Мотив узнавания РНК
| Мотив узнавания РНК. (также известный как домен RRM, RBD или RNP) | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Символ | РРМ_1 | ||
| Пфам | PF00076 | ||
| Пфам Клан | CL0221 | ||
| ИнтерПро | IPR000504 | ||
| PROSITE | PDOC00030 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1sxl / СКОПе / СУПФАМ | ||
| |||
Мотив распознавания РНК, RNP-1, представляет собой предполагаемый РНК -связывающий домен , состоящий примерно из 90 аминокислот, которые, как известно, связывают одноцепочечные РНК. Он был обнаружен во многих эукариотических белках. [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ]
Самой большой группой одноцепочечных РНК-связывающих белков является семейство мотивов распознавания эукариотической РНК (RRM), которое содержит консенсусную последовательность из восьми аминокислот RNP-1. [ 4 ] [ 5 ]
Белки RRM обладают разнообразными предпочтениями и функциями связывания РНК и включают гетерогенные ядерные рибонуклеопротеины ( hnRNP ), белки, участвующие в регуляции альтернативного сплайсинга (SR, U2AF2 , Sxl ), белковые компоненты малых ядерных рибонуклеопротеинов (U1 и U2 snRNP ) и белки, регулирующие стабильность и трансляцию РНК ( PABP , La, Hu). [ 2 ] [ 3 ] [ 5 ] RRM в вспомогательном факторе snRNP гетеродимерного фактора сплайсинга U2, по-видимому, имеет два RRM-подобных домена со специализированными функциями распознавания белков. [ 6 ] Этот мотив также встречается в некоторых одноцепочечных ДНК-связывающих белках.
Типичный RRM состоит из четырех антипараллельных бета-цепей и двух альфа-спиралей, расположенных в виде складки бета-альфа-бета-бета-альфа-бета, с боковыми цепями, которые укладываются с основаниями РНК. В некоторых случаях во время связывания РНК присутствует третья спираль. [ 7 ] RRM рассматривается в ряде публикаций. [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]
Белки человека, содержащие этот домен
[ редактировать ]А2ВР1 ; АКФ ; БОЛЛ ; БРУНОЛ4 ; БРУНОЛ5 ; БРУНОЛ6 ; CCBL2 ; CGI-96 ; ЦИРБП ; ЦНОТ4 ; CPEB2 ; CPEB3 ; CPEB4 ; КПФ7 ; CSTF2 ; CSTF2T ; КУГБП1 ; КУГБП2 ; Д10С102 ; ДАЗ1 ; ДАЗ2 ; ДАЗ3 ; ДАЗ4 ; ДАЗАП1 ; ДАЗЛ ; ДНКJC17 ; ДНД1 ; ЭИФ3С4 ; ЭИФ3С9 ; ЭИФ4Б ; EIF4H ; ЭЛАВЛ1 ; ЭЛАВЛ2 ; ЭЛАВЛ3 ; ЭЛАВЛ4 ; ЭНОКС1 ; ЭНОКС2 ; ЭВСР1 ; ФУС ; ФУСИП1 ; Г3БП ; G3BP1 ; Г3БП2 ; ГРСФ1 ; ХНРНПЛ ; ХНРПА0 ; ХНРПА1 ; ХНРПА2В1 ; HNRPA3 ; ХНРПАБ ; ХНРПК ; ХНРКЛ1 ; ХНРПД ; ХНРПДЛ ; ХНРПФ ; ХНРФ1 ; ХНРФ2 ; HNRPH3 ; ХНРПЛ ; ХНРПЛЛ ; ХНРПМ ; ХНРПР ; HRNBP1 ; ХСУ53209 ; ХТАТСФ1 ; ИФР2ВР1 ; ИФР2ВР2 ; ИФР2ВР3 ; РИЗП7 ; МКИ67ИП ; МСИ1 ; МСИ2 ; МССП-2 ; МТФСД ; МИЭФ2 ; НЦБП2 ; НКЛ ; НОЛ8 ; НЕНО ; Р14 ; ПАВПК1 ; ПАБПК1Л ; ПАВПК3 ; ПАВПК4 ; ПАВПК5 ; ПАБПН1 ; ПОЛДИП3 ; ППАРГК1 ; ППАРГК1А ; ППАРГК1Б ; ППИЕ ; ППИЛ4 ; PPRC1 ; ПСПК1 ; ПТБП1 ; ПТБП2 ; ППУ60 ; РАЛЛИ ; РАЛЛИ ; РАВЕР1 ; РАВЕР2 ; РБМ10 ; РБМ11 ; РБМ12 ; РБМ12Б ; РБМ14 ; РБМ15 ; РБМ15Б ; РБМ16 ; РБМ17 ; РБМ18 ; РБМ19 ; РБМ22 ; РБМ23 ; РБМ24 ; РБМ25 ; РБМ26 ; РБМ27 ; РБМ28 ; РБМ3 ; РБМ32Б ; РБМ33 ; РБМ34 ; РБМ35А ; РБМ35Б ; РБМ38 ; РБМ39 ; РБМ4 ; РБМ41 ; РБМ42 ; РБМ44 ; РБМ45 ; РБМ46 ; РБМ47 ; РБМ4Б ; РБМ5 ; РБМ7 ; РБМ8А ; РБМ9 ; РБМС1 ; РБМС2 ; РБМС3 ; РБМХ ; РБМХ2 ; РБМХL2 ; РБМИ1А1 ; РБМY1B ; РБМЙ1Е ; РБМY1F ; РБМИ2ФП ; РБПМС ; РБПМС2 ; РДБП ; РНПК3 ; РНПК4 ; РНПС1 ; РОД1 ; САФБ ; САФБ2 ; САРТ3 ; НАСТРОЙКА1А ; СФ3Б14 ; СФ3Б4 ; СФПК ; СФРС1 ; МСФО 10 ; МСФО 11 ; МСФО12 ; МСФО 15 ; СРСФ2 ; СФРС2Б ; СФРС3 ; SFRS4 ; SFRS5 ; МСФО6 ; SFRS7 ; МСФО9 ; СЛИРП ; СЛТМ ; СНРП70 ; СНРПА ; СНРПБ2 ; СПЕН ; СР140 ; СРРП35 ; ССБ ; СИНКРИП ; ТАФ15 ; ТАРДДП ; ТОС4 ; ТИА1 ; ТИАЛ1 ; ТНРК4 ; ТНРК6С ; ТРА2А ; ТРСПАП1 ; ТУТ1 ; У1СНННПБП ; У2АФ1 ; У2АФ2 ; УХМК1 ; ЗКРБ1 ; ЗНФ638 ; ЗРСР1 ; ЗРСР2 ;
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Суонсон М.С., Дрейфус Г., Пинол-Рома С. (1988). «Гетерогенные ядерные рибонуклеопротеиновые частицы и путь образования мРНК». Тенденции биохимии. Наука . 13 (3): 86–91. дои : 10.1016/0968-0004(88)90046-1 . ПМИД 3072706 .
- ^ Перейти обратно: а б Кин Дж.Д., Чемберс Дж.К., Кенан Д., Мартин Б.Дж. (1988). «Геномная структура и домены аминокислотной последовательности аутоантигена La человека» . Ж. Биол. Хим . 263 (34): 18043–51. дои : 10.1016/S0021-9258(19)81321-2 . ПМИД 3192525 .
- ^ Перейти обратно: а б Дэвис Р.В., Сакс АБ, Корнберг Р.Д. (1987). «Один домен дрожжевого поли(А)-связывающего белка необходим и достаточен для связывания РНК и жизнеспособности клеток» . Мол. Клетка. Биол . 7 (9): 3268–76. дои : 10.1128/mcb.7.9.3268 . ПМК 367964 . ПМИД 3313012 .
- ^ Бандзюлис Р.Дж., Суонсон М.С., Дрейфусс Г. (1989). «РНК-связывающие белки как регуляторы развития» . Генс Дев . 3 (4): 431–437. дои : 10.1101/gad.3.4.431 . ПМИД 2470643 .
- ^ Перейти обратно: а б Кин Дж.Д., Query CC, Bentley RC (1989). «Общий мотив узнавания РНК, идентифицированный в пределах определенного РНК-связывающего домена U1 белка 70K U1 snRNP». Клетка . 57 (1): 89–101. дои : 10.1016/0092-8674(89)90175-X . ПМИД 2467746 . S2CID 22127152 .
- ^ Грин М.Р., Килкопф К.Л., Лаке С. (2004). «Мотивы гомологии U2AF: распознавание белков в мире RRM» . Генс Дев . 18 (13): 1513–1526. дои : 10.1101/gad.1206204 . ПМК 2043112 . ПМИД 15231733 .
- ^ Кумар С., Бирни Э., Крайнер А.Р. (1993). «Анализ мотива узнавания РНК и доменов RS и RGG: консервация в факторах сплайсинга пре-мРНК многоклеточных животных» . Нуклеиновые кислоты Рез . 21 (25): 5803–5816. дои : 10.1093/нар/21.25.5803 . ПМК 310458 . ПМИД 8290338 .
- ^ Кин Джей Ди, Кенан Диджей, Query CC (1991). «Распознавание РНК: к выявлению детерминант специфичности». Тенденции биохимии. Наука . 16 (6): 214–20. дои : 10.1016/0968-0004(91)90088-д . ПМИД 1716386 .
- ^ Аллен Ф.Х., Домингес С., Марис С. (2005). «Мотив узнавания РНК, пластичная РНК-связывающая платформа для регулирования посттранскрипционной экспрессии генов». ФЕБС Дж . 272 (9): 2118–31. дои : 10.1111/j.1742-4658.2005.04653.x . ПМИД 15853797 . S2CID 46680279 .
- ^ Теплова М, Юань Ю.Р., Патель Д.Д., Малинина Л., Теплов А., Фан А.Т., Ильин С. (2006). «Структурная основа распознавания и секвестрации UUU (OH) 3'-концевых концов зарождающихся транскриптов РНК-полимеразы III с помощью La, аутоантигена ревматического заболевания» . Мол. Клетка . 21 (1): 75–85. doi : 10.1016/j.molcel.2005.10.027 . ПМЦ 4689297 . ПМИД 16387655 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- ресурса Eukaryotic Linear Motif Класс мотива LIG_ULM_U2AF65_1