ПОЛД1
ПОЛД1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Псевдонимы | POLD1 , CDC2, CRCS10, MDPL, POLD, полимераза (ДНК) дельта 1, каталитическая субъединица, ДНК-полимераза дельта 1, каталитическая субъединица | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Внешние идентификаторы | Опустить : 174761 ; МГИ : 97741 ; Гомологен : 2014 г .; Генные карты : POLD1 ; OMA : POLD1 — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Каталитическая субъединица ДНК-полимеразы дельта (DPOD1) представляет собой фермент, который у человека кодируется геном POLD1 в комплексе ДНК-полимеразы дельта . [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] DPOD1 отвечает за синтез отстающей цепи ДНК, а также участвует в некоторых действиях ведущей цепи (рис. 1). Субъединица DPOD1 кодирует как полимеризующий, так и экзонуклеазный домены ДНК, которые обеспечивают белку важную вторую функцию при корректуре для обеспечения точности репликации во время синтеза ДНК, а также в ряде типов связанного с репликацией восстановления ДНК после повреждения ДНК.
Зародышевые мутации , нарушающие активность POLD1, вовлечены в несколько типов наследственного рака, в некоторые спорадические виды рака, а также в синдром преждевременного старения, нижней челюсти гипоплазию , глухоту, прогероидные особенности и липодистрофию MDPL/ ( синдром MDP ). Исследования POLD1 подчеркивают важность поддержания геномной стабильности для ограничения онкогенеза . В настоящее время неясно, является ли усиленный онкогенез, связанный с дефектами POLD1 , результатом увеличения замен оснований или результатом коллапса вилки и образования двухцепочечных разрывов ДНК (DSB). [ 7 ] [ 8 ] Недавние обзоры касались важных функций POLD1. [ 7 ] [ 8 ]
Открытие
[ редактировать ]Первая ДНК-полимераза, ДНК-полимераза I , была открыта Артуром Корнбергом и его коллегами в 1956 году. [ 9 ] рассмотрено в. [ 10 ] В 1976 году Бирнс и др. обнаружили третью активность ДНК-полимеразы в клетках млекопитающих, которая была названа полимеразой дельта (δ). [ 11 ] эритроидного костного мозга кролика Он был выделен из гиперпластического и описан как ДНК-полимераза, обладающая внутренней экзонуклеазной активностью от 3' до 5'. Функция корректировки 3'-5' экзонуклеаз для ДНК-полимераз ( E. coli ) была впервые описана 4 годами ранее Корнбергом и Брутлагом. [ 12 ] рассмотрено в. [ 13 ] ДНК человека Polδ представляет собой гетеротетрамер . Четыре субъединицы: (POLD1/p125), ( POLD3 / p66), ( POLD2 / p50) и ( POLD4 / p12), причем альтернативные названия отражают молекулярную массу, выраженную в килодальтонах (кДа). Каталитическая субъединица полимеразы была идентифицирована как полипептид массой 125 кДа путем окрашивания активности в 1991 году. [ 14 ] Несколько групп независимо клонировали кДНК POLD1 человека и мыши. [ 6 ] [ 15 ] [ 16 ] После очистки из различных источников, включая тимус теленка, плаценту человека и клетки HeLa, [ 17 ] [ 18 ] [ 19 ] [ 20 ] [ 21 ] его активность была вовлечена в репарацию ДНК. [ 22 ] [ 23 ]
Ген
[ редактировать ]Полимераза (ДНК) дельта 1, каталитическая субъединица и POLD1 — это название и символ гена, одобренные Комитетом по номенклатуре генов Организации генома человека (HUGO) (HGNC). [ 24 ] POLD1 также известен как CDC2, MDPL, POLD и CRCS10), имеет длину ~ 34 т.п.н., а его цитогенетическое местоположение - хромосома 19. [ 25 ] q13.33. [ 26 ] Точное местоположение в сборке GRCh38.p2 находится от пары оснований 50 384 290 до пары оснований 50 418 018 на хромосоме 19. [ 27 ] Ортолог мыши соответствует 7-й хромосоме мыши. [ 28 ] У человека основной транскрипт POLD1 (NM_002691.3) содержит 27 экзонов и транслируется в 1107 аминокислот субъединицы p125 или A. Сообщалось о более длинной изоформе со вставкой в рамке считывания 26 аминокислот после аминокислоты 592 (NP_001295561.1). ( LOC100422453) на длинном плече хромосомы 6. псевдогене Сообщалось о [ 27 ] В таблице 1 представлены названия генов и хромосомные местоположения различных субъединиц Polδ у людей, мышей, почкующихся дрожжей ( S. cerevisiae ) и делящихся дрожжей ( S. pombe ).
Промотор POLD1 гена регулируется посредством механизма клеточного цикла, и экспрессия мРНК POLD1 достигает пика в поздней фазе G1/S во время репликации ДНК. [ 29 ] Промотор POLD1 богат G/C и не имеет ТАТА-бокса . Транскрипция этого промотора, содержащего GC-бокс, регулируется Sp1 и связанными с Sp1 факторами транскрипции, такими как Sp3 , при этом их связывание опосредовано связывающими последовательностями повторов длиной 11 п.н. [ 30 ] [ 31 ] Промотор POLD1 содержит E2F -подобную последовательность, расположенную рядом с основным сайтом начала транскрипции . [ 31 ] Другой регуляторный элемент, область гомологии элемента клеточного цикла/генов клеточного цикла (CDE/CHR), расположенная ниже стартового сайта, важна для транскрипции POLD1 в G2/M фазе белками E2F1 и p21 . [ 32 ] [ 33 ] P53 регулирует транскрипцию POLD1 путем непрямой p21-зависимой активации пути p53-p21-DREAM-CDE/CHR. [ 34 ] В одном исследовании сообщалось, что белок-супрессор опухоли p53 конкурирует с Sp1 за связывание с промотором POLD1 . [ 30 ] МикроРНК ( миР ), миР-155 , косвенно подавляет POLD1, подавляя транскрипционный фактор FOXO3a . [ 35 ] который имеет предполагаемые сайты связывания в промоторе POLD1 (RTMAAYA; элемент ответа). [ 36 ]
Белок
[ редактировать ]
POLD1/p125 имеет общую складку B-семейства, аналогичную другим ДНК-полимеразам (Polα и ε). [ 38 ] Человеческий POLD1/p125 имеет предполагаемый сигнал ядерной локализации на N- конце (остатки 4-19). [ 25 ] Остатки 304–533 содержат экзонуклеазный домен (рис. 2), а остатки 579–974 содержат полимеразный домен. Домен экзонуклеазы представляет собой DnaQ-подобный домен типа DEDDy, общий для семейства B-ДНК-полимераз . [ 39 ] Этот домен имеет структуру бета-шпильки , которая помогает переключаться между активными сайтами полимеразы и экзонуклеазы в случае неправильного включения нуклеотидов.
Мотивы А и С являются наиболее консервативными в полимеразном домене. Они содержат 2 каталитических аспартата , мотив A (DXXLYPS, D602) и мотив C (DTDS, D757), которые связывают кальций в активном центре. Мотив А содержит 11 аминокислот, которые важны для включения нуклеотидов и образования фосфодиэфирной связи .
Тирозин Y701 действует аналогично тирозину Y567 в бактериофага ортологе RB69 в качестве стерических ворот сахара, которые предотвращают включение рибонуклеотидов. [ 40 ] Мотив LXCXE (от 711 до 715) опосредует связывание с pRB во время фазы G1 клеточного цикла. [ 41 ] Полимеразный домен также имеет высококонсервативный мотив KKRY (остатки с 806 по 809), который важен для связывания и каталитической функции. [ 42 ] POLD1 может быть нацелен на ядрышко при подкислении с помощью мотива ядрышковой задержанной последовательности (NoDS), представленного небольшими мотивами последовательности, рассеянными по всей кодирующей области белка. [ 43 ] [ 44 ] [ 45 ] С -концевой домен имеет два консервативных богатых цистеином металлсвязывающих мотива (CysA и CysB) (из 1012 и 1083), необходимых для связывания ядерного антигена пролиферирующих клеток (PCNA) и рекрутирования дополнительных субъединиц соответственно. [ 46 ] CysB координирует кластер [4Fe-4S], добавленный посредством цитозольной сборки железо-серного белка (CIA), что требует функции механизма сборки митохондриального кластера железа и серы (ISC). [ 47 ] Процесс созревания опосредован комплексом, нацеленным на ядро CIA1-CIA2B/FAM96B- MMS19 , который взаимодействует с апопротеином, обеспечивая вставку специфического кластера Fe-S. [ 48 ] [ 49 ]

Исследования связывания и ассоциации показали, что POLD2 тесно связан с POLD1; POLD3 и POLD2 взаимодействуют друг с другом, а POLD4 взаимодействует как с POLD1, так и с POLD2. [ 52 ] [ 53 ] Гетеротетрамер Polδ, восстановленный путем коэкспрессии субъединиц в клетках Sf9, имел свойства, аналогичные Polδ, очищенному из тимуса теленка, а полный голофермент очень сильно стимулировался PCNA. [ 54 ] Многочисленные исследования показали, что, хотя POLD1 обладает как полимеразной, так и 3'-5'-экзонуклеазной корректирующей активностью, другие субъединицы увеличивают эту активность, способность связывания ДНК и функционально важные взаимодействия с PCNA и его фактором репликации C (RFC), загрузчиком зажима. Часто считается, что голофермент ДНК Polδ включает PCNA и RFC, а также четыре субъединицы полимеразного комплекса (рис. 1).
Ряд других исследований и скринингов выявили дополнительных партнеров по взаимодействию, имеющих отношение к функциям репликации и репарации ДНК. На рисунке 3 показана матрица установленных и предполагаемых взаимодействий во время репликации и репарации, доступ к которым можно получить с помощью [ 55 ] и. [ 56 ] Веб-сайт Университета Вандербильта предоставляет дополнительную информацию о важной структуре белка POLD1 и различных классах взаимодействия генов и белков на основе таких критериев, как совместное возникновение в комплексе, прямое физическое взаимодействие, регуляторные взаимоотношения и совместная экспрессия. [ 57 ]
Полимераза дельта-субъединицы |
Название белка в человеке |
Мудрый человек | Мышиная мышца | Сахаромицеты cerevisiae | Шизосахаромицеты помбе |
---|---|---|---|---|---|
А (каталитический) | стр.125 | POLD1-Chr 19q13.3 | Полд1-Кр 7Б4 | ПОЛ3-Хр IV | cdc6-Chr II |
Б (аксессуар) | стр50 | POLD2-Chr 7p13 | Полд2-Хр 11А2 | ПОЛ31-Хр Х | cdc1-Chr I |
С (аксессуар) | стр.66 | POLD3-Chr 11q14 | Полд3-Хр 7F1 | ПОЛ32-Хр Х | cdc27-Chr II |
Д (аксессуар) | стр12 | POLD4-Chr 11q13 | Полд4-Кр 19А | - | cdm1-Chr II |
Таблица 1: Названия генов и хромосомные местоположения различных субъединиц дельта-полимеразы у человека, мыши, почкующихся и делящихся дрожжей. |
Выражение и регулирование
[ редактировать ]
Белок POLD1/P125 экспрессируется повсеместно во многих тканях человека, с высокими уровнями в тканях сердца и легких. [ 61 ] Субклеточная локализация POLD1/p125 преимущественно находится в ядре и нуклеоплазме . [ 62 ]
Снижение POLD1/p125 наблюдалось в стареющих фибробластах кожи человека и в лимфоцитах пожилого населения. [ 63 ] [ 64 ] Экспрессия POLD1/p125 эпигенетически регулируется в ответ на повреждение ДНК. [ 65 ] Другие исследования также показали, что экспрессия POLD1/p125 регулируется миР-155. [ 35 ] стр.53 [ 30 ] и длинной некодирующей РНК PVT1 . [ 66 ] В присутствии повреждения ДНК или стресса репликации ( УФ-свет , метилметансульфонат , гидроксимочевина или афидиколин ) субъединица POLD4/p12 быстро разрушается. Каталитическая активность p125 различна, независимо от того, находится ли он в гетеротетрамере (Polδ4, с p12 [ 67 ] [ 68 ] ) или в гетеротримере (Polδ3, без p12). [ 69 ] Производство гетеротримера зависит от деградации p12 лигазой E3 RNF8 , белком, участвующим в репарации DSB и, возможно, гомологичной рекомбинации (HR). [ 70 ] Кроме того, лигаза Е3 CRL4 CDT2 может разрушать POLD4/p12 во время нормальной репликации ДНК и при наличии повреждений ДНК. [ 71 ] POLD4/p12 также может разрушаться протеазой μ -кальпаин, которая участвует в апоптозе, запускаемом кальцием . [ 72 ] [ 73 ]
POLD1/p125 имеет домен NoDS, который регулирует транспорт в ядрышко в ответ на ацидоз. [ 45 ] Ядрышковый транспорт требует прямого взаимодействия между субъединицей р50 и белком WRN . [ 74 ] Во время реакции на повреждение ДНК WRN выходит из ядрышка и тем самым высвобождает Polδ. [ 75 ] [ 76 ] Также было показано, что POLD1/p125 взаимодействует с PDIP46/SKAR. [ 77 ] и LMO2 . [ 78 ] [ 79 ]
Функция
[ редактировать ]репликация ДНК
[ редактировать ]Репликация ДНК — это высокоорганизованный процесс, в котором участвует множество ферментов и белков, в том числе несколько ДНК-полимераз. Основная репликативная активность в S-фазе клеточного цикла зависит от трех ДНК-полимераз - полимеразы альфа (Polα), полимеразы дельта (Polδ) и полимеразы эпсилон (Polε). После инициации синтеза ДНК с помощью Polα, Polδ или Polε осуществляют синтез отстающей и ведущей цепи соответственно. [ 80 ] Эти полимеразы сохраняют очень высокую точность, что обеспечивается спариванием оснований Уотсона-Крика и 3'-экзонуклеазной (или корректирующей) активностью. [ 81 ] Недавние исследования показали, что Polδ может синтезировать ведущую цепь. [ 81 ] [ 82 ] [ 83 ] [ 84 ] [ 85 ] То, как функционируют эти полимеразы во взаимосвязи с другими факторами, участвующими в репликации, представляет большой интерес, поскольку это, вероятно, объясняет мутационный ландшафт, который они производят в случае дефектности. Поддержание точности репликации представляет собой тонкий баланс между уникальными ошибками полимераз δ и ε. [ 86 ] равновесие между корректурой и MMR, а также различие в процессинге рибонуклеотидов между двумя цепями. [ 37 ] Обширные исследования на моделях дрожжей показали, что мутации в экзонуклеазном домене гомологов Polδ и Polε могут вызывать мутаторный фенотип . [ 87 ] Одноцепочечная (оц) ДНК, синтезированная во время синтеза отстающей цепи, может быть атакована агентами, повреждающими оц-ДНК, а также является селективной мишенью для мутаций APOBEC . [ 88 ] ДНК-связывающие белки, которые быстро реассоциируют после репликации, не позволяют Polδ исправлять ошибки, вызванные Polα в зрелой отстающей цепи. [ 89 ] Исследования дрожжей показали, что Polδ может корректировать ошибки Polε в ведущей цепи. [ 90 ]
Восстановление ДНК
[ редактировать ]Активность POLD1 способствует множеству эволюционно консервативных процессов репарации ДНК, включая репарацию ошибочного спаривания (MMR), синтез трансповреждения (TLS), эксцизионную репарацию оснований (BER), эксцизионную репарацию нуклеотидов (NER) и репарацию двухцепочечного разрыва (DSB). [ 7 ] POLD1 опосредует этапы после разреза в BER, NER и MMR. [ 7 ] Polδ взаимодействует с механизмом MMR для поддержки пострепликационной корректуры вновь синтезированной ДНК. [ 91 ] с клетками, несущими мутации, которые инактивируют компоненты POLD1 и MMR, наблюдается повышенная частота мутаций. [ 92 ] [ 93 ] Как отмечалось выше, гетеротример Polδ (Polδ3) становится доминантной олигомерной формой POLD1 и активен при наличии повреждений ДНК. Polδ3 менее подвержен ошибкам, чем (Polδ4), и может лучше различать несовпадающие пары, что связано с лучшей корректурной деятельностью: однако у него снижается способность обходить некоторые базовые повреждения. [ 75 ] [ 94 ] Вместо этого переключение полимеразы Polδ на специализированную дзета-полимеразу (Polζ) важно для TLS, поскольку замена p125 на каталитическую субъединицу Polζ, p353, обеспечивает лучшую обходную активность. [ 7 ] В этом процессе высококонсервативный C-концевой домен (CTD) POLD1/p125 взаимодействует с CTD-доменом Polζ, а кластеры железа внутри каждого CTD опосредуют взаимодействия, включающие связывание с POLD2, которые обеспечивают переключение полимеразы во время TLS. [ 95 ] Некоторые недавние исследования показывают, что переключение с Polδ на Pol лямбда (λ) также поддерживает TLS и восстановление окислительных повреждений ДНК, таких как повреждения 7,8-дигидро-8-оксогуанина . [ 96 ]
Истощение POLD1 может остановить клеточный цикл на фазах G1 и G2/M в клетках человека. [ 97 ] Блокада клеточного цикла на этих фазах обычно указывает на наличие повреждения ДНК и активацию контрольных точек повреждения ДНК. Клетки, истощенные по POLD1 , чувствительны к ингибированию киназ контрольных точек повреждения ДНК ATR и CHK1 . [ 98 ] У S. pombe механизмы HR могут перезапустить остановившиеся репликационные вилки, используя активность синтеза цепи Polδ, но такой неаллельный HR-опосредованный перезапуск очень подвержен ошибкам, потенциально приводящим к увеличению нестабильности генома. [ 99 ] Polδ структурно и функционально взаимодействует с белком WRN, и WRN рекрутирует Polδ в ядрышко. [ 74 ] Ген WRN мутирует при синдроме Вернера ( аутосомно- рецессивном заболевании), что приводит к ускоренному старению и повышению генетической нестабильности. Взаимодействие с WRN увеличивает процессивность Polδ независимым от PCNA образом. [ 100 ] Посредством этих взаимодействий WRN напрямую влияет на репликацию-восстановление ДНК и способствует синтезу, опосредованному Polδ.
Точный обход повреждения ДНК может происходить за счет механизма, связанного с рекомбинацией, включающего переключение матрицы, в котором используется синтез ДНК, зависимый от полимеразы δ. [ 101 ]
Клиническое значение
[ редактировать ]Рак
[ редактировать ]Было показано, что белки репарации ДНК играют важную роль при заболеваниях человека, включая рак. Например, зародышевые мутации в белках репарации ДНК, участвующих в MMR (MSH2, MLH1, MSH6 и PMS2), описаны при синдроме Линча (LS), который характеризуется наличием микросателлитной нестабильности (MSI). [ 102 ] Совсем недавно сообщалось о мутациях зародышевой линии в экзонуклеазных доменах POLD1 и POLE , каталитической субъединице Polε. Эти мутации связаны с олигоаденоматозным полипозом, ранним колоректальным раком (КРР), раком эндометрия (ЭМК), раком молочной железы и опухолями головного мозга .( [ 103 ] [ 104 ] [ 105 ] [ 106 ] [ 107 ] рассмотрено в [ 8 ] ) Большинство зарегистрированных мутаций POLD1, связанных с раком, присутствуют в экзонуклеазном домене. [ 8 ] [ 103 ] [ 104 ] [ 108 ] [ 109 ] [ 110 ] В отличие от LS, опухоли с мутацией POLD1 микросателлитно стабильны. Некоторые данные позволяют предположить, что опухоли POLD1 связаны с мутациями в генах, включая APC и KRAS . [ 103 ] - мутация POLD1 Миссенс p. S478N в экзонуклеазном домене признан повреждающим и патогенным. [ 103 ] Клинически идентифицированы другие варианты POLD1 , которые, по прогнозам, будут повреждающими и в настоящее время находятся на стадии дальнейшего исследования (например, стр. D316H, стр. D316G, стр. R409W, стр. L474P и стр. P327L). [ 104 ] [ 105 ] [ 106 ]
У педиатрических пациентов двойные мутации в POLD1 или POLE и дефицит репарации биаллельных несоответствий (bMMRD) приводят к ультрагипермутированным опухолевым фенотипам. [ 111 ] [ 112 ] [ 113 ] Такие фенотипы, как ультрагипермутация в опухолях, могут указывать на лучший ответ на новые разрабатываемые методы лечения рака, хотя это требует прямой оценки POLD1 . [ 114 ] [ 115 ] [ 116 ] [ 117 ] [ 118 ] [ 119 ] Буффе и др. сообщают о двух братьях и сестрах с мультиформной bMMRD- глиобластомой , которые имеют соматические мутации в POLE (P436H у одного, S461P у другого) и показали стойкий ответ на клиническое исследование ингибитора антипрограммируемой -1 смерти ниволумаба . Мутации POLD1 были изучены в клеточных линиях. [ 120 ] [ 121 ] [ 122 ] [ 123 ] и модели мышей. Например, гомозиготная мутация Polδ у мышей, которая нарушает ферментативную функцию, приводит к значительному увеличению заболеваемости раком. [ 124 ]
МДПЛ
[ редактировать ]Повреждающие мутации в POLD1 также наблюдались у пациентов с синдромом, известным как гипоплазия нижней челюсти, глухота и прогероидные признаки с синдромом липодистрофии (MDPL/MDP) (№615381 в базе данных Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)). [ 61 ] [ 125 ] [ 126 ] Это очень редкий синдром, и сообщалось о небольшом количестве исследований, описывающих мутации. Наблюдаемые мутации происходят в областях, которые затрагивают экзонуклеазный домен и полимеразные домены. [ 61 ] [ 125 ] пять несвязанных случаев de novo Описано с одним и тем же гетерозиготным вариантом c.1812_1814delCTC p.Ser605del (rs398122386). S605 находится в высококонсервативном мотиве А активного центра полимеразы. Этот вариант не ингибирует активность связывания ДНК, но влияет на катализ. О другом варианте сообщалось у отдельного пациента (p.R507C). [ 125 ] Этот вариант расположен в высококонсервативном домене ExoIII и еще полностью не охарактеризован.
Варианты POLD1 Ser605del и R507C также были идентифицированы у подгруппы пациентов с атипичным синдромом Вернера (AWS). После молекулярного тестирования эти пациенты были реклассифицированы как пациенты MDPL/MDP. MDPL/MDP, AWS и синдром Вернера сопровождаются прогерией . [ 127 ] Первый пример передачи по зародышевой линии наблюдался у матери и сына с мутацией Ser605del. [ 128 ] Недавно два независимых исследования выявили пациентов с одним и тем же гомозиготным вариантом сплайсинга в POLE1 , каталитической субъединице Polε. У одного был фенотип лицевого дисморфизма , иммунодефицита , ливедо и низкого роста (также известный как синдром FILS). [ 129 ] У второго были более серьезные симптомы. [ 130 ] Эти случаи присоединяются к растущему числу дефектов развития, связанных с наследственными мутациями, направленными на функцию генов полимеразы.
возрастное снижение уровня POLD1 . Наблюдалось [ 64 ] хотя никакого клинического значения с этим фенотипом пока не связано. Также проводятся исследования, чтобы понять, существует ли связь между этими патологиями или этими мутациями и предрасположенностью к раку. Предлагаемые в настоящее время механизмы, благодаря которым дефекты POLD1 являются патогенными, сосредоточены на идее дефектов репликации, приводящих к геномной нестабильности и активации контрольных точек, что в конечном итоге приводит к гибели клеток или клеточному старению. Альтернативно, Polδ связан с ламинами и ядерной оболочкой во время ареста G1/S или ранней S-фазы; мутации в ламинах вызывают липодистрофии, связанные с ядерной оболочкой , с фенотипами, сходными с MDPL/MDP и синдромом Вернера. [ 131 ]
Оценка риска развития рака и коммерческое тестирование
[ редактировать ]Наследственный колоректальный рак (КРР), связанный с мутациями в корректирующей способности POLD1 и POLE , иногда называют « полипозом, связанным с полимеразной корректурой » (PPAP) (хотя по крайней мере одно исследование выявило мутации POLD1, связанные с неполипозным КРР). [ 103 ] [ 104 ] [ 106 ] [ 108 ] [ 109 ] Мутации POLD1 также связаны с повышенной предрасположенностью к раку эндометрия . [ 103 ] [ 106 ] [ 107 ] Недавнее исследование предложило рекомендации по генетическому тестированию на мутации POLD1 , которые включают: 1) появление 20-100 аденом и 2) семейный анамнез, соответствующий Амстердамским критериям II для колоректального рака и рака эндометрия. [ 105 ] Текущие рекомендации по клиническому тестированию для семей с мутациями POLD1/POLE включают колоноскопию (каждые 1–2 года), гастродуоденоскопию (каждые 3 года), начиная с раннего возраста (20–25 лет), возможность выявления опухолей головного мозга и скрининг рака эндометрия (начиная с 40 лет для женщин). перевозчики). [ 105 ] В настоящее время проводятся исследования для определения точного риска рака от конкретных мутаций POLD1 . Современные данные позволяют предположить, что мутации в этом гене обладают высокой проникающей способностью . Другое недавнее исследование показало, что мутации, влияющие на мутации Polδ и Polε, могут возникать одновременно с мутациями MMR. [ 112 ] Это предполагает, что панельное генное тестирование должно включать гены MMR и Pol даже у пациентов с MSI.
Существует несколько вариантов коммерческого диагностического тестирования мутаций POLD1. [ 132 ] Генетическое тестирование обычно включает экзоны, кодирующие POLD1 (26), и по меньшей мере 20 оснований в соседних некодирующих областях. Для семей с известными мутациями также доступно тестирование в одном месте для подтверждения наличия мутации. [ 132 ] Доступность этих генетических тестов открыла новые возможности для выявления рака, ранее классифицировавшегося как генетически неопределенный колоректальный рак или колоректальный рак типа «X». [ 107 ] Также были разработаны ресурсы для клинических испытаний MDPL/MDP. [ 133 ]
Примечания
[ редактировать ]
Версия этой статьи 2016 года была обновлена внешним экспертом в рамках модели двойной публикации. Соответствующая академическая рецензируемая статья была опубликована в журнале Gene и может цитироваться как: Эммануэль Николя, Эрика А. Големис , Сандживани Арора (16 июня 2016 г.). «POLD1: Центральный медиатор репликации и восстановления ДНК, его влияние на рак и другие патологии» . Джин . Серия обзоров Gene Wiki. 590 (1): 128–141. дои : 10.1016/J.GENE.2016.06.031 . ISSN 0378-1119 . ПМЦ 4969162 . ПМИД 27320729 . Викиданные Q38870074 . |
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000062822 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000038644 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «ЮниПрот» . www.uniprot.org . Проверено 22 февраля 2024 г.
- ^ Jump up to: а б Чунг Д.В., Чжан Дж.А., Тан С.К. и др. (декабрь 1991 г.). «Первичная структура каталитической субъединицы ДНК-полимеразы человека дельта и хромосомное расположение гена» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 88 (24): 11197–201. Бибкод : 1991PNAS...8811197C . дои : 10.1073/pnas.88.24.11197 . ПМК 53101 . ПМИД 1722322 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж Приндл М.Дж., Леб Л.А. (декабрь 2012 г.). «ДНК-полимераза дельта в репликации ДНК и поддержании генома» . Экологический и молекулярный мутагенез . 53 (9): 666–82. Бибкод : 2012EnvMM..53..666P . дои : 10.1002/em.21745 . ПМЦ 3694620 . ПМИД 23065663 .
- ^ Jump up to: а б с д Рейнер Э., Ван Гул И.С., Паллес С. и др. (январь 2016 г.). «Набор ошибок: мутации домена корректуры полимеразы при раке» . Обзоры природы. Рак . 16 (2): 71–81. дои : 10.1038/nrc.2015.12 . ПМИД 26822575 . S2CID 9359891 .
- ^ Корнберг А., Корнберг С.Р., Симмс Э.С. (апрель 1956 г.). «Синтез метафосфата ферментом кишечной палочки» Акта по биохимии и биофизике . 20 (1): 215–27. дои : 10.1016/0006-3002(56) 90280-3 ПМИД 13315368 .
- ^ Фридберг ЕС (февраль 2006 г.). «Фермент Эврика: открытие ДНК-полимеразы». Nature Reviews Молекулярно-клеточная биология . 7 (2): 143–7. дои : 10.1038/nrm1787 . ПМИД 16493419 . S2CID 39605644 .
- ^ Бирнс Дж.Дж., Дауни К.М., Блэк В.Л. и др. (июнь 1976 г.). «Новая ДНК-полимераза млекопитающих с экзонуклеазной активностью от 3' до 5': ДНК-полимераза дельта». Биохимия . 15 (13): 2817–23. дои : 10.1021/bi00658a018 . ПМИД 949478 . S2CID 21386444 .
- ^ «Ферментативный синтез дезоксирибонуклеиновой кислоты. XXXVI. Функция корректировки 3 5'-экзонуклеазной активности в полимеразе дезоксирибонуклеиновой кислоты» . Исследовательские ворота . Проверено 25 апреля 2016 г.
- ^ Реха-Кранц ЖЖ (май 2010 г.). «Коррекция ДНК-полимеразы: несколько ролей поддерживают стабильность генома». Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Белки и протеомика . 1804 (5): 1049–63. дои : 10.1016/j.bbapap.2009.06.012 . ПМИД 19545649 .
- ^ Ли М.И., Цзян Ю.К., Чжан С.Дж. и др. (февраль 1991 г.). «Характеристика ДНК-полимеразы дельта человека и ее иммунохимических связей с ДНК-полимеразой альфа и эпсилон» . Журнал биологической химии . 266 (4): 2423–9. дои : 10.1016/S0021-9258(18)52261-4 . ПМИД 1703528 .
- ^ Ян К.Л., Чанг Л.С., Чжан П. и др. (февраль 1992 г.). «Молекулярное клонирование кДНК каталитической субъединицы человеческой ДНК-полимеразы дельта» . Исследования нуклеиновых кислот . 20 (4): 735–45. дои : 10.1093/нар/20.4.735 . ПМК 312012 . ПМИД 1542570 .
- ^ Куллманн Г., Хиндджес Р., Бертольд М.В. и др. (декабрь 1993 г.). «Клонирование мышиной кДНК, кодирующей ДНК-полимеразу дельта: уточнение боксов гомологии». Джин . 134 (2): 191–200. дои : 10.1016/0378-1119(93)90093-i . ПМИД 8262377 .
- ^ Ли М.Ю., Тан С.К., Со А.Г. и др. (май 1980 г.). «Очистка дельта-полимеразы дезоксирибонуклеиновой кислоты из тимуса теленка: частичная характеристика физических свойств». Биохимия . 19 (10): 2096–101. дои : 10.1021/bi00551a015 . ПМИД 7378348 .
- ^ Ли М.Ю., Тан С.К., Дауни К.М. и др. (апрель 1984 г.). «Дальнейшие исследования ДНК-полимеразы тимуса теленка дельта, очищенной до гомогенности с помощью новой процедуры». Биохимия . 23 (9): 1906–13. дои : 10.1021/bi00304a003 . ПМИД 6426510 .
- ^ Крут Джей-Джей, Валь А.Ф., Бамбара Р.А. (январь 1986 г.). «Очистка и характеристика двух новых высокомолекулярных форм ДНК-полимеразы дельта». Биохимия . 25 (1): 26–36. дои : 10.1021/bi00349a005 . ПМИД 3954990 .
- ^ Валь А.Ф., Крут Дж.Дж., Сабатино Р.Д. и др. (декабрь 1986 г.). «Свойства двух форм ДНК-полимеразы дельта из тимуса теленка». Биохимия . 25 (24): 7821–7. дои : 10.1021/bi00372a006 . ПМИД 3099836 .
- ^ Ли М.Ю., Туми Н.Л. (февраль 1987 г.). «Дельта-полимераза плацентарной ДНК человека: идентификация полипептида массой 170 килодальтон путем окрашивания активности и иммуноблоттинга». Биохимия . 26 (4): 1076–85. дои : 10.1021/bi00378a014 . ПМИД 2436659 .
- ^ Дреслер С.Л., Кимбро К.С. (май 1987 г.). «2',3'-Дидезокситимидин-5'-трифосфат ингибирует репликацию ДНК и индуцированный ультрафиолетом синтез репарации ДНК в клетках человека: доказательства участия ДНК-полимеразы дельта». Биохимия . 26 (10): 2664–8. дои : 10.1021/bi00384a002 . ПМИД 3606985 .
- ^ Нисида С., Рейнхард П., Линн С. (январь 1988 г.). «Синтез репарации ДНК в фибробластах человека требует ДНК-полимеразы дельта» . Журнал биологической химии . 263 (1): 501–10. дои : 10.1016/S0021-9258(19)57421-X . ПМИД 3335506 .
- ^ «База данных HGNC названий генов человека | Комитет по генной номенклатуре HUGO» . www.gennamemes.org . Проверено 25 апреля 2016 г.
- ^ Jump up to: а б Чунг Д.В., Чжан Дж.А., Тан С.К. и др. (декабрь 1991 г.). «Первичная структура каталитической субъединицы ДНК-полимеразы человека дельта и хромосомное расположение гена» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 88 (24): 11197–201. Бибкод : 1991PNAS...8811197C . дои : 10.1073/pnas.88.24.11197 . ПМК 53101 . ПМИД 1722322 .
- ^ Кемпер Р.Р., Ан Э.Р., Чжан П. и др. (сентябрь 1992 г.). «Ген ДНК-полимеразы дельта человека картируется в области 19q13.3-q13.4 путем гибридизации in situ» . Геномика . 14 (1): 205–6. дои : 10.1016/s0888-7543(05)80311-8 . ПМИД 1427831 .
- ^ Jump up to: а б «Полимераза POLD1 (ДНК) дельта 1, каталитическая субъединица [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 25 апреля 2016 г.
- ^ Голдсби Р.Э., Сингх М., Престон Б.Д. (январь 1998 г.). «Дельта-ген мышиной ДНК-полимеразы (Pold1) картируется на хромосоме 7». Геном млекопитающих . 9 (1): 92–3. дои : 10.1007/s003359900693 . ПМИД 9434960 . S2CID 42967770 .
- ^ Мьелле Р., Хегре С.А., Аас П.А. и др. (июнь 2015 г.). «Регуляция клеточного цикла генов репарации ДНК и ремоделирования хроматина человека» . Восстановление ДНК . 30 : 53–67. дои : 10.1016/j.dnarep.2015.03.007 . ПМИД 25881042 .
- ^ Jump up to: а б с Ли Б, Ли М.И. (август 2001 г.). «Регуляция транскрипции гена каталитической субъединицы дельта-субъединицы ДНК-полимеразы человека POLD1 с помощью опухолевого супрессора p53 и Sp1» . Журнал биологической химии . 276 (32): 29729–39. дои : 10.1074/jbc.M101167200 . ПМИД 11375983 .
- ^ Jump up to: а б Чжао Л., Чанг Л.С. (февраль 1997 г.). «Ген POLD1 человека. Идентификация вышележащей последовательности активатора, активация с помощью Sp1 и Sp3 и регуляция клеточного цикла» . Журнал биологической химии . 272 (8): 4869–82. дои : 10.1074/jbc.272.8.4869 . ПМИД 9030545 .
- ^ Мюллер Г.А., Винче А., Стангнер К. и др. (01.01.2014). «Сайт CHR: определение и полногеномная идентификация транскрипционного элемента клеточного цикла» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (16): 10331–50. дои : 10.1093/nar/gku696 . ПМЦ 4176359 . ПМИД 25106871 .
- ^ Сун Н, Чжу X, Ши Л и др. (июнь 2009 г.). «Идентификация и функциональный анализ элемента CDE/CHR в промоторе POLD1». Наука в Китае. Серия C: Науки о жизни . 52 (6): 551–9. дои : 10.1007/s11427-009-0077-5 . ПМИД 19557333 . S2CID 19278457 .
- ^ Фишер М., Куаас М., Штайнер Л. и др. (январь 2016 г.). «Путь p53-p21-DREAM-CDE/CHR регулирует гены клеточного цикла G2/M» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (1): 164–74. дои : 10.1093/nar/gkv927 . ПМК 4705690 . ПМИД 26384566 .
- ^ Jump up to: а б Чохор-младший, Сулковски П., Глейзер П.М. (апрель 2016 г.). «Сверхэкспрессия миР-155 способствует геномной нестабильности за счет снижения экспрессии высокоточной дельта-полимеразы и активации подверженного ошибкам восстановления DSB» . Молекулярные исследования рака . 14 (4): 363–73. дои : 10.1158/1541-7786.MCR-15-0399 . ПМК 5021065 . ПМИД 26850462 .
- ^ Чен X, Цзи З, Уэббер А и др. (февраль 2016 г.). «Исследования связывания по всему геному выявляют механизмы специфичности связывания ДНК и функциональное взаимодействие между факторами транскрипции Forkhead» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (4): 1566–78. дои : 10.1093/nar/gkv1120 . ПМК 4770209 . ПМИД 26578569 .
- ^ Jump up to: а б Лухан С.А., Уильямс Дж.С., Кункель Т.А. (01 февраля 2016 г.). «Нестабильность генома эукариот в свете асимметричной репликации ДНК» . Критические обзоры по биохимии и молекулярной биологии . 51 (1): 43–52. дои : 10.3109/10409238.2015.1117055 . ПМЦ 4922258 . ПМИД 26822554 .
- ^ Дубли С., Зан К.Е. (01 января 2014 г.). «Структурные данные о репликации ДНК эукариот» . Границы микробиологии . 5 : 444. дои : 10.3389/fmicb.2014.00444 . ПМК 4142720 . ПМИД 25202305 .
- ^ «NCBI CDD Консервативный белковый домен DNA_polB_delta_exo» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 25 апреля 2016 г.
- ^ Браун Дж.А., Суо З. (февраль 2011 г.). «Открытие сахарных «стерических ворот» ДНК-полимераз» . Биохимия . 50 (7): 1135–42. дои : 10.1021/bi101915z . ПМК 3040255 . ПМИД 21226515 .
- ^ Кручер Н.А., Зигмунт А., Мазлум Н. и др. (ноябрь 2000 г.). «Взаимодействие белка ретинобластомы (pRb) с каталитической субъединицей ДНК-полимеразы дельта (p125)» . Онкоген . 19 (48): 5464–70. дои : 10.1038/sj.onc.1203930 . ПМИД 11114723 .
- ^ Хогг М., Аллер П., Кенигсберг В. и др. (январь 2007 г.). «Структурное и биохимическое исследование роли в корректуре петли бета-шпильки, обнаруженной в экзонуклеазном домене репликативной ДНК-полимеразы семейства B» . Журнал биологической химии . 282 (2): 1432–44. дои : 10.1074/jbc.M605675200 . ПМИД 17098747 .
- ^ Лам Ю.В., Тринкл-Малкахи Л. (1 января 2015 г.). «Новое понимание структуры и функции ядрышка» . Отчеты F1000Prime . 7:48 . дои : 10.12703/P7-48 . ПМЦ 4447046 . ПМИД 26097721 .
- ^ Мехаил К., Риверо-Лопес Л., Аль-Масри А. и др. (октябрь 2007 г.). «Идентификация общего сигнала субъядерной локализации» . Молекулярная биология клетки . 18 (10): 3966–77. doi : 10.1091/mbc.E07-03-0295 . ЧВК 1995723 . ПМИД 17652456 .
- ^ Jump up to: а б Аудас Т.Э., Джейкоб, доктор медицинских наук, Ли С. (январь 2012 г.). «Иммобилизация белков в ядрышке рибосомальным межгенным спейсером, некодирующим РНК» . Молекулярная клетка . 45 (2): 147–57. doi : 10.1016/j.molcel.2011.12.012 . ПМИД 22284675 .
- ^ Netz DJ, Stith CM, Stümpfig M и др. (январь 2012 г.). «Эукариотическим ДНК-полимеразам необходим железо-серный кластер для образования активных комплексов» . Химическая биология природы . 8 (1): 125–32. дои : 10.1038/nchembio.721 . ПМЦ 3241888 . ПМИД 22119860 .
- ^ Пол В.Д., Лилль Р. (июнь 2015 г.). «Биогенез цитозольных и ядерных железо-серных белков и их роль в стабильности генома» . Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Исследования молекулярных клеток . 1853 (6): 1528–39. дои : 10.1016/j.bbamcr.2014.12.018 . ПМИД 25583461 .
- ^ Гари К., Леон Ортис А.М., Борель В. и др. (июль 2012 г.). «MMS19 связывает сборку цитоплазматического кластера железа и серы с метаболизмом ДНК» . Наука . 337 (6091): 243–5. Бибкод : 2012Sci...337..243G . дои : 10.1126/science.1219664 . ПМИД 22678361 . S2CID 26605576 .
- ^ Стелинг О., Вашишт А.А., Маскаренхас Дж. и др. (июль 2012 г.). «MMS19 собирает железо-серные белки, необходимые для метаболизма ДНК и целостности генома» . Наука . 337 (6091): 195–9. Бибкод : 2012Sci...337..195S . дои : 10.1126/science.1219723 . ПМК 3420340 . ПМИД 22678362 .
- ^ Хансен М.Ф., Йохансен Дж., Бьёрневолл И. и др. (сентябрь 2015 г.). «Новая ПОЛЮСНАЯ мутация, связанная с раком толстой кишки, поджелудочной железы, яичников и тонкой кишки» . Семейный рак . 14 (3): 437–48. дои : 10.1007/s10689-015-9803-2 . ПМЦ 4559173 . ПМИД 25860647 .
- ^ Цзо Ю, депутат парламента Германии (март 2001 г.). «Суперсемейства экзорибонуклеаз: структурный анализ и филогенетическое распределение» . Исследования нуклеиновых кислот . 29 (5): 1017–26. дои : 10.1093/нар/29.5.1017 . ПМК 56904 . ПМИД 11222749 .
- ^ Саймон М., Джот Л., Фэй Дж. (август 1991 г.). «Для точной репликации необходима 3'-5'-экзонуклеазная активность, локализованная в дельта-субъединице ДНК-полимеразы Saccharomyces cerevisiae» . Журнал ЭМБО . 10 (8): 2165–70. дои : 10.1002/j.1460-2075.1991.tb07751.x . ПМК 452904 . ПМИД 1648480 .
- ^ Макарова К.С., Крупович М., Кунин Е.В. (01.01.2014). «Эволюция репликативных ДНК-полимераз у архей и их вклад в механизм репликации эукариот» . Границы микробиологии . 5 : 354. дои : 10.3389/fmicb.2014.00354 . ПМК 4104785 . ПМИД 25101062 .
- ^ Се Б., Мазлум Н., Лю Л. и др. (ноябрь 2002 г.). «Восстановление и характеристика четырехсубъединичного голофермента дельта-полимеразы человеческой ДНК». Биохимия . 41 (44): 13133–42. дои : 10.1021/bi0262707 . ПМИД 12403614 .
- ^ Лаборатория МТ. «База данных белковых, химических и генетических взаимодействий | BioGRID» . thebiogrid.org . Проверено 25 апреля 2016 г.
- ^ «Белок POLD1 (Homo sapiens) — вид сети STRING» . string-db.org . Проверено 25 апреля 2016 г.
- ^ «База данных о метаболизме раковых клеток ~~ Лаборатория биоинформатики и системной медицины ~~» . bioinfo.mc.vanderbilt.edu . Архивировано из оригинала 26 апреля 2016 г. Проверено 25 апреля 2016 г.
- ^ «STRING: сети функциональных белковых ассоциаций» . string-db.org . Проверено 25 апреля 2016 г.
- ^ Оно К. «Cytoscape: платформа с открытым исходным кодом для комплексного сетевого анализа и визуализации» . www.cytoscape.org . Проверено 25 апреля 2016 г.
- ^ «Белок POLD1 (Homo sapiens) — вид сети STRING» . string-db.org . Проверено 25 апреля 2016 г.
- ^ Jump up to: а б с Уидон М.Н., Эллард С., Приндл М.Дж. и др. (август 2013 г.). «Делекция в рамке считывания в активном сайте полимеразы POLD1 вызывает мультисистемное заболевание с липодистрофией» . Природная генетика . 45 (8): 947–50. дои : 10.1038/ng.2670 . ПМЦ 3785143 . ПМИД 23770608 .
- ^ «Лист Генатласа» . genatlas.medecine.univ-paris5.fr . Проверено 25 апреля 2016 г.
- ^ Такахаши Ю., Мориваки С., Сугияма Ю. и др. (февраль 2005 г.). «Снижение экспрессии генов, ответственных за синтез постультрафиолетовой репарации ДНК при старении: возможный механизм возрастного снижения способности к репарации ДНК» . Журнал исследовательской дерматологии . 124 (2): 435–42. дои : 10.1111/j.0022-202X.2004.23591.x . HDL : 10271/313 . ПМИД 15675965 .
- ^ Jump up to: а б Ван Дж.Л., Го Х.Л., Ван ПК и др. (декабрь 2012 г.). «Возрастное снижение активности ДНК-полимеразы δ1 в лимфоцитах человека». Молекулярная и клеточная биохимия . 371 (1–2): 157–63. дои : 10.1007/s11010-012-1432-6 . ПМИД 22915169 . S2CID 15443915 .
- ^ Карханис В., Ван Л., Тэ С. и др. (август 2012 г.). «Белок аргининметилтрансфераза 7 регулирует клеточный ответ на повреждение ДНК путем метилирования гистонов промотора H2A и H4 гена каталитической субъединицы полимеразы δ, POLD1» . Журнал биологической химии . 287 (35): 29801–14. дои : 10.1074/jbc.M112.378281 . ПМЦ 3436169 . ПМИД 22761421 .
- ^ Цуй М., Ю Л., Рен Х и др. (февраль 2016 г.). «Длинная некодирующая РНК PVT1 и рак». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 471 (1): 10–4. дои : 10.1016/j.bbrc.2015.12.101 . ПМИД 26850852 .
- ^ Ли Х., Се Б., Чжоу Ю. и др. (май 2006 г.). «Функциональная роль р12, четвертой субъединицы ДНК-полимеразы дельта человека» . Журнал биологической химии . 281 (21): 14748–55. дои : 10.1074/jbc.M600322200 . ПМИД 16510448 .
- ^ Подуст В.Н., Чанг Л.С., Отт Р. и др. (февраль 2002 г.). «Восстановление ДНК-полимеразы дельта человека с использованием рекомбинантных бакуловирусов: субъединица p12 усиливает ДНК-полимеризующую активность четырехсубъединичного фермента» . Журнал биологической химии . 277 (6): 3894–901. дои : 10.1074/jbc.M109684200 . ПМИД 11711545 .
- ^ Чжан С., Чжоу Ю., Труса С. и др. (май 2007 г.). «Новый ответ на повреждение ДНК: быстрая деградация субъединицы p12 ДНК-полимеразы дельта» . Журнал биологической химии . 282 (21): 15330–40. дои : 10.1074/jbc.M610356200 . ПМИД 17317665 .
- ^ Ли М.И., Чжан С., Линь Ш. и др. (01.01.2014). «Хвост, который виляет собакой: p12, наименьшая субъединица ДНК-полимеразы δ, разрушается убиквитинлигазами в ответ на повреждение ДНК и во время развития клеточного цикла» . Клеточный цикл . 13 (1): 23–31. дои : 10.4161/cc.27407 . ПМЦ 3925730 . ПМИД 24300032 .
- ^ Чжан С., Чжао Х., Дарзинкевич З. и др. (октябрь 2013 г.). «Новая функция CRL4(Cdt2): регуляция структуры субъединиц ДНК-полимеразы δ в ответ на повреждение ДНК и во время S-фазы» . Журнал биологической химии . 288 (41): 29550–61. дои : 10.1074/jbc.M113.490466 . ПМЦ 3795253 . ПМИД 23913683 .
- ^ Фань Х, Чжан Ц, Ю С и др. (01.01.2014). «Протеолиз дельта-наименьшей субъединицы p12 человеческой ДНК-полимеразы с помощью μ-кальпаина в апоптотических клетках HeLa, запускаемых кальцием» . ПЛОС ОДИН . 9 (4): е93642. Бибкод : 2014PLoSO...993642F . дои : 10.1371/journal.pone.0093642 . ПМЦ 3972206 . ПМИД 24691096 .
- ^ Чжан Ц, Чжан Ц, Чен Х и др. (февраль 2016 г.). «Множественные формы сборки дельта-полимеразы ДНК человека в транзакциях клеточной ДНК». Современная наука о белках и пептидах . 17 (8): 746–755. дои : 10.2174/1389203717666160226145006 . ПМИД 26916162 .
- ^ Jump up to: а б Секели А.М., Чен Ю.Х., Чжан С. и др. (октябрь 2000 г.). «Белок Вернера рекрутирует дельта-полимеразу ДНК в ядрышко» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (21): 11365–70. Бибкод : 2000PNAS...9711365S . дои : 10.1073/pnas.97.21.11365 . ПМК 17206 . ПМИД 11027336 .
- ^ Jump up to: а б Кармакар П., Бор В.А. (ноябрь 2005 г.). «Клеточная динамика и модуляция белка WRN специфичны для повреждения ДНК» . Механизмы старения и развития . 126 (11): 1146–58. дои : 10.1016/j.mad.2005.06.004 . ПМИД 16087220 . S2CID 6128022 .
- ^ Ли С.Ю., Ли Х., Ким Э.С. и др. (апрель 2015 г.). «Транслокация WRN из ядрышка в нуклеоплазму регулируется SIRT1 и необходима для репарации ДНК и развития химиорезистентности». Мутационные исследования . 774 : 40–8. дои : 10.1016/j.mrfmmm.2015.03.001 . ПМИД 25801465 .
- ^ Ван X, Чжан С., Чжэн Р. и др. (февраль 2016 г.). «PDIP46 (белок 46, взаимодействующий с ДНК-полимеразой δ) является фактором активации ДНК-полимеразы δ человека» . Онкотаргет . 7 (5): 6294–313. дои : 10.18632/oncotarget.7034 . ПМЦ 4868757 . ПМИД 26819372 .
- ^ Бойер А.С., Вальтер Д., Соренсен К.С. (январь 2016 г.). «Репликация ДНК и рак: от дисфункциональной деятельности по происхождению репликации к терапевтическим возможностям». Семинары по биологии рака . 37–38: 16–25. doi : 10.1016/j.semcancer.2016.01.001 . ПМИД 26805514 .
- ^ Синсеннес М.К., Гумберт М., Грондин Б. и др. (февраль 2016 г.). «Онкоген LMO2 регулирует репликацию ДНК в кроветворных клетках» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 113 (5): 1393–8. Бибкод : 2016PNAS..113.1393S . дои : 10.1073/pnas.1515071113 . ПМЦ 4747768 . ПМИД 26764384 .
- ^ Ник МакЭлхинни С.А., Горденин Д.А., Стит К.М. и др. (апрель 2008 г.). «Разделение труда в репликационной вилке эукариот» . Молекулярная клетка . 30 (2): 137–44. doi : 10.1016/j.molcel.2008.02.022 . ПМЦ 2654179 . ПМИД 18439893 .
- ^ Jump up to: а б Джонсон Р.Э., Классен Р., Пракаш Л. и др. (июль 2015 г.). «Основная роль ДНК-полимеразы δ в репликации как ведущих, так и отстающих цепей ДНК» . Молекулярная клетка . 59 (2): 163–75. doi : 10.1016/j.molcel.2015.05.038 . ПМЦ 4517859 . ПМИД 26145172 .
- ^ Дайгаку Ю., Кестхейи А., Мюллер К.А. и др. (март 2015 г.). «Глобальный профиль использования репликативной полимеразы» . Структурная и молекулярная биология природы . 22 (3): 192–8. дои : 10.1038/nsmb.2962 . ПМЦ 4789492 . ПМИД 25664722 .
- ^ Павлов Ю.И., Щербакова П.В. (март 2010 г.). «ДНК-полимеразы на эукариотическом развилке – 20 лет спустя» . Мутационные исследования . 685 (1–2): 45–53. дои : 10.1016/j.mrfmmm.2009.08.002 . ПМЦ 2822129 . ПМИД 19682465 .
- ^ Стиллман Б. (июль 2015 г.). «Пересмотр ДНК-полимеразы в репликационной вилке у эукариот» . Молекулярная клетка . 59 (2): 139–41. doi : 10.1016/j.molcel.2015.07.004 . ПМЦ 4636199 . ПМИД 26186286 .
- ^ Бургерс П.М., Горденин Д., Кункель Т.А. (февраль 2016 г.). «Кто возглавляет репликационную вилку: Pol ε или Pol δ?» . Молекулярная клетка . 61 (4): 492–3. doi : 10.1016/j.molcel.2016.01.017 . ПМЦ 4838066 . ПМИД 26895421 .
- ^ Корона Д.А., Лекомпт К.Г., Перселл З.Ф. (март 2011 г.). «Высокая точность и уникальная сигнатура ошибок человеческой ДНК-полимеразы эпсилон» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (5): 1763–73. дои : 10.1093/нар/gkq1034 . ПМК 3061053 . ПМИД 21036870 .
- ^ Сконечная А, Каньяк А, Сконечный М (ноябрь 2015 г.). «Генетическая нестабильность источников и механизмов почкования и деления дрожжей» . Обзоры микробиологии FEMS . 39 (6): 917–67. дои : 10.1093/femsre/fuv028 . ПМК 4608483 . ПМИД 26109598 .
- ^ Хупс Дж.И., Кортес Л.М., Мерц Т.М. и др. (февраль 2016 г.). «APOBEC3A и APOBEC3B преимущественно дезаминируют шаблон отстающей цепи во время репликации ДНК» . Отчеты по ячейкам . 14 (6): 1273–82. дои : 10.1016/j.celrep.2016.01.021 . ПМЦ 4758883 . ПМИД 26832400 .
- ^ Рейнс М.А., Кемп Х., Дин Дж. и др. (февраль 2015 г.). «Репликация отстающей цепи формирует мутационный ландшафт генома» . Природа . 518 (7540): 502–6. Бибкод : 2015Natur.518..502R . дои : 10.1038/nature14183 . ПМЦ 4374164 . ПМИД 25624100 .
- ^ Флуд К.Л., Родригес Г.П., Бао Г. и др. (март 2015 г.). «Репликативная ДНК-полимераза δ, но не ε, корректирует ошибки в цис и транс» . ПЛОС Генетика . 11 (3): e1005049. дои : 10.1371/journal.pgen.1005049 . ПМК 4351087 . ПМИД 25742645 .
- ^ Герр А.Дж., Кеннеди С.Р., Ноулс ГМ и др. (март 2014 г.). «Вымирание диплоидных дрожжей, вызванное ошибкой репликации ДНК» . Генетика . 196 (3): 677–91. дои : 10.1534/genetics.113.160960 . ПМЦ 3948800 . ПМИД 24388879 .
- ^ Моррисон А., Джонсон А.Л., Джонстон Л.Х. и др. (апрель 1993 г.). «Путь исправления ошибок репликации ДНК у Saccharomyces cerevisiae» . Журнал ЭМБО . 12 (4): 1467–73. дои : 10.1002/j.1460-2075.1993.tb05790.x . ПМК 413358 . ПМИД 8385605 .
- ^ Ли Л., Мерфи К.М., Каневец У. и др. (июнь 2005 г.). «Чувствительность к фосфоноуксусной кислоте: новый фенотип для исследования ДНК-полимеразы дельта у Saccharomyces cerevisiae» . Генетика . 170 (2): 569–80. дои : 10.1534/genetics.104.040295 . ПМК 1450396 . ПМИД 15802517 .
- ^ Мэн X, Чжоу Ю, Чжан С и др. (февраль 2009 г.). «Повреждение ДНК изменяет дельта-полимеразу ДНК в форму, которая демонстрирует повышенную распознаваемость модифицированных оснований матрицы и несовпадающих праймеров» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (2): 647–57. дои : 10.1093/нар/gkn1000 . ПМК 2632934 . ПМИД 19074196 .
- ^ Барановский А.Г., Лада А.Г., Зиблер Х.М. и др. (май 2012 г.). «ДНК-полимераза δ и ζ переключаются путем совместного использования дополнительных субъединиц ДНК-полимеразы δ» . Журнал биологической химии . 287 (21): 17281–7. дои : 10.1074/jbc.M112.351122 . ПМК 3366816 . ПМИД 22465957 .
- ^ Маркканен Э., Кастрек Б., Виллани Г. и др. (декабрь 2012 г.). «Переключение между ДНК-полимеразами δ и λ способствует безошибочному обходу повреждений, вызванных 8-оксо-G» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 109 (50): 20401–6. Бибкод : 2012PNAS..10920401M . дои : 10.1073/pnas.1211532109 . ПМЦ 3528542 . ПМИД 23175785 .
- ^ Сонг Дж., Хун П., Лю С. и др. (01.01.2015). «Человеческий POLD1 модулирует развитие клеточного цикла и восстановление повреждений ДНК» . БМК Биохимия . 16:14 . дои : 10.1186/s12858-015-0044-7 . ПМК 4471906 . ПМИД 26087769 .
- ^ Хок С., Го Ю, Джоб А и др. (февраль 2016 г.). «Синтетический летальный скрининг идентифицирует ингибирование ATR как новый терапевтический подход к раку с дефицитом POLD1» . Онкотаргет . 7 (6): 7080–95. дои : 10.18632/oncotarget.6857 . ПМЦ 4872770 . ПМИД 26755646 .
- ^ Миябе И., Мизуно К., Кестхей А. и др. (ноябрь 2015 г.). «Полимераза δ реплицирует обе цепи после перезапуска вилки, зависимой от гомологичной рекомбинации» . Структурная и молекулярная биология природы . 22 (11): 932–8. дои : 10.1038/nsmb.3100 . ПМЦ 4655445 . ПМИД 26436826 .
- ^ Камат-Лёб А.С., Шен Дж.К., Шмитт М.В. и др. (апрель 2012 г.). «Экзонуклеаза синдрома Вернера способствует деградации ДНК и высокоточной полимеризации ДНК с помощью ДНК-полимеразы δ человека» . Журнал биологической химии . 287 (15): 12480–90. дои : 10.1074/jbc.M111.332577 . ПМК 3320997 . ПМИД 22351772 .
- ^ Джаннаттасио М., Цвикки К., Фоллоньер С. и др. (октябрь 2014 г.). «Визуализация обхода повреждений, опосредованных рекомбинацией, путем переключения шаблона» . Nat Struct Мол Биол . 21 (10): 884–92. дои : 10.1038/nsmb.2888 . ПМК 4189914 . ПМИД 25195051 .
- ^ Янсен А.М., ван Везель Т., ван ден Аккер Б.Е. и др. (декабрь 2015 г.). «Комбинированное восстановление несоответствия и дефекты POLE/POLD1 объясняют неразрешенные подозрения на рак с синдромом Линча» . Европейский журнал генетики человека . 24 (7): 1089–1092. дои : 10.1038/ejhg.2015.252 . ПМК 5070903 . ПМИД 26648449 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж Паллес С., Казье Дж.Б., Ховарт К.М. и др. (февраль 2013 г.). «Зародышевые мутации, влияющие на корректирующие домены POLE и POLD1, предрасполагают к колоректальным аденомам и карциномам» . Природная генетика . 45 (2): 136–44. дои : 10.1038/ng.2503 . ПМЦ 3785128 . ПМИД 23263490 .
- ^ Jump up to: а б с д Валье Л., Эрнандес-Иллан Э., Беллидо Ф. и др. (июль 2014 г.). «Новое понимание мутаций зародышевой линии POLE и POLD1 при семейном колоректальном раке и полипозе» . Молекулярная генетика человека . 23 (13): 3506–12. дои : 10.1093/hmg/ddu058 . ПМИД 24501277 .
- ^ Jump up to: а б с д Беллидо Ф., Пинеда М., Айза Г. и др. (апрель 2016 г.). «Мутации POLE и POLD1 у 529 родственников с семейным колоректальным раком и/или полипозом: обзор зарегистрированных случаев и рекомендации по генетическому тестированию и наблюдению» . Генетика в медицине . 18 (4): 325–32. дои : 10.1038/gim.2015.75 . ПМЦ 4823640 . ПМИД 26133394 .
- ^ Jump up to: а б с д Бриггс С., Томлинсон I (июнь 2013 г.). «Мутации зародышевой линии и соматической полимеразы ε и δ определяют новый класс гипермутированного колоректального рака и рака эндометрия» . Журнал патологии . 230 (2): 148–53. дои : 10.1002/путь.4185 . ПМК 3709119 . ПМИД 23447401 .
- ^ Jump up to: а б с Черч Д.Н., Бриггс С.Е., Паллес С. и др. (июль 2013 г.). «Мутации доменов экзонуклеазы ε и δ ДНК-полимеразы при раке эндометрия» . Молекулярная генетика человека . 22 (14): 2820–8. дои : 10.1093/hmg/ddt131 . ПМК 3690967 . ПМИД 23528559 .
- ^ Jump up to: а б Хейцер Э., Томлинсон I (февраль 2014 г.). «Репликативные мутации ДНК-полимеразы при раке» . Текущее мнение в области генетики и развития . 24 (100): 107–13. дои : 10.1016/j.gde.2013.12.005 . ПМЦ 4003352 . ПМИД 24583393 .
- ^ Jump up to: а б Шинброт Э., Хеннингер Э.Э., Вайнхольд Н. и др. (ноябрь 2014 г.). «Мутации экзонуклеазы в ДНК-полимеразе эпсилон выявляют специфичные для цепи репликации паттерны мутаций и происхождение репликации у человека» . Геномные исследования . 24 (11): 1740–50. дои : 10.1101/гр.174789.114 . ПМК 4216916 . ПМИД 25228659 .
- ^ Арора С., Ян Х., Чо И. и др. (декабрь 2015 г.). «Генетические варианты, которые предрасполагают к двухцепочечным разрывам ДНК в лимфоцитах у части пациентов с семейными колоректальными карциномами» . Гастроэнтерология . 149 (7): 1872–1883.е9. дои : 10.1053/j.gastro.2015.08.052 . ПМЦ 4663158 . ПМИД 26344056 .
- ^ Водопад Джей-Джей, Мельцер П.С. (март 2015 г.). «Лавинообразные мутации при синдроме дефицита репарации двуаллельных несоответствий» . Природная генетика . 47 (3): 194–6. дои : 10.1038/ng.3227 . ПМИД 25711864 . S2CID 28165945 .
- ^ Jump up to: а б Шлеснер М., Эйлс Р. (1 января 2015 г.). «Гипермутация занимает место водителя» . Геномная медицина . 7 (1): 31. doi : 10.1186/s13073-015-0159-x (неактивен 9 апреля 2024 г.). ПМЦ 4376156 . ПМИД 25821521 .
{{cite journal}}
: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на апрель 2024 г. ( ссылка ) - ^ Шлиен А., Кэмпбелл Б.Б., де Борха Р. и др. (март 2015 г.). «Комбинированные наследственные и соматические мутации генов восстановления ошибок репликации приводят к быстрому возникновению ультрагипермутированного рака». Природная генетика . 47 (3): 257–62. дои : 10.1038/ng.3202 . ПМИД 25642631 . S2CID 5338516 .
- ^ Буффе Э., Ларуш В., Кэмпбелл Б.Б. и др. (март 2016 г.). «Ингибирование иммунных контрольных точек при гипермутантной мультиформной глиобластоме, возникающей в результате дефицита репарации биаллельных несоответствий зародышевой линии». Журнал клинической онкологии . 34 (19): 2206–2211. дои : 10.1200/JCO.2016.66.6552 . ПМИД 27001570 .
- ^ Ховитт Б.Е., Шукла С.А., Шолл Л.М. и др. (декабрь 2015 г.). «Связь рака эндометрия с мутацией e-полимеразы и микросателлитно-нестабильного рака эндометрия с неоантигенной нагрузкой, количеством инфильтрирующих опухоль лимфоцитов и экспрессией PD-1 и PD-L1» (PDF) . JAMA Онкология . 1 (9): 1319–23. дои : 10.1001/jamaoncol.2015.2151 . ПМИД 26181000 .
- ^ Ван Гул И.С., Эггинк Ф.А., Фриман-Миллс Л. и др. (июль 2015 г.). «Полюсные корректирующие мутации вызывают противоопухолевый иммунный ответ при раке эндометрия» . Клинические исследования рака . 21 (14): 3347–55. дои : 10.1158/1078-0432.CCR-15-0057 . ПМЦ 4627582 . ПМИД 25878334 .
- ^ Ханна А. (июнь 2015 г.). «Повреждение ДНК при лечении рака: благо или проклятие?» . Исследования рака . 75 (11): 2133–8. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-14-3247 . ПМИД 25931285 .
- ^ Робертс С.А., Горденин Д.А. (декабрь 2014 г.). «Гипермутация в геномах рака человека: следы и механизмы» . Обзоры природы. Рак . 14 (12): 786–800. дои : 10.1038/nrc3816 . ПМК 4280484 . ПМИД 25568919 .
- ^ Роос В.П., Томас А.Д., Кайна Б. (январь 2016 г.). «Повреждение ДНК и баланс между выживанием и смертью в биологии рака» (PDF) . Обзоры природы. Рак . 16 (1): 20–33. дои : 10.1038/nrc.2015.2 . ПМИД 26678314 . S2CID 10159855 .
- ^ да Коста Л.Т., Лю Б., Эль-Дейри В. и др. (январь 1995 г.). «Варианты дельта-полимеразы в колоректальных опухолях RER». Природная генетика . 9 (1): 10–1. дои : 10.1038/ng0195-10 . ПМИД 7704014 . S2CID 19545401 .
- ^ Флор Т., Дай Дж.К., Бюттнер Дж. и др. (март 1999 г.). «Обнаружение мутаций в дельта-гене ДНК-полимеразы спорадического колоректального рака человека и клеточных линий рака толстой кишки» . Международный журнал рака . 80 (6): 919–29. doi : 10.1002/(sici)1097-0215(19990315)80:6<919::aid-ijc19>3.0.co;2-u . ПМИД 10074927 .
- ^ Престон Б.Д., Альбертсон Т.М., Герр А.Дж. (октябрь 2010 г.). «Правильность репликации ДНК и рак» . Семинары по биологии рака . 20 (5): 281–93. дои : 10.1016/j.semcancer.2010.10.009 . ПМЦ 2993855 . ПМИД 20951805 .
- ^ Попанда О., Флор Т., Фокс Г. и др. (ноябрь 1999 г.). «Мутация, обнаруженная в кДНК ДНК-полимеразы дельта из клеток гепатомы Новикова, коррелирует с аномальными каталитическими свойствами фермента». Журнал исследований рака и клинической онкологии . 125 (11): 598–608. дои : 10.1007/s004320050322 . ПМИД 10541966 . S2CID 11582153 .
- ^ Венкатесан Р.Н., Треутинг П.М., Фуллер Э.Д. и др. (ноябрь 2007 г.). «Мутация в активном сайте полимеразы дельта-полимеразы мышиной ДНК увеличивает геномную нестабильность и ускоряет онкогенез» . Молекулярная и клеточная биология . 27 (21): 7669–82. дои : 10.1128/MCB.00002-07 . ПМК 2169052 . ПМИД 17785453 .
- ^ Jump up to: а б с Пелозини С., Мартинелли С., Чеккарини Дж. и др. (ноябрь 2014 г.). «Идентификация новой мутации в гене полимеразы дельта 1 (POLD1) у пациента с липодистрофией, страдающего синдромом гипоплазии нижней челюсти, глухоты и прогероидных особенностей (MDPL)». Метаболизм . 63 (11): 1385–9. дои : 10.1016/j.metabol.2014.07.010 . ПМИД 25131834 .
- ^ Рейнир Ф., Золедзевска М., Ханна Д. и др. (ноябрь 2015 г.). «Гипоплазия нижней челюсти, глухота, прогероидные особенности и синдром липодистрофии (MDPL) в контексте наследственных липодистрофий». Метаболизм . 64 (11): 1530–40. дои : 10.1016/j.metabol.2015.07.022 . ПМИД 26350127 .
- ^ Осима Дж., Сидорова Дж.М., Моннат Р.Дж. (март 2016 г.). «Синдром Вернера: клинические особенности, патогенез и потенциальные терапевтические вмешательства» . Обзоры исследований старения . 33 : 105–114. дои : 10.1016/J.arr.2016.03.002 . ПМК 5025328 . ПМИД 26993153 .
- ^ Лессель Д., Хисама Ф.М., Сзаксзон К. и др. (ноябрь 2015 г.). «Зародышевые мутации POLD1 у пациентов, у которых первоначально диагностирован синдром Вернера» . Человеческая мутация . 36 (11): 1070–9. дои : 10.1002/humu.22833 . ПМЦ 4684254 . ПМИД 26172944 .
- ^ Пахлопник Шмид Дж., Лемуан Р., Неме Н. и др. (декабрь 2012 г.). «Мутация полимеразы ε1 при синдроме человека с дисморфизмом лица, иммунодефицитом, ливедо и низким ростом («синдром FILS»)» . Журнал экспериментальной медицины . 209 (13): 2323–30. дои : 10.1084/jem.20121303 . ПМЦ 3526359 . ПМИД 23230001 .
- ^ Тиффо И., Сондерс С., Дженкинс Дж. и др. (01.01.2015). «Пациент с дефицитом полимеразы E1 (POLE1): клинические особенности и совпадение с синдромами разрыва/нестабильности ДНК» . BMC Медицинская генетика . 16:31 . дои : 10.1186/s12881-015-0177-y . ПМЦ 4630961 . ПМИД 25948378 .
- ^ Генантен А.С., Бриан Н., Бидо Дж. и др. (май 2014 г.). «Липодистрофии, связанные с ядерной оболочкой». Семинары по клеточной биологии и биологии развития . 29 : 148–57. дои : 10.1016/j.semcdb.2013.12.015 . ПМИД 24384368 .
- ^ Jump up to: а б «GeneTests.org» . GeneTests.org . Проверено 25 апреля 2016 г.
- ^ «Синдром МДП, вызванный изменением гена POLD1» . Архивировано из оригинала 4 мая 2016 г. Проверено 25 апреля 2016 г.