Метанококк марипалудис

Метанококк марипалудис
	Электронная микрофотография, показывающая заметные архейные особенности и внутреннюю часть тела микроорганизма. С разрешения доктора Кена Ф. Джаррелла и Син-Ичи Айзавы. Магний бар 500 нм.
Научная классификация
Домен:	Архея
Королевство:	Эвриархеота
Тип:	Эвриархеота
Сорт:	Метанококки
Заказ:	Метанококки
Семья:	Метанококковые
Род:	Метанококк
Разновидность:	Метанококк марипалудис ; Джонс и др. 1984 г.

Methanococcus maripaludis — это вид метаногенных архей, обитающих в морской среде, преимущественно в солончаках. ^{[ 1 ]} maripaludis непатогенный грамотрицательный слабоподвижный неспорообразующий — M. строго анаэробный мезофил . ^{[ 2 ]} Его относят к хемолитоавтотрофам. ^{[ 3 ]} Этот архей имеет плеоморфную форму кокковидной палочки размером 1,2 на 1,6 мкм среднего размера и имеет множество уникальных метаболических процессов, которые помогают выживанию. ^{[ 2 ]}^{[ 4 ]} M. maripaludis также имеет секвенированный геном размером около 1,7 Мб с более чем 1700 идентифицированными генами, кодирующими белки. ^{[ 5 ]} В идеальных условиях M. maripaludis быстро растет и может удваиваться каждые два часа. ^{[ 4 ]}

Метаболизм

Метаболический , ландшафт M. maripaludis состоит из восьми основных подсистем которые обеспечивают пути выработки энергии и роста клеток . Эти подсистемы включают метаболизм аминокислот , гликолиз / метаболизм гликогена , метаногенез , метаболизм азота , неокислительный пентозофосфатный путь (NOPPP) , метаболизм нуклеотидов и восстановительный цикл лимонной кислоты (RTCA) . ^{[ 4 ]}

Метаногенез , процесс восстановления углекислого газа до метана , служит основным путем выработки энергии с использованием коферментов и мембраносвязанного ферментного комплекса . ^{[ 6 ]} Путь метаногенеза использует тот же источник углерода , что и остальные семь подсистем для роста клеток. ^{[ 4 ]} Кроме того, подсистемы используют два важных промежуточных продукта , ацетил-КоА и пируват , для производства предшественников, критически важных для роста клеток. ^{[ 4 ]}

Аминокислота

M. maripaludis использует углекислый газ и ацетат в качестве субстратов для биосинтеза аминокислот . ^{[ 4 ]} Каждый из этих субстратов может продуцировать ацетил-КоА посредством различных механизмов. ^{[ 4 ]} Используя углекислый газ, M. maripaludis может генерировать ацетил-КоА из метил-THMPT, промежуточного продукта метаногенеза , и монооксида углерода , образующегося в результате восстановления диоксида углерода . ^{[ 4 ]} С использованием ацетата ацетил-КоА синтезируется из АМФ- образующей ацетат-КоА-лигазы. ^{[ 4 ]} Ацетил-КоА затем действует как предшественник пирувата биосинтезу , который способствует метаногенезу и аланина . ^{[ 4 ]} Пируват может быть преобразован в L-аланин с помощью аланиндегидрогеназы , что является обратимой реакцией . Как только аланин синтезируется, он может транспортироваться в микроб через аланинпермеазу . ^{[ 4 ]}

Гликолиз с образованием гликогена

M. maripaludis имеет модифицированный путь Эмбдена-Мейерхофа-Парнаса (EMP), путь гликолиза . В отличие от других организмов, которые восстанавливают НАД до НАДН на пути ЭМИ, M. maripaludis восстанавливает ферродоксины . Кроме того, протеинкиназы , ответственные за перенос фосфатных групп между соединениями, полагаются исключительно на АДФ, а не на АТФ. ^{[ 4 ]} Кроме того, M. maripaludis также способен синтезировать гликоген . ^{[ 4 ]} Благодаря экспериментально наблюдаемой активности ферментов, участвующих как в катаболическом, так и в анаболическом направлении пути ЭМИ, последний утилизируется в большей степени, что приводит к образованию запасов гликогена. ^{[ 4 ]}

Метаногенез

У M. maripaludis основным источником углерода для метаногенеза является углекислый газ, хотя также используются его альтернативы, такие как формиат. Хотя все метаногены используют определенные ключевые коферменты , кофакторы и промежуточные продукты для производства метана, M. maripaludis подвергается циклу Вульфа , который превращает CO ₂ и газообразный водород в метан и H ₂ O. ^{[ 7 ]} присутствуют 7 различных гидрогеназ У M. maripaludis , которые позволяют использовать H ₂ в качестве донора электронов для восстановления CO _{2 .}^{[ 4 ]} некоторые штаммы и мутанты M. maripaludis способны к метаногенезу в отсутствие газообразного водорода, хотя это редкость. Было показано, что ^{[ 8 ]}

Метаногенез у M. maripaludis происходит в следующие этапы:

Снижение CO ₂ с помощью метанофурана и восстановленных ферредоксинов. ^{[ 9 ]}
Окисление и последующее восстановление кофермента F420 в присутствии H ₂^{[ 10 ]}^{[ 9 ]}
Перенос метильной группы от метил-THMPT к коферменту M (HS-CoM), вызывающий транслокацию 2 Na. ⁺ через мембрану для усиления протонного градиента ^{[ 11 ]}
Деметилирование метил-S-CoM с образованием метана и получением дополнительной энергии за счет последующего восстановления побочных продуктов с помощью H ₂^{[ 12 ]}

Азот

M. maripaludis использует три источника азота: аммиак , аланин и диазот с аммиаком. ^{[ 4 ]} Усвоение азота происходит у бактерий посредством аммиака, когда неорганическое соединение азота превращается в органическое соединение азота. У M. maripaludis глутаминсинтетаза используется для производства глютамина из глутамата и аммиака. Созданный затем глютамин отправляется на синтез белка. ^{[ 4 ]}

M. maripaludis использует аланинрацемазу и аланинпермеазу для поглощения аланина. ^{[ 4 ]} Фермент рацемаза используется для преобразования инверсии стереохимии внутри молекулы, тогда как пермеаза представляет собой белок, который катализирует транспорт молекулы через мембрану. ^{[ 13 ]}

Свободная фиксация N ₂ хорошо развита у M. maripaludis. M. maripaludis содержит мультибелковый азотистый комплекс, содержащий белок Fe и MoFe. ^{[ 4 ]} Ферредоксин восстанавливается и восстанавливает окисленное Fe, отнимая у Fe его электроны в присутствии N ₂ . Теперь восстановленный белок Fe окисляется АТФ, восстанавливая белок MoFe. ^{[ 4 ]} Белок MoFe затем восстанавливает N ₂ до аммиака. На этом этапе восстановления используются электроны восстановленного ферредоксина, что требует большого количества энергии. Фиксация N ₂ неблагоприятна у M. maripaludis из-за высокой потребности в энергии, поэтому клетка обычно не активирует этот путь фиксации, когда доступны аммиак и аланин. ^{[ 4 ]}

Пентозофосфатный путь

Пентозофосфатный путь необходим M. maripaludis для образования нуклеотидов и нуклеиновых кислот . ^{[ 4 ]} M. maripaludis содержит высокую активность неокислительных ферментов, но не обладает окислительной активностью ферментов. ^{[ 4 ]} Неокислительный означает, что ферменты не имеют способности соединяться с кислородом и окисляться. Неокислительный пентозофосфатный путь (NOPPP) регулируется и используется за счет доступности субстрата. У M. maripaludis рибулозо-5-фосфат превращается в эритрозо-4-фосфат и фруктозо-6-фосфат . ^{[ 4 ]} В этом превращении используются четыре фермента: транскетолоаза, рибулозо-фосфат-3-эпимераза, рибозо-5-фосфат-изомераза и транслальдолаза. ^{[ 4 ]}

Нуклеотидный метаболизм

Метаболизм нуклеотидов M. maripaludis хорошо изучен. Для биосинтеза нуклеиновых кислот метаноген должен производить пиримидины , такие как уридинтрифосфат (UTP) и цитидинтрифосфат (CTP), а также пурины, такие как гуанинтрифосфат (GTP) и аденозинтрифосфат (АТФ). Для синтеза пиримидинов фосфорибозилпирофосфат (PRPP) объединяется с бикарбонатом, L-глутамином или оротатом. Эта комбинация синтезирует монофосфат уридина, который затем может быть преобразован в трифосфат уридина (UTP). UMP также является предшественником CTP. ^{[ 4 ]} Для синтеза пуринов сначала получают инозиновую кислоту (ИМФ) посредством серии реакций, которые включают соединение PRPP с глутамином с образованием 5-фосфорибозиламина. Эту реакцию катализирует PRPP-синтетаза. После синтеза ИМФ его можно преобразовать в аденозинмонофосфат (АМФ) и гуанинмонофосфат (ГМФ). Для синтеза АМФ ИМФ объединяется с аденилсукцинатом. Для синтеза GMP IMP преобразуется в ксантинмонофосфат (XMP), который затем может быть преобразован в GMP. ^{[ 4 ]}

Цикл восстановительной лимонной кислоты (RTCA)

Цикл трикарбоновых кислот служит центральным метаболическим путем у аэробных организмов. Он играет важную роль в производстве энергии и биосинтезе , генерируя переносчики электронов, такие как НАДН и ФАД. ^{[ 14 ]} Это осуществляется путем окисления ацетил-КоА, полученного из различных питательных веществ и сложных молекул углерода, до CO ₂ и H ₂ O. ^{[ 4 ]}

M. maripaludis , строго анаэробный мезофил , подвергается неполному циклу восстановительной лимонной кислоты (RTA) для восстановления CO ₂ и H ₂ O и синтеза сложных молекул углерода. ^{[ 4 ]} Отсутствие нескольких этапов и необходимых ферментов , включая фосфоенолпируваткарбоксикиназу , цитратсинтазу , аконитат и изоцитратдегидрогеназу , препятствует завершению этого цикла. ^{[ 15 ]}^{[ 4 ]} Пируват , образующийся в результате гликолиза / глюконеогенеза , является исходным метаболитом M. maripaludis в цикле трикарбоновых кислот .

Клеточная структура

неправильной формы Слабоподвижный кокк Methanococcus maripaludis имеет диаметр 0,9-1,3 мкм с единственным электронно-плотным S-слоем, лишенным пептидогликана . Эти характеристики помогают идентифицировать его домен как Archaea . ^{[ 4 ]} Обычно встречаются в метаногенах , в их клеточных стенках отсутствуют муреин и эфир-связанные мембранные липиды , а также другие биохимические свойства. ^{[ 16 ]} S -слой состоит из гликопротеинов , которые окружают всю клетку и помогают защитить клетку от прямого взаимодействия с окружающей средой. Точнее, S-слой обеспечивает клеткам архей стабилизирующий барьер, устойчивый к изменениям окружающей среды. ^{[ 17 ]} Кроме того, M. maripaludis состоит из двух поверхностных придатков, обеспечивающих подвижность: жгутиков и пилей . ^{[ 4 ]}

Жгутики и пили

архей Жгутики содержат характерные прокариот структуры подвижности , которые сходны с пилями бактериального типа IV (T4P) . Они построены из белков, несущих сигнальные пептиды класса III , которые расщепляются специфическими сигнальными пептидазами . Они также обладают гомологичными генами , кодирующими АТФазу , и консервативными мембранными белками для сборки придатков . ^{[ 17 ]} Жгутик каждый состоит M. maripaludis из трех гликопротеинов флагеллина , из которых модифицирован N-связанным тетрасахаридом . Это имеет решающее значение для постоянного прикрепления к поверхностям , межклеточного контакта и передвижения . ^{[ 17 ]} Структуры как жгутиков, так и пилей используются для прикрепления к поверхностям, что позволяет им оставаться в желаемой среде. ^{[ 17 ]}

M. maripaludis включает полный набор генов fla с тремя отдельными генами флагеллина, flaB1, flaB2 и flaB3 , а также остальными восемью генами , включая flaC-flaJ . ^{[ 18 ]} жгутиков Из локуса есть два основных белка флагеллина, необходимых для жгутиков нитей : flaB1 и flaB2. Для экспорта флагеллина также необходимы два специфических белка, включая flaH и flaI . Крюкообразный белок у M. maripaludis четко обозначен минорным флагеллина белком flaB3 . ^{[ 18 ]} Жгутики многих архей подвергаются посттрансляционным модификациям , включая гликозилирование . Следовательно, эти жгутики содержат белки большего размера, чем ожидаемая последовательность генов . ^{[ 18 ]}

Подобно жгутикам, белки, участвующие в пилусов сборке M. maripaludis, проявляют сходство с бактериальными пилями типа IV из-за присутствия N-концевого сигнального пептида и ожидаемой N-концевой гидрофобной α-спирали . ^{[ 19 ]}^{[ 20 ]} Два пилиноподобных гена , MMP0236 (epdB) и MMP0237 (epdC) , обладают коротким атипичным сигнальным пептидом, заканчивающимся консервативным глицином . Затем за ним следует гидрофобный сегмент, что приводит к отчетливой четвертичной структуре и образованию пилуса . ^{[ 20 ]}

Генетика

Methanococcus maripaludis является одним из четырех гидрогенотрофных метаногенов , наряду с Methanocaldococcus jannaschii Methanopyrus kandleri , , Methanothermobacter thermautotropicus и геном которых секвенирован. ^{[ 4 ]} Из этих трех Methanocaldococcus jannaschii является ближайшим из ныне живущих известных родственников M. maripaludis. M. maripaludis, как и многие другие археи, имеет одну кольцевую хромосому. ^{[ 4 ]} По количеству совпадений BlastP в последовательности генома или аналогичных белковых последовательностях, идентифицированных с помощью инструмента базового локального поиска (BLAST) , M. maripaludis похож на большинство других метаногенов. ^{[ 4 ]} Однако у M. maripaludis отсутствуют общие черты, такие как фермент рибулозо-бисфосфаткарбоксилаза . ^{[ 4 ]}

Геномы двадцати одного штамма M. maripaludis были секвенированы, и каждый геном включает в себя множество копий хромосомы в одной клетке, от 5 до 55. ^{[ 21 ]} Из 1722 генов, кодирующих белок, 835 ORF или открытых рамок считывания имеют неизвестные функции, а 129 ORF уникальны для M. maripaludis. ^{[ 4 ]} Некоторые из этих генов были идентифицированы с помощью мутагенеза транспозонов in vivo , которые могут иметь важное значение для роста и составляют примерно 30% генома. ^{[ 22 ]} Секвенированный геном также выявил около 48 белковых систем-транспортеров, в которых в основном преобладают транспортеры ABC, за которыми следуют транспортеры железа. ^{[ 5 ]}

M. maripaludis был генетически изменен для производства ненативных нужных продуктов, таких как гераниол и полигидроксибутират . ^{[ 21 ]} M. maripaludis можно использовать для секвенирования различных промоторов и сайтов связывания рибосом с использованием технологии CRISPR/Cas9 . ^{[ 23 ]} Большим делециям в ДНК также может способствовать система CRISPR/Cas9, специально разработанная для штамма S0001. ^{[ 21 ]}

Экологические роли

Метаногены играют важную роль в очистке сточных вод, конверсии углерода, производстве водорода и многих других экологических процессах. ^{[ 4 ]} Что касается очистки сточных вод, метаногены использовались для анаэробного разложения отходов в метан с использованием симбиотических отношений с синтрофными бактериями. ^{[ 4 ]} M. maripaludis , в дополнение к другим метаногенам, потенциально может производить топливо, такое как метан и метанол, из выбросов CO ₂ в результате естественного поглощения CO ₂ . ^{[ 4 ]} Выбросы CO ₂ в настоящее время являются одним из ведущих источников глобального потепления. Способность M. maripaludis поглощать CO ₂ из окружающей среды в присутствии N ₂ открывает потенциальный путь преобразования выбросов CO ₂ в полезное топливо, такое как метан. ^{[ 4 ]} способен улавливать и преобразовывать CO ₂Он также из выбросов энергетических и химических предприятий. Несмотря на множество потенциальных применений, потребность в больших количествах водорода является проблемой при использовании любого метаногена для производства биометана . ^{[ 4 ]}

Ссылки

^ Франклин М.Дж., Вибе У.Дж., Уитмен У.Б. (май 1988 г.). «Популяции метаногенных бактерий в солончаках Джорджии» . Прикладная и экологическая микробиология . 54 (5): 1151–1157. Бибкод : 1988ApEnM..54.1151F . doi : 10.1128/aem.54.5.1151-1157.1988 . ПМК 202619 . ПМИД 16347628 .
^ Jump up to: ^а ^б Джонс В.Дж., Пейнтер М.Дж., Гупта Р. (1 августа 1983 г.). «Характеристика Methanococcus maripaludis sp. nov., нового метаногена, выделенного из отложений солончаков» . Архив микробиологии . 135 (2): 91–97. Бибкод : 1983ArMic.135...91J . дои : 10.1007/BF00408015 . ISSN 1432-072X .
^ Мюллер А.Л., Гу В., Патсало В., Дойцманн Дж.С., Уильямсон Дж.Р., Спорманн А.М. (апрель 2021 г.). «Альтернативная стратегия распределения ресурсов у хемолитоавтотрофных архей Methanococcus maripaludis » . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 118 (16). Бибкод : 2021PNAS..11825854M . дои : 10.1073/pnas.2025854118 . ПМК 8072206 . ПМИД 33879571 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к ^л ^м ^н ^тот ^п ^д ^р ^с ^т ^в ^v ^В ^х ^и ^С ^аа ^аб ^и ^{объявление} ^но ^из ^в ^ах ^есть ^также ^и ^аль ^{являюсь} ^а ^к ^ап Гоял Н., Чжоу З., Карими И.А. (июнь 2016 г.). «Метаболические процессы Methanococcus maripaludis и потенциальные возможности применения» . Заводы по производству микробных клеток . 15 (1): 107. дои : 10.1186/s12934-016-0500-0 . ПМК 4902934 . ПМИД 27286964 .
^ Jump up to: ^а ^б Хендриксон Э.Л., Каул Р., Чжоу Ю., Бови Д., Чепмен П., Чунг Дж. и др. (октябрь 2004 г.). «Полная последовательность генома генетически поддающегося гидрогенотрофному метаногену Methanococcus maripaludis» . Журнал бактериологии . 186 (20): 6956–6969. дои : 10.1128/JB.186.20.6956-6969.2004 . ПМК 522202 . ПМИД 15466049 .
^ Лю Ю, Уитмен ВБ (март 2008 г.) [26 марта 2008 г.]. «Метаболическое, филогенетическое и экологическое разнообразие метаногенных архей» . Анналы Нью-Йоркской академии наук . 1125 (1): 171–189. Бибкод : 2008NYASA1125..171L . дои : 10.1196/анналы.1419.019 . ISSN 0077-8923 . ПМИД 18378594 .
^ Эскаланте-Семерена Дж. К., Райнхарт К. Л., Вулф Р. С. (август 1984 г.). «Тетрагидрометаноптерин, переносчик углерода в метаногенезе» . Журнал биологической химии . 259 (15): 9447–9455. дои : 10.1016/s0021-9258(17)42721-9 . ПМИД 6547718 .
^ Лонер С.Т., Дойцманн Дж.С., Логан Б.Е., Ли Дж., Спорманн А.М. (август 2014 г.). «Независимое от гидрогеназы поглощение и метаболизм электронов археей Methanococcus maripaludis» . Журнал ISME . 8 (8): 1673–1681. Бибкод : 2014ISMEJ...8.1673L . дои : 10.1038/ismej.2014.82 . ПМЦ 4817615 . ПМИД 24844759 .
^ Jump up to: ^а ^б Тауэр Р.К., Кастер А.К., Зеедорф Х., Бакель В., Хеддерих Р. (август 2008 г.). «Метаногенные археи: экологически важные различия в сохранении энергии». Обзоры природы. Микробиология . 6 (8): 579–591. дои : 10.1038/nrmicro1931 . ПМИД 18587410 . S2CID 32698014 .
^ Мухопадьяй Б., Стоддард С.Ф., Вулф Р.С. (февраль 1998 г.). «Очистка, регулирование, а также молекулярная и биохимическая характеристика пируваткарбоксилазы из штамма Methanobacterium thermoautotropicum deltaH» . Журнал биологической химии . 273 (9): 5155–5166. дои : 10.1074/jbc.273.9.5155 . ПМИД 9478969 .
^ Кенген С.В., Даас П.Дж., Дуитс Э.Ф., Келтьенс Дж.Т., ван дер Дрифт К., Фогельс Г.Д. (февраль 1992 г.). «Выделение 5-гидроксибензимидазолилкобамида, содержащего фермент, участвующий в реакции метилтетрагидрометаноптерина: кофермент М метилтрансферазы в Methanobacterium thermoautotropicum». Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Структура белка и молекулярная энзимология . 1118 (3): 249–260. дои : 10.1016/0167-4838(92)90282-i . ПМИД 1737047 .
^ Кастер А.К., Молл Дж., Парей К., Тауэр Р.К. (февраль 2011 г.). «Сочетание восстановления ферредоксина и гетеродисульфида посредством бифуркации электронов у гидрогенотрофных метаногенных архей» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 (7): 2981–2986. Бибкод : 2011PNAS..108.2981K . дои : 10.1073/pnas.1016761108 . ПМК 3041090 . ПМИД 21262829 .
^ «Определение ПЕРМЕАЗЫ» . www.merriam-webster.com . Проверено 17 марта 2024 г.
^ Ладапо Дж., Уитмен В.Б. (август 1990 г.). «Метод выделения ауксотрофов метаногенных архебактерий: роль ацетил-КоА-пути автотрофной фиксации CO2 у Methanococcus maripaludis» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 87 (15): 5598–5602. Бибкод : 1990PNAS...87.5598L . дои : 10.1073/pnas.87.15.5598 . ISSN 0027-8424 . ПМК 54374 . ПМИД 11607093 .
^ Ши Дж.С., Уитмен В.Б. (ноябрь 1987 г.). «Пути ассимиляции ацетата у автотрофных и гетеротрофных метанококков» . Журнал бактериологии . 169 (11): 5327–5329. дои : 10.1128/jb.169.11.5327-5329.1987 . ISSN 0021-9193 . ПМК 213948 . ПМИД 3667534 .
^ Джаррелл К.Ф., Коваль С.Ф. (1989). «Ультраструктура и биохимия Methanococcus voltae» . Критические обзоры по микробиологии . 17 (1): 53–87. дои : 10.3109/10408418909105722 . ISSN 1040-841X . ПМИД 2669831 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Джаррелл К.Ф., Старк М., Наир Д.Б., Чонг Дж.П. (июнь 2011 г.). «Жгутики и пили необходимы для эффективного прикрепления Methanococcus maripaludis к поверхностям» . Письма FEMS по микробиологии . 319 (1): 44–50. дои : 10.1111/j.1574-6968.2011.02264.x . ПМИД 21410509 . S2CID 36895781 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Чабан Б., Нг С.Ю., Канбе М., Зальцман И., Ниммо Г., Айзава С.И. и др. (ноябрь 2007 г.). «Систематический анализ делеции генов fla в опероне жгутиков идентифицирует несколько генов, необходимых для правильной сборки и функционирования жгутиков археи Methanococcus maripaludis» . Молекулярная микробиология . 66 (3): 596–609. дои : 10.1111/j.1365-2958.2007.05913.x . ISSN 0950-382X . ПМИД 17887963 .
^ Сабо З., Шталь А.О., Альберс С.В., Киссинджер Дж.К., Дриссен А.Дж., Полшредер М. (февраль 2007 г.). «Идентификация разнообразных архейных белков с сигнальными пептидами класса III, расщепляемыми различными архейными препилиновыми пептидазами» . Журнал бактериологии . 189 (3): 772–778. дои : 10.1128/JB.01547-06 . ISSN 0021-9193 . ПМК 1797317 . ПМИД 17114255 .
^ Jump up to: ^а ^б Ван Й.А., Юй Х, Нг С.Ю., Джаррелл К.Ф., Эгельман Э.Х. (29 августа 2008 г.). «Строение архейного пилуса» . Журнал молекулярной биологии . 381 (2): 456–466. дои : 10.1016/j.jmb.2008.06.017 . ISSN 1089-8638 . ПМК 2570433 . ПМИД 18602118 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Ли Дж., Акиниеми Т.С., Шао Н., Чен С., Донг Х., Лю Ю. и др. (2023). «Генетическая и метаболическая инженерия Methanococcus spp» . Текущие исследования в области биотехнологии . 5 : 100115. doi : 10.1016/j.crbiot.2022.11.002 . ISSN 2590-2628 .
^ Сармьенто Ф., Мразек Дж., Уитмен В.Б. (19 марта 2013 г.). «Геномный анализ функции генов гидрогенотрофных метаногенных архей Methanococcus maripaludis» . Труды Национальной академии наук . 110 (12): 4726–4731. Бибкод : 2013PNAS..110.4726S . дои : 10.1073/pnas.1220225110 . ISSN 0027-8424 . ПМК 3607031 . ПМИД 23487778 .
^ Сюй Ц, Ду Ц, Гао Дж, Чен Л, Донг Икс, Ли Дж (24 июля 2023 г.). «Надежный набор генетических инструментов для точной настройки экспрессии генов у метаногенных архей, фиксирующих CO2, Methanococcus maripaludis» . Метаболическая инженерия . 79 : 130–145. дои : 10.1016/j.ymben.2023.07.007 . ISSN 1096-7176 . ПМИД 37495072 .

Дальнейшее чтение

Хейдок А.К., Порат И., Уитмен В.Б., Ли Дж.А. (сентябрь 2004 г.). «Непрерывная культура Methanococcus maripaludis в определенных питательных условиях». Письма FEMS по микробиологии . 238 (1): 85–91. doi : 10.1016/j.femsle.2004.07.021 (неактивен 18 марта 2024 г.). ПМИД 15336407 . {{cite journal}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на март 2024 г. ( ссылка )

Внешние ссылки

[pmid16347628-1] Франклин М.Дж., Вибе У.Дж., Уитмен У.Б. (май 1988 г.). «Популяции метаногенных бактерий в солончаках Джорджии» . Прикладная и экологическая микробиология . 54 (5): 1151–1157. Бибкод : 1988ApEnM..54.1151F . doi : 10.1128/aem.54.5.1151-1157.1988 . ПМК 202619 . ПМИД 16347628 .

[Jones-1983-2] Jump up to: ^а ^б Джонс В.Дж., Пейнтер М.Дж., Гупта Р. (1 августа 1983 г.). «Характеристика Methanococcus maripaludis sp. nov., нового метаногена, выделенного из отложений солончаков» . Архив микробиологии . 135 (2): 91–97. Бибкод : 1983ArMic.135...91J . дои : 10.1007/BF00408015 . ISSN 1432-072X .

[3] Мюллер А.Л., Гу В., Патсало В., Дойцманн Дж.С., Уильямсон Дж.Р., Спорманн А.М. (апрель 2021 г.). «Альтернативная стратегия распределения ресурсов у хемолитоавтотрофных архей Methanococcus maripaludis » . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 118 (16). Бибкод : 2021PNAS..11825854M . дои : 10.1073/pnas.2025854118 . ПМК 8072206 . ПМИД 33879571 .

[Goyal_2016-4] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к ^л ^м ^н ^тот ^п ^д ^р ^с ^т ^в ^v ^В ^х ^и ^С ^аа ^аб ^и ^{объявление} ^но ^из ^в ^ах ^есть ^также ^и ^аль ^{являюсь} ^а ^к ^ап Гоял Н., Чжоу З., Карими И.А. (июнь 2016 г.). «Метаболические процессы Methanococcus maripaludis и потенциальные возможности применения» . Заводы по производству микробных клеток . 15 (1): 107. дои : 10.1186/s12934-016-0500-0 . ПМК 4902934 . ПМИД 27286964 .

[Hendrickson-2004-5] Jump up to: ^а ^б Хендриксон Э.Л., Каул Р., Чжоу Ю., Бови Д., Чепмен П., Чунг Дж. и др. (октябрь 2004 г.). «Полная последовательность генома генетически поддающегося гидрогенотрофному метаногену Methanococcus maripaludis» . Журнал бактериологии . 186 (20): 6956–6969. дои : 10.1128/JB.186.20.6956-6969.2004 . ПМК 522202 . ПМИД 15466049 .

[6] Лю Ю, Уитмен ВБ (март 2008 г.) [26 марта 2008 г.]. «Метаболическое, филогенетическое и экологическое разнообразие метаногенных архей» . Анналы Нью-Йоркской академии наук . 1125 (1): 171–189. Бибкод : 2008NYASA1125..171L . дои : 10.1196/анналы.1419.019 . ISSN 0077-8923 . ПМИД 18378594 .

[7] Эскаланте-Семерена Дж. К., Райнхарт К. Л., Вулф Р. С. (август 1984 г.). «Тетрагидрометаноптерин, переносчик углерода в метаногенезе» . Журнал биологической химии . 259 (15): 9447–9455. дои : 10.1016/s0021-9258(17)42721-9 . ПМИД 6547718 .

[8] Лонер С.Т., Дойцманн Дж.С., Логан Б.Е., Ли Дж., Спорманн А.М. (август 2014 г.). «Независимое от гидрогеназы поглощение и метаболизм электронов археей Methanococcus maripaludis» . Журнал ISME . 8 (8): 1673–1681. Бибкод : 2014ISMEJ...8.1673L . дои : 10.1038/ismej.2014.82 . ПМЦ 4817615 . ПМИД 24844759 .

[Thauer_2008-9] Jump up to: ^а ^б Тауэр Р.К., Кастер А.К., Зеедорф Х., Бакель В., Хеддерих Р. (август 2008 г.). «Метаногенные археи: экологически важные различия в сохранении энергии». Обзоры природы. Микробиология . 6 (8): 579–591. дои : 10.1038/nrmicro1931 . ПМИД 18587410 . S2CID 32698014 .

[10] Мухопадьяй Б., Стоддард С.Ф., Вулф Р.С. (февраль 1998 г.). «Очистка, регулирование, а также молекулярная и биохимическая характеристика пируваткарбоксилазы из штамма Methanobacterium thermoautotropicum deltaH» . Журнал биологической химии . 273 (9): 5155–5166. дои : 10.1074/jbc.273.9.5155 . ПМИД 9478969 .

[11] Кенген С.В., Даас П.Дж., Дуитс Э.Ф., Келтьенс Дж.Т., ван дер Дрифт К., Фогельс Г.Д. (февраль 1992 г.). «Выделение 5-гидроксибензимидазолилкобамида, содержащего фермент, участвующий в реакции метилтетрагидрометаноптерина: кофермент М метилтрансферазы в Methanobacterium thermoautotropicum». Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Структура белка и молекулярная энзимология . 1118 (3): 249–260. дои : 10.1016/0167-4838(92)90282-i . ПМИД 1737047 .

[12] Кастер А.К., Молл Дж., Парей К., Тауэр Р.К. (февраль 2011 г.). «Сочетание восстановления ферредоксина и гетеродисульфида посредством бифуркации электронов у гидрогенотрофных метаногенных архей» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 (7): 2981–2986. Бибкод : 2011PNAS..108.2981K . дои : 10.1073/pnas.1016761108 . ПМК 3041090 . ПМИД 21262829 .

[13] «Определение ПЕРМЕАЗЫ» . www.merriam-webster.com . Проверено 17 марта 2024 г.

[14] Ладапо Дж., Уитмен В.Б. (август 1990 г.). «Метод выделения ауксотрофов метаногенных архебактерий: роль ацетил-КоА-пути автотрофной фиксации CO2 у Methanococcus maripaludis» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 87 (15): 5598–5602. Бибкод : 1990PNAS...87.5598L . дои : 10.1073/pnas.87.15.5598 . ISSN 0027-8424 . ПМК 54374 . ПМИД 11607093 .

[15] Ши Дж.С., Уитмен В.Б. (ноябрь 1987 г.). «Пути ассимиляции ацетата у автотрофных и гетеротрофных метанококков» . Журнал бактериологии . 169 (11): 5327–5329. дои : 10.1128/jb.169.11.5327-5329.1987 . ISSN 0021-9193 . ПМК 213948 . ПМИД 3667534 .

[16] Джаррелл К.Ф., Коваль С.Ф. (1989). «Ультраструктура и биохимия Methanococcus voltae» . Критические обзоры по микробиологии . 17 (1): 53–87. дои : 10.3109/10408418909105722 . ISSN 1040-841X . ПМИД 2669831 .

[Jarrell_2011-17] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Джаррелл К.Ф., Старк М., Наир Д.Б., Чонг Дж.П. (июнь 2011 г.). «Жгутики и пили необходимы для эффективного прикрепления Methanococcus maripaludis к поверхностям» . Письма FEMS по микробиологии . 319 (1): 44–50. дои : 10.1111/j.1574-6968.2011.02264.x . ПМИД 21410509 . S2CID 36895781 .

[:4-18] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Чабан Б., Нг С.Ю., Канбе М., Зальцман И., Ниммо Г., Айзава С.И. и др. (ноябрь 2007 г.). «Систематический анализ делеции генов fla в опероне жгутиков идентифицирует несколько генов, необходимых для правильной сборки и функционирования жгутиков археи Methanococcus maripaludis» . Молекулярная микробиология . 66 (3): 596–609. дои : 10.1111/j.1365-2958.2007.05913.x . ISSN 0950-382X . ПМИД 17887963 .

[19] Сабо З., Шталь А.О., Альберс С.В., Киссинджер Дж.К., Дриссен А.Дж., Полшредер М. (февраль 2007 г.). «Идентификация разнообразных архейных белков с сигнальными пептидами класса III, расщепляемыми различными архейными препилиновыми пептидазами» . Журнал бактериологии . 189 (3): 772–778. дои : 10.1128/JB.01547-06 . ISSN 0021-9193 . ПМК 1797317 . ПМИД 17114255 .

[:2-20] Jump up to: ^а ^б Ван Й.А., Юй Х, Нг С.Ю., Джаррелл К.Ф., Эгельман Э.Х. (29 августа 2008 г.). «Строение архейного пилуса» . Журнал молекулярной биологии . 381 (2): 456–466. дои : 10.1016/j.jmb.2008.06.017 . ISSN 1089-8638 . ПМК 2570433 . ПМИД 18602118 .

[:1-21] Jump up to: ^а ^б ^с Ли Дж., Акиниеми Т.С., Шао Н., Чен С., Донг Х., Лю Ю. и др. (2023). «Генетическая и метаболическая инженерия Methanococcus spp» . Текущие исследования в области биотехнологии . 5 : 100115. doi : 10.1016/j.crbiot.2022.11.002 . ISSN 2590-2628 .

[22] Сармьенто Ф., Мразек Дж., Уитмен В.Б. (19 марта 2013 г.). «Геномный анализ функции генов гидрогенотрофных метаногенных архей Methanococcus maripaludis» . Труды Национальной академии наук . 110 (12): 4726–4731. Бибкод : 2013PNAS..110.4726S . дои : 10.1073/pnas.1220225110 . ISSN 0027-8424 . ПМК 3607031 . ПМИД 23487778 .

[:0-23] Сюй Ц, Ду Ц, Гао Дж, Чен Л, Донг Икс, Ли Дж (24 июля 2023 г.). «Надежный набор генетических инструментов для точной настройки экспрессии генов у метаногенных архей, фиксирующих CO2, Methanococcus maripaludis» . Метаболическая инженерия . 79 : 130–145. дои : 10.1016/j.ymben.2023.07.007 . ISSN 1096-7176 . ПМИД 37495072 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]