Fibrobacterota

Fibrobacterota
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Клада :	Группа FCB
Филум:	Fibrobacterota ; Garrity & Holt 2021
Классы
	Chitinispirillia ; Читинивибриония ; Фибробактерии ;
Синонимы
	"Fibrobacteraeota" Oren et al. 2015 ; «Fibrobacteres» Garrity and Holt 2001 ; "Fibrobacterota" Whitman et al. 2018 ; Аннахаман Ал. 2016 ;

Fibrobacterota -это небольшой бактериальный тип , который включает в себя многие из основных бактерий рубца , что позволяет ухудшить растительные целлюлозы у животных жвачных животных. Члены этого типа были классифицированы в других филах. Род фибробактер (единственный род фибробактеры) был удален из рода Bacteroides в 1988 году. ^{[ 2 ]}

Филогения и сравнительные геномные исследования

Хотя фибробактерта в настоящее время распознается в качестве отдельного типа, филогенетические исследования RPOC и белковые последовательности Gyrase B указывают на то, что Pibrobacter succinogenes тесно связаны с видами из Phyla Bacteroidetes и Chlorobi . ^{[ 3 ]} Виды из этих трех фил также разветвляются в том же положении на основе консервативной сигнатурной индел в ряде важных белков. ^{[ 4 ]} Наконец, и самое главное, сравнительные геномные исследования идентифицировали две консервативные индильки сигнатуры (5-7 аминокислотная вставка в белка RPOC и вставку аминокислот 13-16 в сериновой гидроксиметилтрансферазе ) и один сигнальный белок (PG00081), который уникально общий Все виды из этих трех фила. ^{[ 5 ]} Все эти результаты предоставляют убедительные доказательства того, что виды из этих трех Phyla разделили общего предка, исключая все другие бактерии, и было предложено, чтобы все они были признаны в рамках одного суперфила «FCB». ^{[ 3 ]}^{[ 5 ]}

Филогения

Филогения фибробактеры.

16S RRNA на основе LTP _12_2021 ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}

120 маркеры с одним копии на основе GTDB 08-RS214 ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}

Читинивибриония

Хитинивибрионал

Хитиниспириллацей	Chitinispirillum alkaliphilum

Chitinivibrionaceae	Chitinivibrio Alkaliphilus

Фибробактерии

Фибробактерал

Fibrobacter succinogenes

	F .. удлиненный

	Ф. С. Сукциногены

Халлерела

Х. свиньи

	H. Сукцинигены

	Fibrobacter intestinalis

Fibrobacteraceae

Читинивибриония

Хитинивибрионал

Хитиниспириллацей	Chitinispirillum alkaliphilum

Chitinivibrionaceae	Chitinivibrio Alkaliphilus

" Raymondbacteria " (RIF7)

Фибробактерии

Фибробактерал

" Ca. Fibromonas termitidis "

Fibrobacter succinogenes

Халлерела

H. Сукцинигены

	Х. свиньи

	Fibrobacter intestinalis

Fibrobacteraceae

Таксономия

Принятая в настоящее время таксономия основана на списке прокариотических имен в номенклатуре (LSPN) ^{[ 12 ]} и Национальный центр информации о биотехнологии (NCBI). ^{[ 13 ]}

Phylum *fibrobacterota* и некоторые из его филогенетических соседей

Класс Chitinispirillia Sorokin et al. 2016
- Заказ Chitinispirillales Sorokin et al. 2016 ]
  - Семейство Chitinispirillaceae Sorokin et al. 2016
    - Род Chitinispirillum Sorokin et al. 2016
      - Виды C. Alkaliphilum Sorokin et al. 2016
Класс Chitinivibrionia Sorokin et al. 2014
- Порядок Chitinivibrionales Sorokin et al. 2014
  - Семейство Chitinivibrionaceae Sorokin et al. 2014
    - Класс Chitinivibrio Sorokin et al. 2014
      - Виды C. Alkaliphilus sorokin et al. 2014
Класс Fibrobacteria Испания и соавт. 2012
- Заказ Fibrobacterales Испания и соавт. 2012 ["Pibromonadales" Abdul Rahman et al. 2016 ]
  - Семейство Fibrobacteraceae Испания и соавт. 2012 [Fibromonadaceae " Abdul Rahman et al. 2016 ]
    - Род Fibrobacter Montgomery et al. 1988
      - Виды F. Intestinalis Montgomery et al. 1988
      - Виды F. Сукциногены (Hungate 1950) Montgomery et al. 1988
        Подвиды Ф. С. Elongatus montgomery et al. 1988
        
        Подвиды Ф. С. Сукциногены (Hungate 1950) Montgomery et al. 1988
    - Класс " Кандидат фибромоны " Abdul Rahman et al. 2016
      - Вид " Ca. F. termitidis " Abdul Rahman et al. 2016
    - Класс " Hallerella " Wylensek et al. 2020
      - Виды " H. Pigs " Wylensek et al. 2021
      - Виды " H. Сукцинигены " Wylensek et al. 2020

Распределение

Phylum fibrobacterota считается тесно связанной с CFB [Cytophaga-Flavibacterium-Bacteroidota]. ^{[ 5 ]} Он содержит род Fibrobacter , который имеет штаммы, присутствующие в кишечниках многих млекопитающих, включая крупный рогатый скот и свиней. ^{[ 14 ]} Два описанных вида в этом роде, а именно: фибробактерные сукциногены и фибробактерский кишечник являются важными членами фибролитических сообществ в кишечниках млекопитающих и уделяют большое внимание в последние десятилетия из-за давних интересных микробов, способных ухудшить клетчатки растений.

Молекулярные доказательства, основанные на амплификации генов 16RRRN в различных средах, позволяют предположить, что тип гораздо более распространен, чем считалось ранее. ^{[ 15 ]}^{[ 16 ]} Большинство клонов из группы по окружающей среде млекопитающих наряду с известными изолятами в так называемом субфилум 1. ^{[ 16 ]} Однако члены субфилума 2 были обнаружены только в кишечнике термитов. ^{[ 16 ]}^{[ 17 ]} и в некоторых тараканах, кормящих мусор. ^{[ 18 ]} Преобладание субфилума 2 в бактериальных сообществах, ассоциированных с целлюлолитическим волокном, в задних окне из пищи из дерева Nasutitermes Corniger предполагает, что они играют важную роль в расщеплении растительного материала в более высоких термитах. ^{[ 19 ]}

Смотрите также

Ссылки

^ Орен А, Гаррити Г.М. (2021). «Действительная публикация названий сорока двух фил прокариот» . Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID 34694987 . S2CID 239887308 .
^ Монтгомери Л., Флешер Б., Шталь Д. (1988). «Передача бактероидов сукциногенов (Hungate) в Nov. В качестве фибробактерного сукциногена фибробактер Gen. . Инт. J. Syst. Бактериол . 38 (4): 430–435. doi : 10.1099/00207713-38-4-430 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Гупта, Р.С. (2004). «Характеристики филогении и последовательностей филогения и филогения фибробактер, хлорби и бактериоидетов». Критические обзоры в микробиологии . 30 (2): 123–140. doi : 10.1080/10408410490435133 . PMID 15239383 . S2CID 24565648 .
^ Гриффитс, E; Гупта, Р.С. (2001). «Использование подписных последовательностей в разных белках для определения относительного порядка разветвления бактериальных разделений: доказательства того, что фибробактер расходился в то же время, аналогичное разделению хламидиоза и цитофага-флавобактерии-бактероида» . Микробиология . 147 (9): 2611–22. doi : 10.1099/00221287-147-9-2611 . PMID 11535801 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Гупта, РС; Лорензини, Э. (2007). «Филогения и молекулярные сигнатуры (консервативные белки и инделы), которые специфичны для бактериоидетов и видов хлорби» . BMC Эволюционная биология . 7 : 71. DOI : 10.1186/1471-2148-7-71 . PMC 1887533 . PMID 17488508 .
^ "LTP" . Получено 23 февраля 2021 года .
^ «Дерево LTP_ALL в формате Newick» . Получено 23 февраля 2021 года .
^ «LTP_12_2021 Notes» (PDF) . Получено 23 февраля 2021 года .
^ "GTDB Release 08-RS214" . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .
^ "BAC120_R214.sp_label" . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .
^ «История таксонов» . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .
^ Euzéby JP. «Фибробактер» . Список прокариотических имен с стоянием в номенклатуре (LPSN) . Получено 2021-03-20 .
^ Sayers. «Фибробактер» . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) База данных таксономии . Получено 2021-03-20 .
^ Qi, M.; Нельсон, Ке; Daugherty, SC; Нельсон, WC; Hance, Ir; Моррисон, М.; Forsberg, CW (2005). «Новые молекулярные особенности фибролитической кишечной бактерии фибробактер кишечника, не обмениваемые фибробактерскими сукциногенами , как определено супрессивной вычищенной гибридизацией» . Журнал бактериологии . 187 (11): 3739–3751. doi : 10.1128/jb.187.11.3739-3751.2005 . PMC 1112041 . PMID 15901698 .
^ Макдональд, JE; Локхарт, RJ; Кокс, MJ; Эллисон, он; McCarthy, AJ (2008). «Обнаружение новых популяций фибробактерных групп на участках свалки и определение их относительной численности посредством количественной ПЦР». Экологическая микробиология . 10 (5): 1310–1319. doi : 10.1111/j.1462-2920.2007.01544.x . PMID 18266756 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Hongoh, Y.; Deevong, P.; Hattori, S.; Иноуэ, Т.; Noda, S.; Noparatnaraporn, N.; Кудо, Т.; Окума, М. (2006). «Филогенетическое разнообразие, локализация и морфологии клеток членов кандидата Phylum TG3 и субфила в фибробактерах Phylum , недавно обнаружили бактериальные группы, доминирующие в кишечниках термитов» . Прикладная и экологическая микробиология . 72 (10): 6780–6788. Bibcode : 2006apenm..72.6780h . doi : 10.1128/aem.00891-06 . PMC 1610327 . PMID 17021231 .
^ Микаелан, а.; Дитрих, C.; Köhler, T.; Poulsen, M.; Sillam-Dussès, D.; Брун, А. (2015). «Диета является основной детерминантой структуры бактериального сообщества в кишечниках более высоких термитов». Молекулярная экология . 24 (20): 5824–5895. doi : 10.1111/mec.13376 . PMID 26348261 . S2CID 206182668 .
^ Микаелан, а.; Köhler, T.; Lampert, N.; Rohland, J.; Бога, Х.; Meuser, K.; Брун, А. (2015). «Классификация бактериальной кишечной микробиоты термитов и тараканов: кураторская филогенетическая эталонная база данных (DICTDB)». Систематическая и прикладная микробиология . 38 (7): 472–482. doi : 10.1016/j.syapm.2015.07.004 . PMID 26283320 .
^ Микаелан, а.; Strassert, J.; Tokuda, G.; Брун, А. (2014). «Основанное на волокнице целлюлолитическое бактериальное сообщество в заднем окне более высоких термитов (Nasutitermes spp.)». Экологическая микробиология . 16 (9): 2711–2722. doi : 10.1111/1462-2920.12425 .

Холт Дж., Эд. (1994). Руководство Берджи по определению бактериологии (9 -е изд.). Уильямс и Уилкинс. ISBN 978-0-683-00603-2 .

Внешние ссылки

Список прокариотических названий с стоянием в номенклатуре - род Fibrobacter
Systema Naturae 2000 Классификация: Phylum Fibrobacteres Archived 2006-03-14 на машине Wayback

[1] Орен А, Гаррити Г.М. (2021). «Действительная публикация названий сорока двух фил прокариот» . Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID 34694987 . S2CID 239887308 .

[2] Монтгомери Л., Флешер Б., Шталь Д. (1988). «Передача бактероидов сукциногенов (Hungate) в Nov. В качестве фибробактерного сукциногена фибробактер Gen. . Инт. J. Syst. Бактериол . 38 (4): 430–435. doi : 10.1099/00207713-38-4-430 .

[Gupta-3] Jump up to: ^а ^{беременный} Гупта, Р.С. (2004). «Характеристики филогении и последовательностей филогения и филогения фибробактер, хлорби и бактериоидетов». Критические обзоры в микробиологии . 30 (2): 123–140. doi : 10.1080/10408410490435133 . PMID 15239383 . S2CID 24565648 .

[4] Гриффитс, E; Гупта, Р.С. (2001). «Использование подписных последовательностей в разных белках для определения относительного порядка разветвления бактериальных разделений: доказательства того, что фибробактер расходился в то же время, аналогичное разделению хламидиоза и цитофага-флавобактерии-бактероида» . Микробиология . 147 (9): 2611–22. doi : 10.1099/00221287-147-9-2611 . PMID 11535801 .

[GuptaB-5] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Гупта, РС; Лорензини, Э. (2007). «Филогения и молекулярные сигнатуры (консервативные белки и инделы), которые специфичны для бактериоидетов и видов хлорби» . BMC Эволюционная биология . 7 : 71. DOI : 10.1186/1471-2148-7-71 . PMC 1887533 . PMID 17488508 .

[6] "LTP" . Получено 23 февраля 2021 года .

[7] «Дерево LTP_ALL в формате Newick» . Получено 23 февраля 2021 года .

[8] «LTP_12_2021 Notes» (PDF) . Получено 23 февраля 2021 года .

[about-9] "GTDB Release 08-RS214" . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .

[tree-10] "BAC120_R214.sp_label" . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .

[taxon_history-11] «История таксонов» . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .

[12] Euzéby JP. «Фибробактер» . Список прокариотических имен с стоянием в номенклатуре (LPSN) . Получено 2021-03-20 .

[NCBI-13] Sayers. «Фибробактер» . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) База данных таксономии . Получено 2021-03-20 .

[14] Qi, M.; Нельсон, Ке; Daugherty, SC; Нельсон, WC; Hance, Ir; Моррисон, М.; Forsberg, CW (2005). «Новые молекулярные особенности фибролитической кишечной бактерии фибробактер кишечника, не обмениваемые фибробактерскими сукциногенами , как определено супрессивной вычищенной гибридизацией» . Журнал бактериологии . 187 (11): 3739–3751. doi : 10.1128/jb.187.11.3739-3751.2005 . PMC 1112041 . PMID 15901698 .

[15] Макдональд, JE; Локхарт, RJ; Кокс, MJ; Эллисон, он; McCarthy, AJ (2008). «Обнаружение новых популяций фибробактерных групп на участках свалки и определение их относительной численности посредством количественной ПЦР». Экологическая микробиология . 10 (5): 1310–1319. doi : 10.1111/j.1462-2920.2007.01544.x . PMID 18266756 .

[Hongoh2006-16] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Hongoh, Y.; Deevong, P.; Hattori, S.; Иноуэ, Т.; Noda, S.; Noparatnaraporn, N.; Кудо, Т.; Окума, М. (2006). «Филогенетическое разнообразие, локализация и морфологии клеток членов кандидата Phylum TG3 и субфила в фибробактерах Phylum , недавно обнаружили бактериальные группы, доминирующие в кишечниках термитов» . Прикладная и экологическая микробиология . 72 (10): 6780–6788. Bibcode : 2006apenm..72.6780h . doi : 10.1128/aem.00891-06 . PMC 1610327 . PMID 17021231 .

[17] Микаелан, а.; Дитрих, C.; Köhler, T.; Poulsen, M.; Sillam-Dussès, D.; Брун, А. (2015). «Диета является основной детерминантой структуры бактериального сообщества в кишечниках более высоких термитов». Молекулярная экология . 24 (20): 5824–5895. doi : 10.1111/mec.13376 . PMID 26348261 . S2CID 206182668 .

[18] Микаелан, а.; Köhler, T.; Lampert, N.; Rohland, J.; Бога, Х.; Meuser, K.; Брун, А. (2015). «Классификация бактериальной кишечной микробиоты термитов и тараканов: кураторская филогенетическая эталонная база данных (DICTDB)». Систематическая и прикладная микробиология . 38 (7): 472–482. doi : 10.1016/j.syapm.2015.07.004 . PMID 26283320 .

[19] Микаелан, а.; Strassert, J.; Tokuda, G.; Брун, А. (2014). «Основанное на волокнице целлюлолитическое бактериальное сообщество в заднем окне более высоких термитов (Nasutitermes spp.)». Экологическая микробиология . 16 (9): 2711–2722. doi : 10.1111/1462-2920.12425 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]