Домен RING на пальце
| Цинковый палец типа C3HC4 (КОЛЬЦЕВОЙ палец) | |||
|---|---|---|---|
 Структура домена C3HC4. [ 1 ] Ионы цинка представляют собой черные сферы, координированные остатками цистеина (синие). | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | zf-C3HC4 | ||
| Пфам | PF00097 | ||
| Пфам Клан | CL0229 | ||
| ИнтерПро | ИПР001841 | ||
| УМНЫЙ | SM00184 | ||
| PROSITE | PDOC00449 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1chc / SCOPe / СУПФАМ | ||
| |||
В молекулярной биологии RING домен (сокращение от Interesting New Really Gene ) гистидин . представляет пальца белка собой структурный домен типа цинкового пальца мотив C 3 HC 4, , который содержит аминокислотный который связывает два катиона цинка (семь цистеинов и один ) расположены непоследовательно). [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] Этот белковый домен содержит от 40 до 60 аминокислот. Многие белки, содержащие RING-палец, играют ключевую роль в пути убиквитинирования . И наоборот, белки с доменами RING-пальцев представляют собой самый крупный тип убиквитинлигаз в геноме человека. [ 6 ]
Цинковые пальцы
[ редактировать ]цинкового пальца (Znf) Домены представляют собой относительно небольшие белковые мотивы , которые связывают один или несколько атомов цинка и обычно содержат множество пальцеобразных выступов, которые образуют тандемные контакты с молекулой-мишенью. Они связывают ДНК , РНК , белковые и/или липидные субстраты. [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] Их связывающие свойства зависят от аминокислотной последовательности пальцевых доменов и линкера между пальцами, а также от структур более высокого порядка и количества пальцев. Домены Znf часто встречаются в кластерах, где пальцы могут иметь разную специфичность связывания. Существует множество суперсемейств мотивов Znf, различающихся как по последовательности, так и по структуре. Они демонстрируют значительную универсальность в способах связывания, даже между членами одного и того же класса (например, некоторые связывают ДНК, другие белки), указывая тем самым, что мотивы Znf представляют собой стабильные каркасы, которые развили специализированные функции. Например, Znf-содержащие белки участвуют в транскрипции генов , трансляции, транспортировке мРНК, организации цитоскелета , развитии эпителия, клеточной адгезии , сворачивании белков , ремоделировании хроматина и чувствительности к цинку. [ 12 ] Цинк-связывающие мотивы представляют собой стабильные структуры и редко претерпевают конформационные изменения при связывании с мишенью.
Некоторые домены Zn-пальцев разошлись так, что они все еще сохраняют свою основную структуру, но утратили способность связывать цинк, используя другие средства, такие как солевые мостики или связывание с другими металлами, для стабилизации пальцеобразных складок.
Функция
[ редактировать ]Многие домены RING-пальцев одновременно связывают ферменты убиквитинирования и их субстраты и, следовательно, функционируют как лигазы . Убиквитинирование, в свою очередь, нацелено на деградацию белка-субстрата. [ 13 ] [ 14 ] [ 15 ]
Структура
[ редактировать ]Домен RING-пальца имеет консенсусную последовательность C -X 2 - C -X [9-39] - C -X [1-3] - H -X [2-3] - C -X 2 - C -X [4] -48] -С Х - 2 - С . [ 2 ] где:
- C представляет собой консервативный остаток цистеина, участвующий в координации цинка,
- H представляет собой консервативный гистидин, участвующий в координации цинка,
- Zn – атом цинка, а
- X представляет собой любой аминокислотный остаток.
Ниже приведено схематическое изображение структуры домена RING-пальца: [ 2 ]
x x x x x x
x x x x
x x x x
x x x x
C C C C
x \ / x x \ / x
x Zn x x Zn x
C / \ H C / \ C
x x x x
x x x x x x x x x x x x x
Примеры
[ редактировать ]Примеры генов человека , которые кодируют белки, содержащие домен RING-пальца, включают:
AMFR , BARD1 , BBAP , BFAR , BIRC2 , BIRC3 , BIRC8 , BIRC7 , BMI1 , BRAP , BRCA1 , CBL , CBLB , CBLC , CBLL1 , CHFR , CNOT4 , COMMD3 , DTX1 , DTX2 , DTX3 , DTX3L , DTX4 , ХГЧВ , , 3 HLTF , HOIL-1 , IRF2BP2 , LNX1 , LNX2 , LONRF1 , LONRF2 , LONRF3 , МАРТ1 , МАРТ10 , МАРТ2 , МАРТ3 , МАРТ4 , МАРТ5 , МАРТ6 , МАРТ8 , МАРТ9 , MDM2 , MEX3A , МЕКС3С , 3Б , МЕКС3Д , МГРН1 , МАРТ7 , MIB1 , MID1 , MID2 , MKRN1 , MKRN2 , MKRN3 , MKRN4 , MNAT1 , MYLIP , NFX1 , NFX2 , PCGF1 , PCGF2 , PCGF3 , PCGF4 , PCGF5 , PCGF6 , PDZRN3 , PDZRN4 , PEX10 , PHRF1 , PJA1 , PJA2 , ПМЛ , ПМЛ- RAR , PXMP3 , RAD18 , RAG1 , RAPSN , RBCK1 , RBX1 , RC3H1 , RC3H2 , RCHY1 , RFP2 , RFPL1 , RFPL2 , RFPL3 , RFPL4B , RFWD2 , RFWD3 , RING1 , RNF2 , RNF4 , RNF5 , RNF6 , RNF7 , РНФ8 , РНФ10 , РНФ11 , РНФ12 , РНФ13 , РНФ14 , РНФ19А , РНФ20 , РНФ24 , РНФ25 , РНФ26 , РНФ32 , РНФ38 , РНФ39 , РНФ41 , РНФ43 , РНФ44 , РНФ55 , РНФ71 , РНФ103 , РНФ111 , РНФ113А , РНФ113Б , РНФ121 , РНФ122 , РНФ123 , , РНФ40 РНФ125 , РНФ126 , РНФ128 , РНФ130 , РНФ133 , РНФ135 , РНФ138 , РНФ139 , РНФ141 , РНФ144А , РНФ145 , РНФ146 , РНФ149 , РНФ150 , РНФ151 , РНФ152 , , 57 РНФ148 , RNF165 , RNF166 , RNF167 , RNF168 , RNF169 , RNF170 , RNF175 , RNF180 , RNF181 , RNF182 , RNF185 , RNF207 , RNF213 , RNF215 , RNFT1 , SH3MD4 , SH3RF1 , RF2 , SYVN1 , TIF1 , TMEM118 , ТОПОРС , TRAF2 , TRAF3 , TRAF4 , TRAF5 , TRAF6 , TRAF7 , TRIM , TRIM2 , TRIM3 , TRIM4 , TRIM5 , TRIM6 , TRIM7 , TRIM8 , TRIM9 , TRIM10 , TRIM11 , TRIM13 , TRIM15 , TRIM17 , TRIM21 , TRIM22 , TRIM23 , TRIM24 , TRIM25 , ТРИМ27 , ИМ26 , ТРИМ28 , TRIM31 , TRIM32 , TRIM33 , TRIM34 , TRIM35 , TRIM36 , TRIM38 , TRIM40 , TRIM41 , TRIM42 , TRIM43 , TRIM45 , TRIM46 , TRIM47 , TRIM48 , TRIM49 , TRIM50 , TRIM52 , TRIM54 , ИМ55 , , ТРИМ56 , ТРИМ58 , ТРИМ59 , TRIM39 ТРИМ60 TR , TRIM61 , TRIM62 , TRIM63 , TRIM65 , TRIM67 , TRIM68 , TRIM69 , TRIM71 , TRIM72 , TRIM73 , TRIM74 , TRIML1 , TTC3 , UHRF1 , UHRF2 , VPS11 , VPS8 , ZNF179 , ZNF294 , ZNF313 , ЗНФ451 , ЗНФ650 , ЗНФБ7 , ЗНРФ1 , ЗНФ364 , ZNRF2 , ZNRF3 , ZNRF4 и ZSWIM2 .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Барлоу П.Н., Луизи Б., Милнер А., Эллиотт М., Эверетт Р. (март 1994 г.). «Структура домена C3HC4 методом 1H-спектроскопии ядерного магнитного резонанса. Новый структурный класс цинковых пальцев». Дж. Мол. Биол . 237 (2): 201–11. дои : 10.1006/jmbi.1994.1222 . ПМИД 8126734 .
- ^ Jump up to: а б с Борден К.Л., Фримонт PS (1996). «Домен RING-пальца: недавний пример семейства последовательностей-структур». Курс. Мнение. Структура. Биол . 6 (3): 395–401. дои : 10.1016/S0959-440X(96)80060-1 . ПМИД 8804826 .
- ^ Хэнсон И.М., Пустка А., Троусдейл Дж. (1991). «Новые гены в области класса II главного комплекса гистосовместимости человека». Геномика . 10 (2): 417–24. дои : 10.1016/0888-7543(91)90327-B . ПМИД 1906426 .
- ^ Фримонт П.С., Хэнсон И.М., Троусдейл Дж. (1991). «Новый мотив последовательности, богатой цистеином» . Клетка . 64 (3): 483–4. дои : 10.1016/0092-8674(91)90229-R . ПМИД 1991318 .
- ^ Ловеринг Р., Хэнсон И.М., Борден К.Л., Мартин С., О'Рейли Н.Дж., Эван Дж.И., Рахман Д., Паппин DJ, Троусдейл Дж., Фримонт П.С. (1993). «Идентификация и предварительная характеристика белкового мотива, связанного с цинковым пальцем» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 90 (6): 2112–6. Бибкод : 1993PNAS...90.2112L . дои : 10.1073/pnas.90.6.2112 . ПМК 46035 . ПМИД 7681583 .
- ^ Скалия, Пьерлуиджи; Уильямс, Стивен Дж.; Сума, Антонио; Карневале, Винченцо (21 июня 2023 г.). «Семейство белков DTX: новый набор убиквитин-лигаз E3 при раке» . Клетки . 12 (13): 1680. doi : 10.3390/cells12131680 . ISSN 2073-4409 . ПМЦ 10340142 . ПМИД 37443713 .
- ^ Клюг А (1999). «Пептиды цинковых пальцев для регуляции экспрессии генов». Дж. Мол. Биол . 293 (2): 215–8. дои : 10.1006/jmbi.1999.3007 . ПМИД 10529348 .
- ^ Холл ТМ (2005). «Множественные способы распознавания РНК белками цинковых пальцев» . Курс. Мнение. Структура. Биол . 15 (3): 367–73. дои : 10.1016/j.sbi.2005.04.004 . ПМИД 15963892 .
- ^ Браун Р.С. (2005). «Белки с цинковыми пальцами: контроль над РНК». Курс. Мнение. Структура. Биол . 15 (1): 94–8. дои : 10.1016/j.sbi.2005.01.006 . ПМИД 15718139 .
- ^ Гамсьегер Р., Лью К.К., Лафлин Ф.Е., Кроссли М., Маккей Дж.П. (2007). «Липкие пальцы: цинковые пальцы как мотив распознавания белков». Тенденции биохимии. Наука . 32 (2): 63–70. дои : 10.1016/j.tibs.2006.12.007 . ПМИД 17210253 .
- ^ Мэтьюз Дж. М., Сунде М. (2002). «Цинковые пальцы — складки на многие случаи жизни» . ИУБМБ Жизнь . 54 (6): 351–5. дои : 10.1080/15216540216035 . ПМИД 12665246 . S2CID 22109146 .
- ^ Лейти Дж. Х., Ли Б. М., Райт П. Е. (2001). «Белки цинковых пальцев: новое понимание структурного и функционального разнообразия». Курс. Мнение. Структура. Биол . 11 (1): 39–46. дои : 10.1016/S0959-440X(00)00167-6 . ПМИД 11179890 .
- ^ Лорик К.Л., Дженсен Дж.П., Фанг С., Онг А.М., Хатакеяма С., Вайсман А.М. (1999). «КОЛЬЦЕВЫЕ пальцы опосредуют убиквитинирование, зависимое от убиквитин-конъюгирующего фермента (E2)» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 96 (20): 11364–9. Бибкод : 1999PNAS...9611364L . дои : 10.1073/pnas.96.20.11364 . ЧВК 18039 . ПМИД 10500182 .
- ^ Жоазейро, Калифорния, Вайсман А.М. (2000). «Белки RING Finger: медиаторы активности убиквитинлигазы» . Клетка . 102 (5): 549–52. дои : 10.1016/S0092-8674(00)00077-5 . ПМИД 11007473 .
- ^ Фримонт PS (2000). «КОЛЬЦО для уничтожения?» . Курс. Биол . 10 (2): Р84–7. дои : 10.1016/S0960-9822(00)00287-6 . ПМИД 10662664 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- RING+Finger+Domains в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)