✖


Jump to content

Список программного обеспечения для масс-спектрометрии

(Перенаправлено из MassBank (база данных) )

Программное обеспечение для масс-спектрометрии используется для сбора, анализа или представления данных в масс-спектрометрии .

Программное обеспечение для протеомики

[ редактировать ]
Дополнительная информация: масс-спектрометрия белков.

В масс-спектрометрии белков применяется тандемная масс-спектрометрия (также известная как МС/МС или МС). 2 ) эксперименты используются для идентификации белков / пептидов . Алгоритмы идентификации пептидов делятся на два широких класса: поиск в базе данных и de novo поиск . Первый поиск осуществляется по базе данных, содержащей все аминокислотные последовательности, которые предположительно присутствуют в анализируемом образце. Напротив, последний предполагает пептидные последовательности без знания геномных данных.

Алгоритмы поиска в базе данных

[ редактировать ]
Имя Тип Описание
Андромеда Бесплатное ПО Andromeda — это система поиска пептидов, основанная на вероятностной оценке, разработанная Юргеном Коксом и другими в Институте биохимии Макса Планка . Он может обрабатывать данные с произвольно высокой точностью по массе фрагментов и способен назначать и оценивать сложные закономерности посттрансляционных модификаций , таких как высокофосфорилированные пептиды . Он может работать независимо или интегрироваться в другое программное обеспечение, позволяя анализировать большие наборы данных на настольном компьютере. [1]
Байонический Собственный Byonic — алгоритм поиска в базе данных, выпущенный в 2011 году компанией Protein Metrics Inc. с оригинальными разработками в PARC . [2] Он ищет данные МС/МС со всех типов приборов и внутренне использует программу Combyne. [3] который объединяет идентификацию пептидов для получения оценок белков и вероятностей идентификации.
ХИМЕРИИ Собственный CHIMERYS — это облачный алгоритм поиска в базе данных, который активно использует искусственный интеллект для идентификации пептидов и деконволюции химерных спектров. CHIMERYS разработан компанией MSAID GmbH, которая была основана в Техническом университете Мюнхена .
Комета Открытый исходный код Comet — это алгоритм поиска в базе данных командной строки, разработанный в Вашингтонском университете . Он принимает спектры в поддерживаемых входных форматах и ​​записывает файлы .pep.xml, .pin.xml, .sqt и/или .out. [4]
Грейлаг Открытый исходный код Greylag — это алгоритм поиска в базе данных, разработанный в Институте медицинских исследований Стоуэрса и предназначенный для выполнения больших поисков в вычислительных кластерах, содержащих сотни узлов.
ИнспекТ Открытый исходный код InsPecT — это алгоритм поиска МС-выравнивания, разработанный Центром вычислительной масс-спектрометрии Калифорнийского университета в Сан-Диего . [5]
Талисман Собственный Талисман выполняет анализ данных масс-спектрометрии посредством статистической оценки совпадений между наблюдаемыми и прогнозируемыми пептидными фрагментами. [6]
МассМатрикс Бесплатное ПО MassMatrix — это алгоритм поиска в базе данных тандемных масс-спектрометрических данных. Он использует чувствительную к массовой точности вероятностную модель оценки для ранжирования совпадений пептидов и белков.
МассВиз Открытый исходный код MassWiz — это алгоритм поиска, разработанный в Институте геномики и интегративной биологии , который можно использовать в качестве инструмента командной строки Windows. [ нужна ссылка ]
МетаМорфеус Открытый исходный код MetaMorpheus — это программное обеспечение для поиска протеомики, разработанное в Университете Висконсин-Мэдисон , со встроенной калибровкой, обнаружением посттрансляционных модификаций, протеомным поиском снизу вверх и сверху вниз, масс-спектрометрическим поиском сшивок (XL-MS), протеогеномным поиском и возможности количественного анализа без меток (LFQ). [7]
MSFragger Бесплатное ПО MSFragger — инструмент поиска в базе данных, основанный на эффективном индексировании фрагментных ионов, разработанный в Мичиганском университете . Он способен осуществлять открытый (масс-толерантный) поиск для обнаружения посттрансляционных модификаций, поиск O- и N-связанной гликопротеомики , полу- и неферментативный поиск, а также традиционный поиск в базах данных. [8]
МС-ГФ+ Открытый исходный код MS-GF+ (также известный как MSGF+ или MSGFPlus) выполняет идентификацию пептидов путем оценки спектров MS/MS по сравнению с пептидами, полученными из базы данных последовательностей белков. MS-GF+ был разработан в Центре вычислительной масс-спектрометрии Калифорнийского университета в Сан-Диего, а затем работал в Тихоокеанской северо-западной национальной лаборатории (PNNL).
МС-ЛАМПА Открытый исходный код MS-LAMP — это автономное программное обеспечение, способное помочь в интерпретации данных масс-спектрометрии липидов, полученных с помощью ионизации электрораспылением (ESI) и/или матричной лазерной десорбции и ионизации (MALDI). [9]
МириМатч Открытый исходный код MyriMatch — это программа поиска в базе данных, разработанная в Медицинском центре Университета Вандербильта и предназначенная для работы в среде одного компьютера или в целом кластере узлов обработки. [10]
Масс-спектральный поиск NIST, версия 3.0 Коммерческая программа Это программное обеспечение содержит библиотеку масс-спектров электронной ионизации (EI) NIST/EPA/NIH и тандемную библиотеку масс-спектров дочерних ионов NIST в базе данных с возможностью поиска. Дополнительные функции включают программу переводчика NIST MS и AMDIS. Он был разработан Национальным институтом стандартов и технологий . [11]
ПРИНАДЛЕЖИТ Бесплатное ПО Алгоритм поиска открытой масс-спектрометрии (OMSSA) — это поисковая система для идентификации спектров пептидов МС/МС путем поиска в библиотеках известных последовательностей белков. OMSSA идентифицирует значительные совпадения с помощью оценки вероятности, разработанной с использованием классической проверки гипотез, того же статистического метода, который используется в BLAST . Он разработан в Национальном центре биотехнологической информации . [12] [13]
ПИКС БД Собственный Peaks DB — это поисковая система базы данных, работающая параллельно с секвенированием de novo для автоматической проверки результатов поиска, что позволяет находить больше найденных последовательностей при заданной частоте ложного обнаружения. Помимо обеспечения независимого поиска в базе данных, результаты могут быть включены в состав инструмента согласования отчетов с несколькими механизмами программного обеспечения (Sequest, Mascot, X!Tandem, OMSSA, PEAKS DB) inChorus. [14] Инструмент также предоставляет список последовательностей, идентифицированных исключительно с помощью секвенирования de novo.
pНайти Бесплатное ПО pFind Studio — вычислительное решение для протеомики на основе масс-спектрометрии. Он был разработан в 2002 году в Институте вычислительных технологий Китайской академии наук, Пекин, Китай.
Феникс Собственный Phenyx — это поисковая система по базе данных последовательностей, разработанная Женевской биоинформатикой (GeneBio) в сотрудничестве со Швейцарским институтом биоинформатики (SIB). Phenyx включает OLAV, семейство статистических моделей оценки, для создания и оптимизации схем оценки, которые можно адаптировать для всех типов инструментов, инструментальных настроек и общих методов обработки проб. [15]
пробид Открытый исходный код ProbID — это программный инструмент, предназначенный для идентификации пептидов по тандемным масс-спектрам с использованием базы данных последовательностей белков. Он был разработан в Группе биоинформатики Института вычислительных технологий Китайской академии наук, Пекин, Китай. [16]
ПроЛуЦИД Бесплатное ПО ProLuCID — это алгоритм идентификации пептидов с использованием тандемной масс-спектрометрии и баз данных последовательностей белков, недавно разработанный Тао Сюй и другими в лаборатории Йейтса в Исследовательском институте Скриппса. [17]
ProSightPC и ProSightPD Собственный ProSightPC/PD — это программные инструменты для поиска данных тандемной масс-спектрометрии пептидов и белков в базах данных UniProt для идентификации и характеристики протеоформ .
Программное обеспечение ProteinPilot Собственный ProteinPilot использует алгоритм поиска в базе данных Paragon, который сочетает в себе создание коротких тегов последовательностей («таглетов») для расчета значений температуры последовательности и оценки вероятностей признаков для обеспечения идентификации пептидов. Он учитывает сотни модификаций, нетриптических расщеплений и аминокислотных замен. Он использует алгоритм Pro Group для анализа вывода белков, чтобы сообщить о минимальном наборе белков, обоснованном на основе данных о пептидах. ProteinPilot поддерживает количественный анализ для рабочих процессов на основе меток (реагенты iTRAQ, реагенты mTRAQ и маркировка SILAC). Уровень перевода преобразует элементы управления пользовательского интерфейса на языке ученого-протеомика в базовые сложные параметры информатики. [18]
Белковый разведчик Открытый исходный код Protein Prospector — это пакет из примерно двадцати инструментов протеомного анализа, разработанный в Калифорнийском университете в Сан-Франциско . Программное обеспечение для поиска тандемной масс-спектрометрии — Batch-Tag и Batch-Tag Web, при этом результаты обрабатываются и отображаются с помощью Search Compare.
RAId Потерянный RAId был разработан в Национальном центре биотехнологической информации и надежной точной идентификации (RAId). [19] представляет собой набор инструментов протеомики для статистического анализа данных тандемной масс-спектрометрии. [20]
ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ Собственный SEQUEST — это программа анализа данных MS, используемая для идентификации белков. Он сопоставляет наборы тандемных масс-спектров с пептидными последовательностями, полученными из баз данных белковых последовательностей. [21]
ВИМС Открытый исходный код SIMS был разработан для выполнения неограниченного поиска PTM по тандемным масс-спектрам. [22]
СимТандем Бесплатное ПО SimTandem — это поисковая система базы данных для идентификации пептидных последовательностей по данным ЖХ/МС/МС. Движок можно использовать как внешний инструмент в OpenMS /TOPP. [23]
СКИД Открытый исходный код SeQuence IDentification (SQID) — это алгоритм идентификации белков с учетом интенсивности для тандемной масс-спектрометрии.
Tide (переписывание Crux) Открытый исходный код Tide — это инструмент для идентификации пептидов по тандемным масс-спектрам. Это независимая повторная реализация алгоритма SEQUEST, который идентифицирует пептиды путем сравнения наблюдаемых спектров с каталогом теоретических спектров, полученных in silico из базы данных известных белков. Непосредственным предком Tide является Crux, но Tide был переработан для достижения повышения скорости при воспроизведении результатов SEQUEST XCorr. Он был разработан в Вашингтонском университете . [24]
ТопМГ Открытый исходный код TopMG (идентификация протеоформ на основе масс-спектрометрии сверху вниз с использованием масс-графов) — это программный инструмент для идентификации ультрамодифицированных протеоформ путем поиска нисходящих тандемных масс-спектров в базе данных последовательностей белков. Он способен идентифицировать протеоформы с множеством переменных PTM и неожиданными изменениями, такие как гистоновые и фосфорилированные протеоформы, с использованием масс-графиков. Для фильтрации белковых последовательностей используются приближенные методы фильтрации на основе спектра, а для оценки статистической значимости идентификации используется метод Монте-Карло цепи Маркова (TopMCMC). [25]
ТопПИК Открытый исходный код TopPIC (идентификация и характеристика протеоформ на основе масс-спектрометрии сверху вниз/y) идентифицирует и характеризует протеоформы на уровне протеома путем поиска нисходящих тандемных масс-спектров в базе данных последовательностей белков. TopPIC является преемником MS-Align+. Он идентифицирует протеоформы с неожиданными изменениями, такими как мутации и посттрансляционные модификации (ПТМ), оценивает статистическую значимость идентификации и характеризует зарегистрированные протеоформы с неизвестными массовыми сдвигами. Используемые методы, такие как индексы, спектральное выравнивание, методы функции генерации и показатель идентификации модификации (MIScore), направлены на повышение скорости, чувствительности и точности. [26]
X!Тандем Открытый исходный код X!Tandem сопоставляет тандемные масс-спектры с пептидными последовательностями.
WsearchVS2020 Бесплатное ПО WsearchVS2020 — это программное обеспечение для анализа данных, которое может отображать спектры, полученные с помощью коммерческих приборов MS, а также выполнять поиск и сопоставление с коммерческой базой данных NIST.

Опять алгоритмы секвенирования

[ редактировать ]

Алгоритмы секвенирования пептидов de novo, как правило, основаны на подходе, предложенном Bartels et al. (1990). [27]

Имя Тип Описание
ЦиклоФилиал Открытый исходный код CycloBranch — это автономный кросс-платформенный механизм de novo с открытым исходным кодом для идентификации нерибосомальных пептидов (линейных, циклических, разветвленных и разветвленно-циклических) по точным спектрам ионов-продуктов. [28]
ДеНоС При секвенировании пептидов используется вся информация из спектров CAD и ECD; он является частью программного инструмента для анализа соответствия белков (PAS), который, в свою очередь, является частью программного пакета Medicwave Bioinformatics Suite (MBS). [29]
ДеНовоХ Собственный Секвенирование de novo по спектрам CID, полученным с помощью масс-спектрометров с ионной ловушкой, позволяет получить полные и/или частичные пептидные последовательности (метки последовательностей). [30]
Лютьфиш Открытый исходный код Это программное обеспечение для интерпретации de novo спектров CID пептидов.
Новор Собственный, бесплатный для академических исследований Этот механизм секвенирования пептидов de novo в реальном времени считается быстрым, точным и легко интегрируется в исследовательские процессы.
ПИКИ Собственный PEAKS обеспечивает секвенирование de novo для каждого пептида, оценку достоверности распределения отдельных аминокислот в ручном режиме и автоматическое секвенирование de novo для всего цикла ЖХ, при этом данные обрабатываются быстрее, чем 1 спектр в секунду. [31] [32]
сверхновая Собственный Это программное обеспечение автоматизирует секвенирование моноклональных антител de novo. [33]
Казаново Открытый исходный код Казаново — это модель машинного обучения, которая использует архитектуру нейронной сети трансформатора для перевода последовательности пиков в тандемном масс-спектре в последовательность аминокислот, составляющих генерирующий пептид, что позволяет секвенировать пептиды de novo без предварительной информации. [34]
ИнстаНово Открытый исходный код InstaNovo — это нейронная сеть-трансформер, которая может переводить пики фрагментных ионов в последовательность аминокислот, составляющих изучаемый пептид(ы), что позволяет секвенировать пептиды de novo без предварительной информации. Обученный на 28 миллионах помеченных спектров, он превосходит современные методы работы с эталонными наборами данных. InstaNovo+, модель полиномиальной диффузии, основанная на человеческой интуиции, еще больше повышает производительность за счет итеративного уточнения прогнозируемых последовательностей. [35]

Алгоритмы поиска гомологии

[ редактировать ]
Имя Тип Описание
MS-гомология Открытый исходный код MS-Homology — это программа поиска в базе данных в составе пакета Protein Prospector, которая позволяет выполнять поиск по строкам, сочетающим массы и длины аминокислот, и где можно указать количество разрешенных несовпадений аминокислот.
ПАУК Собственный Алгоритм SPIDER сопоставляет теги последовательностей с ошибками с последовательностями базы данных с целью идентификации белков и пептидов и может использоваться совместно с программным обеспечением для анализа данных масс-спектрометрии PEAKS.

Количественное определение пептидов MS/MS

[ редактировать ]
Дополнительная информация: Количественная протеомика.
Имя Тип Описание
БАЦИК Открытый исходный код BACIQ — это математически строгий подход, который объединяет интенсивности пептидов и согласованность измерений пептидов в доверительные интервалы для соотношений белков.
Биос Собственный Коммерческое программное обеспечение Byos позволяет проводить XIC данных масс-спектров уровня пептидов от любого поставщика MS и относительного количества PTM по сравнению с немодифицированными. Он специализируется на биофармацевтических приложениях.
ДЕНЬ-NN Бесплатное ПО Это автоматизированное количественное программное обеспечение для сбора данных и протеомики, не зависящее от данных, разработанное лабораториями Демичева и Ральзера в Шарите в Берлине , Германия , реализует алгоритм машинного обучения, основанный на ансамбле глубоких нейронных сетей, для повышения протеомной глубины и надежности пептидов и идентификация белка. DIA-NN оптимизирован для обработки крупномасштабных экспериментов. Он поддерживает на основе DIA профилирование PTM , такое как фосфорилирование и убиквитинирование, а также новые технологии, такие как Scanning SWATH. [36] и диа-ПАСЕФ, [37] и может выполнять анализ без использования библиотек (действует как поисковая система в базе данных). [38]
FlashLFQ Открытый исходный код FlashLFQ — это сверхбыстрый алгоритм количественного анализа без меток для масс-спектрометрической протеомики. [39] FlashLFQ также входит в состав поисковой программы MetaMorpheus, описанной выше.
Программное обеспечение MarkerView Собственный Это коммерческое программное обеспечение предназначено для статистического анализа наборов количественных масс-спектральных данных из приложений метаболомики и протеомного профилирования.
Талисман Дистиллятор Собственный Это программное обеспечение для выбора пиков и предварительной обработки необработанных данных имеет дополнительный набор инструментов для количественного анализа без меток , а также изобарной и изотопной маркировки . Он поддерживает форматы необработанных файлов всех основных производителей инструментов.
Талисман Сервер Собственный Поисковая система поддерживает количественную оценку на основе изобарной маркировки , если вся необходимая информация является частью спектра МС/МС.
МассХроQ Открытый исходный код Количественный анализ пептидов без меток или с помощью различных методов изотопной маркировки ( SILAC , ICAT, N-15, C-13...) работает со спектрометрическими системами высокого и низкого разрешения и поддерживает сложную обработку данных, такую ​​как фракционирование пептидов или белков, предварительное для анализа ЖХ-МС (SCX, SDS-PAGE и т. д.).
МаксКоличество Бесплатное ПО Программное обеспечение для количественной протеомики, разработанное Юргеном Коксом и другими в Институте биохимии Макса Планка в Мартинсриде , Германия , было написано на C# и позволяет анализировать эксперименты по протеомике без меток и на основе SILAC . MaxQuant использует поисковую систему Andromeda для интерпретации спектров МС/МС. [40] [1] .
Программное обеспечение MultiQuant Собственный Это программное обеспечение может обрабатывать наборы количественных данных из систем TripleTOF или QTRAP, включая MRM и SWATH Acquisition .
ОпенМС / ТОП Открытый исходный код Программная библиотека C++ для управления и анализа данных ЖХ-МС/МС предлагает инфраструктуру для разработки программного обеспечения, связанного с масс-спектрометрией. Он позволяет проводить количественную оценку пептидов и метаболитов, а также поддерживает количественную оценку без меток и на основе изотопных меток (например, iTRAQ , TMT и SILAC ), а также целевую количественную оценку SWATH-MS . [41]
OpenPIP Сайт, открытый доступ OpenPIP — это инструмент, разработанный InterVenn Biosciences для интеграции пиков, полученных в экспериментах по мониторингу множественных реакций (MRM). Программное обеспечение работает на основе рекуррентных нейронных сетей и управляется большой коллекцией хроматографических пиков, аннотированных вручную.
ПротМакс Бесплатное ПО ПротМАКС [42] это программный инструмент для анализа наборов данных масс-спектрометрии дробовой протеомики, разработанный Фолькером Эгельхофером из Венского университета.
Горизонт Открытый исходный код Skyline — это клиентское программное обеспечение Windows с открытым исходным кодом (Apache 2.0), разработанное в лаборатории MacCoss Вашингтонского университета. [43] Он поддерживает создание мониторинга выбранных реакций (SRM) / мониторинга множественных реакций (MRM), мониторинга параллельных реакций (PRM - целевой МС/МС), независимого сбора данных (DIA/SWATH) и целевого DDA с количественными методами MS1 и анализом полученной массы. данные спектрометра.
Спектронавт Собственный Biognosys AG (Шлирен, Швейцария) разработала коммерческое программное обеспечение для количественной протеомики на основе алгоритма mProphet. [44] это позволяет целенаправленно анализировать наборы данных независимого от данных сбора (DIA) для количественного анализа пептидов без меток, также называемого сбором SWATH. [45]
Программное обеспечение SWATH 2.0 Собственный Этот коммерческий программный инструмент обработки в составе PeakView позволяет целенаправленно обрабатывать данные сбора данных SWATH . С использованием библиотеки белков/пептидных ионов генерируются, подсчитываются и количественно оцениваются ионные хроматограммы с экстракцией фрагментных ионов (XIC) для пептидов из библиотеки. После анализа частоты ложных обнаружений (FDR) результаты фильтруются, и количественные данные о пептидах/белках можно экспортировать для статистического анализа.

Другое программное обеспечение

[ редактировать ]
Имя Тип Описание
Передовые разработки в области химии Собственный ACD предлагает коммерческие решения для интерпретации данных МС и ХС/МС с сопоставлением спектра/структуры, идентификации известных и неизвестных метаболитов, а также идентификации соединений посредством спектрального сравнения.
АМДИС Бесплатное ПО NIST создал это программное обеспечение для данных ГХ/МС в различных форматах. Он выполняет деконволюцию масс-спектров совместного элюирования, отображает масс-хроматограммы, рассчитывает индексы удерживания, позволяет использовать целевые библиотеки соединений и экспортирует спектры в программу масс-спектрального поиска NISMS.
Аналитик Собственный Analyst был создан AB Sciex, подразделением Danaher Corporation , для управления системами ЖХ-МС/МС.
АнализаторПро Собственный AnalyserPro — независимое от поставщика программное приложение от SpectralWorks для обработки данных масс-спектрометрии. Он может обрабатывать данные как ГХ-МС, так и ЖХ-МС, используя качественную и количественную обработку данных, и используется в метаболомике вместе с MatrixAnalyzer для сравнения нескольких наборов данных. Недавно он был расширен за счет включения инструментов статистического анализа и визуализации (PCA). AnalyserPro XD — это 64-разрядная версия, которая включает поддержку обработки двумерных данных, например GCxGC-MS.
ArtIST от Clover Biosoft Собственный Искусственный интеллект обучения . Strain Typing — это онлайн-сервис, предлагающий инструменты анализа данных MALDI-TOF MS и обнаружения биомаркеров, основанные на алгоритмах искусственного интеллекта и машинного
ПОДЪЕМ Собственный ASCENT — это инструмент автоматизации анализа данных ЖХ и ГХ-МС, предоставляемый по модели SaaS на облачной платформе. Он использует алгоритмы машинного обучения для анализа графиков MS и уменьшения количества требуемых ручных проверок.
CFM-ID Открытый исходный код Это программное обеспечение предназначено для прогнозирования спектров ESI-MS/MS in silico, аннотации спектров МС/МС и идентификации соединений на основе спектра МС/МС. Он был разработан в Wishartlab. [46] [47] [48] [49]
Хромелеон Собственный Chromeleon — это программное обеспечение Thermo Fisher Scientific, используемое с приборами масс-спектрометрии, а также хроматографическими приборами.
Клевер МСДАС Собственный Облачная платформа для анализа данных с использованием данных FTIR и MALDI TOF MS. Подтипирование и обнаружение AMR в спектрах FTIR и MALDI. Анализ биомаркеров, контроль качества, исследования воспроизводимости и обучение моделей машинного обучения.
Кросслинкс Открытый исходный код Идентифицируйте сшитые пептиды из файлов mzML и используйте скрипт Python или автономные исполняемые файлы для Linux и Windows. Возможно использование с более крупными базами данных с помощью двухэтапного подхода. [50]
Анализ данных Собственный Программное обеспечение Bruker, используемое с приборами масс-спектрометрии.
ДеНовоGUI Открытый исходный код Программное обеспечение имеет графический интерфейс пользователя для запуска параллельных версий свободно доступных программных инструментов секвенирования de novo Novor и PepNovo+. [51]
Эазотоп Открытый исходный код Программное обеспечение Easotope архивирует, систематизирует и анализирует данные масс-спектрометра. В настоящее время он ориентирован на анализ слипшегося CO 2 , но также полезен для работы с объемным CO 2 и может быть расширен на другие изотопные системы.
МАВЕН с открытым исходным кодом Настольное программное обеспечение Elucidata обрабатывает маркированные данные ЖХ-МС, ГХ-МС и ЖХ-МС/МС в открытых форматах (mzXML, mzML, CDF). Программное обеспечение имеет графический интерфейс и интерфейс командной строки с интеграцией в облачную платформу для хранения и дальнейшего анализа, такого как относительный поток и количественный анализ. [52]
ЕСИпрот ESIprot может определять состояние заряда и рассчитывать молекулярную массу по данным масс-спектрометрии (МС) белков с ионизацией электрораспылением (ESI) низкого разрешения. [53]
экспрессионист Собственный Expressionist — это программное обеспечение для обработки, анализа и представления данных масс-спектрометрии в таких областях применения, как характеристика биотерапевтических препаратов, мониторинг качества и соответствующие приложения протеомики и метаболомики. Он был разработан компанией Genedata .
Привет , что касается Открытый исходный код Эта модель и алгоритм, основанные на первых принципах, количественно определяют стехиометрию протеоформ на основе восходящих данных. [54]
Программное обеспечение KnowItAll для спектроскопии и библиотека масс-спектров Собственный Программное обеспечение от Wiley с приложениями для масс-спектрометрии, включая: спектральный анализ, поиск в базе данных (спектр, структура, пик, свойство, адаптивный поиск MS и т. д.), обработку, создание базы данных (MS или несколько методов, включая ИК, рамановский спектр, ЯМР, УФ, хроматограммы), спектральное вычитание, а также инструменты для составления отчетов и рисования структур ChemWindow , а также программное обеспечение для преобразования файлов MASSTransit (обновлено с добавлением дополнительных форматов).
LabSolutions ЖХМС Собственный Программное обеспечение Shimadzu Corporation используется с приборами масс-спектрометрии и ВЭЖХ.
ЛипидXplorer Открытый исходный код Высокопроизводительное программное обеспечение для идентификации липидов по масс-спектрам, написанное на Python. [55]
Масса++ Открытый исходный код Аналитическое программное обеспечение для масс-спектрометрии может импортировать и экспортировать файлы в открытых форматах (mzXML, mzML) и загружать форматы некоторых производителей приборов; пользователи могут разрабатывать и добавлять оригинальные функции в виде плагинов Mass++.
МассБанк Открытый исходный код Веб-сайт разработки MassBank и RMassBank предоставлен консорциумом MassBank. Данные MassBank распространяются по лицензии Creative Commons.
MassBank.eu Веб-сайт Европейский сервер MassBank. Веб-сайт поддерживается и поддерживается Центром экологических исследований имени Гельмгольца (Лейпциг, Германия). MassBank.eu является ядром консорциума NFDI4Chem.
MassBank.jp Веб-сайт Веб-сайт, размещенный Институтом перспективных биологических наук в Университете Кейо , город Цуруока , Ямагата , Япония, с масс-спектрометрическими данными органических соединений.
Массцентр Собственный Программное обеспечение JEOL, используемое с приборами масс-спектрометрии.
Массовый рубеж Собственный Программное обеспечение HighChem, используемое для интерпретации и управления масс-спектрами малых молекул.
MassLynx Собственный Программное обеспечение Waters Corporation для управления аналитическими приборами.
Массовая карта Собственный Пакет программного обеспечения общего назначения для автоматизированной оценки данных МС от MassMap GmbH & Co. KG . Он подходит для данных ЖХ/МС и ГХ/МС всех типов молекул, анализа интактных масс-спектров белков, анализа общих экспериментов с HDX и анализа фрагментов HDX пептидов, а также конкретных методов идентификации неожиданных/ неизвестные компоненты в очень сложных смесях.
Массовый альпинист Собственный Программное обеспечение для качественного анализа и составления отчетов включает хемометрические функции для работы с одним или несколькими масс-спектрами в текстовом формате.
Масс-ап с открытым исходным кодом Утилита для протеомики, предназначенная для поддержки предварительной обработки и анализа данных масс-спектрометрии MALDI-TOF, которая загружает данные из файлов mzML, mzXML и CSV. Он позволяет пользователям применять коррекцию базовой линии, нормализацию, сглаживание, обнаружение пиков и сопоставление пиков. Кроме того, он позволяет применять различные методы машинного обучения и статистические методы к предварительно обработанным данным для обнаружения биомаркеров, неконтролируемой кластеризации и контролируемой классификации образцов. [56]
массэксперт Лицензия GPL с открытым исходным кодом Программное обеспечение на основе графического пользовательского интерфейса (GUI) для моделирования и анализа масс-спектрометрических данных, полученных на известных последовательностях биополимеров. [57] Это преемник Polyxmass и программы программного пакета msXpertSuite.
Местренова Собственный Независимое от поставщика программное обеспечение для обработки данных хроматографии (ЖХ, ГХ, СФХ) с любой комбинацией детекторов, например ЖХ-МС-УФ-ВИД, ГХ-МС, СФХ-МС-УФ в одной среде. Это мультиплатформенное веб-программное обеспечение было создано Mestrelab Research, SL.
совпадения Открытый исходный код Библиотека Python импортирует, очищает, обрабатывает и количественно сравнивает спектры МС/МС. Она была разработана в Нидерландском центре электронных наук . [58]
МЕТАПРОСТРАНСТВО Бесплатный и с открытым исходным кодом Облачная платформа для идентификации метаболитов и липидов, а также общественная база знаний о пространственных метаболомах с тысячами общедоступных наборов данных, которыми делятся пользователи: Metaspace2020.eu . Он также предоставляет возможности для онлайн-визуализации данных, совместного использования и публикации.
База данных METLIN и технологическая платформа Собственный База данных тандемной масс-спектрометрии (МС/МС) насчитывает более 930 000 (по состоянию на декабрь 2023 г.) [59] метаболиты и другие молекулярные соединения, полученные с помощью квадрупольной времяпролетной тандемной масс-спектрометрии высокого разрешения. [60] Сюда также входят подвижность ионов, [61] нейтральная потеря, [62] и данные ЖХ/МС. [63] [64]
мойЭксперт Лицензия GPL с открытым исходным кодом Это программное обеспечение на основе графического пользовательского интерфейса (GUI) для визуализации/анализа масс-спектральных данных поддерживает масс-спектрометрию подвижности ионов. [65] [66] и представляет собой программу программного пакета msXpertSuite.
ммасса Открытый исходный код Мультиплатформенный пакет инструментов для масс-спектрометрического анализа и интерпретации данных, написанный на Python (больше не разрабатывается).
МолАна MolAna была разработана компанией Phenomenome Discoveries Inc, (PDI) для использования в молекулярном анализаторе 3Q компании IONICS Mass Spectrometry Group, тройном квадрупольном масс-спектрометре .
мсАксель Собственный Программное обеспечение, используемое JEOL времяпролетными масс-спектрометрами
мсфинеанализ Собственный Программное обеспечение для качественного анализа для систем JEOL GC-MS. Версия msFineAnalysis AI для времяпролетных масс-спектрометров JEOL GC содержит доступную для поиска базу данных масс-спектров in silico, рассчитанных для 100 миллионов структур в базе данных PubChem .
MSGraph Открытый исходный код Этот инструмент выполняет качественный анализ данных масс-спектрометрии (МС) и размещается на Sourceforge.
MSight Бесплатное ПО Программное обеспечение для масс-спектрометрической визуализации, разработанное Швейцарским институтом биоинформатики . [67]
MSiReader Бесплатное ПО Независимый от поставщика интерфейс, построенный на платформе Matlab, предназначенный для просмотра и анализа данных масс-спектрометрической визуализации (MSI). [68] Matlab не требуется для использования MSiReader.
MS переводчик Бесплатное ПО Программное обеспечение NIST для сжатия структуры с масс-спектрами. Программа пытается найти механизмы и их скорости для всех типов фрагментации (EI, тандемный положительный и отрицательный режим) и сопоставляет пики масс-спектра с вероятной структурой происхождения. Он содержит калькулятор изотопов, другие функции и онлайн-справку. Эта программа является дополнением к программе поиска спектров NIST версии 3.0. Его можно использовать как отдельный файл с импортом структуры и спектра.
шпиль с открытым исходным кодом Mspire — это набор инструментов разработчика информатики MS, написанный на Ruby, который включает в себя программу чтения/записи mzML, встроенное расщепление, расчет изотопной структуры и т. д. Такие подмодули, как mspire-lipidomics, mspire-sequest и mspire-simulator, расширяют функциональность. [69]
MSqRob с открытым исходным кодом Это пакет «R» с графическим пользовательским интерфейсом для дифференциального анализа количественных протеомных данных без меток. [70] [71] [72]
мс2мз Бесплатное ПО Утилита преобразует форматы файлов масс-спектрометра, например, для преобразования собственных двоичных файлов в файлы списка пиков MGF для подготовки к загрузке в кластер Proteome.
Мультимагинг Собственный Программное обеспечение для масс-спектрометрической визуализации, предназначенное для нормализации, проверки и интерпретации изображений МС.
multiMS-инструментарий Открытый исходный код MS-alone и multiMS-toolbox — это набор инструментов для извлечения пиков данных масс-спектрометрии и статистического анализа.
mzCloud Веб-сайт Интернет-база данных масс-спектров, содержащая коллекцию данных тандемной масс-спектрометрии высокого и низкого разрешения, полученных в ряде экспериментальных условий.
МЗмайн Открытый исходный код Программное обеспечение с открытым исходным кодом для обработки данных масс-спектрометрии с основным упором на данные ЖХ-МС.
OmicsHub Протеомика Программное обеспечение для управления лабораторной информацией для управления информацией и анализа данных масс-спектрометрии.
OpenChrom Открытый исходный код Программное обеспечение для хроматографии и масс-спектрометрии, которое можно расширять с помощью подключаемых модулей и которое может работать на нескольких операционных системах (Microsoft Windows, Linux, Unix, Mac OS X) и процессорных архитектурах (x86, x86_64, ppc). Он имеет конвертеры для собственного доступа к различным файлам данных, например, конвертеры для форматов файлов mzXML, netCDF, Agilent, Finnigan и Varian.
ОРИГАМИ Открытый исходный код Пакет программного обеспечения ORIGAMI предназначен для анализа наборов данных масс-спектрометрии и масс-спектрометрии подвижности ионов. Первоначально он был разработан для улучшения рабочих процессов анализа активированных наборов данных IM-MS/разворачивания, вызванного столкновением (CIU), и обеспечения плавной визуализации результатов. Недавно ORIGAMI был модифицирован, чтобы в большей степени учитывать не-MS-ориентированность и обеспечивать визуализацию результатов из других источников, а также экспорт результатов в интерактивный формат, где пользователь может поделиться любым набором данных и визуализировать результаты в интернет-браузере. [73]
ШаблонЛаборатория Бесплатное ПО Программное обеспечение для пост-анализа результатов поиска в базе данных SEQUEST, ProLuCID или Comet, отфильтрованных DTASelect или Census. [74]
pyOpenMS Открытый исходный код pyOpenMS — это библиотека Python с открытым исходным кодом для масс-спектрометрии, специально предназначенная для анализа данных протеомики и метаболомики в Python.
Должен Собственный Это веб-программное обеспечение для обработки данных ЖХ/МС поддерживает пакетное редактирование и эксперименты с высокой производительностью. Это «независимо от поставщика».
Пиковый фильтр Открытый исходный код Независимая от интенсивности фильтрация шума в спектрах FT MS и FT MS/MS для липомики дробовика (Python) [75]
Павлин Открытый исходный код Приложение Mac OS X, разработанное Йоханом Кулом , которое можно использовать для интерпретации файлов данных газовой хроматографии/масс-спектрометрии (ГХ/МС).
ПикИсследователь Собственный Программа, предназначенная для обнаружения и деконволюции перекрывающихся данных МС, которая позволяет увеличить эффективное разрешение спектров в 3-4 раза.
ПетроОрг Собственный Программное обеспечение было разработано специально для анализа нефти, но оно также используется для анализа «других сложных смесей, включая антропогенные загрязнители окружающей среды и природные органические вещества». [76]
Пиннакл Собственный Программное обеспечение для протеомного анализа с модулями для трансляционной протеомики, гликопротеомики и биофармацевтического анализа. Он включает в себя комплексный количественный анализ тысяч белков в сотнях образцов с использованием DDA, DIA, PRM или SRM с полностью интегрированной статистикой и биологической интерпретацией. Существует полная процедура идентификации N-связанных гликопротеинов и углубленный анализ характеристик белков, включая картирование пептидов, толерантный к ошибкам поиск и анализ дисульфидов.
PIQMIe Интернет Служба управления и интеграции данных протеомной идентификации/количественного анализа представляет собой веб-инструмент, который помогает масштабируемому управлению данными, анализу и визуализации полуколичественных ( SILAC ) протеомных экспериментов. [77]
ПОТАМОС Открытый исходный код Это веб-приложение рассчитывает данные масс-спектрометрии независимо от приборов и ориентировано на хорошо известное семейство белков гистонов, PTM которых, как полагают, играют решающую роль в регуляции генов. Он рассчитывает вид, количество и комбинации возможных PTM, соответствующих заданной последовательности и массе пептида.
ПроМасс Собственный ProMass — это автоматизированный пакет программного обеспечения для деконволюции биомолекул и составления отчетов, используемый для обработки данных ESI/LC/MS или отдельных масс-спектров ESI. Он использует алгоритм деконволюции ZNova для создания деконволютированных масс-спектров без артефактов. Существует также «облегченный» браузерный формат под названием ProMass for the Web, который не требует установки или загрузки программного обеспечения.
ПротеоIQ Собственный Программное обеспечение для пост-анализа результатов поиска в базах данных Mascot, SEQUEST или X!Tandem. [78] [79] [80]
ПРОТРАУЛЕР Приложение для обработки данных ЖХ/МС, которое считывает необработанные данные поставщиков масс-спектрометрии (от нескольких известных производителей приборов) и создает триплетные списки (масса, время удерживания, интегрированная интенсивность сигнала), обобщающие хроматограмму ЖХ/МС.
протеоматический Бесплатное ПО Конвейер обработки данных создан для оценки экспериментов по масс-спектрометрической протеомике. [81]
ПротеомикаИнструменты Открытый исходный код Программное обеспечение для пост-анализа результатов поиска в базе данных MASCOT, SEQUEST, Comet, XTandem, PFind, PeptidePhophet, MyriMatch, MSGF, OMSSA, MSAmanda или Percolator. [82]
ПротеоВизард Открытый исходный код Библиотека ссылок и инструменты, представляющие собой набор модульных и расширяемых кроссплатформенных инструментов с открытым исходным кодом и программных библиотек, которые облегчают анализ протеомных данных.
ПротеоРакер Собственный Облачное программное обеспечение для анализа протеомных данных, включая COMET, Peptide Prophet, ProteinProphet, а также обширные инструменты сортировки, фильтрации и аннотирования данных.
Обеспечение Открытый исходный код Облачное программное обеспечение, написанное на R, для анализа протеомных данных, генерируемых MaxQuant. Это программное обеспечение анализирует данные дифференциального количественного анализа и сопровождается инструментами и опциями визуализации. Возможна обработка данных без меток и тандемных данных с массовой меткой. [83]
pymzML Открытый исходный код Python Модуль для интерфейса данных mzML в Python на основе cElementTree с дополнительными инструментами для MS-информатики. [84]
Питомика Открытый исходный код Платформа Python для анализа протеомных данных. [85]
Сколько Программное обеспечение для количественного анализа ESI-MS без аналитических стандартов. Разработано в Kruvelab, распространяется Quantem Analytics.
Квантинетикс Собственный Программное обеспечение для масс-спектрометрической визуализации, предназначенное для количественной оценки и нормализации изображений МС в различных типах исследований. Он совместим с различными инструментами MSI, включая Bruker, Sciex, Thermo, а также с форматом данных iMZML.
Надстройка Rational Numbers для Excel Собственный Инструмент идентификации de novo малых молекул, работающий с Microsoft Excel (2010, 2013, 2016 и 2019). Это программное обеспечение рассматривает малые молекулы как математические разделы молекулярной массы и генерирует формулы субфрагментов с атомами, которые представляют собой наборы разделов, составляющих молекулярную формулу.
Рациональные числа SPS Собственный Целью проекта является идентификация малых молекул путем сравнения точных данных о фрагментации массы с базой данных из 250 000 молекул, представленных в виде математических разделов точных молекулярных масс. SPS (поиск похожих разделов) предназначен для быстрого анализа и суммирования нескольких наборов хроматографических данных МС/МС, полученных с помощью DDA (сбор данных в зависимости от данных).
РЕГАТА Приложение для сравнения списков ВЭЖХ/МС, которое работает с ProTrawler (но принимает входные данные в форме Excel/CSV) и обеспечивает среду для фильтрации и нормализации списка результатов ВЭЖХ/МС {масса, время удерживания, интегрированная интенсивность}.
УдаленныйАнализатор Собственный Программное обеспечение SpectralWorks для независимых от поставщика клиент/серверных решений «открытого доступа», обеспечивающее систему данных ЖХ-МС и ГХ-МС по принципу «подойди и пользуйся». Поддержка управления приборами и обработки данных для оборудования различных производителей. Также поддерживаются приборы ЯМР и обработка данных.
Строительные леса Собственный Набор инструментов протеомики для анализа спектров, пептидов и белков в нескольких образцах.
ОС SCIEX Собственный Программное обеспечение нового поколения от SCIEX для управления масс-спектрометрами серии X с поддержкой анализа данных, полученных с помощью программного пакета Analyst.
Лаборатория SCiLS Собственный Мультивендорное программное обеспечение для статистического анализа данных масс-спектрометрии.
СФИНКС Открытый исходный код и Интернет Индекс прямой фильтрации (SFINX) позволяет отделять истинно положительные от ложноположительных взаимодействий белков при аффинной очистке - масс-спектрометрии и связанных с ней наборах данных. [86] [87] Доступен через веб-интерфейс. [86] и как пакет R. [88]
SIM-XL Бесплатное ПО Машина идентификации спектра для сшитых пептидов (SIM-XL) — это поисковая система XL, которая является частью среды PatternLab для протеомики и предназначена для анализа данных тандемной масс-спектрометрии, полученных из сшитых пептидов. [89]
Симгликан Собственный Прогнозирует структуру гликанов и гликопептидов с использованием данных масс-спектрометрии MS/MS.
САЙМОН Собственный SIMION — это программа моделирования ионной оптики.
СИРИУС Открытый исходный код и веб-сервис Комплексное приложение для аннотирования малых молекул по данным ЖХ-МС/МС.
Спектролизер Собственный Spectrolyzer — это программный пакет на базе Microsoft Windows, разработанный компанией Binary Detect (ранее называвшийся Medicwave), который предоставляет инструменты анализа биоинформатических данных для различных масс-спектрометров. Основное внимание уделяется поиску белковых биомаркеров и выявлению отклонений в белках.
Спектромания Собственный Программное обеспечение для анализа и визуализации масс-спектрометрических данных. [90]
СтавроХ Бесплатное ПО Программное обеспечение для идентификации сшитых пептидов на основе масс-спектрометрических данных, написанное на Java , которое можно использовать для широкого спектра перекрестных линкеров и протеаз, используемых в эксперименте по перекрестному сшиванию MS; он сравнивает теоретические комбинации перекрестных связей пептид-пептид для анализируемых белков с данными МС/МС. [91]
Швейцарские массовые счеты Открытый исходный код Swiss Mass Abacus — калькулятор масс пептидов и гликопептидов. Его намеренно сделали простым, как базовый калькулятор, выполняющий арифметические операции.
ТОФ-ДС Собственный Программное обеспечение Markes International, используемое с времяпролетными масс-спектрометрами BenchTOF.
ТопФД Открытый исходный код TopFD (Обнаружение масс-спектральных характеристик сверху вниз) — это программный инструмент для спектральной деконволюции сверху вниз, преемник MS-Deconv. Он группирует нисходящие спектральные пики в изотопомерные оболочки и преобразует их в моноизотопные нейтральные массы. Кроме того, он извлекает характеристики протеоформ из данных ЖХ-МС или КЭ-МС.
Транспротеомный трубопровод (ТПП) Открытый исходный код Trans-Proteomic Pipeline (TPP) представляет собой набор интегрированных инструментов для протеомики MS/MS. Он включает в себя: PeptideProphet для статистической проверки PSM с использованием результатов поисковых систем; iProphet для проверки различных последовательностей пептидов с использованием результатов PeptideProphet (может объединять результаты нескольких поисковых систем); и ProteinProphet для идентификации и проверки белков с использованием результатов PeptideProphet или iProphet. TPP также выполняет: количественную оценку белка с помощью XPRESS (рассчитывает относительное содержание пептидов/белков из меченных изотопами образцов MS/MS); ASAPRatio (автоматический статистический анализ соотношения белков, альтернатива XPRESS); и Libra (количественная оценка изобарно-меченных образцов (например, iTraq, TMT и т. д.) для любого количества каналов). В настоящее время TPP поддерживает Sequest, Mascot, ProbID, X!Tandem, Comet, SpectraST, MSGF+, Inspect, MyriMatch и Phenyx. Он был разработан в Протеомном центре Сиэтла (SPC). [92] [93]
ТурбоМасс Собственный TurboMass — это программное обеспечение для ГХ/МС, созданное PerkinElmer .
Универсальный калькулятор массы Бесплатное ПО UMC запрограммирован как инструмент масс-спектрометрии, помогающий интерпретировать результаты измерений, полученные в основном от молекулярных или квазимолекулярных ионов.

Его можно использовать для расчета:

  • Отклонение массы (мм или ppm) измеренной массы от заданной эмпирической формулы
  • Разности масс двух эмпирических формул
  • Элементный состав (также с учетом измеренной картины интенсивности, «наиболее распространенный» алгоритм). [94] включено)
  • Моделирование изотопной структуры по эмпирическим формулам
  • Анализ степени мечения изотопа D, 13 С, 15 Ни 18 ТЕМ.
VIPER VIPER анализирует точную массу и время удерживания по хроматографическим данным ЖХ-МС (метод точной массы и временной метки). [95]
Искалибур Собственный Программное обеспечение Thermo Fisher Scientific, используемое с приборами масс-спектрометрии.
XCMS Online (облако) Собственный Свободно доступная и широко используемая платформа для обработки метаболомных и липидомных данных.


См. также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Jump up to: а б Кокс, Юрген; Нойхаузер, Надин; Михальски, Аннетт; Шелтема, Ричард А.; Олсен, Джеспер В.; Манн, Матиас (2011). «Андромеда: система поиска пептидов, интегрированная в среду MaxQuant» . Журнал исследований протеома . 10 (4): 1794–1805. дои : 10.1021/pr101065j . ISSN   1535-3893 . ПМИД   21254760 .
  2. ^ Берн, Маршалл; Цай, Юхан; Гольдберг, Дэвид (2007). «Поиск пиков: гибрид секвенирования де Ново и поиска в базе данных для идентификации белков с помощью тандемной масс-спектрометрии». Аналитическая химия . 79 (4): 1393–1400. дои : 10.1021/ac0617013 . ПМИД   17243770 . S2CID   27769662 .
  3. ^ Берн, Маршалл; Голдберг, Дэвид (2008). «Улучшенные функции ранжирования для идентификации белков и сайтов модификации». Журнал вычислительной биологии . 15 (7): 705–719. дои : 10.1089/cmb.2007.0119 . ПМИД   18651800 .
  4. ^ Энг, Джимми К.; Джахан, Тахмина А.; Хупманн, Майкл Р. (2013). «Comet: инструмент поиска в базе данных последовательностей МС/МС с открытым исходным кодом». Протеомика . 13 (1): 22–24. дои : 10.1002/pmic.201200439 . ISSN   1615-9853 . ПМИД   23148064 . S2CID   13533125 .
  5. ^ «Проверка и MS-выравнивание».
  6. ^ Перкинс, Дэвид Н.; Паппин, Дэррил Дж. К.; Кризи, Дэвид М.; Коттрелл, Джон С. (1999). «Вероятностная идентификация белков путем поиска в базах данных последовательностей с использованием данных масс-спектрометрии». Электрофорез . 20 (18): 3551–67. doi : 10.1002/(SICI)1522-2683(19991201)20:18<3551::AID-ELPS3551>3.0.CO;2-2 . ПМИД   10612281 . S2CID   42423655 .
  7. ^ Солнцев, Стефан К.; Шортрид, Майкл Р.; Фрей, Брайан Л.; Смит, Ллойд М. (2018). «Расширенное обнаружение глобальных посттрансляционных модификаций с помощью MetaMorpheus». Журнал исследований протеома . 17 (5): 1844–1851. doi : 10.1021/acs.jproteome.7b00873 . ПМИД   29578715 .
  8. ^ Конг, Энди Т.; Лепрево, Фелипе В.; Автономов Дмитрий М.; Меллачеруву, Даттатрея; Несвижский, Алексей И. (2017). «MSFragger: сверхбыстрая и комплексная идентификация пептидов в протеомике на основе масс-спектрометрии» . Природные методы . 14 (5): 513–520. дои : 10.1038/nmeth.4256 . ПМК   5409104 . ПМИД   28394336 .
  9. ^ Сабариш, Варатараджан; Сингх, Гурприт (2013). «Анализатор липидов (ома) и молекулярная платформа на основе масс-спектрометрии: новое программное обеспечение для интерпретации и анализа масс-спектрометрических данных липидов, полученных с помощью электрораспыления и/или матричной лазерной десорбции/ионизации: тематическое исследование Mycobacterium Tuberculosis». Журнал масс-спектрометрии . 48 (4): 465–477. Бибкод : 2013JMSp...48..465S . дои : 10.1002/jms.3163 . ISSN   1096-9888 . ПМИД   23584940 .
  10. ^ Табб, Дэвид Л.; Фернандо, Кристофер Г.; Чемберс, Мэтью К. (2007). «MyriMatch: высокоточная тандемная масс-спектральная идентификация пептидов с помощью многомерного гипергеометрического анализа» . Журнал исследований протеома . 6 (2): 654–61. дои : 10.1021/pr0604054 . ПМК   2525619 . ПМИД   17269722 .
  11. ^ Особенности NIST23. Проверено 6 февраля 2024 г.
  12. ^ «Поисковая система OMSSA ms/ms» . Pubchem.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 27 сентября 2011 г.
  13. ^ Гир, Льюис Ю.; Марки, Сэнфорд П.; Ковалак, Джеффри А.; Вагнер, Лукас; Сюй, Мин; Мейнард, Дон М.; Ян, Сяоюй; Ши, Вэньяо; Брайант, Стивен Х. (2004). «Алгоритм поиска открытой масс-спектрометрии». Журнал исследований протеома . 3 (5): 958–64. arXiv : q-bio/0406002 . Бибкод : 2004q.bio.....6002G . дои : 10.1021/pr0499491 . ПМИД   15473683 . S2CID   12218715 .
  14. ^ Лян, К; Смит, Дж. К.; Хендри, Кристофер (2003). Сравнительное исследование программных средств секвенирования пептидов для МС/МС . Американское общество масс-спектрометрии.
  15. ^ Колинг, Жак; Массело, Александр; Хирон, Марк; Дессинги, Тьерри; Маньен, Жером (2003). «OLAV: На пути к идентификации данных высокопроизводительной тандемной масс-спектрометрии». Протеомика . 3 (8): 1454–63. дои : 10.1002/pmic.200300485 . ПМИД   12923771 . S2CID   36666495 .
  16. ^ Чжан, Чжуо; Сунь, Сяопэн; Чанг, Сухуа; Ю, Чунгун; Чен, Руньшэн (2006). «Новая схема оценки пептидов путем поиска в базах данных последовательностей белков» . данные масс-спектрометрии» . BMC Bioinformatics . 7 (1): 222. doi : /1471-2105-7-222 . ISSN   1471-2105 . PMC   1463009. 10.1186 PMID   16638152 .
  17. ^ Сюй, Т.; Парк, СК; Венейбл, доктор медицинских наук; Вольшлегель, Дж. А.; Дидрих, Дж. К.; Кочорва, Д.; Лу, Б.; Ляо, Л.; Хевел, Дж.; Хан, X.; Вонг, CCL; Фонслоу, Б.; Делаханти, К.; Гао, Ю.; Шах, Х.; Йейтс, младший (2015). «ProLuCID: улучшенный алгоритм, подобный SEQUEST, с повышенной чувствительностью и специфичностью» . Журнал протеомики . 129 : 16–24. дои : 10.1016/j.jprot.2015.07.001 . ISSN   1874-3919 . ПМЦ   4630125 . ПМИД   26171723 .
  18. ^ Шилов, Игнат В.; Сеймур, Шон Л.; Патель, Алпеш А.; Лобода, Алексей; Тан, Уилфред Х.; Китинг, Шон П.; Хантер, Кристи Л.; Нувайсир, Лидия М.; Шеффер, Дэниел А. (2007). «Алгоритм Paragon, поисковая система следующего поколения, которая использует значения температуры последовательности и вероятности признаков для идентификации пептидов по тандемным масс-спектрам» . Молекулярная и клеточная протеомика . 6 (9): 1638–1655. дои : 10.1074/mcp.T600050-MCP200 . ISSN   1535-9476 . ПМИД   17533153 . S2CID   7097773 .
  19. ^ «Поисковая система RAID MS/MS» . QMBP NCBI NLM NIH . Проверено 1 января 2008 г.
  20. ^ Алвес, Гелио; Огурцов Алексей Юрьевич; Ю, И-Куо (2007). «RAId_DbS: идентификация пептидов с использованием поиска в базе данных с реалистичной статистикой» . Биол Директ . 2:25 . дои : 10.1186/1745-6150-2-25 . ПМК   2211744 . ПМИД   17961253 .
  21. ^ Джимми К. Энг; Эшли Л. МакКормак; Джон Р. Йейтс, III (1994). «Подход к корреляции тандемных масс-спектральных данных пептидов с аминокислотными последовательностями в базе данных белков». J Am Soc Масс-спектр . 5 (11): 976–989. Бибкод : 1994JASMS...5..976E . дои : 10.1016/1044-0305(94)80016-2 . ПМИД   24226387 . S2CID   18413192 .
  22. ^ Хриковини, Милош; Цварошка, Игорь; Хирш, Джон; Апрель, Энтони Дж. (1991). «Ядерные эффекты Оверхаузера и гибкость сахаридов: метил-β-ксилобиозид». Исследование углеводов . 210 : 13–20. дои : 10.1016/0008-6215(91)80109-Z . ISSN   0008-6215 . ПМИД   1878875 .
  23. ^ Новак, Иржи; Заксенберг, Тимо; Хокша, Дэвид; Скопал, Томас; Кольбахер, Оливер (2013). «О сравнении SimTandem с современными инструментами идентификации пептидов, эффективности массового фильтра прекурсоров и работе с переменными модификациями» . Журнал интегративной биоинформатики . 10 (3): 1–15. дои : 10.1515/jib-2013-228 . ПМИД   24231142 . S2CID   22469656 .
  24. ^ Диамент, Бенджамин Дж.; Ноубл, Уильям Стаффорд (2011). «Быстрый ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНЫЙ поиск идентификации пептидов по тандемным масс-спектрам» . Журнал исследований протеома . 10 (9): 3871–3879. дои : 10.1021/pr101196n . ISSN   1535-3893 . ПМК   3166376 . ПМИД   21761931 .
  25. ^ коу, Цян; Ву, Си; Толич, Никола; Паша-Толич, Лиляна; Лю, Юньлун; Лю, Сяовэнь (2017). «Подход на основе массовых графов для идентификации модифицированных протеоформ с использованием нисходящих тандемных масс-спектров» . Биоинформатика . 33 (9): 1309–1316. doi : 10.1093/биоинформатика/btw806 . ISSN   1460-2059 . ПМЦ   5860502 . ПМИД   28453668 .
  26. ^ коу, Цян; Сюнь, Ликунь; Лю, Сяовэнь (2016). «TopPIC: программный инструмент для идентификации и характеристики протеоформ на основе масс-спектрометрии сверху вниз» . Биоинформатика . 32 (22): 3495–3497. doi : 10.1093/биоинформатика/btw398 . ISSN   1460-2059 . ПМК   5181555 . ПМИД   27423895 .
  27. ^ Бартельс, Кристиан (31 мая 1990 г.). «Быстрый алгоритм секвенирования пептидов методом масс-спектроскопии». Биологическая масс-спектрометрия . 19 (6): 363–368. дои : 10.1002/bms.1200190607 . ПМИД   24730078 .
  28. ^ Новак, Иржи; Лемр, Карел; Шуг, Кевин А.; Гавличек, Владимир (2015). «CycloBranch: Секвенирование De Novo нерибосомальных пептидов на основе точных масс-спектров продуктов ионов». Дж. Ам. Соц. Масс-спектр . 26 (10): 1780–1786. Бибкод : 2015JASMS..26.1780N . дои : 10.1007/s13361-015-1211-1 . ПМИД   26195308 . S2CID   207470364 .
  29. ^ Савицкий Михаил М.; Нильсен, Майкл Л.; Кьельдсен, Франк; Зубарев, Роман А. (2005). «Подход к секвенированию протеомного уровня de Novo». Журнал исследований протеома . 4 (6): 2348–54. дои : 10.1021/pr050288x . ПМИД   16335984 .
  30. ^ Thermo Finnigan представляет Denovox - Результаты поиска [ мертвая ссылка ]
  31. ^ Ма, Бин; Чжан, Кайчжун; Хендри, Кристофер; Лян, Чэнчжи; Ли, Мин; Доэрти-Кирби, Аманда; Лажуа, Жиль (2003). «PEAKS: мощное программное обеспечение для секвенирования пептидов de novo методом тандемной масс-спектрометрии». Быстрая связь в масс-спектрометрии . 17 (20): 2337–42. Бибкод : 2003RCMS...17.2337M . дои : 10.1002/rcm.1196 . ПМИД   14558135 .
  32. ^ Танну, Нилеш С; Хемби, Скотт Э (2007). «Анализ белковой последовательности De novo Macaca mulatta» . БМК Геномика . 8 : 270. дои : 10.1186/1471-2164-8-270 . ЧВК   1965481 . ПМИД   17686166 .
  33. ^ Сен, К. Илькер; Тан, Уилфред Х; Наяк, Шрути; Кил, Ён Дж; Берн, Маршалл; Озоглу, Берк; Юберхайде, Беатрикс; Дэвис, Дэррил; Беккер, Кристофер (01 мая 2017 г.). «Автоматическое секвенирование антител De Novo и его применение в биофармацевтических открытиях» . Журнал Американского общества масс-спектрометрии . 28 (5): 803–810. Бибкод : 2017JASMS..28..803S . дои : 10.1007/s13361-016-1580-0 . ISSN   1044-0305 . ПМК   5392168 . ПМИД   28105549 .
  34. ^ Йылмаз, Мелих; Фондри, Уильям (13 февраля 2024 г.). «Последовательный перевод масс-спектров в пептиды с помощью модели трансформатора» . биоRxiv . дои : 10.1101/2023.01.03.522621 . Проверено 3 апреля 2024 г.
  35. ^ Элофф, Кевин; Калогеропулос, Константинос (4 марта 2024 г.). «Секвенирование пептидов de novo с помощью InstaNovo: точная идентификация пептидов без баз данных для крупномасштабных протеомных экспериментов» . биоRxiv . дои : 10.1101/2023.08.30.555055 . Проверено 3 апреля 2024 г.
  36. ^ Месснер, Кристоф Б.; Демичев Вадим; Блумфилд, Ник; Ю, Джейсон С.Л.; Уайт, Мэтью; Крейдл, Марко; Эггер, Анна-София; Фрейвальд, Аня; Ивосев, Гордана; Васим, Фрас; Железняк, Алексей (июль 2021 г.). «Сверхбыстрая протеомика со сканирующей SWATH» . Природная биотехнология . 39 (7): 846–854. дои : 10.1038/s41587-021-00860-4 . ISSN   1546-1696 . ПМЦ   7611254 . ПМИД   33767396 .
  37. ^ Демичев Вадим; Ю, Фэнчао; Тео, Го Ци; Ширвель, Лукаш; Розенбергер, Джордж А.; Декер, Йенс; Каспар-Шонефельд, Стефани; Лилли, Кэтрин С.; Мюллер, Михаэль; Несвижский, Алексей Иванович; Ральсер, Маркус (09 марта 2021 г.). «Высокочувствительная протеомика диа-PASEF с использованием DIA-NN и FragPipe» . bioRxiv : 2021.03.08.434385. дои : 10.1101/2021.03.08.434385 . S2CID   232223730 .
  38. ^ Демичев Вадим; Месснер, Кристоф Б.; Вернардис, Спирос И.; Лилли, Кэтрин С.; Ральсер, Маркус (январь 2020 г.). «DIA-NN: нейронные сети и коррекция помех обеспечивают глубокий охват протеома с высокой пропускной способностью» . Природные методы . 17 (1): 41–44. дои : 10.1038/s41592-019-0638-x . ISSN   1548-7105 . ПМК   6949130 . ПМИД   31768060 .
  39. ^ Милликин, Роберт Дж.; Солнцев, Стефан К.; Шортрид, Майкл Р.; Смит, Ллойд М. (2018). «Сверхбыстрое количественное определение пептидов без меток с помощью FlashLFQ» . Журнал исследований протеома . 17 (1): 386–391. doi : 10.1021/acs.jproteome.7b00608 . ПМК   5814109 . ПМИД   29083185 .
  40. ^ Кокс, Юрген; Манн, Матиас (декабрь 2008 г.). «MaxQuant обеспечивает высокую скорость идентификации пептидов, индивидуальную точность массы в диапазоне ppb и количественную оценку белков в масштабе протеома» . Природная биотехнология . 26 (12): 1367–1372. дои : 10.1038/nbt.1511 . ISSN   1546-1696 .
  41. ^ Рёст Х.Л., Заксенберг Т., Айхе С., Белов К., Вайссер Х., Айхелер Ф., Андреотти С., Эрлих Х.К., Гутенбруннер П., Кенар Э., Лян Х., Нансен С., Нильсе Л., Пфайффер Дж., Розенбергер Г., Рюрик М., Шмитт У. , Вейт Дж., Вальцер М., Войнар Д., Вольски В.Е., Шиллинг О., Чоудхари Дж.С., Мальмстрем Л., Эберсольд Р., Райнерт К., Кольбахер О. (2016). «OpenMS: гибкая программная платформа с открытым исходным кодом для анализа данных масс-спектрометрии» (PDF) . Нат. Методы . 13 (9): 741–8. дои : 10.1038/nmeth.3959 . ПМИД   27575624 . S2CID   873670 .
  42. ^ Эгельхофер В., Хоэнвартер В., Лион Д., Векверт В., Винкуп С. (2013). «Использование ProtMAX для создания сопоставлений прекурсоров с высокой точностью по массе на основе данных количественной масс-спектрометрии без меток, полученных в экспериментах по протеомике с дробовиком». Нат Проток . 8 (3): 595–601. дои : 10.1038/нпрот.2013.013 . ПМИД   23449253 . S2CID   29653992 .
  43. ^ Маклин, Б. (2010). «Skyline: редактор документов с открытым исходным кодом для создания и анализа целевых протеомных экспериментов» . Биоинформатика . 26 (7): 966–968. doi : 10.1093/биоинформатика/btq054 . ПМК   2844992 . ПМИД   20147306 .
  44. ^ Райтер, Л; и др. (2011). «mProphet: автоматизированная обработка данных и статистическая проверка для крупномасштабных экспериментов SRM». Нат-методы . 8 (5): 430–435. дои : 10.1038/nmeth.1584 . ПМИД   21423193 . S2CID   205419625 .
  45. ^ Закон, КП; Лим Ю.П. (2013). «Последние достижения в масс-спектрометрии: анализ, независимый от данных, и мониторинг гиперреакций». Эксперт Рев Протеомика . 10 (6): 551–566. дои : 10.1586/14789450.2013.858022 . ПМИД   24206228 . S2CID   29969570 .
  46. ^ Аллен, Фелисити; Пон, Эллисон; Уилсон, Майкл; Грейнер, Расс; Уишарт, Дэвид (2014). «CFM-ID: веб-сервер для аннотаций, прогнозирования спектра и идентификации метаболитов на основе тандемных масс-спектров» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (проблема с веб-сервером): W94–W99. дои : 10.1093/нар/gku436 . ПМК   4086103 . ПМИД   24895432 .
  47. ^ Аллен, Фелисити; Грейнер, Расс; Уишарт, Дэвид (2015). «Конкурентное фрагментационное моделирование спектров ESI-MS/MS для предполагаемой идентификации метаболитов» . Метаболомика . 11 : 98–110. arXiv : 1312.0264 . дои : 10.1007/s11306-014-0676-4 . S2CID   256589 .
  48. ^ Аллен, Фелисити; Пон, Эллисон; Грейнер, Расс; Уишарт, Дэвид (2016). «Вычислительное прогнозирование масс-спектров электронной ионизации для помощи в идентификации соединений ГХ/МС» . Аналитическая химия . 88 (15): 7689–7697. дои : 10.1021/acs.analchem.6b01622 . ПМИД   27381172 .
  49. ^ Джумбу-Фёнанг, Янник; Пон, Эллисон; Кару, Наама; Чжэн, Цзямин; Ли, Карин; Арндт, Дэвид; Гаутам, Махесвор; Аллен, Фелисити; Уишарт, Дэвид С. (2019). «CFM-ID 3.0: значительно улучшенное прогнозирование ESI-MS/MS и идентификация соединений» . Метаболиты . 9 (4): 72. дои : 10.3390/metabo9040072 . ПМК   6523630 . ПМИД   31013937 . S2CID   129941603 .
  50. ^ Одзава, СИ; Лысый, Т; Ониши, Т; Сюэ, Х; Мацумура, Т; Кубо, Р; Такахаши, Х; Хиплер, М; Такахаши, Ю. (октябрь 2018 г.). «Конфигурация десяти светособирающих хлорофилла a / b субъединиц комплекса I Chlamydomonas reinhardtii в фотосистеме I ». Физиология растений . 178 (2): 583–595. дои : 10.1104/стр.18.00749 . ПМК   6181050 . ПМИД   30126869 .
  51. ^ Мут, Тило; Вайльнбёк, Лиза; Рапп, Эрдманн; Хубер, Кристиан Г.; Мартенс, Леннарт; Водель, Марк; Барснес, Харальд (2014). «DeNovoGUI: графический пользовательский интерфейс с открытым исходным кодом для секвенирования de Novo тандемных масс-спектров» . Журнал исследований протеома . 13 (2): 1143–1146. дои : 10.1021/pr4008078 . ISSN   1535-3893 . ПМЦ   3923451 . ПМИД   24295440 .
  52. ^ Сахиль; Шубхра Агравал; ДжорджСабу; Ришаб Гупта; Панкадж Кумар; Сайфул Б. Хан; Кайлаш Ядав; Нааман Гупта; Рагхав Сегал (11 января 2019 г.), ElucidataInc/ElMaven: v0.6.1 , doi : 10.5281/zenodo.2537593
  53. ^ Винклер, Роберт (2010). «ESIprot: универсальный инструмент для определения зарядового состояния и расчета молекулярной массы белков по данным масс-спектрометрии с ионизацией электрораспылением» . Быстрая связь в масс-спектрометрии . 24 (3): 285–94. Бибкод : 2010RCMS...24..285Вт . дои : 10.1002/rcm.4384 . ПМИД   20049890 .
  54. ^ Малютов Дмитрий; Чен, Тяньчи; Айролди, Эдоардо; Яффе, Джейкоб; Будник, Богдан; Славов, Николай (01.01.2019). «Количественная оценка гомологичных белков и протеоформ» . Молекулярная и клеточная протеомика . 18 (1): 162–168. дои : 10.1074/mcp.TIR118.000947 . ISSN   1535-9476 . ПМК   6317479 . ПМИД   30282776 .
  55. ^ «LIFS LipidXplorer Wiki» .
  56. ^ Лопес-Фернандес, Х; Сантос, HM; Капело, Дж.Л.; Фдез-Риверола, Ф; Глез-Пенья, защитник; Ребойро-Жато, М (2015). «Mass-Up: универсальное открытое программное приложение для открытия знаний в области масс-спектрометрии MALDI-TOF» . БМК Биоинформатика . 16 : 318. дои : 10.1186/s12859-015-0752-4 . ПМЦ   4595311 . ПМИД   26437641 .
  57. ^ Рускони, Ф. (2009). «massXpert 2: кроссплатформенная программная среда для моделирования химии полимеров и симуляции/анализа масс-спектрометрических данных» . Биоинформатика . 25 (20): 2741–2. doi : 10.1093/биоинформатика/btp504 . ПМИД   19740912 .
  58. ^ Хубер, Флориан; Верховен, Стефан; Мейер, Кристиан; Старлинг, Ханно; Вильянуэва, Эфраин; Гэн, Цуньлян; ван дер Хоофт, Джастин Джей-Джей; Роджерс, Саймон; Беллум, Адам; Диблен, Фарук; Спаакс, Джурриан Х. (2020). «matchms – обработка и оценка сходства данных масс-спектрометрии» . Журнал программного обеспечения с открытым исходным кодом . 5 (52): 2411. Бибкод : 2020JOSS....5.2411H . дои : 10.21105/joss.02411 . S2CID   225186415 .
  59. ^ «Премия ученых-аналитиков за инновации 2023» . Ученый-аналитик . 12 декабря 2023 г. Проверено 16 декабря 2023 г.
  60. ^ Сюэ, Цзинчуань; Гихас, Карлос; Бентон, Х. Пол; Варт, Бенедикт; Сюздак, Гэри (октябрь 2020 г.). «База данных молекулярных стандартов METLIN MS2: обширный химический и биологический ресурс» . Природные методы . 17 (10): 953–954. дои : 10.1038/s41592-020-0942-5 . ISSN   1548-7105 . ПМЦ   8802982 . ПМИД   32839599 .
  61. ^ Бейкер, Эрин С.; Хоанг, Кори; Уритбунтхай, Винни; Хейман, Хейно М.; Пратт, Брайан; МакКосс, Майкл; Маклин, Брендан; Пламб, Роберт; Айспорна, Овен; Сюздак, Гэри (декабрь 2023 г.). «METLIN-CCS: база данных сечений столкновений для спектрометрии ионной подвижности» . Природные методы . 20 (12): 1836–1837. дои : 10.1038/s41592-023-02078-5 . ISSN   1548-7105 . ПМЦ   10843661 . ПМИД   37932399 .
  62. ^ Айспорна, Овен; Бентон, Х. Пол; Чен, Энди; Деркс, Рико Дж. Э.; Галано, Жан Мари; Гиера, Мартин; Сюздак, Гэри (2 марта 2022 г.). «Масс-спектральные данные нейтральных потерь улучшают анализ молекулярного сходства в METLIN» . Журнал Американского общества масс-спектрометрии . 33 (3): 530–534. дои : 10.1021/jasms.1c00343 . ISSN   1044-0305 . ПМЦ   10131246 . ПМИД   35174708 .
  63. ^ «МЕТЛИН — База данных Commons» . ngdc.cncb.ac.cn. ​Проверено 28 ноября 2023 г.
  64. ^ Доминго-Альменара, Ксавьер; Гихас, Карлос; Биллингс, Элизабет; Монтенегро-Берк, Дж. Рафаэль; Уритбунтхай, Винни; Айспорна, Овен Э.; Чен, Эмили; Бентон, Х. Пол; Сюздак, Гэри (20 декабря 2019 г.). «Набор данных малых молекул METLIN для прогнозирования времени удерживания на основе машинного обучения» . Природные коммуникации . 10 (1): 5811. Бибкод : 2019NatCo..10.5811D . дои : 10.1038/s41467-019-13680-7 . ISSN   2041-1723 . ПМК   6925099 . ПМИД   31862874 .
  65. ^ Рускони, Ф. (2019). «mineXpert: визуализация и анализ данных биологической масс-спектрометрии с полной поддержкой JavaScript» (PDF) . J. Протеом Рез . 18 (5): 2254–2259. doi : 10.1021/acs.jproteome.9b00099 . ПМИД   30950277 . S2CID   96435891 .
  66. ^ Рускони, Ф. (2021). «mineXpert2: Полноценная визуализация и исследование данных масс-спектрометрии MSn». ЖАСМС . 32 (4): 1138–1141. дои : 10.1021/jasms.0c00402 . ПМИД   33683899 .
  67. ^ Палаги, Патрисия М.; Вальтер, Дэниел; Квадрони, Манфред; Кэтрин, Себастьян; Берджесс, Дженнифер; Циммерманн-Ивол, Екатерина Г.; Санчес, Жан-Шарль; Бинц, Питер-Ален; Хохштрассер, Деннис Ф.; Обращение, Рон Д. (2005). «MSight: программное обеспечение для анализа изображений для жидкостной хроматографии-масс-спектрометрии» . Протеомика . 5 (9): 2381–4. дои : 10.1002/pmic.200401244 . ПМИД   15880814 . S2CID   33296427 .
  68. ^ Робишо, Гийом; Гаррард, Кеннет П.; Барри, Джереми А.; Маддиман, Дэвид К. (март 2013 г.). «MSiReader: интерфейс с открытым исходным кодом для просмотра и анализа файлов изображений MS с высоким разрешением на платформе Matlab» . Журнал Американского общества масс-спектрометрии . 24 (5): 718–721. Бибкод : 2013JASMS..24..718R . дои : 10.1007/s13361-013-0607-z . ПМК   3693088 . ПМИД   23536269 .
  69. ^ Принс, Джей Ти; Маркотт, EM (2008). «Mspire: Масс-спектрометрическая протеомика в Ruby» . Биоинформатика . 24 (23): 2796–2797. doi : 10.1093/биоинформатика/btn513 . ПМК   2639276 . ПМИД   18930952 .
  70. ^ Гоминне, LJE; Геварт, К.; Клемент, Л. (2016). «Надежная гребневая регрессия на уровне пептидов улучшает оценку, чувствительность и специфичность в зависимой от данных количественной протеомике дробовика без меток» . Молекулярная и клеточная протеомика . 15 (2): 657–668. дои : 10.1074/mcp.M115.055897 . ПМЦ   4739679 . ПМИД   26566788 .
  71. ^ Гоминне, LJE; Геварт, К.; Клемент, Л. (2018). «Экспериментальный дизайн и анализ данных в количественной протеомике ЖХ/МС без меток: учебное пособие по MSqRob» . Журнал протеомики . 171 : 23–26. дои : 10.1016/j.jprot.2017.04.004 . ПМИД   28391044 .
  72. ^ Гоминне, LJE; Наклейка, А.; Мартенс, М.; Геварт, К.; Клемент, Л. (2020). «MSqRob решает недостающее препятствие: объединяет протеомику, основанную на интенсивности и количестве» . Аналитическая химия . ХХХХ (ХХ): 6278–6287. дои : 10.1021/acs.analchem.9b04375 . hdl : 1854/LU-8671265 . ПМИД   32227882 . S2CID   214751205 .
  73. ^ Мигас, Лукаш Г.; Франция, Эйдан П.; Беллина, Бруно; Барран, Пердита Э. (апрель 2018 г.). «ORIGAMI: пакет программного обеспечения для масс-спектрометрии активированной ионной подвижности (aIM-MS), применяемой к мультимерным белковым сборкам» . Международный журнал масс-спектрометрии . 427 : 20–28. Бибкод : 2018IJMSp.427...20M . дои : 10.1016/j.ijms.2017.08.014 . ISSN   1387-3806 .
  74. ^ Карвальо, Пауло С; Фишер, Джулиана С.Г.; Чен, Эмили I; Йейтс, Джон Р.; Барбоза, Валмир С (2008). «PatternLab для протеомики: инструмент для дифференциальной протеомики дробовика» . БМК Биоинформатика . 9 : 316. дои : 10.1186/1471-2105-9-316 . ПМЦ   2488363 . ПМИД   18644148 .
  75. ^ Акерман, Миранда; Хакобо, Эдуардо (2017). «Пиковый фильтр». дои : 10.17617/1.47 . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )
  76. ^ Лаборатория Национального сильного магнитного поля. «ICR Software – МагЛаб» . Nationalmaglab.org . Проверено 12 января 2024 г.
  77. ^ Кузняр, А.; Канаар, Р. (2014). «PIQMIe: веб-сервер для управления и анализа полуколичественных протеомных данных» . Нуклеиновые кислоты Рез . 42 (П1): W100–W106. дои : 10.1093/nar/gku478 . ПМК   4086067 . ПМИД   24861615 .
  78. ^ Уэзерли, ДБ; Этвуд Джа, 3-е место; Миннинг, штат Калифорния; Кавола, К; Тарлтон, РЛ; Орландо, Р. (2005). «Эвристический метод определения уровня ложного обнаружения для идентификации белков из результатов поиска в базе данных талисмана» . Молекулярная и клеточная протеомика . 4 (6): 762–72. дои : 10.1074/mcp.M400215-MCP200 . ПМИД   15703444 . S2CID   18408543 . {{cite journal}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
  79. ^ Келлер, Эндрю; Несвижский, Алексей Иванович; Колкер, Юджин; Эберсольд, Руди (2002). «Эмпирическая статистическая модель для оценки точности идентификации пептидов, выполненной с помощью MS/MS и поиска в базе данных». Аналитическая химия . 74 (20): 5383–92. дои : 10.1021/ac025747h . ПМИД   12403597 .
  80. ^ Несвижский А.И.; Келлер, А; Колкер, Э; Эберсольд, Р. (2003). «Статистическая модель для идентификации белков методом тандемной масс-спектрометрии». Аналитическая химия . 75 (17): 4646–58. дои : 10.1021/ac0341261 . ПМИД   14632076 .
  81. ^ Шпехт, Майкл; Кульгерт, Себастьян; Фуфезан, Кристиан; Хипплер, Майкл (2011). «Протеомика на ходу: Proteomatic позволяет легко создавать универсальные рабочие процессы оценки данных МС/МС» . Биоинформатика . 27 (8): 1183–1184. doi : 10.1093/биоинформатика/btr081 . ПМИД   21325302 .
  82. ^ Шэн, Цюаньху; Дай, Цзе; У, Ибо; Тан, Хайсюй; Цзэн, Ронг (2012). «BuildSummary: использование группового подхода для повышения чувствительности идентификации пептидов / белков в протеомике дробовика». J Протеом Рез . 11 (3): 1494–1502. дои : 10.1021/pr200194p . ПМИД   22217156 .
  83. ^ Галлант, Джеймс; Хойнис, Тиан; Сэмпсон, Саманта; Горький, Уилберт (2020). «ProVision: веб-платформа для быстрого анализа протеомных данных, обработанных MaxQuant» . Биоинформатика . 36 (19): 4965–4967. doi : 10.1093/биоинформатика/btaa620 . ПМЦ   7723325 . ПМИД   32638008 .
  84. ^ Лысый, Тилль; Барт, Йоханнес; Ниеуэс, Анна; Шпехт, Майкл; Хиплер, Майкл; Фуфезан, Кристиан (2012). «pymzML - модуль Python для высокопроизводительной биоинформатики на основе данных масс-спектрометрии». Биоинформатика . 28 (7): 1052–3. doi : 10.1093/биоинформатика/bts066 . ПМИД   22302572 .
  85. ^ Голобородько Антон; Левицкий, Лев; Иванов, Марк; Горшков, Михаил (2013). «Питеомика — среда Python для исследовательского анализа данных и быстрого прототипирования программного обеспечения в области протеомики». J Am Soc Масс-спектр . 24 (2): 301–4. Бибкод : 2013JASMS..24..301G . дои : 10.1007/s13361-012-0516-6 . ПМИД   23292976 . S2CID   22009929 .
  86. ^ Jump up to: а б Титека, Кевин; Мейсман, Питер; Геверт, Крис; Тавернье, Ян; Лаукенс, Крис; Мартенс, Леннарт; Эйкерман, Свен (4 января 2016 г.). «SFINX: Индекс прямой фильтрации для анализа данных аффинной очистки - масс-спектрометрии» . Журнал исследований протеома . 15 (1): 332–338. doi : 10.1021/acs.jproteome.5b00666 . ISSN   1535-3907 . ПМИД   26616242 .
  87. ^ Титека, Кевин; Ван Квикельберг, Эмми; Самин, Нуртье; Де Саттер, Дельфина; Верхи, Анник; Геверт, Крис; Тавернье, Ян; Эйкерман, Свен (май 2017 г.). «Анализ захваченных белковых комплексов с помощью Virotrap и SFINX» . Протоколы природы . 12 (5): 881–898. дои : 10.1038/нпрот.2017.014 . ISSN   1750-2799 . ПМИД   28358392 . S2CID   4391127 .
  88. ^ Титека, Кевин; Мейсман, Питер; Лаукенс, Крис; Мартенс, Леннарт; Тавернье, Ян; Эйкерман, Свен (15 июня 2017 г.). «sfinx: пакет R для устранения ложных срабатываний из наборов данных масс-спектрометрии аффинной очистки» . Биоинформатика . 33 (12): 1902–1904. doi : 10.1093/биоинформатика/btx076 . ISSN   1367-4811 . ПМИД   28186257 .
  89. ^ Лима, Д.Б.; Де Лима, ТБ; Бальбуэна, ТС; Невес-Феррейра, АГ; Барбоза, ВК; Гоццо, ФК; Карвальо, ПК (2015). «SIM-XL: мощный и удобный инструмент для анализа перекрестных связей пептидов». Журнал протеомики . 129 : 51–5. дои : 10.1016/j.jprot.2015.01.013 . hdl : 11449/158584 . ПМИД   25638023 .
  90. ^ Зухт, Ханс-Дитер; Ламерз, Йенс; Хамения, Валерий; Шиллер, Карстен; Аппель, Аннетт; Таммен, Харальд; Крамери, Рето; Селле, Хартмут (2005). «Методология сбора данных для профилирования пептидов на основе LC-MALDI-MS». Комбинаторная химия и высокопроизводительный скрининг . 8 (8): 717–23. дои : 10.2174/138620705774962481 . ПМИД   16464158 .
  91. ^ Гетце, Майкл; Петтелькау Дж; Шакс С; Босс К; Ихлинг CH; Краут Ф; Фриче Р; Кюн У; Синз А. (январь 2012 г.). «StavroX — программное обеспечение для анализа сшитых продуктов в исследованиях взаимодействия белков» . J Am Soc Масс-спектр . 23 (1): 76–87. Бибкод : 2012JASMS..23...76G . дои : 10.1007/s13361-011-0261-2 . ПМИД   22038510 . S2CID   38037472 .
  92. ^ Педриоли, Патрик Джорджия (2010). «Транс-протеомный трубопровод: трубопровод для протеомного анализа». Протеомная биоинформатика . Методы молекулярной биологии. Том. 604. стр. 213–238. дои : 10.1007/978-1-60761-444-9_15 . ISBN  978-1-60761-443-2 . ПМИД   20013374 .
  93. ^ Дойч, Эрик В.; Мендоса, Луис; Штейнберг, Дэвид; Фарра, Терри; Лам, Генри; Тасман, Натали; Сунь, Чжи; Нильссон, Эрик; Пратт, Брайан; Празен, Брайан; Энг, Джимми К.; Мартин, Дэниел Б.; Несвижский, Алексей Иванович; Эберсольд, Руди (2010). «Экскурсия по Транспротеомному трубопроводу» . Протеомика . 10 (6): 1150–1159. дои : 10.1002/pmic.200900375 . ISSN   1615-9853 . ПМК   3017125 . ПМИД   20101611 .
  94. ^ Коди, Роберт Б.; Фуке, Тьерри (01 июля 2019 г.). «Определение элементного состава с использованием распространенного изотопа» . Журнал Американского общества масс-спектрометрии . 30 (7): 1321–1324. Бибкод : 2019JASMS..30.1321C . дои : 10.1007/s13361-019-02203-9 . ISSN   1044-0305 . ПМИД   31062289 .
  95. ^ Монро, Мэн; Толич, Н.; Джейтли, Н.; Шоу, Дж.Л.; Адкинс, Дж. Н.; Смит, Р.Д. (2007). «VIPER: расширенный пакет программного обеспечения для поддержки высокопроизводительной идентификации пептидов методом ЖХ-МС» . Биоинформатика . 23 (15): 2021–3. doi : 10.1093/биоинформатика/btm281 . ПМИД   17545182 .
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=List_of_mass_spectrometry_software&oldid=1239174057#MassBank"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: f3ff18933d384135ed507ea08805590b__1723045920
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/f3/0b/f3ff18933d384135ed507ea08805590b.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
List of mass spectrometry software - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)