Треониновая протеаза
| Треониновая протеаза | |||
|---|---|---|---|
 человека Кристаллическая структура протеасомы альфа 1 | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | чр | ||
| |||
Треониновые протеазы представляют собой семейство протеолитических ферментов , содержащих остаток треонина (Thr) в активном центре. Членами-прототипами этого класса ферментов являются , однако каталитические субъединицы протеасомы ацилтрансферазы конвергентно развили ту же активного центра геометрию и механизм .
Механизм
[ редактировать ]Треониновые протеазы используют вторичный спирт своего N-концевого треонина в качестве нуклеофила для осуществления катализа. [ 1 ] [ 2 ] Треонин должен быть N-концевым, поскольку концевой амин того же остатка действует как общее основание , поляризуя упорядоченную воду , которая депротонирует спирт, увеличивая его реакционную способность как нуклеофила. [ 3 ] [ 4 ]
Катализ протекает в два этапа:
- Сначала нуклеофил атакует субстрат с образованием ковалентного промежуточного ацил-фермента , высвобождая первый продукт.
- Во-вторых, промежуточное соединение гидролизуется водой для регенерации свободного фермента и высвобождения второго продукта.
- В орнитинацилтрансферазе вместо воды субстрат орнитин (акцептор) осуществляет вторую нуклеофильную атаку и поэтому уходит с ацильной группой.
Классификация и эволюция
[ редактировать ]
пять семейств, принадлежащих к двум отдельным суперсемействам В настоящее время выделено : Ntn-складчатые протеосомы. [ 1 ] (суперсемейство PB) и складки DOM орнитинацилтрансферазы [ 2 ] (надсемейство PE). Два суперсемейства представляют собой две независимые, конвергентные эволюции одного и того же активного сайта. [ 4 ] [ 5 ]
| Суперсемья | треониновых протеаз Семейства | Примеры |
|---|---|---|
| клан ПБ | Т1, Т2, Т3, Т6 | архейская протеасома , бета-компонент ( Thermoplasma acidophilum ) |
| О клане | Т5 | орнитинацетилтрансфераза ) ( cerevisiae Saccharomyces |
См. также
[ редактировать ]- Протеаза
- Фермент
- Протеолиз
- Каталитическая триада
- Конвергентная эволюция
- Карта протеолиза
- Ингибитор протеазы (фармакология)
- Ингибитор протеазы (биология)
- TopFIND - база данных специфичности протеаз, субстратов, продуктов и ингибиторов
- MEROPS - база данных эволюционных групп протеаз
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б Брэнниган Дж.А., Додсон Дж., Дагглби Х.Дж., Муди ПК, Смит Дж.Л., Томчик Д.Р., Мурзин А.Г. (ноябрь 1995 г.). «Белковая каталитическая основа с N-концевым нуклеофилом способна к самоактивации». Природа . 378 (6555): 416–9. Бибкод : 1995Natur.378..416B . дои : 10.1038/378416a0 . ПМИД 7477383 . S2CID 4277904 .
- ^ Перейти обратно: а б Ченг Х., Гришин Н.В. (июль 2005 г.). «DOM-fold: структура с пересекающимися петлями, обнаруженная в DmpA, орнитинацетилтрансферазе и домене, связывающем кофактор молибдена» . Белковая наука . 14 (7): 1902–10. дои : 10.1110/ps.051364905 . ПМЦ 2253344 . ПМИД 15937278 .
- ^ Додсон Г., Влодавер А. (сентябрь 1998 г.). «Каталитические триады и их родственники». Тенденции биохимических наук . 23 (9): 347–52. дои : 10.1016/S0968-0004(98)01254-7 . ПМИД 9787641 .
- ^ Перейти обратно: а б Экичи О.Д., Паетцель М., Далбей Р.Э. (декабрь 2008 г.). «Нетрадиционные сериновые протеазы: вариации каталитической конфигурации триады Ser/His/Asp» . Белковая наука . 17 (12): 2023–37. дои : 10.1110/ps.035436.108 . ПМК 2590910 . ПМИД 18824507 .
- ^ Буллер А.Р., Таунсенд, Калифорния (февраль 2013 г.). «Внутренние эволюционные ограничения на структуру протеазы, ацилирование ферментов и идентичность каталитической триады» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 110 (8): Е653-61. Бибкод : 2013PNAS..110E.653B . дои : 10.1073/pnas.1221050110 . ПМК 3581919 . ПМИД 23382230 .
