✖


Jump to content

Копировать вариант номера

(Перенаправлено с номера копии Джина )

Эта дупликация гена привела к изменению числа копий. Хромосома теперь имеет две копии этого участка ДНК, а не одну.

Вариация числа копий ( CNV ) — это явление, при котором участки генома повторяются, а количество повторов в геноме варьируется у разных людей. [1] Вариация числа копий — это тип структурной вариации : в частности, это тип события дупликации или делеции , которое затрагивает значительное количество пар оснований. [2] Примерно две трети всего генома человека могут состоять из повторов. [3] и 4,8–9,5% генома человека можно классифицировать как вариации числа копий. [4] У млекопитающих вариации числа копий играют важную роль в создании необходимых вариаций в популяции, а также фенотипа заболевания. [1]

Вариации количества копий обычно можно разделить на две основные группы: короткие повторы и длинные повторы. Однако между этими двумя группами нет четких границ, и классификация зависит от природы локусов интересующих . Короткие повторы включают в себя в основном динуклеотидные повторы (два повторяющихся нуклеотида, например ACACAC...) и тринуклеотидные повторы. К длинным повторам относятся повторы целых генов. Эта классификация, основанная на размере повтора, является наиболее очевидным типом классификации, поскольку размер является важным фактором при изучении типов механизмов, которые, скорее всего, привели к возникновению повторов. [5] отсюда и вероятные эффекты этих повторов на фенотип.

Типы и хромосомные перестройки

[ редактировать ]

Одним из наиболее известных примеров изменения числа коротких копий является тринуклеотидный повтор пар оснований CAG в гене хантингтина, ответственном за неврологическое расстройство – болезнь Хантингтона . [6] В данном конкретном случае, если тринуклеотид CAG повторяется более 36 раз при расширении тринуклеотидного повтора , у человека, скорее всего, разовьется болезнь Хантингтона, и она, вероятно, будет унаследована его или ее потомством. [6] Количество повторов тринуклеотида CAG обратно коррелирует с возрастом начала болезни Хантингтона. [7] Часто полагают, что эти типы коротких повторов возникают из-за ошибок в полимеразы активности во время репликации , включая проскальзывание полимеразы, переключение матрицы и переключение вилки, которые будут подробно обсуждаться позже. Короткий размер повтора этих вариаций числа копий приводит к ошибкам в полимеразе, поскольку эти повторяющиеся области склонны к неправильному распознаванию полимеразой, и реплицированные области могут реплицироваться снова, что приводит к образованию дополнительных копий повтора. [8] Кроме того, если эти тринуклеотидные повторы находятся в одной и той же рамке считывания кодирующей , возможно , части гена, это может привести к образованию длинной цепи одной и той же аминокислоты создавая агрегаты белка в клетке. [7] и если эти короткие повторы попадают в некодирующую часть гена, это может повлиять на гена экспрессию и регуляцию . С другой стороны, в геноме реже выявляется переменное число повторов целых генов. Одним из примеров полного повтора гена является ген альфа-амилазы 1 ( AMY1 ), который кодирует альфа-амилазу, число копий которой значительно варьируется между разными популяциями с разным рационом питания. [9] Хотя конкретный механизм, который позволяет гену AMY1 увеличивать или уменьшать количество копий, все еще остается предметом споров, некоторые гипотезы предполагают, что негомологичное соединение концов или опосредованное микрогомологией соединение концов, вероятно, ответственно за эти целые повторы гена. [9] Повторы целых генов оказывают немедленное влияние на экспрессию этого конкретного гена, и тот факт, что изменение числа копий гена AMY1 связано с диетой, является замечательным примером недавней эволюционной адаптации человека. [9] Хотя это общие группы, в которые группируются вариации числа копий, точное количество пар оснований, на которые влияют вариации числа копий, зависит от конкретных представляющих интерес локусов. В настоящее время, используя данные всех зарегистрированных вариантов количества копий, средний размер варианта количества копий составляет около 118 КБ, а медианный размер — около 18 КБ. [10]

Что касается структурной архитектуры вариаций числа копий, исследования предложили и определили «горячие точки» в геноме, где вариации числа копий в четыре раза богаче. [2] Эти области «горячих точек» были определены как области, содержащие длинные повторы, которые на 90–100% схожи, известные как сегментные дупликации , тандемные или вкрапленные, и, что наиболее важно, эти области «горячих точек» имеют повышенную скорость хромосомных перестроек . [2] Считалось, что эти крупномасштабные хромосомные перестройки приводят к нормальным вариациям и генетическим заболеваниям , включая вариации числа копий. [1] Более того, эти горячие точки вариации числа копий одинаковы во многих популяциях на разных континентах, а это означает, что эти горячие точки были либо независимо приобретены всеми популяциями и передавались из поколения в поколение, либо они были приобретены на ранней стадии эволюции человека до разделения популяций, последнее, по-видимому, более вероятно. [1] Наконец, в геноме, по-видимому, не происходит пространственных смещений в отношении местоположения, в котором вариации числа копий распределены наиболее плотно. [1] было обнаружено Хотя первоначально с помощью флуоресцентной гибридизации in situ и микросателлитного анализа , что повторы числа копий локализованы в областях с высокой повторяемостью, таких как теломеры , центромеры и гетерохроматин , [11] недавние полногеномные исследования пришли к иному выводу. [2] А именно, в субтеломерных регионах и прицентромерных регионах обнаруживается большинство горячих точек хромосомных перестроек, и в этом регионе не наблюдается значительного увеличения вариаций числа копий. [2] Более того, эти области «горячих точек» хромосомных перестроек не имеют уменьшенного количества генов, что опять же означает, что существует минимальная пространственная предвзятость геномного местоположения вариаций числа копий. [2]

Обнаружение и идентификация

[ редактировать ]

Первоначально считалось, что вариация числа копий занимает чрезвычайно небольшую и незначительную часть генома, согласно цитогенетическим наблюдениям. [12] Вариации числа копий обычно были связаны только с небольшими тандемными повторами или специфическими генетическими нарушениями. [13] следовательно, вариации числа копий первоначально исследовались только с точки зрения конкретных локусов. Однако технологические разработки привели к увеличению числа высокоточных способов выявления и изучения вариаций количества копий. Вариации числа копий первоначально изучались с помощью цитогенетических методов, которые позволяют наблюдать физическую структуру хромосомы. [12] Одним из таких методов является флуоресцентная гибридизация in situ (FISH), которая включает вставку флуоресцентных зондов, для связывания которых требуется высокая степень комплементарности в геноме. [10] Сравнительная геномная гибридизация также широко использовалась для обнаружения изменений числа копий путем визуализации флуорофора и последующего сравнения длины хромосом. [10]

Недавние достижения в области геномных технологий привели к появлению многих важных методов, которые имеют чрезвычайно высокое геномное разрешение, и в результате сообщается о растущем количестве вариаций числа копий в геноме. [10] Первоначально эти достижения включали использование массива бактериальных искусственных хромосом (BAC) с интервалами около 1 мегабазы ​​по всему гену. [14] BAC также могут обнаруживать изменения количества копий в горячих точках реаранжировки, что позволяет обнаружить 119 новых вариантов количества копий. [2] Высокопроизводительное геномное секвенирование произвело революцию в области геномики человека, и in silico для обнаружения вариаций числа копий в геноме. были проведены исследования [2] Эталонные последовательности сравнивали с другими представляющими интерес последовательностями с использованием фосмид , строго контролируя размер клонов фосмид до 40 т.п.н. [15] Считывание концов секвенирования предоставит достаточную информацию для выравнивания эталонной последовательности с интересующей последовательностью, и любые несовпадения легко заметны, поэтому можно сделать вывод, что это вариации числа копий внутри этой области клона. [15] Этот тип метода обнаружения обеспечивает высокое геномное разрешение и точное расположение повтора в геноме, а также может обнаруживать другие типы структурных изменений, такие как инверсии. [10]

Кроме того, еще один способ обнаружения вариаций числа копий — использование однонуклеотидных полиморфизмов (SNP). [10] Из-за обилия данных об SNP человека направление обнаружения изменений количества копий изменилось в сторону использования этих SNP. [16] Основываясь на том факте, что рекомбинация у человека относительно редка и что многие события рекомбинации происходят в определенных областях генома, известных как горячие точки рекомбинации, неравновесие по сцеплению можно использовать для идентификации вариаций числа копий. [16] Были предприняты попытки связать вариации количества копий с конкретными SNP гаплотипов путем анализа неравновесия по сцеплению. Используя эти ассоциации, можно распознать вариации количества копий в геноме, используя SNP в качестве маркеров. Методы секвенирования следующего поколения, включая секвенирование короткого и длинного считывания, в настоящее время все чаще используются и начали заменять методы на основе массивов для обнаружения изменений количества копий. [17] [18]

Молекулярный механизм

[ редактировать ]

Существует два основных типа молекулярного механизма формирования вариаций числа копий: гомологичный и негомологичный. [5] Хотя было выдвинуто множество предположений, большинство из этих теорий являются предположениями и предположениями. Не существует убедительных доказательств того, что определенное изменение количества копий коррелирует с конкретным механизмом.

Схематическое изображение неаллельной гомологичной рекомбинации. Здесь ген X представляет интересующий ген, а черная линия представляет хромосому. Когда две гомологичные хромосомы смещены и происходит рекомбинация, это может привести к дупликации гена.

Одной из наиболее известных теорий, которая приводит к вариациям числа копий, а также к делециям и инверсиям, является неаллельная гомологичная рекомбинация . [19] Во время мейотической рекомбинации гомологичные хромосомы объединяются в пары и образуют двухконцевые двухцепочечные разрывы, ведущие к соединениям Холлидея . Однако при аберрантном механизме во время образования соединений Холлидея двухцепочечные разрывы смещаются, и кроссинговер оказывается в неаллельных положениях на одной и той же хромосоме. Когда соединение Холлидея разрешается, событие неравного кроссинговера позволяет перенести генетический материал между двумя гомологичными хромосомами, и в результате часть ДНК на обоих гомологах повторяется. [19] Поскольку повторяющиеся участки больше не разделяются независимо , дублированный участок хромосомы наследуется. Другой тип механизма, основанного на гомологичной рекомбинации, который может привести к изменению числа копий, известен как репликация, индуцированная разрывом. [20] Когда в геноме неожиданно возникает двухцепочечный разрыв, клетка активирует пути, которые опосредуют восстановление разрыва. [20] Ошибки в исправлении разрыва, подобные неаллельной гомологичной рекомбинации, могут привести к увеличению числа копий определенного участка генома. Во время восстановления двухцепочечного разрыва разорванный конец может проникнуть в гомологичную хромосому вместо того, чтобы воссоединиться с исходной цепью. [20] Как и в случае с механизмом неаллельной гомологичной рекомбинации, дополнительная копия определенной области переносится на другую хромосому, что приводит к событию дупликации. Кроме того, обнаружено, что белки когезины помогают в системе восстановления двухцепочечных разрывов, зажимая два конца в непосредственной близости, что предотвращает межхромосомную инвазию концов. [21] Если по какой-либо причине, например, из-за активации рибосомальной РНК , активность когезина нарушена, то может произойти локальное увеличение ошибок репарации двухцепочечных разрывов. [21]

Другой класс возможных механизмов, которые, как предполагается, приводят к изменениям числа копий, основан на негомологии. Чтобы отличить этот механизм от механизмов, основанных на гомологии, необходимо понимать концепцию гомологии. Гомологическое спаривание хромосом предполагает использование цепей ДНК, которые очень похожи друг на друга (~ 97%), и эти цепи должны быть длиннее определенной длины, чтобы избежать коротких, но очень похожих спариваний. [5] С другой стороны, негомологичные пары основаны только на нескольких парах оснований, имеющих сходство между двумя цепями, поэтому генетический материал может обмениваться или дублироваться в процессе негомологичного двухцепочечного восстановления. [5]

Одним типом механизма, основанного на негомологии, является механизм негомологического соединения концов или механизм соединения концов на основе микрогомологии . [22] Эти механизмы также участвуют в восстановлении двухцепочечных разрывов, но не требуют гомологии или ограниченной микрогомологии. [5] Когда эти цепи восстанавливаются, часто в восстановленную цепь добавляются небольшие делеции или вставки. Вполне возможно, что ретротранспозоны встраиваются в геном посредством этой системы репарации. [22] Если ретротранспозоны вставляются в неаллельное положение хромосомы, мейотическая рекомбинация может привести к рекомбинации вставки в ту же цепь, что и уже существующая копия той же области. Другой механизм - это цикл разрыв-слияние-мостик, в котором участвуют сестринские хроматиды , которые потеряли свою теломерную область из-за двухцепочечных разрывов. [23] Предполагается, что эти сестринские хроматиды сливаются вместе, образуя одну дицентрическую хромосому , а затем разделяются на два разных ядра. [23] Поскольку разрыв дицентрической хромосомы вызывает двухцепочечный разрыв, концевые области могут сливаться с другими двухцепочечными разрывами и повторять цикл. [23] Слияние двух сестринских хроматид может вызвать инвертированную дупликацию, и когда эти события повторяются на протяжении всего цикла, инвертированная область будет повторяться, что приведет к увеличению числа копий. [23] Последний механизм, который может привести к изменению числа копий, — это проскальзывание полимеразы, которое также известно как переключение матрицы. [24] Во время нормальной репликации ДНК полимераза на отстающей цепи должна непрерывно разжимать и повторно зажимать область репликации. [24] Когда мелкомасштабные повторы в последовательности ДНК уже существуют, полимераза может «запутаться», когда она повторно зажимает, чтобы продолжить репликацию, и вместо фиксации на правильных парах оснований она может сместить несколько пар оснований и реплицировать часть повторяющихся оснований. регион снова. [24] Обратите внимание: хотя это наблюдалось экспериментально и является широко признанным механизмом, молекулярные взаимодействия, которые привели к этой ошибке, остаются неизвестными. Кроме того, поскольку этот тип механизма требует, чтобы полимераза перепрыгивала вокруг цепи ДНК, и маловероятно, что полимераза может повторно зажать другой локус на расстоянии нескольких тысяч оснований, поэтому это более применимо к коротким повторам, таким как динуклеотидные или тринуклеотидные повторы. [25]

Ген альфа-амилазы

[ редактировать ]
Хронология изменений в рационе гомининов на протяжении периодов позднего палеолита, мезолита и неолита. Как видно, корнеплоды, богатые крахмалом, употреблялись в пищу около 20 000 лет назад, когда, по оценкам, количество диплоидных генов AMY1 увеличилось.

Амилаза — это фермент слюны, который отвечает за расщепление крахмала на моносахариды , а один тип амилазы кодируется геном альфа-амилазы ( AMY1 ). [9] Локус AMY1 , как и фермент амилаза, является одним из наиболее тщательно изученных и секвенированных генов в геноме человека. Его гомологи также обнаружены у других приматов, и поэтому вполне вероятно, что примата ген AMY1 является предком гена AMY1 человека и был адаптирован на ранних этапах эволюции приматов. [9] AMY1 — один из наиболее хорошо изученных генов, количество копий которого варьируется в широком диапазоне в разных популяциях человека. [9] Ген AMY1 также является одним из немногих изученных генов, которые продемонстрировали убедительные доказательства, коррелирующие его белковую функцию с количеством его копий. [9] Известно, что количество копий изменяет транскрипцию, а также уровни трансляции конкретного гена, однако исследования показали, что взаимосвязь между уровнями белка и количеством копий варьируется. [26] В генах AMY1 американцев европейского происхождения обнаружено, что концентрация амилазы слюны тесно коррелирует с числом копий гена AMY1 . [9] В результате была выдвинута гипотеза, что число копий гена AMY1 тесно коррелирует с его белковой функцией, заключающейся в переваривании крахмала. [9]

населения . Было обнаружено, что количество копий гена AMY1 коррелирует с разными уровнями крахмала в рационе разных групп [9] Восемь популяций с разных континентов были разделены на диеты с высоким содержанием крахмала и диеты с низким содержанием крахмала, а количество копий их гена AMY1 было визуализировано с использованием FISH высокого разрешения и qPCR . [9] Было обнаружено, что популяции с высоким содержанием крахмала, состоящие из популяций японцев, хадза и американцев европейского происхождения, имели значительно более высокое (в два раза выше) среднее число копий AMY1 , чем популяции с низким содержанием крахмала, включая популяции Биака, Мбути, Датог и Якуты. [9] Была выдвинута гипотеза, что уровень крахмала в обычном рационе человека, субстрата AMY1, может напрямую влиять на количество копий гена AMY1 . [9] Поскольку был сделан вывод, что количество копий AMY1 напрямую коррелирует с амилазой слюны, [9] чем больше крахмала присутствует в ежедневном рационе населения, тем более эволюционно благоприятно иметь несколько копий гена AMY1 . Ген AMY1 был первым геном, который предоставил убедительные доказательства эволюции на молекулярно-генетическом уровне. [26] Более того, с помощью сравнительной геномной гибридизации было проведено сравнение вариаций числа копий всех геномов японской популяции с таковой у якутской популяции. [9] Было обнаружено, что изменение числа копий гена AMY1 значительно отличалось от изменения количества копий в других генах или областях генома, что позволяет предположить, что ген AMY1 находился под сильным селективным давлением, которое имело незначительное влияние или не влияло вообще на другую копию. вариации чисел. [9] Наконец, изменчивость длины 783 микросателлитов между двумя популяциями сравнивалась с изменчивостью числа копий гена AMY1 . Было обнаружено, что диапазон числа копий гена AMY1 был больше, чем у более чем 97% исследованных микросателлитов. [9] Это означает, что естественный отбор сыграл значительную роль в формировании среднего количества генов AMY1 в этих двух популяциях. [9] Однако, поскольку были изучены только шесть популяций, важно учитывать возможность того, что в их рационе или культуре могут быть и другие факторы, влияющие на количество копий AMY1 , помимо крахмала.

Упрощенное филогенетическое древо линии человекообразных обезьян и количество диплоидных генов AMY1, имеющихся у каждого вида. Показано, что количество генов AMY1 увеличивается после разделения с линией шимпанзе.

Хотя неясно, когда число копий гена AMY1 начало увеличиваться, известно и подтверждено, что ген AMY1 существовал у ранних приматов. Было обнаружено, что шимпанзе , ближайшие эволюционные родственники человека, имеют две диплоидные копии гена AMY1 , которые по длине идентичны человеческому гену AMY1. [9] что значительно меньше, чем у человека. С другой стороны, у бонобо , также близкого родственника современного человека, обнаружено более двух диплоидных копий гена AMY1 . [9] бонобо Тем не менее, гены AMY1 были секвенированы и проанализированы, и было обнаружено, что кодирующие последовательности генов AMY1 были нарушены, что может привести к выработке дисфункциональной амилазы слюны. [9] Из результатов можно сделать вывод, что увеличение числа копий AMY1 у бонобо , вероятно, не коррелирует с количеством крахмала в их рационе. Была также выдвинута гипотеза, что увеличение числа копий началось недавно, во время ранней эволюции гомининов , поскольку ни у одной из человекообразных обезьян не было более двух копий гена AMY1 , который продуцировал функциональный белок. [9] Кроме того, было высказано предположение, что увеличение числа копий AMY1 началось около 20 000 лет назад, когда люди перешли от образа жизни охотников-собирателей к земледельческому обществу, что также было тогда, когда люди в значительной степени полагались на корнеплоды с высоким содержанием крахмала. [9] Эта гипотеза, хотя и логична, не имеет экспериментальных доказательств из-за трудностей со сбором информации об изменении рациона человека, особенно о корнеплодах с высоким содержанием крахмала, поскольку их невозможно непосредственно наблюдать или тестировать. Недавние прорывы в секвенировании ДНК позволили исследователям секвенировать более старые ДНК, такие как ДНК неандертальцев , с определенной степенью точности. Возможно, секвенирование ДНК неандертальцев может предоставить временной маркер того, когда число копий гена AMY1 увеличилось, и дать представление о питании человека и эволюции генов.

В настоящее время неизвестно, какой механизм привел к первоначальной дупликации гена амилазы, и это может означать, что вставка ретровирусных последовательностей произошла из-за негомологичного соединения концов, что вызвало дупликацию гена AMY1 . [27] Однако в настоящее время нет доказательств, подтверждающих эту теорию, и поэтому эта гипотеза остается гипотезой. Недавнее появление мультикопийного гена AMY1 означает, что в зависимости от окружающей среды число копий гена AMY1 может очень быстро увеличиваться и уменьшаться по сравнению с генами, которые не взаимодействуют с окружающей средой напрямую. [26] Ген AMY1 — отличный пример того, как дозировка гена влияет на выживание организма в данной среде. Множественные копии гена AMY1 дают тем, кто в большей степени придерживается диеты с высоким содержанием крахмала, эволюционное преимущество, поэтому большое количество копий гена сохраняется в популяции. [26]

Клетки мозга

[ редактировать ]

Среди нейронов человеческого мозга часто встречаются соматически обусловленные вариации числа копий. [28] Вариации числа копий демонстрируют широкую вариабельность (от 9 до 100% нейронов головного мозга в разных исследованиях). Размер большинства изменений составляет от 2 до 10 МБ, при этом количество делеций намного превышает число амплификаций. [28]

Геномная дупликация и трипликация гена, по-видимому, являются редкой причиной болезни Паркинсона , хотя и более распространенной, чем точечные мутации. [29]

Варианты числа копий в гене RCL1 связаны с рядом нейропсихиатрических фенотипов у детей. [30]

Семейства генов и естественный отбор

[ редактировать ]
Возможный механизм того, как множественные копии гена могут привести к созданию семейства белков в течение многих лет с помощью естественного отбора. Здесь ген X представляет собой интересующий ген, который дублируется, а ген X1 и ген X2 представляют собой гены, которые приобрели мутации и стали функционально отличаться от гена X.

Недавно обсуждалась связь вариаций числа копий с семействами генов . Семейства генов определяются как набор родственных генов, которые выполняют схожие функции, но имеют незначительные временные или пространственные различия, и эти гены, вероятно, произошли от одного предкового гена. [26] Основная причина, по которой вариации числа копий связаны с семействами генов, заключается в том, что существует вероятность того, что гены в семье произошли от одного предкового гена, который дублировался в разные копии. [26] Мутации со временем накапливаются в генах, и под воздействием естественного отбора, действующего на гены, некоторые мутации приводят к экологическим преимуществам, позволяющим унаследовать эти гены и в конечном итоге выделить четкие семейства генов. Примером семейства генов, которое могло быть создано в результате изменения числа копий, является семейство генов глобина . Семейство генов глобина представляет собой сложную сеть генов, состоящую из генов альфа- и бета- глобина, включая гены, которые экспрессируются как у эмбрионов, так и у взрослых особей, а также псевдогены . [31] Все эти глобиновые гены в семействе глобинов хорошо консервативны и отличаются лишь небольшой частью гена, что указывает на то, что они произошли от общего предкового гена, возможно, из-за дупликации исходного глобинового гена. [31]

Исследования показали, что вариации числа копий значительно чаще встречаются в генах, которые кодируют белки, которые напрямую взаимодействуют с окружающей средой, чем в белках, которые участвуют в основной клеточной деятельности. [32] Было высказано предположение, что эффект дозы гена, сопровождающий изменение числа копий, может привести к пагубным последствиям, если основные клеточные функции будут нарушены, поэтому белки, участвующие в клеточных путях, подвергаются жесткому очищающему отбору . [32] Кроме того, белки функционируют вместе и взаимодействуют с белками других путей, поэтому важно рассматривать влияние естественного отбора на биомолекулярные пути, а не на отдельные белки. При этом было обнаружено, что белки на периферии пути обогащены вариациями числа копий, тогда как белки в центре путей обеднены вариациями числа копий. [33] Было объяснено, что белки на периферии пути взаимодействуют с меньшим количеством белков, и поэтому изменение дозировки белка, вызванное изменением числа копий, может оказывать меньшее влияние на общий результат клеточного пути. [33]

См. также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Jump up to: а б с д и МакКэрролл С.А., Альтшулер Д.М. (июль 2007 г.). «Изменение числа копий и исследования ассоциаций заболеваний человека». Природная генетика . 39 (7 Доп.): S37-42. дои : 10.1038/ng2080 . ПМИД   17597780 . S2CID   8521333 .
  2. ^ Jump up to: а б с д и ж г час Шарп А.Дж., Локк Д.П., МакГрат С.Д., Ченг З., Бэйли Дж.А., Валленте Р.У. и др. (июль 2005 г.). «Сегментные дупликации и вариации числа копий в геноме человека» . Американский журнал генетики человека . 77 (1): 78–88. дои : 10.1086/431652 . ПМК   1226196 . ПМИД   15918152 .
  3. ^ де Конинг А.П., Гу В., Касто Т.А., Батцер М.А., Поллок Д.Д. (декабрь 2011 г.). «Повторяющиеся элементы могут составлять более двух третей человеческого генома» . ПЛОС Генетика . 7 (12): e1002384. дои : 10.1371/journal.pgen.1002384 . ПМЦ   3228813 . ПМИД   22144907 .
  4. ^ Заррей М., Макдональд-младший, Мерико Д., Шерер С.В. (март 2015 г.). «Карта изменения числа копий генома человека». Обзоры природы. Генетика . 16 (3): 172–83. дои : 10.1038/nrg3871 . hdl : 2027.42/146425 . ПМИД   25645873 . S2CID   19697843 .
  5. ^ Jump up to: а б с д и Гастингс П.Дж., Лупски-Дж.Р., Розенберг С.М., Ира Дж. (август 2009 г.). «Механизмы изменения числа копий гена» . Обзоры природы. Генетика . 10 (8): 551–64. дои : 10.1038/nrg2593 . ПМК   2864001 . ПМИД   19597530 .
  6. ^ Jump up to: а б «Новый ген, содержащий тринуклеотидный повтор, который расширен и нестабильен на хромосомах при болезни Хантингтона. Совместная исследовательская группа по болезни Хантингтона» (PDF) . Клетка . 72 (6): 971–83. Март 1993 г. doi : 10.1016/0092-8674(93)90585-e . hdl : 2027.42/30901 . ПМИД   8458085 . S2CID   802885 .
  7. ^ Jump up to: а б Майерс Р.Х. (апрель 2004 г.). «Генетика болезни Хантингтона» . НейроРкс . 1 (2): 255–62. дои : 10.1602/neurorx.1.2.255 . ПМК   534940 . ПМИД   15717026 .
  8. ^ Альбертини А.М., Хофер М., Калос М.П., ​​Миллер Дж.Х. (июнь 1982 г.). «Об образовании спонтанных делеций: важность гомологии коротких последовательностей в образовании больших делеций». Клетка . 29 (2): 319–28. дои : 10.1016/0092-8674(82)90148-9 . ПМИД   6288254 . S2CID   36657944 .
  9. ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д р с т в v В Перри Г.Х., Домини Нью-Джерси, Клоу К.Г., Ли А.С., Фиглер Х., Редон Р. и др. (октябрь 2007 г.). «Диета и эволюция изменения количества копий гена амилазы человека» . Природная генетика . 39 (10): 1256–60. дои : 10.1038/ng2123 . ПМК   2377015 . ПМИД   17828263 .
  10. ^ Jump up to: а б с д и ж Фриман Дж.Л., Перри Г.Х., Фейк Л., Редон Р., МакКэрролл С.А., Альтшулер Д.М. и др. (август 2006 г.). «Вариация числа копий: новое понимание разнообразия генома» . Геномные исследования . 16 (8): 949–61. дои : 10.1101/гр.3677206 . ПМИД   16809666 .
  11. ^ Бэйли Дж.А., Гу З., Кларк Р.А., Рейнерт К., Самонте Р.В., Шварц С. и др. (август 2002 г.). «Недавние сегментные дупликации в геноме человека». Наука . 297 (5583): 1003–7. Бибкод : 2002Sci...297.1003B . дои : 10.1126/science.1072047 . ПМИД   12169732 . S2CID   16501865 .
  12. ^ Jump up to: а б Джейкобс П.А., Браун С., Грегсон Н., Джойс С., Уайт Х. (февраль 1992 г.). «Оценка частоты хромосомных аномалий, обнаруживаемых у неотобранных новорожденных с использованием умеренных уровней полосатости» . Журнал медицинской генетики . 29 (2): 103–8. дои : 10.1136/jmg.29.2.103 . ПМЦ   1015848 . ПМИД   1613759 .
  13. ^ Иноуэ К., Лупски-младший (2002). «Молекулярные механизмы геномных нарушений» . Ежегодный обзор геномики и генетики человека . 3 : 199–242. дои : 10.1146/annurev.genom.3.032802.120023 . ПМИД   12142364 .
  14. ^ Иафрате А.Дж., Феук Л., Ривера М.Н., Листевник М.Л., Донахью П.К., Ци Ю и др. (сентябрь 2004 г.). «Обнаружение крупномасштабных изменений в геноме человека» . Природная генетика . 36 (9): 949–51. дои : 10.1038/ng1416 . PMID   15286789 .
  15. ^ Jump up to: а б Тузун Э., Шарп А.Дж., Бэйли Дж.А., Каул Р., Моррисон В.А., Перц Л.М. и др. (июль 2005 г.). «Мелкомасштабные структурные вариации человеческого генома». Природная генетика . 37 (7): 727–32. дои : 10.1038/ng1562 . ПМИД   15895083 . S2CID   14162962 .
  16. ^ Jump up to: а б Конрад Б., Антонаракис С.Е. (2007). «Дупликация генов: стремление к фенотипическому разнообразию и причина болезней человека». Ежегодный обзор геномики и генетики человека . 8 : 17–35. дои : 10.1146/annurev.genom.8.021307.110233 . ПМИД   17386002 .
  17. ^ Алкан С., Коу Б.П., Эйхлер Э.Э. (май 2011 г.). «Обнаружение и генотипирование структурных вариаций генома» . Обзоры природы. Генетика . 12 (5): 363–76. дои : 10.1038/nrg2958 . ПМЦ   4108431 . ПМИД   21358748 .
  18. ^ Судмант П.Х., Рауш Т., Гарднер Э.Дж., Руксакер Р.Э., Абызов А., Хаддлстон Дж. и др. (октябрь 2015 г.). «Интегрированная карта структурных вариаций 2504 геномов человека» . Природа . 526 (7571): 75–81. Бибкод : 2015Natur.526...75. . дои : 10.1038/nature15394 . ПМЦ   4617611 . ПМИД   26432246 .
  19. ^ Jump up to: а б Пакес Ф., Хабер Дж.Э. (июнь 1999 г.). «Множественные пути рекомбинации, индуцированные двухцепочечными разрывами у Saccharomyces cerevisiae» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 63 (2): 349–404. дои : 10.1128/MMBR.63.2.349-404.1999 . ПМК   98970 . ПМИД   10357855 .
  20. ^ Jump up to: а б с Баутерс М., Ван Эш Х., Фриз М.Дж., Боспфлюг-Танги О., Ценкер М., Вианна-Морганте А.М. и др. (июнь 2008 г.). «Неповторяющиеся дупликации MECP2, опосредованные разрывами ДНК, обусловленными архитектурой генома, и восстановлением репликации, вызванным разрывом» . Геномные исследования . 18 (6): 847–58. дои : 10.1101/гр.075903.107 . ПМК   2413152 . ПМИД   18385275 .
  21. ^ Jump up to: а б Кобаяши Т., Гэнли А.Р. (сентябрь 2005 г.). «Регуляция рекомбинации путем индуцированной транскрипцией диссоциации когезина в повторах рДНК». Наука . 309 (5740): 1581–4. Бибкод : 2005Sci...309.1581K . дои : 10.1126/science.1116102 . ПМИД   16141077 . S2CID   21547462 .
  22. ^ Jump up to: а б Либер М.Р. (январь 2008 г.). «Механизм соединения концов негомологичных ДНК человека» . Журнал биологической химии . 283 (1): 1–5. дои : 10.1074/jbc.R700039200 . ПМИД   17999957 .
  23. ^ Jump up to: а б с д МакКЛИНТОК Б. (1951). «Хромосомная организация и экспрессия генов». Симпозиумы Колд-Спринг-Харбор по количественной биологии . 16 : 13–47. дои : 10.1101/sqb.1951.016.01.004 . ПМИД   14942727 .
  24. ^ Jump up to: а б с Смит CE, Льоренте Б, Симингтон Л.С. (май 2007 г.). «Переключение шаблонов во время репликации, вызванной разрывом». Природа . 447 (7140): 102–5. Бибкод : 2007Natur.447..102S . дои : 10.1038/nature05723 . ПМИД   17410126 . S2CID   7427921 .
  25. ^ Би Х, Лю Л.Ф. (январь 1994 г.). «recA-независимая и recA-зависимая внутримолекулярная рекомбинация плазмид. Требование дифференциальной гомологии и эффект расстояния» . Журнал молекулярной биологии . 235 (2): 414–23. дои : 10.1006/jmbi.1994.1002 . ПМИД   8289271 .
  26. ^ Jump up to: а б с д и ж Корбель Д.О., Ким П.М., Чен X, Урбан А.Е., Вайсман С., Снайдер М., Герштейн М.Б. (июнь 2008 г.). «Нынешний ажиотаж по поводу вариаций числа копий: как это связано с дупликацией генов и семействами белков» . Современное мнение в области структурной биологии . 18 (3): 366–74. дои : 10.1016/j.sbi.2008.02.005 . ПМЦ   2577873 . ПМИД   18511261 .
  27. ^ Самуэльсон Л.К., Вибауэр К., Сноу К.М., Мейслер М.Х. (июнь 1990 г.). «Сайты вставки ретровирусов и псевдогенов раскрывают происхождение генов амилазы слюны и поджелудочной железы человека от одного гена в ходе эволюции приматов» . Молекулярная и клеточная биология . 10 (6): 2513–20. дои : 10.1128/mcb.10.6.2513 . ПМК   360608 . ПМИД   1692956 .
  28. ^ Jump up to: а б Рорбак С., Сиддоуэй Б., Лю К.С., Чун Дж. (ноябрь 2018 г.). «Геномный мозаицизм в развивающемся и взрослом мозге» . Развивающая нейробиология . 78 (11): 1026–1048. дои : 10.1002/dneu.22626 . ПМК   6214721 . ПМИД   30027562 .
  29. ^ Синглтон А.Б., Фаррер М., Джонсон Дж., Синглтон А., Гаага С., Качергус Дж. и др. (октябрь 2003 г.). «Тройка локуса альфа-синуклеина вызывает болезнь Паркинсона» . Наука . 302 (5646): 841. doi : 10.1126/science.1090278 . ПМИД   14593171 . S2CID   85938327 .
  30. ^ Браунштейн, Калифорния; Смит, Р.С.; Родан, Л.Х.; Горман, член парламента; Хойло, Массачусетс; Гарви, Э.А.; Ли, Дж; Кабрал, К; Боуэн, Джей-Джей; Рао, США; Дженетти, Калифорния; Кэрролл, Д; Деасо, Э.А.; Агравал, П.Б.; Розенфельд, Дж.А.; Би, Вт; Хау, Дж; Ставропулос, диджей; Хансен, AW; Хамода, HM; Пинар, Ф; Караканси, А; Уолш, Калифорния; Д'Анджело, Э.Дж.; Беггс, А.Х.; Заррей, М; Гиббс, РА; Шерер, SW; Глан, округ Колумбия; Гонсалес-Хейдрих, Дж (17 февраля 2021 г.). «Варианты числа копий RCL1 связаны с рядом нейропсихиатрических фенотипов» . Молекулярная психиатрия . 26 (5): 1706–1718. дои : 10.1038/s41380-021-01035-y . ПМЦ   8159744 . ПМИД   33597717 .
  31. ^ Jump up to: а б Гудман М., Куп Б.Ф., Челюсняк Дж., Вайс М.Л. (декабрь 1984 г.). «Ген эта-глобина. Его долгая эволюционная история в семействе генов бета-глобина млекопитающих». Журнал молекулярной биологии . 180 (4): 803–23. дои : 10.1016/0022-2836(84)90258-4 . ПМИД   6527390 .
  32. ^ Jump up to: а б Редон Р., Исикава С., Фитч К.Р., Фейк Л., Перри Г.Х., Эндрюс Т.Д. и др. (ноябрь 2006 г.). «Глобальные различия в количестве копий в геноме человека» . Природа . 444 (7118): 444–54. Бибкод : 2006Natur.444..444R . дои : 10.1038/nature05329 . ПМЦ   2669898 . ПМИД   17122850 .
  33. ^ Jump up to: а б Ким П.М., Корбель Дж.О., Герштейн М.Б. (декабрь 2007 г.). «Положительный отбор на периферии белковой сети: оценка с точки зрения структурных ограничений и клеточного контекста» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (51): 20274–9. Бибкод : 2007PNAS..10420274K . дои : 10.1073/pnas.0710183104 . ПМК   2154421 . ПМИД   18077332 .

Дальнейшее чтение

[ редактировать ]
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Copy_number_variation&oldid=1230750976"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: fc9a6a8778ef4766d2e494d7a2821aed__1719227160
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/fc/ed/fc9a6a8778ef4766d2e494d7a2821aed.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Copy number variation - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)