Национальный центр биотехнологической информации

Национальный центр биотехнологической информации
Аббревиатура	NCBI
Основан	1988 год ; 36 лет назад
Штаб-квартира	Бетесда , Мэриленд
Расположение	Соединенные Штаты ;
Координаты	38 ° 59'45 "N 77 ° 05'56" W / 38,9959 ° N 77,0989 ° W
Официальный язык	Английский
Директор	Стивен Шерри ; (с 26 сентября 2022 г.)
Головная организация	Национальная медицинская библиотека США
Принадлежности	Национальные институты здравоохранения
Веб-сайт	ncbi.nlm.nih.gov

Национальный центр биотехнологической информации ( NCBI ) ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} является частью Национальной медицинской библиотеки США (NLM), филиала Национальных институтов здравоохранения (NIH). Он одобрен и финансируется правительством Соединенных Штатов . NCBI расположен в Бетесде, штат Мэриленд , и был основан в 1988 году в соответствии с законодательством, спонсируемым конгрессменом США Клодом Пеппером .

В NCBI хранится ряд баз данных, имеющих отношение к биотехнологии и биомедицине , и он является важным ресурсом для инструментов и услуг биоинформатики. Основные базы данных включают GenBank для последовательностей ДНК и PubMed , библиографическую базу данных биомедицинской литературы. Другие базы данных включают базу данных NCBI Epigenomics . Все эти базы данных доступны в Интернете через поисковую систему Entrez . Режиссером NCBI выступил Дэвид Липман . ^{[ 2 ]} один из первых авторов BLAST программы выравнивания последовательностей ^{[ 3 ]} и широко уважаемый деятель в области биоинформатики .

ГенБанк

NCBI отвечал за предоставление доступа к ДНК базе данных последовательностей GenBank с 1992 года. ^{[ 4 ]} GenBank координирует свои действия с отдельными лабораториями и другими базами данных последовательностей, например, Европейской лабораторией молекулярной биологии (EMBL) и Банком данных ДНК Японии (DDBJ). ^{[ 4 ]}

С 1992 года NCBI расширилась и теперь предоставляет другие базы данных в дополнение к GenBank. NCBI предоставляет базу данных генов, онлайн-менделевское наследование у человека , базу данных молекулярного моделирования (3D-структуры белков), dbSNP (базу данных однонуклеотидных полиморфизмов ), коллекцию эталонных последовательностей, карту генома человека и браузер таксономии . и координирует работу с Национальным институтом рака для реализации проекта анатомии генома рака. NCBI присваивает уникальный идентификатор (идентификатор таксономии) каждому виду организма. ^{[ 5 ]}

У NCBI есть программные инструменты, доступные через интернет-браузеры или по FTP . Например, BLAST — это программа поиска сходства последовательностей. BLAST может выполнять сравнение последовательностей с базой данных ДНК GenBank менее чем за 15 секунд.

Книжная полка NCBI

Книжная полка NCBI ^{[ 6 ]} представляет собой коллекцию свободно доступных для скачивания онлайн-версий избранных биомедицинских книг. Книжная полка охватывает широкий спектр тем, включая молекулярную биологию , биохимию , клеточную биологию , генетику , микробиологию , болезненные состояния с молекулярной и клеточной точки зрения, методы исследования и вирусологию . Некоторые из книг представляют собой онлайн-версии ранее опубликованных книг, а другие, такие как Coffee Break , написаны и отредактированы сотрудниками NCBI. Книжная полка является дополнением к Entrez PubMed репозиторию рефератов рецензируемых публикаций , поскольку содержимое книжной полки обеспечивает устоявшиеся взгляды на развивающиеся области исследований и контекст, в котором могут быть организованы многие разрозненные отдельные части опубликованных исследований. ^{[ нужна ссылка ]}

Базовый инструмент поиска локального выравнивания (BLAST)

BLAST — это алгоритм, используемый для расчета сходства последовательностей между биологическими последовательностями, такими как нуклеотидные последовательности ДНК и аминокислотные последовательности белков. ^{[ 7 ]} BLAST — мощный инструмент для поиска последовательностей, похожих на последовательность запроса, внутри одного и того же организма или в разных организмах. Он выполняет поиск последовательности запросов в базах данных и серверах NCBI и отправляет результаты обратно в браузер человека в выбранном формате. Входные последовательности в BLAST в основном имеют формат FASTA или GenBank, тогда как выходные данные могут быть доставлены в различных форматах, таких как HTML, форматирование XML и простой текст. HTML является форматом вывода по умолчанию для веб-страницы NCBI. Результаты для NCBI-BLAST представлены в графическом формате со всеми найденными совпадениями, таблицей с идентификаторами последовательностей для совпадений, имеющих данные, связанные с оценкой, а также выравниванием интересующей последовательности и полученных совпадений с аналогичными оценками BLAST для них. ^{[ 8 ]}

Входить

Система Entrez Global Query используется в NCBI для всех основных баз данных, таких как нуклеотидные и белковые последовательности, белковые структуры, PubMed, Taxonomy, Complete Genomes, OMIM и некоторых других. межбазового поиска ^{[ 9 ]} Entrez — это система индексирования и поиска данных из различных источников для биомедицинских исследований. NCBI распространил первую версию Entrez в 1991 году, состоящую из нуклеотидных последовательностей из PDB и GenBank , белковых последовательностей из SWISS-PROT, транслированных GenBank, PIR, PRF, PDB, а также связанных с ними рефератов и цитат из PubMed. Entrez специально разработан для интеграции данных из нескольких различных источников, баз данных и форматов в единую информационную модель и систему поиска, которая может эффективно извлекать соответствующие ссылки, последовательности и структуры. ^{[ 10 ]}

Ген

Ген был реализован в NCBI для характеристики и организации информации о генах. Он служит основным узлом в связке геномной карты, экспрессии, последовательности, функции белка, структуры и данных о гомологии. Каждой записи гена присваивается уникальный GeneID, который можно отслеживать в циклах пересмотра. Генные записи для известных или предсказанных генов устанавливаются здесь и разграничиваются положениями на карте или нуклеотидными последовательностями. Gene имеет ряд преимуществ перед своим предшественником LocusLink, в том числе лучшую интеграцию с другими базами данных в NCBI, более широкую таксономическую область применения и расширенные возможности запроса и поиска, предоставляемые системой Entrez. ^{[ 11 ]}

Белок

В базе данных белков хранятся текстовые записи для отдельных последовательностей белков, полученные из множества различных ресурсов, таких как проект NCBI Reference Sequence (RefSeq), GenBank, PDB и UniProtKB/SWISS-Prot. Записи о белках представлены в различных форматах, включая FASTA и XML , и связаны с другими ресурсами NCBI. Белок предоставляет пользователям соответствующие данные, такие как гены, последовательности ДНК/РНК, биологические пути, данные об экспрессии и вариациях, а также литературу. Он также предоставляет заранее определенные наборы похожих и идентичных белков для каждой последовательности, рассчитанные с помощью BLAST. База данных структур NCBI содержит наборы трехмерных координат для экспериментально определенных структур в PDB, которые импортируются NCBI. База данных консервативных доменов ( CDD ) белков содержит профили последовательностей, которые характеризуют высококонсервативные домены в последовательностях белков. Также в нем есть записи из внешних ресурсов, таких как SMART и Pfam . Существует еще одна база данных белков, известная как база данных белковых кластеров, которая содержит наборы последовательностей белков, сгруппированных в соответствии с максимальным выравниванием между отдельными последовательностями, рассчитанным с помощью BLAST. ^{[ 12 ]}

База данных Пабхем

База данных PubChem NCBI — это общедоступный ресурс по молекулам и их активности в отношении биологических анализов. PubChem доступен для поиска и доступен через информационно-поисковую систему Entrez . ^{[ 13 ]}

См. также

Ссылки

^ «Проект генома человека» . Нью-Йорк Таймс .
^ Jump up to: ^а ^б «Научно-исследовательский институт публикует генные данные в Интернете» . Нью-Йорк Таймс . 26 июня 1997 г.
^ «Смысл последовательностей: Стивен Ф. Альтшул об улучшении BLAST» . 2000. Архивировано из оригинала 7 октября 2007 года.
^ Jump up to: ^а ^б Мизрахи, Илен (22 августа 2007 г.). «GenBank: База данных нуклеотидных последовательностей» . Справочник NCBI . Национальный центр биотехнологической информации (США). Архивировано из оригинала 18 мая 2023 года.
^ «Главная — Таксономия» . НКБИ . Архивировано из оригинала 16 февраля 2024 года.
^ «Дом - Книги» . НКБИ . Проверено 12 июня 2019 г.
^ Альтшул Стивен; Гиш Уоррен; Миллер Уэбб; Майерс Юджин; Липман Дэвид (1990). «Базовый инструмент поиска локального выравнивания». Журнал молекулярной биологии . 215 (3): 403–410. дои : 10.1016/s0022-2836(05)80360-2 . ПМИД 2231712 . S2CID 14441902 .
^ Мэдден, Т. (2013). «Инструмент анализа последовательности BLAST». Справочник NCBI (2-е изд.). Бетесда, Мэриленд: Национальный центр биотехнологической информации .
^ Координаторы ресурсов NCBI (2012). «Ресурсы базы данных Национального центра биотехнологической информации». Исследования нуклеиновых кислот 41 (выпуск базы данных): D8–D20.
^ Остелл Дж. (2002). Справочник NCBI, 2-е издание, глава 15, Поисково-поисковая система Entrez
^ Маглотт Д. , Прюитт К. и Татусова Т. (2005). Справочник NCBI, 2-е издание, глава 19, Ген: Справочник генов.
^ Сэйерс Э. (2013). Справочник NCBI, 2-е издание, Белковые ресурсы NCBI
^ Ван Ю. и Брайант С.Х. (2014). Справочник NCBI, 2-е издание, база данных биоанализов NCBI PubChem.

Внешние ссылки

Официальный сайт
Официальный сайт Национальной медицинской библиотеки]
Официальный сайт Национальных институтов здравоохранения

[Genome.NYT-1] «Проект генома человека» . Нью-Йорк Таймс .

[LipmanDirNCBI.NYT-2] Jump up to: ^а ^б «Научно-исследовательский институт публикует генные данные в Интернете» . Нью-Йорк Таймс . 26 июня 1997 г.

[SciWatch-3] «Смысл последовательностей: Стивен Ф. Альтшул об улучшении BLAST» . 2000. Архивировано из оригинала 7 октября 2007 года.

[auto-4] Jump up to: ^а ^б Мизрахи, Илен (22 августа 2007 г.). «GenBank: База данных нуклеотидных последовательностей» . Справочник NCBI . Национальный центр биотехнологической информации (США). Архивировано из оригинала 18 мая 2023 года.

[5] «Главная — Таксономия» . НКБИ . Архивировано из оригинала 16 февраля 2024 года.

[6] «Дом - Книги» . НКБИ . Проверено 12 июня 2019 г.

[7] Альтшул Стивен; Гиш Уоррен; Миллер Уэбб; Майерс Юджин; Липман Дэвид (1990). «Базовый инструмент поиска локального выравнивания». Журнал молекулярной биологии . 215 (3): 403–410. дои : 10.1016/s0022-2836(05)80360-2 . ПМИД 2231712 . S2CID 14441902 .

[8] Мэдден, Т. (2013). «Инструмент анализа последовательности BLAST». Справочник NCBI (2-е изд.). Бетесда, Мэриленд: Национальный центр биотехнологической информации .

[9] Координаторы ресурсов NCBI (2012). «Ресурсы базы данных Национального центра биотехнологической информации». Исследования нуклеиновых кислот 41 (выпуск базы данных): D8–D20.

[10] Остелл Дж. (2002). Справочник NCBI, 2-е издание, глава 15, Поисково-поисковая система Entrez

[11] Маглотт Д. , Прюитт К. и Татусова Т. (2005). Справочник NCBI, 2-е издание, глава 19, Ген: Справочник генов.

[12] Сэйерс Э. (2013). Справочник NCBI, 2-е издание, Белковые ресурсы NCBI

[13] Ван Ю. и Брайант С.Х. (2014). Справочник NCBI, 2-е издание, база данных биоанализов NCBI PubChem.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

v т и Биоинформатика
Databases	Sequence databases: GenBank, European Nucleotide Archive, DNA Data Bank of Japan and China National GeneBank Secondary databases: UniProt, database of protein sequences grouping together Swiss-Prot, TrEMBL and Protein Information Resource Other databases: BioNumbers, Protein Data Bank, Ensembl, InterPro, KEGG, and Gene Ontology Specialised genomic databases: BOLD, Saccharomyces Genome Database, FlyBase, VectorBase, WormBase, Rat Genome Database, PHI-base, Arabidopsis Information Resource, GISAID and Zebrafish Information Network
Software	BLAST Bowtie Clustal EMBOSS HMMER MUSCLE PANGOLIN SAMtools SOAP suite TopHat
Other	Server: ExPASy Rosalind (education platform)
Institutions	Broad Institute Computational Biology Department (CBD) Microsoft Research - University of Trento Centre for Computational and Systems Biology (COSBI) Database Center for Life Science (DBCLS) DNA Data Bank of Japan (DDBJ) European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) European Molecular Biology Laboratory (EMBL) Flatiron Institute J. Craig Venter Institute (JCVI) Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics (MPI-CBG) US National Center for Biotechnology Information (NCBI) Japanese Institute of Genetics Netherlands Bioinformatics Centre (NBIC) Philippine Genome Center (PGC) Scripps Research Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) Wellcome Sanger Institute Whitehead Institute
Organizations	African Society for Bioinformatics and Computational Biology (ASBCB) Australia Bioinformatics Resource (EMBL-AR) European Molecular Biology network (EMBnet) International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) International Society for Biocuration (ISB) International Society for Computational Biology (ISCB) Student Council (ISCB-SC) Institute of Genomics and Integrative Biology (CSIR-IGIB) Japanese Society for Bioinformatics (JSBi)
Meetings	Basel Computational Biology Conference‎ ([BC²]) European Conference on Computational Biology (ECCB) Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) International Conference on Bioinformatics (InCoB) International Conference on Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics (CIBB) ISCB Africa ASBCB Conference on Bioinformatics Pacific Symposium on Biocomputing (PSB) Research in Computational Molecular Biology (RECOMB)
File formats	CRAM format FASTA format FASTQ format NeXML format Nexus format Pileup format SAM format Stockholm format VCF format GFF format GTF format
Related topics	Computational biology List of biobanks List of biological databases Molecular phylogenetics Sequencing Sequence database Sequence alignment
Category Commons

Базы данных авторитетного контроля
International	ISNI VIAF
National	Catalonia Germany Israel United States Czech Republic