Одноволновая аномальная дифракция

Одноволновая аномальная дифракция (SAD) — это метод, используемый в рентгеновской кристаллографии , который облегчает определение структуры белков или других биологических макромолекул, позволяя решить фазовую проблему . В отличие от многоволновой аномальной дифракции (MAD), SAD использует один набор данных на одной подходящей длине волны.

По сравнению с MAD, SAD имеет более слабую фазовую мощность и требует изменения плотности для устранения неопределенности фазы. ^{[ 1 ]} Этот недостаток не так важен, как главное преимущество SAD: минимизация времени пребывания кристалла в луче, что снижает потенциальное радиационное повреждение молекулы при сборе данных. SAD также позволяет использовать более широкий выбор тяжелых атомов и может проводиться без синхротронного луча. ^{[ 1 ]} Сегодня селен-САД широко используется для экспериментальной фазы в связи с разработкой методов включения селенометионина в рекомбинантные белки.

SAD иногда называют «аномальной одноволновой дисперсией» , но в этом методе не используются дисперсионные различия, поскольку данные собираются на одной длине волны.

См. также

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б «Словарь общих терминов, используемых в ФЕНИКСЕ» . phenix-online.org . MAD: [...] Различия в аномальном рассеянии вокруг края позволяют рассчитывать фазовые углы без фазовой неоднозначности, присутствующей в экспериментах SAD, хотя модификация плотности обычно все равно необходима для получения легко интерпретируемой карты. [...] Несмотря на то, что фазировка MAD очень мощная, ее популярность несколько снизилась по сравнению с SAD из-за более ограниченного выбора тяжелых атомов, сложности предотвращения радиационного повреждения и потребности в синхротронном канале луча. [...] SAD: [...] SAD часто выполняется с белком, содержащим селенометионин, но может использоваться любой аномально рассеивающий атом (включая серу, если данные очень высокого качества).

Дальнейшее чтение

В.А. Хендриксон (1985). «Анализ структуры белка на основе дифракционных измерений на нескольких длинах волн». Пер. АСА Том 21.
Дж. Карл (1980). «Некоторые достижения в области аномальной дисперсии для структурных исследований макромолекулярных систем в биологии». Международный журнал квантовой химии: Симпозиум по квантовой биологии 7, 357–367.
Дж. Карл (1989). «Линейный алгебраический анализ структур с одним преобладающим типом аномального рассеивателя». Акта Кристаллогр . А45, 303–307.
А. Палер, Дж. Л. Смит и В. А. Хендриксон (1990). «Вероятностное представление фазовой информации из многоволновой аномальной дисперсии». Акта Кристаллогр . А46, 537–540.
Т. К. Тервиллигер (1994). «Поэтапность MAD: байесовские оценки FA» Acta Crystallogr . Д50, 11–16.
Т. К. Тервиллигер (1994). «Фазировка MAD: обработка дисперсионных различий как изоморфной замещающей информации» Acta Crystallogr . Д50, 17–23.
Р. Фурм, В. Шепард, Р. Кан, Г л'Эрмит и И. Л. де Ла Сьерра (1995). «Метод многоволнового аномального контраста растворителя (MASC) в макроколекулярной кристаллографии». Дж. Синхротронная Рад . 2, 36–48.
Э. де ла Фортель и Г. Бриконь (1997) «Уточнение параметров тяжелого атома с максимальным правдоподобием для методов множественного изоморфного замещения и многоволновой аномальной дифракции». Методы энзимологии 276, 472–494.
В.А. Хендриксон и К.М. Огата (1997) «Определение фазы на основе измерений многоволновой аномальной дифракции». Методы энзимологии 276, 494–523.
Дж. Белла и М.Г. Россманн (1998). «Общий алгоритм фазирования для нескольких данных MAD и MIR» Acta Crystallogr. Д54, 159–174.
Дж. М. Гасс, Э. А. Мерритт, Р. П. Физакерли, Б. Хедман, М. Мурата, К. О. Ходжсон и Х. К. Фриман (1989). «Определение фазы методом многоволновой дифракции рентгеновских лучей: кристаллическая структура основного белка голубой меди из огурцов». Наука 241, 806–811.
Б. Виджаякумар и Д. Велмуруган (2013). «Использование ионов европия для SAD-фазировки лизоцима на длине волны Cu Kα» Acta Crystallogr . Ф69, 20–24.
JP Rose и BC Wang (2016) «Поэтапное развитие SAD: история, текущее влияние и будущие возможности» Archives Biochem Biophys 602, 80-94.

Внешние ссылки

Фазирование MAD — подробное руководство с примерами, иллюстрациями и ссылками.

Компьютерные программы

Пакет поглощения SSRL — Бреннан С., Коуэн П.Л. (1992). «Набор программ для расчета характеристик поглощения, отражения и дифракции рентгеновских лучей для различных материалов на произвольных длинах волн» (PDF) . Преподобный учёный. Инструмент . 63 (1): 850. Бибкод : 1992RScI...63..850B . дои : 10.1063/1.1142625 .
CHOOCHЧУЧ— Эванс Дж., Петтифер РФ (2001). «CHOOCH: программа для определения коэффициентов аномального рассеяния из спектров рентгеновской флуоресценции». Дж. Прил. Кристаллогр . 34 (1): 82–86. дои : 10.1107/S0021889800014655 .
Встряхнуть и выпекать ( SnB ) — Смит Г.Д., Нагар Б., Рини Дж.М., Хауптман Х.А., Блессинг Р.Х. (1998). «Использование Snb для определения субструктуры аномального рассеяния». Акта Кристаллогр Д. 54 (Часть 5): 799–804. дои : 10.1107/S0907444997018805 . ПМИД 9757093 .
ШЕЛКС — Шелдрик ГМ (1998). «SHELX: приложения к макромолекулам». В S Fortier (ред.). Прямые методы решения макромолекулярных структур . Дордрехт: Kluwer Academic Publishers. стр. 401–411. ISBN 0-7923-4949-0 .

Учебники и примеры

Эванс, Гвиндаф (октябрь 1994 г.). «Метод аномальной дифракции на нескольких длинах волн с использованием синхротронного излучения при оптимальных энергиях рентгеновских лучей: применение к кристаллографии белков» . Кандидатская диссертация . Университет Уорика.

[PHENIX-1] Перейти обратно: ^а ^б «Словарь общих терминов, используемых в ФЕНИКСЕ» . phenix-online.org . MAD: [...] Различия в аномальном рассеянии вокруг края позволяют рассчитывать фазовые углы без фазовой неоднозначности, присутствующей в экспериментах SAD, хотя модификация плотности обычно все равно необходима для получения легко интерпретируемой карты. [...] Несмотря на то, что фазировка MAD очень мощная, ее популярность несколько снизилась по сравнению с SAD из-за более ограниченного выбора тяжелых атомов, сложности предотвращения радиационного повреждения и потребности в синхротронном канале луча. [...] SAD: [...] SAD часто выполняется с белком, содержащим селенометионин, но может использоваться любой аномально рассеивающий атом (включая серу, если данные очень высокого качества).

[ 1 ]