✖


Jump to content

Метаноген

(Перенаправлено с Метаногены )
Не путать с метанотрофом .

Метаногены — это анаэробные археи, которые производят метан как побочный продукт своего энергетического метаболизма, т. е. катаболизма . Производство метана, или метаногенез , является единственным биохимическим путем образования АТФ в метаногенах. Все известные метаногены принадлежат исключительно домену Archaea , хотя известно, что некоторые бактерии, растения и животные клетки также производят метан. [ 1 ] Однако биохимический путь продукции метана у этих организмов отличается от такового у метаногенов и не способствует образованию АТФ. Метаногены принадлежат к различным типам домена Archaea. Предыдущие исследования поместили все известные метаногены в супертип Euryarchaeota. [ 2 ] [ 3 ] Однако недавние филогеномические данные привели к их реклассификации в несколько разных типов. [ 4 ] Метаногены распространены в различных бескислородных средах, таких как морские и пресноводные отложения, водно-болотные угодья, пищеварительные тракты животных, очистные сооружения, почвы рисовых полей и свалки. [ 5 ] Хотя некоторые метаногены являются экстремофилами, например Methanopyrus kandleri , который растет при температуре от 84 до 110°C, [ 6 ] или Methanonatronarchaeum thermophilum , который растет в диапазоне pH от 8,2 до 10,2 и Уже + концентрация от 3 до 4,8 М, [ 7 ] большинство изолятов мезофильны и растут при нейтральном pH. [ 8 ]

Физическое описание

[ редактировать ]

Метаногены обычно имеют форму кокков (сферическую) или палочек (цилиндрическую), но длинные нити ( Methanobrevibacter filliformis , Methanospirillum hungatei ) и изогнутые формы ( Methanobrevibacter curvatus , Methanobrevibacter Cutularis встречаются также ). Описано более 150 видов метаногенов. [ 9 ] которые не образуют монофилетическую группу в типе Euryarchaeota (см. Таксономия). Это исключительно анаэробные организмы, которые не могут функционировать в аэробных условиях из-за чрезвычайной чувствительности к кислороду ферментов метаногенеза и кластеров FeS, участвующих в производстве АТФ. Однако степень чувствительности к кислороду варьируется, поскольку метаногенез часто обнаруживается во временно насыщенных кислородом средах, таких как почва рисовых полей, [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] различные молекулярные механизмы, потенциально участвующие в детоксикации кислорода и активных форм кислорода (АФК). и были предложены [ 13 ] Например, недавно идентифицированный вид Candidatus Methanothrix paradoxum, распространенный на водно-болотных угодьях и в почве, может функционировать в бескислородных микроучастках в аэробной среде. [ 14 ] но он чувствителен к присутствию кислорода даже в следовых количествах и обычно не может выдерживать кислородный стресс в течение длительного времени. Однако Methanosarcina barkeri из сестринского семейства Methanosarcinaceae отличается исключительным наличием супероксиддисмутазы (СОД) фермента и может выживать дольше, чем другие, в присутствии O 2 . [ 3 ]

Как и в случае с другими архей, метаногенам не хватает — полимера, который содержится в клеточных стенках бактерий пептидогликана . [ 15 ] Вместо этого некоторые метаногены имеют клеточную стенку, образованную псевдопептидогликаном (также известным как псевдомуреин ). Другие метаногены имеют паракристаллический белковый массив (S-слой), который собирается вместе, как мозаика . [ 5 ] В некоторых линиях встречаются менее распространенные типы клеточной оболочки, такие как белковая оболочка Methanospirillum или метанохондроитин агрегированных клеток Methanosarcina . [ 16 ]

Экология

[ редактировать ]

В анаэробной среде метаногены играют жизненно важную экологическую роль, удаляя избыток водорода и продуктов ферментации, образующихся в результате других форм анаэробного дыхания . [ 17 ] Метаногены обычно процветают в средах, в которых все акцепторы электронов , кроме CO 2 (такие как кислород , нитрат , трехвалентное железо (Fe(III)) и сульфат ) истощены. К таким средам относятся водно-болотные угодья и рисовые поля, пищеварительные тракты различных животных (жвачных, членистоногих, человека), [ 18 ] [ 19 ] [ 20 ] очистные сооружения и свалки, глубоководные океанические отложения и гидротермальные источники. [ 21 ] Большинство этих сред не относятся к категории экстремальных и, следовательно, не являются метаногенами, населяющими их. Однако многие хорошо изученные метаногены являются термофилами, например Methanopyrus kandlerii , Methanthermobacter marburgensis , Methanocaldococcus jannaschii . С другой стороны, кишечные метаногены, такие как Methanobrevibacter smithii, распространенные у людей, или Methanobrevibacter ruminantium, повсеместно присутствующие у жвачных животных, являются мезофилами .

Метаногены в экстремальных условиях

[ редактировать ]

В глубоких базальтовых породах вблизи срединно-океанических хребтов метаногены могут получать водород в результате серпентинизации реакции оливина , как это наблюдается в гидротермальном поле Лост-Сити . термический распад воды и радиолиз Другими возможными источниками водорода являются воды. Метаногены являются ключевыми агентами реминерализации органического углерода в отложениях континентальной окраины и других водных отложениях с высокими скоростями седиментации и высоким содержанием органического вещества. При правильных условиях давления и температуры биогенный метан может накапливаться в массивных отложениях клатратов метана. [ 22 ] на которые приходится значительная доля органического углерода в отложениях континентальных окраин и которые представляют собой ключевой резервуар мощного парникового газа. [ 23 ]

Метаногены были обнаружены в нескольких экстремальных средах на Земле: они погребены под километрами льда в Гренландии и обитают в горячей сухой пустынной почве. Известно, что они являются наиболее распространенными архей в глубоких подземных средах обитания. Живые микробы, производящие метан, были обнаружены в образце керна ледникового льда, извлеченном примерно в трех километрах под Гренландией исследователями из Калифорнийского университета в Беркли . Они также обнаружили постоянный метаболизм, способный восстанавливать макромолекулярные повреждения при температуре от 145 до –40 °C. [ 6 ]

Еще одно исследование [ 7 ] также обнаружил метаногены в суровых условиях Земли. Исследователи изучили десятки образцов почвы и пара из пяти различных пустынь в Юте , Айдахо и Калифорнии в США , а также в Канаде и Чили . Из них пять образцов почвы и три образца пара из окрестностей исследовательской станции Марсовой пустыни в штате Юта были обнаружены с признаками жизнеспособных метаногенов. [ 8 ]

Некоторые ученые предположили, что присутствие метана в марсианской атмосфере может указывать на наличие на этой планете природных метаногенов. [ 24 ] В июне 2019 года марсоход НАСА Curiosity обнаружил метан, обычно вырабатываемый подземными микробами, такими как метаногены, что указывает на возможность существования жизни на Марсе . [ 25 ]

С метаногенами тесно связаны анаэробные окислители метана, которые используют метан в качестве субстрата в сочетании с восстановлением сульфатов и нитратов. [ 26 ] Большинство метаногенов являются автотрофными продуцентами, но те, которые окисляют CH 3 COO − вместо этого классифицируются как хемотрофы .

Метаногены в пищеварительном тракте животных

[ редактировать ]

Пищеварительный тракт животных характеризуется богатой питательными веществами и преимущественно анаэробной средой, что делает его идеальной средой обитания для многих микробов, в том числе метаногенов. Несмотря на это, метаногены и археи, как правило, до недавнего времени игнорировались как часть микробиоты кишечника. Однако они играют решающую роль в поддержании баланса кишечника, используя конечные продукты бактериальной ферментации, такие как H 2 , ацетат, метанол и метиламины.

Недавние обширные исследования присутствия архей в кишечнике животных, основанные на анализе 16S рРНК, предоставили комплексное представление о разнообразии и численности архей. [ 27 ] [ 28 ] [ 29 ] Эти исследования показали, что присутствуют лишь несколько линий архей, большинство из которых являются метаногенами, тогда как неметаногенные археи редки и немногочисленны. Таксономическая классификация разнообразия архей выявила, что в пищеварительном тракте животных присутствуют представители только трех типов: Methanobacteriota (отряд Methanobacteriales ), Thermoplasmatota (отряд Methanomassiliicoccales ) и Halobacteriota (отряды Methanomirobiales и Methanosarcinales ). Однако в кишечнике животных обнаружены не все семейства и роды этих отрядов, а лишь несколько родов, что позволяет предположить их специфическую адаптацию к кишечной среде.

Сравнительная геномика и молекулярные подписи

[ редактировать ]

Сравнительный протеомный анализ привел к идентификации 31 сигнатурного белка, специфичного для метаногенов (также известных как метаноархеоты ). Большинство этих белков связаны с метаногенезом и могут служить потенциальными молекулярными маркерами метаногенов. Кроме того, 10 белков, обнаруженных во всех метаногенах, общих для Archaeoglobus , позволяют предположить, что эти две группы родственны. На филогенетических деревьях метаногены не монофилетичны и обычно делятся на три клады. Следовательно, уникальное совместное присутствие большого количества белков всеми метаногенами может быть связано с латеральным переносом генов. [ 30 ] Кроме того, более поздние новые белки, связанные с транспортировкой сульфидов, были связаны с метаногенными архей. [ 31 ] Необходим дополнительный протеомный анализ для дальнейшей дифференциации конкретных родов внутри класса метаногенов и выявления новых путей метаногенного метаболизма.

Современные подходы к секвенированию ДНК или РНК позволили выявить несколько геномных маркеров, специфичных для нескольких групп метаногенов. В ходе одного из таких открытий были выделены девять метаногенов из рода Methanoculleus и обнаружено, что по крайней мере два гена трегалозосинтазы были обнаружены во всех девяти геномах. [ 32 ] Пока ген обнаружен только у этого рода, поэтому его можно использовать в качестве маркера для идентификации архей Methanoculleus. По мере развития методов секвенирования и наполнения баз данных большим количеством геномных данных можно идентифицировать большее количество штаммов и признаков, но многие роды остаются недостаточно изученными. Например, галофильные метаногены являются потенциально важными микробами для круговорота углерода в прибрежных водно-болотных экосистемах, но, по-видимому, они сильно недостаточно изучены. В одной из недавних публикаций был выделен новый штамм из рода Methanohalophilus, который обитает в богатой сульфидами морской воде. Интересно, что они выделили несколько участков генома этого штамма, которые отличаются от других выделенных штаммов этого рода (Methanohalophilus mahii, Methanohalophilus halophilus, Methanohalophilus portucalensis, Methanohalophilus euhalbius). Некоторые различия включают высококонсервативный геном, метаболизм серы и гликогена и устойчивость к вирусам. [ 33 ] Геномные маркеры, соответствующие микробной среде, наблюдались и во многих других случаях. Одно из таких исследований показало, что археи, производящие метан, обнаруженные в зонах гидроразрыва, имеют геномы, которые варьируются в зависимости от вертикальной глубины. Подповерхностные и поверхностные геномы различались вместе с ограничениями, обнаруженными в отдельных глубинных зонах, хотя в этом исследовании также было обнаружено мелкомасштабное разнообразие. [ 34 ] Геномные маркеры, указывающие на экологически важные факторы, часто не являются исключительными. Исследование Methanogenic Thermoplasmata выявило эти организмы в кишечном тракте человека и животных. Этот новый вид был также обнаружен в других метаногенных средах, таких как почвы водно-болотных угодий, хотя группа, изолированная на водно-болотных угодьях, имела тенденцию иметь большее количество генов, кодирующих антиоксидантные ферменты, которые не присутствовали в той же группе, изолированной у человека и кишечный тракт животных. [ 35 ] Общая проблема с идентификацией и открытием новых видов метаногенов заключается в том, что иногда геномные различия могут быть весьма небольшими, однако исследовательская группа решает, что они достаточно различны, чтобы их можно было разделить на отдельные виды. В одном исследовании на группе Methanocellales было проведено сравнительное геномное исследование. Первоначально эти три штамма считались идентичными, но детальный подход к геномной изоляции выявил различия между их ранее считавшимися идентичными геномами. Различия наблюдались в количестве копий генов, а также в метаболическом разнообразии, связанном с геномной информацией. [ 36 ]

Геномные сигнатуры не только позволяют отмечать уникальные метаногены и гены, соответствующие условиям окружающей среды; это также привело к лучшему пониманию эволюции этих архей. Некоторые метаногены должны активно смягчать воздействие кислородной среды. Функциональные гены, участвующие в выработке антиоксидантов, были обнаружены у метаногенов, и некоторые конкретные группы имеют тенденцию иметь обогащение этой геномной особенностью. Метаногены, содержащие геном с повышенными антиоксидантными свойствами, могут служить доказательством того, что это геномное дополнение могло произойти во время Великого события оксигенации. [ 37 ] В другом исследовании три штамма линии Thermoplasmatales, выделенные из желудочно-кишечного тракта животных, выявили эволюционные различия. Эукариотоподобный ген гистона, который присутствует в большинстве геномов метаногена, отсутствовал, что ускользало от доказательств того, что предковая ветвь была потеряна в пределах Thermoplasmatales и родственных линий. [ 38 ] Более того, группа Methanomassiliicoccus имеет геном, который, по-видимому, потерял многие общие гены, кодирующие первые несколько этапов метаногенеза. Эти гены, по-видимому, были заменены генами, кодирующими новый метилированный метогенный путь. Об этом пути сообщалось в нескольких типах сред, что указывает на эволюцию, не связанную с окружающей средой, и может указывать на наследственное отклонение. [ 39 ]

Метаболизм

[ редактировать ]

Производство метана

[ редактировать ]

Известно, что метаногены производят метан из таких субстратов, как H 2 /CO 2 , ацетат, формиат , метанол и метиламины в процессе, называемом метаногенезом . [ 40 ] Различные метаногенные реакции катализируются уникальным набором ферментов и коферментов . Хотя механизм реакции и энергетика варьируются от одной реакции к другой, все эти реакции способствуют производству чистой положительной энергии за счет создания градиентов концентрации ионов , которые используются для стимулирования синтеза АТФ. [ 41 ] Общая реакция метаногенеза H 2 /CO 2 такова:

(∆G˚' = -134 кДж/моль CH 4 )

Хорошо изученные организмы, которые производят метан посредством метаногенеза H 2 /CO 2, включают Methanosarcina barkeri , Methanobacterium thermoautotropicum и Methanobacterium wolfei . [ 42 ] [ 43 ] [ 44 ] Эти организмы обычно встречаются в анаэробной среде. [ 40 ]

На самой ранней стадии метаногенеза H 2 /CO 2 CO 2 связывается с метанофураном (МФ) и восстанавливается до формил-МФ. Этот эндергонический восстановительный процесс (∆G˚'= +16 кДж/моль) зависит от наличия H 2 и катализируется ферментом формил-МФ дегидрогеназой. [ 40 ]

Формильный компонент формил-MF затем переносится на кофермент тетрагидрометаноптерин (H4MPT) и катализируется растворимым ферментом, известным как формилтрансфераза . Это приводит к образованию формил-H4MPT. [ 40 ]

Формил-H4MPT впоследствии восстанавливается до метенил-H4MPT. Затем метенил-H4MPT подвергается одностадийному гидролизу с последующим двухэтапным восстановлением до метил-H4MPT. Двухстадийному обратимому восстановлению способствует кофермент F 420 , акцептор гидрида которого самопроизвольно окисляется. [ 40 ] После окисления запас электронов F 420 пополняется за счет приема электронов от H 2 . Этот этап катализируется метилен-H4MPT-дегидрогеназой. [ 45 ]

(Восстановление формил-H4MPT)
(Гидролиз метенил-H4MPT)
(снижение H4MPT)

Затем метильная группа метил-M4MPT переносится на кофермент M посредством реакции, катализируемой метилтрансферазой. [ 46 ] [ 47 ]

Заключительная стадия метаногенного процесса H 2 /CO 2 включает метилкофермент М-редуктазу и два кофермента: N-7-меркаптогептаноилтреонинфосфат (HS-HTP) и кофермент F 430 . HS-HTP отдает электроны метил-коферменту M, позволяя образовывать метан и смешанный дисульфид HS-CoM. [ 48 ] F 430 , с другой стороны, служит простетической группой редуктазы. H 2 отдает электроны смешанному дисульфиду HS-CoM и регенерирует кофермент М. [ 49 ]

(Образование метана)
(Регенерация кофермента М)

Биотехнологическое применение

[ редактировать ]

Очистка сточных вод

[ редактировать ]

Метаногены широко используются в анаэробных варочных котлах для очистки сточных вод, а также водных органических загрязнителей. Промышленность выбрала метаногены из-за их способности осуществлять биометанирование во время разложения сточных вод, что делает этот процесс устойчивым и экономически эффективным. [ 50 ]

Биоразложение в анаэробном варочном котле включает четырехэтапное совместное действие различных микроорганизмов. [ 51 ] Первая стадия представляет собой гидролиз нерастворимых полимеризованных органических веществ анаэробами, такими как стрептококки и энтеробактерии. [ 52 ] На втором этапе ацидогены расщепляют растворенные в сточных водах органические загрязнители до жирных кислот . На третьем этапе ацетогены превращают жирные кислоты в ацетаты . На заключительной стадии метаногены метаболизируют ацетаты до газообразного метана . Побочный продукт метан покидает водный слой и служит источником энергии для обработки сточных вод в варочном котле, создавая таким образом самоподдерживающийся механизм. [ 53 ]

Метаногены также эффективно снижают концентрацию органических веществ в сточных водах. [ 54 ] Например, сельскохозяйственные сточные воды , богатые органическими веществами, стали основной причиной деградации водных экосистем. Химический дисбаланс может привести к таким серьезным последствиям, как эвтрофикация . Благодаря анаэробному сбраживанию очистка сточных вод может предотвратить неожиданное цветение воды в водных системах, а также задержать метаногенез в варочных котлах. Это позволяет использовать биометан для производства энергии и предотвращает выброс в атмосферу мощного парникового газа метана.

Органические компоненты сточных вод сильно различаются. Химическая структура органического вещества выбирает определенные метаногены для выполнения анаэробного сбраживания. Например, представители рода Methanosaeta доминируют в переваривании сточных вод заводов по производству пальмового масла (POME) и отходов пивоваренных заводов. [ 54 ] Модернизация систем очистки сточных вод с целью включения большего разнообразия микроорганизмов для снижения содержания органических веществ в очистке находится в стадии активных исследований в области микробиологической и химической инженерии. [ 55 ] Нынешние новые поколения ступенчатых многофазных анаэробных реакторов и реакторных систем с восходящим потоком ила разработаны с учетом инновационных функций, позволяющих противостоять поступлению сточных вод с высокой нагрузкой, экстремальным температурным условиям и возможным ингибирующим соединениям. [ 56 ]

Таксономия

[ редактировать ]

Первоначально метаногены считались бактериями, поскольку до появления молекулярных методов, таких как секвенирование ДНК и ПЦР, было невозможно отличить архей от бактерий. С момента введения Карлом Вёзе в 1977 году домена Archaea, [ 57 ] метаногены долгое время считались монофилетической группой, позже названной Euryarchaeota (супер)типом. Однако интенсивные исследования различных сред доказали, что среди метаногенных линий становится все больше неметаногенных.

Развитие секвенирования генома непосредственно из образцов окружающей среды (метагеномика) позволило открыть первые метаногены за пределами надтипа Euryarchaeota. Первой такой предполагаемой метаногенной линией была Bathyarchaeia, [ 58 ] класс внутри типа Thermoproteota. Позже было показано, что эта линия является не метаногенной, а окисляющей алканы с использованием сильно отличающегося фермента Acr, подобного отличительному гену метаногенеза, метил-СоМ-редуктазе (McrABG). [ 59 ] Первый изолят Bathyarchaeum tardum из донных отложений прибрежного озера в России показал, что он метаболизирует ароматические соединения и белки. [ 60 ] как это было предсказано ранее на основе метагеномных исследований. [ 61 ] [ 62 ] [ 63 ] Однако на основании присутствия McrABG было обнаружено больше новых предполагаемых метаногенов за пределами Euryarchaeota.

Например, метаногены обнаружены у типов Thermoproteota (порядки Methanomethyliales, Korarchaeales, Methanoгидроgenales, Nezhaarchaeales) и Methanobacteriota_B (порядки Methanofastidiosales). Кроме того, в чистой культуре были выделены некоторые новые линии метаногенов, что позволило открыть новый тип метаногенеза: H 2 -зависимый метилредуцирующий метаногенез, независимый от пути Вуда-Люнгдала. Например, в 2012 году порядок Methanoplasmatales из типа Thermoplasmatota был описан как седьмой порядок метаногенов. [ 64 ] Позднее отряд был переименован в Methanomassiliicoccales на основе выделенного из кишечника человека Methanomassiliicoccus luminyensis . [ 65 ] [ 66 ]

Еще одна новая линия в типе Halobacteriota , порядок Methanonatronarchaeales , была обнаружена в щелочно-соленых озерах Сибири в 2017 году. [ 67 ] [ 68 ] Он также использует H 2 -зависимый метилредуцирующий метаногенез, но, как ни странно, содержит почти полный путь Вуда-Люнгдала. Однако он не связан с McrABG, поскольку комплекс MtrA-H не обнаружен. [ 69 ] [ 70 ]

Таксономия метаногенов отражает эволюцию этих архей , при этом некоторые исследования предполагают, что последний общий предок архей был метаногенным. [ 71 ] Если это правда, то это говорит о том, что многие линии архей утратили способность производить метан и переключились на другие типы метаболизма. В настоящее время большинство выделенных метаногенов относятся к одному из трех типов архей ( классификация GTDB, выпуск 220): Halobacteriota , Methanobacteriota и Thermoplasmatota . Согласно Международному кодексу номенклатуры прокариотов, [ 72 ] все три типа принадлежат к одному царству Methanobacteriati . [ 73 ] [ 74 ] Всего в культуре известно более 150 видов метаногенов, причем некоторые представлены более чем одним штаммом . [ 75 ]

Тип галобактериоты

[ редактировать ]

Класс Метаноцеллия

[ редактировать ]
Заказать метаноцеллы
[ редактировать ]
Семейство метаноцелловые.
[ редактировать ]

Род Methanocella Sakai et al. 2008 год

Methanocella paludicola Sakai et al. 2008 г. (типовой вид)

Methanocella arvoryzae Sakai et al. 2010 год

Methanocella conradii Lü и Lu

Класс Метаномикробия

[ редактировать ]
Заказать метаномиробиалесы
[ редактировать ]
Семейство Methanocalcaceae Жилина и др. 2014 год
[ редактировать ]
Семейство Methanocorpusculaceae Zellner et al. 1989 год
[ редактировать ]

Methanocorpusculum Zellner et al. 1988 год

Methanocorpusculum parvum Zellner et al. 1988 г. (типовой вид)

Methanocorpusculum bavaricum Zellner et al. 1989 год

Метанокорпускулум лабреанум

Methanocorpusculum sinense Zellner et al. 1989 год

Семейство Methanomicrobiaceae Balch и Wolfe 1981.
[ редактировать ]

Род Methanomirobium Balch and Wolfe 1981.

Methanomirobium mobile (Paynter and Hungate 1968) Balch and Wolfe 1981 (типовой вид)

метаномикроб Древний Мочимару и др. 2016 год

Род Methanoculleus Maestrojuán et al. 1990 год

Methanoculleus bourgensis исправленный. (Олливье и др., 1986) Маэстрохуан и др. 1990 (типовой вид)

Methanoculleus chikugoensis Dianou et al. 2001 г.

Methanoculleus horonobensis Shimizu et al. 2013 год

Methanoculleus Hydrogenitropicus Tian et al. 2010 год

Метанокуллеус мариснигри

Methanoculleus palmolei Zellner et al. 1998 год

Methanoculleus receptaculi Cheng et al. 2008 год

Methanoculleus sediminis Chen et al. 2015 год

Methanoculleus submarinus Mikucki et al. 2003 г.

Methanoculleus taiwanensis Weng et al. 2015 год

Methanoculleus thermophilus corrig. (Ривард и Смит, 1982) Маэстрохуан и др. 1990 год

Род Methanogenium Romesser et al. 1981 год

Methanogenium cariaci Romesser et al. 1981 (типовой вид)

Холодная метаногения

Methanogenium marinum Chong et al. 2003 г.

Метаногениум органофилум

Род Methanophyllus Zellner et al. 1999 год

Methanofollis tationis (Zabel et al. 1986) Zellner et al. 1999 (типовые штаммы)

Methanofollis aquaemaris Лай и Чен, 2001 г.

Methanofolis этаноликус Imachi et al. 2009 год

Methanofollis Fontis Chen et al. 2020 год

Methanofollis formosanus Wu et al. 2005 г.

Methanofollis liminatans (Zellner et al. 1990) Zellner et al. 1999 год

Семейство Methanoregulaceae Sakai et al. 2012 год
[ редактировать ]

Род Methanoregula Bräuer et al. 2011 год

Methanoregula boonei Bräuer et al. 2011 г. (типовой вид)

Methanoregula formicica Yashiro et al. 2011 год

Семейство Methanospirillaceae Boone et al. 2002 г.
[ редактировать ]

Метаноспириллы Ферри и др. 1974 год

Methanospirillum hungatei corrig. Ферри и др. 1974 г. (типовой вид)

Methanospirillum lacunae Iino et al. 2010 год

Methanospirillum psychrodurum Zhou et al. 2014 год

Methanospirillum stamsii Parshina et al. 2014

Класс Метанонатронархеи

[ редактировать ]
Отряд Methanonatronarchaeales.
[ редактировать ]
Семейство Methanonatronarchaeaceae Сорокин и др. 2018 год
[ редактировать ]

Род Methanonatronarchaeum Sorokin et al. 2018 год

Methanonatronarchaeum thermophilum Сорокин и др. 2018 г. (типовой вид)

Класс Метаносарцинии

[ редактировать ]
Заказать Methanosarcinales
[ редактировать ]
Семейство метаносарциновые.
[ редактировать ]

Род Methanosarcina Kluyver и van Niel, 1936 г.

Methanosarcina barkeri Schnellen 1947 (типовой вид)

Methanosarcina acetivorans

Methanosarcina baltica von Klein et al. 2002 г.

Methanosarcina flavescens Kern et al. 2016 год

Methanosarcina horonobensis Shimizu et al. 2011 год

Methanosarcina lacustris Симанкова и др. 2002 г.

Methanosarcina mazei (Баркер, 1936) Мах и Кун, 1984

Methanosarcina semesiae Lyimo et al. 2000 г.

Methanosarcina siciliae (Stetter и König 1989) Ni et al. 1994 г.

Methanosarcina soligelidi Wagner et al. 2013 год

Methanosarcina spelaei Ganzert et al. 2014 год

Methanosarcina subterranea Shimizu et al. 2015 год

Methanosarcina thermophila Zinder et al. 1985 год

Methanosarcina vacuolata Жилина и Заварзин 1987 г.

Род Methanimicrococcus corrig. Шпренгер и др. 2000 г.

Methanimicrococcus blatticola corrig. Шпренгер и др. 2000 г.

Род Methanococcoides Sowers and Ferry 1985.

Methanococcoides methylutens Sowers and Ferry 1985 (типовой вид)

Methanococcoides alaskense Singh et al. 2005 г.

Methanococcoides burtonii Franzmann et al. 1993 год

Methanococcoides orientis Liang et al. 2022 год

Methanococcoides vulcani L'Haridon et al. 2014 год

Genus Methanohalobium Zhilina and Zavarzin 1988

Methanohalobium evestigatum corrig. Жилина и Заварзин 1988 (типовой вид)

Род Methanohalophilus Paterek and Smith 1988.

Methanohalophilus mahii Paterek and Smith 1988 (типовой вид)

Methanohalophilus halophilus (Жилина, 1984) Wilharm et al. 1991 год

Methanohalophilus levihalophilus Katayama et al. 2014 год

Methanohalophilus portucalensis Boone et al. 1993 год

Methanohalophilus profundi L'Haridon et al. 2021 год

Род Mэтанолобус Кениг и Стеттер, 1983 г.

Mэтанолобус тиндариус Кениг и Стеттер 1983 (типовой вид)

Mэтанолобус бомбайский Кадам и др. 1994 г.

Mэтанолобус chelungpuianus Ву и Лай 2015 г.

Mэтанолобус галотолеранс Шен и др. 2020 год

Mэтанолобус мангровый Zhou et al. 2023 год

Mэтанолобус орегоненсис (Лю и др., 1990) Бун, 2002 г.

Мочимару др . и 2009 год

Mheatolobus psychrotolerans Chen et al. 2018 год

Mэтанолобус седиминис Чжоу и др. 2023 год

Mheatolobus taylorii Оремланд и Бун, 1994 г.

Mэтанолобус vulcani Stetter et al. 1989 год

Mэтанолобус zinderi Doerfert et al. 2009 год

Род Methanomethylovorans Lomans et al. 2004 г.

Methanomethylovorans hollandica Lomans et al. 2004 г. (типовой вид)

Methanomethylovorans thermophila Jiang et al. 2005 г.

Methanomethylovorans onensis Cha et al. 2014 год

Род Methanosalsum Boone and Baker 2002.

Methanosalsum zhilinae (Mathrani et al. 1988) Boone and Baker 2002 (типовой вид)

Methanosalsum natronophilum Сорокин и др. 2015 год

Семейство метанотриховые.
[ редактировать ]

Род Methanothrix Huser et al. 1983 год

Methanothrix soehngenii Huser et al. 1983 (типовой вид)

Methanothrix harundinacea (Ma et al. 2006) Akinyemi et al. 2021 год

Methanothrix thermoacetophila corrig. Ножевникова и Чудина 1988 г.

" Candidatum Methanothrix paradoxa" исправлено. Энгл и др. 2017 год

Семейство Метермикокковые.
[ редактировать ]

Род Methermicoccus Cheng et al. 2007 год

Methermicoccus shengliensis Cheng et al. 2007 г. (типовой вид)

Тип метанобактериоты

[ редактировать ]

Класс Метанобактерии

[ редактировать ]
Заказать метанобактерии
[ редактировать ]
Семейство метанобактериевые.
[ редактировать ]

Род Methanobacterium Kluyver и van Niel, 1936 г.

Methanobacterium formicicum Schnellen 1947 (типовой вид)

Метанобактерия брянти

Род Methanobrevibacter Balch and Wolfe 1981.

Methanobrevibacter ruminantium (Smith and Hungate 1958) Balch and Wolfe 1981 (типовой вид)

Methanobrevibacter acididurans Savant et al. 2002 г.

Methanobrevibacter arboriphilus corrig. (Зейкус и Хеннинг, 1975) Балч и Вульф, 1981

Methanobrevibacter boviskoreani Lee et al. 2013 год

Methanobrevibacter curvatus Ледбеттер и Брежнак, 1997 г.

Methanobrevibacter Cutularis Ледбеттер и Брежнак, 1997 г.

Methanobrevibacter filiformis Leadbetter et al. 1998 год

Methanobrevibacter gottschalkii Миллер и Лин, 2002 г.

Methanobrevibacter millerae Rea et al. 2007 год

Methanobrevibacter olleyae Rea et al. 2007 год

Methanobrevibacter oralis Ferrari et al. 1995 год

Methanobrevibacter smithii Балч и Вулф, 1981 г.

Methanobrevibacter thaueri Миллер и Лин, 2002 г.

Methanobrevibacter woesei Миллер и Лин, 2002 г.

Methanobrevibacter wolinii Миллер и Лин, 2002 г.

« Methanobrevibacter Massiliense » Huynh et al. 2015 год

« Кандидат Methanobrevibacter Instinalis» Chibani et al. 2022 год

Род Methanosphaera Miller и Wolin 1985.

Methanosphaera stadtmanae corrig. Миллер и Волин 1985 (типовой вид)

Метаносферный туннель Биавати и др. 1990 год

Род Methanothermobacter Wasserfallen et al. 2000 г.

Метанотермобактер термоавтотрофикус корриг. (Зейкус и Вульф, 1972) Вассерфален и др. 2000 (типовой вид)

Methanothermobacter crinale Cheng et al. 2012 год

Methanothermobacter defluvii (Котельникова и др. 1994) Boone 2002

Methanothermobacter marburgensis Wasserfallen et al. 2000 г.

Methanothermobacter tenebrarum Nakamura et al. 2013 год

Methanothermobacter thermoflexus (Котельникова и др. 1994) Boone 2002

Methanothermobacter thermophilus (Laurinavichus et al. 1990) Boone 2002

Метанотермобактер вольфей корриг. (Winter et al. 1985) Wasserfallen et al. 2000 г.

Семейство Метанотермовые.
[ редактировать ]

Род Methanothermus Stetter 1982.

Methanothermusfervidus Stetter 1982 (типовой вид)

Класс Метанопири

[ редактировать ]
Заказать метанопиралес
[ редактировать ]
Семейство метанопировые.
[ редактировать ]

Род Methanopyrus Kurr et al. 1992 год

Methanopyrus kandleri Kurr et al. 1992 (типовой вид)

Класс Метанококки

[ редактировать ]
Заказать Метанококки
[ редактировать ]
Семейство Methanococaceae Balch и Wolfe, 1981 г.
[ редактировать ]

Род Methanococcus Kluyver и van Niel, 1936 г.

Methanococcus vannielii Stadtman and Barker 1951 (типовой вид)

Метанококк эоликус

Метанококк буртонии

Метанококк чунгсингенсис

Метанококк дельтае

Метанококк Яннаскии

Метанококк марипалудис

Род Метанофервидококк.

Methanofervidicoccus abyssi Sakai et al. 2019 (типовой вид)

Род Methanothermococcus.

Methanothermococcus thermolithotropicus (Huber et al. 1984) Whitman 2002 (типовой вид)

Семейство метанокальдококковые.
[ редактировать ]

Род Метанокальдококк.

Methanocaldococcus jannaschii (Jones et al. 1984) Whitman 2002 (типовой вид)

Род Метаноторрис

Methanotorris igneus (Burggraf et al. 1990) Whitman 2002 (типовой вид)

Тип термоплазматота

[ редактировать ]

Класс Термоплазматы

[ редактировать ]
Заказать Methanomassilicoccales.
[ редактировать ]
Семейство Methanomassiliicoccaceae.
[ редактировать ]

Род Methanomassiliicoccus Dridi et al. 2012 год

Methanomassiliicoccus luminyensis Dridi et al. 2012 г. (типовой вид)

Семейство метанометилофиловые.
[ редактировать ]

Род Methanomethylophilus Borrel et al. 2024 год

Methanomethylophilus alvi Borrel et al. 2024 г. (типовой вид)

См. также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Эрнст, Леонард; Стейнфельд, Бенедикт; Бараев Владимир; Клинч, Томас; Курт, Маркус; Гримм, Дирк; Дик, Тобиас П.; Ребелейн, Йоханнес Г.; Бишофс, Илька Б.; Кепплер, Фрэнк (17 марта 2022 г.). «Образование метана, обусловленное активными формами кислорода во всех живых организмах» . Природа . 603 (7901): 482–487. Бибкод : 2022Nature.603..482E . дои : 10.1038/s41586-022-04511-9 . ISSN   0028-0836 . PMID   35264795 .
  2. ^ Лю, Юйчэнь; Уитмен, Уильям Б. (март 2008 г.). «Метаболическое, филогенетическое и экологическое разнообразие метаногенных архей» . Анналы Нью-Йоркской академии наук . 1125 (1): 171–189. Бибкод : 2008NYASA1125..171L . дои : 10.1196/анналы.1419.019 . ISSN   0077-8923 . ПМИД   18378594 .
  3. ^ Перейти обратно: а б Питерс, В.; Конрад, Р. (1995). «Метаногенные и другие строго анаэробные бактерии в пустынной почве и других кислородных почвах» . Прикладная и экологическая микробиология . 61 (4): 1673–1676. Бибкод : 1995ApEnM..61.1673P . дои : 10.1128/АЕМ.61.4.1673-1676.1995 . ПМЦ   1388429 . ПМИД   16535011 .
  4. ^ «Архивная копия» . Архивировано из оригинала 27 марта 2009 г. Проверено 20 сентября 2009 г. {{cite web}}: CS1 maint: архивная копия в заголовке ( ссылка )
  5. ^ Перейти обратно: а б Бун, Дэвид Р. (2015). «Метанобактерия» Руководство Берджи по систематике архей и бактерий . Джон Уайли и сыновья, ООО стр. 100-1 1–8 дои : 10.1002/9781118960608.gbm00495 . ISBN  9781118960608 .
  6. ^ Перейти обратно: а б Тунг, ХК; Брамолл, штат Небраска; Прайс, ПБ (2005). «Микробное происхождение избыточного метана в ледниковом льду и последствия для жизни на Марсе» . Труды Национальной академии наук . 102 (51): 18292–6. Бибкод : 2005PNAS..10218292T . дои : 10.1073/pnas.0507601102 . ПМЦ   1308353 . ПМИД   16339015 .
  7. ^ Перейти обратно: а б Икар (т. 178, стр. 277)cs:Метаноген
  8. ^ Перейти обратно: а б Михал, Бурдукевич; Гагат, Пшемыслав; Яблонский, Славомир; Чилимонюк, Ярослав; Гаворски, Михал; Мацкевич, Павел; Марцин, Лукашевич (июнь 2018 г.). «PhyMet 2: база данных и набор инструментов для филогенетического и метаболического анализа метаногенов» . Отчеты по экологической микробиологии . 10 (3): 378–382. Бибкод : 2018EnvMR..10..378M . дои : 10.1111/1758-2229.12648 . ISSN   1758-2229 . ПМИД   29624889 .
  9. ^ «Институт Лейбница ДСМЗ: Добро пожаловать в Институт Лейбница ДСМЗ» . www.dsmz.de. ​Проверено 17 июля 2024 г.
  10. ^ Ангел, Рой; Маттис, Дитхарт; Конрад, Ральф (31 мая 2011 г.). «Активация метаногенеза в засушливых биологических почвенных корках, несмотря на присутствие кислорода» . ПЛОС ОДИН . 6 (5): e20453. Бибкод : 2011PLoSO...620453A . дои : 10.1371/journal.pone.0020453 . ISSN   1932-6203 . ПМК   3105065 . ПМИД   21655270 .
  11. ^ Ангел, Рой; Клаус, Питер; Конрад, Ральф (апрель 2012 г.). «Метаногенные археи повсеместно распространены в аэрированных почвах и становятся активными во влажных бескислородных условиях» . Журнал ISME . 6 (4): 847–862. Бибкод : 2012ISMEJ...6..847A . дои : 10.1038/ismej.2011.141 . ISSN   1751-7362 . ПМК   3309352 . ПМИД   22071343 .
  12. ^ Конрад, Ральф (11 июня 2020 г.). «Производство метана в почвенной среде — анаэробная биогеохимия и микробная жизнь между наводнением и высыханием» . Микроорганизмы . 8 (6): 881. doi : 10.3390/microorganisms8060881 . ISSN   2076-2607 . ПМЦ   7357154 . ПМИД   32545191 .
  13. ^ Лю, Же; Лу, Яхай (14 ноября 2017 г.). «Метаболический сдвиг на уровне классов проливает свет на адаптацию метаногенов к окислительной среде» . Журнал ISME . 12 (2): 411–423. Бибкод : 2018ISMEJ..12..411L . дои : 10.1038/ismej.2017.173 . ISSN   1751-7362 . ПМК   5776455 . ПМИД   29135970 .
  14. ^ Энгл, Джордан К.; Морин, Тимоти Х.; Зольден, Линдси М.; Нэрроу, Адриенн Б.; Смит, Гаррет Дж.; Бортон, Микайла А.; Рей-Санчес, Камило; Дейли, Ребекка А.; Мирфендересги, Гольназалсдат; Хойт, Дэвид В.; Райли, Уильям Дж.; Миллер, Кристофер С.; Борер, Гил; Райтон, Келли К. (16 ноября 2017 г.). «Метаногенез в насыщенных кислородом почвах составляет значительную часть выбросов метана водно-болотных угодьях» . Природные коммуникации . 8 (1): 1567. Бибкод : 2017NatCo...8.1567A . дои : 10.1038/s41467-017-01753-4 . ISSN   2041-1723 . ПМК   5691036 . ПМИД   29146959 .
  15. ^ ван Вулферен, Марлин; Пульшен, Андре Араширо; Баум, Базз; Грибальдо, Симонетта; Альберс, Соня-Верена (17 октября 2022 г.). «Клеточная биология архей» . Природная микробиология . 7 (11): 1744–1755. дои : 10.1038/s41564-022-01215-8 . ISSN   2058-5276 . ПМЦ   7613921 . ПМИД   36253512 .
  16. ^ Альберс, Соня-Верена; Мейер, Бенджамин Х. (июнь 2011 г.). «Оболочка архейной клетки» . Обзоры природы Микробиология . 9 (6): 414–426. дои : 10.1038/nrmicro2576 . ISSN   1740-1526 . ПМИД   21572458 .
  17. ^ Тауэр, Рудольф К.; Кастер, Анн-Кристин; Зеедорф, Хеннинг; Букель, Вольфганг; Хеддерих, Райнер (август 2008 г.). «Метаногенные археи: экологически значимые различия в сохранении энергии» . Обзоры природы Микробиология . 6 (8): 579–591. дои : 10.1038/nrmicro1931 . ISSN   1740-1526 . ПМИД   18587410 .
  18. ^ Чибани, Синтия Мария; Манерт, Александр; Боррель, Гийом; Алмейда, Александр; Вернер, Альмут; Брюжер, Жан-Франсуа; Грибальдо, Симонетта; Финн, Роберт Д.; Шмитц, Рут А.; Мойссль-Айхингер, Кристина (30 декабря 2021 г.). «Каталог 1167 геномов археомы кишечника человека» . Природная микробиология . 7 (1): 48–61. дои : 10.1038/s41564-021-01020-9 . ISSN   2058-5276 . ПМЦ   8727293 . ПМИД   34969981 .
  19. ^ Протасов, Евгений; Нонох, Джеймс О.; Касл Сильва, Джоанна М.; Мис, Ундина С.; Эрве, Винсент; Дитрих, Карстен; Ланг, Кристина; Микульский, Лена; Платт, Катя; Поляйн, Аня; Кёлер-Рамм, Тим; Миамби, Эдвард; Бога, Хамади И.; Фелдеверт, Кристофер; Нгуги, Дэвид К. (15 ноября 2023 г.). «Разнообразие и таксономический пересмотр метаногенов и других архей в кишечном тракте наземных членистоногих» . Границы микробиологии . 14 . дои : 10.3389/fmicb.2023.1281628 . ISSN   1664-302X . ПМЦ   10684969 . ПМИД   38033561 .
  20. ^ Томас, Кортни М.; Десмонд-Ле Кеменер, Эли; Грибальдо, Симонетта; Боррель, Гийом (10 июня 2022 г.). «Факторы, определяющие численность и разнообразие археома кишечника в животном мире» . Природные коммуникации . 13 (1): 3358. Бибкод : 2022NatCo..13.3358T . дои : 10.1038/s41467-022-31038-4 . ISSN   2041-1723 . ПМЦ   9187648 . ПМИД   35688919 .
  21. ^ Лю, Же; Шао, Нана; Акиниеми, Тайво; Уитмен, Уильям Б. (июль 2018 г.). «Метаногенез» . Современная биология . 28 (13): Р727–Р732. Бибкод : 2018CBio...28.R727L . дои : 10.1016/j.cub.2018.05.021 . ПМИД   29990451 .
  22. ^ Квенволден, К. (1995). «Обзор геохимии метана в гидрате природного газа». Органическая геохимия . 23 (11–12): 997–1008. Бибкод : 1995OrGeo..23..997K . дои : 10.1016/0146-6380(96)00002-2 .
  23. ^ Мильков, Алексей В (2004). «Глобальные оценки содержания гидратносвязанного газа в морских отложениях: сколько их на самом деле?». Обзоры наук о Земле . 66 (3–4): 183–197. Бибкод : 2004ESRv...66..183M . doi : 10.1016/j.earscirev.2003.11.002 .
  24. ^ «Кратерные твари: где могут скрываться марсианские микробы» . Space.com . 20 декабря 2005 г. Проверено 16 декабря 2014 г.
  25. ^ «Марсоход НАСА на Марсе обнаружил облако газа, намекающее на возможность существования жизни» . Нью-Йорк Таймс . 22 июня 2019 г.
  26. ^ Тауэр, Р.К. и Шима, С. (2006). «Биогеохимия: Метан и микробы». Природа . 440 (7086): 878–879. Бибкод : 2006Natur.440..878T . дои : 10.1038/440878a . ПМИД   16612369 . S2CID   4373591 .
  27. ^ Янгблут, Николас Д.; Райшер, Георг Х.; Даузер, Силке; Майш, Софи; Вальс, Крис; Сталдер, Габриэль; Фарнляйтнер, Андреас Х.; Лей, Рут Э. (26 октября 2021 г.). «Филогения позвоночных-хозяев влияет на разнообразие кишечника архей» . Природная микробиология . 6 (11): 1443–1454. дои : 10.1038/s41564-021-00980-2 . ISSN   2058-5276 . ПМЦ   8556154 . ПМИД   34702978 .
  28. ^ Томас, Кортни М.; Десмонд-Ле Кеменер, Эли; Грибальдо, Симонетта; Боррель, Гийом (10 июня 2022 г.). «Факторы, определяющие численность и разнообразие археома кишечника в животном мире» . Природные коммуникации . 13 (1): 3358. Бибкод : 2022NatCo..13.3358T . дои : 10.1038/s41467-022-31038-4 . ISSN   2041-1723 . ПМЦ   9187648 . ПМИД   35688919 .
  29. ^ Протасов, Евгений; Нонох, Джеймс О.; Касл Сильва, Джоанна М.; Мис, Ундина С.; Эрве, Винсент; Дитрих, Карстен; Ланг, Кристина; Микульский, Лена; Платт, Катя; Поляйн, Аня; Кёлер-Рамм, Тим; Миамби, Эдвард; Бога, Хамади И.; Фелдеверт, Кристофер; Нгуги, Дэвид К. (15 ноября 2023 г.). «Разнообразие и таксономический пересмотр метаногенов и других архей в кишечном тракте наземных членистоногих» . Границы микробиологии . 14 . дои : 10.3389/fmicb.2023.1281628 . ISSN   1664-302X . ПМЦ   10684969 . ПМИД   38033561 .
  30. ^ Гао, Бейле; Гупта, Рэдхи С. (2007). «Филогеномный анализ белков, характерных для архей и ее основных подгрупп, и происхождения метаногенеза» . БМК Геномика . 8 (1): 86. дои : 10.1186/1471-2164-8-86 . ПМК   1852104 . ПМИД   17394648 .
  31. ^ Раух, Бенджамин Юлиус; Густафсон, Эндрю; Перона, Джон Дж. (декабрь 2014 г.). «Новые белки для биосинтеза гомоцистеина у анаэробных микроорганизмов» . Молекулярная микробиология . 94 (6): 1330–1342. дои : 10.1111/mmi.12832 . ISSN   0950-382X . ПМИД   25315403 .
  32. ^ Чен, Шэн-Чунг; Венг, Цзе-Инь; Лай, Мэй-Чин; Тамаки, Хидеюки; Нарихиро, Такаши (октябрь 2019 г.). «Сравнительный геномный анализ выявил гены трегалозосинтазы как признак рода Methanoculleus». Морская геномика . 47 : 100673. Бибкод : 2019MarGn..4700673C . дои : 10.1016/j.margen.2019.03.008 . ПМИД   30935830 . S2CID   91188321 .
  33. ^ Гуань, Юэ; Нгуги, Дэвид К.; Вину, Маникандан; Блом, Йохен; Алам, Интихаб; Гийо, Сильвен; Ферри, Джеймс Г.; Стингл, Ульрих (24 апреля 2019 г.). «Сравнительная геномика рода Methanohalophilus, включая недавно выделенный штамм из Кебрит глубоко в Красном море» . Границы микробиологии . 10 : 839. дои : 10.3389/fmicb.2019.00839 . ISSN   1664-302X . ПМК   6491703 . ПМИД   31068917 .
  34. ^ Бортон, Микайла А.; Дейли, Ребекка А.; О'Бэнион, Бриджит; Хойт, Дэвид В.; Маркус, Дэниел Н.; Уэлч, Сьюзен; Гастингс, Сибилла С.; Меулия, Чай; Вулф, Ричард А.; Букер, Энн Э.; Шарма, Шиха (декабрь 2018 г.). «Сравнительная геномика и физиология рода Methanohalophilus, распространенного метаногена в сланцах с гидроразрывом» . Экологическая микробиология . 20 (12): 4596–4611. Бибкод : 2018EnvMi..20.4596B . дои : 10.1111/1462-2920.14467 . ISSN   1462-2912 . ПМИД   30394652 . S2CID   53220420 .
  35. ^ Зеллингер, Андреа; Шваб, Кларисса; Вайнмайер, Томас; Лой, Александр; Твейт, Александр Т.; Шлепер, Криста; Урих, Тим (январь 2016 г.). Кинг, Гэри (ред.). «Филогенетический и геномный анализ Methanomassiliicoccales в водно-болотных угодьях и кишечных трактах животных выявляет предпочтения среды обитания, специфичные для клады» . ФЭМС Микробиология Экология . 92 (1): fiv149. дои : 10.1093/femsec/fiv149 . hdl : 10037/8522 . ISSN   1574-6941 . ПМИД   26613748 .
  36. ^ Лю, Же; Лу, Яхай (июнь 2015 г.). «Сравнительная геномика трех штаммов Methanocellales выявляет новые таксономические и метаболические особенности: Сравнительная геномика трех штаммов Methanocellales». Отчеты по экологической микробиологии . 7 (3): 526–537. дои : 10.1111/1758-2229.12283 . ПМИД   25727385 .
  37. ^ Лю, Же; Лу, Яхай (февраль 2018 г.). «Метаболический сдвиг на уровне классов проливает свет на адаптацию метаногенов к окислительной среде» . Журнал ISME . 12 (2): 411–423. Бибкод : 2018ISMEJ..12..411L . дои : 10.1038/ismej.2017.173 . ISSN   1751-7362 . ПМК   5776455 . ПМИД   29135970 .
  38. ^ Боррель, Гийом; Паризо, Николя; Харрис, Хью МБ; Пейретайяд, Эрик; Гачи, Надя; Тотти, Уильям; Бардо, Оливье; Рэйманн, Кэйси; Грибальдо, Симонетта; Пейре, Пьер; О'Тул, Пол В. (2014). «Сравнительная геномика подчеркивает уникальную биологию Methanomassiliicoccales, родственного Thermoplasmatales седьмого порядка метаногенных архей, кодирующих пирролизин» . БМК Геномика . 15 (1): 679. дои : 10.1186/1471-2164-15-679 . ISSN   1471-2164 . ПМЦ   4153887 . ПМИД   25124552 .
  39. ^ Боррель, Гийом; О'Тул, Пол В.; Харрис, Хью МБ; Пейре, Пьер; Брюжер, Жан-Франсуа; Грибальдо, Симонетта (октябрь 2013 г.). «Филогеномные данные подтверждают седьмой порядок метилотрофных метаногенов и дают представление об эволюции метаногенеза» . Геномная биология и эволюция . 5 (10): 1769–1780. дои : 10.1093/gbe/evt128 . ISSN   1759-6653 . ПМЦ   3814188 . ПМИД   23985970 .
  40. ^ Перейти обратно: а б с д и Блаут, М. (1994). «Метаболизм метаногенов». Антони ван Левенгук . 66 (1–3): 187–208. дои : 10.1007/bf00871639 . ISSN   0003-6072 . ПМИД   7747931 . S2CID   23706408 .
  41. ^ Дыбас, М; Кониски, Дж (1992). «Передача энергии в метаногене Methanococcus voltae основана на натриевом токе» . J Бактериол . 174 (17): 5575–5583. дои : 10.1128/jb.174.17.5575-5583.1992 . ПМК   206501 . ПМИД   1324904 .
  42. ^ Карраш, М.; Бёрнер, Г.; Энсле, М.; Тауэр, РК (12 декабря 1990 г.). «Молибдофермент формилметанфурандегидрогеназа из Methanosarcina barkeri содержит кофактор птерина». Европейский журнал биохимии . 194 (2): 367–372. дои : 10.1111/j.1432-1033.1990.tb15627.x . ISSN   0014-2956 . ПМИД   2125267 .
  43. ^ Бёрнер, Г.; Карраш, М.; Тауэр, РК (23 сентября 1991 г.). «Молибдоптерин-адениндинуклеотид и молибдоптерин-гипоксантин-динуклеотид в формилметанфурандегидрогеназе из Methanobacterium thermoautotropicum (Марбург)» . Письма ФЭБС . 290 (1–2): 31–34. Бибкод : 1991FEBSL.290...31B . дои : 10.1016/0014-5793(91)81218-w . ISSN   0014-5793 . ПМИД   1915887 . S2CID   24174561 .
  44. ^ Шмитц, Рут А.; Альбрахт, Саймон П.Дж.; Тауэр, Рудольф К. (1 ноября 1992 г.). «Молибден и вольфрамовый изофермент формилметанфурандегидрогеназы у термофильных архей Methanobacterium wolfei» . Европейский журнал биохимии . 209 (3): 1013–1018. дои : 10.1111/j.1432-1033.1992.tb17376.x . ISSN   1432-1033 . ПМИД   1330558 .
  45. ^ Цирнгибль, К. (февраль 1990 г.). «N5,N10-метилентетрагидрометаноптериндегидрогеназа из Methanobacterium thermoautotropicum обладает гидрогеназной активностью» . Лаборатория пихтовой микробиологии . 261 (1): 112–116. Бибкод : 1990FEBSL.261..112Z . дои : 10.1016/0014-5793(90)80649-4 .
  46. ^ те Бреммельстроет, BW; Гертс, WJ; Келтьенс, Дж. Т.; ван дер Дрифт, К.; Фогельс, Джорджия (20 сентября 1991 г.). «Очистка и свойства 5,10-метилентетрагидрометаноптериндегидрогеназы и 5,10-метилентетрагидрометаноптеринредуктазы, двух коферментных F420-зависимых ферментов, из Methanosarcina barkeri». Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Структура белка и молекулярная энзимология . 1079 (3): 293–302. дои : 10.1016/0167-4838(91)90072-8 . ISSN   0006-3002 . ПМИД   1911853 .
  47. ^ Кенген, Серве WM; Мостерд, Джудит Дж.; Нелиссен, Роб Л.Х.; Келтьенс, Ян Т.; Дрифт, Крис ван дер; Фогельс, Годфрид Д. (1 августа 1988 г.). «Восстановительная активация метилтетрагидрометаноптерина: кофермент М метилтрансфераза из штамма Methanobacterium thermoautotropicum ΔH». Архив микробиологии . 150 (4): 405–412. Бибкод : 1988ArMic.150..405K . дои : 10.1007/BF00408315 . ISSN   0302-8933 . S2CID   36366503 .
  48. ^ Бобик, Т.А.; Олсон, К.Д.; Нолл, К.М.; Вулф, RS (16 декабря 1987 г.). «Доказательства того, что гетеродисульфид кофермента М и 7-меркаптогептаноилтреонинфосфата является продуктом реакции метилредуктазы в Methanobacterium». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 149 (2): 455–460. дои : 10.1016/0006-291x(87)90389-5 . ISSN   0006-291X . ПМИД   3122735 .
  49. ^ Эллерманн, Дж.; Хеддерих, Р.; Бёхер, Р.; Тауэр, РК (15 марта 1988 г.). «Заключительный этап образования метана. Исследования с высокоочищенной метил-СоМ-редуктазой (компонент С) из Methanobacterium thermoautotropicum (штамм Marburg)» . Европейский журнал биохимии . 172 (3): 669–677. дои : 10.1111/j.1432-1033.1988.tb13941.x . ISSN   0014-2956 . ПМИД   3350018 .
  50. ^ Аппельс, Лиза; и др. (2008). «Принципы и возможности анаэробного сбраживания активного ила отходов» Прогресс в области энергетики и науки о горении. 34 (6): 755-781. doi: 10.1016/j.pecs.2008.06.002
  51. ^ Кристенсен, Томас Х; и др. (2010). «Анаэробное сбраживание: процесс», Технология и управление твердыми отходами, том 1 и 2. doi: 10.1002/9780470666883.ch372
  52. ^ Шах, Файяз Али и др. (2014). «Микробная экология анаэробных варочных котлов: ключевые игроки анаэробиоза» ScientificWorldJournal. 3852369 (1). дои: 10.1155/2014/183752
  53. ^ Леттинга, Г. (1995). «Анаэробное сбраживание и системы очистки сточных вод». Антони ван Левенгук . 67 (1): 3–28. дои : 10.1007/bf00872193 . ПМИД   7741528 . S2CID   9415571 .
  54. ^ Перейти обратно: а б Табатабаи, Мейса; и др. (2010). «Важность популяций метаногенных архей в анаэробной очистке сточных вод» (PDF) . Технологическая биохимия . 45 (8): 1214–1225. дои : 10.1016/j.procbio.2010.05.017 .
  55. ^ Марихиро, Такаши., Секигути, Юдзи. (2007). «Микробные сообщества в процессах анаэробного сбраживания отходов и очистки сточных вод: обновленная микробиологическая информация» Текущее мнение в области биотехнологии. 18 (3): 273–278. doi: 10.1016/j.copbio.2007.04.003
  56. ^ «Усовершенствованная анаэробная очистка сточных вод в ближайшем будущем». Водные науки и технологии . 35 (10). 1997. doi : 10.1016/S0273-1223(97)00222-9 .
  57. ^ Вёзе, Карл Р.; Фокс, Джордж Э. (ноябрь 1977 г.). «Филогенетическая структура прокариотической области: первичные царства» . Труды Национальной академии наук . 74 (11): 5088–5090. Бибкод : 1977PNAS...74.5088W . дои : 10.1073/pnas.74.11.5088 . ISSN   0027-8424 . ПМК   432104 . ПМИД   270744 .
  58. ^ Эванс, Пол Н.; Паркс, Донован Х.; Чедвик, Грейсон Л.; Роббинс, Стивен Дж.; Сирота, Виктория Дж.; Голдинг, Сюзанна Д.; Тайсон, Джин В. (23 октября 2015 г.). «Метаболизм метана у архейного типа Bathyarchaeota, выявленный с помощью геномоцентрической метагеномики» . Наука . 350 (6259): 434–438. Бибкод : 2015Sci...350..434E . doi : 10.1126/science.aac7745 . ISSN   0036-8075 . ПМИД   26494757 .
  59. ^ Ци, Ян-Линг; Ли, Ю-Сянь; Ян-Чжи, Цзяо, Цзянь-Ю; Ли, Вэнь-Цзюнь (31 августа 2021 г.). геномика выявляет термическую адаптацию и высокое метаболическое разнообразие у Candidatus Bathyarchaeia » . Сравнительная .; Шу, Вэнь-Шэн ; « Хуа, Чжэн-Шуан ; e0025221. doi : 10.1128/msystems.00252-21 . ISSN   2379-5077 . PMC   8407382. : PMID   34282939 .
  60. ^ Хомякова Мария Александровна; Меркель, Александр Ю.; Мамий, Дана Д.; Клюкина Александра Александровна; Слободкин, Александр И. (22 августа 2023 г.). «Фенотипическая и геномная характеристика Bathyarchaeum tardum gen. nov., sp. nov., культивируемого представителя архейного класса Bathyarchaeia» . Границы микробиологии . 14 . дои : 10.3389/fmicb.2023.1214631 . ISSN   1664-302X . ПМЦ   10477458 . PMID   37675420 .
  61. ^ Чжоу, Чжичао; Пан, Цзе; Ван, Фэнпин; Гу, Цзи-Донг; Ли, Мэн (01 сентября 2018 г.). «Батиархеота: глобально распространенные метаболические специалисты в бескислородной среде» . Обзоры микробиологии FEMS . 42 (5): 639–655. дои : 10.1093/femsre/fuy023 . ISSN   1574-6976 . ПМИД   29790926 .
  62. ^ Ю, Тяньтянь; Ву, Вэйчао; Лян, Вэньюэ; Левер, Марк Александер; Хинрикс, Кай-Уве; Ван, Фэнпин (05.06.2018). «Рост осадочных батиархей на лигнине как источнике энергии» . Труды Национальной академии наук . 115 (23): 6022–6027. Бибкод : 2018PNAS..115.6022Y . дои : 10.1073/pnas.1718854115 . ISSN   0027-8424 . ПМК   6003339 . ПМИД   29773709 .
  63. ^ Ю, Тяньтянь; Ху, Хайнин; Цзэн, Сяньхун; Ван, Иньчжао; Пан, Дональд; Дэн, Лунхуэй; Лян, Льюэн; Хоу, Цзялин; Ван, Фэнпин (сентябрь 2023 г.). «Широко распространенные батиархеи кодируют новую метилтрансферазу, использующую ароматические соединения, полученные из лигнина» . mLife . 2 (3): 272–282. дои : 10.1002/mlf2.12082 . ISSN   2097-1699 . ПМЦ   10989822 . ПМИД   38817817 .
  64. ^ Пол, Кристина; Нонох, Джеймс О.; Микульский, Лена; Брюн, Андреас (декабрь 2012 г.). « Methanoplasmatales», родственные Thermoplasmatales археи в кишках термитов и других средах, представляют собой седьмой порядок метаногенов» . Прикладная и экологическая микробиология . 78 (23): 8245–8253. Бибкод : 2012ApEnM..78.8245P . дои : 10.1128/aem.02193-12 . ISSN   0099-2240 . ПМЦ   3497382 . ПМИД   23001661 .
  65. ^ Дриди, Бедис; Фардо, Мари-Лора; Оливье, Бернар; Рауль, Дидье; Дранкур, Мишель (1 августа 2012 г.). «Methanomassiliicoccus luminyensis gen. nov., sp. nov., метаногенный архей, выделенный из человеческих фекалий» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 62 (Ч_8): 1902–1907. дои : 10.1099/ijs.0.033712-0 . ISSN   1466-5026 . ПМИД   22859731 .
  66. ^ Иино, Такао; Тамаки, Хидеюки; Тамадзава, Сатоши; Уэно, Ёсиюки; Окума, Мория; Сузуки, Кен-итиро; Игараси, Ясуо; Харута, Шин (2013). «Candidatus Methanogranum caenicola: новый метаноген из анаэробного переваренного ила и предложение Methanomassiliicoccaceae fam. nov. и Methanomassiliicoccales ord. nov. для метаногенной линии класса Thermoplasmata» . Микробы и окружающая среда . 28 (2): 244–250. дои : 10.1264/jsme2.ME12189 . ISSN   1342-6311 . ПМК   4070666 . ПМИД   23524372 .
  67. ^ Сорокин Дмитрий Юрьевич; Меркель, Александр Ю.; Аббас, Бен; Макарова Кира С.; Рийпстра, В. Ирен К.; Коэнен, М.; Синнингхе Дамсте, Яап С.; Галински, Эрвин А.; Кунин Евгений Владимирович; ван Лоосдрехт, Марк CM (01 июля 2018 г.). «Methanonatronarchaeum thermophilum gen. nov., sp. nov. и 'Candidatus Methanohalarchaeum thermophilum', чрезвычайно галогено(натроно)фильные метилвосстанавливающие метаногены из гиперсоленых озер, включающие новый класс эвриархей Methanonatronarchaeia classis nov» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 68 (7): 2199–2208. дои : 10.1099/ijsem.0.002810 . ISSN   1466-5026 . ПМК   6978985 . ПМИД   29781801 .
  68. ^ Сорокин Дмитрий Юрьевич; Макарова Кира С.; Аббас, Бен; Феррер, Мануэль; Голышин Петр Н.; Галински, Эрвин А.; Чордиа, Серджио; Мена, Мария Кармен; Меркель, Александр Ю.; Вольф Юрий И.; ван Лоосдрехт, Марк CM; Кунин, Евгений В. (30 мая 2017 г.). «Открытие чрезвычайно галофильных эвриархей, восстанавливающих метил, дает представление об эволюционном происхождении метаногенеза» . Природная микробиология . 2 (8): 17081. doi : 10.1038/nmicrobiol.2017.81 . ISSN   2058-5276 . ПМЦ   5494993 . ПМИД   28555626 .
  69. ^ Сорокин Дмитрий Юрьевич; Меркель, Александр Ю.; Аббас, Бен (ноябрь 2022 г.). «Экология метанонотронархей» . Экологическая микробиология . 24 (11): 5217–5229. Бибкод : 2022EnvMi..24.5217S . дои : 10.1111/1462-2920.16108 . ISSN   1462-2912 . ПМЦ   9796771 . ПМИД   35726892 .
  70. ^ Штайнигер, Фабиан; Сорокин Дмитрий Юрьевич; Деппенмайер, Уве (январь 2022 г.). «Процесс сохранения энергии в чрезвычайно галоалкалифильном метилвосстанавливающем метаногене Methanonatronarchaeum thermophilum» . Журнал ФЭБС . 289 (2): 549–563. дои : 10.1111/февраль 16165 . ISSN   1742-464X . ПМИД   34435454 .
  71. ^ Мэй, Ран; Канеко, Масанори; Имачи, Хироюки; Нобу, Масару К (3 февраля 2023 г.). Ма, Ли-Цзюнь (ред.). «Происхождение и эволюция метаногенеза и архей переплетаются» . ПНАС Нексус . 2 (2): pgad023. doi : 10.1093/pnasnexus/pgad023 . ISSN   2752-6542 . ПМЦ   9982363 . ПМИД   36874274 .
  72. ^ Орен, Аарон; Арахал, Дэвид Р.; Гёкер, Маркус; Мур, Эдвард РБ; Росселло-Мора, Рамон; Сатклифф, Иэн К. (1 мая 2023 г.). «Международный кодекс номенклатуры прокариот. Кодекс прокариот (редакция 2022 г.)» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 73 (5а). дои : 10.1099/ijsem.0.005585 . hdl : 10261/338243 . ISSN   1466-5026 . ПМИД   37219928 .
  73. ^ «Тип: Метанобактериаты» . lpsn.dsmz.de. ​Проверено 16 июля 2024 г.
  74. ^ Гёкер, Маркус; Орен, Аарон (22 января 2024 г.). «Действительная публикация названий двух доменов и семи царств прокариотов» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 74 (1). дои : 10.1099/ijsem.0.006242 . ISSN   1466-5026 . ПМИД   38252124 .
  75. ^ «Институт Лейбница ДСМЗ: Добро пожаловать в Институт Лейбница ДСМЗ» . www.dsmz.de. ​Проверено 16 июля 2024 г.
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Methanogen&oldid=1241475030"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: e96a6bf4949757f746d082574ebefc87__1722825180
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/e9/87/e96a6bf4949757f746d082574ebefc87.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Methanogen - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)