DEPDC5

DEPDC5
Идентификаторы
Псевдонимы	DEPDC5 , DEP.5, FFEVF, DEP -домен, содержащий 5, FFEVF1, DEP -домен, содержащий 5, субъединица подкомплекса Gator1
Внешние идентификаторы	Омим : 614191 ; MGI : 2141101 ; Гомологен : 34718 ; GeneCards : DEPDC5 ; OMA : DEPDC5 - Ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 22 (human)
End	31,908,033 bp
showМестоположение гена ( мышь )
Chr.	Chromosome 5 (mouse)
End	33,151,580 bp
showРНК -паттерн экспрессии
	Top expressed in
	paraflocculus of cerebellum; ; frontal pole; ; middle frontal gyrus; ; epithelium of colon; ; Brodmann area 10; ; ventricular zone; ; sural nerve; ; testicle; ; mucosa of transverse colon; ; Achilles tendon;
	Top expressed in
	spermatocyte; ; lumbar subsegment of spinal cord; ; tail of embryo; ; spermatid; ; lumbar spinal ganglion; ; yolk sac; ; ventricular zone; ; dentate gyrus of hippocampal formation granule cell; ; neural layer of retina; ; genital tubercle;
	More reference expression data
	n/a
showДжин Онтология
Molecular function	protein-containing complex binding; GTPase activator activity;
Cellular component	cytoplasm; perinuclear region of cytoplasm; GATOR1 complex; cytosol; lysosome; lysosomal membrane; membrane; Cul3-RING ubiquitin ligase complex; intracellular anatomical structure;
Biological process	negative regulation of TOR signaling; cellular response to amino acid starvation; intracellular signal transduction; positive regulation of GTPase activity; negative regulation of TORC1 signaling; regulation of autophagy;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	9681
	277854
	ENSG00000100150
	Ensmusg00000037426
	O75140
	P61460
showNM_001007188 ; NM_001136029 ; NM_001242896 ; NM_001242897 ; NM_014662 ;
	NM_001363852; NM_001363854; NM_001364318; NM_001364319; NM_001364320; NM_001369901; NM_001369902; NM_001369903
	NM_001025426 ; NM_001170567 ; NM_177786 ; NM_001360014
showNP_001007189 ; NP_001129501 ; NP_001229825 ; NP_001229826 ; NP_055477 ;
	NP_001350781; NP_001350783; NP_001351247; NP_001351248; NP_001351249; NP_001356830; NP_001356831; NP_001356832
showNP_001020597 ; NP_001164038 ; NP_808454 ; NP_001346943 ; NP_001391242 ;
	NP_001391243; NP_001391244; NP_001391245; NP_001391246; NP_001391247; NP_001391248; NP_001391249; NP_001391261; NP_001391262; NP_001391263; NP_001391264; NP_001391265
	Викидид
Посмотреть/редактировать человека	Посмотреть/редактировать мышь

DEPDC5 (или DEP-домен, содержащий 5 человека ) является белком был связан с раком . с плохо изученной функцией, но в нескольких исследованиях ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]} Он кодируется геном одноименным , расположенным на хромосоме 22 .

Функция

Функция DEPDC5 еще не известна, но она была вовлечена во внутриклеточная передача сигнала , основанную на гомологии между доменами DEP DEPDC5 и DISHELELED-1 ( DVL1 ). ^{[ 7 ]}

Мутации в этом геном были связаны с случаями очаговой эпилепсии (doi: 10.1038/ng.2601).

Ген

В Homo Sapiens ген DEPDC5 был локализован в длинном руке хромосомы 22, 22Q12.2-Q12.3, между генами PRRL14 и YWHAH . Клиническая значимость этого гена включает интронный SNP (RS1012068), который был связан с 2 -кратным увеличением риска гепатоцеллюлярной карциномы . ^{[ 5 ]}

Структура

Домены

Деп

Домен DEP белков получает свое название от растрепанных , EGL-10 и PLECKSTRIN , каждый из которых содержит вариант этого домена. ^{[ 8 ]} Он охватывает 82 остатка и составляет 343 аминокислоты с С-конца . Швейцарская модель предсказывает два бета-листа и три альфа-спирали, содержащихся в домене. ^{[ 9 ]}

Хотя его точная функция не известна, домен DEPDC5 DEP имеет наивысшее структурное сходство с доменом DEP DVL1 при выполнении CBLAST в NCBI . ^{[ 10 ]} Выравнивание оценивает оценку 1,00E-08 и указывает на 30% идентичность между доменами DEP двух белков. В DVL1 домен DEP участвует в локализации белка в плазматической мембране как часть сигнального пути Wnt . ^{[ 11 ]}

DUF 3608

Домен DUF 3608 расположена 99 аминокислот от N-конца и сами по себе охватывает 280 аминокислот. Пеле предсказывает по крайней мере один бета -лист и две альфа -спирали в этом домене. ^{[ 12 ]} Он также содержит 26 высоко консервативных остатков и несколько модификаций после транслирования. Оба случая рассматриваются позже в этой статье.

Доказательства функции DUF 3608 были обнаружены в дрожжевом гомологе IML1P . Считается, что IMLP1 DUF 3608 помогает связывать с двумя Protein Partners, NPR2 и NPR3 . Вместе эти три белка образуют комплекс IML1-NPR2-NPR3 и участвуют в регуляции аутофагии «не азота голода» . Исследователи, которые обнаружили это, предложили переименовать DUF 3608 в RAN (необходимо для аутофагии, индуцированной в условиях голодания без азота). ^{[ 13 ]}

Вторичная структура

Основываясь на единодушном консенсусе по инструменту прогнозирования вторичного прогнозирования структуры Pele, DEPDC5 содержит как минимум десять альфа -спиралей и девять бета -листов. Места этих вторичных структур проиллюстрированы на изображении ниже: Красные блики - это альфа -спирали, а синие блики - бета -листы.

Гомология

Ортологи

Грибы являются наиболее отдаленно связанными организмами, содержащими белковые ортологичные для человека DEPDC5, включая Saccharomyces cerevisiae и Albugo Laibachii . В грибах имя белка- IML1P , или белок, ассоциированного с мембраной, IML1. Отклонения от имени у других организмов включают CG12090 ( Drosophila ) и AGAP007010 ( комар ). ^{[ 7 ]} Сохранение высокое между людьми и другими видами позвоночных , от 74% идентичности у цихлидов до 99% идентичности у шимпанзе . ^{[ 14 ]}

В следующей таблице приведено анализ 20 белков, ортологичных для человека DEPDC5.

Разновидность	Общее название	NCBI Incession #	NCBI имя	Длина	Идентичность последовательности	Сходство последовательности	Годы с тех пор, как дивергенция от человека (MYA) ^{[ 15 ]}
Пан троглодиты	Шимпанзе	XP_003317262	DEPDC5	1572 AA	99%	99%	6.4
Nomascus leucogenys	Гиббон	XP_003258163	DEPDC5	1602 А.А.	99%	99%	20.4
Homo Sapiens	Мышь	NP_001164038	DEPDC5	1591 А.А.	94%	96%	92.4
Телец Лес	Корова	XP_002694678	DEPDC5	1593 AA	94%	96%	94.4
Sorex Araneus	Застенчивый	ACE77702	DEPDC5	1570 AA	94%	96%	94.4
Monodelphis domestica	Опоссум	XP_001378772	DEPDC5	1522 AA	89%	93%	163.9
Галлус Галлус	Курица	XP_415249	DEPDC5	1592 AA	88%	93%	301.7
Мелеагрис Галлопаво	Турция	XP_003211073	DEPDC5	1592 AA	88%	93%	301.7
Taeniopygia gnttata	Зебра Финч	XP_002199825	DEPDC5	1572 AA	87%	92%	301.7
Xenopus tropicalis	Лягушка	XP_002931964	DEPDC5-подобный	1574 AA	79%	86%	371.2
Дания Ворс	Зебра рыба	XP_691450	DEPDC5-подобный	1590 AA	75%	84%	400.1
Oreochromis niloticus	Цихлид	XP_003459226	DEPDC5	1577 А.А.	74%	82%	400.1
Strongylocentrotus purpuratus	Морской еж	XP_794020	Похоже на DEPDC5	1608 АА	43%	57%	742.9
Drosophila melanogaster	Drosophila	NP_647618	GC12090	1471 А.А.	41%	57%	782.7
Вши человеческого тела	Вошник	XP_002429401	DEPDC, предполагаемый	1538 AA	38%	53%	782.7
Anopheles Gambiae	Комар	XP_308760	Agap007010-on	1640 AA	36%	51%	782.7
Подняться	Аскарис	Ady4055	DEPDCP5	1359 AA	31%	51%	937.5
Ustilago maydis	Кукурузная шишка	XP_757759	вакуолярный белок IML1	1867 AA	23%	52%	1215.8
Saccharomyces cerevisiae	Дрожжи	NP_012672	Iml1p	1584 AA	20%	50%	1215.8
Albugo Laibachii	Белая ржавчина	CCA27519	вакуолярная мембрана, ассоциированная с белком	1591 А.А.	20%	46%	1362

С тех пор, как животные и грибы расходились, 30 остатков были сохранены, 26 из них расположены в домене DUF 3608. ^{[ 16 ]} Следующее выравнивание нескольких последовательностей иллюстрирует это сохранение домена DUF ; Представители беспозвоночных и грибковых клад выровнены с человеческим DUF 3608 с полностью консервативными остатками зеленых.

Паралоги

Нет известных человеческих паралогов DEPDC5 , ^{[ 14 ]} Но есть 64 белка человека, содержащие гомологичный домен DEP. ^{[ 17 ]} Также нет идентифицированных паралогов для дрожжевого белка IML1, наиболее отдаленно связанного ортолога человеческого DEPDC5. ^{[ 14 ]}

Выражение

Экспрессия DEPDC5 была охарактеризована как повсеместное в тканях человека с помощью ОТ-ПЦР- анализа ^{[ 18 ]} и в исследованиях микрочипов ДНК , как показано на диаграмме ниже. ^{[ 19 ]}

В одном исследовании пациентов с гепатоцеллюлярной карциномой обнаружилось более высокая экспрессия DEPDC5 в опухолевой ткани, чем в не токолевой ткани. ^{[ 5 ]} И наоборот, гомозиготная делеция трех генов, один из которых представляет собой DEPDC5, была обнаружена в двух случаях глиобластомы . ^{[ 6 ]} Другие аномалии экспрессии включают нулевую экспрессию в MDA-MB-231 рака молочной железы клеточной линии ^{[ 20 ]} и низкая экспрессия в P116 ( ZAP70 ). клеточной линии ^{[ 21 ]}

Посттрансляционные модификации

Следующие посттрансляционные модификации были предсказаны с помощью протеомных инструментов, скомпилированных при расширении ^{[ 22 ]} и фосфозитный плюс ^{[ 23 ]} Для белка DEPDC5 человека.

Посттрансляционная модификация	Номер/локусы	Источник
Фосфорилирование	133/(см.: 87 Thr: 23 Tyr: 23)	Netphos
	6/S579, S582, S1499, Y1515, Y1519, Y1543	Фосфозит плюс
Гликация	29/5, 8, 13, 14, 28, 34, 56, 59, 64, 93, 131, 147, 229, 247, 256, 319, 436, 528, 609, 710, 862, 878, 1008, 1185, 1233, 1387, 1408, 1499, 1567, 1597	Netglycate
N-гликозилирование сайт	9/N201, N298, N311, N384, N684, N1157, N1377, N1444, N1529	Netnglyc
Сульфатация	3/Y397, Y459, Y462	Сульфинатор
Сумоилирование	2/K59, K147	Sumosp Archived 2013-05-10 на машине Wayback
Пропептидный расщепление	2/R1004-M1005, R1528-N1529	Проп
O-гликозилирование	0	Netoglyc
C-маннозилирование	0	Netcglyc
Миристоилирование	0	Миристоилирование
Пренилирование	0	Preps Archived 2012-02-08 на машине Wayback
Ацетилирование	0	Не -с

Взаимодействие

DEPDC5 может взаимодействовать с протеасомы субъединицей PSMA3, о чем свидетельствует коиммунопреципитация ^{[ 24 ]} и фактор транскрипции Myc . ^{[ 25 ]} DEPDC5 находится в комплексе "Gator1" с NPRL2 и NPRL3 . ^{[ 26 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000100150 - Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000037426 - Ensembl , май 2017 г.
^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Miki D, Ochi H, Hayes CN, et al. (Август 2011 г.). «Изменения в локусе DEPDC5 связаны с прогрессированием к гепатоцеллюлярной карциноме при хронических носителях вируса гепатита С». НАТ Генет . 43 (8): 797–800. doi : 10.1038/ng.876 . PMID 21725309 . S2CID 205357903 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Seng TJ, Ichimura K, Liu L, Tingby O, Pearson DM, VP Collins (июнь 2005 г.). «Сложная хромосома 22 перестройки в астроцитарных опухолях, идентифицированных с использованием анализа матрицы матрицы микросателлита и хромосомы 22» ». Гены хромосомы рак . 43 (2): 181–93. doi : 10.1002/gcc.20181 . PMID 15770670 . S2CID 45003453 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} "GeneCards: DEP -домен, содержащий 5" .
^ «AceView: Homo Sapiens Complex Locus DEPDC5, кодирование домена DEP, содержащего 5» .
^ «Швейцарская модель» .
^ "NCBI: CBLAST" .
^ Pan WJ, Pang SZ, Huang T, Guo Hy, Wu D, Li L (август 2004 г.). «Характеристика функции трех доменов в Dishevelled-1: DEP-домен отвечает за мембрану транслокацию DisheVelleded-1» . Ячейка . 14 (4): 324–30. doi : 10.1038/sj.cr.7290232 . PMID 15353129 .
^ «Биология Workbench: Пеле» .
^ WU X, TU BP (ноябрь 2011 г.). «Селективная регуляция аутофагии комплексом IML1-NPR2-NPR3 в отсутствие азотного голода» . Мол Биол. Клетка . 22 (21): 4124–33. doi : 10.1091/mbc.e11-06-0525 . PMC 3204073 . PMID 21900499 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в "NCBI" .
^ «Время» .
^ «Биология Workbench: Clustalw» .
^ Civera C, Simon B, Stier G, Sattler M, Macias MJ (февраль 2005 г.). «Структура и динамика домена DEP человека Pleckstrin: отдельные молекулярные особенности нового подсемейства DEP -домена». Белки . 58 (2): 354–66. doi : 10.1002/prot.20320 . PMID 15573383 . S2CID 45722575 .
^ Ишикава К., Нагасе Т., Суяма М. и др. (Июнь 1998 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. X. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые могут кодировать для крупных белков in vitro» . ДНК Res . 5 (3): 169–76. doi : 10.1093/dnares/5.3.169 . PMID 9734811 .
^ Джонсон Дж. М., Касл Дж., Гаррет-Энгеле П. и др. (Декабрь 2003 г.). «Объем генома альтернативного сплайсинга до-мРНК человека с помощью микрочипов экзон-соединения». Наука . 302 (5653): 2141–4. Bibcode : 2003sci ... 302.2141j . doi : 10.1126/science.1090100 . PMID 14684825 . S2CID 10007258 .
^ Каппеллен Д., Шланж Т., Бауэр М., Маурер Ф., Хайнс Н.Е. (январь 2007 г.). «Новые гены-мишени C-Myc опосредуют дифференциальное влияние на пролиферацию и миграцию клеток» . Embo Rep . 8 (1): 70–6. doi : 10.1038/sj.embor.7400849 . PMC 1796762 . PMID 17159920 .
^ Руз Дж.П., Дейн М., Томлинсон М.Г. и соавт. (Ноябрь 2003). «Независимая от рецептора Т-клеток базальная передача сигналов с помощью ERK и ABL-киназ подавляет экспрессию генов RAG» . PLOS BIOL . 1 (2): E53. doi : 10.1371/journal.pbio.0000053 . PMC 261890 . PMID 14624253 .
^ «Протеомические инструменты Expasy: прогнозирование посттрансляционной модификации» . Архивировано из оригинала 2012-04-24 . Получено 2012-05-08 .
^ "Фосфозит плюс: DEPDC5" .
^ Lim J, Hao T, Shaw C, et al. (Май 2006 г.). «Белковая сеть взаимодействия для унаследованных человеческих атаксий и расстройства дегенерации клеток Пуркинье» . Клетка . 125 (4): 801–14. doi : 10.1016/j.cell.2006.03.032 . PMID 16713569 .
^ Zeller Ki, Zhao X, Lee CW, et al. (Ноябрь 2006 г.). «Глобальное картирование сайтов связывания C-Myc и целевых генных сетей в B-клетках человека» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 103 (47): 17834–9. Bibcode : 2006pnas..10317834Z . doi : 10.1073/pnas.0604129103 . PMC 1635161 . PMID 17093053 .
^ Бар-Печат, L; Chantranupong, L; Cherniack, ad; Чен, WW; Отина, Ка; Grabiner, BC; Копь, изд; Картер, SL; Мейерсон, м; Сабатини, Д.М. (2013). «Комплекс -супрессор опухоли с активностью GAP для тряпичных гтпаз, которые сигнализируют о достаточности аминокислоты на mTORC1» . Наука . 340 (6136): 1100–6. Bibcode : 2013sci ... 340.1100b . doi : 10.1126/science.1232044 . PMC 3728654 . PMID 23723238 .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000100150 - Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000037426 - Ensembl , май 2017 г.

[3] «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[4] «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[one-5] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Miki D, Ochi H, Hayes CN, et al. (Август 2011 г.). «Изменения в локусе DEPDC5 связаны с прогрессированием к гепатоцеллюлярной карциноме при хронических носителях вируса гепатита С». НАТ Генет . 43 (8): 797–800. doi : 10.1038/ng.876 . PMID 21725309 . S2CID 205357903 .

[two-6] Jump up to: ^а ^{беременный} Seng TJ, Ichimura K, Liu L, Tingby O, Pearson DM, VP Collins (июнь 2005 г.). «Сложная хромосома 22 перестройки в астроцитарных опухолях, идентифицированных с использованием анализа матрицы матрицы микросателлита и хромосомы 22» ». Гены хромосомы рак . 43 (2): 181–93. doi : 10.1002/gcc.20181 . PMID 15770670 . S2CID 45003453 .

[five-7] Jump up to: ^а ^{беременный} "GeneCards: DEP -домен, содержащий 5" .

[three-8] «AceView: Homo Sapiens Complex Locus DEPDC5, кодирование домена DEP, содержащего 5» .

[9] «Швейцарская модель» .

[10] "NCBI: CBLAST" .

[11] Pan WJ, Pang SZ, Huang T, Guo Hy, Wu D, Li L (август 2004 г.). «Характеристика функции трех доменов в Dishevelled-1: DEP-домен отвечает за мембрану транслокацию DisheVelleded-1» . Ячейка . 14 (4): 324–30. doi : 10.1038/sj.cr.7290232 . PMID 15353129 .

[12] «Биология Workbench: Пеле» .

[13] WU X, TU BP (ноябрь 2011 г.). «Селективная регуляция аутофагии комплексом IML1-NPR2-NPR3 в отсутствие азотного голода» . Мол Биол. Клетка . 22 (21): 4124–33. doi : 10.1091/mbc.e11-06-0525 . PMC 3204073 . PMID 21900499 .

[four-14] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в "NCBI" .

[15] «Время» .

[seven-16] «Биология Workbench: Clustalw» .

[eight-17] Civera C, Simon B, Stier G, Sattler M, Macias MJ (февраль 2005 г.). «Структура и динамика домена DEP человека Pleckstrin: отдельные молекулярные особенности нового подсемейства DEP -домена». Белки . 58 (2): 354–66. doi : 10.1002/prot.20320 . PMID 15573383 . S2CID 45722575 .

[18] Ишикава К., Нагасе Т., Суяма М. и др. (Июнь 1998 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. X. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые могут кодировать для крупных белков in vitro» . ДНК Res . 5 (3): 169–76. doi : 10.1093/dnares/5.3.169 . PMID 9734811 .

[19] Джонсон Дж. М., Касл Дж., Гаррет-Энгеле П. и др. (Декабрь 2003 г.). «Объем генома альтернативного сплайсинга до-мРНК человека с помощью микрочипов экзон-соединения». Наука . 302 (5653): 2141–4. Bibcode : 2003sci ... 302.2141j . doi : 10.1126/science.1090100 . PMID 14684825 . S2CID 10007258 .

[20] Каппеллен Д., Шланж Т., Бауэр М., Маурер Ф., Хайнс Н.Е. (январь 2007 г.). «Новые гены-мишени C-Myc опосредуют дифференциальное влияние на пролиферацию и миграцию клеток» . Embo Rep . 8 (1): 70–6. doi : 10.1038/sj.embor.7400849 . PMC 1796762 . PMID 17159920 .

[21] Руз Дж.П., Дейн М., Томлинсон М.Г. и соавт. (Ноябрь 2003). «Независимая от рецептора Т-клеток базальная передача сигналов с помощью ERK и ABL-киназ подавляет экспрессию генов RAG» . PLOS BIOL . 1 (2): E53. doi : 10.1371/journal.pbio.0000053 . PMC 261890 . PMID 14624253 .

[22] «Протеомические инструменты Expasy: прогнозирование посттрансляционной модификации» . Архивировано из оригинала 2012-04-24 . Получено 2012-05-08 .

[23] "Фосфозит плюс: DEPDC5" .

[24] Lim J, Hao T, Shaw C, et al. (Май 2006 г.). «Белковая сеть взаимодействия для унаследованных человеческих атаксий и расстройства дегенерации клеток Пуркинье» . Клетка . 125 (4): 801–14. doi : 10.1016/j.cell.2006.03.032 . PMID 16713569 .

[25] Zeller Ki, Zhao X, Lee CW, et al. (Ноябрь 2006 г.). «Глобальное картирование сайтов связывания C-Myc и целевых генных сетей в B-клетках человека» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 103 (47): 17834–9. Bibcode : 2006pnas..10317834Z . doi : 10.1073/pnas.0604129103 . PMC 1635161 . PMID 17093053 .

[26] Бар-Печат, L; Chantranupong, L; Cherniack, ad; Чен, WW; Отина, Ка; Grabiner, BC; Копь, изд; Картер, SL; Мейерсон, м; Сабатини, Д.М. (2013). «Комплекс -супрессор опухоли с активностью GAP для тряпичных гтпаз, которые сигнализируют о достаточности аминокислоты на mTORC1» . Наука . 340 (6136): 1100–6. Bibcode : 2013sci ... 340.1100b . doi : 10.1126/science.1232044 . PMC 3728654 . PMID 23723238 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]