Nitrospirota

Nitrospirota
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Филум:	Nitrospirota ; Garrity & Holt 2021
Классы и заказы
	" Leptospirillia " " Leptospirillales " ; ; Нитроспирия " Нитроспиралы " ; " Troglogloeales " ; ; " Thermodesulfovibrionia " " Thermodesulfovibrionales " ; ;
Синонимы
	"Nitrospirae" Garrity and Holt 2001 ; "Nitrospiraeota" Oren et al. 2015 ; "Nitspirota " 2018 ;

Nitrospirota - это тип бактерий. Он включает в себя несколько родов, таких как Nitrospira , самый большой. Первый член этого типа, Nitrospira Marina , был обнаружен в 1985 году. ^{[ 2 ]} Второй член, Nitrospira moscoviensis , был обнаружен в 1995 году. ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}

Nitrospirota содержит нитрифицирующие таксоны , которые окисляют нитрит до нитрата (нитрит-окисляющие бактерии, NOB ^{[ 5 ]}) и Commamox Bacteria Nitrospira неожиданно обнаружены в 2015 году ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} и культивируется в 2017 году. ^{[ 8 ]}

Филогения

16S RRNA на основе LTP _08_2023 ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}

120 маркеры с одним копии на основе GTDB 08-RS214 ^{[ 12 ]}^{[ 13 ]}^{[ 14 ]}

Nitrospirota

"Leptospirillia"

"Leptospirillaceae"

	Л. Феррифил

	Л. Ферроиданы

Leptospirillum

"Leptospirillales"

Термодсульфовибриония

Dissulfurispiraceae

Dissulfurispira Thermophila

Thermodesulfovibrionaceae

T. Hydrogeniphilus

Т. Агреганы

Т. Тиофил

	T. Islandicus

	Т. Йеллоустоний

Thermodesulfovibrio

Термодсульфовибрионалы

"Leptospirillaeota"

"Leptospirillales"

" Leptospirillum "

Л. Ферроиданы

	" Л. Буш "

	Л. Феррифил

"Leptospirillaceae"

"Leptospirillia"

Nitrospirota

"Thermodesulfovibrionia"

"Magnetobacteriaceae"

	" Ca. Magnetobacterium Counse "

	" Ca. Magnetominculus sianensis "

"Sulfobiaceae"	" Ca. sulfobium mesophilum "

Dissulfurispiraceae

Dissulfurispira Thermophila

Thermodesulfovibrionaceae

Т. Тиофил

	Т. Агреганы

	Т. Йеллоустоний

Thermodesulfovibrio

"Thermodesulfovibrionales"

« Nitrospiria »

"Troglogloeales"

" Ca. Manganitrophus noduliformans "

"Manganitrophaceae"

" Нитроспиралы "

Nitrospira

" N. Delluvii "

" N. japonica "

" Н. Лента "

N. Moscoviensis

" Ca. N. неожиданно "

" Ca. N. Crefted "

	" Ca. N. Nitrosa "

	" Ca. N. Nitrificans "

" Nitrospiraceae "

Таксономия

Принятая в настоящее время таксономия основана на списке прокариотических имен в номенклатуре (LSPN) ^{[ 15 ]} и Национальный центр информации о биотехнологии (NCBI). ^{[ 4 ]}

Филум " "
- Класс " Кандидат Magnetocorallium " Zhao et al. 2023
  - Вид " Ca. M. Paracelense " Zhao et al. 2023
- Класс " Кандидат Магнетомник " Zhang et al. 2021
  - Виды " Ca. M. Cryptolimnococcus " Zhang et al. 2021
- Класс " Кандидат Codidium " Arshad et al. 2017
  - Вид " Ca. N. urvatile " Arshad et al. 2017
- Семейство " Кандидат Термомагно " Lefevre et al. 2010 год
  - Виды » . 2010 год
- Класс " Leptospirillia "
  - Приказ " Leptospirillales "
    - Семейство " Leptospirillaceae " Cavalier-Smith 2020
      - Род Leptospirillum Markosyan 1972 Ex Hippe 2000
        Вид " L. Ferrodiazotrophum " Tyson et al. 2005
        
        Виды L. Ferriphilum Coram & Rawlings 2002
        
        Виды L. Ferrooxidans Markosyan 1972 Ex Hippe 2000
        
        Вид " L. Bush " Aliaga Goltsman et al. 2009
        
        Виды L. Thermoferrooxidans Hippe 2000
- Классовые нитроспирии это старые. 2015
  - Порядок " Nitrospirales " Garrity & Holt 2001
    - Гарритти и Холт
      - Род " Candidatus nitronereus " Mueller et al. 2023
        Вид " Ca. N. Thalassa " Mueller et al. 2023
      - Род " Candidatus porinitrospira " Taylor et al. 2022
        Виды " Ca. P. cymbastela " Taylor et al. 2022
      - Род Nitrospira Watson et al. 1986
        Виды " Ca. N. Alkalitolerans " Daebeler et al. 2020
        
        Вид " Ca. N. Bockiana " Lebebeva et al. 2008
        
        Виды N. Hot Lebeedeva et al. 2011 год
        
        Виды . n 2015
        
        Виды " Ca. N. Неожиданный " Daims et al. 2015
        
        Виды N. japonica Ushiki et al. 2013
        
        Вид " Ca. N. Kreftii " Sakoula et al. 2021
        
        Виды n . 2015
        
        Вид Н. Марина Уотсон и соавт. 1986 (тип sp.)
        
        Виды N. moscoviensisis Ehrich et al. 1995
        
        Виды " Ca. N. Nitrificans " Van Kessel et al. 2015
        
        Вид " Ca. N. Nitrosa " Van Kessel et al. 2015
        
        Вид " Ca. N. Salsa " Haaijer et al. 2013
  - Заказ " Troglogloeales " Yu et al. 2022
    - Класс " Кандидат Troglogloea " Корриг. Kostanjsek et al. 2013
      - Виды " Ca. Absolonies " Corrig. Kostanjsek et al. 2013
    - Семейство " Manganitrophaceae " Yu et al. 2022
      - Род " Candidatus manganitrophus " Yu & Headbetter 2020
        Вид " Ca. M. Morganii " Yu et al. 2022
        
        Виды " Ca. M. Noduliformans " Yu & Headbetter 2020
- Классовая термодисульфовибриония Umezawa et al. 2021
  - Порядок " Marhimonadales " Yoon et al. 2023
    - Семейство " Mariimomonadaceae " Yoon et al. 2023
      - Род « C. Marimonas et al
        Виды " Ca. M. Ferrooxydans " Yoon et al. 2023
  - Заказ " Thermodesulfovibrionales " Umezawa et al. 2021
    - Family- Disultforisipaceae Umezawa et al. 2021.
      - Класс Dissulfurispira Umezawa et al. 2021
        Виды D. Thermophila Umezawa et al. 2021
    - Семейный термодесульфовибрионасей Umezawa et al. 2021
      - Род " Candidatus magnetobacterium " Spring et al. 1993
        Вид " Ca. M. Bavaricum " Spring et al. 1993
        
        Вид " Ca. M. Casse " Corrig. Lin et al. 2014
      - Класс " Кандидат Magneticusculus " Lin et al. 2017
        Вид " Ca. M. xianensis " Lin et al. 2017
      - Класс " Кандидат Магнетов " Корриг. Lefevre et al. 2011 год
        Виды " Ca. M. Chiemensis " Колинко 2014
        
        Вид " Ca. M. Mohavensis " Lefevre et al. 2011 год
      - Класс " Кандидат сульфобий " Zecchin et al. 2018
        Виды " Ca. St. Mesophilus " Zecchin et al. 2018
      - Race Thermodesulfovibrio Genry et al. 1994 Emend. Sekiguchi et al. 2008
        Виды T. Агреганы Sekiguchi et al. 2008
        
        Виды T. Hydrogeniphilus haouari et al. 2009
        
        Виды T. Islandicus Sonne-Hansen и Ahring 2000
        
        Виды T. thiophilus sekiguchi et al. 2008
        
        Виды T. Yellowstonii Henry et al. 1994 (тип sp.)

Смотрите также

Ссылки

^ Орен А, Гаррити Г.М. (2021). «Действительная публикация названий сорока двух фил прокариот» . Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID 34694987 .
^ Watson SW, Bock E, Valois FW, Waterbury JB, Schlosser U (1986). «Nitrospira Marina Gen. Nov. Sp. Nov.: Хемолитотрофная бактерия, окисляющая нитрит,». Арк микробиол . 144 (1): 1–7. doi : 10.1007/bf00454947 . S2CID 29796511 .
^ Эрис С., Беренс Д., Лебедева Е., Людвиг В., Бок Э (июль 1995 г.). «Новая обязательно хемолитоатотрофная, окисляющая нитрит-окисляющая бактерия, Nitrospira moscoviensis sp. Nov. И ее филогенетическая связь». Архив микробиологии . 164 (1): 16–23. doi : 10.1007/bf02568729 . PMID 7646315 . S2CID 2702110 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Sayers. "Nitrospirae" . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) База данных таксономии . Получено 2016-03-20 .
^ Daims H, Nielsen JL, Nielsen PH, Schleifer KH, Wagner M (ноябрь 2001 г.). «Характеристика in situ нитроспира-подобных нитритов-окисляющих бактерий, активных в расчистке сточных вод» . Прикладная и экологическая микробиология . 67 (11): 5273–84. Bibcode : 2001apenm..67.5273d . doi : 10.1128/aem.67.11.5273-5284.2001 . PMC 93301 . PMID 11679356 .
^ Daims H, Lebeedeva EV, Pjevac P, Han P, Herbold C, Albertsen M, et al. (Декабрь 2015). «Полная нитрификация бактериями Nitrospira» . Природа . 528 (7583): 504–9. Bibcode : 2015natur.528..504d . Doi : 10.1038/nature16461 . PMC 5152751 . PMID 26610024 .
^ Ван Кессель М.А., Спет Д.Р., Альбертсен М., Нильсен П.Х., Оп Ден Кэмп Х.Дж., Картал Б. и др. (Декабрь 2015). «Полная нитрификация одним микроорганизмом» . Природа . 528 (7583): 555–9. Bibcode : 2015natur.528..555V . doi : 10.1038/nature16459 . PMC 4878690 . PMID 26610025 .
^ Комплекты KD, Sedlacek CJ, Lebeedeva EV, Han P, Bulaev A, Pjevac P, et al. (Сентябрь 2017). «Кинетический анализ полноценного нитриффира выявляет олиготрофный образ жизни» . Природа . 549 (7671): 269–272. Bibcode : 2017natur.549..269k . doi : 10.1038/nature23679 . PMC 5600814 . PMID 28847001 .
^ "LTP" . Получено 20 ноября 2023 года .
^ «Дерево LTP_ALL в формате Newick» . Получено 20 ноября 2023 года .
^ «LTP_08_2023 Notes» (PDF) . Получено 20 ноября 2023 года .
^ "GTDB Release 08-RS214" . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .
^ "BAC120_R214.sp_label" . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .
^ «История таксонов» . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .
^ Euzéby JP. « Nitrospirae » . Список прокариотических имен с стоянием в номенклатуре (LPSN) . Получено 2016-03-20 .

Дальнейшее чтение

Lefèvre CT, Frankel RB, Abreu F, Lins U, Bazylinski DA (февраль 2011 г.). «Независимая от культура характеристика нового, некультируемого магнитотаксического члена филома Nitrospirae» . Экологическая микробиология . 13 (2): 538–49. doi : 10.1111/j.1462-2920.2010.02361.x . PMID 20977572 .

Внешние ссылки

" Leptospirillum sp" .

Эта статья, связанная с бактериями, является заглушкой . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[1] Орен А, Гаррити Г.М. (2021). «Действительная публикация названий сорока двух фил прокариот» . Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID 34694987 .

[2] Watson SW, Bock E, Valois FW, Waterbury JB, Schlosser U (1986). «Nitrospira Marina Gen. Nov. Sp. Nov.: Хемолитотрофная бактерия, окисляющая нитрит,». Арк микробиол . 144 (1): 1–7. doi : 10.1007/bf00454947 . S2CID 29796511 .

[3] Эрис С., Беренс Д., Лебедева Е., Людвиг В., Бок Э (июль 1995 г.). «Новая обязательно хемолитоатотрофная, окисляющая нитрит-окисляющая бактерия, Nitrospira moscoviensis sp. Nov. И ее филогенетическая связь». Архив микробиологии . 164 (1): 16–23. doi : 10.1007/bf02568729 . PMID 7646315 . S2CID 2702110 .

[NCBI-4] Jump up to: ^а ^{беременный} Sayers. "Nitrospirae" . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) База данных таксономии . Получено 2016-03-20 .

[5] Daims H, Nielsen JL, Nielsen PH, Schleifer KH, Wagner M (ноябрь 2001 г.). «Характеристика in situ нитроспира-подобных нитритов-окисляющих бактерий, активных в расчистке сточных вод» . Прикладная и экологическая микробиология . 67 (11): 5273–84. Bibcode : 2001apenm..67.5273d . doi : 10.1128/aem.67.11.5273-5284.2001 . PMC 93301 . PMID 11679356 .

[6] Daims H, Lebeedeva EV, Pjevac P, Han P, Herbold C, Albertsen M, et al. (Декабрь 2015). «Полная нитрификация бактериями Nitrospira» . Природа . 528 (7583): 504–9. Bibcode : 2015natur.528..504d . Doi : 10.1038/nature16461 . PMC 5152751 . PMID 26610024 .

[7] Ван Кессель М.А., Спет Д.Р., Альбертсен М., Нильсен П.Х., Оп Ден Кэмп Х.Дж., Картал Б. и др. (Декабрь 2015). «Полная нитрификация одним микроорганизмом» . Природа . 528 (7583): 555–9. Bibcode : 2015natur.528..555V . doi : 10.1038/nature16459 . PMC 4878690 . PMID 26610025 .

[8] Комплекты KD, Sedlacek CJ, Lebeedeva EV, Han P, Bulaev A, Pjevac P, et al. (Сентябрь 2017). «Кинетический анализ полноценного нитриффира выявляет олиготрофный образ жизни» . Природа . 549 (7671): 269–272. Bibcode : 2017natur.549..269k . doi : 10.1038/nature23679 . PMC 5600814 . PMID 28847001 .

[LTP-9] "LTP" . Получено 20 ноября 2023 года .

[10] «Дерево LTP_ALL в формате Newick» . Получено 20 ноября 2023 года .

[11] «LTP_08_2023 Notes» (PDF) . Получено 20 ноября 2023 года .

[about-12] "GTDB Release 08-RS214" . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .

[tree-13] "BAC120_R214.sp_label" . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .

[taxon_history-14] «История таксонов» . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .

[15] Euzéby JP. « Nitrospirae » . Список прокариотических имен с стоянием в номенклатуре (LPSN) . Получено 2016-03-20 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]