✖


Jump to content

SDS-СТРАНИЦА

Белки мембраны эритроцитов, разделенные методом ДСН-ПААГ по их молекулярным массам.

SDS-PAGE ( электрофорез в полиакриламидном геле с додецилсульфатом натрия ) представляет собой прерывистую электрофоретическую систему, разработанную Ульрихом К. Леммли , которая обычно используется в качестве метода разделения белков с молекулярной массой от 5 до 250 кДа . [ 1 ] [ 2 ] Совместное использование додецилсульфата натрия (SDS, также известного как лаурилсульфат натрия) и полиакриламидного геля исключает влияние структуры и заряда, а белки разделяются за счет различий в их размерах. По крайней мере, до 2012 года публикация с ее описанием была наиболее часто цитируемой статьей одного автора и второй по цитируемости в целом. [ 3 ]

Характеристики

[ редактировать ]
Разворачивание белка с помощью SDS
Разворачивание белка при нагревании

SDS-PAGE — это метод электрофореза , который позволяет разделять белки по массе. Среда (также называемая «матрицей») представляет собой дисперсный гель на основе полиакриламида. Полиакриламидный гель обычно помещается между двумя стеклянными пластинами в пластинчатом геле . Хотя тюбиковые гели (в стеклянных цилиндрах) использовались исторически, они быстро устарели с изобретением более удобных пластинчатых гелей. [ 4 ] Кроме того, ДСН ( додецилсульфат натрия используется ). Около 1,4 грамма ДСН связывается с граммом белка. [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] соответствует заряду одной молекулы ДСН на две аминокислоты . [ 8 ] SDS действует как поверхностно-активное вещество , маскируя собственный заряд белка и придавая ему очень похожее соотношение заряда к массе. Собственные заряды белков незначительны по сравнению с нагрузкой SDS, а положительные заряды также значительно уменьшаются в основном диапазоне pH разделительного геля. При приложении постоянного электрического поля белки мигрируют к аноду, каждый с разной скоростью, в зависимости от их массы. Эта простая процедура позволяет точно разделить белки по массе.

ДСН имеет тенденцию образовывать сферические мицеллы в водных растворах при концентрации выше определенной, называемой критической мицеллярной концентрацией (ККМ). Выше критической концентрации мицелл 7–10 миллимолярных в растворах ДСН встречается одновременно в виде одиночных молекул ( мономеров ) и мицелл, ниже КМЦ ДСН встречается только в виде мономеров в водных растворах. При критической концентрации мицелл мицелла состоит примерно из 62 молекул ДСН. [ 9 ] Однако только мономеры ДСН связываются с белками посредством гидрофобных взаимодействий, тогда как мицеллы ДСН являются анионными снаружи и не адсорбируют никаких белков. [ 5 ] SDS имеет амфипатическую природу, что позволяет ему разворачивать как полярные, так и неполярные участки белковой структуры. [ 10 ] При концентрациях ДСН выше 0,1 миллимолярного начинается разворачивание белков. [ 5 ] и выше 1 мМ большинство белков денатурированы. [ 5 ] Из-за сильного денатурирующего эффекта ДСН и последующей диссоциации белковых комплексов четвертичные структуры обычно не могут быть определены с помощью ДСН. Исключением являются белки, стабилизированные ковалентной сшивкой (например, -SS-сшивками), и устойчивые к ДСН белковые комплексы, которые стабильны даже в присутствии ДСН (последний, однако, только при комнатной температуре). Для денатурации SDS-устойчивых комплексов необходима высокая энергия активации, которая достигается за счет нагревания. Устойчивость к SDS основана на метастабильности складки белка. Хотя нативный, полностью свернутый, устойчивый к ДСН белок не обладает достаточной стабильностью в присутствии ДСН, химическое равновесие денатурации при комнатной температуре наступает медленно. Стабильные белковые комплексы характеризуются не только устойчивостью к SDS, но также устойчивостью к протеазам и увеличенным биологическим периодом полураспада . [ 11 ]

Альтернативно, электрофорез в полиакриламидном геле также можно проводить с катионными поверхностно-активными веществами CTAB в CTAB-PAGE. [ 12 ] [ 13 ] [ 14 ] или 16-BAC в BAC-PAGE. [ 15 ]

Процедура

[ редактировать ]

Метод SDS-PAGE состоит из подготовки геля, подготовки проб, электрофореза, окрашивания белков или вестерн-блоттинга и анализа полученного рисунка полос.

Производство геля

[ редактировать ]
Образцы расчесок с разным количеством карманов: каждый зубец при вытаскивании оставляет карман в геле.
Полимеризованный разделительный и накопительный гель перед удалением гребенки для образца (белый) между прокладками (черный), в накопительном геле содержится небольшое количество бромфенолового синего для улучшения видимости, разделительный гель не окрашен.

При использовании в геле разных буферов (прерывистый гель-электрофорез) гели готовят за сутки до электрофореза, чтобы диффузия не приводила к смешиванию буферов. Гель получают методом свободнорадикальной полимеризации в форме, состоящей из двух герметично закрытых стеклянных пластин с прокладками между стеклянными пластинами. В типичном варианте мини-геля прокладки имеют толщину 0,75 мм или 1,5 мм, что определяет нагрузочную способность геля. Для разливания раствора геля планшеты обычно закрепляют на подставке, которая временно герметизирует открытую в противном случае нижнюю сторону стеклянных пластин двумя прокладками. Для гелевого раствора смешивают акриламид в качестве гелеобразователя (обычно 4% по объему в укладочном геле и 10-12% в разделяющем геле), метиленбисакриламид в качестве сшивающего агента, укладочный или разделительный гель-буфер, воду и ДСН. . При добавлении катализатора TEMED и радикального инициатора персульфата аммония (APS) начинается полимеризация. [ 16 ] Затем раствор разливают между стеклянными пластинами, не создавая пузырьков. В зависимости от количества катализатора и радикального стартера, а также от температуры полимеризация длится от четверти часа до нескольких часов. Нижний гель (разделительный гель) наливают первым и покрывают несколькими каплями труднорастворимого в воде спирта (обычно буферно-насыщенного бутанола или изопропанола), который удаляет пузырьки из мениска и защищает раствор геля от радикалов-поглотителей кислорода. После полимеризации разделительного геля спирт выбрасывают, а остатки спирта удаляют фильтровальной бумагой . После добавления APS и TEMED к раствору штабелирующего геля его выливают поверх твердого разделительного геля. После этого между стеклянными пластинами вставляют подходящую гребенку для образцов, не создавая пузырьков. После полимеризации гребешок для образцов осторожно вынимают, оставляя карманы для нанесения образца. Для последующего использования белков для секвенирования белков. Гели часто готовят за день до электрофореза, чтобы уменьшить реакции неполимеризованного акриламида с цистеинами в белках.

С помощью градиентного смесителя можно отливать градиентные гели с градиентом акриламида (обычно от 4 до 12%), которые имеют больший диапазон разделения молекулярных масс. [ 17 ] В коммерческих гелевых системах (так называемые готовые гели ) обычно используется буферное вещество бис-трис метан со значением pH от 6,4 до 7,2 как в накопительном, так и в разделяющем геле. [ 18 ] [ 19 ] Эти гели поставляются в виде отлитых и готовых к использованию. Поскольку они используют только один буфер ( непрерывный гель-электрофорез ) и имеют почти нейтральный pH, их можно хранить в течение нескольких недель. Более нейтральный pH замедляет гидролиз и, следовательно, разложение полиакриламида. Кроме того, в белках меньше цистеинов, модифицированных акриламидом. [ 18 ] Благодаря постоянному pH собирающего и разделяющего геля эффект накопления отсутствует. Белки в гелях БисТрис не окрашиваются комплексами рутения. [ 20 ] Эта гелевая система имеет сравнительно большой диапазон разделения, который можно варьировать, используя MES или MOPS в рабочем буфере. [ 18 ]

Подготовка проб

[ редактировать ]
Восстановление дисульфида с помощью DTT

Во время подготовки проб к белкам в избытке добавляют буфер для пробы и, следовательно, ДСН, а затем пробу нагревают до 95 °C в течение пяти минут или, альтернативно, до 70 °C в течение десяти минут. Нагревание разрушает вторичную и третичную структуру белка, разрушая водородные связи и растягивая молекулы. Необязательно дисульфидные мостики можно расщепить путем восстановления. С этой целью восстанавливают тиолы , такие как β-меркаптоэтанол (β-МЭ, 5% по объему), дитиотреитол (ДТТ, 10–100 миллимолярный), [ 21 ] дитиоэритрит (ДТЕ, 10 миллимолярный), трис(2-карбоксиэтил)фосфин [ 22 ] или трибутилфосфин [ 21 ] добавляются в буфер выборки. После охлаждения до комнатной температуры каждый образец вносят пипеткой в ​​собственную лунку в геле, предварительно погруженном в буфер для электрофореза в аппарате для электрофореза.

Помимо образцов маркер размера молекулярной массы в гель обычно наносят . Он состоит из белков известных размеров и тем самым позволяет оценить (с погрешностью ± 10%) размеры белков в реальных образцах, которые мигрируют параллельно по разным дорожкам геля. [ 23 ] Маркер размера часто вводится пипеткой в ​​первый или последний карман геля.

Электрофорез

[ редактировать ]
Камера для электрофореза после нескольких минут электрофореза. В первый карман маркер размера наносился бромфеноловым синим, в остальные карманы добавлялся бромкрезоловый зеленый.
Камера для электрофореза после часа электрофореза при 80 Вольтах. В первой и двух последних лунках использовали коммерческую белковую лестницу. Другие загруженные лунки содержат образцы белка, покрытые SDS.

Для разделения денатурированные образцы загружают в гель полиакриламида, который помещают в буфер для электрофореза с подходящими электролитами. После этого подается напряжение (обычно около 100 В, 10-20 В на см длины геля), которое вызывает миграцию отрицательно заряженных молекул через гель в направлении положительно заряженного анода . Гель действует как сито. Небольшие белки относительно легко мигрируют через сетку геля, в то время как более крупные белки с большей вероятностью задерживаются и, таким образом, мигрируют через гель медленнее, что позволяет разделить белки по размеру молекул. Электрофорез длится от получаса до нескольких часов в зависимости от напряжения и длины используемого геля.

Наиболее быстро мигрирующие белки (с молекулярной массой менее 5 кДа) образуют буферный фронт вместе с анионными компонентами буфера для электрофореза, которые также мигрируют через гель. Область фронта буфера становится видимой путем добавления сравнительно небольшого количества анионного красителя бромфенолового синего в буфер для образца . Из-за относительно небольшого размера молекулы бромфенолового синего он мигрирует быстрее, чем белки. Путем оптического контроля мигрирующей цветной полосы электрофорез можно остановить до того, как краситель полностью пройдет через гель и покинет его.

Наиболее часто используемым методом является прерывистый SDS-PAGE. [ 24 ] [ 25 ] В этом методе белки сначала мигрируют в собирающий гель с нейтральным pH, в котором они концентрируются, а затем мигрируют в разделительный гель с основным pH, в котором происходит фактическое разделение. Укладочные и разделительные гели различаются разным размером пор (4-6 % Т и 10-20 % Т), ионной силой и значениями pH (pH 6,8 или pH 8,8). Наиболее часто используемым электролитом является SDS-содержащая трис - глицин - хлоридная буферная система. При нейтральном pH глицин образует преимущественно цвиттер-ионную форму, при высоком pH глицины теряют положительные заряды и становятся преимущественно анионных. В собирающем геле более мелкие отрицательно заряженные ионы хлорида мигрируют перед белками (как ведущие ионы), а несколько более крупные отрицательно и частично положительно заряженные ионы глицината мигрируют позади белков (как начальные замыкающие ионы), тогда как в сравнительно В основном разделяющем геле оба иона мигрируют перед белками. Градиент pH между буферами накопительного и разделительного геля приводит к эффекту накопления на границе накопительного геля и разделительного геля, поскольку глицинат частично теряет свои замедляющие положительные заряды по мере увеличения pH, а затем, по мере того, как бывший отстающий ион, догоняет его. белков и становится ведущим ионом, в результате чего полосы различных белков (видимые после окрашивания) становятся уже и острее – эффект суммирования. Для разделения более мелких белков и пептидов используется ТРИС- Трициновая буферная система Шеггера и фон Ягова используется из-за более высокого распределения белков в диапазоне от 0,5 до 50 кДа. [ 26 ]

Окрашивание гелем

[ редактировать ]
Окрашенный Кумасси 10% гель Трис/Трицин. На левой дорожке для оценки размера использовали маркер размера молекулярной массы (сверху вниз: 66, 45, 35, 24, 18 и 9 кДа). На остальных дорожках отделяли очищенные дрожжевые белки.

В конце электрофоретического разделения все белки сортируются по размеру и затем могут быть проанализированы другими методами, например, окрашиванием белков, например окрашиванием Кумасси (наиболее распространенным и простым в использовании), [ 27 ] [ 28 ] окрашивание серебром (высшая чувствительность), [ 29 ] [ 30 ] [ 31 ] [ 32 ] [ 33 ] [ 34 ] морилки все окрашивания, Amido black 10B , окрашивание [ 28 ] Быстрое окрашивание зеленым FCF, [ 28 ] флуоресцентные пятна, такие как эпикокконона пятно [ 35 ] и оранжевая морилка SYPRO, [ 36 ] и иммунологическое обнаружение, такое как вестерн-блоттинг . [ 37 ] [ 38 ] Флуоресцентные красители имеют сравнительно более высокую линейность между количеством белка и интенсивностью цвета, примерно на три порядка выше предела обнаружения (количества белка, которое можно оценить по интенсивности цвета). При использовании флуоресцентного белкового красителя трихлорэтанола последующее окрашивание белка не требуется, если он был добавлен в раствор геля и гель был облучен УФ-светом после электрофореза. [ 39 ] [ 40 ]

При окраске Кумасси гель фиксируют в 50% растворе этанола и 10% ледяной уксусной кислоты в течение 1 часа. Затем раствор меняют на свежий и через 1–12 часов гель заменяют на красящий раствор (50% метанол, 10% ледяная уксусная кислота, 0,1% кумасси бриллиантовый синий) с последующей заменой красящего раствора несколько раз на 40% раствор. метанол, 10% ледяная уксусная кислота.

Анализ

[ редактировать ]

Окрашивание белков в геле создает документируемый рисунок полос различных белков.

  • Гликопротеины имеют разные уровни гликозилирования и адсорбируют ДСН более неравномерно в местах гликозилирования, что приводит к более широким и размытым полосам. [ 41 ]
  • Мембранные белки из-за их трансмембранного домена часто состоят из более гидрофобных аминокислот, имеют меньшую растворимость в водных растворах, имеют тенденцию связывать липиды и имеют тенденцию осаждаться в водных растворах из-за гидрофобных эффектов , когда отсутствуют достаточные количества детергента. . Это осаждение проявляется для мембранных белков в SDS-PAGE в «хвосте» над полосой трансмембранного белка. В этом случае можно использовать больше SDS (путем использования более или более концентрированного буфера для образца) и уменьшить количество белка в образце.
  • Перегрузка геля растворимым белком создает полукруглую полосу этого белка (например, на маркерной полосе изображения при 66 кДа), позволяя покрыть другие белки с аналогичной молекулярной массой.
  • Низкий контраст (как на маркерной полосе изображения) между полосами внутри дорожки указывает либо на присутствие многих белков (низкая чистота), либо, если используются очищенные белки и низкий контраст возникает только ниже одной полосы, это указывает на протеолитическую деградацию. белка, который сначала вызывает полосы деградации, а после дальнейшей деградации дает однородный цвет («размазывание») под полосой. [ 42 ]

Документирование рисунка полос обычно выполняется путем фотографирования или сканирования. Для последующего восстановления молекул в отдельных полосах гель-экстракцию можно провести .

Архивирование

[ редактировать ]
Два геля SDS после полного разделения образцов и окрашивания в сушильной камере.

После окрашивания белка и документирования рисунка полос полиакриламидный гель можно высушить для архивного хранения. [ 43 ] Белки из него можно извлечь позднее. Гель помещают либо в сушильную камеру (с использованием тепла или без него), либо в вакуумную сушилку. Сушильный каркас состоит из двух частей, одна из которых служит основой для влажной целлофановой гель и однопроцентный раствор глицерина пленки, к которой добавляется . Затем накладывают вторую влажную целлофановую пленку без пузырьков, сверху надевают вторую часть рамки и закрепляют раму зажимами. Удаление пузырьков воздуха позволяет избежать фрагментации геля во время высыхания. Вода испаряется через целлофановую пленку. В отличие от сушильной установки, вакуумная сушилка создает вакуум и нагревает гель примерно до 50 °C.

Определение молекулярной массы

[ редактировать ]
Белки маркера размера (черный X) показывают примерно прямую линию в представлении log M над Rf. Молекулярную массу неизвестного белка (красный X) можно определить по оси y.

Для более точного определения молекулярной массы в разделяющем геле измеряют относительные расстояния миграции отдельных полос белка. [ 44 ] [ 45 ] Измерения обычно выполняются в трех экземплярах для повышения точности. Относительная подвижность (называемая значением Rf или значением Rm) определяется как расстояние, преодолеваемое полосой белка, деленное на расстояние, преодолеваемое фронтом буфера. Каждое расстояние измеряется от начала разделительного геля. Миграция фронта буфера примерно соответствует миграции красителя, содержащегося в буфере образца. Rf маркера размера нанесены на график в полулогарифмическом режиме в зависимости от их известных молекулярных масс. Путем сравнения с линейной частью построенного графика или с помощью регрессионного анализа молекулярную массу неизвестного белка можно определить по его относительной подвижности. [ 44 ] [ 46 ]

Полосы белков с гликозилированием могут быть размытыми, [ 41 ] поскольку гликозилирование часто бывает гетерогенным. [ 47 ] Белки со многими основными аминокислотами (например, гистонами ) [ 48 ] могут привести к завышению молекулярной массы или даже вообще не мигрировать в гель, поскольку при электрофорезе они движутся медленнее из-за положительных зарядов или даже в противоположном направлении. С другой стороны, многие кислые аминокислоты могут привести к ускоренной миграции белка и недооценке его молекулярной массы. [ 49 ]

Приложения

[ редактировать ]

SDS-PAGE в сочетании с красителем белков широко используется в биохимии для быстрого и точного разделения и последующего анализа белков. Он имеет сравнительно низкие затраты на инструменты и реагенты и является простым в использовании методом. Из-за своей низкой масштабируемости его в основном используют в аналитических целях и реже в препаративных целях, особенно когда необходимо выделить большие количества белка.

Кроме того, SDS-PAGE используется в сочетании с вестерн-блоттингом для определения присутствия конкретного белка в смеси белков или для анализа посттрансляционных модификаций . [ 50 ] [ 51 ] Посттрансляционные модификации белков могут привести к различной относительной подвижности (т.е. сдвигу полосы ) или к изменению связывания детектирующего антитела, используемого в вестерн-блоттинге (т.е. полоса исчезает или появляется).

В масс-спектрометрии белков SDS-PAGE является широко используемым методом подготовки проб перед спектрометрией, в основном с использованием расщепления в геле . Что касается определения молекулярной массы белка, SDS-PAGE немного более точен, чем аналитическое ультрацентрифугирование , но менее точен, чем масс-спектрометрия или - без учета посттрансляционных модификаций - расчет молекулярной массы белка по ДНК. последовательность .

В медицинской диагностике SDS-PAGE используется как часть теста на ВИЧ и для оценки протеинурии . В тесте на ВИЧ белки ВИЧ разделяются с помощью SDS-PAGE и впоследствии обнаруживаются с помощью вестерн-блоттинга с ВИЧ-специфичными антителами пациента, если они присутствуют в его сыворотке крови . SDS-PAGE при протеинурии оценивает уровни различных сывороточных белков в моче, например, альбумина , альфа-2-макроглобулина и IgG .

Варианты

[ редактировать ]

SDS-PAGE является наиболее широко используемым методом гель-электрофоретического разделения белков. Двумерный гель-электрофорез последовательно сочетает изоэлектрическое фокусирование или BAC-PAGE с SDS-PAGE. [ 52 ] [ 53 ] Нативный PAGE используется, если необходимо сохранить нативную укладку белка. Для разделения мембранных белков в качестве альтернативы SDS-PAGE можно использовать BAC-PAGE или CTAB-PAGE. Для электрофоретического разделения более крупных белковых комплексов электрофорез в агарозном геле можно использовать , например, SDD-AGE . Некоторые ферменты можно обнаружить по их ферментативной активности с помощью зимографии . [ 54 ]

Альтернативы

[ редактировать ]

Являясь одним из наиболее точных и недорогих методов разделения и анализа белков, SDS-PAGE денатурирует белки. Если необходимы неденатурирующие условия, белки разделяют с помощью нативного PAGE или различных хроматографических методов с последующей фотометрической количественной оценкой , например аффинной хроматографией (или даже тандемной аффинной очисткой ), эксклюзионной хроматографией , ионообменной хроматографией . [ 55 ] Белки также можно разделить по размеру с помощью тангенциальной проточной фильтрации. [ 56 ] или ультрафильтрация . [ 57 ] Отдельные белки можно выделить из смеси с помощью аффинной хроматографии или анализа с понижением концентрации . Некоторые исторически ранние и экономически эффективные, но грубые методы разделения обычно основаны на серии экстракций и осаждений с использованием коссмотропных молекул, например осаждение сульфатом аммония и осаждение полиэтиленгликолем .

История

[ редактировать ]

В 1948 году Арне Тиселиус был удостоен Нобелевской премии по химии за открытие принципа электрофореза, заключающегося в миграции заряженных и растворенных атомов или молекул в электрическом поле. [ 58 ] Использование твердой матрицы (первоначально бумажных дисков) при зонном электрофорезе улучшило разделение. Прерывистый электрофорез 1964 г., проведенный Л. Орнштейном и Б. Дж. Дэвисом, позволил улучшить разделение за счет эффекта суммирования. [ 59 ] Использование сшитых полиакриламидных гидрогелей, в отличие от ранее использовавшихся бумажных дисков или крахмальных гелей, обеспечило более высокую стабильность геля и отсутствие микробного разложения. Денатурирующий эффект SDS в непрерывных полиакриламидных гелях и последующее улучшение разрешения были впервые описаны в 1965 году Дэвидом Ф. Саммерсом в рабочей группе Джеймса Э. Дарнелла по разделению белков полиовируса. [ 60 ] Текущий вариант SDS-PAGE был описан в 1970 году Ульрихом К. Леммли и первоначально использовался для характеристики белков головки бактериофага Т4 . [ 1 ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Перейти обратно: а б Леммли, Великобритания (1970). «Расщепление структурных белков при сборке головы бактериофага Т4». Природа . 227 (5259): 680–685. Бибкод : 1970Natur.227..680L . дои : 10.1038/227680a0 . ISSN   0028-0836 . ПМИД   5432063 . S2CID   3105149 .
  2. ^ «Интервью с Ульрихом Леммли» . Neue Zürcher Zeitung (на немецком языке). нет. 11. 2005 г. Проверено 4 марта 2012 г.
  3. ^ Neue Züricher Zeitung: Интервью с Ульрихом Леммли (на немецком языке) . НЗЗ Фолио, №. 11, 2005. По состоянию на 4 марта 2012 г.
  4. ^ Студиер, Ж (01 декабря 2000 г.). «Плиточно-гель-электрофорез». Тенденции биохимических наук . 25 (12). Эльзевир Б.В.: 588–590. дои : 10.1016/s0968-0004(00)01679-0 . ISSN   0968-0004 . ПМИД   11116182 .
  5. ^ Перейти обратно: а б с д Рейнольдс, Дж.А.; Танфорд, Чарльз (1970). «Связывание додецилсульфата с белками при высоких коэффициентах связывания. Возможные последствия для состояния белков в биологических мембранах» . Proc Natl Acad Sci США . 66 (3): 1002–7. Бибкод : 1970ПНАС...66.1002Р . дои : 10.1073/pnas.66.3.1002 . ПМК   283150 . ПМИД   5269225 .
  6. ^ Смит, Би Джей (1984). «Электрофорез белков в полиакриламидном геле с ДСН». Белки . Методы молекулярной биологии. Том. 1. С. 41–56. дои : 10.1385/0-89603-062-8:41 . ISBN  0-89603-062-8 . ПМИД   20512673 .
  7. ^ Стаикос, Георгиос; Дондос, Анастасиос (2009). «Изучение комплексов додецилсульфат натрия-белок: свидетельство их червеобразной конформации путем рассмотрения их как полимеров со случайным клубком». Коллоидная и полимерная наука . 287 (8): 1001–1004. дои : 10.1007/s00396-009-2059-3 . ISSN   0303-402X . S2CID   97367384 .
  8. ^ Нинфа А.Дж., Баллу Д.П., Бенор М. (2010). Фундаментальные лабораторные подходы к биохимии и биотехнологии (2-е изд.). Хобокен, Нью-Джерси: John Wiley & Sons, Inc. ISBN  978-0-470-08766-4 . OCLC   420027217 .
  9. ^ Турро, Николас Дж.; Йекта, Ахмад (1978). «Люминесцентные зонды для растворов моющих средств. Простая процедура определения среднего числа агрегации мицелл». Журнал Американского химического общества . 100 (18): 5951–5952. дои : 10.1021/ja00486a062 . ISSN   0002-7863 .
  10. ^ Берг, Джереми М. (8 апреля 2015 г.). Биохимия . Тимочко, Джон Л.; Гатто, Грегори младший; Страйер, Люберт (Восьмое изд.). Нью-Йорк. ISBN  9781464126109 . OCLC   913469736 . {{cite book}}: CS1 maint: отсутствует местоположение издателя ( ссылка )
  11. ^ Мэннинг М., Колон В. (2004). «Структурная основа кинетической стабильности белков: устойчивость к додецилсульфату натрия предполагает центральную роль жесткости и склонности к структуре бета-листа» . Биохимия . 43 (35): 11248–54. дои : 10.1021/bi0491898 . ПМИД   15366934 .
  12. ^ Буксбаум, Энгельберт (2003). «Катионный электрофорез и электроперенос мембранных гликопротеинов». Аналитическая биохимия . 314 (1): 70–76. дои : 10.1016/S0003-2697(02)00639-5 . ISSN   0003-2697 . ПМИД   12633604 .
  13. ^ Акин, Дайан Т.; Шапира, Раймонд; Кинкейд, Джозеф М. (1985). «Определение молекулярной массы биологически активных белков методом электрофореза в полиакриламидном геле бромида цетилтриметиламмония». Аналитическая биохимия . 145 (1): 170–176. дои : 10.1016/0003-2697(85)90343-4 . ISSN   0003-2697 . ПМИД   4003759 .
  14. ^ Симпсон, Р.Дж. (2010). «СТАБ-СТР.». Протоколы Колд-Спринг-Харбора . 2010 (4): pdb.prot5412. дои : 10.1101/pdb.prot5412 . ISSN   1559-6095 . ПМИД   20360366 .
  15. ^ Хартингер, Иоахим; Стениус, Катинка; Хёгеманн, Дагмар; Ян, Рейнхард (1996). «16-BAC/SDS-PAGE: система двумерного гель-электрофореза, подходящая для разделения интегральных мембранных белков» . Аналитическая биохимия . 240 (1): 126–133. дои : 10.1006/abio.1996.0339 . ISSN   0003-2697 . ПМИД   8811889 .
  16. ^ Дж. Л. Брунель, Р. Грин: Одномерный электрофорез в SDS-полиакриламидном геле (1D SDS-PAGE). В кн.: Методы энзимологии. Том 541, 2014 г., с. 151–159, doi : 10.1016/B978-0-12-420119-4.00012-4 , PMID 24674069.
  17. ^ Марголис Дж., Кенрик К.Г. (1969). «Двумерное разрешение белков плазмы с помощью комбинации полиакриламидного диска и электрофореза в градиентном геле» . Природа . 221 (5185): 1056–7. Бибкод : 1969Natur.221.1056M . дои : 10.1038/2211056a0 . ПМИД   5774398 . S2CID   4197850 .
  18. ^ Перейти обратно: а б с Хачманн, Джон П.; Амши, Джозеф В. (2005). «Модели модификации белка в гелях Трис-глицин и Бис-Трис с нейтральным pH во время электрофореза: Влияние pH геля». Аналитическая биохимия . 342 (2): 237–245. дои : 10.1016/j.ab.2005.04.015 . ISSN   0003-2697 . ПМИД   15935323 .
  19. ^ Уилтфанг, Йенс; Арольд, Норберт; Нойхофф, Волкер (1991). «Новая многофазная буферная система для электрофореза в додецилсульфат-полиакриламидном геле белков и пептидов с молекулярной массой 100 000-1000 и их обнаружения с пикомолярной чувствительностью». Электрофорез . 12 (5): 352–366. дои : 10.1002/elps.1150120507 . ISSN   0173-0835 . ПМИД   1718736 . S2CID   40101706 .
  20. ^ Мебиус, Ян; Денкер, Катрин; Зикманн, Альберт (2007). «Дисульфонат рутения (II) трис-батофенантролина хорошо подходит для трис-глицин-ПААГ, но не для бис-трис-гелей». Протеомика . 7 (4): 524–527. дои : 10.1002/pmic.200600642 . ISSN   1615-9853 . ПМИД   17309097 . S2CID   25822873 .
  21. ^ Перейти обратно: а б Брейер Вудланд, Александр Нечаков, Йенс Р. Курссен: Оптимизированное восстановление протеома для интегративной протеомики сверху вниз. В: Протеомы. 2023, Группа 11, Номер 1, С. 10 дои : 10.3390/протеомы11010010 . ПМИД 36976889. ПМК   10059017 .
  22. ^ Джон А. Бернс, Джеймс К. Батлер, Джон Т. Моран, Джордж М. Уайтсайдс: селективное восстановление дисульфидов трис (2-карбоксиэтил) фосфином. В: Журнал органической химии. 1991, Группа 56, Номер 8, С. 2648–2650. два : 10.1021/jo00008a014 .
  23. ^ Розенберг, Ян М. (22 декабря 2006 г.). Анализ и очистка белков: настольные методы . Springer Science & Business Media. стр. 103–. ISBN  978-0-8176-4412-3 .
  24. ^ Э. Буксбаум: Катионный электрофорез. В кн.: Методы молекулярной биологии. Том 1855, 2019, с. 115–124, doi : 10.1007/978-1-4939-8793-1_12 , PMID 30426413.
  25. ^ Л. Бэкман, К. Перссон: Серьезная SDS-СТРАНИЦА. В кн.: Методы молекулярной биологии. Том 1721, 2018 г., с. 89–94, doi : 10.1007/978-1-4939-7546-4_8 , PMID 29423849.
  26. ^ Шеггер, Герман; фон Ягов, Гебхард (1987). «Трицин-додецилсульфат натрия-электрофорез в полиакриламидном геле для разделения белков в диапазоне от 1 до 100 кДа». Аналитическая биохимия . 166 (2): 368–379. дои : 10.1016/0003-2697(87)90587-2 . ISSN   0003-2697 . ПМИД   2449095 .
  27. ^ Фазекас де Сен-Грот, С.; Вебстер, Р.Г.; Дайнер, А. (1963). «Две новые процедуры окрашивания для количественной оценки белков на электрофоретических полосках». Биохимика и биофизика Acta . 71 : 377–391. дои : 10.1016/0006-3002(63)91092-8 . ПМИД   18421828 .
  28. ^ Перейти обратно: а б с Уилсон, CM (1979). «Исследования и критика Amido Black 10B, Coomassie Blue R и Fast Green FCF как красителей для белков после электрофореза в полиакриламидном геле». Анальная биохимия . 96 (2): 263–78. дои : 10.1016/0003-2697(79)90581-5 . ПМИД   89822 .
  29. ^ Меррил, Чехия; Свитцер, Р.К.; Кеурен, М.Л. Ван (1979). «Следовые полипептиды в клеточных экстрактах и ​​жидкостях организма человека обнаруживаются с помощью двумерного электрофореза и высокочувствительного окрашивания серебром» . Proc Natl Acad Sci США . 76 (9): 4335–4339. Бибкод : 1979PNAS...76.4335M . дои : 10.1073/pnas.76.9.4335 . ПМК   411569 . ПМИД   92027 .
  30. ^ RC Switzer, CR Merril, S. Shifrin (сентябрь 1979 г.), «Высокочувствительное окрашивание серебром для обнаружения белков и пептидов в полиакриламидных гелях», Anal Biochem (на немецком языке), vol. 98, нет. 1, стр. 231–237, номер документа : 10.1016/0003-2697(79)90732-2 , PMID   94518. {{citation}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  31. ^ Блюм, Х.; Бейер, Х.; Гросс, HJ (1987). «Улучшенное окрашивание серебром растительных белков, РНК и ДНК в гелях ПАА». Электрофорез . 8 : 93–99. дои : 10.1002/elps.1150080203 . S2CID   84471792 .
  32. ^ Рабиллуд, Т.; и др. (1988). «Улучшение и упрощение низкофонового окрашивания белков серебром с использованием дитионита натрия». Электрофорез . 9 (6): 288–291. дои : 10.1002/elps.1150090608 . ПМИД   2466660 . S2CID   33007991 .
  33. ^ Рабиллуд, Т. (1992). «Сравнение низкофоновых окрасок диаммина серебра и белка нитрата серебра». Электрофорез . 13 (7): 429–439. дои : 10.1002/elps.1150130190 . ПМИД   1425556 . S2CID   43084621 .
  34. ^ Лелонг, К.; Шевалле, М.; Луче, С.; Рабиллуд, Т. (2009). «Окрашивание серебром белков в гелях 2DE». Протоколы двумерного электрофореза (PDF) . Методы Мол Биол. Том. 519. стр. 339–350. дои : 10.1007/978-1-59745-281-6_21 . ISBN  978-1-58829-937-6 . ПМИД   19381593 . S2CID   52820065 .
  35. ^ Мориц, Кристиан П.; Марз, Сабрина X.; Рейсс, Ральф; Шуленборг, Томас; Фриауф, Экхард (февраль 2014 г.). «Окрашивание эпикоккононом: мощный контроль загрузки вестерн-блоттинга». Протеомика . 14 (2–3): 162–8. дои : 10.1002/pmic.201300089 . ПМИД   24339236 . S2CID   206368546 .
  36. ^ Демченко, Александр Петрович (2011). Усовершенствованные репортеры флуоресценции в химии и биологии III: Применение в области зондирования и визуализации, полоса 3 от Advanced Fluorescent Reporters в химии и биологии . Спрингер. ISBN  978-3-642-18035-4 .
  37. ^ Галлахер, Шон; Чакаварти, Деб (2008). «Окрашивание белков в гелях» . Журнал визуализированных экспериментов (17). дои : 10.3791/760 . ISSN   1940-087X . ПМЦ   3253607 . ПМИД   19066521 .
  38. ^ Уилсон, CM (1983). «Окрашивание белков на гелях: сравнение красителей и процедур». часть I. Структура фермента , Методы Энзимол. Том. 91. стр. 236–47. дои : 10.1016/s0076-6879(83)91020-0 . ISBN  9780121819910 . ПМИД   6190068 .
  39. ^ Ладнер К.Л., Ян Дж., Тернер Р.Дж., Эдвардс Р.А. (2004). «Видимое флуоресцентное обнаружение белков в полиакриламидных гелях без окрашивания» . Анальная биохимия . 326 (1): 13–20. дои : 10.1016/j.ab.2003.10.047 . ПМИД   14769330 .
  40. ^ Гильда Дж. Э., Гомес А. В. (2013). «Окрашивание общего белка без пятен является превосходным контролем нагрузки по сравнению с β-актином для вестерн-блоттинга» . Анальная биохимия . 440 (2): 186–8. дои : 10.1016/j.ab.2013.05.027 . ПМК   3809032 . ПМИД   23747530 .
  41. ^ Перейти обратно: а б Крио-ЭМ, часть A: Подготовка проб и сбор данных . Академическая пресса. 30 сентября 2010 г. с. 28. ISBN  978-0-08-095695-4 .
  42. ^ Берджесс, Ричард Р.; Дойчер, Мюррей П. (3 ноября 2009 г.). Руководство по очистке белка . Академическая пресса. стр. 184–. ISBN  978-0-08-092317-8 .
  43. ^ С. Стамова, И. Михалк, Х. Барч, М. Бахманн: Методы сушки геля. В кн.: Методы молекулярной биологии. Том 869, 2012 г., с. 433–436, doi : 10.1007/978-1-61779-821-4_36 , PMID 22585507.
  44. ^ Перейти обратно: а б Боннер, Филип ЛР; Харгривз, Алан Дж. (24 августа 2011 г.). Основные лабораторные методы биологических наук: Карманный справочник . Джон Уайли и сыновья. стр. 140–. ISBN  978-1-119-95644-0 .
  45. ^ Хольцхауэр, Мартин (13 сентября 2006 г.). Основные методы биохимической лаборатории . Springer Science & Business Media. стр. 243–. ISBN  978-3-540-32786-8 .
  46. ^ Капретт, Дэвид Р. (5 января 2007 г.). «Измерение подвижности белковых полос» . www.ruf.rice.edu .
  47. ^ «Руководство для начинающих по гликозилированию белков» . Пик белков . 25 февраля 2021 г.
  48. ^ ван Венрой, WJ; Майни, Равиндер Н. (6 декабря 2012 г.). Руководство по биологическим маркерам болезней . Springer Science & Business Media. стр. 100-1 50–. ISBN  978-94-011-1670-1 .
  49. ^ Гуань, Ихонг; Чжу, Циньфан; Хуанг, Делай; и др. (2015). «Уравнение для оценки разницы между теоретически предсказанными и измеренными с помощью SDS PAGE молекулярными массами кислого пептида» . Научные отчеты . 5 (1): 13370. Бибкод : 2015НатСР...513370Г . дои : 10.1038/srep13370 . ISSN   2045-2322 . ПМК   4550835 . ПМИД   26311515 .
  50. ^ Махмуд Т., Ян ПК (сентябрь 2012 г.). «Вестерн-блоттинг: техника, теория и устранение неполадок» . Североамериканский журнал медицинских наук . 4 (9): 429–434. doi : 10.4103/1947-2714.100998 (неактивен 22 июня 2024 г.). ПМЦ   3456489 . ПМИД   23050259 . {{cite journal}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на июнь 2024 г. ( ссылка )
  51. ^ Бегум Х., Муругесан П., Тангутур А.Д. (июнь 2022 г.). «Вестерн-блоттинг: мощный инструмент научных и биомедицинских исследований» . БиоТехники . 73 (1): 58–69. дои : 10.2144/btn-2022-0003 . ПМИД   35775367 . S2CID   250175915 .
  52. ^ О'Фаррелл, PH (1975). «Двумерный электрофорез белков высокого разрешения» . Ж. Биол. Хим . 250 (10): 4007–21. дои : 10.1016/S0021-9258(19)41496-8 . ПМЦ   2874754 . ПМИД   236308 .
  53. ^ Клозе, Дж (1975). «Картирование белков с помощью комбинированного изоэлектрического фокусирования и электрофореза тканей мыши. Новый подход к тестированию индуцированных точковых мутаций у млекопитающих» . Гумангенетика . 26 (3): 231–43. дои : 10.1007/bf00281458 . ПМИД   1093965 . S2CID   30981877 .
  54. ^ Вандоорен Дж., Гертс Н., Мартенс Э., Ван ден Стин П.Е., Опденаккер Г. (2013). «Зимографические методы визуализации гидролитических ферментов». Нат-методы . 10 (3): 211–220. дои : 10.1038/nmeth.2371 . ПМИД   23443633 . S2CID   5314901 .
  55. ^ Янсон, Ян-Кристер (3 января 2012 г.). Очистка белков: принципы, методы высокого разрешения и приложения . Джон Уайли и сыновья. ISBN  978-1-118-00219-3 .
  56. ^ Десаи, Мохамед А. (2000). Последующая обработка белков: методы и протоколы . Springer Science & Business Media. п. 35. ISBN  978-1-59259-027-8 .
  57. ^ Раджа, Гош (11 июня 2003 г.). Биоразделение белков с помощью ультрафильтрации: теория, приложения и новые разработки . Всемирная научная. п. 142. ИСБН  978-1-78326-126-0 .
  58. ^ Педерсон, Т. (2007). «Переворачивая СТРАНИЦУ: ночное ощущение электрофореза в SDS-поликриламидном геле» . Журнал ФАСЭБ . 22 (4): 949–953. дои : 10.1096/fj.08-0402ufm . ISSN   0892-6638 . ПМИД   18378803 . S2CID   33466516 .
  59. ^ Орнштейн, Л.; Дэвис, Би Джей (1964). «Дисковый электрофорез –1. Предыстория и теория». Энн, Нью-Йоркская академия наук . 121 (2): 321–349. Бибкод : 1964NYASA.121..321O . дои : 10.1111/j.1749-6632.1964.tb14207.x . ПМИД   14240533 . S2CID   28591995 .
  60. ^ Саммерс Д.Ф., Майзел Дж.В., Дарнелл Дж.Э. (1965). «Доказательства наличия вирусспецифичных некапсидных белков в клетках HeLa, инфицированных полиовирусом» . Proc Natl Acad Sci США . 54 (2): 505–13. Бибкод : 1965ПНАС...54..505С . дои : 10.1073/pnas.54.2.505 . ПМК   219696 . ПМИД   4285933 .
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=SDS-PAGE&oldid=1230335010"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: a0dedc08a19cdf42d920b51a4264428b__1719018180
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/a0/8b/a0dedc08a19cdf42d920b51a4264428b.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
SDS-PAGE - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)