✖


Jump to content

Бисульфитское секвенирование

Рисунок 1: Схема бисульфита преобразования последовательности образцов геномной ДНК. Нуклеотиды синего-это неметилированные цитозины, превращенные в урацилы бисульфитом, в то время как красные нуклеотиды являются 5-метилцитозинами, устойчивыми к конверсии.
Рисунок 2: Схема химической реакции, которая лежит в основе катализируемого бисульфитом преобразования цитозина в урацил.

Бисульфит [ 1 ] Секвенирование (также известное как секвенирование бисульфита ) представляет собой использование бисульфитной обработки ДНК перед рутинным секвенированием для определения рисунка метилирования . Метилирование ДНК было первым обнаруженным эпигенетическим знаком и остается наиболее изученной. У животных он преимущественно включает добавление метильной группы в положение углерода-5 остатков цитозина динуклеотидного CPG и участвует в репрессии транскрипционной активности .

Обработка ДНК бисульфитом преобразует остатки цитозина в урацил , но оставляет 5-метилцитозина остатки . Следовательно, ДНК, которая была обработана бисульфитом, сохраняет только метилированные цитозины. Таким образом, обработка бисульфита вводит специфические изменения в последовательности ДНК , которые зависят от статуса метилирования отдельных остатков цитозина, что дает информацию о разрешении однонуклеотидов о статусе метилирования сегмента ДНК. Различные анализы могут быть выполнены в измененной последовательности, чтобы получить эту информацию. Таким образом, цель этого анализа снижается до дифференциации между отдельными нуклеотидными полиморфизмами (цитозины и тимидин ), возникающие в результате преобразования бисульфита (рис. 1).

Методы

[ редактировать ]

Секвенирование бисульфита применяет рутинные методы секвенирования на геномной ДНК, обработанной бисульфитом, для определения состояния метилирования при динуклеотидах CPG. Другие стратегии не последовательности также используются для опроса метилирования в определенных локусах или на уровне генома . Все стратегии предполагают, что индуцированное бисульфитом преобразование неметилированных цитозинов в урацил завершено, и это служит основой всех последующих методов. В идеале используемый метод будет определять состояние метилирования отдельно для каждого аллеля . Альтернативные методы секвенирования бисульфита включают комбинированный анализ ограничения бисульфита и метилированную иммунопреципитацию ДНК (Medip).

Методологии для анализа, обработанной бисульфитом ДНК, постоянно разрабатываются. Чтобы суммировать эти быстро развивающиеся методологии, были написаны многочисленные обзорные статьи. [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ]

Методологии могут быть в целом разделены на стратегии, основанные на метилировании ПЦР (MSP) (рис. 4), и стратегии с использованием полимеразной цепной реакции (ПЦР), проводимой в условиях немелирования (рис. 3). Методы на основе микрочипов используют ПЦР на основе не-метилтизированных условий.

Неметилирование методов ПЦР на основе ПЦР

[ редактировать ]
Рисунок 3: Методы анализа метилирования ДНК, не основанные на метилировании ПЦР. После преобразования бисульфита геномная ДНК амплифицируется с помощью ПЦР, которая не различает метилированные и неметилированные последовательности. Многочисленные доступные методы затем используются для создания дискриминации на основе изменений в ампликоне в результате преобразования бисульфита.

Прямое секвенирование

[ редактировать ]

Первый зарегистрированный метод анализа метилирования с использованием ДНК, обработанной бисульфитом, использованной ПЦР, и стандартное секвенирование ДНК-дидеоксинуклеотидной ДНК , чтобы непосредственно определить нуклеотиды, устойчивые к преобразованию бисульфита. [ 6 ] Праймеры предназначены для специфичных для цепи, а также специфичных для бисульфита (то есть праймеров, содержащих не CPG-цитозины, так что они не являются комплементарными к небисульфитовой ДНК), фланкируя (но не включают) сайт метилирования, представляющий интерес. Следовательно, он будет амплифицировать как метилированные, так и неметилированные последовательности, в отличие от метилирования ПЦР. Все участки неметилированных цитозинов отображаются в виде тиминов в результирующей амплифицированной последовательности цепочки смысла и как аденины в амплифицированной антисмысловой цепи. Включая адаптеры для секвенирования высокой пропускной способности в праймеры ПЦР, продукты ПЦР могут быть секвенированы с массовым параллельным секвенированием. Альтернативно, и трудолюбивый продукт ПЦР может быть клонирован и секвенирован. Вложенные методы ПЦР могут быть использованы для улучшения продукта для секвенирования .

Все последующие методы анализа метилирования ДНК с использованием лечащей бисульфит ДНК основаны на этом отчете Frommer et al. (Рисунок 2). [ 6 ] Хотя большинство других методов не являются истинными методами, основанными на секвенировании, термин «секвенирование бисульфита» часто используется для описания методов анализа метилирования ДНК-бисульфит-конверсии в целом.

Пиросеквенирование

[ редактировать ]

Пиросеквенирование также использовалось для анализа, обработанной бисульфитом ДНК без использования метилированной ПЦР. [ 7 ] [ 8 ] После ПЦР-амплификации интересующей области, пиросеквенирование используется для определения бисульфит-конверсированной последовательности специфических сайтов CPG в области. Соотношение C-t-T в отдельных сайтах может быть определено количественно на основе количества включения C и T во время расширения последовательности. Основным ограничением этого метода является стоимость технологии. Тем не менее, пиросеквенирование хорошо позволяет разгибаться на высокопроизводительные методы скрининга.

Вариант этой техники, описанный Wong et al. , использует аллель-специфические праймеры, которые включают одноклеотидные полиморфизмы в последовательность праймера секвенирования, что позволяет проводить отдельный анализ материнских и отцовских аллелей . [ 9 ] Этот метод имеет особую полезность для анализа геномного импринтинга .

Чувствительный к метилированию анализа одноцелевой конформации (MSSSCA)

[ редактировать ]

Этот метод основан на методе анализа полиморфизма конформации с одной цепью (SSCA), разработанного для анализа однонуклеотидного полиморфизма (SNP). [ 10 ] SSCA различает отдельные фрагменты ДНК идентичного размера, но различную последовательность, основанную на дифференциальной миграции при не денатурирующем электрофорезе . В MS-SSCA это используется для различения между ПЦР-амплифицированными областями, обработанными бисульфитом, содержащими интересующие сайты CPG. Хотя SSCA не имеет чувствительности, когда присутствует только одна разница в нуклеотидах , лечение бисульфитом часто производит ряд конверсий C-T-T в большинстве интересующих регионов, а результирующая чувствительность приближается к 100%. MS-SSCA также обеспечивает полуколичественный анализ степени метилирования ДНК на основе отношения интенсивности полос. Тем не менее, этот метод предназначен для оценки всех сайтов CPG в целом в области интереса, а не индивидуальных сайтов метилирования.

Анализ плавления высокого разрешения (HRM)

[ редактировать ]

Еще одним методом дифференцированного преобразованного от нерезонированной ДНК, обработанной бисульфитом, является использование анализа плавления высокого разрешения (HRM), количественной техники ПЦР, первоначально предназначенной для различения SNP. [ 11 ] ПЦР -ампликоны анализируются непосредственно путем температурного наращивания и в результате освобождения интеркалирующего флуоресцентного красителя во время плавления. Степень метилирования, представленная содержанием C-T-T в Amplicon , определяет скорость плавления и последующее высвобождение красителя. Этот метод обеспечивает прямое количественное определение в анализе одной трубы, но оценивает метилирование в амплифицированной области в целом, а не на определенных сайтах CPG .

Чувствительное к метилированию одноклеотидное расширение праймера (MS-Snupe)

[ редактировать ]

MS-Snupe использует метод расширения праймера, первоначально разработанный для анализа однонуклеотидных полиморфизмов . [ 12 ] ДНК бисульфита конвертируется, а бисульфит-специфические праймеры отожжены до последовательности до пары оснований непосредственно перед интересующей CPG. Праймеру разрешается расширять одну пару оснований в C (или T), используя ДНК -полимеразу, оканчивающие дидеоксинуклеотиды ДНК , и соотношение C и T определяется количественно.

Для определения этого соотношения C: T можно использовать ряд методов. Вначале MS-Snupe полагался на радиоактивные DDNTPs как репортер расширения праймера. Методы на основе флуоресценции или пиросеквенирование также могут быть использованы. [ 13 ] по времени полета ( MALDI-TOF ) Тем не менее, матричный лазерный десорбционный ионизация ионизация/ масс-спектрометрия для дифференциации между двумя продуктами удлинения полиморфных праймеров, по сути, на основе хорошего анализа, предназначенного для генотипирования SNP . с обратной фазой ионов Высокоэффективная жидкая хроматография (IP-RP -HPLC ) также использовалась для различения продуктов удлинения праймеров. [ 14 ]

Базовый специфический расщепление/Maldi-Tof

[ редактировать ]

Недавно описанный метод Ehrich et al. Кроме того, используется бисульфит-конверсии, добавив базовую стадию расщепления, чтобы улучшить информацию, полученную в результате изменений нуклеотидов. [ 15 ] Сначала используя транскрипцию in vitro интересующей области в РНК (добавив РНК-полимеразы сайт промотора в праймер ПЦР при начальном амплификации), РНКаза А может использоваться для расщепления РНК транскрипта в основании-специфических сайтах. В качестве РНКазы AS- расщепляемая РНК , специально в цитозине и урацил -рибонуклеотидах , основанная специфичность достигается путем добавления включения DTTP , устойчивого к расщеплению при желаемом цитозин-специфическом (C-специфическом) расщеплении и включено DCTP, когда урацил-специфический (U-специфический) расщепляется, и включает DCTP, когда урацил-специфический (U-специфический) расщепляется и включает DCTP, когда урацил-специфический (специфический (U-специфический) расщепляется и включает DCTP, когда URACIL-специфический (U-специфический) расщепляется и включает DCTP, когда урацил-специфический (специфичный) расщепляется DCTP. желателен. Расщепленные фрагменты могут быть проанализированы с помощью Maldi-Tof . Обработка бисульфита приводит к введению/удалению сайтов расщепления путем конверсий C-U-U или сдвига в фрагментной массе с помощью конверсий G-A в амплифицированной обратной цепи. С-специфическое расщепление будет специфически разрезать на всех метилированных сайтах CPG . Анализируя размеры полученных фрагментов, можно определить специфическую структуру метилирования ДНК сайтов CPG в области, а не определять степень метилирования области в целом. Этот метод продемонстрировал эффективность для Высокопроизводительный скрининг , позволяющий допросить многочисленных сайтов CPG в нескольких тканях экономически эффективным образом.

ПЦР-специфическая метилирование (MSP)

[ редактировать ]
Рисунок 4: ПЦР, специфичная для метилирования, является чувствительным методом для дискриминации амплификации и обнаружения метилированной области, представляющей интерес с использованием метилированных праймеров на геномной ДНК с бисульфитом. Такие праймеры будут отдавать только для последовательностей, которые метилируются, и, таким образом, содержащие 5-метилцитозины , которые устойчивы к конверсии бисульфитом. В качестве альтернативного способа могут использоваться немэлированные специфические праймеры.

В этом альтернативном методе анализа метилирования также используется ДНК, обработанная бисульфитом, но позволяет избежать необходимости последовательности интересующей области. [ 16 ] Вместо этого пара праймеров предназначена для того, чтобы быть «метилированно-специфическими», включив последовательности, дополняющие только неконвертированные 5-метилцитозины , или, по обращению, «неэтилированные», дополняющие тимуны , преобразованные из неметилированных цитозин. Метилирование определяется способностью специфического праймера достигать усиления. Этот метод особенно полезен для опроса CPG -островов с возможной высокой плотностью метилирования, поскольку увеличение количества пар CPG в праймере увеличивает специфичность анализа. Размещение пары CPG в 3'-конце от праймера также улучшает чувствительность. Первоначальный отчет с использованием MSP описал достаточную чувствительность для обнаружения метилирования 0,1% аллелей . В целом, MSP и связанные с ним протоколы считаются наиболее чувствительными при опросе состояния метилирования в определенном локусе .

Метод метиляра основан на MSP, но обеспечивает количественный анализ с использованием количественной ПЦР . [ 17 ] Используются метилированные праймеры, а также используется метилированная флуоресцентная репортерная зонд, который отжигает в амплифицированной области. Альтернативно, праймеры или зонд могут быть спроектированы без специфичности метилирования, если необходима дискриминация между парами CPG в вовлеченных последовательностях. Количественное определение выполняется в отношении метилированной эталонной ДНК. Модификация этого протокола для увеличения специфичности ПЦР для успешной бисульфит-конвертированной ДНК (Conlight-MSP) использует дополнительное зонд для бисульфит-контролированной ДНК для количественной оценки этого неспецифического усиления. [ 18 ]

Дальнейшая методология с использованием MSP-амплифицированной ДНК анализирует продукты с использованием анализа кривой плавления (MC-MSP). [ 19 ] Этот метод усиливает бисульфит-конвертированную ДНК как с метилированной специфической, так и с неэтилированной праймерами, и определяет количественное соотношение двух продуктов, сравнивая дифференциальные пики, генерируемые в анализе кривой плавления. Метод анализа плавления с высоким разрешением, который использовал как количественный ПЦР , так и анализ плавления, в частности, для чувствительного обнаружения метилирования низкого уровня [ 20 ]

Методы на основе микрочипов

[ редактировать ]

Методы на основе микрочипов представляют собой логическое расширение технологий, доступных для анализа, обработанной бисульфитом ДНК, для обеспечения анализа метилирования по всему геному. [ 21 ] Олигонуклеотидные микрочипы разработаны с использованием пар олигонуклеотидных гибридизационных зондов, нацеленных на сайты CPG интересующие . Один дополняется неизменной метилированной последовательности, а другой дополняет неметилированную последовательность, конвертированную C-U-U. Зонды также специфичны для бисульфита для предотвращения связывания с ДНК, не полностью преобразованным бисульфитом. является Анализ метилирования Illumina одним из таких анализов, который применяет технологию секвенирования бисульфита на уровне микрочипов для получения данных метилирования по всему геному.

Ограничения

[ редактировать ]

5-гидроксиметилцитозин

[ редактировать ]

Секвенирование бисульфита широко используется в геномах млекопитающих, однако осложнения возникли при обнаружении 5-гидроксиметилцитозина ДНК-модификации млекопитающих . [ 22 ] [ 23 ] 5-гидроксиметилцитозин преобразуется в цитозин-5-метилсульфонат при обработке бисульфита, который затем рассматривается как C при секвенировании. [ 24 ] Следовательно, секвенирование бисульфита не может различать 5-метилцитозин и 5-гидроксиметилцитозин. Это означает, что выход из секвенирования бисульфита больше не может быть определена как метилирование ДНК, так как это состав 5-метилцитозина и 5-гидроксиметилцитозина. Разработка окислительного бисульфитного секвенирования с помощью TET Чуан он в Чикагском университете теперь может различать две модификации при едином базовом разрешении. [ 25 ]

Неполное преобразование

[ редактировать ]

Секвенирование бисульфита зависит от преобразования каждого непосредственного остатка цитозина в урацил. Если конверсия является неполной, последующий анализ будет неправильно интерпретировать неконвертированные неметилированные цитозины как метилированные цитозины, что приведет к ложноположительным результатам для метилирования. Только цитозины в одноцепочечной ДНК восприимчивы к атаке бисульфитом, поэтому денатурация анализа, подвергающейся ДНК, является критической. [ 2 ] Важно обеспечить, чтобы параметры реакции, такие как температура и концентрация соли, подходящие для поддержания ДНК в одноцепочечной конформации и обеспечения полного преобразования. внедрение ДНК в агарозное гель улучшает скорость конверсии, сохраняя цепи ДНК физически отдельно. Сообщалось, что [ 26 ] Неполные скорости конверсии могут быть оценены и скорректированы после секвенирования, включив внутренний контроль в библиотеку секвенирования, такую ​​как ДНК Lambda Phage (который, как известно, не является неметилированной) или выравниванием последовательности бисульфита с известной неметилированной областью в организме, такие как геном хлоропласта. [ 27 ]

Деградация ДНК при лечении бисульфита

[ редактировать ]

Основной проблемой в секвенировании бисульфита является деградация ДНК, которая происходит одновременно с конверсией. Условия, необходимые для полной конверсии, такие как длительное время инкубации, повышенная температура и высокая концентрация бисульфита, могут привести к деградации около 90% инкубированной ДНК. [ 28 ] Учитывая, что начальное количество ДНК часто ограничено, такая обширная деградация может быть проблематичной. Разрушение возникает в виде депутации, что приводит к случайным разрывам пряди. [ 29 ] Следовательно, чем дольше желаемый ПЦР -ампликон , тем более ограниченным количеством интактных молекул шаблона, вероятно, будет. Это может привести к неудаче амплификации ПЦР или потерь количественно точной информации о уровнях метилирования, возникающих в результате ограниченного отбора проб матричных молекул. Таким образом, важно оценить количество деградации ДНК в результате используемых условий реакции, и рассмотреть, как это повлияет на желаемый ампликон . Методы также могут быть использованы для минимизации деградации ДНК, таких как езда на велосипеде температурой инкубации. [ 29 ]

В 2020 году новая Англия Biolabs разработала Nebnext ферментативный метил-seq альтернативный ферментативный подход для минимизации повреждения ДНК. [ 30 ]

Другие проблемы

[ редактировать ]

Потенциально значительной проблемой после лечения бисульфитом является неполная десульфонация остатков пиримидина из -за неадекватной щелочи раствора. Это может ингибировать некоторые ДНК -полимеразы , что затрудняет последующую ПЦР. Тем не менее, этой ситуации можно избежать, контролируя рН решения, чтобы гарантировать, что десульфонация будет завершена. [ 2 ]

Последняя проблема заключается в том, что лечение бисульфитом значительно снижает уровень сложности в выборке, что может быть проблематичным, если должны быть выполнены множественные реакции ПЦР (2006). [ 5 ] Дизайн праймеров сложнее, и неуместная перекрестная гибридизация встречается более частой.

Применение: анализ метилирования по всему геному

[ редактировать ]

Достижения в секвенировании бисульфита привели к возможности применения их в масштабе по всему геному , где ранее глобальная мера метилирования ДНК была возможной только с использованием других методов, таких как ограничение геномного сканирования . Картирование человеческого эпигенома рассматривается многими учеными как логическое продолжение завершения проекта генома человека . [ 31 ] [ 32 ] Эта эпигеномная информация будет важна для понимания того, как реализована и регулируется функция генетической последовательности. Поскольку эпигеном менее стабилен, чем геном, считается важным для взаимодействия генов с окружающей средой . [ 33 ]

Однако эпигеномное картирование по своей природе более сложное, чем секвенирование генома , поскольку эпигеном гораздо более варьируется, чем геном . Эпигеном зависит от возраста, отличается между тканями, изменяется факторами окружающей среды и демонстрирует аберрации при заболеваниях. Такое богатое эпигеномное картирование, однако, представляющее разные возрасты, типы тканей и болезненные состояния, даст ценную информацию о нормальной функции эпигенетических марок, а также механизмов, приводящих к старению и болезням.

Прямые преимущества эпигеномного картирования включают вероятные достижения в области клонирования технологии. Считается, что неудача в производстве клонированных животных с нормальной жизнеспособностью и продолжительностью жизни возникает в результате неподходящих моделей эпигенетических знаков. Кроме того, аберрантные паттерны метилирования хорошо охарактеризованы во многих видах рака . Глобальное гипометилирование приводит к снижению геномной стабильности, в то время как локальное гиперметилирование гена -супрессора опухоли промоторов часто учитывает их потерю функции . Специфические закономерности метилирования указывают на конкретные типы рака, имеют прогностическую ценность и могут помочь направить наилучший курс лечения. [ 32 ]

Крупномасштабные усилия по картированию эпигенома происходят по всему миру и были организованы в рамках проекта эпигенома человека . [ 33 ] Это основано на многоуровневой стратегии, посредством которой секвенирование бисульфита используется для получения профилей метилирования высокого разрешения для ограниченного числа эталонных эпигеномов, в то время как в более широком спектре образцов проводится менее тщательный анализ. Этот подход предназначен для максимизации понимания, полученного от данного количества ресурсов, поскольку картирование генома с высоким разрешением остается дорогостоящим обязательством.

Было показано, что анализ набора генов (например, с использованием таких инструментов, как David и Goseq), сильно смещен при применении к высокопроизводительным данным метилирования (например, секвенирование бисульфита по всему геному); Было высказано предположение, что это может быть исправлено с помощью перестановки метки образца или использования статистической модели для управления различиями в номерах зондов CPG / CPG, которые нацелены на каждый ген. [ 34 ]

Окислительное секвенирование бисульфита

[ редактировать ]

5-метилцитозин и 5-гидроксиметилцитозин оба читаются как С в секвенировании бисульфита. [ 24 ] Окислительное секвенирование бисульфита-это метод различения между 5-метилцитозином и 5-гидроксиметилцитозином при разрешении на одну базу. В этом методе используется специфическое (TET-ассистированное) химическое окисление 5-гидроксиметилцитозина в 5-формилцитозин, который впоследствии превращается в урацил во время лечения бисульфитом. [ 35 ] Единственная база, которая затем читается как C, - 5 -метилцитозин, давая карту истинного статуса метилирования в образце ДНК. Уровни 5 -гидроксиметилцитозина также могут быть количественно определены путем измерения разницы между бисульфитным и окислительным секвенированием бисульфита.

Смотрите также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Chatterjee A, Stockwell PA, Rodger EJ и Morison IM 2012. Сравнение программного обеспечения для выравнивания для данных бисульфита по всему геному. Исследование нуклеиновых кислот 40 (10): E79.
  2. ^ Jump up to: а беременный в Fraga MF, Esteller M (сентябрь 2002 г.). «Метилирование ДНК: профиль методов и применений» . Биотехники . 33 (3): 632, 634, 636–49. doi : 10.2144/02333rv01 . PMID   12238773 .
  3. ^ Эль-Маарри О (2003). «Методы: метилирование ДНК». Пероксисомальные расстройства и регуляция генов . Достижения в области экспериментальной медицины и биологии. Тол. 544. С. 197–204. doi : 10.1007/978-1-4419-9072-3_23 . ISBN  978-0-306-48174-1 Полем PMID   14713229 .
  4. ^ Laird PW (апрель 2003 г.). «Сила и обещание маркеров метилирования ДНК». Природные обзоры. Рак . 3 (4): 253–66. doi : 10.1038/nrc1045 . PMID   12671664 . S2CID   19574628 .
  5. ^ Jump up to: а беременный Каллинан П.А., Файнберг А.П. (апрель 2006 г.). «Новая наука об эпигеномике» . Молекулярная генетика человека . 15 Spec № 1 (90001): R95-101. doi : 10.1093/hmg/ddl095 . PMID   16651376 .
  6. ^ Jump up to: а беременный Frommer M, McDonald LE, Millar DS, Collis CM, Watt F, Grigg GW, et al. (Март 1992 г.). «Протокол геномного секвенирования, который дает положительный показ 5-метилцитозиновых остатков в отдельных целях ДНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 89 (5): 1827–31. Bibcode : 1992pnas ... 89.1827f . doi : 10.1073/pnas.89.5.1827 . PMC   48546 . PMID   1542678 .
  7. ^ Colella S, Shen L, Baggerly Ka, Issa JP, Krahe R (июль 2003 г.). «Чувствительный и количественный универсальный анализ метилирования пиросеквенирования сайтов CPG» . Биотехники . 35 (1): 146–50. doi : 10.2144/03351MD01 . PMID   12866414 .
  8. ^ Tost J, Dunker J, Gut IG (июль 2003 г.). «Анализ и количественная оценка множественных изменений метилирования на островах CPG путем пиросеквенирования» . Биотехники . 35 (1): 152–6. doi : 10.2144/03351MD02 . PMID   12866415 .
  9. ^ Wong HL, Byun HM, Kwan JM, Campan M, Ingles SA, Laird PW, Yang As (декабрь 2006 г.). «Быстрый и количественный метод анализа аллеле-специфического метилирования ДНК» . Биотехники . 41 (6): 734–9. doi : 10.2144/000112305 . PMID   17191619 .
  10. ^ Bianco T, Hussey D, Dobrovic A (1999). «Чувствительный к метилированию, одноцепочечный конформационный анализ (MSSSCA): быстрый метод для скрининга и анализа метилирования» . Человеческая мутация . 14 (4): 289–93. doi : 10.1002/(sici) 1098-1004 (199910) 14: 4 <289 :: Aid-humu3> 3.0.co; 2-a . PMID   10502775 . S2CID   22814772 .
  11. ^ Wojdacz TK, Dobrovic A (2007). «Чувствительное к метилированию плавление высокого разрешения (MS-HRM): новый подход для чувствительной и высокопроизводительной оценки метилирования» . Исследование нуклеиновых кислот . 35 (6): E41. doi : 10.1093/nar/gkm013 . PMC   1874596 . PMID   17289753 .
  12. ^ Gonzalgo ML, Jones PA (июнь 1997 г.). «Быстрое количественное определение различий метилирования в специфических сайтах с использованием чувствительного к метилированию одного нуклеотидного праймера (MS-Snupe)» . Исследование нуклеиновых кислот . 25 (12): 2529–31. doi : 10.1093/nar/25.12.2529 . PMC   146734 . PMID   9171109 .
  13. ^ Uhlmann K, Brinckmann A, Toliat MR, Ritter H, Nürnberg P (декабрь 2002 г.). «Оценка потенциального эпигенетического биомаркера с помощью количественного анализа метил-никлеотидного полиморфизма». Электрофорез . 23 (24): 4072–9. doi : 10.1002/elps.200290023 . PMID   12481262 . S2CID   43737807 .
  14. ^ Matin MM, Baumer A, Hornby DP (октябрь 2002 г.). «Аналитический метод для обнаружения различий метилирования в специфических хромосомных локусах с использованием удлинения праймера и ионовой пары обратной фазы ВЭЖХ» . Человеческая мутация . 20 (4): 305–11. doi : 10.1002/Humu.10118 . PMID   12325026 . S2CID   3178841 .
  15. ^ Эрих М., Нельсон М.Р., Стэнссенс П., Забо М., Лилоглу Т., Синьариос Г. и др. (Ноябрь 2005 г.). «Количественный высокопроизводительный анализ паттернов метилирования ДНК с помощью основания специфического расщепления и масс-спектрометрии» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 102 (44): 15785–90. BIBCODE : 2005PNAS..10215785E . doi : 10.1073/pnas.0507816102 . PMC   1276092 . PMID   16243968 .
  16. ^ Herman JG , Graff JR, Myöhänen S, Nelkin BD, Baylin SB (сентябрь 1996 г.). «Специфичная для метилирования ПЦР: новый анализ ПЦР для статуса метилирования острова CPG» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 93 (18): 9821–6. Bibcode : 1996pnas ... 93.9821H . doi : 10.1073/pnas.93.18.9821 . PMC   38513 . PMID   8790415 .
  17. ^ Eads CA, Danenberg KD, Kawakami K, Saltz LB, Blake C, Shibata D, et al. (Апрель 2000). «Метилию: высокопроизводительный анализ для измерения метилирования ДНК» . Исследование нуклеиновых кислот . 28 (8): 32e - 0. doi : 10.1093/nar/28.8.e32 . PMC   102836 . PMID   10734209 .
  18. ^ Rand K, Qu W, Ho T, Clark SJ , Molloy P (июнь 2002 г.). «Конверсионное обнаружение метилирования ДНК с использованием полимеразной цепной реакции в реальном времени (Conlight-MSP), чтобы избежать ложных срабатываний». Методы ​ 27 (2): 114–20. doi : 10.1016/s1046-2023 (02) 00062-2 . PMID   12095268 .
  19. ^ Akey DT, Akey JM, Zhang K, Jin L (октябрь 2002 г.). «Анализ метилирования ДНК на основе высокопроизводительных подходов плавления». Геномика . 80 (4): 376–84. doi : 10.1006/geno.2002.6851 . PMID   12376091 .
  20. ^ Кристенсен Л.С., Микеска Т., Крипуй М., Добрович А (апрель 2008 г.). «Чувствительный анализ плавления после специфической ПЦР в реальном времени-метилировании (SMART-MSP): высокопроизводительная и не содержащая зонда количественного обнаружения метилирования ДНК» . Исследование нуклеиновых кислот . 36 (7): E42. doi : 10.1093/nar/gkn113 . PMC   2367707 . PMID   18344521 .
  21. ^ Adorján P, Distler J, Lipscher E, Model F, Müller J, Pelet C, et al. (Март 2002 г.). «Прогнозирование класса опухоли и открытие с помощью анализа метилирования ДНК на основе микрочипов» . Исследование нуклеиновых кислот . 30 (5): 21e - 21. doi : 10.1093/nar/30.5.e21 . PMC   101257 . PMID   11861926 .
  22. ^ Tahiliani M, Koh KP, Shen Y, Pastor WA, Bandukwala H, Brudnoy, et al. Преобразование 5-метилцитозина в 5-гидроксиметилцитозин ДНК инмамьяна от партнера MLL TET1 . Наука . 2009; 324 (5929): 930-5.
  23. ^ Kriaucionis S, Heintz N. Основание ядерного ДНК 5-гидроксиметилцитозин присутствует в нейронах Пуркинье и в мозге. Science.2009; 324 (5929): 929-30.
  24. ^ Jump up to: а беременный Huang Y, Pastor WA, Shen Y, Tahiliani M, Liu DR, Rao A. Поведение 5-гидроксиметилцитозина в секвенировании бисульфита. PLOS ONE.2010; 5 (1): E8888 .
  25. ^ Yu, M., Hon, GC, Szulwach, Ke, Song, C., Jin, P., Ren, B., He, C. tet-с помощью бисульфитного секвенирования 5-гидроксиметилцитозина. НАТ Протоколы 2012 , 7 , 2159.
  26. ^ Олек А., Освальд Дж, Уолтер Дж. (Декабрь 1996 г.). «Модифицированный и улучшенный метод анализа метилирования цитозина на основе бисульфита» . Исследование нуклеиновых кислот . 24 (24): 5064–6. doi : 10.1093/nar/24.24.5064 . PMC   146326 . PMID   9016686 .
  27. ^ Niederhuth, Chad E.; Bewick, Adam J.; Джи, Лексиан; Alabady, Magdy S.; Ким, Кёнг до; Ли, Цин; Рор, Николас А.; Рамбани, Адити; Берк, Джон М.; Удалл, Джошуа А.; Эгези, Чидози; Шмутц, Джереми; Гримвуд, Джейн; Джексон, Скотт А.; Springer, Nathan M. (2016-09-27). «Широко распространенное естественное изменение метилирования ДНК в покрытосеменных» . Биология генома . 17 (1): 194. DOI : 10.1186/S13059-016-1059-0 . ISSN   1474-760x . PMC   5037628 .
  28. ^ Грунау С., Кларк С.Дж., Розенталь А (июль 2001 г.). «Бисульфит геномное секвенирование: систематическое исследование критических экспериментальных параметров» . Исследование нуклеиновых кислот . 29 (13): E65-5. doi : 10.1093/nar/29.13.e65 . PMC   55789 . PMID   11433041 .
  29. ^ Jump up to: а беременный Эрих М., Золл С., Сур С., Ван Ден Бум Д. (2007). «Новый метод точной оценки качества ДНК после лечения бисульфитом» . Исследование нуклеиновых кислот . 35 (5): E29. doi : 10.1093/nar/gkl1134 . PMC   1865059 . PMID   17259213 .
  30. ^ Гаутро, Изабель (2014-09-29). "Nebnext End Prep Mexture v1" . Protocols.io . doi : 10.17504/protocols.io.cg4tyv . Получено 2021-05-19 .
  31. ^ Эстель М. (июнь 2006 г.). «Необходимость проекта человеческого эпигенома» . Канцерогенез . 27 (6): 1121–5. doi : 10.1093/carcin/bgl033 . PMID   16699174 .
  32. ^ Jump up to: а беременный Брэдбери Дж (декабрь 2003 г.). «Человеческий эпигеном проект и бег» . PLOS Биология . 1 (3): E82. doi : 10.1371/journal.pbio.0000082 . PMC   300691 . PMID   14691553 .
  33. ^ Jump up to: а беременный Джонс П.А., Мартиенсен Р. (декабрь 2005 г.). «План проекта человеческого эпигенома: мастерская AACR человеческого эпигенома» . РАНКА . 65 (24): 11241–6. doi : 10.1158/0008-5472.can-05-3865 . PMID   16357125 .
  34. ^ Geeleher P, Hartnett L, Egan LJ, Golden A, Raja Ali Ra, Seoighe C (август 2013 г.). «Анализ набора генов сильно смещен при применении к данным метилирования по всему геному» . Биоинформатика . 29 (15): 1851–7. doi : 10.1093/bioinformatics/btt311 . PMID   23732277 .
  35. ^ Бут М.Дж., Бранко М.Р., Фиц Г., Оксли Д., Крюгер Ф., Рейк В. и др. Количественное секвенирование 5-метилцитозина и 5-гидроксиметилцитозина в однокласном разрешении. Наука. 2012; 336 (6083): 934-7 .
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Bisulfite_sequencing&oldid=1194413355"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: d815645a00c7715e3b7f603b6c7021a3__1704740340
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/d8/a3/d815645a00c7715e3b7f603b6c7021a3.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Bisulfite sequencing - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)