Одноцепочечный ДНК-связывающий белок
Одноцепочечный ДНК-связывающий белок ( SSB ) — это белок , обнаруженный в Escherichia coli ( E. coli ) бактериях , который связывается с одноцепочечными участками дезоксирибонуклеиновой кислоты ( ДНК ). [1] Одноцепочечная ДНК образуется во время всех аспектов метаболизма ДНК: репликации, рекомбинации и репарации. Белки SSB не только стабилизируют эту одноцепочечную ДНК, но и связываются с многочисленными белками, участвующими во всех этих процессах, и модулируют их функции.
Активный SSB E. coli состоит из четырех идентичных субъединиц массой 19 кДа . Связывание одноцепочечной ДНК с тетрамером может происходить в разных «режимах», при этом SSB занимает разное количество оснований ДНК в зависимости от ряда факторов, включая концентрацию соли. Например, режим связывания (SSB) 65 , при котором примерно 65 нуклеотидов ДНК обертываются вокруг тетрамера SSB и контактируют со всеми четырьмя его субъединицами, предпочтителен при высоких концентрациях соли in vitro . При более низких концентрациях соли имеет тенденцию формироваться режим связывания (SSB) 35 , при котором около 35 нуклеотидов связываются только с двумя субъединицами SSB. Необходима дальнейшая работа для выяснения функций различных способов связывания in vivo .
Бактериальный ССБ
[ редактировать ]| ССБ | |||
|---|---|---|---|
 Кристаллическая структура PriB - белка репликации примосомальной ДНК Escherichia coli. | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | ССБ | ||
| Пфам | PF00436 | ||
| Пфам Клан | CL0021 | ||
| ИнтерПро | IPR000424 | ||
| PROSITE | PDOC00602 | ||
| СКОП2 | 1kaw / SCOPe / СУПФАМ | ||
| TCDB | 3.А.7 | ||
| |||
SSB Белковые домены у бактерий играют важную роль в поддержании метаболизма ДНК, а точнее, репликации , репарации и рекомбинации ДНК. [2] Он имеет структуру, состоящую из трех бета-нитей и одного шестинитевого бета-листа, образующих димер белка . [3]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Шишмарев Д., Ван Ю., Мейсон С.Э., Су XC, Окли А.Дж., Грэм Б. и др. (февраль 2014 г.). «Режим внутримолекулярного связывания С-конца белка, связывающего одноцепочечную ДНК Escherichia coli, определенный методом спектроскопии ядерного магнитного резонанса» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (4): 2750–2757. дои : 10.1093/nar/gkt1238 . ПМЦ 3936761 . ПМИД 24288378 .
- ^ Мейер Р.Р., Лэйн П.С. (декабрь 1990 г.). «Одноцепочечный ДНК-связывающий белок Escherichia coli» . Микробиологические обзоры . 54 (4): 342–380. дои : 10.1128/MMBR.54.4.342-380.1990 . ПМЦ 372786 . ПМИД 2087220 .
- ^ Рагунатан С., Рикар К.С., Ломан Т.М., Ваксман Г. (июнь 1997 г.). «Кристаллическая структура гомо-тетрамерного ДНК-связывающего домена одноцепочечного ДНК-связывающего белка Escherichia coli, определенная методом многоволновой рентгеновской дифракции на селенометионильном белке с разрешением 2,9-А» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 94 (13): 6652–6657. дои : 10.1073/pnas.94.13.6652 . ПМК 21213 . ПМИД 9192620 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Одноцепочечная ДНК+Связывание+Белки Национальной медицинской библиотеки США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)
- SSB в ПФАМ