КУГБП1

CELF1
Доступные структуры ПДБ Поиск ортологов: PDBe RCSB showСписок идентификационных кодов PDB 2CPZ, 2DHS, 2RQ4, 2RQC, 3NMR, 3NNA, 3NNC, 3NNH
Идентификаторы
Псевдонимы	CELF1 , BRUNOL2, CUG-BP, CUGBP, CUGBP1, EDEN-BP, NAB50, NAPOR, hNab50, CUGBP, Elav-подобный член семейства 1, Elav-подобный член семейства 1 CGBP
Внешние идентификаторы	Опустить : 601074 ; МГИ : 1342295 ; Гомологен : 136342 ; Генные карты : CELF1 ; OMA : CELF1 — ортологи
showМестоположение гена ( человек ) Chr. Chromosome 11 (human) Band 11p11.2 Start 47,465,933 bp End 47,565,569 bp
show экспрессии РНК Характер Bgee Human Mouse (ortholog) Top expressed in secondary oocyte tail of epididymis caput epididymis corpus epididymis renal medulla trabecular bone pylorus seminal vesicula mucosa of paranasal sinus bronchial epithelial cell n/a More reference expression data BioGPS More reference expression data
showГенная онтология Molecular function translation repressor activity, mRNA regulatory element binding protein binding RNA binding nucleic acid binding BRE binding mRNA binding pre-mRNA binding Cellular component cytoplasm membrane nucleoplasm nucleus ribonucleoprotein complex Biological process germ cell development embryo development mRNA processing RNA interference regulation of RNA splicing RNA splicing negative regulation of translation mRNA splice site selection regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome embryo development ending in birth or egg hatching Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи Разновидность Человек Мышь Входить 10658 13046 Вместе ENSG00000149187 ENSMUSG00000005506 ЮниПрот Q92879 P28659 RefSeq (мРНК) showНМ_001025596 НМ_001172639 НМ_001172640 НМ_006560 НМ_198700 NM_001330272 НМ_001244891 НМ_001244903 НМ_017368 НМ_198683 RefSeq (белок) showНП_001020767 НП_001166110 НП_001166111 НП_001317201 НП_006551 NP_941989 NP_001363298 NP_001363299 NP_001363300 NP_001363301 NP_001363302 NP_001363303 NP_001363305 NP_001363306 NP_001363307 NP_001363308 NP_001363309 NP_001363310 NP_001363311 NP_001363312 NP_001363313 NP_001363314 NP_001363315 NP_001363316 NP_001363317 NP_001363318 NP_001363319 NP_001363320 NP_001363322 NP_001363324 NP_001363325 NP_001363326 NP_001363328 NP_001363335 NP_001363336 NP_001363337 NP_001363338 NP_001363339 NP_001363340 NP_001363341 NP_001363342 NP_001363343 NP_001363344 NP_001363346 NP_001363347 NP_001363348 NP_001363349 NP_001363350 NP_001363351 NP_001363352 NP_001363353 NP_001363354 NP_001363355 NP_001363356 NP_001363357 NP_001363358 NP_001363359 NP_001363360 NP_001363361 NP_001363362 NP_001363363 NP_001363364 NP_001363365 NP_001363366 NP_001363367 NP_001363368 NP_001363369 NP_001363370 NP_001363371 NP_001363372 NP_001363373 NP_001363374 NP_001363375 NP_001363376 NP_001363377 NP_001363378 NP_001363379 NP_001363380 NP_001363381 NP_001363382 NP_001363383 NP_001363384 NP_001363385 NP_001363386 NP_001363387 NP_001363388 NP_001363389 NP_001363390 NP_001363391 NP_001363392 NP_001363304 showНП_001231820 НП_001231832 НП_059064 НП_941955 НП_001393093 NP_001393094 NP_001393095 NP_001393096 NP_001393097 NP_001393098 NP_001393099 NP_001393100 NP_001393101 NP_001393102 NP_001393103 NP_001393104 NP_001393105 NP_001393106 NP_001393107 NP_001393108 NP_001393109 NP_001393110 NP_001393111 NP_001393112 NP_001393113 Местоположение (UCSC) Чр 11: 47,47 – 47,57 Мб н/д в PubMed Поиск
Викиданные
Просмотр/редактирование человека Просмотр/редактирование мыши

Триплетный повтор CUG, РНК-связывающий белок 1 , также известный как CUGBP1 , представляет собой белок , который у человека кодируется CUGBP1 геном .

Функция

Члены семейства белков CELF /BRUNOL содержат два N-концевых домена мотива распознавания РНК (RRM), один C-концевой домен RRM и дивергентный сегмент из 160-230 аминокислот между вторым и третьим доменами RRM. Члены этого семейства белков регулируют альтернативный сплайсинг пре-мРНК, а также могут участвовать в редактировании и трансляции мРНК. Этот ген может играть роль в миотонической дистрофии типа 1 ( DM1 ) посредством взаимодействия с геном миотонической протеинкиназы дистрофии ( DMPK ). Альтернативный сплайсинг приводит к образованию множества вариантов транскриптов, кодирующих разные изоформы .

фактор деградации мРНК

Подсчитано, что от 5 до 8% мРНК человека нестабильны из-за элементов нестабильности мРНК в их 3'-нетранслируемых областях ( 3'UTR ). Ряд таких элементов были названы AU-богатыми элементами ( ARE ). Теперь известно, что ARE являются сайтами связывания РНК-связывающих белков, которые направляют мРНК на быструю деградацию. Однако было продемонстрировано, что лишь немногие из белков, связывающих ARE, играют роль в деградации мРНК. Общей особенностью этих белков является связывание только с подклассом известных ARE, которые содержат пентамер AUUUA. Совместные усилия нескольких исследовательских групп теперь добавляют CUGBP1 (CUG-связывающий белок 1) в короткий список ARE-связывающих белков, которые контролируют стабильность мРНК, с той особенностью, что он связывается с ARE, не относящимися к AUUUA. CUGBP1 участвует как в качестве ключевого регулятора миотонической дистрофии человека 1 (DM1), так и в последнее время в качестве регулятора экспрессии мРНК вируса папилломы человека .

Доказательства того, что CUGBP1 действует как фактор деградации РНК, впервые были получены на модели Xenopus . Xenopus CUGBP1 (xCUGBP1, ранее известный как EDEN-BP) был идентифицирован в 1998 году. за его способность специфически связываться с GU-богатым элементом (эмбриональным элементом деаденилирования EDEN), расположенным в 3'UTR некоторых мРНК, которые быстро деаденилируются и трансляционно репрессируются после оплодотворения на ранних стадиях развития. Поскольку деаденилирование часто является стадией, ограничивающей скорость деградации мРНК, усиление деаденилирования увеличивает оборот мРНК.

Человеческий CUGBP1 (hCUGBP1) ранее был идентифицирован Тимченко и его коллегами. за его способность связываться с повторами CUG, расположенными в 3'UTR DMPK. С тех пор большое количество работ описало роль hCUGBP1 в контроле альтернативного сплайсинга и не будет обсуждаться здесь. Следующей была демонстрация того, что hCUGBP1 участвует в контроле деаденилирования и нестабильности мРНК, как и xCUGBP1. В экстракте клеток млекопитающих, а также в экстрактах яиц ксенопуса эксперименты по истощению и спасению показали, что специфическое связывание CUGBP1 с 3'UTR мРНК необходимо для осуществления целевого специфического деаденилирования. В экспериментах по спасению экстрактов яиц ксенопуса рекомбинантный человеческий белок может заменить белок ксенопуса, сделав их функциональным гомологом. Кроме того, было показано, что рибонуклеаза Poly(A) PARN взаимодействует с CUGBP1. В клетках человека привязка hCUGBP1 к мРНК снижает ее стационарное состояние, что указывает на дестабилизацию мРНК. Первой человеческой мРНК, которая, как сообщается, подвергается быстрому деаденилированию и деградации с помощью CUGBP1, является онкоген c-jun. Несколько лет назад было показано, что ARE класса III (лишенный мотива AUUUA) человеческого онкогена c-jun вызывает быстрое деаденилирование и деградацию репортерной мРНК. Было показано, что и xCUGBP1, и hCUGBP1 специфически связываются с ARE c-jun. Связывание CUGBP1 с 3'UTR мРНК, несущих GU-богатый элемент, будет нацеливать эти мРНК на быстрое деаденилирование с помощью PARN и последующую деградацию. Недавно это было продемонстрировано с помощью siRNA-опосредованного нокдауна hCUGBP1, что привело к стабилизации репортерной РНК, несущей c-jun UG-богатую ARE.

Тетрануклеотиды UGU(G/A) являются ключевыми детерминантами сайта связывания xCUGBP1. Подход SELEX для идентификации искусственного субстрата hCUGBP1 привел к предположению, что последовательности, содержащие UGU, очень предпочтительны для связывания. Совсем недавно была проведена переоценка сайтов связывания CUGBP1 на основе комбинации подхода SELEX и

Иммунопреципитация комплексов, содержащих CUGBP1, привела Graindorge et al. предложить мотив из 15 нт в качестве ключевого детерминанта связывания CUGBP1. Такой мотив обнаружен в ряде нестабильных мРНК в клетках человека. предполагая, что они разлагаются по пути, зависимому от деаденилирования CUGBP1.

Внешние ссылки

• человека CELF1 Расположение генома и страница сведений о гене CELF1 в браузере генома UCSC .

Дальнейшее чтение

• Тимченко Л.Т., Тимченко Н.А., Кэски С.Т., Робертс Р. (1996). «Новые белки со специфичностью связывания с повторами ДНК CTG и повторами РНК CUG: значение для миотонической дистрофии» . Хм. Мол. Жене . 5 (1): 115–21. дои : 10.1093/hmg/5.1.115 . ПМИД   8789448 .
• Бхагвати С., Гатпанде А., Люнг Б. (1996). «Идентификация двух ядерных белков, которые связываются с повторами CUG РНК: значение для миотонической дистрофии». Биохим. Биофиз. Рез. Коммун . 228 (1): 55–62. дои : 10.1006/bbrc.1996.1615 . ПМИД   8912635 .
• Тимченко Л.Т., Миллер Дж.В., Тимченко Н.А. и др. (1997). «Идентификация РНК-связывающего белка с триплетным повтором (CUG) n и его экспрессия при миотонической дистрофии» . Нуклеиновые кислоты Рез . 24 (22): 4407–14. дои : 10.1093/нар/24.22.4407 . ПМК   146274 . ПМИД   8948631 .
• Робертс Р., Тимченко Н.А., Миллер Дж.В. и др. (1998). «Измененное фосфорилирование и внутриклеточное распределение РНК-связывающего белка с триплетным повтором (CUG) n у пациентов с миотонической дистрофией и у мышей с нокаутом миотониновой протеинкиназы» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 94 (24): 13221–6. Бибкод : 1997PNAS...9413221R . дои : 10.1073/pnas.94.24.13221 . ПМК   24290 . ПМИД   9371827 .
• Михаловски С., Миллер Дж.В., Урбинати С.Р. и др. (1999). «Визуализация двухцепочечных РНК из гена протеинкиназы миотонической дистрофии и взаимодействия с CUG-связывающим белком» . Нуклеиновые кислоты Рез . 27 (17): 3534–42. дои : 10.1093/нар/27.17.3534 . ПМК   148598 . ПМИД   10446244 .
• Тимченко Н.А., Вельм А.Л., Лу Х, Тимченко Л.Т. (1999). «Белок, связывающий повторы CUG (CUGBP1), взаимодействует с 5'-областью мРНК C/EBPbeta и регулирует трансляцию изоформ C/EBPbeta» . Нуклеиновые кислоты Рез . 27 (22): 4517–25. дои : 10.1093/нар/27.22.4517 . ПМЦ   148737 . ПМИД   10536163 .
• Гуд Пи Джей, Чен Кью, Уорнер С.Дж., Херринг, округ Колумбия (2000). «Семейство человеческих РНК-связывающих белков, родственных регулятору трансляции Drosophila Bruno» . Ж. Биол. Хим . 275 (37): 28583–92. дои : 10.1074/jbc.M003083200 . ПМИД   10893231 .
• Тимченко Н.А., Цай З.Дж., Вельм А.Л. и др. (2001). «РНК CUG повторяет секвестр CUGBP1 и изменяет уровни белка и активность CUGBP1» . Ж. Биол. Хим . 276 (11): 7820–6. дои : 10.1074/jbc.M005960200 . ПМИД   11124939 .
• Лэдд А.Н., Шарлет Н., Купер Т.А. (2001). «Семейство РНК-связывающих белков CELF участвует в клеточно-специфичном и регулируемом с точки зрения развития альтернативном сплайсинге» . Мол. Клетка. Биол . 21 (4): 1285–96. дои : 10.1128/MCB.21.4.1285-1296.2001 . ПМК   99581 . ПМИД   11158314 .
• Тимченко Н.А., Якова П., Цай З.Дж. и др. (2001). «Молекулярные основы нарушения дифференцировки мышц при миотонической дистрофии» . Мол. Клетка. Биол . 21 (20): 6927–38. дои : 10.1128/MCB.21.20.6927-6938.2001 . ПМК   99869 . ПМИД   11564876 .
• Такахаши Н., Сасагава Н., Усуки Ф. и др. (2002). «Коэкспрессия CUG-связывающего белка снижает экспрессию протеинкиназы DM в клетках COS» . Дж. Биохим . 130 (5): 581–7. doi : 10.1093/oxfordjournals.jbchem.a003022 . ПМИД   11686919 .
• Штраусберг Р.Л., Фейнгольд Е.А., Граус Л.Х. и др. (2003). «Получение и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 99 (26): 16899–903. Бибкод : 2002PNAS...9916899M . дои : 10.1073/pnas.242603899 . ПМК   139241 . ПМИД   12477932 .
• Пайяр Л., Леганье В., Беверли Осборн Х. (2003). «Функциональный анализ деаденилирования идентифицирует CUG-BP человека как фактор деаденилирования» . Биол. Клетка . 95 (2): 107–13. дои : 10.1016/S0248-4900(03)00010-8 . ПМИД   12799066 . S2CID   32334637 .
• Ебралидзе А., Ван Ю., Петкова В. и др. (2004). «Выщелачивание РНК факторов транскрипции нарушает транскрипцию при миотонической дистрофии». Наука . 303 (5656): 383–7. Бибкод : 2004Sci...303..383E . дои : 10.1126/science.1088679 . ПМИД   14657503 . S2CID   30836956 .
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека» . Нат. Жене . 36 (1): 40–5. дои : 10.1038/ng1285 . ПМИД   14702039 .
• Хиллман Р.Т., Грин Р.Э., Бреннер С.Е. (2005). «Недооцененная роль надзора за РНК» . Геном Биол . 5 (2): С8. дои : 10.1186/gb-2004-5-2-r8 . ПМЦ   395752 . ПМИД   14759258 .
• Болдуин Б.Р., Тимченко Н.А., Захнов К.А. (2004). «Стимуляция рецептора эпидермального фактора роста активирует РНК-связывающий белок CUG-BP1 и увеличивает экспрессию C/EBPβ-LIP в эпителиальных клетках молочной железы» . Мол. Клетка. Биол . 24 (9): 3682–91. дои : 10.1128/MCB.24.9.3682-3691.2004 . ПМЦ   387752 . ПМИД   15082764 .
• Ватанабэ Т., Такаги А., Сасагава Н. и др. (2004). «Измененная экспрессия мРНК CUG-связывающего белка 1 при миотонической дистрофии 1: возможное взаимодействие РНК-РНК». Неврология. Рез . 49 (1): 47–54. doi : 10.1016/j.neures.2004.01.008 . ПМИД   15099703 . S2CID   32863977 .
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта полноразмерной кДНК Национального института здравоохранения: Коллекция генов млекопитающих (MGC)» . Геном Рез . 14 (10Б): 2121–7. дои : 10.1101/гр.2596504 . ПМК   528928 . ПМИД   15489334 .
• Данситонг В., Пол С., Комай Л., Редди С. (2005). «MBNL1 является основной детерминантой формирования фокуса и аберрантного сплайсинга инсулиновых рецепторов при СД1» . Ж. Биол. Хим . 280 (7): 5773–80. дои : 10.1074/jbc.M410781200 . ПМИД   15546872 .