Проект иммунологического генома

Проект иммунологического генома
Содержание
Организмы	иммунные клетки мыши.
Контакт
Лаборатория	различные лаборатории в США
Доступ
Веб-сайт	www .что-либо .org

Проект Иммунологического Генома (ImmGen) — это совместный научно -исследовательский проект , который в настоящее время создает базу данных по экспрессии генов для всех охарактеризованных иммунных клеток у мышей. Основная цель проекта — компьютерная реконструкция регуляторной сети генов в иммунных клетках.

. ^{[ 1 ]} Все данные, сгенерированные в рамках ImmGen, размещаются в свободном и публичном доступе на портале ImmGen [1] .

Проект ImmGen начался в 2008 году как сотрудничество нескольких лабораторий иммунологии и вычислительной биологии в Соединенных Штатах и завершится второй этап в 2017 году. В настоящее время необработанные данные и специализированные браузеры данных из первого и второго этапов доступны на сайте www. ImmGen.org.

Проект

Фон

Истинное понимание дифференцировки клеток иммунной системы потребует общего взгляда на транскрипционный профиль каждого типа клеток адаптивной толерогенными и врожденной иммунной системы, а также на то, как эти профили развиваются посредством дифференцировки клеток или активации иммуногенными или лигандами . Проект ImmGen направлен на создание дорожной карты этих транскрипционных состояний. ^{[ нужна ссылка ]}

Справочник по экспрессии генов

Первой целью ImmGen является создание сборника полногеномных транскрипционных профилей (первоначально с помощью микрочипов , теперь в основном путем секвенирования РНК ) почти для всех охарактеризованных популяций клеток адаптивной и врожденной иммунной системы у мышей на основных стадиях дифференцировки. и активация. Эти усилия осуществляются группой сотрудничающих исследовательских лабораторий иммунологии по всей территории США. Каждая из лабораторий обладает уникальными знаниями в области определенной клеточной линии , и все они используют стандартизированные процедуры сортировки клеток . В настоящее время сборник данных микрочипов включает более 250 иммунологически значимых типов клеток из всех лимфоидных органов и других тканей, которые контролируются иммунными клетками. ^{[ нужна ссылка ]}

Публикации

По мере накопления сборника была опубликована серия отчетов ImmGen. В некоторых отчетах, посвященных конкретным линиям, описываются гемопоэтические стволовые клетки . ^{[ 2 ]} естественные клетки-киллеры , ^{[ 3 ]} нейтрофилы, ^{[ 4 ]} В- и Т-клетки , ^{[ 5 ]} естественные клетки-киллеры, ^{[ 6 ]} макрофаги , ^{[ 7 ]} дендритные клетки , ^{[ 8 ]} альфа-бета Т-клетки, ^{[ 9 ]} гамма-дельта Т-клетки, ^{[ 10 ]} активированные Т-клетки CD8 , ^{[ 11 ]} врожденные лимфоидные клетки, ^{[ 12 ]} и стромальные клетки лимфатических узлов . ^{[ 13 ]} Хотя большая часть транскрипционного профилирования проводилась на мышах B6, также изучался эффект генетических вариаций. ^{[ 14 ]} На втором этапе ImmGen началось профилирование активированных иммунных клеток. использовалась Реакция интерферона в качестве тестового примера. ^{[ 15 ]}

Модель биоинформационной сети регуляции генов

Несколько групп сотрудничающих компьютерных биологов (Регев и Коллер) использовали эти данные для реверс-инжиниринга генетической регуляторной сети в иммунных клетках. ^{[ 16 ]} и сравните ее с иммунной системой человека ^{[ 17 ]} Первоначальное исследование дифференциального сплайсинга в иммунных линиях было проведено с использованием как микрочипов, так и секвенирования РНК. ^{[ 18 ]}

Визуальное представление данных

Участники проекта с факультета компьютерных наук Университета Брауна также изучают новые способы представления данных ImmGen, разрабатывая и курируя публичное представление. ^{[ нужна ссылка ]}

Члены

В число участвующих иммунологических лабораторий входят:

Бреннер (NKT, BWH, Бостон), Голдрат (активированные Т-клетки CD8, Калифорнийский университет в Сан-Диего , Сан-Диего), Канг (гамма-дельта Т-клетки, Университет Массачусетса, Вустер), Ланье (NK, UCSF , Сан-Франциско), Матис/Бенуа (альфа-бета-Т-клетки, HMS, Бостон), Мерад и Рэндольф (моноциты и макрофаги, Гора Синай , Нью-Йоркский и Вашингтонский университет в Сент-Луисе ), Росси (HSC, Children's, Бостон), Turley (округ Колумбия, DFCI, Бостон) и Wagers (HSC, Джослин, Бостон). ^{[ нужна ссылка ]}

К сожалению, в июне 2016 года скончался Ричард (Рэнди) Харди (Фокс Чейз, Филадельфия), который был членом ImmGen с момента его создания.

Текущий статус

По состоянию на август 2016 года компания Immgen профилировала более 250 популяций наивных клеток у мышей с помощью микрочипов и несколько десятков типов активированных клеток с помощью секвенирования РНК. ^{[ нужна ссылка ]}

Доступ к данным

Статус проекта и подробную информацию можно увидеть на сайте ( ImmGen ). Этот сайт также включает в себя специальный браузер данных, с помощью которого пользователи могут в интерактивном режиме исследовать профили экспрессии определенных генов, сети совместно регулируемых генов и генов, которые лучше всего различают разные типы клеток. Необработанные данные доступны на сайте Gene Expression Omnibus NCBI [2].

См. также

Ссылки

^ Хенг, Т.С., М.В. Пейнтер и К. Проект иммунологического генома (2008). «Проект иммунологического генома: сети экспрессии генов в иммунных клетках». Нат Иммунол 9 (10): 1091-1094.
^ Газит, Р., Б.С. Гаррисон, Т.Н. Рао, Т. Шей, Дж. Костелло, Дж. Эриксон, Ф. Ким, Дж. Дж. Коллинз, А. Регев, А. Дж. Вейджерс, DJ Росси и C. Проект иммунологического генома (2013). «Анализ транскриптома идентифицирует регуляторы гемопоэтических стволовых клеток и клеток-предшественников». Отчеты о стволовых клетках 1 (3): 266-280.
^ Коэн, Н. Р., П. Дж. Бреннан, Т. Шей, Г. Ф. Уоттс, М. Бригл, Дж. Канг, М. Б. Бреннер и C. ImmGen Project (2013). «Общие и различные программы транскрипции лежат в основе гибридной природы клеток iNKT». Нат Иммунол 14(1): 90-99.
^ Эриксон, Дж. А., П. Даффо, К. Ясуда, А. Ортис-Лопес, К. Ротамель, И. Р. Рифкин, П. А. Монах и К. ИммГен (2014). «Экспрессия генов во время генерации и активации нейтрофилов мыши: влияние новых функциональных и регуляторных путей». PLoS One 9(10): e108553.
^ Пейнтер, М.В., С. Дэвис, Р.Р. Харди, Д. Матис, К. Бенуа и К. Проект иммунологического генома (2011). «Транскриптомы линий B и T по сравнению с помощью мультиплатформенного профилирования микрочипов». J Иммунол 186(5): 3047-3057.
^ Безман, Н.А., К.С. Ким, Дж. К. Сан, Г. Мин-Оо, Д. В. Хендрикс, Ю. Камимура, Дж. А. Бест, А. В. Голдрат, Л. Л. Ланье и К. Проект иммунологического генома (2012).
^ Готье, Э.Л., Т. Шей, Дж. Миллер, М. Гретер, К. Якубзик, С. Иванов, Дж. Хелфт, А. Чоу, К. Г. Элпек, С. Гордонов, А. Р. Мазлум, А. Мааян, WJ Чуа, Т.Х. Хансен, С.Дж. Терли, М. Мерад, Г.Дж. Рэндольф и К. Иммунологический геном (2012). «Профили экспрессии генов и пути регуляции транскрипции, которые лежат в основе идентичности и разнообразия макрофагов тканей мыши». Нат Иммунол 13(11): 1118-1128.
^ Миллер, Дж. К., Б. Д. Браун, Т. Шей, Э. Л. Готье, В. Йохич, А. Кохейн, Г. Панди, М. Лебёф, К. Г. Элпек, Дж. Хелфт, Д. Хашимото, А. Чоу, Дж. Прайс, М. Гретер, М. Богунович, А. Бельмар-Пеллетье, П. С. Френетт, Г. Дж. Рэндольф, С. Дж. Терли, М. Мерад и К. Иммунологический геном (2012). «Расшифровка транскрипционной сети линии дендритных клеток». Нат Иммунол 13 (9): 888-899.
^ Мингено, М., Т. Креславский, Д. Грей, Т. Хенг, Р. Круз, Дж. Эриксон, С. Бендалл, М. Х. Спитцер, Г. П. Нолан, К. Кобаяши, Х. фон Бемер, Д. Матис, С. Бенуа, К. Иммунологический геном, А.Дж. Бест, Дж. Нелл, А. Голдрат, В. Джойк, Д. Коллер, Т. Шей, А. Регев, Н. Коэн, П. Бреннан, М. Бреннер, Ф. Ким, Т. Нагешвара Рао, А. Вейгерс, Т. Хенг, Дж. Эриксон, К. Ротамель, А. Ортис-Лопес, Д. Матис, К. Бенуа, Н.А. Безман, Дж.С.Сун, Г.Мин-Оо, К.С.Ким, Л.Л.Ланье, Дж.Миллер, Б.Браун, М.Мерад, Э.Л.Готье, К.Якубзик, Г. Дж. Рэндольф, П. Монах, Д. А. Блэр, М. Л. Дастин, С. А. Шинтон, Р. Р. Харди, Д. Лэйдлоу, Дж. Коллинз, Р. Газит, Д. Д. Росси, Н. Малхотра, К. Сильвия, Дж. Канг, Т. Креславски, А. Флетчер, К. Элпек, А. Бельмар-Пеллетье, Д. Малхотра и С. Терли (2013). «Транскрипционный ландшафт дифференцировки Т-клеток алфавита». Нат Иммунол 14(6): 619-632.
^ Нараян, К., К.Э. Сильвия, Н. Малхотра, К.С. Инь, Г. Мартенс, Т. Валлерског, Х. Корнфельд, Н. Сюн, Н. Р. Коэн, М. Б. Бреннер, Л. Дж. Берг, Дж. Канг и К. Проект иммунологического генома (2012). «Внутритимическое программирование эффекторных судеб в трех молекулярно различных подтипах гаммадельта-Т-клеток». Нат Иммунол 13(5): 511-518.
^ Бест, Дж. А., Д. А. Блер, Дж. Нелл, Э. Янг, В. Майя, А. Доденс, М. Л. Дастин, А. В. Голдрат и К. Проект иммунологического генома (2013). «Транкрипционная информация о реакции Т-клеток CD8 (+) на инфекцию и формировании Т-клеток памяти». Нат Иммунол 14(4): 404-412.
^ Малхотра, Н., К. Нараян, О. Чо, К. Э. Сильвия, К. Инь, Х. Меличар, М. Рашиги, В. Лефевр, Дж. Э. Харрис, Л. Дж. Берг, Дж. Канг и К. Проект иммунологического генома (2013) . «Сеть транскрипционных факторов группового бокса с высокой подвижностью программирует врожденное производство интерлейкина-17». Иммунитет 38(4): 681-693.
^ Малхотра, Д., А.Л. Флетчер, Дж. Астарита, В. Лукач-Корнек, П. Тайалия, С.Ф. Гонсалес, К.Г. Элпек, С.К. Чанг, К. Кноблих, М.Е. Хемлер, М.Б. Бреннер, MC Кэрролл, DJ Mooney, SJ Turley и C. Проект иммунологического генома (2012). «Транскрипционное профилирование стромы воспаленных и покоящихся лимфатических узлов определяет иммунологические признаки». Нат Иммунол 13 (5): 499-510.
^ Мостафави, С., А. Ортис-Лопес, М.А. Бог, К. Хаттори, К. Поп, Д. Коллер, Д. Матис, К. Бенуа и К. Иммунологический геном (2014). «Вариации и генетический контроль экспрессии генов в первичных иммуноцитах инбредных линий мышей». Дж Иммунол 193(9): 4485-4496.
^ Мостафави, С., Х. Йошида, Д. Мудли, Х. ЛеБойт, К. Ротамель, Т. Радж, Си Джей Йе, Н. Шеврие, С. Ю. Чжан, Т. Фэн, М. Ли, Дж. Л. Казанова, Дж. Д. Кларк, М. Хеген, Ж. Б. Теллиез, Н. Хакоэн, П. Л. Де Ягер, А. Регев, Д. Матис, К. Бенуа и К. Иммунологический Геномный проект (2016). «Анализ транскрипционной сети интерферона и ее ассоциаций с болезнями». Ячейка 164(3): 564-578.
^ Йойич, В., Т. Шей, К. Сильвия, О. Зук, X. Сан, Дж. Канг, А. Регев и Д. Коллер (2013). «Идентификация регуляторов транскрипции в иммунной системе мышей». Нат Иммунол 14(6): 633-643.
^ Шей, Т., В. Йойич, О. Зук, К. Ротамель, Д. Пуйраймонд-Земмур, Т. Фенг, Э. Вакамацу, К. Бенуа, Д. Коллер, А. Регев и т. д. I. Консорциум (2013). «Консервация и расхождение транскрипционных программ иммунной системы человека и мыши». Труды Национальной академии наук 110 (8): 2946-2951.
^ Эргун, А., Г. Доран, Дж. К. Костелло, Х. Х. Пайк, Дж. Дж. Коллинз, Д. Матис, К. Бенуа и К. ImmGen (2013). «Дифференциальный сплайсинг в линиях иммунной системы». Proc Natl Acad Sci USA 110(35): 14324-14329.

[1] Хенг, Т.С., М.В. Пейнтер и К. Проект иммунологического генома (2008). «Проект иммунологического генома: сети экспрессии генов в иммунных клетках». Нат Иммунол 9 (10): 1091-1094.

[2] Газит, Р., Б.С. Гаррисон, Т.Н. Рао, Т. Шей, Дж. Костелло, Дж. Эриксон, Ф. Ким, Дж. Дж. Коллинз, А. Регев, А. Дж. Вейджерс, DJ Росси и C. Проект иммунологического генома (2013). «Анализ транскриптома идентифицирует регуляторы гемопоэтических стволовых клеток и клеток-предшественников». Отчеты о стволовых клетках 1 (3): 266-280.

[3] Коэн, Н. Р., П. Дж. Бреннан, Т. Шей, Г. Ф. Уоттс, М. Бригл, Дж. Канг, М. Б. Бреннер и C. ImmGen Project (2013). «Общие и различные программы транскрипции лежат в основе гибридной природы клеток iNKT». Нат Иммунол 14(1): 90-99.

[4] Эриксон, Дж. А., П. Даффо, К. Ясуда, А. Ортис-Лопес, К. Ротамель, И. Р. Рифкин, П. А. Монах и К. ИммГен (2014). «Экспрессия генов во время генерации и активации нейтрофилов мыши: влияние новых функциональных и регуляторных путей». PLoS One 9(10): e108553.

[5] Пейнтер, М.В., С. Дэвис, Р.Р. Харди, Д. Матис, К. Бенуа и К. Проект иммунологического генома (2011). «Транскриптомы линий B и T по сравнению с помощью мультиплатформенного профилирования микрочипов». J Иммунол 186(5): 3047-3057.

[6] Безман, Н.А., К.С. Ким, Дж. К. Сан, Г. Мин-Оо, Д. В. Хендрикс, Ю. Камимура, Дж. А. Бест, А. В. Голдрат, Л. Л. Ланье и К. Проект иммунологического генома (2012).

[7] Готье, Э.Л., Т. Шей, Дж. Миллер, М. Гретер, К. Якубзик, С. Иванов, Дж. Хелфт, А. Чоу, К. Г. Элпек, С. Гордонов, А. Р. Мазлум, А. Мааян, WJ Чуа, Т.Х. Хансен, С.Дж. Терли, М. Мерад, Г.Дж. Рэндольф и К. Иммунологический геном (2012). «Профили экспрессии генов и пути регуляции транскрипции, которые лежат в основе идентичности и разнообразия макрофагов тканей мыши». Нат Иммунол 13(11): 1118-1128.

[8] Миллер, Дж. К., Б. Д. Браун, Т. Шей, Э. Л. Готье, В. Йохич, А. Кохейн, Г. Панди, М. Лебёф, К. Г. Элпек, Дж. Хелфт, Д. Хашимото, А. Чоу, Дж. Прайс, М. Гретер, М. Богунович, А. Бельмар-Пеллетье, П. С. Френетт, Г. Дж. Рэндольф, С. Дж. Терли, М. Мерад и К. Иммунологический геном (2012). «Расшифровка транскрипционной сети линии дендритных клеток». Нат Иммунол 13 (9): 888-899.

[9] Мингено, М., Т. Креславский, Д. Грей, Т. Хенг, Р. Круз, Дж. Эриксон, С. Бендалл, М. Х. Спитцер, Г. П. Нолан, К. Кобаяши, Х. фон Бемер, Д. Матис, С. Бенуа, К. Иммунологический геном, А.Дж. Бест, Дж. Нелл, А. Голдрат, В. Джойк, Д. Коллер, Т. Шей, А. Регев, Н. Коэн, П. Бреннан, М. Бреннер, Ф. Ким, Т. Нагешвара Рао, А. Вейгерс, Т. Хенг, Дж. Эриксон, К. Ротамель, А. Ортис-Лопес, Д. Матис, К. Бенуа, Н.А. Безман, Дж.С.Сун, Г.Мин-Оо, К.С.Ким, Л.Л.Ланье, Дж.Миллер, Б.Браун, М.Мерад, Э.Л.Готье, К.Якубзик, Г. Дж. Рэндольф, П. Монах, Д. А. Блэр, М. Л. Дастин, С. А. Шинтон, Р. Р. Харди, Д. Лэйдлоу, Дж. Коллинз, Р. Газит, Д. Д. Росси, Н. Малхотра, К. Сильвия, Дж. Канг, Т. Креславски, А. Флетчер, К. Элпек, А. Бельмар-Пеллетье, Д. Малхотра и С. Терли (2013). «Транскрипционный ландшафт дифференцировки Т-клеток алфавита». Нат Иммунол 14(6): 619-632.

[10] Нараян, К., К.Э. Сильвия, Н. Малхотра, К.С. Инь, Г. Мартенс, Т. Валлерског, Х. Корнфельд, Н. Сюн, Н. Р. Коэн, М. Б. Бреннер, Л. Дж. Берг, Дж. Канг и К. Проект иммунологического генома (2012). «Внутритимическое программирование эффекторных судеб в трех молекулярно различных подтипах гаммадельта-Т-клеток». Нат Иммунол 13(5): 511-518.

[11] Бест, Дж. А., Д. А. Блер, Дж. Нелл, Э. Янг, В. Майя, А. Доденс, М. Л. Дастин, А. В. Голдрат и К. Проект иммунологического генома (2013). «Транкрипционная информация о реакции Т-клеток CD8 (+) на инфекцию и формировании Т-клеток памяти». Нат Иммунол 14(4): 404-412.

[12] Малхотра, Н., К. Нараян, О. Чо, К. Э. Сильвия, К. Инь, Х. Меличар, М. Рашиги, В. Лефевр, Дж. Э. Харрис, Л. Дж. Берг, Дж. Канг и К. Проект иммунологического генома (2013) . «Сеть транскрипционных факторов группового бокса с высокой подвижностью программирует врожденное производство интерлейкина-17». Иммунитет 38(4): 681-693.

[13] Малхотра, Д., А.Л. Флетчер, Дж. Астарита, В. Лукач-Корнек, П. Тайалия, С.Ф. Гонсалес, К.Г. Элпек, С.К. Чанг, К. Кноблих, М.Е. Хемлер, М.Б. Бреннер, MC Кэрролл, DJ Mooney, SJ Turley и C. Проект иммунологического генома (2012). «Транскрипционное профилирование стромы воспаленных и покоящихся лимфатических узлов определяет иммунологические признаки». Нат Иммунол 13 (5): 499-510.

[14] Мостафави, С., А. Ортис-Лопес, М.А. Бог, К. Хаттори, К. Поп, Д. Коллер, Д. Матис, К. Бенуа и К. Иммунологический геном (2014). «Вариации и генетический контроль экспрессии генов в первичных иммуноцитах инбредных линий мышей». Дж Иммунол 193(9): 4485-4496.

[15] Мостафави, С., Х. Йошида, Д. Мудли, Х. ЛеБойт, К. Ротамель, Т. Радж, Си Джей Йе, Н. Шеврие, С. Ю. Чжан, Т. Фэн, М. Ли, Дж. Л. Казанова, Дж. Д. Кларк, М. Хеген, Ж. Б. Теллиез, Н. Хакоэн, П. Л. Де Ягер, А. Регев, Д. Матис, К. Бенуа и К. Иммунологический Геномный проект (2016). «Анализ транскрипционной сети интерферона и ее ассоциаций с болезнями». Ячейка 164(3): 564-578.

[16] Йойич, В., Т. Шей, К. Сильвия, О. Зук, X. Сан, Дж. Канг, А. Регев и Д. Коллер (2013). «Идентификация регуляторов транскрипции в иммунной системе мышей». Нат Иммунол 14(6): 633-643.

[17] Шей, Т., В. Йойич, О. Зук, К. Ротамель, Д. Пуйраймонд-Земмур, Т. Фенг, Э. Вакамацу, К. Бенуа, Д. Коллер, А. Регев и т. д. I. Консорциум (2013). «Консервация и расхождение транскрипционных программ иммунной системы человека и мыши». Труды Национальной академии наук 110 (8): 2946-2951.

[18] Эргун, А., Г. Доран, Дж. К. Костелло, Х. Х. Пайк, Дж. Дж. Коллинз, Д. Матис, К. Бенуа и К. ImmGen (2013). «Дифференциальный сплайсинг в линиях иммунной системы». Proc Natl Acad Sci USA 110(35): 14324-14329.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

v т и Геномика
Поля	Когнитивная геномика Вычислительная геномика Сравнительная геномика Функциональная геномика Геномный проект Проект «Геном человека» Метагеномика Проект микробиома человека Пангеномика Персональная геномика Популяционная геномика Социальная геномика Структурная геномика
Биоинформатика	Биочип Хеминформатика Хемогеномика Коннектомика Проект человеческого коннектома Эпигеномика Проект эпигенома человека гликомика Иммуномика Липидомика Метаболомика Микробиомика Нутригеномика Палеополиплоидия Фармакогенетика Фармакогеномика Системная биология Токсикогеномика Транскриптомика
Структурная биология	Протеомика Проект протеома человека Протеомика карты вызовов Структурно-ориентированный дизайн лекарств Экспрессионная протеомика
Инструменты исследования	2-D электрофорез Масс-спектрометр Ионизация электрораспылением Лазерная десорбция ионизация с помощью матрицы Матрично-активированная лазерная десорбция ионизационно-времяпролетный масс-спектрометр Микрофлюидные инструменты Метки изотопного сродства Захват конформации хромосомы
Организации	Банк данных ДНК Японии (JP) Европейская лаборатория молекулярной биологии (ЕС) Национальные институты здравоохранения (США) Wellcome Sanger Institute (Великобритания)
Список Категория