Лоскутная эндонуклеаза

Лоскутные эндонуклеазы (FEN, также известные как 5'- durgs в старых источниках) представляют собой класс нуклеолитических ферментов , которые действуют как 5'-3'- экзонуклеазы , так и структурно-специфические эндонуклеазы на специализированных структурах ДНК, которые происходят во время биологических процессов репликации ДНК . Репарация ДНК и рекомбинация ДНК. Эндонуклеазы лоскута были идентифицированы у эукариот , прокариот , архей и некоторых вирусов . Организмы могут иметь более одного гомолога FEN ; эта избыточность может указывать на важность этих ферментов. У прокариотов фермент FEN обнаруживается в виде N-концевого домена ДНК-полимеразы I, но некоторые прокариоты, по-видимому, кодируют второй гомолог. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}

Первоначально эндонуклеазная активность FEN была идентифицирована как действие на дуплекс ДНК, который имеет одноцепочечный 5'-конец на одной из нитей. ^{[ 4 ]} (называемый «5'-лоскут», отсюда и название эндонуклеаза лоскута). ^{[ 5 ]}). FEN катализируют гидролитическое расщепление фосфодиэфирной связи на стыке одно- и двухцепочечной ДНК. ^{[ 6 ]} Некоторые FEN могут также действовать как 5'-3' экзонуклеазы на 5'-конце цепи лоскута и на "разрезанных" ДНК субстратах .

Модели структуры белка , основанные на данных рентгеновской кристаллографии, предполагают, что FEN имеют гибкую арку, созданную двумя α-спиралями, через которые может проходить единственная 5'-цепь 5'-клапанной структуры. ^{[ 7 ]}

Лоскутные эндонуклеазы использовались в биотехнологии , например, в ПЦР- анализе Такмана. ^{[ 8 ]} и анализ Invader для обнаружения мутаций и однонуклеотидного полиморфизма (SNP). ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}

См. также

Эндонуклеазы

Ссылки

^ Сэйерс, Джон Р. (1994). «Компьютерная идентификация потенциального гена 5'-3' экзонуклеазы, кодируемого Escherichia coli». Журнал теоретической биологии . 170 (4): 415–21. дои : 10.1006/jtbi.1994.1202 . ПМИД 7996866 .
^ Лю, Юань; Као, Хуэй-И; Бамбара, Роберт А. (2004). «ЭНДОНУКЛЕАЗА FLAP 1: центральный компонент метаболизма ДНК». Ежегодный обзор биохимии . 73 : 589–615. doi : 10.1146/annurev.biochem.73.012803.092453 . ПМИД 15189154 .
^ Ческа, Т; Сэйерс, младший (1998). «Структурно-специфическое расщепление ДНК 5'-нуклеазами». Тенденции биохимических наук . 23 (9): 331–6. дои : 10.1016/S0968-0004(98)01259-6 . ПМИД 9787638 .
^ Лямичев Виктор; Броу, Мэри Энн Д.; Дальберг, Джеймс Э. (1993). «Структурно-специфическое эндонуклеолитическое расщепление нуклеиновых кислот эубактериальными ДНК-полимеразами». Наука . 260 (5109): 778–783. Бибкод : 1993Sci...260..778L . дои : 10.1126/science.7683443 . ПМИД 7683443 .
^ Харрингтон, Джон Дж.; Либер, Майкл Р. (1994). «Характеристика эндонуклеазы, специфичной для структуры ДНК млекопитающих» . Журнал ЭМБО . 13 (5): 1235–46. дои : 10.1002/j.1460-2075.1994.tb06373.x . ПМЦ 394933 . ПМИД 8131753 .
^ Кайзер, Майкл В.; Лямичева Н.; Ма, В.; Миллер, К.; Нери, Б.; Форс, Л.; Лямичев, В. (1999). «Сравнение эубактериальных и архейных 5'-экзонуклеаз, специфичных для структуры» . Журнал биологической химии . 274 (30): 21387–21394. дои : 10.1074/jbc.274.30.21387 . ПМИД 10409700 .
^ Ческа, штат Калифорния; Сэйерс, младший; Стир, Г.; Сосать, Д. (1996). «Спиральная дуга, позволяющая одноцепочечной ДНК проходить через 5'-экзонуклеазу Т5». Природа . 382 (6586): 90–3. Бибкод : 1996Natur.382...90C . дои : 10.1038/382090a0 . ПМИД 8657312 . S2CID 11159640 .
^ «Принципы Такмана» . Архивировано из оригинала 9 декабря 2006 г. Проверено 27 декабря 2006 г. ^{[ нужна полная цитата ]}
^ Лямичев В.; Маст, Алабама; Холл, Дж. Г.; Благоразумный, младший; Кайзер, МВт; Такова, Т.; Квятковский Р.; Сандер, Т.; деАрруда, М.; Арко, Д.; Нери, БП; Броу, Массачусетс (1999). «Идентификация полиморфизма и количественное обнаружение геномной ДНК путем инвазивного расщепления олигонуклеотидных зондов». Природная биотехнология . 17 (3): 292–296. дои : 10.1038/7044 . ПМИД 10096299 . S2CID 37888925 .
^ Оливье, Майкл (2005). «Анализ Invader® для генотипирования SNP» . Мутационные исследования/Фундаментальные и молекулярные механизмы мутагенеза . 573 (1–2): 103–10. дои : 10.1016/j.mrfmmm.2004.08.016 . ПМЦ 2771639 . ПМИД 15829241 .

Внешние ссылки

Внешняя ссылка Эндонуклеазы лоскутов, 5'-3' экзонуклеазы и 5' нуклеазы

[1] Сэйерс, Джон Р. (1994). «Компьютерная идентификация потенциального гена 5'-3' экзонуклеазы, кодируемого Escherichia coli». Журнал теоретической биологии . 170 (4): 415–21. дои : 10.1006/jtbi.1994.1202 . ПМИД 7996866 .

[2] Лю, Юань; Као, Хуэй-И; Бамбара, Роберт А. (2004). «ЭНДОНУКЛЕАЗА FLAP 1: центральный компонент метаболизма ДНК». Ежегодный обзор биохимии . 73 : 589–615. doi : 10.1146/annurev.biochem.73.012803.092453 . ПМИД 15189154 .

[3] Ческа, Т; Сэйерс, младший (1998). «Структурно-специфическое расщепление ДНК 5'-нуклеазами». Тенденции биохимических наук . 23 (9): 331–6. дои : 10.1016/S0968-0004(98)01259-6 . ПМИД 9787638 .

[4] Лямичев Виктор; Броу, Мэри Энн Д.; Дальберг, Джеймс Э. (1993). «Структурно-специфическое эндонуклеолитическое расщепление нуклеиновых кислот эубактериальными ДНК-полимеразами». Наука . 260 (5109): 778–783. Бибкод : 1993Sci...260..778L . дои : 10.1126/science.7683443 . ПМИД 7683443 .

[5] Харрингтон, Джон Дж.; Либер, Майкл Р. (1994). «Характеристика эндонуклеазы, специфичной для структуры ДНК млекопитающих» . Журнал ЭМБО . 13 (5): 1235–46. дои : 10.1002/j.1460-2075.1994.tb06373.x . ПМЦ 394933 . ПМИД 8131753 .

[6] Кайзер, Майкл В.; Лямичева Н.; Ма, В.; Миллер, К.; Нери, Б.; Форс, Л.; Лямичев, В. (1999). «Сравнение эубактериальных и архейных 5'-экзонуклеаз, специфичных для структуры» . Журнал биологической химии . 274 (30): 21387–21394. дои : 10.1074/jbc.274.30.21387 . ПМИД 10409700 .

[7] Ческа, штат Калифорния; Сэйерс, младший; Стир, Г.; Сосать, Д. (1996). «Спиральная дуга, позволяющая одноцепочечной ДНК проходить через 5'-экзонуклеазу Т5». Природа . 382 (6586): 90–3. Бибкод : 1996Natur.382...90C . дои : 10.1038/382090a0 . ПМИД 8657312 . S2CID 11159640 .

[8] «Принципы Такмана» . Архивировано из оригинала 9 декабря 2006 г. Проверено 27 декабря 2006 г. ^{[ нужна полная цитата ]}

[9] Лямичев В.; Маст, Алабама; Холл, Дж. Г.; Благоразумный, младший; Кайзер, МВт; Такова, Т.; Квятковский Р.; Сандер, Т.; деАрруда, М.; Арко, Д.; Нери, БП; Броу, Массачусетс (1999). «Идентификация полиморфизма и количественное обнаружение геномной ДНК путем инвазивного расщепления олигонуклеотидных зондов». Природная биотехнология . 17 (3): 292–296. дои : 10.1038/7044 . ПМИД 10096299 . S2CID 37888925 .

[10] Оливье, Майкл (2005). «Анализ Invader® для генотипирования SNP» . Мутационные исследования/Фундаментальные и молекулярные механизмы мутагенеза . 573 (1–2): 103–10. дои : 10.1016/j.mrfmmm.2004.08.016 . ПМЦ 2771639 . ПМИД 15829241 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

v т и Ферменты
Activity	Active site Binding site Catalytic triad Oxyanion hole Enzyme promiscuity Diffusion-limited enzyme Cofactor Enzyme catalysis
Regulation	Allosteric regulation Cooperativity Enzyme inhibitor Enzyme activator
Classification	EC number Enzyme superfamily Enzyme family List of enzymes
Kinetics	Enzyme kinetics Eadie–Hofstee diagram Hanes–Woolf plot Lineweaver–Burk plot Michaelis–Menten kinetics
Types	EC1 Oxidoreductases (list) EC2 Transferases (list) EC3 Hydrolases (list) EC4 Lyases (list) EC5 Isomerases (list) EC6 Ligases (list) EC7 Translocases (list)