Одаренный драгоценными камнями

Одаренный драгоценными камнями
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Клад :	Группа ФКБ
Тип:	Одаренный драгоценными камнями ; Чжан и др. 2021 год
Классы
	Гематимонадеты ; Лонгимикробия ;
Синонимы
	«Гемматимонадеота» Орен и др. 2015 год ; «Гемматимонадота» Whitman et al. 2018 год ; «Гемматимонадеты» Чжан и др. 2003 г. ;

Gemmatimonadota — это тип бактерий , созданный в 2003 году. Этот тип включает два класса Gemmatimonadetes и Longimicrobia .

Разновидность

Типовой вид Gemmatimonas aurantiaca, штамм Т-27. ^Т был выделен из активного ила системы очистки сточных вод в 2003 году. ^{[ 1 ]} Это грамотрицательная бактерия, способная расти как за счет аэробного, так и за счет анаэробного дыхания. ^{[ 2 ]}

Вторым культивируемым видом была Gemmatirosa kalamazoonensis gen. ноябрь, сп. ноябрь штамм KBS708, который был выделен из органически обработанной сельскохозяйственной почвы в Мичигане, США. ^{[ 3 ]}

Третий культивируемый вид Gemmatimonas phototropica, штамм AP64. ^Т был выделен из мелководного пресноводного пустынного озера Тяньэху (Лебединое озеро) в Северном Китае. ^{[ 4 ]} Уникальной особенностью этого организма является наличие бактериальных фотосинтетических реакционных центров. Вероятно, он приобрел гены аноксигенного фотосинтеза посредством горизонтального переноса генов . G. phototropica — факультативный фотогетеротрофный организм. Для роста ему требуется органический субстрат, но дополнительную энергию для метаболизма он может получать от света. ^{[ 5 ]}

Штамм Longimicrobium terrae CB-286315T был выделен из образца почвы типичной средиземноморской лесной экосистемы, расположенной в Гранаде, Испания. Из-за такого большого филогенетического расстояния от других культивируемых Gemmatimonades был создан новый класс под названием Longimicrobia. ^{[ 6 ]}

Распространение в окружающей среде

Данные культурально-независимых исследований показывают, что Gemmatimonadota широко распространены во многих естественных средах обитания. Они составляют около 2% почвенных бактериальных сообществ и были идентифицированы как один из девяти основных типов, встречающихся в почвах; тем не менее, в настоящее время существует только шесть культивируемых изолятов. ^{[ 7 ]} Gemmatimonadota была обнаружена в различных засушливых почвах, таких как луга, прерии и пастбища, а также в эвтрофных озерных отложениях и альпийских почвах. Такой широкий диапазон сред, в которых были обнаружены Gemmatimonadota, предполагает адаптацию к низкой влажности почвы. ^{[ 8 ]} Проведенное исследование показало, что распространение Gemmatimonadota в почве, как правило, больше зависит от наличия влаги, чем от агрегации, что подтверждает мнение о том, что представители этого типа предпочитают более сухие почвы. ^{[ 9 ]} Меньшие количества были также обнаружены в различных водных средах, таких как пресные воды и отложения, а также на лугах и пахотных землях, расположенных в бореальных экосистемах [1] .

Филогения

на основе 16S рРНК ДП _12_2021 г. ^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}

120 однокопийных маркерных белков на основе GTDB 08-RS214 ^{[ 13 ]}^{[ 14 ]}^{[ 15 ]}

Лонгимикробия

Лонгимикробиалес	Лонгимикроб земли
Лонгимикробиевые

«Гемматимонадия»

гемматимонадальные

Розеизолибактерии поле

Гемматимонас

	Г. аурантиака

	Г. фототрофика

Гемматимонадовые

Одаренный драгоценными камнями

« Глассбактерии » (РИФ5)

«Гемматимонадия»

Лонгимикробиалес

Лонгимикроб земли

Лонгимикробиевые

гемматимонадальные

Жемчужина Каламазу

Гемматимонас

" Г. гренландика "

	Г. аурантиака

	Г. фототрофика

Гемматимонадовые

Таксономия

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LSPN). ^{[ 16 ]} и Национальный центр биотехнологической информации . ^{[ 17 ]}

Тип Gemmatimonadota Zhang et al. 2003 г.
- Класс Gemmatimonadetes Zhang et al. 2003 ["Гемматимонадия" Орен, Парте и Гаррити 2016 от Кавальер-Смит 2020 ]
  - Заказ «Palaucibacterales» Альдегера-Рикельме, Антона и Сантоса 2022 [PAUC43f]
  - Отряд Gemmatimonadales Zhang et al. 2003 г.
    - Семейство Gemmatimonadaceae Zhang et al. 2003 г.
      - Род Roseisolibacter Pascual et al. 2018 год
        Вид R. agri Pascual et al. 2018 год
      - Род « Gemmatirosa » DeBruyn et al. 2013 год
        Вид G. kalamazoonesis DeBruyn et al. 2013 год
      - Род Gemmatimonas Zhang et al. 2003 г. Цзэн и др. 2015 год
        Вид G. aurantiaca Zhang et al. 2003 г. Цзэн и др. 2015 год
        
        Вид « G. groenlandica » Zeng et al. 2020 год
        
        Вид G. phototropica Zeng et al. 2015 год
- Класс Longimicrobia Pascual et al. 2016 год
  - Отряд Longimicrobiales Pascual et al. 2016 год
    - Семейство Longimicrobiaceae Pascual et al. 2016 год
      - Род Longimicrobium Pascual et al. 2016 год
        Вид L. terrae Pascual et al. 2016 год

См. также

Ссылки

^ Чжан Х., Секигути Ю., Ханада С., Хугенхольц П., Ким Х., Камагата Ю., Накамура К. (2003). «Gemmatimonas aurantiaca gen. nov., sp. nov., грамотрицательный, аэробный, полифосфат-аккумулирующий микроорганизм, первый культивируемый представитель нового бактериального типа Gemmatimonadetes phyl. nov» . Int J Syst Evol Microbiol . 53 (Часть 4): 1155–63. дои : 10.1099/ ijs.0.02520-0 ПМИД 12892144 .
^ Такаичи, С; Маока, Т; Такасаки, К; Ханада, С. (2009). «Каротиноиды Gemmatimonas aurantiaca (Gemtimonadetes) : идентификация нового каротиноида, дезоксиоциллол-2-рамнозида, и предлагаемый путь биосинтеза осциллол-2,2'-дирхамнозида» . Микробиология . 156 (3): 757–763. дои : 10.1099/mic.0.034249-0 . ПМИД 19959572 .
^ ДеБрюн Дж.М.; Фаваз М.Н.; Павлин, AD; Данлэп-младший; Никсон Л.Т.; Купер К.Е.; Радосевич М. (2013). « Gemmatirosa kalamazoonesis gen. nov., sp. nov., представитель редко культивируемого бактериального типа Gemmatimonadetes» . J Gen Appl Microbiol . 59 (4): 305–312. дои : 10.2323/jgam.59.305 . ПМИД 24005180 .
^ Цзэн Ю.; Селянин В.; Лукеш М.; Дин Дж.; Кафтан Д.; Фэн Ф.; Коближек М. (2015). «Характеристика микроаэрофильной, содержащей бактериохлорофилл а бактерии Gemmatimonas phototropica sp. nov., и дополненные описания рода Gemmatimonas и Gemmatimonas aurantiaca » . Int J Syst Evol Microbiol . 65 (8): 2410–2419. дои : 10.1099/ijs.0.000272 . ПМИД 25899503 .
^ Цзэн Ю.; Фэн Ф.; Медова Х.; Дин Дж.; Коближек М. (2014). «Функциональные фотосинтетические реакционные центры 2-го типа, обнаруженные у редкого бактериального типа Gemmatimonadetes» . Proc Natl Acad Sci США . 111 (21): 7795–7800. Бибкод : 2014PNAS..111.7795Z . дои : 10.1073/pnas.1400295111 . ПМК 4040607 . ПМИД 24821787 .
^ Паскаль Дж.; Гарсиа-Лопес М.; Счета ГФ; Женийо О. (2016). « Longimicrobium terrae gen. nov., sp. nov., новая олиготрофная бактерия недостаточно представленного типа Gemmatimonadetes, выделенная с помощью системы миниатюрных диффузионных камер» . Int J Syst Evol Microbiol . 66 (5): 1976–1985. дои : 10.1099/ijsem.0.000974 . ПМИД 26873585 .
^ Фаваз, Мариам (2013). «Выявление экологической роли гематимонадетов посредством культивирования и молекулярного анализа сельскохозяйственных почв». Магистерская диссертация, Университет Теннесси : vi.
^ ДеБрюн, Дж; Никсон, Л; Фаваз, М; Джонсон, М; Радосевич, М (2011). «Глобальная биогеография и количественная сезонная динамика гематимонад в почве» . Прил. Окружающая среда. Микробиол . 77 (17): 6295–300. Бибкод : 2011ApEnM..77.6295D . дои : 10.1128/AEM.05005-11 . ПМК 3165389 . ПМИД 21764958 .
^ Фаваз, Мариам (2013). «Выявление экологической роли гематимонадетов посредством культивирования и молекулярного анализа сельскохозяйственных почв». Магистерская диссертация, Университет Теннесси : vi.
^ «ЛТП» . Проверено 23 февраля 2021 г.
^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 23 февраля 2021 г.
^ «Примечания к выпуску LTP_12_2021» (PDF) . Проверено 23 февраля 2021 г.
^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ Ж. П. Эзеби. «Гемматимонадеты» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 20 марта 2016 г.
^ Сэйерс; и др. «Гемматимонадеты» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 20 марта 2016 г.

Внешние ссылки

Эта бактериях статья о незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[1] Чжан Х., Секигути Ю., Ханада С., Хугенхольц П., Ким Х., Камагата Ю., Накамура К. (2003). «Gemmatimonas aurantiaca gen. nov., sp. nov., грамотрицательный, аэробный, полифосфат-аккумулирующий микроорганизм, первый культивируемый представитель нового бактериального типа Gemmatimonadetes phyl. nov» . Int J Syst Evol Microbiol . 53 (Часть 4): 1155–63. дои : 10.1099/ ijs.0.02520-0 ПМИД 12892144 .

[2] Такаичи, С; Маока, Т; Такасаки, К; Ханада, С. (2009). «Каротиноиды Gemmatimonas aurantiaca (Gemtimonadetes) : идентификация нового каротиноида, дезоксиоциллол-2-рамнозида, и предлагаемый путь биосинтеза осциллол-2,2'-дирхамнозида» . Микробиология . 156 (3): 757–763. дои : 10.1099/mic.0.034249-0 . ПМИД 19959572 .

[3] ДеБрюн Дж.М.; Фаваз М.Н.; Павлин, AD; Данлэп-младший; Никсон Л.Т.; Купер К.Е.; Радосевич М. (2013). « Gemmatirosa kalamazoonesis gen. nov., sp. nov., представитель редко культивируемого бактериального типа Gemmatimonadetes» . J Gen Appl Microbiol . 59 (4): 305–312. дои : 10.2323/jgam.59.305 . ПМИД 24005180 .

[4] Цзэн Ю.; Селянин В.; Лукеш М.; Дин Дж.; Кафтан Д.; Фэн Ф.; Коближек М. (2015). «Характеристика микроаэрофильной, содержащей бактериохлорофилл а бактерии Gemmatimonas phototropica sp. nov., и дополненные описания рода Gemmatimonas и Gemmatimonas aurantiaca » . Int J Syst Evol Microbiol . 65 (8): 2410–2419. дои : 10.1099/ijs.0.000272 . ПМИД 25899503 .

[5] Цзэн Ю.; Фэн Ф.; Медова Х.; Дин Дж.; Коближек М. (2014). «Функциональные фотосинтетические реакционные центры 2-го типа, обнаруженные у редкого бактериального типа Gemmatimonadetes» . Proc Natl Acad Sci США . 111 (21): 7795–7800. Бибкод : 2014PNAS..111.7795Z . дои : 10.1073/pnas.1400295111 . ПМК 4040607 . ПМИД 24821787 .

[6] Паскаль Дж.; Гарсиа-Лопес М.; Счета ГФ; Женийо О. (2016). « Longimicrobium terrae gen. nov., sp. nov., новая олиготрофная бактерия недостаточно представленного типа Gemmatimonadetes, выделенная с помощью системы миниатюрных диффузионных камер» . Int J Syst Evol Microbiol . 66 (5): 1976–1985. дои : 10.1099/ijsem.0.000974 . ПМИД 26873585 .

[7] Фаваз, Мариам (2013). «Выявление экологической роли гематимонадетов посредством культивирования и молекулярного анализа сельскохозяйственных почв». Магистерская диссертация, Университет Теннесси : vi.

[8] ДеБрюн, Дж; Никсон, Л; Фаваз, М; Джонсон, М; Радосевич, М (2011). «Глобальная биогеография и количественная сезонная динамика гематимонад в почве» . Прил. Окружающая среда. Микробиол . 77 (17): 6295–300. Бибкод : 2011ApEnM..77.6295D . дои : 10.1128/AEM.05005-11 . ПМК 3165389 . ПМИД 21764958 .

[9] Фаваз, Мариам (2013). «Выявление экологической роли гематимонадетов посредством культивирования и молекулярного анализа сельскохозяйственных почв». Магистерская диссертация, Университет Теннесси : vi.

[10] «ЛТП» . Проверено 23 февраля 2021 г.

[11] «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 23 февраля 2021 г.

[12] «Примечания к выпуску LTP_12_2021» (PDF) . Проверено 23 февраля 2021 г.

[about-13] «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[tree-14] "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[taxon_history-15] «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[16] Ж. П. Эзеби. «Гемматимонадеты» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 20 марта 2016 г.

[17] Сэйерс; и др. «Гемматимонадеты» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 20 марта 2016 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]