Аполипопротеин CI

АПОК1
Доступные структуры ПДБ Поиск ортологов: PDBe RCSB showСписок идентификационных кодов PDB 1ALE, 1ALF, 1IOJ, 1OPP
Идентификаторы
Псевдонимы	APOC1 , Apo-CI, ApoC-I, apo-CIB, apoC-IB, аполипопротеин C1, аполипопротеин CI
Внешние идентификаторы	Опустить : 107710 ; МГИ : 88053 ; Гомологен : 136749 ; Генные карты : APOC1 ; ОМА : APOC1 — ортологи
showМестоположение гена ( человек ) Chr. Chromosome 19 (human) Band 19q13.32 Start 44,914,247 bp End 44,919,349 bp
showМестоположение гена ( Мышь ) Chr. Chromosome 7 (mouse) Band 7 A3|7 9.94 cM Start 19,423,406 bp End 19,426,585 bp
show экспрессии РНК Характер Bgee Human Mouse (ortholog) Top expressed in right lobe of liver left adrenal cortex right adrenal cortex nucleus accumbens putamen caudate nucleus right lung spleen substantia nigra hypothalamus Top expressed in left lobe of liver gallbladder lip blastocyst brown adipose tissue skin of external ear yolk sac transitional epithelium of urinary bladder esophagus tunica adventitia of aorta More reference expression data BioGPS n/a
showГенная онтология Molecular function phospholipase inhibitor activity lipase inhibitor activity phosphatidylcholine binding fatty acid binding phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activator activity Cellular component chylomicron very-low-density lipoprotein particle endoplasmic reticulum high-density lipoprotein particle extracellular region Biological process lipid transport chylomicron remnant clearance negative regulation of fatty acid biosynthetic process lipid metabolism positive regulation of cholesterol esterification phospholipid efflux cholesterol metabolic process negative regulation of phosphatidylcholine catabolic process plasma lipoprotein particle remodeling negative regulation of very-low-density lipoprotein particle clearance regulation of cholesterol transport negative regulation of receptor-mediated endocytosis high-density lipoprotein particle remodeling cholesterol efflux negative regulation of cholesterol transport negative regulation of lipoprotein lipase activity very-low-density lipoprotein particle assembly negative regulation of lipid catabolic process triglyceride metabolic process negative regulation of lipid metabolic process positive regulation of catalytic activity very-low-density lipoprotein particle clearance lipoprotein metabolic process Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи Разновидность Человек Мышь Входить 341 11812 Вместе ENSG00000130208 ENSMUSG00000040564 ЮниПрот P02654 P34928 RefSeq (мРНК) НМ_001645 НМ_001321065 НМ_001321066 НМ_001379687 НМ_001110009 НМ_007469 RefSeq (белок) НП_001307994 НП_001307995 НП_001636 НП_001366616 НП_001103479 НП_031495 Местоположение (UCSC) Чр 19: 44,91 – 44,92 Мб Чр 7: 19,42 – 19,43 Мб в PubMed Поиск
Викиданные
Просмотр/редактирование человека Просмотр/редактирование мыши

АпоС-I
структурные исследования ингибитора белка плазмы бабуина (papio sp.) трансферазы эфира холестерина.
Идентификаторы
Символ	АпоС-I
Пфам	PF04691
ИнтерПро	ИПР006781
ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2	1ale / SCOPe / СУПФАМ
показывать Доступные белковые структуры: Pfam   structures / ECOD   PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum structure summary

Аполипопротеин CI — белковый компонент липопротеинов , который у человека кодируется APOC1 геном .

Функция

является членом семейства аполипопротеина С. Белок, кодируемый этим геном , Этот ген экспрессируется преимущественно в печени и активируется, когда моноциты дифференцируются в макрофаги . Для этого гена были обнаружены альтернативно сплайсированные варианты транскрипта, но биологическая ценность некоторых вариантов не определена.

Аполипопротеин CI имеет длину 57 аминокислот, обычно встречающихся в плазме, и отвечает за активацию этерифицированного холестерина лецитина, играя важную роль в обмене этерифицированного холестерина между липопротеинами и в удалении холестерина из тканей. Его основной функцией является ингибирование белка-переносчика эфиров холестерина (CETP), вероятно, путем изменения электрического заряда молекул ЛПВП .

Во время голодания (как и другие аполипопротеины С) он обнаруживается преимущественно в составе ЛПВП , тогда как после еды он обнаруживается на поверхности других липопротеинов. Когда белки, богатые триглицеридами, такие как хиломикроны и ЛПОНП, расщепляются, этот апопротеин снова переносится в ЛПВП. Это один из наиболее положительно заряженных белков в организме человека.

Псевдоген

Псевдоген . этого гена расположен на 4 т.п.н. ниже гена apoC-I в той же ориентации на хромосоме 19, где оба находятся в кластере генов аполипопротеина Этот псевдоген, который, как сообщается, также присутствовал у денисовцев и неандертальцев , возник в результате двух отдельных событий. После отделения обезьян Нового Света от человека ген apoC-I был дублирован. Было показано, что обезьяны Старого Света и человекообразные обезьяны, кроме человека, имеют два активных гена. Один из дубликатов кодирует основной белок, обозначенный как apoC-IB, который ортологичен аполипопротеину CI человека. Другой кодирует кислый белок apoC-IA, который ортологичен виртуальному белку, кодируемому псевдогеном. Событие псевдогенизации произошло где-то между отделением бонобо и шимпанзе от человеческой линии и приходом денисовцев и неандертальцев. Псевдоген возникает в результате изменения одного нуклеотида в кодоне предпоследней аминокислоты, т.е. глутамина, в сигнальной последовательности, что приводит к образованию стоп-кодона.

Интерактивная карта маршрутов

Нажмите на гены, белки и метаболиты ниже, чтобы перейти к соответствующим статьям.

[[Файл:

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

путь статинов |alt= Редактировать ]]

пути статинов Редактирование

Дальнейшее чтение

• Шульман Р.С., Герберт П.Н., Верли К., Фредриксон Д.С. (январь 1975 г.). «Полная аминокислотная последовательность CI (apoLp-Ser), аполипопротеина из липопротеинов очень низкой плотности человека» . Журнал биологической химии . 250 (1): 182–90. дои : 10.1016/S0021-9258(19)41998-4 . ПМИД   166984 .
• Лауэр С.Дж., Уокер Д., Эльшурбаги Н.А., Рирдон К.А., Леви-Уилсон Б., Тейлор Дж.М. (май 1988 г.). «Две копии гена аполипопротеина CI человека тесно связаны с геном аполипопротеина E» . Журнал биологической химии . 263 (15): 7277–86. дои : 10.1016/S0021-9258(18)68638-7 . ПМИД   2835369 .
• Смит М., ван дер Коой-Мейс Э., Вудт Л.П., Хавекес Л.М., Франц Р.Р. (май 1988 г.). «Точная локализация сайта рестрикции HpaI, связанного с семейной дисбеталипопротеинемией, в промоторной области гена APOC1». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 152 (3): 1282–8. дои : 10.1016/S0006-291X(88)80424-8 . ПМИД   2897845 .
• Дэвисон П.Дж., Нортон П., Уоллис С.К., Гилл Л., Кук М., Уильямсон Р., Хамфрис С.Э. (май 1986 г.). «На хромосоме 19 есть две последовательности гена аполипопротеина CI человека (апо CI), одна из которых составляет 4 т.п.н. от гена апо E». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 136 (3): 876–84. дои : 10.1016/0006-291X(86)90414-6 . ПМИД   3013172 .
• Миклебост О., Рогне С. (август 1986 г.). «Ген аполипопротеина CI человека расположен на расстоянии 4,3 тыс. оснований от гена аполипопротеина E на хромосоме 19». Генетика человека . 73 (4): 286–9. дои : 10.1007/BF00279087 . ПМИД   3017837 . S2CID   11662593 .
• Джексон Р.Л., Воробей Дж.Т., Бейкер Х.Н., Моррисетт Дж.Д., Тонтон О.Д., Готто А.М. (август 1974 г.). «Первичная структура аполопопротеина-серина» . Журнал биологической химии . 249 (16): 5308–13. дои : 10.1016/S0021-9258(19)42365-X . ПМИД   4369340 .
• Нотт Т.Дж., Робертсон М.Е., Пристли Л.М., Урдеа М., Уоллис С., Скотт Дж. (май 1984 г.). «Характеристика мРНК, кодирующих предшественник аполипопротеина CI человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 12 (9): 3909–15. дои : 10.1093/нар/12.9.3909 . ПМК   318798 . ПМИД   6328444 .
• Сервилло Л., Брюэр Х.Б., Осборн Дж.К. (февраль 1981 г.). «Оценка смешанного взаимодействия между аполипопротеинами A-II и равновесной седиментацией CI». Биофизическая химия . 13 (1): 29–38. дои : 10.1016/0301-4622(81)80022-1 . ПМИД   6789904 .
• Карри, доктор медицинских наук, Макконати В.Дж., Фесмир Дж.Д., Алаупович П. (апрель 1981 г.). «Количественное определение аполипопротеинов CI и C-II в плазме человека отдельными электроиммуноанализами» . Клиническая химия . 27 (4): 543–8. дои : 10.1093/клинчем/27.4.543 . ПМИД   7471419 .
• Розек А., Бучко Г.В., Кашли Р.Дж. (июнь 1995 г.). «Конформация двух пептидов, соответствующих остаткам человеческого аполипопротеина CI 7–24 и 35–53, в присутствии додецилсульфата натрия по данным КД и ЯМР-спектроскопии». Биохимия . 34 (22): 7401–8. дои : 10.1021/bi00022a013 . ПМИД   7779782 .
• Маруяма К., Сугано С. (январь 1994 г.). «Олиго-кэпирование: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Джин . 138 (1–2): 171–4. дои : 10.1016/0378-1119(94)90802-8 . ПМИД   8125298 .
• Траск Б., Фертитта А., Кристенсен М., Янгблом Дж., Бергманн А., Коупленд А. и др. (январь 1993 г.). «Картирование флуоресцентной гибридизации in situ хромосомы 19 человека: расположение цитогенетических полос 540 космид и 70 генов или маркеров ДНК» . Геномика . 15 (1): 133–45. дои : 10.1006/geno.1993.1021 . ПМИД   8432525 .
• Камино К., Ёсиива А., Нишиваки Ю., Нагано К., Ямамото Х., Кобаяши Т. и др. (1996). «Исследование генетической ассоциации между старческим слабоумием типа Альцгеймера и кластером генов APOE/C1/C2». Геронтология . 42 (Приложение 1): 12–9. дои : 10.1159/000213820 . ПМИД   8804993 .
• Розек А., Бучко Г.В., Канда П., Кашли Р.Дж. (сентябрь 1997 г.). «Конформационные исследования N-концевого липидассоциирующего домена аполипопротеина CI человека методами КД и 1Н ЯМР-спектроскопии» . Белковая наука . 6 (9): 1858–68. дои : 10.1002/pro.5560060906 . ПМК   2143781 . ПМИД   9300485 .
• Сузуки Ю, Ёситомо-Накагава К, Маруяма К, Суяма А, Сугано С (октябрь 1997 г.). «Создание и характеристика библиотеки кДНК, обогащенной по полной длине и по 5'-концу». Джин . 200 (1–2): 149–56. дои : 10.1016/S0378-1119(97)00411-3 . ПМИД   9373149 .
• Халушка М.К., Фан Дж.Б., Бентли К., Се Л., Шен Н., Ведер А. и др. (июль 1999 г.). «Закономерности однонуклеотидного полиморфизма в генах-кандидатах гомеостаза артериального давления». Природная генетика . 22 (3): 239–47. дои : 10.1038/10297 . ПМИД   10391210 . S2CID   4636523 .
• Фрейтас Э.М., Чжан В.Дж., Лалонд Дж.П., Тэй Г.К., Гаудиери С., Эшворт Л.К. и др. (1999). «Секвенирование 42 КБ кластера генов APO E-C2 выявило новый ген: PEREC1». Последовательность ДНК . 9 (2): 89–100. дои : 10.3109/10425179809086433 . ПМИД   10520737 .
• Готье Т., Массон Д., де Баррос Ж.П., Атиас А., Гамбер П., Онис Д. и др. (декабрь 2000 г.). «Человеческий аполипопротеин CI объясняет способность липопротеинов высокой плотности плазмы ингибировать активность белка-переносчика эфира холестерина» . Журнал биологической химии . 275 (48): 37504–9. дои : 10.1074/jbc.M007210200 . ПМИД   10978346 .
• Хартли Дж.Л., Темпл Г.Ф., Браш Массачусетс (ноябрь 2000 г.). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro» . Геномные исследования . 10 (11): 1788–95. дои : 10.1101/гр.143000 . ПМК   310948 . ПМИД   11076863 .

Внешние ссылки

• человека APOC1 Расположение генома и страница сведений о гене APOC1 в браузере генома UCSC .
• PDBe-KB предоставляет обзор всей информации о структуре, доступной в PDB для CI аполипопротеина человека.