✖


Jump to content

Z-ДНК

Структура Z-ДНК. Протеопедия Z-ДНК

Z-ДНК — одна из многих возможных двойных спиральных структур ДНК . Это левосторонняя двойная спиральная структура, в которой спираль зигзагообразно закручивается влево, а не вправо, как в более распространенной форме B-ДНК . Z-ДНК считается одной из трех биологически активных двухспиральных структур наряду с A-ДНК и B-ДНК .

История

[ редактировать ]

Леворукая ДНК была впервые предложена Уэллсом и его коллегами как структура повторяющегося полимера инозин цитозин - Робертом . [1] Они наблюдали «обратный» спектр кругового дихроизма для таких ДНК и неправильно интерпретировали это как означающее, что нити закручиваются друг вокруг друга левосторонним образом. На связь между Z-ДНК и более известной B-ДНК указали работы Пола и Йовина. [2] который показал, что ультрафиолетовый круговой дихроизм поли(dG-dC) почти инвертируется в 4 М растворе хлорида натрия и что структура поли d(I-C)·poly d(I-C) на самом деле является правосторонней. Конформация D-ДНК. Подозрение, что это было результатом превращения B-ДНК в Z-ДНК, было подтверждено исследованием спектров комбинационного рассеяния этих растворов и кристаллов Z-ДНК. [3] Впоследствии была опубликована кристаллическая структура «Z-ДНК», которая оказалась первой монокристаллической рентгеновской структурой фрагмента ДНК (самомлементарного ДНК-гексамера d(CG) 3 ). Она была решена как левая двойная спираль с двумя антипараллельными цепями, которые удерживались вместе парами оснований Уотсона-Крика (см. Рентгеновскую кристаллографию ). Она была решена Эндрю Х. Дж. Вангом , Александром Ричем и его коллегами в 1979 году в Массачусетском технологическом институте . [4] Кристаллизация соединения B- и Z-ДНК в 2005 г. [5] обеспечили лучшее понимание потенциальной роли Z-ДНК в клетках. Всякий раз, когда формируется сегмент Z-ДНК, на его двух концах должны быть соединения B-Z, соединяющие его с B-формой ДНК, обнаруженной в остальной части генома .

В 2007 году РНК- версия Z-ДНК, Z-РНК , была описана как трансформированная версия двойной спирали А-РНК в левостороннюю спираль. [6] Однако переход от А-РНК к Z-РНК был описан уже в 1984 году. [7]

Структура

[ редактировать ]
Соединение B-Z связано с доменом связывания Z-ДНК. Обратите внимание на две выделенные выдавленные основы. Из PDB : 2ACJ .

Z-ДНК сильно отличается от правосторонних форм. Фактически, Z-ДНК часто сравнивают с B-ДНК, чтобы проиллюстрировать основные различия. Спираль Z-ДНК левая и имеет структуру, повторяющую каждую вторую пару оснований. Большие и малые бороздки, в отличие от А- и В-ДНК, мало отличаются по ширине. Формирование этой структуры в целом неблагоприятно, хотя определенные условия могут этому способствовать; такие как чередующаяся пурин - пиримидиновая последовательность (особенно поли(dGC) 2 ), отрицательная сверхспирализация ДНК или высокое содержание соли и некоторые катионы (все при физиологической температуре, 37 ° C и pH 7,3–7,4). Z-ДНК может образовывать соединение с B-ДНК (называемое «соединительной коробкой B-Z») в структуре, которая включает экструзию пары оснований. [8] Конформацию Z-ДНК трудно изучать, поскольку она не существует как стабильная особенность двойной спирали. Напротив, это временная структура, которая иногда возникает в результате биологической активности, а затем быстро исчезает. [9]

Прогнозирование структуры Z-ДНК

[ редактировать ]

Можно предсказать вероятность того, что последовательность ДНК образует структуру Z-ДНК. Алгоритм прогнозирования склонности ДНК к переходу из B-формы в Z-форму, ZHunt , был написан П. Шинг Хо в 1984 году в Массачусетском технологическом институте . [10] Этот алгоритм позже был разработан Трейси Кэмп , П. Кристофом Чампом , Сандором Морисом и Джеффри М. Варгасоном для полногеномного картирования Z-ДНК (с Хо в качестве главного исследователя). [11]

Путь образования Z-ДНК из B-ДНК

[ редактировать ]

С момента открытия и кристаллизации Z-ДНК в 1979 году эта конфигурация поставила ученых в тупик относительно пути и механизма перехода от конфигурации B-ДНК к конфигурации Z-ДНК. [12] Конформационное изменение структуры B-ДНК на структуру Z-ДНК было неизвестно на атомном уровне, но в 2010 году компьютерное моделирование, проведенное Lee et al. смогли вычислительно определить, что ступенчатое распространение перехода B-Z обеспечит более низкий энергетический барьер, чем ранее предполагаемый согласованный механизм. [13] Поскольку это было доказано вычислительно, этот путь все равно необходимо будет проверить экспериментально в лаборатории для дальнейшего подтверждения и достоверности, в чем Lee et al. В своей журнальной статье, в частности, говорится: «Текущий [вычислительный] результат может быть проверен с одиночной молекулой FRET (smFRET)». в будущем с помощью экспериментов [13] В 2018 году путь от B-ДНК к Z-ДНК был экспериментально доказан с помощью анализов smFRET. [14] Это было выполнено путем измерения значений интенсивности между донорными и акцепторными флуоресцентными красителями, также известными как флуорофоры , по отношению друг к другу, когда они обмениваются электронами, будучи прикрепленными к молекуле ДНК. [15] [16] Расстояния между флуорофорами можно использовать для количественного расчета изменений близости красителей и конформационных изменений ДНК. Высокоаффинный связывающий белок Z-ДНК , hZαADAR1, [17] использовали в различных концентрациях для индукции трансформации B-ДНК в Z-ДНК. [14] Анализ smFRET выявил переходное состояние B*, которое сформировалось в результате связывания hZαADAR1, накопленного на структуре B-ДНК, и стабилизировало ее. [14] Этот шаг происходит, чтобы избежать высокой энергии соединения, при которой структура B-ДНК может претерпевать конформационные изменения по сравнению со структурой Z-ДНК без серьезного разрушительного изменения энергии. Этот результат совпадает с результатами вычислений Lee et al. доказывая, что этот механизм является поэтапным и его цель состоит в том, что он обеспечивает более низкий энергетический барьер для конформационного изменения от конфигурации B-ДНК к конфигурации Z-ДНК. [13] Вопреки предыдущему представлению, связывающие белки фактически не стабилизируют конформацию Z-ДНК после ее формирования, а вместо этого фактически способствуют образованию Z-ДНК непосредственно из конформации B*, которая образуется B-ДНК. структура связывается белками с высоким сродством. [14]

Биологическое значение

[ редактировать ]

Биологическая роль Z-ДНК в регуляции ответов интерферона I типа была подтверждена в исследованиях трех хорошо изученных редких менделевских заболеваний: симметричного наследственного дисхроматоза (OMIM: 127400), синдрома Айкарди-Гутьера (OMIM: 615010) и двустороннего полосатого тела. Некроз/Дистония. Семьи с гаплоидным транскриптомом ADAR позволили сопоставить варианты Zα непосредственно с заболеванием, показав, что генетическая информация кодируется в ДНК как по форме, так и последовательности. [18] Роль в регуляции реакции интерферона I типа при раке также подтверждается данными о том, что выживание 40% опухолей зависело от фермента ADAR. [19]

В предыдущих исследованиях Z-ДНК была связана как с болезнью Альцгеймера , так и с системной красной волчанкой . Чтобы продемонстрировать это, было проведено исследование ДНК, обнаруженной в гиппокампе головного мозга нормального человека, умеренно пораженного болезнью Альцгеймера и тяжело пораженного болезнью Альцгеймера. Благодаря использованию кругового дихроизма это исследование показало наличие Z-ДНК в ДНК тяжело пострадавших. [20] В этом исследовании также было обнаружено, что основные части умеренно пораженной ДНК находились в промежуточной конформации BZ. Это важно, поскольку на основе этих результатов был сделан вывод, что переход от B-ДНК к Z-ДНК зависит от прогрессирования болезни Альцгеймера. [20] Кроме того, Z-ДНК связана с системной красной волчанкой (СКВ) благодаря наличию естественных антител. Значительные количества антител против Z-ДНК были обнаружены у больных СКВ и отсутствовали при других ревматических заболеваниях. [21] Существует два типа этих антител. С помощью радиоиммуноанализа было обнаружено, что один взаимодействует с основаниями, экспонированными на поверхности Z-ДНК и денатурированной ДНК, а другой взаимодействует исключительно с зигзагообразным остовом только Z-ДНК. Подобно тому, как это происходит при болезни Альцгеймера, антитела варьируются в зависимости от стадии заболевания: максимальное количество антител наблюдается на наиболее активных стадиях СКВ.

Z-ДНК в транскрипции

[ редактировать ]

Обычно считается, что Z-ДНК обеспечивает торсионного напряжения облегчение во время транскрипции , и это связано с отрицательной суперспирализацией . [5] [22] Однако, хотя сверхспирализация связана как с транскрипцией, так и с репликацией ДНК, образование Z-ДНК в первую очередь связано со скоростью транскрипции . [23]

Исследование 22-й хромосомы человека показало корреляцию между областями формирования Z-ДНК и областями промотора ядерного фактора I. Это предполагает, что транскрипция в некоторых генах человека может регулироваться образованием Z-ДНК и активацией ядерного фактора I. [11]

Было показано, что последовательности Z-ДНК, расположенные выше промоторных областей, стимулируют транскрипцию. Наибольшее увеличение активности наблюдается, когда последовательность Z-ДНК располагается на три витка спирали после последовательности промотора . Кроме того, используя метод сшивания микрококковой нуклеазой, [24] Z-ДНК вряд ли образует нуклеосомы , которые часто располагаются до и/или после последовательности, образующей Z-ДНК. Предполагается, что из-за этого свойства Z-ДНК кодирует границу позиционирования нуклеосом. Поскольку размещение нуклеосом влияет на связывание факторов транскрипции , считается, что Z-ДНК регулирует скорость транскрипции. [24]

возникшая на основе пути РНК-полимеразы Было показано, что Z-ДНК, образовавшаяся посредством активной транскрипции, посредством отрицательной суперспирализации, увеличивает генетическую нестабильность, создавая склонность к мутагенезу вблизи промоторов. [25] Исследование Escherichia coli генов показало, что делеции спонтанно происходят в областях плазмиды , содержащих последовательности, образующие Z-ДНК. [26] Было обнаружено, что в клетках млекопитающих присутствие таких последовательностей приводит к крупным делециям геномных фрагментов из-за хромосомных двухцепочечных разрывов . Обе эти генетические модификации связаны с транслокациями генов , обнаруженными при таких видах рака, как лейкемия и лимфома , поскольку области разрыва в опухолевых клетках нанесены вокруг последовательностей, образующих Z-ДНК. [25] Однако более мелкие делеции в бактериальных плазмидах связаны с проскальзыванием репликации , тогда как более крупные делеции, связанные с клетками млекопитающих, вызваны негомологичной репарацией соединения концов, которая, как известно, подвержена ошибкам. [25] [26]

Токсическое действие бромистого этидия (EtBr) на трипаносомы обусловлено сдвигом их кинетопластидной ДНК в Z-форму. Сдвиг вызван интеркаляцией EtBr и последующим разрыхлением структуры ДНК, что приводит к раскручиванию ДНК, переходу в Z-форму и ингибированию репликации ДНК. [27]

Открытие домена Zα

[ редактировать ]

Первый домен, связывающий Z-ДНК с высоким сродством, был обнаружен в ADAR1 с использованием подхода, разработанного Аланом Гербертом. [28] [29] Кристаллографические и ЯМР- исследования подтвердили биохимические данные о том, что этот домен связывает Z-ДНК неспецифичным для последовательности образом. [30] [31] [32] Родственные домены были идентифицированы в ряде других белков посредством гомологии последовательностей . [29] Идентификация домена Zα послужила инструментом для других кристаллографических исследований, которые привели к характеристике Z-РНК и соединения B-Z. Биологические исследования показали, что Z-ДНК-связывающий домен ADAR1 может локализовать этот фермент, который модифицирует последовательность вновь образованной РНК в местах активной транскрипции. [33] [34] Роль Zα, Z-ДНК и Z-РНК в защите генома от вторжения ретро-элементов Alu у человека превратилась в механизм регуляции врожденных иммунных ответов на дцРНК. Мутации в Zα являются причиной интерферопатий человека, таких как синдром Менделя Айкарди-Гутьера. [35] [18] Кроме того, показано, что домены Zα локализуются в стрессовых гранулах из-за их врожденной способности связывать нуклеиновую кислоту. Более того, разные домены Zα по-разному связываются с Z-конформацией нуклеиновой кислоты, обеспечивая важные возможности для специфического нацеливания при разработке лекарств.

Последствия связывания Z-ДНК с белком E3L коровьей оспы

[ редактировать ]

Поскольку Z-ДНК была исследована более тщательно, было обнаружено, что структура Z-ДНК может связываться с белками, связывающими Z-ДНК, посредством лондонной дисперсии и водородных связей . [36] Одним из примеров белка, связывающего Z-ДНК, является белок E3L коровьей оспы , который является продуктом гена E3L и имитирует белок млекопитающих, который связывает Z-ДНК. [37] [38] Белок E3L не только имеет сродство к Z-ДНК, но также было обнаружено, что он играет роль в уровне тяжести вирулентности у мышей, вызванной вирусом коровьей оспы, разновидностью поксвируса . Двумя критически важными компонентами белка E3L, определяющими вирулентность, являются N-конец и C-конец . N-конец состоит из последовательности, аналогичной последовательности домена Zα, также называемой доменом z-альфа аденозиндезаминазы , тогда как C-конец состоит из двухцепочечного мотива связывания РНК. [37] Благодаря исследованиям, проведенным Кимом, Ю. и др. в Массачусетском технологическом институте было показано, что замена N-конца белка E3L на последовательность домена Zα, содержащую 14 остатков связывания Z-ДНК, аналогичных E3L, практически не влияет на патогенность вируса у мышей. [37] Напротив, Ким Ю. и др. также обнаружили, что удаление всех 83 остатков N-конца E3L приводило к снижению вирулентности. Это подтверждает их утверждение о том, что N-конец, содержащий остатки связывания Z-ДНК, необходим для вирулентности. [37] В целом, эти результаты показывают, что сходные остатки связывания Z-ДНК на N-конце белка E3L и домене Zα являются наиболее важными структурными факторами, определяющими вирулентность, вызываемую вирусом осповакцины, в то время как аминокислотные остатки, не участвующие в Z-ДНК, привязка практически не имеет эффекта. Будущее значение этих результатов включает снижение связывания E3L с Z-ДНК в вакцинах, содержащих вирус коровьей оспы, чтобы можно было свести к минимуму негативные реакции на вирус у людей. [37]

Кроме того, Александр Рич и Джин-А Квон обнаружили, что E3L действует как трансактиватор человеческих генов IL-6, NF-AT и p53. Их результаты показывают, что клетки HeLa, содержащие E3L, имели повышенную экспрессию человеческих генов IL-6, NF-AT и p53, а точечные мутации или делеции определенных аминокислотных остатков, связывающих Z-ДНК, снижали эту экспрессию. [36] В частности, было обнаружено, что мутации в Tyr 48 и Pro 63 снижают трансактивацию ранее упомянутых генов в результате потери водородных связей и лондонских дисперсионных сил между E3L и Z-ДНК. [36] В целом, эти результаты показывают, что уменьшение связей и взаимодействий между Z-ДНК и белками, связывающими Z-ДНК, снижает как вирулентность, так и экспрессию генов, тем самым показывая важность наличия связей между Z-ДНК и связывающим белком E3L.

Сравнительная геометрия некоторых форм ДНК

[ редактировать ]
Вид сбоку на A-, B- и Z-ДНК.
Ось спирали A-, B- и Z-ДНК.
Атрибуты геометрии A-, B и Z-ДНК [39] [40] [41]
А-форма B-форма Z-форма
Чувство спирали правша правша левша
Повторяющийся блок 1 б.п. 1 б.п. 2 б.п.
Ротация/б.п. 32.7° 34.3° 30°
б.п./оборот 11 10 12
Наклон б.п. к оси +19° −1.2° −9°
Подъем/б.п. вдоль оси 2,3 Å (0,23 нм) 3,32 Å (0,332 нм) 3,8 Å (0,38 нм)
Шаг/поворот спирали 28,2 Å (2,82 нм) 33,2 Å (3,32 нм) 45,6 Å (4,56 нм)
Средний поворот пропеллера +18° +16° 0°
Гликозильный угол анти анти С: анти ,
G: syn
Сахарная складка C3'- эндо C2'- эндо C: C2'- эндо ,
G: C3'- эндо
Диаметр 23 Å (2,3 нм) 20 Å (2,0 нм) 18 Å (1,8 нм)

См. также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Мицуи, Ю.; Лэнгридж, Р.; Шортл, Бельгия; Кантор, ЧР; Грант, RC; Кодама, М.; Уэллс, Р.Д. (1970). «Физические и ферментативные исследования поли d (I – C) · поли d (I – C), необычной двойной спиральной ДНК». Природа . 228 (5277): 1166–1169. Бибкод : 1970Natur.228.1166M . дои : 10.1038/2281166a0 . ПМИД   4321098 . S2CID   4248932 .
  2. ^ Пол, FM; Джовин, ТМ (1972). «Совместное конформационное изменение синтетической ДНК, индуцированное солью: равновесные и кинетические исследования с поли(dG-dC)». Журнал молекулярной биологии . 67 (3): 375–396. дои : 10.1016/0022-2836(72)90457-3 . ПМИД   5045303 .
  3. ^ Таманн, Ти Джей; Лорд, RC; Ван, АХ; Рич, А. (1981). «Высокосолевая форма поли(dG–dC) · поли(dG–dC) представляет собой левостороннюю Z-ДНК: спектры комбинационного рассеяния света кристаллов и растворов» . Исследования нуклеиновых кислот . 9 (20): 5443–5457. дои : 10.1093/нар/9.20.5443 . ПМЦ   327531 . ПМИД   7301594 .
  4. ^ Ван, АХ; Куигли, Дж.Дж.; Колпак, Ф.Дж.; Кроуфорд, Дж. Л.; ван Бум, Дж. Х.; ван дер Марель, Г.; Рич, А. (1979). «Молекулярная структура левостороннего фрагмента двойной спирали ДНК при атомном разрешении». Природа . 282 (5740): 680–686. Бибкод : 1979Natur.282..680W . дои : 10.1038/282680a0 . ПМИД   514347 . S2CID   4337955 .
  5. ^ Перейти обратно: а б Ха, СК; Ловенхаупт, К.; Рич, А.; Ким, Ю.Г.; Ким, К.К. (2005). «Кристаллическая структура соединения между B-ДНК и Z-ДНК обнаруживает два экструдированных основания». Природа . 437 (7062): 1183–1186. Бибкод : 2005Natur.437.1183H . дои : 10.1038/nature04088 . ПМИД   16237447 . S2CID   2539819 .
  6. ^ Плачидо, Д.; Браун, бакалавр II; Ловенхаупт, К.; Рич, А.; Афанасиадис, А. (2007). «Левая двойная спираль РНК, связанная доменом Zalpha фермента ADAR1, редактирующего РНК» . Структура . 15 (4): 395–404. дои : 10.1016/j.str.2007.03.001 . ПМК   2082211 . ПМИД   17437712 .
  7. ^ Холл, К.; Круз, П.; Тиноко, И. младший; Джовин, ТМ; ван де Санде, JH (октябрь 1984 г.). « Z-РНК — левосторонняя двойная спираль РНК». Природа . 311 (5986): 584–586. Бибкод : 1984Natur.311..584H . дои : 10.1038/311584a0 . ПМИД   6482970 . S2CID   4316862 .
  8. ^ де Роза, М.; де Санктис, Д.; Росарио, Алабама; Арчер, М.; Рич, А.; Атанасиадис, А.; Каррондо, Массачусетс (май 2010 г.). «Кристаллическая структура соединения двух спиралей Z-ДНК» . Труды Национальной академии наук . 107 (20): 9088–9092. Бибкод : 2010PNAS..107.9088D . дои : 10.1073/pnas.1003182107 . ПМК   2889044 . ПМИД   20439751 .
  9. ^ Чжан, Х.; Ю, Х.; Рен, Дж.; Цюй, X. (2006). «Обратимый переход B/Z-ДНК в условиях низкого содержания соли и селективность поли(dA)поли(dT) не-B-формы за счет кубаноподобного комплекса европия- L -аспарагиновой кислоты» . Биофизический журнал . 90 (9): 3203–3207. Бибкод : 2006BpJ....90.3203Z . дои : 10.1529/biophysj.105.078402 . ПМЦ   1432110 . ПМИД   16473901 .
  10. ^ Хо, PS; Эллисон, MJ; Куигли, Дж.Дж.; Рич, А. (1986). «Компьютерный термодинамический подход для прогнозирования образования Z-ДНК в природных последовательностях» . Журнал ЭМБО . 5 (10): 2737–2744. дои : 10.1002/j.1460-2075.1986.tb04558.x . ПМЦ   1167176 . ПМИД   3780676 .
  11. ^ Перейти обратно: а б Чемп, ПК; Морис, С.; Варгасон, Дж. М.; Кэмп, Т.; Хо, PS (2004). «Распределение Z-ДНК и ядерного фактора I в 22 хромосоме человека: модель сопряженной регуляции транскрипции» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (22): 6501–6510. дои : 10.1093/nar/gkh988 . ПМК   545456 . ПМИД   15598822 .
  12. ^ Ван, Эндрю Х.-Дж.; Куигли, Гэри Дж.; Колпак, Фрэнсис Дж.; Кроуфорд, Джеймс Л.; ван Бум, Жак Х.; ван дер Марель, Гийс; Рич, Александр (декабрь 1979 г.). «Молекулярная структура левостороннего фрагмента двойной спирали ДНК при атомном разрешении». Природа . 282 (5740): 680–686. Бибкод : 1979Natur.282..680W . дои : 10.1038/282680a0 . ISSN   0028-0836 . ПМИД   514347 . S2CID   4337955 .
  13. ^ Перейти обратно: а б с Ли, Джуйонг; Ким, Ян-Гюн; Ким, Кён Гю; Сок, Чаок (5 августа 2010 г.). «Переход между B-ДНК и Z-ДНК: ландшафт свободной энергии для распространения B-Z-перехода». Журнал физической химии Б. 114 (30): 9872–9881. CiteSeerX   10.1.1.610.1717 . дои : 10.1021/jp103419t . ISSN   1520-6106 . ПМИД   20666528 .
  14. ^ Перейти обратно: а б с д Ким, Сук Хо; Лим, Со Хи; Ли, Аэ-Ри; Квон, До Хун; Сон, Хён Гю; Ли, Джун-Хва; Чо, Минхэн; Джонер, Альберт; Ли, Нам Гён (23 марта 2018 г.). «Открытие пути к Z-ДНК при индуцированном белком переходе B – Z» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (8): 4129–4137. дои : 10.1093/nar/gky200 . ISSN   0305-1048 . ПМЦ   5934635 . ПМИД   29584891 .
  15. ^ Купер, Дэвид; Хм, Хеуи; Таузин, Лоуренс Дж.; Поддар, Нитеш; Ландес, Кристи Ф. (3 июня 2013 г.). «Время жизни цианиновых флуорофоров, используемых для фотообесцвечивания для одиночной молекулярной резонансной передачи энергии Фёрстера в присутствии различных систем фотозащиты» . ХимБиоХим . 14 (9): 1075–1080. дои : 10.1002/cbic.201300030 . ISSN   1439-4227 . ПМЦ   3871170 . ПМИД   23733413 .
  16. ^ Диденко, Владимир В. (ноябрь 2001 г.). «ДНК-зонды, использующие резонансный перенос энергии флуоресценции (FRET): конструкции и применение» . БиоТехники . 31 (5): 1106–1121. дои : 10.2144/01315rv02 . ISSN   0736-6205 . ЧВК   1941713 . ПМИД   11730017 .
  17. ^ Герберт, А.; Альфкен, Дж.; Ким, Ю.-Г.; Миан, И.С.; Нисикура, К.; Рич, А. (5 августа 1997 г.). «Домен, связывающий Z-ДНК, присутствует в редактирующем ферменте человека, аденозиндезаминазе двухцепочечной РНК» . Труды Национальной академии наук . 94 (16): 8421–8426. Бибкод : 1997PNAS...94.8421H . дои : 10.1073/pnas.94.16.8421 . ISSN   0027-8424 . ПМК   22942 . ПМИД   9237992 .
  18. ^ Перейти обратно: а б Герберт, А. (2019). «Менделевская болезнь, вызванная вариантами, влияющими на распознавание Z-ДНК и Z-РНК доменом Zα фермента редактирования двухцепочечной РНК ADAR» . Европейский журнал генетики человека . 8 (1): 114–117. дои : 10.1038/s41431-019-0458-6 . ПМК   6906422 . ПМИД   31320745 .
  19. ^ Герберт, А. (2019). «ADAR и подавление иммунитета при раке». Тенденции рака . 5 (5): 272–282. дои : 10.1016/j.trecan.2019.03.004 . ПМИД   31174840 . S2CID   155209484 .
  20. ^ Перейти обратно: а б Сурам, Анита; Рао, Джаганнатха К.С.; С., Лата К.; А., Вишвамитра М. (2002). «Первые доказательства, показывающие топологическое изменение конформации ДНК от B-ДНК до Z-ДНК в гиппокампе мозга при болезни Альцгеймера». Нейромолекулярная медицина . 2 (3): 289–298. дои : 10.1385/нмм:2:3:289 . ISSN   1535-1084 . ПМИД   12622407 . S2CID   29059186 .
  21. ^ Лафер, Э.М.; Валле, РП; Мёллер, А; Нордхейм, А; Шур, PH; Рич, А; Столлар, Б.Д. (1 февраля 1983 г.). «З-ДНК-специфические антитела при системной красной волчанке человека» . Журнал клинических исследований . 71 (2): 314–321. дои : 10.1172/jci110771 . ISSN   0021-9738 . ПМК   436869 . ПМИД   6822666 .
  22. ^ Рич, А; Чжан, С (2003). «Хронология: Z-ДНК: долгий путь к биологической функции». Обзоры природы Генетика . 4 (7): 566–572. дои : 10.1038/nrg1115 . ПМИД   12838348 . S2CID   835548 .
  23. ^ Виттиг, Б.; Дорбич, Т.; Рич, А. (1991). «Транкрипция связана с образованием Z-ДНК в метаболически активных пермеабилизированных ядрах клеток млекопитающих» . Труды Национальной академии наук . 88 (6): 2259–2263. Бибкод : 1991PNAS...88.2259W . дои : 10.1073/pnas.88.6.2259 . ПМК   51210 . ПМИД   2006166 .
  24. ^ Перейти обратно: а б Вонг, Б.; Чен, С.; Квон, Ж.-А.; Рич, А. (2007). «Характеристика Z-ДНК как нуклеосомно-граничного элемента в дрожжах Saccharomyces cerevisiae » . Труды Национальной академии наук . 104 (7): 2229–2234. Бибкод : 2007PNAS..104.2229W . дои : 10.1073/pnas.0611447104 . ЧВК   1892989 . ПМИД   17284586 .
  25. ^ Перейти обратно: а б с Ван, Г.; Кристенсен, Луизиана; Васкес, К.М. (2006). «Последовательности, образующие Z-ДНК, вызывают крупномасштабные делеции в клетках млекопитающих» . Труды Национальной академии наук . 108 (8): 2677–2682. Бибкод : 2006PNAS..103.2677W . дои : 10.1073/pnas.0511084103 . ПМЦ   1413824 . ПМИД   16473937 .
  26. ^ Перейти обратно: а б Фройнд, AM; Бичара, М.; Фукс, Р.П. (1989). «Последовательности, образующие Z-ДНК, представляют собой горячие точки спонтанных делеций» . Труды Национальной академии наук . 86 (19): 7465–7469. Бибкод : 1989PNAS...86.7465F . дои : 10.1073/pnas.86.19.7465 . ПМК   298085 . ПМИД   2552445 .
  27. ^ Рой Чоудхури, А.; Бакши, Р.; Ван, Дж.; Йылдырыр, Г.; Лю, Б.; Паппас-Браун, В.; Толун, Г.; Гриффит, доктор медицинских наук; Шапиро, Т.А.; Дженсен, Р.Э.; Энглунд, ПТ (декабрь 2010 г.). «Уничтожение африканских трипаносом бромидом этидия» . ПЛОС Патогены . 6 (12): e1001226. дои : 10.1371/journal.ppat.1001226 . ПМК   3002999 . ПМИД   21187912 .
  28. ^ Герберт, А.; Рич, А. (1993). «Метод идентификации и характеристики белков, связывающих Z-ДНК, с использованием линейного олигодезоксинуклеотида» . Исследования нуклеиновых кислот . 21 (11): 2669–2672. дои : 10.1093/нар/21.11.2669 . ПМК   309597 . ПМИД   8332463 .
  29. ^ Перейти обратно: а б Герберт, А.; Альфкен, Дж.; Ким, Ю.Г.; Миан, И.С.; Нисикура, К.; Рич, А. (1997). «Домен, связывающий Z-ДНК, присутствует в редактирующем ферменте человека, аденозиндезаминазе двухцепочечной РНК» . Труды Национальной академии наук . 94 (16): 8421–8426. Бибкод : 1997PNAS...94.8421H . дои : 10.1073/pnas.94.16.8421 . ПМК   22942 . ПМИД   9237992 .
  30. ^ Герберт, А.; Шаде, М.; Ловенхаупт, К.; Альфкен, Дж; Шварц, Т.; Шляхтенко Л.С.; Любченко Ю.Л.; Рич, А. (1998). «Домен Zα человеческого ADAR1 связывается с конформером Z-ДНК множества различных последовательностей» . Исследования нуклеиновых кислот . 26 (15): 2669–2672. дои : 10.1093/нар/26.15.3486 . ПМЦ   147729 . ПМИД   9671809 .
  31. ^ Шварц, Т.; Роулд, Массачусетс; Ловенхаупт, К.; Герберт, А.; Рич, А. (1999). «Кристаллическая структура домена Zα человеческого фермента редактирования ADAR1, связанного с левой Z-ДНК». Наука . 284 (5421): 1841–1845. дои : 10.1126/science.284.5421.1841 . ПМИД   10364558 .
  32. ^ Шаде, М.; Тернер, CJ; Кюне, Р.; Шмидер, П.; Ловенхаупт, К.; Герберт, А.; Рич, А.; Ошкинат, Х (1999). «Структура раствора домена Zα человеческого фермента редактирования РНК ADAR1 обнаруживает предварительно расположенную поверхность связывания для Z-ДНК» . Труды Национальной академии наук . 96 (22): 2465–2470. Бибкод : 1999PNAS...9612465S . дои : 10.1073/pnas.96.22.12465 . ПМК   22950 . ПМИД   10535945 .
  33. ^ Герберт, А.; Рич, А. (2001). «Роль связывающих доменов дсРНК и Z-ДНК в in vivo редактировании минимальных субстратов с помощью ADAR1» . Труды Национальной академии наук . 98 (21): 12132–12137. Бибкод : 2001PNAS...9812132H . дои : 10.1073/pnas.211419898 . ПМК   59780 . ПМИД   11593027 .
  34. ^ Хальбер, Д. (11 сентября 1999 г.). «Ученые наблюдают биологическую активность «левой» ДНК» . Пресс-служба Массачусетского технологического института . Проверено 29 сентября 2008 г.
  35. ^ Герберт, А. (2019). «Z-ДНК и Z-РНК при заболеваниях человека» . Коммуникационная биология . 2 :7. doi : 10.1038/s42003-018-0237-x . ПМК   6323056 . ПМИД   30729177 .
  36. ^ Перейти обратно: а б с Квон, Ж.-А.; Рич, А. (26 августа 2005 г.). «Биологическая функция Z-ДНК-связывающего белка E3L вируса коровьей оспы: трансактивация генов и антиапоптотическая активность в клетках HeLa» . Труды Национальной академии наук . 102 (36): 12759–12764. Бибкод : 2005PNAS..10212759K . дои : 10.1073/pnas.0506011102 . ISSN   0027-8424 . ПМК   1200295 . ПМИД   16126896 .
  37. ^ Перейти обратно: а б с д и Ким, Ю.-Г.; Муралинат, М.; Брандт, Т.; Пирси, М.; Хаунс, К.; Ловенхаупт, К.; Джейкобс, БЛ; Рич, А. (30 мая 2003 г.). «Роль связывания Z-ДНК в патогенезе вируса коровьей оспы» . Труды Национальной академии наук . 100 (12): 6974–6979. Бибкод : 2003PNAS..100.6974K . дои : 10.1073/pnas.0431131100 . ISSN   0027-8424 . ПМК   165815 . ПМИД   12777633 .
  38. ^ Ким, Ю.-Г.; Ловенхаупт, К.; Ой, Д.-Б.; Ким, К.К.; Рич, А. (2 февраля 2004 г.). «Доказательства того, что фактор вирулентности коровьей оспы E3L связывается с Z-ДНК in vivo: значение для разработки терапии поксвирусной инфекции» . Труды Национальной академии наук . 101 (6): 1514–1518. Бибкод : 2004PNAS..101.1514K . дои : 10.1073/pnas.0308260100 . ISSN   0027-8424 . ПМК   341766 . ПМИД   14757814 .
  39. ^ Синден, Ричард Р. (1994). Структура и функция ДНК (1-е изд.). Академическая пресса. п. 398. ИСБН  978-0-126-45750-6 .
  40. ^ Рич, А.; Норхейм, А.; Ван, А.Х. (1984). «Химия и биология левосторонней Z-ДНК». Ежегодный обзор биохимии . 53 (1): 791–846. дои : 10.1146/annurev.bi.53.070184.004043 . ПМИД   6383204 .
  41. ^ Хо, PS (27 сентября 1994 г.). «Структура d(CA/TG) n, не относящаяся к B-ДНК , не отличается от структуры Z-ДНК» . Труды Национальной академии наук . 91 (20): 9549–9553. Бибкод : 1994PNAS...91.9549H . дои : 10.1073/pnas.91.20.9549 . ПМК   44850 . ПМИД   7937803 .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Z-DNA&oldid=1186857243"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 9d81fd7c1d83e493a7212d170ff899b9__1700953140
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/9d/b9/9d81fd7c1d83e493a7212d170ff899b9.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Z-DNA - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)