UDP-3-ацил-N-ацетилглюкозамин деацетилаза

показывать Поиск
PMC	articles
PubMed	articles
NCBI	proteins

Udp-3- o -acyl -n -ацетилглюкозамин деацетилаза
Udp-3- o -acyl -n -ацетилглюкозамин деацетилаза
Идентификаторы
ЕС №.	3.5.1.108
Базы данных
Intenz	Intenz View
Бренда	Бренда вход
Расширение	Вид Nicezyme
Кегг	Кегг вход
Метатический	Метаболический путь
Напрямую	профиль
PDB Структуры	RCSB PDB PDBE PDBSUM
PMC
показывать Поиск
PMC	articles
PubMed	articles
NCBI	proteins

UDP-3- O -Acyl- N -ацетилглюкозаминдеацетилаза (EC 3.5.1.108), также известный как LPXC, является цинкозависимым ферментом , участвующим в бактериальном липиде, биосинтез, катализируя удаление ацетильной группы из UDP-3-O. -Acyl-n-ацетилглюкозамин, ключевой шаг в производстве липополисахаридов во внешней мембране грамотрицательных бактерий . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}

Этот фермент катализирует реакцию химическую :

Udp-3- O -[(3 r ) -3-гидроксимиристоил]-n- ацетилглюкозамин + h ₂ o

\rightleftharpoons

UDP-3- O -[(3 R ) -3-гидроксимиристоил]-D -Glucosamine + ацетат

Номенклатура

Udp-3- o -acyl -n -ацетилглюкозаминдеацетилаза также известна как:

UDP-3-O-((3R) -3-гидроксимиристоил) -n-ацетилглюкозамин амидогидролаза
LPXC Фермент
LPXC деацетилаза
деацетилаза LPXC
Udp-3-o-actyl-glcnac деацетилаза
UDP-3-O-((R) -3-гидроксимиристоил) -n-ацетилглюкозаминдеацетилаза
UDP- (3-ацил) -n-ацетилглюкозамин деацетилаза
UDP-3-O-(R-3-гидроксимиристоил) -n-ацетилглюкозаминдеацетилаза
UDP- (3-о- (R-3-гидроксимиристоил))-N-ацетилглюкозаминдеацетилаза)

Ингибиторы

Различные ингибиторы LPXC были разработаны в качестве потенциальных антибиотиков , хотя ни один из них еще не достиг клинических испытаний. ^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}

ACHN-975
Чир-090
CS250 ^{[ 10 ]}
LPC-233
PF-5081090
TP0586532 ^{[ 11 ]}

Ссылки

^ Hernick M, Gennadios HA, Whittington DA, Rusche KM, Christianson DW , Fierke CA (апрель 2005 г.). «UDP-3- O -(( R ) -3-гидроксимиристоил) -N- ацетилглюкозаминдеацетилаза с помощью общего механизма пары катализаторов общей кислоты» . Журнал биологической химии . 280 (17): 16969–78. doi : 10.1074/jbc.m413560200 . PMID 15705580 .
^ Джекман Дж., Рейц К.Р., Fierke CA (февраль 1999 г.). «UDP-3- O- ( R -3-гидроксимиристоил) -N- ацетилглюкозамин деацетилаза Escherichia coli представляет собой цинк металлофермент». Биохимия . 38 (6): 1902–11. doi : 10.1021/bi982339s . PMID 10026271 .
^ Hyland SA, Eveland SS, Anderson MS (март 1997 г.). «Клонирование, экспрессия и очистка UDP-3- O -Acyl-Glcnac деацетилазы из Pseudomonas aeruginosa: металлоамидаза пути биосинтеза липида А» . Журнал бактериологии . 179 (6): 2029–37. doi : 10.1128/jb.179.6.2029-2037.1997 . PMC 178929 . PMID 9068651 .
^ Wang W, Maniar M, Jain R, Jacobs J, Trias J, Yuan Z (март 2001 г.). «Основанный на флуоресценции гомогенный анализ для измерения активности UDP-3- O- ( R -3-гидроксимиристоил) -N- ацетилглюкозаминдеацетилаза». Аналитическая биохимия . 290 (2): 338–46. doi : 10.1006/abio.2000.4973 . PMID 11237337 .
^ Уиттингтон Д.А., Руше К.М., Шин Х, Ферк К.А., Кристиансон Д.В. (июль 2003 г.). «Кристаллическая структура LPXC, цинк-зависимая деацетилаза, необходимая для биосинтеза эндотоксина» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 100 (14): 8146–50. Bibcode : 2003pnas..100.8146W . doi : 10.1073/pnas.1432990100 . PMC 166197 . PMID 12819349 .
^ Mochalkin I, Knafels JD, Lightle S (март 2008 г.). «Кристаллическая структура LPXC из Pseudomonas aeruginosa в комплекте с мощным ингибитором BB-78485» . Белковая наука . 17 (3): 450–7. doi : 10.1110/ps.073324108 . PMC 2248309 . PMID 18287278 .
^ Калинин Д.В., Холл Р. (2016). «Понимание о цинк-зависимой деацетилазе LPXC: биохимические свойства и дизайн ингибитора». Текущие темы в лекарственной химии . 16 (21): 2379–2430. doi : 10.2174/1568026666666160413135835 . PMID 27072691 .
^ Kalinin DV, Holl R (ноябрь 2017 г.). «Ингибиторы LPXC: патентный обзор (2010-2016)». Экспертное мнение о терапевтических патентах . 27 (11): 1227–1250. doi : 10.1080/13543776.2017.1360282 . PMID 28742403 .
^ Niu Z, Lei P, Wang Y, Wang J, Yang J, Zhang J (май 2023). «Ингибиторы малых молекул LPXC против грамотрицательных бактерий: достижения и будущие перспективы». Европейский журнал по лекарственной химии . 253 : 115326. DOI : 10.1016/j.ejmech.2023.115326 . PMID 37023679 .
^ Zoghlami M, Oueslati M, Basharat Z, Sadfi-Zouaoui N, Messaoudi A (февраль 2023 г.). «Оценка ингибитора против фермента LPXC устойчивого к антибиотикам Acinetobacter baumannii с использованием виртуального скрининга, динамического моделирования и анализов in vitro». Молекулярная информатика . 42 (2): E2200061. doi : 10.1002/minf.202200061 . PMID 36289054 .
^ Fujita K, Takata I, Yoshida I, Okumura H, Otake K, Takashima H, et al. (Февраль 2022 г.). «TP0586532, ингибитор LPXC негидроксамата, обладает антибактериальной активностью in vitro и in vivo против Enterobacteriaceae». Журнал антибиотиков . 75 (2): 98–107. doi : 10.1038/s41429-021-00486-3 . PMID 34837061 .

Внешние ссылки

UDP-3-ацил-N-ацетилглюкозамин+деацетилаза в Национальной библиотеке медицины США медицинские заголовки (Mesh)

[1] Hernick M, Gennadios HA, Whittington DA, Rusche KM, Christianson DW , Fierke CA (апрель 2005 г.). «UDP-3- O -(( R ) -3-гидроксимиристоил) -N- ацетилглюкозаминдеацетилаза с помощью общего механизма пары катализаторов общей кислоты» . Журнал биологической химии . 280 (17): 16969–78. doi : 10.1074/jbc.m413560200 . PMID 15705580 .

[2] Джекман Дж., Рейц К.Р., Fierke CA (февраль 1999 г.). «UDP-3- O- ( R -3-гидроксимиристоил) -N- ацетилглюкозамин деацетилаза Escherichia coli представляет собой цинк металлофермент». Биохимия . 38 (6): 1902–11. doi : 10.1021/bi982339s . PMID 10026271 .

[3] Hyland SA, Eveland SS, Anderson MS (март 1997 г.). «Клонирование, экспрессия и очистка UDP-3- O -Acyl-Glcnac деацетилазы из Pseudomonas aeruginosa: металлоамидаза пути биосинтеза липида А» . Журнал бактериологии . 179 (6): 2029–37. doi : 10.1128/jb.179.6.2029-2037.1997 . PMC 178929 . PMID 9068651 .

[4] Wang W, Maniar M, Jain R, Jacobs J, Trias J, Yuan Z (март 2001 г.). «Основанный на флуоресценции гомогенный анализ для измерения активности UDP-3- O- ( R -3-гидроксимиристоил) -N- ацетилглюкозаминдеацетилаза». Аналитическая биохимия . 290 (2): 338–46. doi : 10.1006/abio.2000.4973 . PMID 11237337 .

[5] Уиттингтон Д.А., Руше К.М., Шин Х, Ферк К.А., Кристиансон Д.В. (июль 2003 г.). «Кристаллическая структура LPXC, цинк-зависимая деацетилаза, необходимая для биосинтеза эндотоксина» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 100 (14): 8146–50. Bibcode : 2003pnas..100.8146W . doi : 10.1073/pnas.1432990100 . PMC 166197 . PMID 12819349 .

[6] Mochalkin I, Knafels JD, Lightle S (март 2008 г.). «Кристаллическая структура LPXC из Pseudomonas aeruginosa в комплекте с мощным ингибитором BB-78485» . Белковая наука . 17 (3): 450–7. doi : 10.1110/ps.073324108 . PMC 2248309 . PMID 18287278 .

[7] Калинин Д.В., Холл Р. (2016). «Понимание о цинк-зависимой деацетилазе LPXC: биохимические свойства и дизайн ингибитора». Текущие темы в лекарственной химии . 16 (21): 2379–2430. doi : 10.2174/1568026666666160413135835 . PMID 27072691 .

[8] Kalinin DV, Holl R (ноябрь 2017 г.). «Ингибиторы LPXC: патентный обзор (2010-2016)». Экспертное мнение о терапевтических патентах . 27 (11): 1227–1250. doi : 10.1080/13543776.2017.1360282 . PMID 28742403 .

[9] Niu Z, Lei P, Wang Y, Wang J, Yang J, Zhang J (май 2023). «Ингибиторы малых молекул LPXC против грамотрицательных бактерий: достижения и будущие перспективы». Европейский журнал по лекарственной химии . 253 : 115326. DOI : 10.1016/j.ejmech.2023.115326 . PMID 37023679 .

[10] Zoghlami M, Oueslati M, Basharat Z, Sadfi-Zouaoui N, Messaoudi A (февраль 2023 г.). «Оценка ингибитора против фермента LPXC устойчивого к антибиотикам Acinetobacter baumannii с использованием виртуального скрининга, динамического моделирования и анализов in vitro». Молекулярная информатика . 42 (2): E2200061. doi : 10.1002/minf.202200061 . PMID 36289054 .

[11] Fujita K, Takata I, Yoshida I, Okumura H, Otake K, Takashima H, et al. (Февраль 2022 г.). «TP0586532, ингибитор LPXC негидроксамата, обладает антибактериальной активностью in vitro и in vivo против Enterobacteriaceae». Журнал антибиотиков . 75 (2): 98–107. doi : 10.1038/s41429-021-00486-3 . PMID 34837061 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

v Т и Гидролазы : непептид углерода-азота ( EC 3.5)
3.5.1: Linear amides / Amidohydrolases	Asparaginase Glutaminase Urease Biotinidase Aminoacylase ACY1 Aspartoacylase(ACY2) ACY3 Ceramidase Aspartylglucosaminidase Fatty acid amide hydrolase Histone deacetylase Sirtuin
3.5.2: Cyclic amides/ Amidohydrolases	Barbiturase Beta-lactamase Dihydroorotase
3.5.3: Linear amidines/ Ureohydrolases	Arginase Agmatinase Protein-arginine deiminase
3.5.4: Cyclic amidines/ Aminohydrolases	Guanine deaminase Adenosine deaminase AMP deaminase Inosine monophosphate synthase DCMP deaminase GTP cyclohydrolase I Cytidine deaminase AICDA Activation-induced cytidine deaminase
3.5.5: Nitriles/ Aminohydrolases	Nitrilase
3.5.99: Other	Riboflavinase Thiaminase II

v Т и Ферменты
Activity	Active site Binding site Catalytic triad Oxyanion hole Enzyme promiscuity Diffusion-limited enzyme Cofactor Enzyme catalysis
Regulation	Allosteric regulation Cooperativity Enzyme inhibitor Enzyme activator
Classification	EC number Enzyme superfamily Enzyme family List of enzymes
Kinetics	Enzyme kinetics Eadie–Hofstee diagram Hanes–Woolf plot Lineweaver–Burk plot Michaelis–Menten kinetics
Types	EC1 Oxidoreductases (list) EC2 Transferases (list) EC3 Hydrolases (list) EC4 Lyases (list) EC5 Isomerases (list) EC6 Ligases (list) EC7 Translocases (list)