500 . ПМИД   24120142 .
  16. ^ МакЛендон, Роджер; Фридман, Аллан; Бигнер, Даррелл; Меир, Эрвин Г. Ван; Брат, Дэниел Дж.; Мастроджанакис, Гена М.; Олсон, Джеффри Дж.; Миккельсен, Том; Леман, Норман (23 октября 2008 г.). «Комплексная геномная характеристика определяет гены глиобластомы человека и основные пути» . Природа . 455 (7216): 1061–1068. Бибкод : 2008Natur.455.1061M . дои : 10.1038/nature07385 . ISSN   0028-0836 . ПМЦ   2671642 . ПМИД   18772890 .
  17. ^ Сеть исследований Атласа генома рака; Брат, диджей; Верхаак, Р.Г.; Альдапе, К.Д.; Юнг, В.К.; Салама, СР; Купер, Луизиана; Рейнбей, Э.; Миллер, CR; Витуччи, М.; Морозова О.; Робертсон, AG; Нушмер, Х.; Лэрд, PW; Черняк, AD; Акбани, Р.; Хаус, Дж.Т.; Чириелло, Г.; Пуассон, LM; Барнхольц-Слоан, Дж.С.; Бергер, MS; Бреннан, К.; Колен, Р.Р.; Колман, Х.; Фландрия, AE; Джаннини, К.; Гриффорд, М.; Явароне, А.; Джайн, Р.; и др. (25 июня 2015 г.). «Комплексный интегративный геномный анализ диффузных глиом низкой степени злокачественности» . Медицинский журнал Новой Англии . 372 (26): 2481–2498. дои : 10.1056/NEJMoa1402121 . ISSN   0028-4793 . ПМК   4530011 . ПМИД   26061751 .
  18. ^ Перейти обратно: а б Сеть, Атлас генома рака (04 октября 2012 г.). «Комплексные молекулярные портреты опухолей молочной железы человека» . Природа . 490 (7418): 61–70. Бибкод : 2012Природа.490...61Т . дои : 10.1038/nature11412 . ISSN   0028-0836 . ПМЦ   3465532 . ПМИД   23000897 .
  19. ^ Чириелло, Джованни; Гаца, Майкл Л.; Бек, Эндрю Х.; Вилкерсон, Мэтью Д.; Ри, Сун К.; Пасторе, Алессандро; Чжан, Хайлей; Маклеллан, Майкл; Яу, Кристина (10 августа 2015 г.). «Комплексные молекулярные портреты инвазивного долькового рака молочной железы» . Клетка . 163 (2): 506–519. дои : 10.1016/j.cell.2015.09.033 . ISSN   0092-8674 . ПМК   4603750 . ПМИД   26451490 .
  20. ^ Сеть, Атлас генома рака (19 июля 2012 г.). «Комплексная молекулярная характеристика рака толстой и прямой кишки человека» . Природа . 487 (7407): 330–337. Бибкод : 2012Natur.487..330T . дои : 10.1038/nature11252 . ISSN   0028-0836 . ПМК   3401966 . ПМИД   22810696 .
  21. ^ Басс, Адам Дж.; Торссон, Вестейнн; Шмулевич Илья; Рейнольдс, Шейла М.; Миллер, Майкл; Бернард, Брэди; Хиноуэ, Тосинори; Лэрд, Питер В.; Кертис, Кристина (23 июля 2014 г.). «Комплексная молекулярная характеристика аденокарциномы желудка» . Природа . 513 (7517): 202–209. Бибкод : 2014Natur.513..202T . дои : 10.1038/nature13480 . ПМК   4170219 . ПМИД   25079317 .
  22. ^ Ким, Джихун; Боулби, Реанн; Мангалл, Эндрю Дж.; Робертсон, А. Гордон; Одзе, Роберт Д.; Черняк, Эндрю Д.; Ши, Джулианн; Педамаллу, Чандра Сехар; Цибульскис, Кэрри (4 января 2017 г.). «Комплексная геномная характеристика рака пищевода» . Природа . 541 (7636): 169–175. Бибкод : 2017Natur.541..169K . дои : 10.1038/nature20805 . ISSN   1476-4687 . ПМК   5651175 . ПМИД   28052061 .
  23. ^ Белл, Д.; Берчук, А.; Биррер, М.; Чиен, Дж.; Крамер, Д.В.; Дао, Ф.; Дхир, Р.; Дисайя, П.; Габра, Х.; Гленн, П.; Годвин, АК; Гросс, Дж.; Хартманн, Л.; Хуанг, М.; Хантсман, Д.Г.; Якокка, М.; Имелински, М.; Каллогер, С.; Карлан, BY; Левин, Д.А.; Миллс, Великобритания; Моррисон, К.; Матч, Д.; Ольвера, Н.; Орсулич, С.; Парк, К.; Петрелли, Н.; Рабено, Б.; Рейдер, Дж.С.; и др. (29 июня 2011 г.). «Интегрированный геномный анализ рака яичников» . Природы . 474 (7353): 609–615. дои : 10.1038/nature10166 . ISSN   0028-0836 . ПМК   3163504 . ПМИД   21720365 .
  24. ^ Болтон, Келли Л.; Ченевикс-Тренч, Г.; Го, К.; Садецкий, С.; Рамус, С.Дж.; Карлан, BY; Ламбрехтс, Д.; Деспьер, Э.; Барроудейл, Д.; Макгаффог, Л.; Хили, С.; Истон, DF; Синильникова О.; Бенитес Дж.; Гарсия, MJ; Нойхаузен, С.; Гейл, Миннесота; Хартдж, П.; Пеок, С.; Фрост, Д.; Эванс, Д.Г.; Илес, Р.; Годвин, АК; Дейли, МБ; Квонг, А.; Ма, Э.С.; Лазарь, К.; Белый, И.; Монтанья, М.; и др. (25 января 2012 г.). «Связь между мутациями brca1 и brca2 и выживаемостью у женщин с инвазивным эпителиальным раком яичников» . ДЖАМА 307 (4): 382–389. дои : 10.1001/public.2012.20 . ISSN   0098-7484 . ПМЦ   3727895 . ПМИД   22274685 .
  25. ^ Сеть, Исследование Атласа генома рака (2 мая 2013 г.). «Комплексная геномная характеристика рака эндометрия» . Природа . 497 (7447): 67–73. Бибкод : 2013Natur.497...67T . дои : 10.1038/nature12113 . ISSN   0028-0836 . ПМК   3704730 . ПМИД   23636398 .
  26. ^ Сеть исследований Атласа генома рака; Медицинский колледж Альберта Эйнштейна; Аналитические биологические службы; Раковая больница Барретос; Медицинский колледж Бэйлора; Научно-исследовательский институт Бекмана «Города надежды»; Институт Бака по исследованию старения; Канадский центр геномных наук Майкла Смита; Гарвардская медицинская школа (16 марта 2017 г.). «Комплексная геномная и молекулярная характеристика рака шейки матки» . Природа . 543 (7645): 378–384. Бибкод : 2017Natur.543..378B . дои : 10.1038/nature21386 . ISSN   1476-4687 . ПМК   5354998 . ПМИД   28112728 .
  27. ^ Сеть Атласа генома рака; и др. (29 января 2015 г.). «Комплексная геномная характеристика плоскоклеточного рака головы и шеи» . Природа . 517 (7536): 576–582. Бибкод : 2015Natur.517..576T . дои : 10.1038/nature14129 . ISSN   0028-0836 . ПМК   4311405 . ПМИД   25631445 .
  28. ^ Агравал, Нишант; Акбани, Рехан; Аксой, Б. Арман; Элли, Адриан; Араччи, Хариндра; Аса, Сильвия Л.; Ауман, Дж. Тодд; Баласундарам, Мируна; Балу, Саянанд (2014). «Интегрированная геномная характеристика папиллярного рака щитовидной железы» . Клетка . 159 (3): 676–690. дои : 10.1016/j.cell.2014.09.050 . ISSN   0092-8674 . ПМЦ   4243044 . ПМИД   25417114 .
  29. ^ Сеть исследований Атласа генома рака; Лей, Тимоти Дж.; Миллер, Кристофер; Дин, Ли ; Рафаэль, Бенджамин Дж.; Мангалл, Эндрю Дж.; Робертсон, А. Гордон; Ходли, Кэтрин; Триш, Тимоти Дж. (30 мая 2013 г.). «Геномный и эпигеномный ландшафт острого миелоидного лейкоза у взрослых de novo» . Медицинский журнал Новой Англии . 368 (22): 2059–2074. дои : 10.1056/NEJMoa1301689 . ISSN   1533-4406 . ПМК   3767041 . ПМИД   23634996 .
  30. ^ Сеть атласов генома рака (18 июня 2015 г.). «Геномная классификация меланомы кожи» . Клетка . 161 (7): 1681–1696. дои : 10.1016/j.cell.2015.05.044 . ISSN   1097-4172 . ПМЦ   4580370 . ПМИД   26091043 .
  31. ^ Коллиссон, Эрик А.; Кэмпбелл, Джошуа Д.; Брукс, Анджела Н.; Бергер, Элис Х.; Ли, Уильям; Хмелецкий, Джулиан; Бир, Дэвид Г.; Коуп, Лесли; Крейтон, Чад Дж.; Данилова, Людмила; Дин, Ли; Гетц, Гад; Хаммерман, Питер С.; Нил Хейс, Д.; Эрнандес, Брайан; Герман, Джеймс Г.; Хеймах, Джон В.; Юришица, Игорь; Кучерлапати, Раджу; Квятковски, Дэвид; Ладани, Марк; Робертсон, Гордон; Шульц, Николаус; Шен, Ронглай; Синха, Райлин; Суньез, Кэрри; Цао, Мин-Саунд; Трэвис, Уильям Д.; Вайнштейн, Джон Н.; и др. (31 июля 2014 г.). «Комплексное молекулярное профилирование аденокарциномы легких» . Природа . 511 (7511): 543–550. Бибкод : 2014Natur.511..543T . дои : 10.1038/nature13385 . ISSN   0028-0836 . ПМЦ   4231481 . ПМИД   25079552 .
  32. ^ Сеть, Исследование Атласа генома рака (27 сентября 2012 г.). «Комплексная геномная характеристика плоскоклеточного рака легких» . Природа . 489 (7417): 519–525. Бибкод : 2012Natur.489..519T . дои : 10.1038/nature11404 . ISSN   0028-0836 . ПМЦ   3466113 . ПМИД   22960745 .
  33. ^ Сеть исследований Атласа генома рака (4 июля 2013 г.). «Комплексная молекулярная характеристика светлоклеточного почечноклеточного рака» . Природа . 499 (7456): 43–49. Бибкод : 2013Natur.499...43T . дои : 10.1038/nature12222 . ISSN   0028-0836 . ПМЦ   3771322 . ПМИД   23792563 .
  34. ^ Сеть исследований Атласа генома рака; Линехан, В. Марстон; Спеллман, Пол Т.; Рикеттс, Кристофер Дж.; Крейтон, Чад Дж.; Фей, Сюзанна С.; Дэвис, Калеб; Уилер, Дэвид А.; Мюррей, Брэдли А. (14 января 2016 г.). «Комплексная молекулярная характеристика папиллярного почечно-клеточного рака» . Медицинский журнал Новой Англии . 374 (2): 135–145. дои : 10.1056/NEJMoa1505917 . ISSN   1533-4406 . ПМЦ   4775252 . ПМИД   26536169 .
  35. ^ Сеть исследований Атласа генома рака (20 марта 2014 г.). «Комплексная молекулярная характеристика уротелиального рака мочевого пузыря» . Природа . 507 (7492): 315–322. Бибкод : 2014Natur.507..315T . дои : 10.1038/nature12965 . ISSN   0028-0836 . ПМЦ   3962515 . ПМИД   24476821 .
  36. ^ Сеть исследований Атласа генома рака (05.11.2015). «Молекулярная систематика первичного рака простаты» . Клетка . 163 (4): 1011–1025. дои : 10.1016/j.cell.2015.10.025 . ISSN   1097-4172 . ПМЦ   4695400 . ПМИД   26544944 .
  37. ^ Дэвис, Калеб Ф.; Рикеттс, Кристофер Дж.; Ван, Мин; Ян, Лисинг; Черняк, Эндрю Д.; Шен, Хуэй; Бухай, Кристиан; Кан, Хёджин; Ким, Сан Чхоль (8 сентября 2014 г.). «Сомато-геномный ландшафт хромофобной почечно-клеточной карциномы» . Раковая клетка . 26 (3): 319–330. дои : 10.1016/j.ccr.2014.07.014 . ПМК   4160352 . ПМИД   25155756 .
  38. ^ Чжэн, Сиюань; Черняк, Эндрю Д.; Девал, Нинад; Моффитт, Ричард А.; Данилова, Людмила; Мюррей, Брэдли А.; Лерарио, Антонио М.; Еще, Тобиас; Книненбург, Тео А. (9 мая 2016 г.). «Комплексная пангеномная характеристика адренокортикальной карциномы» . Раковая клетка . 29 (5): 723–736. дои : 10.1016/j.ccell.2016.04.002 . ISSN   1878-3686 . ПМЦ   4864952 . ПМИД   27165744 .
  39. ^ Фишбейн, Лорен; Лещинер, Игнатий; Уолтер, Вонн; Данилова, Людмила; Робертсон, А. Гордон; Джонсон, Эми Р.; Лихтенберг, Тара М.; Мюррей, Брэдли А.; Гайи, Ханс К. (13 февраля 2017 г.). «Комплексная молекулярная характеристика феохромоцитомы и параганглиомы» . Раковая клетка . 31 (2): 181–193. doi : 10.1016/j.ccell.2017.01.001 . ISSN   1878-3686 . ПМЦ   5643159 . ПМИД   28162975 .
  40. ^ Фаршидфар, Фаршад; Чжэн, Сиюань; Гинграс, Мари-Клод; Ньютон, Юлия; Ши, Джулианн; Робертсон, А. Гордон; Хиноуэ, Тосинори; Ходли, Кэтрин А.; Гибб, Юэн А. (14 марта 2017 г.). «Интегративный геномный анализ холангиокарциномы идентифицирует различные молекулярные профили мутации IDH» . Отчеты по ячейкам . 18 (11): 2780–2794. дои : 10.1016/j.celrep.2017.02.033 . ISSN   2211-1247 . ПМК   5493145 . ПМИД   28297679 .
  41. ^ Сеть исследований Атласа генома рака. Электронный адрес: [email protected] ; Сеть исследований Атласа генома рака (15 июня 2017 г.). «Комплексная и интегративная геномная характеристика гепатоцеллюлярной карциномы» . Клетка . 169 (7): 1327–1341.e23. дои : 10.1016/j.cell.2017.05.046 . ISSN   1097-4172 . ПМК   5680778 . ПМИД   28622513 .
  42. ^ Сеть исследований Атласа генома рака. Электронный адрес: [email protected] ; Сеть исследований Атласа генома рака (14 августа 2017 г.). «Комплексная геномная характеристика аденокарциномы протоков поджелудочной железы» . Раковая клетка . 32 (2): 185–203.e13. дои : 10.1016/j.ccell.2017.07.007 . ISSN   1878-3686 . ПМЦ   5964983 . ПМИД   28810144 .
  43. ^ Черняк, Эндрю Д.; Шен, Хуэй; Уолтер, Вонн; Стюарт, Чип; Мюррей, Брэдли А.; Боулби, Реанн; Ху, Синь; Линг, Шион; Сослоу, Роберт А. (13 марта 2017 г.). «Комплексная молекулярная характеристика карциносаркомы матки» . Раковая клетка 31 (3): 411–423. дои : 10.1016/j.ccell.2017.02.010 . ISSN   1878-3686 . ПМК   5599133 . ПМИД   28292439 .
  44. ^ Робертсон, А. Гордон; Ши, Джулианн; Яу, Кристина; Гибб, Юэн А.; Оба, Джунна; Мунгалл, Карен Л.; Хесс, Джулиан М.; Узунангелов Владислав; Уолтер, Вонн (14 августа 2017 г.). «Интегративный анализ идентифицирует четыре молекулярные и клинические подгруппы увеальной меланомы» . Раковая клетка . 32 (2): 204–220.e15. дои : 10.1016/j.ccell.2017.07.003 . ISSN   1878-3686 . ПМК   5619925 . ПМИД   28810145 .
  45. ^ Радович, Милан; Пикеринг, Кертис Р.; Фелау, Ина; Ха, Гэвин; Чжан, Хайлей; Джо, Хиджун; Ходли, Кэтрин А.; Анур, Павана; Чжан, Цзисинь; Маклеллан, Майк; Боулби, Реанна (февраль 2018 г.). «Интегрированный геномный ландшафт эпителиальных опухолей тимуса» . Раковая клетка . 33 (2): 244–258.e10. doi : 10.1016/j.ccell.2018.01.003 . ISSN   1535-6108 . ПМЦ   5994906 . ПМИД   29438696 .
  46. ^ Сеть исследований Атласа генома рака. Электронный адрес: [email protected] ; Сеть исследований Атласа генома рака (02.11.2017). «Комплексная и интегрированная геномная характеристика сарком мягких тканей взрослых» . Клетка . 171 (4): 950–965.e28. дои : 10.1016/j.cell.2017.10.014 . ISSN   1097-4172 . ПМЦ   5693358 . ПМИД   29100075 .
  47. ^ Хмельяк, Юлия; Санчес-Вега, Франциско; Ходли, Кэтрин А.; Ши, Джулианн; Стюарт, Чип; Хейман, Дэвид; Тарпи, Патрик; Данилова, Людмила; Дрилл, Эстер; Гибб, Юэн А.; Боулби, Реанна (3 декабря 2018 г.). «Интегративная молекулярная характеристика злокачественной мезотелиомы плевры» . Открытие рака . 8 (12): 1548–1565. дои : 10.1158/2159-8290.CD-18-0804 . ISSN   2159-8274 . ПМК   6310008 . ПМИД   30322867 .
  48. ^ Шен, Хуэй; Ши, Джулианн; Холлерн, Дэниел П.; Ван, Линхуа; Боулби, Реанн; Тику, Сатиш К.; Торссон, Вестейн; Мангалл, Эндрю Дж.; Ньютон, Юлия; Хегде, Апурва М.; Армения, Джошуа (12 июня 2018 г.). «Комплексная молекулярная характеристика опухолей яичка из зародышевых клеток» . Отчеты по ячейкам . 23 (11): 3392–3406. дои : 10.1016/j.celrep.2018.05.039 . ISSN   2211-1247 . ПМК   6075738 . ПМИД   29898407 .
  49. ^ МакЛендон, Роджер; Фридман, Аллан; Бигнер, Даррелл; Ван Меир, Эрвин Г.; Брат, Дэниел Дж.; м. Мастроджанакис, Гена; Олсон, Джеффри Дж.; Миккельсен, Том; Леман, Норман; Алдапе, Кен; Альфред Янг, WK; Боглер, Оливер; Ванденберг, Скотт; Бергер, Митчелл; Медоуз, Майкл; Музный, Донна; Морган, Маргарет; Шерер, Стив; Сабо, Анико; Назарет, Линн; Льюис, Лора; Холл, Отис; Чжу, Имин; Рен, Янру; Алви, Омар; Яо, Цзицян; Хоуз, Элис; Джангиани, Шалини; Фаулер, Джеральд; и др. (октябрь 2008 г.). «Комплексная геномная характеристика определяет гены глиобластомы человека и основные пути» . Природа 455 (7216): 1061–8. Бибкод : 2008Nature.455.1061M дои : 10.1038/nature07385 . ПМЦ   2671642 . ПМИД   18772890 .
  50. ^ «Портал данных Атласа генома рака» . НЦИ и НХГРИ . Проверено 28 апреля 2009 г.
  51. ^ «Портал данных Атласа генома рака» . Национальный институт здоровья . Проверено 2 ноября 2010 г.
  52. ^ Верхаак, Роэл Г.В.; Ходли, Кэтрин А.; Пурдом, Элизабет; Ван, Виктория; Ци, Юань; Вилкерсон, Мэтью Д.; Миллер, К. Райан; Дин, Ли; Голуб, Тодд; Месиров, Джилл П .; Алекс, Габриэле; Лоуренс, Майкл; О'Келли, Майкл; Тамайо, Пабло; Вейр, Барбара А.; Габриэль, Стейси; Винклер, Венди; Гупта, Суприя; Джаккула, Лакшми; Фейлер, Хайди С.; Ходжсон, Дж. Грэм; Джеймс, К. Дэвид; Саркария, Ян Н.; Бреннан, Кэмерон; Кан, Ари; Спеллман, Пол Т.; Уилсон, Ричард К .; Спид, Теренс П .; Грей, Джо В.; Мейерсон, Мэтью; Гетц, Гад; Перу, Чарльз М.; Хейс, Д. Нил (2010). «Интегрированный геномный анализ идентифицирует клинически значимые подтипы глиобластомы, характеризующиеся аномалиями PDGFRA, IDH1, EGFR и NF1» . Раковая клетка . 17 (1): 98–110. дои : 10.1016/j.ccr.2009.12.020 . ПМЦ   2818769 . ПМИД   20129251 .
  53. ^ Нушмер Х; Вайзенбергер диджей; Дифес К; и др. (май 2010 г.). «Идентификация фенотипа метилатора CpG-островков, который определяет отдельную подгруппу глиомы» . Раковая клетка . 17 (5): 510–22. дои : 10.1016/j.ccr.2010.03.017 . ПМЦ   2872684 . ПМИД   20399149 .
  54. ^ «Подтип глиомы с менее тяжелым исходом» . Проверено 6 марта 2011 г.
  55. ^ Белл, Д.; Берчук, А.; Биррер, М.; Чиен, Дж.; Крамер, Д.В.; Дао, Ф.; Дхир, Р.; Дисайя, П.; Габра, Х.; Гленн, П.; Годвин, АК; Гросс, Дж.; Хартманн, Л.; Хуанг, М.; Хантсман, Д.Г.; Якокка, М.; Имелински, М.; Каллогер, С.; Карлан, BY; Левин, Д.А.; Миллс, Великобритания; Моррисон, К.; Матч, Д.; Ольвера, Н.; Орсулич, С.; Парк, К.; Петрелли, Н.; Рабено, Б.; Рейдер, Дж.С.; и др. (2011). «Комплексный геномный анализ рака яичников» . Природы . 474 (7353): 609–15. дои : 10.1038/nature10166 . ПМК   3163504 . ПМИД   21720365 .
  56. ^ Сеть Атласа генома рака; и др. (2012). «Комплексная молекулярная характеристика рака толстой и прямой кишки человека» . Природа . 487 (7407): 330–7. Бибкод : 2012Natur.487..330T . дои : 10.1038/nature11252 . ПМК   3401966 . ПМИД   22810696 .
  57. ^ Кандот С., Маклеллан М.Д., Вандин Ф., Йе К., Ню Б., Лу С., Се М., Чжан К., МакМайкл Дж.Ф., Вычалковски М.А., Лейзерсон М.Д., Миллер К.А., Уэлч Дж.С., Уолтер М.Дж., Вендл М.К. , Лей Т.Дж. , Уилсон Р.К. , Рафаэль Б.Дж., Дин Л. (2013). «Мутационный ландшафт и значение 12 основных типов рака» . Природа . 502 (7471): 333–9. Бибкод : 2013Natur.502..333K . дои : 10.1038/nature12634 . ПМЦ   3927368 . ПМИД   24132290 .
  58. ^ Ходли, Кэтрин А.; Яу, Кристина; Хиноуэ, Тосинори; Вольф, Дениз М.; Лазар, Александр Дж.; Дрилл, Эстер; Шен, Ронглай; Тейлор, Элисон М.; Черняк, Эндрю Д.; Торссон, Вестейн; Акбани, Рехан (05 апреля 2018 г.). «Образцы клеточного происхождения доминируют в молекулярной классификации 10 000 опухолей 33 типов рака» . Клетка . 173 (2): 291–304.e6. дои : 10.1016/j.cell.2018.03.022 . ISSN   1097-4172 . ПМЦ   5957518 . ПМИД   29625048 .
  59. ^ Мальта, Татьяна М.; Соколов Артем; Джентлс, Эндрю Дж.; Буржиковски, Томас; Пуассон, Лейла; Вайнштейн, Джон Н.; Каминская, Божена; Хюльскен, Йорг; Омберг, Ларссон; Геверт, Оливер; Колаприко, Антонио (05 апреля 2018 г.). «Машинное обучение выявляет особенности стволовости, связанные с онкогенной дедифференцировкой» . Ячейка 173 (2):338–354.e15. дои : 10.1016/j.cell.2018.03.034 . ISSN   1097-4172 . ПМК   5902191 . ПМИД   29625051 .
  60. ^ Бергер, Эштон К.; Коркут, Анил; Канчи, Рупа С.; Хегде, Апурва М.; Ленуар, Уолтер; Лю, Вэньбинь; Лю, Юэсинь; Фань, Хуэйхуэй; Шен, Хуэй; Равикумар, Висвесваран; Рао, Арвинд (9 апреля 2018 г.). «Комплексное панраковое молекулярное исследование гинекологического рака и рака молочной железы» . Раковая клетка . 33 (4): 690–705.е9. дои : 10.1016/j.ccell.2018.03.014 . ISSN   1878-3686 . ПМЦ   5959730 . ПМИД   29622464 .
  61. ^ Лю, Ян; Сети, Нилай С.; Хиноуэ, Тосинори; Шнайдер, Барбара Г.; Черняк, Эндрю Д.; Санчес-Вега, Франциско; Сеоан, Хосе А.; Фаршидфар, Фаршад; Боулби, Реанн; Ислам, Миразул; Ким, Джегил (9 апреля 2018 г.). «Сравнительный молекулярный анализ аденокарцином желудочно-кишечного тракта» . Раковая клетка . 33 (4): 721–735.e8. дои : 10.1016/j.ccell.2018.03.010 . ISSN   1878-3686 . ПМЦ   5966039 . ПМИД   29622466 .
  62. ^ Кэмпбелл, Джошуа Д.; Яу, Кристина; Боулби, Реанн; Лю, Юэсинь; Бреннан, Кевин; Фань, Хуэйхуэй; Тейлор, Элисон М.; Ван, Чен; Уолтер, Вонн; Акбани, Рехан; Байерс, Лорен Аверетт (3 апреля 2018 г.). «Геномные, сеть путей и иммунологические особенности, отличающие плоскоклеточный рак» . Отчеты по ячейкам . 23 (1): 194–212.e6. дои : 10.1016/j.celrep.2018.03.063 . ISSN   2211-1247 . ПМК   6002769 . ПМИД   29617660 .
  63. ^ Рикеттс, Кристофер Дж.; Де Кубас, Агирре А.; Фань, Хуэйхуэй; Смит, Кристоф К.; Ланг, Мартин; Резник, Эд; Боулби, Реанн; Гибб, Юэн А.; Акбани, Рехан; Берухим, Рамин; Боттаро, Дональд П. (3 апреля 2018 г.). «Атлас генома рака, комплексная молекулярная характеристика почечно-клеточного рака» . Отчеты по ячейкам . 23 (1): 313–326.e5. дои : 10.1016/j.celrep.2018.03.075 . ISSN   2211-1247 . ПМК   6075733 . ПМИД   29617669 .
  64. ^ Дин, Ли ; Бейли, Мэтью Х.; Порта-Пардо, Эдуард; Торссон, Вестейнн; Колаприко, Антонио; Бертран, Дени; Гиббс, Дэвид Л.; Вирасингхе, Амила; Хуан, Гуань-Лин; Токхейм, Коллин; Кортес-Сириано, Исидро (05 апреля 2018 г.). «Взгляд на онкогенные процессы в конце начала геномики рака» . Клетка . 173 (2): 305–320.e10. дои : 10.1016/j.cell.2018.03.033 . ISSN   1097-4172 . ПМК   5916814 . ПМИД   29625049 .
  65. ^ Хуан, Гуань-Лин; Маршл, Р. Джей; Ву, учись; Риттер, Дебора И.; Ван, Цзяинь; О, Клара; Пачковска, Марта; Рейнольдс, Шейла; Вычалковски, Мэтью А.; Дуб, Нинад; Скотт, Адам Д. (05 апреля 2018 г.). «Патогенные варианты зародышевой линии при 10 389 видах рака у взрослых» . Ячейка 173 (2):355–370.e14. дои : 10.1016/j.cell.2018.03.039 . ISSN   1097-4172 . ПМЦ   5949147 . ПМИД   29625052 .
  66. ^ Бейли, Мэтью Х.; Токхейм, Коллин; Порта-Пардо, Эдуард; Сенгупта, Сохини; Бертран, Дени; Вирасингхе, Амила; Колаприко, Антонио; Вендл, Майкл С.; Ким, Джегил; Рирдон, Брендан; Нг, Патрик Квок-Шинг (05 апреля 2018 г.). «Комплексная характеристика генов и мутаций, вызывающих рак» . Клетка . 173 (2): 371–385.e18. дои : 10.1016/j.cell.2018.02.060 . ISSN   1097-4172 . ПМК   6029450 . ПМИД   29625053 .
  67. ^ Гао, Цинсун; Лян, Вэнь-Вэй; Фольц, Стивен М.; Мутарасу, Гнанавель; Джаясингхе, Рейка Г.; Цао, Сун; Ляо, Вэнь-Вэй; Рейнольдс, Шейла М.; Вычалковски, Мэтью А.; Яо, Лицзюнь; Ю, Лихуа (03 апреля 2018 г.). «Слияние драйверов и их значение в развитии и лечении рака человека» . Отчеты по ячейкам . 23 (1): 227–238.e3. дои : 10.1016/j.celrep.2018.03.050 . ISSN   2211-1247 . ПМЦ   5916809 . ПМИД   29617662 .
  68. ^ Торссон, Вестейн; Гиббс, Дэвид Л.; Браун, Скотт Д.; Вольф, Дениз; Бортоне, Данте С.; Оу Ян, Тай Сянь; Порта-Пардо, Эдуард; Гао, Гален Ф.; Плезье, Кристофер Л.; Эдди, Джеймс А.; Зив, Элад (17 апреля 2018 г.). «Иммунный ландшафт рака» . Иммунитет . 48 (4):812–830.e14. doi : 10.1016/j.immuni.2018.03.023 . ISSN   1097-4180 . ПМЦ   5982584 . ПМИД   29628290 .
  69. ^ Сальц, Джоэл; Гупта, Раджарши; Хоу, Ле; Курц, Тахсин; Сингх, Панкадж; Нгуен, Ву; Самарас, Дмитрий; Шройер, Кеннет Р.; Чжао, Тяньхао; Батист, Ребекка; Ван Арнам, Джон (3 апреля 2018 г.). «Пространственная организация и молекулярная корреляция проникающих в опухоль лимфоцитов с использованием глубокого обучения на патологических изображениях» . Отчеты по ячейкам . 23 (1): 181–193.e7. дои : 10.1016/j.celrep.2018.03.086 . ISSN   2211-1247 . ПМЦ   5943714 . ПМИД   29617659 .
  70. ^ Тейлор, Элисон М.; Ши, Джулианн; Ха, Гэвин; Гао, Гален Ф.; Чжан, Сяоян; Бергер, Эштон К.; Шумахер, Стивен Э.; Ван, Чен; Ху, Хай; Лю, Цзяньфан; Лазар, Александр Дж. (09 апреля 2018 г.). «Геномные и функциональные подходы к пониманию раковой анеуплоидии» . Раковая клетка . 33 (4): 676–689.e3. дои : 10.1016/j.ccell.2018.03.007 . ISSN   1878-3686 . ПМК   6028190 . ПМИД   29622463 .
  71. ^ Чен, Хан; Ли, Чунянь; Пэн, Синьсинь; Чжоу, Чжичэн; Вайнштейн, Джон Н.; Сеть исследований Атласа генома рака; Лян, Хан (05 апреля 2018 г.). «Панраковый анализ экспрессии энхансеров в почти 9000 образцах пациентов» . Клетка . 173 (2): 386–399.e12. дои : 10.1016/j.cell.2018.03.027 . ISSN   1097-4172 . ПМК   5890960 . ПМИД   29625054 .
  72. ^ Ван, Цзехуа; Ян, Бо; Чжан, Мин; Го, Вэйвэй; У, Чжиюань; Ван, Юэ; Цзя, Линь; Ли, Сун; Сеть исследований Атласа генома рака; Се, Вэнь; Ян, Да (09 апреля 2018 г.). «Анализ эпигенетического ландшафта днРНК идентифицирует EPIC1 как онкогенную днРНК, которая взаимодействует с MYC и способствует прогрессированию клеточного цикла при раке» . Раковая клетка . 33 (4): 706–720.е9. дои : 10.1016/j.ccell.2018.03.006 . ISSN   1878-3686 . ПМК   6143179 . ПМИД   29622465 .
  73. ^ Чиу, Хуа-Шэн; Сомванши, Сонал; Патель, Эктабен; Чен, Тин-Вэнь; Сингх, Вивек П.; Зорман, Барри; Патил, Сагар Л.; Пан, Инхун; Чаттерджи, Суджаш С.; Сеть исследований Атласа генома рака; Суд, Анил К. (3 апреля 2018 г.). «Панраковый анализ регуляции днРНК подтверждает их нацеливание на раковые гены в каждом опухолевом контексте» . Отчеты по ячейкам . 23 (1): 297–312.e12. дои : 10.1016/j.celrep.2018.03.064 . ISSN   2211-1247 . ПМК   5906131 . ПМИД   29617668 .
  74. ^ Джаясингхе, Рейка Г.; Цао, Сун; Гао, Цинсун; Вендл, Майкл С.; Во, Нам Си; Рейнольдс, Шейла М.; Чжао, Яньян; Клименте-Гонсалес, Эктор; Чай, Шэнцзе; Ван, Фанг; Варгезе, Раджиес (3 апреля 2018 г.). «Систематический анализ мутаций, создающих сайты сплайсинга при раке» . Отчеты по ячейкам . 23 (1): 270–281.е3. дои : 10.1016/j.celrep.2018.03.052 . ISSN   2211-1247 . ПМК   6055527 . ПМИД   29617666 .
  75. ^ Эллротт, Кайл; Бейли, Мэтью Х.; Саксена, Гордон; Ковингтон, Кайл Р.; Кандот, Кириак; Стюарт, Чип; Хесс, Джулиан; Ма, Сингер; Чиотти, Ками Э.; Маклеллан, Майкл; София, Хайди Дж. (28 марта 2018 г.). «Масштабируемый открытый научный подход к вызову мутаций экзомов опухолей с использованием нескольких геномных конвейеров» . Клеточные системы . 6 (3): 271–281.e7. дои : 10.1016/j.cels.2018.03.002 . ISSN   2405-4712 . ПМК   6075717 . ПМИД   29596782 .
  76. ^ Лю, Цзяньфан; Лихтенберг, Тара; Ходли, Кэтрин А.; Пуассон, Лейла М.; Лазар, Александр Дж.; Черняк, Эндрю Д.; Коватич, Альберт Дж.; Бенц, Кристофер С.; Левин, Дуглас А.; Ли, Адриан В.; Омберг, Ларссон (05 апреля 2018 г.). «Интегрированный ресурс клинических данных TCGA по панраковым заболеваниям для обеспечения высококачественной аналитики результатов выживаемости» . Клетка . 173 (2): 400–416.e11. дои : 10.1016/j.cell.2018.02.052 . ISSN   1097-4172 . ПМК   6066282 . ПМИД   29625055 .
  77. ^ Калес, Андре; Леманн, Кьонг-Ван; Туссен, Нора К.; Хюзер, Матиас; Старк, Стефан Г.; Заксенберг, Тимо; Стегл, Оливер; Кольбахер, Оливер; Сандер, Крис; Сеть исследований Атласа генома рака; Ретч, Гуннар (13 августа 2018 г.). «Комплексный анализ альтернативного сплайсинга опухолей у 8705 пациентов» . Раковая клетка . 34 (2): 211–224.e6. дои : 10.1016/j.ccell.2018.07.001 . ISSN   1878-3686 . ПМЦ   9844097 . ПМИД   30078747 . S2CID   51923069 .
  78. ^ Санчес-Вега, Фрэнсис; Я, Марк; Армения, Джошуа; Чатила, Валид К.; Мун, Августин; Ла, Коннор С.; Деметрий, София; Лю, Дэвид Л.; Кандидат, Хэвиш С.; Сагхафиния, Садег; Чакраварти, Дебиани (05 апреля 2018 г.). «Онкогенные сигнальные пути в Атласе генома рака» . Ячейка 173 (2):321–337.e10. дои : 10.1016/j.cell.2018.03.035 . ISSN   1097-4172 . ПМК   6070353 . ПМИД   29625050 .
  79. ^ Шауб, Франц X.; Дханкани, Варша; Бергер, Эштон К.; Триведи, Михир; Ричардсон, Энн Б.; Шоу, Рид; Чжао, Вэй; Чжан, Сяоян; Вентура, Андреа; Лю, Юэсинь; Айер, Дональд Э. (28 марта 2018 г.). «Панраковые изменения онкогена MYC и его проксимальной сети в Атласе генома рака» . Клеточные системы . 6 (3): 282–300.e2. дои : 10.1016/j.cels.2018.03.003 . ISSN   2405-4712 . ПМЦ   5892207 . ПМИД   29596783 .
  80. ^ Путь, Грегори П.; Санчес-Вега, Франциско; Ла, Коннор; Армения, Джошуа; Чатила, Валид К.; Луна, Огюстен; Сандер, Крис; Черняк, Эндрю Д.; Мина, Марко; Чириелло, Джованни; Шульц, Николаус (3 апреля 2018 г.). «Машинное обучение обнаруживает активацию пути Ras панрака в Атласе генома рака» . Отчеты по ячейкам . 23 (1): 172–180.е3. дои : 10.1016/j.celrep.2018.03.046 . ISSN   2211-1247 . ПМЦ   5918694 . ПМИД   29617658 .
  81. ^ Книненбург, Тео А.; Ван, Линхуа; Циммерманн, Майкл Т.; Чамбве, Няша; Гао, Гален Ф.; Черняк, Эндрю Д.; Фань, Хуэйхуэй; Шен, Хуэй; Путь, Грегори П.; Грин, Кейси С.; Лю, Юэсинь (3 апреля 2018 г.). «Геномный и молекулярный ландшафт дефицита восстановления повреждений ДНК в Атласе генома рака» . Отчеты по ячейкам . 23 (1): 239–254.e6. дои : 10.1016/j.celrep.2018.03.076 . ISSN   2211-1247 . ПМЦ   5961503 . ПМИД   29617664 .
  82. ^ Пэн, Синьсинь; Чен, Чжунюань; Фаршидфар, Фаршад; Сюй, Сяоянь; Лоренци, Филип Л.; Ван, Юмэн; Ченг, Фейсюн; Тан, Лин; Моджумдар, Камалика; Ду, Ди; Гэ, Чжунци (03 апреля 2018 г.). «Молекулярная характеристика и клиническая значимость подтипов метаболической экспрессии при раке человека» . Отчеты по ячейкам . 23 (1): 255–269.e4. дои : 10.1016/j.celrep.2018.03.077 . ISSN   2211-1247 . ПМЦ   5916795 . ПМИД   29617665 .
  83. ^ Ге, Чжунци; Ван, Юмэн; Чэнь, Чжунюань, Ху; Сунь, Яо, Фан; Чжан, Хуэйвэнь; 03). «Комплексный геномный анализ путей убиквитина в разных типах рака» ( . 23 1 ): 213–226.e3 : PMID 10.1016 . ISSN   2211-1247 . PMC   5916807. j.celrep.2018.03.047 /   29617661 .
  84. ^ Зейлер, Майкл; Пэн, Шойён; Агравал, Анант А.; Палачино, Джеймс; Тэн, Тэн; Чжу, Пин; Смит, Питер Г.; Сеть исследований Атласа генома рака; Буонамичи, Сильвия; Ю, Лихуа (03 апреля 2018 г.). «Соматический мутационный ландшафт генов факторов сплайсинга и их функциональные последствия для 33 типов рака» . Отчеты по ячейкам . 23 (1): 282–296.e4. дои : 10.1016/j.celrep.2018.01.088 . ISSN   2211-1247 . ПМК   5933844 . ПМИД   29617667 .
  85. ^ Коркут, Анил; Заиди, Собия; Канчи, Рупа С.; Рао, Шуюнь; Гоф, Нэнси Р.; Шульц, Андре; Ли, Сюбин; Лоренци, Филип Л.; Бергер, Эштон К.; Робертсон, Гордон; Квонг, Лоуренс Н. (24 октября 2018 г.). «Панраковый анализ выявляет высокочастотные генетические изменения в медиаторах передачи сигналов суперсемейства TGF-β» . Клеточные системы . 7 (4): 422–437.e7. дои : 10.1016/j.cels.2018.08.010 . ISSN   2405-4712 . ПМК   6370347 . PMID   30268436 .
  86. ^ Ван, Юмэн; Сюй, Сяоянь; Маглик, Деян; Дилл, Майкл Т.; Моджумдар, Камалика; Нг, Патрик Квок-Шинг; Чон, Кан Джин; Цанг, Ю Хуэнь; Морено, Даниэла; Бхавана, Венката Хеманджани; Пэн, Синьсинь (30 октября 2018 г.). «Комплексная молекулярная характеристика сигнального пути гиппопотама при раке» . Отчеты по ячейкам . 25 (5): 1304–1317.e5. дои : 10.1016/j.celrep.2018.10.001 . ISSN   2211-1247 . ПМК   6326181 . ПМИД   30380420 .
  87. ^ Корсес, М. Райан; Гранха, Джеффри М.; Шамс, Шади; Луи, Брайан Х.; Сеоан, Хосе А.; Чжоу, Ваньдин; Сильва, Тьяго К.; Груневельд, Кларис; Вонг, Кристофер К.; Чо, Сын У; Сатпати, Ансуман Т. (26 октября 2018 г.). «Ландшафт доступности хроматина при первичных раковых заболеваниях человека» . Наука . 362 (6413). Бибкод : 2018Sci...362.1898C . дои : 10.1126/science.aav1898 . ISSN   0036-8075 . ПМК   6408149 . ПМИД   30361341 .
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=The_Cancer_Genome_Atlas&oldid=1219776211"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 664abaee557a82f85f286ae8546741b3__1713542760
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/66/b3/664abaee557a82f85f286ae8546741b3.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
The Cancer Genome Atlas - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)