Частица распознавания сигнала РНК
РН7СЛ1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Псевдонимы | RN7SL1 , 7L1a, 7SL, RN7SL, RNSRP1, частица распознавания сигнала РНК, РНК, 7SL, цитоплазматическая 1, компонент РНК частицы распознавания сигнала 7SL1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Внешние идентификаторы | Опустить : 612177 ; Генные карты : RN7SL1 ; ОМА : RN7SL1 — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
РНК частицы распознавания сигнала (также известная как 7SL, 6S, ffs или 4.5S РНК) является частью комплекса частицы распознавания сигнала (SRP) рибонуклеопротеинового . SRP распознает сигнальный пептид и связывается с рибосомой , останавливая синтез белка. SRP-рецептор представляет собой белок, встроенный в мембрану и содержащий трансмембранную пору . Когда комплекс SRP-рибосома связывается с SRP-рецептором , SRP высвобождает рибосому и уходит. Рибосома возобновляет синтез белка, но теперь белок движется через трансмембранную пору SRP-рецептора .
Таким образом, SRP направляет движение белков внутри клетки для связывания с трансмембранной порой, что позволяет белку пересекать мембрану туда, где он необходим. РНК и белковые компоненты этого комплекса высококонсервативны , но различаются в разных царствах жизни.
Общее SINE семейство Alu , вероятно, произошло от гена 7SL РНК после делеции центральной последовательности. [3]
Эукариотический и шести белков: SRP 72, 68, 54 SRP состоит из 300-нуклеотидной 7S РНК , 19, 14 и 9. Архейный SRP состоит из 7S РНК и гомологов эукариотических белков SRP19 и SRP54. 7S РНК эукариот и архей имеют очень схожие вторичные структуры. [4]
У большинства бактерий SRP состоит из молекулы РНК (4,5S) и белка Ffh (гомолога эукариотического белка SRP54). Некоторые грамположительные бактерии (например, Bacillus subtilis ) имеют более длинную эукариотоподобную SRP-РНК, которая включает домен Alu . [5]
У эукариот и архей восемь спиральных элементов складываются в домены Alu и S, разделенные длинной линкерной областью. [6] [7] Считается, что домен Alu опосредует функцию замедления удлинения пептидной цепи SRP. [6] Универсально консервативная спираль, которая взаимодействует с М-доменом SRP54, опосредует распознавание сигнальной последовательности. [7] [8] Считается, что комплекс SRP19-спираль 6 участвует в сборке SRP и стабилизирует спираль 8 для SRP54. обязательность [6] У людей есть три функциональных гена SRP РНК, которые удобно называть RN7SL1, RN7SL2 и RN7SL3. В частности, известно, что геном человека содержит большое количество последовательностей, связанных с SRP-РНК, включая повторы Alu . [5]
Открытие
[ редактировать ]РНК SRP была впервые обнаружена в онкогенной РНК (окорны) частицах вируса птиц и мышей . [9] Впоследствии было обнаружено, что SRP РНК является стабильным компонентом неинфицированных клеток HeLa, где она связывается с мембранными и полисомальными фракциями. [10] [11] В 1980 году клеточные биологи выделили из собак поджелудочной железы 11S «белок распознавания сигналов» (по счастливой случайности также сокращенно «SRP»), который способствовал транслокации секреторных белков через мембрану эндоплазматического ретикулума . [12] Затем было обнаружено, что SRP содержит компонент РНК . [13] SRP РНК Сравнение генов разных видов показало, что спираль 8 SRP РНК высококонсервативна во всех сферах жизни . [14] Области вблизи 5'- и 3'-концов SRP РНК млекопитающих подобны доминантному семейству Alu средних повторяющихся последовательностей генома человека . [15] Теперь понятно, что ДНК Alu возникла из SRP РНК путем вырезания центрального SRP-РНК-специфичного (S) фрагмента с последующей обратной транскрипцией человека и интеграцией во множество участков хромосом . [3] SRP-РНК были идентифицированы также в некоторых органеллах , например, в пластидных SRP многих фотосинтезирующих организмов. [16] области ядерных рибосом и во внутренней транскрибируемой спейсерной некоторых эктомикоризных грибов. [17]
Транскрипция и обработка
[ редактировать ]Эукариотические SRP-РНК транскрибируются с ДНК с помощью РНК-полимеразы III (Pol III). [18] РНК-полимераза III также транскрибирует гены 5S- рибосомальной РНК, тРНК , 7SK-РНК и сплайсосомальной РНК U6 . Промоторы генов SRP РНК человека включают элементы , расположенные ниже места начала транскрипции. РНК SRP растений Промоторы содержат вышестоящий стимулирующий элемент (USE) и ТАТА-бокс . [ нужна ссылка ] Гены РНК SRP дрожжей имеют ТАТА-бокс и дополнительные внутригенные промоторные последовательности (называемые A- и B-блоками), которые играют роль в регуляции транскрипции гена SRP с помощью Pol III. [19] У бактерий полимеразой гены организованы в опероны и транскрибируются РНК- . [ нужна ссылка ] 5'-конец малой (4,5S) SRP РНК многих бактерий расщепляется P. РНКазой [20] Концы SRP-РНК Bacillus subtilis процессируются РНКазой III . SRP РНК до сих пор не Интронов наблюдалось. [ нужна ссылка ]
Функция
[ редактировать ]Котрансляционная транслокация
[ редактировать ]РНК SRP является неотъемлемой частью малого и большого домена SRP. Функция малого домена заключается в задержке трансляции белка до тех пор, пока связанный с рибосомой SRP не получит возможность ассоциироваться с мембрано-резидентным рецептором SRP (SR). Внутри большого домена SRP-РНК SRP, заряженного сигнальным пептидом, способствует гидролизу двух молекул гуанозинтрифосфата (GTP). Эта реакция высвобождает SRP из рецептора SRP и рибосомы , позволяя трансляцию продолжить и белку войти в транслокон . [21] Белок пересекает мембрану котрансляционно (во время трансляции) и попадает в другой клеточный компартмент или внеклеточное пространство. У эукариот мишенью является мембрана эндоплазматической сети (ЭР). У архей SRP доставляет белки к плазматической мембране . [22] У бактерий SRP в первую очередь включает белки во внутреннюю мембрану. [23]
Посттрансляционный транспорт
[ редактировать ]SRP участвует также в сортировке белков после завершения их синтеза (посттрансляционная сортировка белков). У эукариот белки, закрепленные на хвосте и имеющие гидрофобную инсерционную последовательность на С-конце, доставляются в эндоплазматический ретикулум (ЭР) с помощью SRP. [24] Аналогичным образом, SRP способствует посттрансляционному импорту белков, кодируемых в ядре, в тилакоидную мембрану хлоропластов . [25]
Структура
[ редактировать ]В 2005 году в номенклатуре всех SRP-РНК была предложена система нумерации из 12 спиралей. Секции спирали обозначаются суффиксом строчной буквы ( например, 5a). Вставкам или «ветвям» спирали присвоены номера, обозначенные точками (например, 9.1 и 12.1).
РНК SRP охватывает широкий филогенетический спектр по размеру и количеству структурных особенностей (см. Примеры вторичной структуры РНК SRP ниже). Наименьшие функциональные SRP-РНК обнаружены у микоплазмы и родственных видов. РНК SRP Escherichia coli (также называемая 4,5S РНК) состоит из 114 нуклеотидных РНК остатков и образует стебель-петлю . бактерия Грамположительная РНК Bacillus subtilis кодирует более крупную 6S SRP РНК, которая напоминает архей, гомологи но лишена 6-й спирали РНК SRP. SRP архей имеют спирали от 1 до 8, лишены спирали 7 и характеризуются третичной структурой , включающей апикальные петли. спирали 3 и спирали 4. Эукариотические SRP РНК лишены спирали 1 и содержат спираль 7 вариабельного размера. Некоторые SRP-РНК простейших имеют редуцированные спирали 3 и 4. SRP-РНК ascomycota имеют полностью уменьшенный малый домен и лишены спиралей 3 и 4. Самые крупные SRP-РНК, известные на сегодняшний день, обнаружены у дрожжей ( Saccharomycetes ), которые приобрели спирали с 9 по 12 в виде вставки в спираль 5, а также расширенную спираль 7. растения экспрессируют многочисленные сильно дивергентные SRP РНК. [4]
Узоры
[ редактировать ]Были идентифицированы четыре консервативных признака (мотива) (показаны на рисунке темно-серым цветом): (1) мотив связывания SRP54, (2) мотив тетрапетли Helix 6 GNAR, (3) мотив 5e и (4) UGU(NR). мотив. [ нужна ссылка ]
SRP54 привязка
[ редактировать ]Асимметричная петля между спиральными участками 8a и 8b и прилегающим участком 8b с парными основаниями является важным свойством каждой SRP РНК. Спиральный участок 8b содержит пары оснований, отличные от Уотсона-Крика , которые способствуют образованию уплощенной малой бороздки в РНК, пригодной для связывания белка SRP54 (называемого у бактерий Ffh). [7] Апикальная от петля спирали 8 содержит четыре, пять или шесть остатков в зависимости вида . Он имеет высококонсервативный гуанозин в качестве первого остатка петли и аденозин в качестве последнего остатка петли. Эта особенность необходима для взаимодействия с третьим аденозиновым остатком тетрапетлевого мотива спирали 6 GNAR. [26]
Тетрапетля Helix 6 GNAR
[ редактировать ]РНК SRP эукариот и архей имеют тетрапетлю GNAR (N — любой нуклеотид , R — пурин ) в спирали 6. Ее консервативный остаток аденозина важен для связывания белка SRP19. [27] Этот аденозин осуществляет третичное взаимодействие с другим остатком аденозина, расположенным в апикальной петле спирали 8. [28]
5е
[ редактировать ]11 нуклеотидов мотива 5e образуют четыре пары оснований , которые прерываются петлей из трех нуклеотидов . [5] У эукариот первый нуклеотид петли представляет собой аденозин , необходимый для связывания белка SRP72. [29]
ПЕРВЫЙ(НР)
[ редактировать ]Мотив UGU(NR) соединяет спирали 3 и 4 в малом (Alu) домене SRP. Грибные SRP-РНК, лишенные спиралей 3 и 4, содержат мотив внутри петли спирали 2. [5] Это важно для связывания белка гетеродимера SRP9/14 как части РНК разворота . [30]
вторичный
[ редактировать ]- Бактериальная SRP РНК (4,5S РНК) из E. coli
- Бактериальная SRP РНК (6S РНК) из Bacillus subtilis
- Архейная SRP РНК Archaeoglobus fulgidus
- эукариотических протистов РНК SRP Trypanosoma brucei
- РНК SRP эукариотических дрожжей из Saccharomyces cerevisiae
Третичный
[ редактировать ]SRP РНК | |
---|---|
Идентификаторы | |
Рфам | CL00003 |
Другие данные | |
PDB Структуры | PDBe 2IY3 , 1Z43 , 1RY1 , 1QZW , 1MFQ , 1L9A , 1LNG , 1JID , 1E8S , 1E8O , 1DUL , 1DUH , 1D4R , 28SR , 28SP |
Рентгеновская кристаллография , ядерный магнитный резонанс (ЯМР) и криоэлектронная микроскопия (крио-ЭМ] использовались для определения молекулярной структуры частей РНК SRP различных видов . Доступные структуры PDB показывают, что молекула РНК либо свободна, либо свободна. или когда он связан с одним или несколькими белками SRP .
- SRP19-7S.S Комплекс РНК SRP из M. jannaschii [28]
- S-домен SRP человека [31]
Связывающие белки
[ редактировать ]SRP Один или несколько белков SRP, связываются с РНК образуя функциональный SRP. Белки SRP названы в соответствии с их приблизительной молекулярной массой, измеряемой в килодальтонах . [32] Большинство бактериальных SRP состоят из SRP РНК и SRP54 (также называемого Ffh, что означает « гомолог четвертый » ) пятьдесят . SRP архей содержит белки SRP54 и SRP19. У эукариот РНК SRP сочетается с импортированными белками SRP SRP9/14, SRP19 и SRP68/72 в области ядрышка . Этот пре-SRP транспортируется в цитозоль , где связывается с белком SRP54. [33] Молекулярные структуры свободных или SRP-РНК-связанных белков SRP9/14, SRP19 или SRP54 известны с высоким разрешением.
SRP9 и SRP14
[ редактировать ]SRP9 и SRP14 структурно SRP9/14, родственны и образуют гетеродимер который связывается с РНК SRP малого (Alu) домена. [30] В дрожжевом SRP отсутствует SRP9, но он содержит структурно родственный связывающий белок SRP21. Дрожжевой SRP14 образует гомодимеры в кристалле и не связывает Alu. [34] SRP9/14 отсутствует в SRP трипаносомы , которая вместо этого содержит тРНК -подобную молекулу. [35]
СРП19
[ редактировать ]SRP19 обнаружен в SRP эукариот и архей . Его основная роль заключается в подготовке РНК SRP для связывания SRP54, SRP68 и SRP72 путем правильного расположения спиралей 6 и 8 SRP РНК. [31] Дрожжевой SRP содержит Sec65p, более крупный гомолог SRP19. [36]
СРП54
[ редактировать ]Белок SRP54 (называемый у бактерий Ffh ) является важным компонентом каждого SRP. Он состоит из трех функциональных доменов : N-концевого (N) домена, домена ГТФазы (G) и богатого метионином (M) домена. [37] [38]
СРП68 и СРП72
[ редактировать ]Белки SRP68 и SRP72 являются структурно несвязанными компонентами большого домена эукариотического SRP. Они образуют стабильный гетеродимер SRP68/72. Было показано, что около одной трети белка SRP68 человека связывается с РНК SRP. [39] Относительно небольшая область, расположенная вблизи С-конца SRP72, связывается с мотивом 5e SRP РНК. [29] [40]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000276168 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ Jump up to: а б Уллу Э, Чуди С (1984). «Последовательности Alu обрабатываются генами 7SL РНК». Природа . 312 (5990): 171–172. Бибкод : 1984Natur.312..171U . дои : 10.1038/312171a0 . ПМИД 6209580 . S2CID 4328237 .
- ^ Jump up to: а б Розенблад М.А., Ларсен Н., Самуэльссон Т., Цвиб С. (2009). «Родство в семействе SRP РНК» . Биология РНК . 6 (5): 508–516. дои : 10.4161/rna.6.5.9753 . ПМИД 19838050 .
- ^ Jump up to: а б с д Регалия М., Розенблад М.А., Самуэльссон Т. (август 2002 г.). «Прогнозирование сигналов распознавания генов РНК частиц» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (15): 3368–3377. дои : 10.1093/nar/gkf468 . ПМК 137091 . ПМИД 12140321 .
- ^ Jump up to: а б с Уайлд К., Вайхенридер О., Струб К., Синнинг И., Кьюсак С. (февраль 2002 г.). «К структуре частицы распознавания сигналов млекопитающих». Современное мнение в области структурной биологии . 12 (1): 72–81. дои : 10.1016/S0959-440X(02)00292-0 . ПМИД 11839493 .
- ^ Jump up to: а б с Бэти РТ, Рэмбо Р.П., Лукаст Л., Ра Б., Дудна Дж.А. (февраль 2000 г.). «Кристаллическая структура рибонуклеопротеинового ядра частицы распознавания сигнала». Наука . 287 (5456): 1232–1239. Бибкод : 2000Sci...287.1232B . дои : 10.1126/science.287.5456.1232 . ПМИД 10678824 .
- ^ Бэти Р.Т., Сагар М.Б., Дудна Дж.А. (март 2001 г.). «Структурный и энергетический анализ распознавания РНК универсально консервативным белком из частицы распознавания сигнала». Журнал молекулярной биологии . 307 (1): 229–246. дои : 10.1006/jmbi.2000.4454 . ПМИД 11243816 .
- ^ Епископ Дж.М., Левинсон В.Е., Салливан Д., Фаншир Л., Квинтрелл Н., Джексон Дж. (декабрь 1970 г.). «Низкомолекулярные РНК вируса саркомы Рауса. II. 7S РНК». Вирусология . 42 (4): 927–937. дои : 10.1016/0042-6822(70)90341-7 . ПМИД 4321311 .
- ^ Уокер Т.А., Пейс Н.Р., Эриксон Р.Л., Эриксон Э., Бер Ф. (сентябрь 1974 г.). «7S РНК, общая для онкорнавирусов и нормальных клеток, связана с полирибосомами» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 71 (9): 3390–3394. Бибкод : 1974PNAS...71.3390W . дои : 10.1073/pnas.71.9.3390 . ПМЦ 433778 . ПМИД 4530311 .
- ^ Зиве Г., Пенман С. (май 1976 г.). «Малые виды РНК клетки HeLa: метаболизм и субклеточная локализация». Клетка . 8 (1): 19–31. дои : 10.1016/0092-8674(76)90181-1 . ПМИД 954090 . S2CID 26928799 .
- ^ Уолтер П., Ибрагими И., Блобель Дж. (ноябрь 1981 г.). «Транслокация белков через эндоплазматический ретикулум. I. Белок распознавания сигнала (SRP) связывается с полисомами, собранными in vitro, синтезирующими секреторный белок» . Журнал клеточной биологии . 91 (2 ч. 1): 545–550. дои : 10.1083/jcb.91.2.545 . ПМК 2111968 . ПМИД 7309795 .
- ^ Уолтер П., Блобель Дж. (октябрь 1982 г.). «Частица распознавания сигнала содержит 7S РНК, необходимую для транслокации белка через эндоплазматический ретикулум». Природа . 299 (5885): 691–698. Бибкод : 1982Natur.299..691W . дои : 10.1038/299691a0 . ПМИД 6181418 . S2CID 4237513 .
- ^ Ларсен Н., Звиб С. (январь 1991 г.). «Выравнивание последовательности SRP-РНК и вторичная структура» . Исследования нуклеиновых кислот . 19 (2): 209–215. дои : 10.1093/нар/19.2.209 . ПМЦ 333582 . ПМИД 1707519 .
- ^ Уллу Э., Мерфи С., Мелли М. (май 1982 г.). «Человеческая 7SL РНК состоит из 140-нуклеотидной среднеповторяющейся последовательности, вставленной в последовательность alu». Клетка . 29 (1): 195–202. дои : 10.1016/0092-8674(82)90103-9 . ПМИД 6179628 . S2CID 12709599 .
- ^ Розенблад М.А., Самуэльссон Т. (ноябрь 2004 г.). «Идентификация генов РНК частиц распознавания сигналов хлоропластов» . Физиология растений и клеток . 45 (11): 1633–1639. дои : 10.1093/pcp/pch185 . ПМИД 15574839 .
- ^ Альм Розенблад М., Мартин М.П., Тедерсо Т., Райберг М.Р., Ларссон Э., Вурцбахер С., Абаренков К., Нильссон Р.Х. (2016). «Обнаружение РНК сигнальных частиц (SRP) в ядерном рибосомальном внутреннем транскрибируемом спейсере 1 (ITS1) трех линий эктомикоризных грибов» . Микокейс . 13 : 21–33. дои : 10.3897/mycokeys.13.8579 . hdl : 10261/163935 .
- ^ Диечи Г., Фиорино Г., Кастельнуово М., Тейхманн М., Пагано А. (декабрь 2007 г.). «Расширяющийся транскриптом РНК-полимеразы III». Тенденции в генетике . 23 (12): 614–622. дои : 10.1016/j.tig.2007.09.001 . hdl : 11381/1706964 . ПМИД 17977614 .
- ^ Диечи Дж., Джулиодори С., Кателлани М., Перкудани Р., Оттонелло С. (март 2002 г.). «Адаптация внутригенного промотора и облегчение рециркуляции РНК-полимеразы III при транскрипции SCR1, гена РНК 7SL Saccharomyces cerevisiae» . Журнал биологической химии . 277 (9): 6903–6914. дои : 10.1074/jbc.M105036200 . ПМИД 11741971 .
- ^ Ботвелл, Алабама; Гарбер, РЛ; Альтман, С. (10 декабря 1976 г.). «Нуклеотидная последовательность и процессинг in vitro молекулы-предшественника 4,5 S РНК Escherichia coli» . Журнал биологической химии . 251 (23): 7709–16. дои : 10.1016/S0021-9258(17)32909-5 . ПМИД 794064 .
- ^ Шан С.О., Уолтер П. (февраль 2005 г.). «Котрансляционное нацеливание на белок с помощью частицы распознавания сигнала» . Письма ФЭБС . 579 (4): 921–926. дои : 10.1016/j.febslet.2004.11.049 . ПМИД 15680975 . S2CID 46046514 .
- ^ Звиеб С., Эйхлер Дж. (март 2002 г.). «Добираемся до цели: архейская частица распознавания сигналов» . Архея . 1 (1): 27–34. дои : 10.1155/2002/729649 . ПМЦ 2685543 . ПМИД 15803656 .
- ^ Ульбрандт Н.Д., Ньюитт Дж.А., Бернштейн Х.Д. (январь 1997 г.). «Частица распознавания сигнала E. coli необходима для внедрения подмножества белков внутренней мембраны» . Клетка . 88 (2): 187–196. дои : 10.1016/S0092-8674(00)81839-5 . ПМИД 9008159 . S2CID 15246619 .
- ^ Абелл Б.М., Пул М.Р., Шленкер О., Синнинг И., Хай С. (июль 2004 г.). «Частица распознавания сигнала опосредует посттрансляционное нацеливание у эукариот» . Журнал ЭМБО . 23 (14): 2755–2764. дои : 10.1038/sj.emboj.7600281 . ПМК 514945 . ПМИД 15229647 .
- ^ Шунеманн Д., Гупта С., Перселло-Картье Ф., Климюк В.И., Джонс Дж.Д., Нуссауме Л., Хоффман Н.Е. (август 1998 г.). «Новая частица, распознающая сигнал, направляет светособирающие белки на мембраны тилакоидов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (17): 10312–10316. Бибкод : 1998PNAS...9510312S . дои : 10.1073/pnas.95.17.10312 . ПМК 21505 . ПМИД 9707644 .
- ^ Звиеб С., ван Нуэс Р.В., Розенблад М.А., Браун Дж.Д., Самуэльссон Т. (январь 2005 г.). «Номенклатура для всех РНК частиц распознавания сигналов» . РНК . 11 (1): 7–13. дои : 10.1261/rna.7203605 . ПМК 1370686 . ПМИД 15611297 .
- ^ Звиб С. (август 1992 г.). «Распознавание тетрануклеотидной петли РНК частицы распознавания сигнала белком SRP19» . Журнал биологической химии . 267 (22): 15650–15656. дои : 10.1016/S0021-9258(19)49585-9 . ПМИД 1379233 .
- ^ Jump up to: а б Хайнцл Т., Хуанг С., Зауэр-Эрикссон А.Е. (июнь 2002 г.). «Структура комплекса РНК SRP19 и значение для сборки частиц распознавания сигналов». Природа . 417 (6890): 767–771. Бибкод : 2002Natur.417..767H . дои : 10.1038/nature00768 . ПМИД 12050674 . S2CID 2509475 .
- ^ Jump up to: а б Яхьяева Э., Вауэр Дж., Вауэр И.К., Звиб С. (июнь 2008 г.). «Мотив 5e РНК эукариотической частицы распознавания сигнала содержит консервативный аденозин для связывания SRP72» . РНК . 14 (6): 1143–1153. дои : 10.1261/rna.979508 . ПМК 2390789 . ПМИД 18441046 .
- ^ Jump up to: а б Вайхенридер О., Уайлд К., Струб К., Кьюсак С. (ноябрь 2000 г.). «Структура и сборка домена Alu частицы распознавания сигнала млекопитающих» . Природа . 408 (6809): 167–173. Бибкод : 2000Natur.408..167W . дои : 10.1038/35041507 . ПМИД 11089964 . S2CID 4427070 .
- ^ Jump up to: а б Куглстаттер А., Обридж С., Нагай К. (2002). «Индуцированные структурные изменения 7SL РНК во время сборки частицы распознавания сигналов человека». Нат Структ Биол . 9 (10): 740–744. дои : 10.1038/nsb843 . ПМИД 12244299 . S2CID 9543041 .
- ^ Уолтер П., Блобель Дж. (сентябрь 1983 г.). «Разборка и восстановление частицы распознавания сигнала». Клетка . 34 (2): 525–533. дои : 10.1016/0092-8674(83)90385-9 . ПМИД 6413076 . S2CID 17907778 .
- ^ Политц Дж.К., Яровой С., Килрой С.М., Гауда К., Звиб С., Педерсон Т. (январь 2000 г.). «Распознавание сигналов компонентов частиц в ядрышке» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (1): 55–60. Бибкод : 2000ПНАС...97...55П . дои : 10.1073/pnas.97.1.55 . ПМК 26615 . ПМИД 10618370 .
- ^ Брукс М.А., Равелли Р.Б., Маккарти А.А., Струб К., Кьюсак С. (май 2009 г.). «Структура SRP14 из частицы распознавания сигнала Schizosaccharomyces pombe» . Acta Crystallographica Раздел D. 65 (Часть 5): 421–433. дои : 10.1107/S0907444909005484 . ПМИД 19390147 .
- ^ Лю Л., Бен-Шломо Х., Сюй YX, Стерн М.З., Гончаров И., Чжан Ю., Михаэли С. (май 2003 г.). «Частица, распознающая сигнал трипаносоматида, состоит из двух молекул РНК, гомолога РНК 7SL и новой тРНК-подобной молекулы» . Журнал биологической химии . 278 (20): 18271–18280. дои : 10.1074/jbc.M209215200 . ПМИД 12606550 .
- ^ Ханн BC, Стирлинг CJ, Уолтер П. (апрель 1992 г.). «Продукт гена SEC65 представляет собой субъединицу частицы распознавания дрожжевого сигнала, необходимую для ее целостности». Природа . 356 (6369): 532–533. Бибкод : 1992Natur.356..532H . дои : 10.1038/356532a0 . ПМИД 1313947 . S2CID 4287636 .
- ^ Ремиш К., Уэбб Дж., Герц Дж., Прен С., Франк Р., Вингрон М., Добберштейн Б. (август 1989 г.). «Гомология белка 54K частицы распознавания сигнала, стыковочного белка и двух белков E. coli с предполагаемыми GTP-связывающими доменами» (PDF) . Природа . 340 (6233): 478–482. Бибкод : 1989Natur.340..478R . дои : 10.1038/340478a0 . ПМИД 2502717 . S2CID 4343347 .
- ^ Бернштейн Х.Д., Поритц М.А., Струб К., Хобен П.Дж., Бреннер С., Уолтер П. (август 1989 г.). «Модель распознавания сигнальной последовательности из аминокислотной последовательности субъединицы 54K частицы распознавания сигнала». Природа . 340 (6233): 482–486. Бибкод : 1989Natur.340..482B . дои : 10.1038/340482a0 . ПМИД 2502718 . S2CID 619959 .
- ^ Яхьяева Э, Бхуян Ш., Инь Дж, Звиб С (июнь 2006 г.). «Белок SRP68 частицы распознавания сигнала человека: идентификация связывающих доменов РНК и SRP72» . Белковая наука . 15 (6): 1290–1302. дои : 10.1110/ps.051861406 . ПМЦ 2242529 . ПМИД 16672232 .
- ^ Яхьяева Е, Инь Дж, Звиб С (январь 2005 г.). «Идентификация РНК-связывающего домена в SRP72 человека». Журнал молекулярной биологии . 345 (4): 659–666. дои : 10.1016/j.jmb.2004.10.087 . ПМИД 15588816 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Куглстаттер А., Обридж С., Нагай К. (октябрь 2002 г.). «Индуцированные структурные изменения 7SL РНК во время сборки частицы распознавания сигналов человека». Структурная биология природы . 9 (10): 740–744. дои : 10.1038/nsb843 . ПМИД 12244299 . S2CID 9543041 .
- Ван Т, Тянь С, Чжан В, Луо К, Саркис П.Т., Ю Л, Лю Б, Ю Ю, Ю XF (декабрь 2007 г.). «7SL РНК опосредует упаковку вириона противовирусной цитидиндезаминазы APOBEC3G» . Журнал вирусологии . 81 (23): 13112–13124. дои : 10.1128/JVI.00892-07 . ПМК 2169093 . ПМИД 17881443 .
- Уллу Э., Вайнер А.М. (декабрь 1984 г.). «Человеческие гены и псевдогены компонента РНК 7SL частицы, распознающей сигнал» . Журнал ЭМБО . 3 (13): 3303–3310. дои : 10.1002/j.1460-2075.1984.tb02294.x . ПМЦ 557853 . ПМИД 6084597 .
- Энглерт М., Фелис М., Юнкер В., Бейер Х. (декабрь 2004 г.). «Новые восходящие и внутригенные элементы контроля РНК-полимеразы III-зависимой транскрипции генов 7SL РНК человека». Биохимия . 86 (12): 867–874. дои : 10.1016/j.biochi.2004.10.012 . ПМИД 15667936 .
- Оубридж С., Куглстаттер А., Джовин Л., Нагай К. (июнь 2002 г.). «Кристаллическая структура SRP19 в комплексе с S-доменом РНК SRP и ее значение для сборки частицы распознавания сигнала» . Молекулярная клетка . 9 (6): 1251–1261. дои : 10.1016/S1097-2765(02)00530-0 . ПМИД 12086622 .
- Ван Т, Тянь С, Чжан В, Саркис П.Т., Ю С.Ф. (январь 2008 г.). «Для упаковки вириона APOBEC3F необходимо взаимодействие с РНК 7SL, но не с геномной РНК ВИЧ-1 или P-тельцами». Журнал молекулярной биологии . 375 (4): 1098–1112. дои : 10.1016/j.jmb.2007.11.017 . ПМИД 18067920 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- База данных SRP (SRPDB): выравнивание РНК SRP и связанных с ними белков, вторичные структуры РНК SRP и трехмерные модели.
- Запись Rfam для РНК частицы распознавания сигнала типа Metazoan
- Запись Rfam для РНК бактериальных частиц, распознающих малые сигналы
- Запись Rfam для РНК бактериальной частицы распознавания большого сигнала
- Запись Rfam для РНК частицы распознавания грибкового сигнала
- Запись Rfam для РНК частицы распознавания сигналов растений
- Запись Rfam для РНК частицы распознавания сигнала простейших
- Запись Rfam для РНК частиц распознавания сигналов архей
- Фильм о частицах распознавания сигналов Dnatube