Префенатдегидрогеназа
| префенатдегидрогеназа | |||
|---|---|---|---|
 Гомодимер префенатдегидрогеназы, Bacillus anthracis | |||
| Идентификаторы | |||
| Номер ЕС. | 1.3.1.12 | ||
| Номер CAS. | 9044-92-2 | ||
| Базы данных | |||
| ИнтЭнк | вид IntEnz | ||
| БРЕНДА | БРЕНДА запись | ||
| Экспаси | Просмотр NiceZyme | ||
| КЕГГ | КЕГГ запись | ||
| МетаЦик | метаболический путь | ||
| ПРЯМОЙ | профиль | ||
| PDB Структуры | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||
| Генная онтология | АмиГО / QuickGO | ||
| |||
Префенатдегидрогеназа — это фермент, обнаруженный в шикиматном пути, который помогает катализировать реакцию префената на тирозин.
Номенклатура
[ редактировать ]Ген: ( Saccharomyces Cerevisiae ) TYR1 [ 1 ]
Шикиматный путь : арогенат / префенат (АДГ/ПДГ). Хотя в шикиматном пути арогенат и префенатдегидрогеназа катализируют разные реакции, иногда их можно использовать как взаимозаменяемые. [ 2 ]
- TyrA (тирозин А: внутри тирозинового пути) [ 3 ]
- Префенатдегидрогеназа [ 4 ]
- Префенат (никотинамидадениндинуклеотидфосфат) дегидрогеназа [ 5 ]
- Префенатдегидрогеназа (НАДФ) [ 6 ]
- НАДФ+ оксидоредуктаза [ 7 ]
Этот фермент на данный момент обнаружен у шестнадцати различных организмов; двенадцать различных видов бактерий (в основном цианобактерии ) и четыре разных вида растений (в основном разные виды фасоли). [ 8 ]
Бактерии-организмы (примеры): Acenitobacter Calcoaceticus , Fischerella sp ., Flavobacterium so ., Comamonas testosteroni и nostoc sp .
Растительные организмы: Phaseolus coccineus , Phaseolus vulgaris , vicia faba , vigna radiata.
Функция
[ редактировать ]Присутствует в шикиматном пути синтеза тирозина (заменимая аминокислота как у растений, так и у животных). Он катализирует реакцию окислительного декарбоксилирования префената до 4-гидроксифенилпирувата. [ 9 ]
Реакция
[ редактировать ]
В энзимологии префенатдегидрогеназа КФ ( ) 1.3.1.12 — фермент химическую , катализирующий реакцию .
- префенат + НАД + 4-гидроксифенилпируват + СО 2 + НАДН
Таким образом, двумя субстратами этого фермента являются префенат и НАД. + , тогда как его тремя продуктами являются 4-гидроксифенилпируват , CO 2 и НАДН .
Структура
[ редактировать ]Этот фермент принадлежит к семейству оксидоредуктаз , особенно тех, которые действуют на группу донора CH-CH с НАД+ или НАДФ+ в качестве акцептора. Систематическое название этого класса ферментов — префенат:НАД+оксидоредуктаза (декарбоксилирование) . Другие широко используемые названия включают гидроксифенилпируватсинтазу и хоризматмутазу — префенатдегидрогеназу . Этот фермент участвует в биосинтезе фенилаланина, тирозина и триптофана, а также биосинтезе новобиоцина .
Также обнаружен у haemophilus influenzae , синехоцистиса (бактерий) и aquifex aeolicus (растения).
Однако у Haemophilus influenzae префенатдегидрогеназа слита с ферментом хоризматмутазой . Это слияние не встречается ни у растений, ни у животных. [ 10 ]
Структурные исследования
[ редактировать ]По состоянию на конец 2007 года две структуры для этого класса ферментов были решены PDB с кодами доступа 2G5C и 2PV7 .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Маннхаупт Г., Штука Р., Пильц У., Шварцлозе С., Фельдманн Х. (1989). «Характеристика гена, кодирующего префенатдегидрогеназу, TYR1, из Saccharomyces Cerevisiae». Джин . 85 (2): 303–11. дои : 10.1016/0378-1119(89)90422-8 . ПМИД 2697638 .
- ^ "EC 1.3.1.13." ЕС 1.3.1.13 . Номенклатура ферментов IUBMB, 1972. Интернет. 24 апреля 2014 г.
- ^ «Префенатдегидрогеназа - TyrA - Bacillus Subtilis (штамм 168)». Префенатдегидрогеназа - TyrA - Bacillus Subtilis (штамм 168) . UniProt, 13 ноября 2013 г. Интернет. 24 апреля 2014 г.
- ^ "EC 1.3.1.13." ЕС 1.3.1.13 . Номенклатура ферментов IUBMB, 1972. Интернет. 24 апреля 2014 г.
- ^ "EC 1.3.1.13." ЕС 1.3.1.13 . Номенклатура ферментов IUBMB, 1972. Интернет. 24 апреля 2014 г.
- ^ "EC 1.3.1.13." ЕС 1.3.1.13 . Номенклатура ферментов IUBMB, 1972. Интернет. 24 апреля 2014 г.
- ^ "EC 1.3.1.13." ЕС 1.3.1.13 . Номенклатура ферментов IUBMB, 1972. Интернет. 24 апреля 2014 г.
- ^ «EC 1.3.1.13 - Префенатдегидрогеназа (НАДФ +)». Информация о префенатдегидрогеназе . БРЕНДА и Интернет. 24 апреля 2014 г.
- ^ "ИнтерПро". Бифункциональный Т-белок хоризматмутазы/префенатдегидрогеназы (IPR008244) . ИнтерПро и Интернет. 24 апреля 2014 г.
- ^ Чиу Х.Дж., Абдубек П., Астахова Т., Аксельрод Х.Л., Карлтон Д., Клейтон Т., Дас Д., Деллер МС, Дуан Л., Фейерхельм Дж., Грант Дж.К., Гжечник А., Хан Г.В., Ярошевски Л., Джин К.К., Клок Х.Э., Кнут М.В. , Козбиал П., Кришна С.С., Кумар А., Марчиано Д., МакМаллан Д., Миллер MD, Морс А.Т., Нигогосян Э., Окач Л., Рейес Р., Тьен Х.Дж., Трам CB, ван ден Бедем Х., Уикс Д., Сюй К., Ходжсон КО, Вули Дж., Элслигер М.А., Дикон А.М., Годзик А., Лесли С.А., Уилсон ИА (октябрь 2010 г.). «Структура префенатдегидрогеназы Haemophilus Influenzae предполагает уникальные особенности бифункциональных ферментов TyrA» . Acta Crystallogr F . 66 (Часть 10): 1317–25. дои : 10.1107/S1744309110021688 . ПМЦ 2954222 . ПМИД 20944228 .
