Сортировать А
| Сортировать А | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Номер ЕС. | 3.4.22.70 | ||
| Базы данных | |||
| ИнтЭнк | вид IntEnz | ||
| БРЕНДА | БРЕНДА запись | ||
| Экспаси | Просмотр NiceZyme | ||
| КЕГГ | КЕГГ запись | ||
| МетаЦик | метаболический путь | ||
| ПРЯМОЙ | профиль | ||
| PDB Структуры | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||
| |||
Сортаза А ( EC 3.4.22.70 , SrtA , белок SrtA , сортаза SrtA ) представляет собой фермент . [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] Этот фермент катализирует реакцию сортировки клеточной стенки , в которой поверхностный белок с сигналом сортировки, содержащим мотив LPXTG, расщепляется между остатками Thr и Gly.
Этот фермент принадлежит к семейству пептидаз C60.
Структура
[ редактировать ]Сортаза А имеет восьмицепочечную β-бочкообразную складку с гидрофобной щелью, образованной нитями β7–β8. Эта щель окружена петлями β3-β4, β2-β3, β6-β7 и β7-β8. В этой щели находится каталитический остаток цистеина, который принимает последующее связывание нуклеофильного агента. Петля β3-β4 содержит сайт связывания кальция, который связывает кальций посредством координации с остатком в петле β6-β7. Такое связывание замедляет движение петли β6-β7, позволяя субстрату сортазы связываться и повышать его активность в восемь раз. [ 4 ]
Использование в белковой инженерии
[ редактировать ]Сортаза А широко использовалась в качестве инструмента in vitro для посттрансляционной модификации белков на N- и C-концах с добавленной меткой. Эти метки включают биотин, флуорофоры, сшивающие агенты и многофункциональные зонды. [ 5 ]
В обоих случаях одну молекулу конструируют так, чтобы она содержала мотив LPXTG на одном конце, а другую молекулу конструируют так, чтобы она содержала мотив (Gly)n на другом конце. При расщеплении мотива LPXTG сортаза образует промежуточный тиоэфир с сконструированной молекулой. Затем этот промежуточный продукт расщепляется путем нуклеофильной атаки молекулы, содержащей (Gly)n, с образованием слияния двух молекул с промежуточным мотивом LPXT(Gly)n.
Для достижения N-концевой маркировки белка мотив LPXTG проектируют так, чтобы он находился на С-конце метки. Белок спроектирован так, чтобы иметь N-концевой (Gly)n. Чтобы добиться мечения С-конца того же белка, мотив LPXTG спроектирован так, чтобы он находился на С-конце белка. Молекула (Gly)n сконструирована так, чтобы содержать метку на своем С-конце.
Наконец, как N-, так и C-концы белков можно пометить с помощью сортаз с различной субстратной специфичностью. Например, сортаза А из Streptococcus pyogenes распознает и расщепляет мотив LPXTA и принимает нуклеофилы на основе Ala. Этот SrtA также распознает и расщепляет мотив LPXTG с пониженной эффективностью. Однако Стаф. А. Сортаза А не распознает субстраты LPXTA и, следовательно, ортогональна последовательности LPXTA.
Кроме того, сортазу А также использовали для фрагментарного создания белков, белковых доменов и пептидов. [ 6 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Тон-Тат Х., Лю Г., Мазманян С.К., Фаулл К.Ф., Шнеевинд О. (октябрь 1999 г.). «Очистка и характеристика сортазы, транспептидазы, которая расщепляет поверхностные белки Staphylococcus aureus по мотиву LPXTG» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 96 (22): 12424–9. Бибкод : 1999PNAS...9612424T . дои : 10.1073/pnas.96.22.12424 . ПМК 22937 . ПМИД 10535938 .
- ^ Зонг Ю, Бис Т.В., Тон-Тат Х., Шнеевинд О., Нараяна С.В. (июль 2004 г.). «Кристаллические структуры сортазы А Staphylococcus aureus и ее субстратного комплекса» . Журнал биологической химии . 279 (30): 31383–9. дои : 10.1074/jbc.m401374200 . ПМИД 15117963 .
- ^ Race PR, Bentley ML, Melvin JA, Crow A, Hughes RK, Smith WD, Sessions RB, Kehoe MA, McCafferty DG, Banfield MJ (март 2009 г.). «Кристаллическая структура сортазы А Streptococcus pyogenes: значение механизма сортазы» . Журнал биологической химии . 284 (11): 6924–33. дои : 10.1074/jbc.m805406200 . ПМЦ 2652338 . ПМИД 19129180 .
- ^ Сури Н., Лью К.К., Вильяреал В.А., Тьеу В., Фадеев Е.А., Клеменс Дж.Дж., Юнг М.Э., Clubb RT (сентябрь 2009 г.). «Структура комплекса сортаза-субстрат Staphylococcus aureus показывает, как распознается универсально консервативный сигнал сортировки LPXTG» . Журнал биологической химии . 284 (36): 24465–77. дои : 10.1074/jbc.M109.022624 . ПМК 2782039 . ПМИД 19592495 .
- ^ Попп М.В., Антос Дж.М., Плух Х.Л. (апрель 2009 г.). «Сайт-специфическое мечение белков посредством транспептидации, опосредованной сортазой» . Современные протоколы в науке о белках . Глава 15: 15.3.1–15.3.9. дои : 10.1002/0471140864.ps1503s56 . ПМК 5551486 . ПМИД 19365788 .
- ^ Попп М.В., Плох Х.Л. (май 2011 г.). «Создание и разрыв пептидных связей: белковая инженерия с использованием сортазы». Ангеванде Хеми . 50 (22): 5024–32. дои : 10.1002/anie.201008267 . ПМИД 21538739 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Sortase + A в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)
