УДАЛИТЬ2
| УДАЛИТЬ2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | TANGO2 , C22orf25, MECRCN, транспорт и организация Гольджи 2 гомолога | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | Опустить : 616830 ; МГИ : 101825 ; Гомологен : 44029 ; GeneCards : ТАНГО2 ; ОМА : ТАНГО2 — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Гомолог 2 транспорта и организации Гольджи (TANGO2), также известный как хромосомы 22 открытая рамка считывания 25 (C22orf25), представляет собой белок , который у человека кодируется геном TANGO2.
Функция C22orf25 в настоящее время неизвестна. Он характеризуется доменом суперсемейства NRDE (DUF883), который строго известен консервативной аминокислотной последовательностью (N) -аспарагин (R) -аргинин (D) -аспарагиновая кислота (E) -глутаминовая кислота . Этот домен встречается среди отдаленно родственных видов из шести королевств: [ 4 ] Известно, что Eubacteria , Archaebacteria , Protista , Fungi , Plantae и Animalia участвуют в организации аппарата Гольджи и секреции белка. [ 5 ] Вполне вероятно, что он локализуется в цитоплазме , но закрепляется в клеточной мембране второй аминокислотой. [ 6 ] [ 7 ] C22orf25 также ксенологичен T10-подобным белкам вируса оспы птиц и вируса оспы канареек . Ген, кодирующий C22orf25, расположен на хромосоме 22 и в месте q11.21, поэтому он часто связан с синдромом делеции 22q11.2 . [ 8 ]
Белок
[ редактировать ]| Размер гена | Размер белка | количество экзонов | Промоторная последовательность | Сигнальный пептид | Молекулярный вес | Длина домена |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2271 п.н. | 276 аа | 9 [ 9 ] | 687 б.п. | Нет [ 10 ] | 30,9 кДа [ 11 ] | 270 аа |
Джин район
[ редактировать ]Ген C22orf25 расположен на длинном плече (q) хромосомы 22 в области 1, полосе 1 и поддиапазоне 2 (22q11.21), начиная с 20 008 631 пары оснований и заканчивая 20 053 447 пар оснований. [ 8 ] Существует делеция размером 1,5–3,0 МБ, содержащая около 30–40 генов , охватывающая эту область, которая вызывает наиболее выживаемое генетическое нарушение, известное как синдром делеции 22q11.2 , который чаще всего известен как синдром ДиДжорджа или Велокаридофациальный синдром. [ 12 ] [ 13 ] Синдром делеции 22q11.2 имеет широкий спектр фенотипов и не связан с потерей одного гена. Обширные фенотипы возникают в результате делеции не только генов критической области синдрома ДиДжорджа (DGCR) и генов заболеваний, но и других неопознанных генов. [ 14 ]
C22orf25 находится в непосредственной близости от DGCR8, а также других генов, которые, как известно, играют роль в синдроме ДиДжорджа, таких как ген повтора броненосца, удаленный при велокардиофациальном синдроме ( ARVCF ), катехол-O-метилтрансфераза ( COMT ) и T-box 1 ( TBX1 ). [ 15 ] [ 16 ]
Прогнозируемые особенности мРНК
[ редактировать ]Промоутер
[ редактировать ]Промотор , который гена C22orf25 охватывает 687 пар оснований от 20 008 092 до 20 008 878 с предсказанным сайтом начала транскрипции составляет 104 пары оснований и охватывает от 20 008 591 до 20 008 694. [ 17 ] Промоторная область и начало гена C22orf25 (от 20 008 263 до 20 009 250) не сохранились у приматов. Эту область использовали для определения взаимодействия факторов транскрипции .
Транскрипционные факторы
[ редактировать ]Некоторые из основных факторов транскрипции, которые связываются с промотором, перечислены ниже. [ 18 ]
| Ссылка | Подробная информация о семье | Старт (аминокислота) | Конец (аминокислота) | Стрэнд |
|---|---|---|---|---|
| XBBF | Факторы привязки X-box | 227 | 245 | - |
| GCMF | Факторы транскрипции, специфичные для хориона (с ДНК-связывающим доменом GCM) | 151 | 165 | - |
| YBXF | Факторы транскрипции, связывающие Y-бокс | 158 | 170 | - |
| ТОРОПИТЬСЯ | Нуклеофосфопротеины, родственные SWI/SNF (с мотивом связывания RING-пальца) | 222 | 232 | - |
| МНЕ | NeuroD, Beta2, домен HLH | 214 | 226 | - |
| ПКБЭ | Ядро-связывающий элемент PREB | 148 | 162 | - |
| НР2Ф | Факторы подсемейства ядерных рецепторов 2 | 169 | 193 | - |
| AP1R | Факторы, связанные с MAF и AP1 | 201 | 221 | - |
| ZF02 | Факторы транскрипции цинковых пальцев C2H2 2 | 108 | 130 | - |
| СКАЗКА | Класс гомеодомена TALE, распознающий мотивы TG | 216 | 232 | - |
| ВНФ | Факторы транскрипции крылатой спирали | 271 | 281 | - |
| ФХД | Факторы домена вилки | 119 | 135 | + |
| МИОД | Факторы, определяющие миобласты | 218 | 234 | + |
| AP1F | AP1, активирующий белок 1 | 118 | 130 | + |
| БКЛ6 | Цинковый палец домена POZ экспрессируется в В-клетках | 190 | 206 | + |
| УХОД | Элементы реакции кальция | 196 | 206 | + |
| ЭВИ1 | Ядерный фактор транскрипции EVI1 | 90 | 106 | + |
| ЕФТС | Транскрипционный фактор ETS | 162 | 182 | + |
| КОНТАКТ | Факторы ДНК-связывающего домена TEA/ATTS | 176 | 188 | + |
Анализ выражений
[ редактировать ]Данные об экспрессии, полученные в результате картирования меток экспрессируемых последовательностей , микрочипов и in situ, гибридизации показывают высокую экспрессию Homo sapiens в крови , костном мозге и нервах . [ 19 ] [ 20 ] [ 21 ] Экспрессия не ограничивается этими областями, а низкая экспрессия наблюдается в других частях тела. У Caenorhabditis elegans ген snt-1 (гомолог C22orf25) экспрессируется в нервном кольце, вентральных и дорсальных отростках спинного мозга, участках нервно-мышечных соединений и в нейронах. [ 22 ]
Эволюционная история
[ редактировать ]Домен NRDE (DUF883) представляет собой домен с неизвестной функцией, охватывающий большую часть гена C22orf25 и обнаружен среди отдаленно родственных видов, включая вирусы.
| Род и вид | Общее имя | Инвентарный номер | Сек. Длина |
Сек. Личность |
Сек. Сходство |
Королевство | Время расхождения |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Мудрый человек | люди | НП_690870.3 | 276аа | - | - | животное | - |
| Пан-троглодиты | обыкновенный шимпанзе | БАК62258.1 | 276аа | 99% | 100% | животное | 6,4 млн лет назад |
| Айлуропода меланолеука | гигантская панда | XP_002920626 | 276аа | 91% | 94% | животное | 94,4 млн лет назад |
| Мышиная мышца | домовая мышь | НП_613049.2 | 276аа | 88% | 95% | животное | 92,4 млн лет назад |
| Мелеагрис галлопаво | Турция | XP_003210928 | 276аа | 74% | 88% | животное | 301,7 млн лет назад |
| Петух есть петух | Красная джунглевая птица | НП_001007837 | 276аа | 73% | 88% | животное | 301,7 млн лет назад |
| Ксенопус левис | Африканская когтистая лягушка | НП_001083694 | 275аа | 69% | 86% | животное | 371,2 млн лет назад |
| Xenopus (Silurana) тропический | Западная когтистая лягушка | НП_001004885.1 | 276аа | 68% | 85% | животное | 371,2 млн лет назад |
| Салмо Салар | Атлантический лосось | НП_001167100 | 274аа | 66% | 79% | животное | 400,1 млн лет назад |
| Дания рерио | данио | НП_001003781 | 273аа | 64% | 78% | животное | 400,1 млн лет назад |
| Канарская оспа | вирус | НП_955117 | 275аа | 50% | 69% | - | - |
| птичья оспа | вирус | НП_039033 | 273аа | 44% | 63% | - | - |
| Куприавидус | протеобактерии | YP_002005507.1 | 275аа | 38% | 52% | Эубактерии | 2313,2 млн лет назад |
| Буркхолдерия | протеобактерии | YP_004977059 | 273аа | 37% | 53% | Эубактерии | 2313,2 млн лет назад |
| Патент на Фискомитреллу | мох | XP_001781807 | 275аа | 37% | 54% | Растения | 1369 млн лет назад |
| Зеа Мэйс | кукуруза/кукуруза | ACG35095 | 266аа | 33% | 53% | Растения | 1369 млн лет назад |
| Трихофитон красный | грибок | XP_003236126 | 306аа | 32% | 47% | Грибы | 1215,8 млн лет назад |
| Споризориум рейлианский | Растительный патоген | CBQ69093 | 321аа | 32% | 43% | Грибы | 1215,8 млн лет назад |
| Перкинсус морской | возбудитель устриц | XP_002787624 | 219аа | 31% | 48% | Протиста | 1381,2 млн лет назад |
| Тетрахимена термофилия | Инфузорные простейшие | XP_001010229 | 277аа | 26% | 44% | Протиста | 1381,2 млн лет назад |
| Натрий альба магадиевый | экстремофил | YP_003481665 | 300аа | 25% | 39% | Архебактерии | 3556,3 млн лет назад |
| Галопигер xanaduensis | галофильный археон | YP_004597780.1 | 264аа | 24% | 39% | Архебактерии | 3556,3 млн лет назад |
Прогнозируемые свойства белка
[ редактировать ]Посттрансляционные модификации
[ редактировать ]Посттрансляционные модификации гена C22orf25, которые эволюционно консервативны в царствах Animalia и Plantae, а также у вируса оспы канареек, включают гликозилирование (C-маннозилирование), [ 23 ] гликирование , [ 24 ] фосфорилирование (специфическое киназе), [ 25 ] и пальмитоилирование . [ 26 ]
Прогнозируемая топология
[ редактировать ]C22orf25 локализуется в цитоплазме и прикрепляется к клеточной мембране второй аминокислотой. Как упоминалось ранее, вторая аминокислота модифицируется пальмитоилированием. Известно, что пальмитоилирование способствует ассоциации мембран. [ 27 ] потому что это способствует усилению гидрофобности. [ 6 ] Известно, что пальмитоилирование играет роль в модуляции транспорта белков. [ 28 ] стабильность [ 29 ] и сортировка. [ 30 ] Пальмитоилирование также участвует в клеточной передаче сигналов. [ 31 ] и нейрональная передача. [ 32 ]
Белковые взаимодействия
[ редактировать ]Было показано, что C22orf25 взаимодействует с NFKB1 . [ 33 ] РЕЛА , [ 33 ] РЭЛБ , [ 33 ] БТРК , [ 33 ] РПС27А , [ 33 ] БКЛ3 , [ 33 ] МАП3К8 , [ 33 ] НФКБИА , [ 33 ] СИН3А , [ 33 ] СУМО1 , [ 33 ] дала Она [ 34 ]
Клиническое значение
[ редактировать ]Мутации в гене TANGO2 могут вызывать дефекты митохондриального β-окисления. [ 35 ] повышенный стресс эндоплазматического ретикулума и снижение объемной плотности аппарата Гольджи . [ 36 ] Эти мутации приводят к ранней гипогликемии , гипераммониемии , рабдомиолизу , сердечным аритмиям и энцефалопатии , которая позже перерастает в когнитивные нарушения. [ 35 ] [ 36 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000183597 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «ВЗРЫВ (NCBI)» .
- ^ «Консервативные домены (NCBI)» .
- ^ Перейти обратно: а б «КСС-Пальма» . Архивировано из оригинала 15 февраля 2009 г. Проверено 8 мая 2012 г.
- ^ «ПСОРТИИ» .
- ^ Перейти обратно: а б «Джин (NCBI)» .
- ^ «Эльдорадо (Геноматикс)» . Архивировано из оригинала 2 декабря 2021 г. Проверено 27 апреля 2012 г.
- ^ «СигналП (ExPASy)» . Архивировано из оригинала 24 апреля 2012 г. Проверено 28 апреля 2012 г.
- ^ «Статистический анализ белковой последовательности (Biology Workbench)» . [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Мичан Д.В., Мейнард Т.М., Такер Э.С., ЛаМантия А.С. (2011). «Три фазы патогенеза синдрома делеции ДиДжорджа/22q11 во время развития мозга: формирование паттерна, пролиферация и митохондриальные функции генов 22q11» . Международный журнал нейробиологии развития . 29 (3): 283–294. дои : 10.1016/j.ijdevneu.2010.08.005 . ПМК 3770287 . ПМИД 20833244 .
- ^ Книффин К. «Синдром ДиДжорджа; DGS. Получено в апреле 2012 г. из Интернет-сайта «Менделевское наследование у человека»» .
- ^ Мошенник Пи Джей (2000). «Синдром делеции 22q11» . Хм. Мол. Жене . 9 (16): 2421–6. дои : 10.1093/hmg/9.16.2421 . ПМИД 11005797 .
- ^ Адам М.П., Фельдман Дж., Мирзаа Г.М., Пагон Р.А., Уоллес С.Е., Бин Л.Д.Х., Грипп К.В., Амемия А., Макдональд-Макгинн Д.М., Хайн Х.С., Эмануэль Б.С., Закай Э.Х. (1993). «Синдром делеции 22q11.2» . Вашингтонский университет, Сиэтл. ПМИД 20301696 .
- ^ «Браузер генома BLAT UCSC» .
- ^ «Эль Дурадо (Геноматикс)» .
- ^ «Эль Дурадо-Геноматикс» .
- ^ «Юниджин НЦБИ» . Архивировано из оригинала 12 июля 2013 г. Проверено 26 апреля 2012 г.
- ^ «ГЕО-профили NCBI» .
- ^ «Био GPS» .
- ^ «ВормБейс» .
- ^ «NetCGly (ExPASy)» . Архивировано из оригинала 24 апреля 2012 г. Проверено 28 апреля 2012 г.
- ^ «Нетгликат (ExPASy)» . Архивировано из оригинала 24 апреля 2012 г. Проверено 28 апреля 2012 г.
- ^ «Фос (ЭксПАСи)» . Архивировано из оригинала 24 апреля 2012 г. Проверено 28 апреля 2012 г.
- ^ «CSS Palm (ExPASy)» . Архивировано из оригинала 24 апреля 2012 г. Проверено 28 апреля 2012 г.
- ^ Реш, доктор медицинских наук (2006). «Пальмитоилирование лигандов, рецепторов и внутриклеточных сигнальных молекул». СТКЭ науки . 2006 (359): 14. doi : 10.1126/stke.3592006re14 . ПМИД 17077383 . S2CID 25729573 .
- ^ Дрейпер Дж. М., Ся З., Смит К. Д. (август 2007 г.). «Клеточное пальмитоилирование и транспорт липированных пептидов» . Журнал исследований липидов . 48 (8): 1873–1884. doi : 10.1194/jlr.m700179-jlr200 . ПМЦ 2895159 . ПМИД 17525474 .
- ^ Линдер М.Е., Дешен Р.Дж. (январь 2007 г.). «Пальмитоилирование: контроль стабильности и движения белка». Nature Reviews Молекулярно-клеточная биология . 8 (1): 74–84. дои : 10.1038/nrm2084 . ПМИД 17183362 . S2CID 26339042 .
- ^ Гривз Дж., Чемберлен Л.Х. (январь 2007 г.). «Сортировка белков, зависимая от пальмитоилирования» . Журнал клеточной биологии . 176 (3): 249–254. дои : 10.1083/jcb.200610151 . ПМК 2063950 . ПМИД 17242068 .
- ^ Кейси Пи Джей (1995). «Липидирование белков в передаче сигналов в клетках». Наука . 268 (5208): 221–5. Бибкод : 1995Sci...268..221C . дои : 10.1126/science.7716512 . ПМИД 7716512 .
- ^ Рот А.Ф., Ван Дж., Бэйли А.О., Сан Б., Кучар Дж.А., Грин В.Н., Финни Б.С., Йейтс-младший, Дэвис Н.Г. (июнь 2006 г.). «Глобальный анализ пальмитоилирования белков в дрожжах» . Клетка . 125 (5): 1003–1013. дои : 10.1016/j.cell.2006.03.042 . ПМК 2246083 . ПМИД 16751107 .
- ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж «База данных молекулярных взаимодействий» . Архивировано из оригинала 6 мая 2006 г.
- ^ «База данных вирусных молекулярных взаимодействий» . Архивировано из оригинала 15 февраля 2015 г.
- ^ Перейти обратно: а б Кремер Л.С., Дистельмайер Ф., Альхаддад Б., Хемпель М., Юсо А., Куппер С. и др. (2016). «Биаллельные укорачивающие мутации в TANGO2 вызывают рецидивирующие метаболические кризы с энцефалокардиомиопатией в младенчестве» . Американский журнал генетики человека . 98 (2): 358–62. дои : 10.1016/j.ajhg.2015.12.009 . ПМЦ 4746337 . ПМИД 26805782 .
- ^ Перейти обратно: а б Лалани С.Р., Лю П., Розенфельд Дж.А., Уоткин Л.Б., Чианг Т., Ледюк М.С. и др. (2016). «Рецидивирующая мышечная слабость с рабдомиолизом, метаболическими кризисами и сердечной аритмией из-за биаллельных мутаций TANGO2» . Американский журнал генетики человека . 98 (2): 347–57. дои : 10.1016/j.ajhg.2015.12.008 . ПМЦ 4746334 . ПМИД 26805781 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- [1] Архивировано 7 ноября 2017 г. на сайте Wayback Machine www.tango2.it — веб-сайт заболеваний.
- [2] www.tango2research.org – Веб-сайт исследований заболеваний –