Одноцепочечный связывающий белок
| ССБ | |||
|---|---|---|---|
 Кристаллическая структура PriB - белка репликации примосомальной ДНК Escherichia coli. | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | ССБ | ||
| Пфам | PF00436 | ||
| Пфам Клан | CL0021 | ||
| ИнтерПро | IPR000424 | ||
| PROSITE | PDOC00602 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1kaw / SCOPe / СУПФАМ | ||
| TCDB | 3.А.7 | ||
| |||
Одноцепочечные связывающие белки ( SSB ) представляют собой класс белков, которые были идентифицированы как в вирусах, так и в организмах, от бактерий до человека.
Вирусный SSB
[ редактировать ]| Viral_DNA_bp | |||
|---|---|---|---|
 Одноцепочечный ДНК-связывающий белок (icp8) вируса простого герпеса -1 | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | Viral_DNA_bp | ||
| Пфам | PF00747 | ||
| ИнтерПро | ИПР000635 | ||
| |||
Хотя общая картина человека синтеза ДНК цитомегаловируса (ВГЧ-5) кажется типичной для герпесвирусов, появляются некоторые новые особенности.
Структура
[ редактировать ]В ICP8, вируса простого герпеса (HSV-1) однонитевом ДНК-связывающем белке (оцДНК-связывающий белок (SSB)), головка состоит из восьми альфа-спиралей . Передняя сторона шейной области состоит из пятицепочечного бета-листа и двух альфа-спиралей, тогда как задняя сторона представляет собой трехцепочечный бета-лист. Плечевая часть N-концевого домена содержит альфа-спираль и бета- спираль. область листа. [ 1 ] SSB вируса простого герпеса (HSV-1), ICP8, представляет собой ядерный белок, который, наряду с другими белками репликации, необходим для репликации вирусной ДНК во время литической инфекции. [ 1 ]
Механизм
[ редактировать ]группы вируса герпеса Шесть общих генов кодируют белки, которые, вероятно, составляют механизм репликационной вилки, включая двухсубъединичную ДНК-полимеразу, комплекс геликаза-примаза и одноцепочечный ДНК-связывающий белок. [ 2 ] человека вируса герпеса 1 Одноцепочечный ДНК-связывающий белок ICP8 цинка (HHV-1) представляет собой металлопротеин массой 128 кДа . Фотоаффинное мечение показало, что область, охватывающая аминокислотные остатки 368–902, содержит сайт связывания одноцепочечной ДНК ICP8. [ 3 ] UL5, UL8 и UL52 HHHV-1 Гены кодируют незаменимую гетеротримерную ДНК-хеликазу-примазу, которая отвечает за сопутствующее раскручивание ДНК и праймера синтез на репликационной вилке вирусной ДНК. ICP8 может стимулировать раскручивание ДНК и обеспечивать обход поврежденной цисплатином ДНК путем привлечения хеликазы-примазы к ДНК. [ 4 ]
Бактериальный ССБ
[ редактировать ]Белковые домены SSB у бактерий важны для поддержания метаболизма ДНК , точнее, репликации , репарации и рекомбинации ДНК. [ 5 ] Он имеет структуру, состоящую из трех бета-цепей и одного шестицепочечного бета-листа, образующего димер . [ 6 ]
Эукариотический белок репликации А
[ редактировать ]| Репликационный белок А | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| (гетеротример) | |||||||||||||
 Это изображение репликационного белка А человека. Из PDB : 1L1O. Протеопедический белок A Репликационный белок A | |||||||||||||
| Функция | поврежденное связывание ДНК, связывание одноцепочечной ДНК | ||||||||||||
| |||||||||||||
Репликационный белок A является функциональным эквивалентом SSB в ядре эукариотических клеток, хотя гомологии последовательностей нет.
Эукариотические митохондриальные SSB
[ редактировать ]Митохондрии эукариотических клеток содержат собственный одноцепочечный ДНК-связывающий белок. Митохондриальный SSB человека (mtSSB) связывается с одноцепочечной митохондриальной ДНК как тетрамер и имеет сходство последовательности с бактериальным SSB. [ 7 ] mtSSB человека кодируется геном SSBP1 . У дрожжей он кодируется геном RIM1. [ 8 ]
Роль в восстановлении генома и борьбе со старением
[ редактировать ]Недавно было обнаружено, что он 1. Помогает защитить геном, 2. Жизненно важен для стволовых клеток и 3. Участвует в поддержании длины теломер. [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ]
См. также
[ редактировать ]- ДНК-связывающий белок
- Репликационный белок А
- Сравнение программного обеспечения для моделирования нуклеиновых кислот
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б Мапелли М., Панджикар С., Такер П.А. (2005). «Кристаллическая структура белка, связывающего оцДНК вируса простого герпеса 1, предполагает структурную основу для гибкого кооперативного связывания одноцепочечной ДНК» . J Биол Хим . 280 (4): 2990–7. дои : 10.1074/jbc.M406780200 . ПМИД 15507432 .
- ^ Андерс Д.Г., МакКью Л.А. (1996). «Гены и белки цитомегаловируса человека, необходимые для синтеза ДНК». Интервирусология . 39 (5–6): 378–88. дои : 10.1159/000150508 . ПМИД 9130047 .
- ^ Уайт Э.Дж., Бемер Ч.П. (октябрь 1999 г.). «Фотоаффинное мечение одноцепочечного ДНК-связывающего белка вируса простого герпеса типа 1 (ICP8) олигодезоксирибонуклеотидами» . Биохим. Биофиз. Рез. Коммун . 264 (2): 493–7. дои : 10.1006/bbrc.1999.1566 . ПМИД 10529391 .
- ^ Танги Ле Гак Н., Виллани Дж., Бемер П.Е. (май 1998 г.). «Одноцепочечный ДНК-связывающий белок (ICP8) вируса простого герпеса типа 1 усиливает способность вирусной ДНК-хеликазы-примазы раскручивать модифицированную цисплатином ДНК» . Ж. Биол. Хим . 273 (22): 13801–7. дои : 10.1074/jbc.273.22.13801 . ПМИД 9593724 .
- ^ Мейер Р.Р., Лэйн П.С. (декабрь 1990 г.). «Одноцепочечный ДНК-связывающий белок Escherichia coli» . Микробиол. Преподобный . 54 (4): 342–80. дои : 10.1128/MMBR.54.4.342-380.1990 . ПМЦ 372786 . ПМИД 2087220 .
- ^ Рагунатан С., Рикар К.С., Ломан Т.М., Ваксман Г. (июнь 1997 г.). «Кристаллическая структура гомо-тетрамерного ДНК-связывающего домена одноцепочечного ДНК-связывающего белка Escherichia coli, определенная методом многоволновой рентгеновской дифракции на селенометионильном белке с разрешением 2,9-А» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 94 (13): 6652–7. дои : 10.1073/pnas.94.13.6652 . ПМК 21213 . ПМИД 9192620 .
- ^ Тиранти, В; Рокки, М; ДиДонато, С; Зевиани, М. (30 апреля 1993 г.). «Клонирование кДНК человека и крысы, кодирующих митохондриальный одноцепочечный ДНК-связывающий белок (SSB)». Джин . 126 (2): 219–25. дои : 10.1016/0378-1119(93)90370-i . ПМИД 8482537 .
- ^ Ван Дейк, Э; Фури, Ф; Стиллман, Б; Брилл, SJ (сентябрь 1992 г.). «Одноцепочечный ДНК-связывающий белок, необходимый для репликации митохондриальной ДНК у S. cerevisiae, гомологичен E. coli SSB» . Журнал ЭМБО . 11 (9): 3421–30. дои : 10.1002/j.1460-2075.1992.tb05421.x . ПМК 556877 . ПМИД 1324172 .
- ^ Пфайфер, Матиас; Брем, Рето; Липперт, Тимоти П.; Булианна, Брайант; Хо, Хауин Нг; Робинсон, Марк Э.; Стеббинг, Джастин; Фельдхан, Никлас (15 июня 2019 г.). «Белки SSB1/SSB2 защищают развитие B-клеток, защищая геномы предшественников B-клеток» . Журнал иммунологии . 202 (12): 3423–3433. doi : 10.4049/jimmunol.1801618 . ПМК 6545462 . ПМИД 31085591 .
- ^ Ши, Вэй; Ву, Тереза; Буше, Дидье; Берначка, Анна; Ты, Жюль; Пандит, Радж К.; Штраубе, Жасмин; Бойл, Глен М.; Аль-Эджех, Фарес; Наг, Пурба; Джеффри, Джесси; Харрис, Джанель Л.; Бейн, Аманда Л.; Гржелак, Марта; Скшипчак, Магдалена; Митра, Абхишек; Доджер, Норберт; Крозетто, Никола; Клунан, Николь; Бешерель, Оливер Дж.; Финни, Джон; Скаар, Джеффри Р.; Уокли, Карл Р.; Пандит, Тедж К.; Ровица, Мага; Гинальский, Кшиштоф; Лейн, Стивен В.; Ханна, Год года (4 мая 2017 г.). «Ssb1 и Ssb2 взаимодействуют, регулируя гемопоэтические стволовые клетки и клетки-предшественники мыши путем разрешения репликативного стресса» . Кровь 129 (18): 2479–2492. doi : 10.1182/blood-2016-06-725093 . ПМЦ 5418634 . ПМИД 28270450 .
- ^ Пандита, РК; Чоу, ТТ; Удаякумар, Д.; Бейн, Алабама; Кубедду, Л.; Хант, Чехия; Ши, В.; Хорикоши, Н.; Чжао, Ю.; Райт, МЫ; Ханна, КК; Шей, JW; Пандита, ТК (14 января 2015 г.). «Одноцепочечный ДНК-связывающий белок SSB1 облегчает привлечение TERT к теломерам и поддерживает G-выступы теломер» . Исследования рака . 75 (5): 858–869. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-14-2289 . ПМК 4351820 . ПМИД 25589350 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Одноцепочечная ДНК+Связывание+Белки Национальной медицинской библиотеки США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)
- SSB в ПФАМ