CCDC142

Белок 142, содержащий спирально-спиральный домен
Идентификаторы
Псевдонимы	CCDC142IPR026700Спиральный домен, содержащий 142
Внешние идентификаторы	Генные карты : [1] ; ОМА : - ортологи
hideОртологи
	н/д
	н/д
	н/д
	н/д
	н ; а
	н/д
	н/д
	н/д
	н/д
	н/д
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека

представляет Спиральный домен, содержащий 142 (CCDC142), собой ген, который у человека кодирует белок CCDC142. Ген CCDC142 расположен на хромосоме 2 (2p13), охватывает 4339 пар оснований и содержит 9 экзонов. Ген кодирует белок 142, содержащий спиральный домен (CCDC142), функция которого еще не совсем понятна. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} Известны две изоформы CCDC142. ^{[ 1 ]} Белки CCDC142, продуцируемые этими транскриптами, имеют размер от 743 до 665 аминокислот и содержат сигналы, указывающие на перемещение белка между цитозолем и ядром . ^{[ 3 ]} Гомологичные гены CCDC142 обнаружены у многих животных, включая позвоночных и беспозвоночных, но не у грибов , растений , простейших , архей или бактерий . ^{[ 1 ]} Хотя функция этого белка не совсем понятна, он содержит спиральный домен и мотив RINT1_TIP1, расположенный внутри спирального домена . ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}

Локус

CCDC142 обнаружен на –-цепи хромосомы 2 (2p13.1), геномная последовательность которого охватывает основания от 74 472 832 до 74 483 230. ^{[ 1 ]} Кодирующая область имеет длину 8292 пары оснований и кодирует две изоформы белка длиной от 743 до 665 аминокислот. ^{[ 1 ]} На теломерной стороне за CCDC142 следуют гены MOGS и MRPL53. На центромерной стороне за ним следуют гены C31, LBX2, LBX2-AS1 и PCGF1 . ^{[ 1 ]}

мРНК

У человека разумного ген CCDC142 кодирует две альтернативно сплайсированные изоформы мРНК, называемые изоформой 1 и изоформой 2. ^{[ 3 ]} Обе эти изоформы имеют 9 экзонов. Изоформа 1 является более длинной из двух: ее длина составляет 4339 п.н., а длина изоформы 2 — 2253 п.н. ^{[ 3 ]} Основное различие между изоформами в том, что изоформа 2 имеет более короткий экзон 9 и 3'- UTR . ^{[ 3 ]} Изоформа 1 представляет собой самый длинный вариант гена и белка и является предметом данной статьи. ^{[ 1 ]}

Сохранение

Паралоги

CCDC142 не имеет паралогов у Homo sapiens.

Ортологи

Ниже представлена таблица различных ортологов CCDC142, идентичность последовательности белка которых сравнивалась с Homo sapiens аминокислотной последовательностью белка . CCDC142 имеет более чем 73% сходства аминокислот у млекопитающих , но менее консервативен у других позвоночных и беспозвоночных . ^{[ 5 ]}

Род и вид	Общее имя	Дата отклонения от человеческого происхождения (MYA)	% личность
Мудрый человек	Человек	0	100
Пан-троглодиты	Шимпанзе	6.6	96
Горилла горилла горилла	Горилла	8.9	98
Выстрел	Малый египетский тушканчик	90.9	73
Тупая корова	Yak	97.5	74
Эптезик коричневый	Большая коричневая летучая мышь	97.5	74
Питон обоюдоострый	Бирманский питон	320.5	36
Петух есть петух	Курица	320.5	35
Haliaeetus leucocephalus	Белоголовый орлан	320.5	33
Анолис Каролинский	Каролинский анол (ящерица)	320.5	33
Теплый и агрессивный	Ерш (птица)	320.5	32
Ксенопус тропический	Западная когтистая лягушка	355.7	33
Каллоринхус милии	Австралийская акула-призрак	429.6	36
Леписостеус глазчатый	Пятнистый гар	429.6	34
Эсокс света	Северная щука	429.6	33
Дания рерио	данио	429.6	33
Внутренний язычок	Хвостатая мидия	847	29
Крассострея гигантская	Тихоокеанская устрица	847	29
Осьминог двумакулоидный	Калифорнийский двухточечный осьминог	847	27
Дрозофила меланогастер	Плодовая мушка	847	23

Филогения

CCDC142 тесно связан с млекопитающими, моллюсками и амфибиями , рептилиями и птицами , а также с рыбами . ^{[ 5 ]} Ген CCDC142 появился еще у Drosophila melanogaster , которая отделилась от человеческого рода 847 миллионов лет назад. CCDC142 мутировал с большей скоростью, чем цитохром C (высококонсервативный белок) и фибриноген A (быстро мутирующий белок). Это указывает на то, что CCDC142 представляет собой быстро мутирующий ген с возрастающей скоростью мутаций (то есть эволюции) с течением времени.

Скорость мутации CCDC142 по сравнению с эталонными белками, цитохромом C и фибриногеном A, которые мутируют медленно и быстро соответственно. Скорость мутаций m , которая представляет собой скорректированный процент аминокислотных изменений между белком Homo sapiens и его ортологами, отображается как логарифм количества миллионов лет, прошедших с даты расхождения линии Homo sapiens и линии вида. в котором виден ортолог. Точки на графике рассчитываются по формуле m /100 = –ln(1– n /100), где m – общее количество аминокислотных замен, произошедших в 100-аминокислотном сегменте белка, а n – наблюдаемое количество аминокислотных замен на 100 остатков по сравнению с последовательностью белка Homo sapiens.

Белок

**Доменная структура белка CCDC142.** Высококонсервативные регионы за пределами мотива RINT1_TIP1 выделены черным цветом. Предполагаемый сигнал ядерной локализации выделен красным.

Первичная структура, варианты и изоформы

Основная изоформа белка CCDC142 имеет длину 743 аминокислоты, а вторая изоформа — 665 аминокислот. Разница в длине полностью обусловлена отсутствием аминокислот на С-конце изоформы 2. ^{[ 1 ]}

Домены и мотивы

CCDC142 Концептуальный перевод

CCDC142 Легенда концептуального перевода

Предсказанный спиральный домен CCDC142 состоит из аминокислот 308–719. ^{[ 2 ]} Мотив RINT1_TIP1 также присутствует в аминокислотах 490–621. RINT1_TIP1 — это семейство, включающее RINT-1 (белок, участвующий в контроле радиационно-индуцированных контрольных точек) и TIP-1 (дрожжевой белок, участвующий в транспорте Гольджи ). ^{[ 4 ]} Дополнительные ~250 аминокислот, обнаруженные в белках дальнего ортолога CCDC142, не обнаружены в геноме Homo sapiens, близком к гену CCDC142.

Посттрансляционные модификации

Предполагается, что CCDC142 будет иметь 6 сайтов фосфорилирования , 4 метилирования сайта , 1 сайт пальмитоилирования , 1 сайт сумойлирования и 1 слабый сигнал ядерной локализации . ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}^{[ 10 ]} Эти модификации указывают на то, что CCDC142 локализован в ядре и цитозоле . Обратитесь к Концептуальному переводу для аннотаций этих сайтов в белке.

Прогнозирование структуры

Вторичная структура CCDC142 содержит только α- спирали , как предсказывают программы Quick2D и Phyre2. ^{[ 11 ]}^{[ 12 ]} Предполагается, что CCDC142 содержит восемь консервативных α-спиралей , шесть из которых расположены в спирально-спиральной области белка. ^{[ 11 ]}^{[ 12 ]} Предсказанная третичная структура CCDC142 содержит большой спиральный домен из аминокислот 308–719. ^{[ 2 ]}^{[ 13 ]}

I-TASSER предсказал третичную структуру CCDC142. ^{[ 13 ]} Эта структура имеет показатель C -0,75 (измеряется по шкале от -5 до 2, где более высокие значения соответствуют более высокой достоверности) и плотность кластеров 0,375 (по шкале от 0 до 1, где более высокие значения указывают на большую достоверность). охват прогнозирования белков). C-оценка учитывает как значимость структуры модели, так и качество прогнозируемого покрытия других белков. ^{[ 13 ]}

Выражение

Промоутеры и регуляторные факторы

Область промотора CCDC142 была идентифицирована с использованием программы Эльдорадо в Genomatix, она охватывает основания 74482896–74483908 в хромосоме 2. ^{[ 14 ]} Эта область длиной 1013 п.н. охватывает 1071–58 п.н. выше стартового кодона CCDC142. ^{[ 14 ]} В промоторе имеется область, которая связывает большое количество круппелеподобных факторов транскрипции и белков цинковых пальцев BED . ^{[ 14 ]} В этой области нет расположенных в ней однонуклеотидных полиморфизмов (SNP). ^{[ 15 ]} Многие из факторов транскрипции, которые связываются с промоторной областью CCDC142, выполняют функции, связанные с подавлением опухоли, нейрогенезом , повреждением ДНК и фоторецепцией . ^{[ 14 ]} Эта промоторная область также содержит ТАТА-бокс LTR C-типа млекопитающих , который перекрывается с сайтом начала транскрипции гена. ^{[ 14 ]}

РНК-связывающие белки

Ряд возможных РНК-связывающих белков связываются как с 3'-, так и с 5'- нетранслируемыми областями (UTR) мРНК CCDC142. Сайты связывания белков PABPC1 RBMX и встречаются с высокой частотой в 3'-UTR, с 49 и 21 сайтом соответственно. ^{[ 16 ]}

Выражение

Экспрессия CCDC142 в атласе человеческого мозга Аллена
Боковой вид
Красный = низкая экспрессия ¹¹
Фронтальный вид
Зеленый = высокая экспрессия ¹¹

Выше приведены данные об экспрессии CCDC142 из Атласа человеческого мозга Аллена , где красный цвет указывает на более низкую экспрессию, а зеленый - на более высокую экспрессию. ^{[ 17 ]} В мозге человека разумного было обнаружено, что CCDC142 слабо экспрессируется в коре мозжечка , таламусе и гипоталамусе . CCDC142 также высоко экспрессируется в черной субстанции , мосте , Клауструме и среднем мозге . ^{[ 17 ]} Также наблюдается относительно более высокая экспрессия CCDC142 во рту и вилочковой железе . ^{[ 18 ]}

Данные выражения NCBI GEO
Эксперимент по нокауту MEKK 2/3 ¹³
Эксперимент по повреждению миокарда ¹³
Эксперимент по сверхэкспрессии SNAI ¹³

Приведенные выше экспериментальные данные по экспрессии показывают множество возможных результатов для CCDC142. ^{[ 19 ]} Сверхэкспрессия SNAI1 , белка цинковых пальцев , коррелирует со снижением экспрессии CCDC142 у Homo sapiens . ^{[ 20 ]} Нокаут , MEKK 2/3, который помогает регулировать дифференцировку хелперных Т-клеток также показал снижение экспрессии CCDC142. ^{[ 21 ]} Другой эксперимент Mus musculus , посвященный кардиомиопатии у мышей, показал более низкие уровни CCDC142 у мышей с поврежденными клетками миокарда . ^{[ 20 ]}

Функция и биохимия

Состав

CCDC142 имеет относительно типичное распределение аминокислот по сравнению с другими белками Homo sapiens . ^{[ 5 ]} Однако среди ортологов отмечаются некоторые различия. ^{[ 5 ]} Лейцин присутствует в больших количествах по сравнению с другими белками (более 15% белка), а аспарагин присутствует в низких количествах по сравнению с другими белками (менее 0,7% белка). ^{[ 5 ]}

Спиральный домен и мотив RINT1_TP1 CCDC142 содержат более высокие количества лейцина по сравнению с остальной частью белка (более 16,6% области), более высокие количества глутамина (более 8,4% области) и столь же низкие количества аспарагина (менее 0,7% обл.). ^{[ 5 ]}

Взаимодействующие белки

Для CCDC142 не обнаружено никаких белковых взаимодействий.

Клиническое значение

Патология и болезни

Увеличение количества копий в локусах CCDC142, включая 25 других генов, показало фенотип задержки развития и значительные онтогенетические или морфологические фенотипы. ^{[ 22 ]} Один результат с потерей числа копий в локусах CCDC142, включая 29 других генов, показал фенотипы низкого роста, аномальную форму лица, задержку развития речи и языка, перекрывающиеся пальцы ног, задержку внутриутробного развития , открытый артериальный проток и задержку развития крупной моторики. ^{[ 22 ]} Однако эффект CCDC142 мог быть смешанным для этих фенотипов, поскольку наблюдались аномалии и во многих других участках генома.

Мутации

В гене CCDC142 расположен ряд SNP. Некоторые из них в промоторной области и 5'-UTR находятся в якорных последовательностях факторов транскрипции и влияют на связывание факторов транскрипции, если они изменяются.

В кодирующей последовательности белка имеется множество SNP, которые меняют аминокислотный состав CCDC142. Один SNP с высокой распространенностью в популяции (1,8%) отличается изменением химического состава: тирозин - аспарагиновый сдвиг в аминокислоте 548. ^{[ 15 ]}

Существует также множество SNP, расположенных в большой 3'-UTR гена, причем многие из них связываются с областями, содержащими структуры стволовой петли в мРНК. SNP с частотой распространенности 7,7% ( от гуанина до аденозина в bp4285) находится в 3'-UTR, но не расположен в консервативной области стволовой петли. ^{[ 15 ]}

Эти SNP были аннотированы в Концептуальном переводе, расположенном выше в разделе «Белки».

Множественное выравнивание последовательностей

Выравнивание множественных последовательностей удаленного ортолога CCDC142
Фиолетовый = аналогичный химический состав аминокислот
Синий = та же аминокислота

В приведенном выше множественном выравнивании последовательностей (созданном с использованием программ CLUSTALW и TEXSHADE в SDSC Biology Workbench) организмы помечены первой буквой своего рода и первыми двумя буквами своего вида. Весь белок CCDC142 высококонсервативен у млекопитающих. ^{[ 5 ]} Области, содержащие спиральный домен Homo sapiens и область мотива RINT1_TIP1, высококонсервативны у отдаленных гомологов. ^{[ 5 ]} 12 из 15 аминокислот, которые совпадают у всех организмов в этом регионе, неполярны. ^{[ 5 ]} Консервативный регион 1 содержит в основном неполярные аминокислоты. ^{[ 5 ]} Консервативный регион 2 содержит в основном неполярные и основные аминокислоты. Консервативный регион 3 содержит как полярные, так и неполярные аминокислоты. ^{[ 5 ]} Консервативный регион 5 содержит в основном неполярные и основные аминокислоты. ^{[ 5 ]}

Дополнительная информация о факторах транскрипции

Аннотация сайта связывания фактора транскрипции

Легенда сайта связывания транскрипционного фактора

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я «Спиральный домен CCDC142, содержащий 142 [Homo sapiens (человек)] – Ген – NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 1 мая 2016 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с «Белок 142, содержащий спирально-спиральный домен [Homo sapiens] – Белок – NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 1 мая 2016 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и «CCDC142 - Белок 142, содержащий спирально-спиральный домен - Homo sapiens (человек) - ген и белок CCDC142» . www.uniprot.org . Проверено 1 мая 2016 г.
^ Jump up to: ^а ^б «Результат поиска мотива SSDB: hsa:84865» . www.kegg.jp. Проверено 1 мая 2016 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к ^л «Инструментарий биологии SDSC» .
^ «Сервер NetPhos 2.0» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 1 мая 2016 г.
^ «Памятка: Прогнозирование метилирования белка» . www.bioinfo.tsinghua.edu.cn . Архивировано из оригинала 14 марта 2016 г. Проверено 1 мая 2016 г.
^ «:::NBA-Palm – предсказание сайта пальмитоилирования, реализованное в наивном байесовском алгоритме:::» . www.bioinfo.tsinghua.edu.cn . Архивировано из оригинала 9 июня 2016 г. Проверено 1 мая 2016 г.
^ «Программа анализа SUMOplot™ | Abgent» . www.abgent.com . Проверено 1 мая 2016 г.
^ "NLS_Mapper" . nls-mapper.iab.keio.ac.jp . Архивировано из оригинала 22 ноября 2021 г. Проверено 1 мая 2016 г.
^ Jump up to: ^а ^б Келли, Лоуренс. «Сервер распознавания складок белка PHYRE2» . www.sbg.bio.ic.ac.uk. Проверено 1 мая 2016 г.
^ Jump up to: ^а ^б Реммерт, Майкл. «Квик2Д» . Toolkit.tuebingen.mpg.de . Проверено 1 мая 2016 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с «Сервер I-TASSER для прогнозирования структуры и функций белков» . zhanglab.ccmb.med.umich.edu . Проверено 1 мая 2016 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и «Геноматикс – анализ данных NGS и персонализированная медицина» . www.genomatix.de . Архивировано из оригинала 24 февраля 2001 г. Проверено 1 мая 2016 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с snpdev. «SNP, связанный с геном (geneID: 84865) через аннотацию Contig» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 1 мая 2016 г.
^ «RBPDB: База данных особенностей связывания РНК» . rbpdb.ccbr.utoronto.ca . Проверено 1 мая 2016 г.
^ Jump up to: ^а ^б «Данные микроматрицы :: Атлас мозга Аллена: Человеческий мозг» . human.brain-map.org . Проверено 1 мая 2016 г.
^ «Профиль EST – Hs.430199» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 1 мая 2016 г.
^ гео. «Домой – ГЕО – NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 1 мая 2016 г.
^ Jump up to: ^а ^б "GDS3596/1451178_at" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 1 мая 2016 г.
^ "GDS4795/ILMN_3023885" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 1 мая 2016 г.
^ Jump up to: ^а ^б КлинВар. «Элементы не найдены – ClinVar – NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 5 мая 2016 г.

Дальнейшее чтение

Orekhova AS, Sverdlova PS, Spirin PV, Leonova OG, Popenko VI, Prasolov VS, Rubtsov PM (2011-06-01). "[Novel bidirectional promoter from human genome]". Molekuliarnaia Biologiia . 45 (3): 486–495. PMID 21790010 .

[:0-1] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я «Спиральный домен CCDC142, содержащий 142 [Homo sapiens (человек)] – Ген – NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 1 мая 2016 г.

[:2-2] Jump up to: ^а ^б ^с «Белок 142, содержащий спирально-спиральный домен [Homo sapiens] – Белок – NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 1 мая 2016 г.

[:1-3] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и «CCDC142 - Белок 142, содержащий спирально-спиральный домен - Homo sapiens (человек) - ген и белок CCDC142» . www.uniprot.org . Проверено 1 мая 2016 г.

[:3-4] Jump up to: ^а ^б «Результат поиска мотива SSDB: hsa:84865» . www.kegg.jp. Проверено 1 мая 2016 г.

[:6-5] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к ^л «Инструментарий биологии SDSC» .

[6] «Сервер NetPhos 2.0» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 1 мая 2016 г.

[7] «Памятка: Прогнозирование метилирования белка» . www.bioinfo.tsinghua.edu.cn . Архивировано из оригинала 14 марта 2016 г. Проверено 1 мая 2016 г.

[8] «:::NBA-Palm – предсказание сайта пальмитоилирования, реализованное в наивном байесовском алгоритме:::» . www.bioinfo.tsinghua.edu.cn . Архивировано из оригинала 9 июня 2016 г. Проверено 1 мая 2016 г.

[9] «Программа анализа SUMOplot™ | Abgent» . www.abgent.com . Проверено 1 мая 2016 г.

[10] "NLS_Mapper" . nls-mapper.iab.keio.ac.jp . Архивировано из оригинала 22 ноября 2021 г. Проверено 1 мая 2016 г.

[:8-11] Jump up to: ^а ^б Келли, Лоуренс. «Сервер распознавания складок белка PHYRE2» . www.sbg.bio.ic.ac.uk. Проверено 1 мая 2016 г.

[:9-12] Jump up to: ^а ^б Реммерт, Майкл. «Квик2Д» . Toolkit.tuebingen.mpg.de . Проверено 1 мая 2016 г.

[zhanglab.ccmb.med.umich.edu-13] Jump up to: ^а ^б ^с «Сервер I-TASSER для прогнозирования структуры и функций белков» . zhanglab.ccmb.med.umich.edu . Проверено 1 мая 2016 г.

[:4-14] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и «Геноматикс – анализ данных NGS и персонализированная медицина» . www.genomatix.de . Архивировано из оригинала 24 февраля 2001 г. Проверено 1 мая 2016 г.

[:7-15] Jump up to: ^а ^б ^с snpdev. «SNP, связанный с геном (geneID: 84865) через аннотацию Contig» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 1 мая 2016 г.

[16] «RBPDB: База данных особенностей связывания РНК» . rbpdb.ccbr.utoronto.ca . Проверено 1 мая 2016 г.

[:5-17] Jump up to: ^а ^б «Данные микроматрицы :: Атлас мозга Аллена: Человеческий мозг» . human.brain-map.org . Проверено 1 мая 2016 г.

[18] «Профиль EST – Hs.430199» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 1 мая 2016 г.

[19] гео. «Домой – ГЕО – NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 1 мая 2016 г.

[GDS3596_/_1451178_at-20] Jump up to: ^а ^б "GDS3596/1451178_at" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 1 мая 2016 г.

[21] "GDS4795/ILMN_3023885" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 1 мая 2016 г.

[:10-22] Jump up to: ^а ^б КлинВар. «Элементы не найдены – ClinVar – NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 5 мая 2016 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]