Нитроспирота

Нитроспирота
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Нитроспирота ; Гаррити и Холт 2021
Классы и заказы
	« Лептоспириллия ». « Лептоспириллы ». ; ; Нитроспирия « Нитроспиралес ». ; « Трогглолеалес » ; ; « Термодесульфовибриония ». « Термодесульфовибрионалес ». ; ;
Синонимы
	«Нитроспиры» Гаррити и Холт, 2001 г. ; «Нитроспиреота» Орен и др. 2015 год ; «Нитроспирота» Whitman et al. 2018 год ;

Нитроспирота — это тип бактерий. Он включает в себя несколько родов, таких как Nitrospira , самый крупный. Первый представитель этого типа, Nitrospira marina , был обнаружен в 1985 году. ^{[ 2 ]} Второй представитель, Nitrospira moscoviensis , был обнаружен в 1995 году. ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}

Нитроспирота содержит нитрифицирующие таксоны , окисляющие нитрит до нитрата (нитритокисляющие бактерии, НОБ) . ^{[ 5 ]}) и коммокс- бактерия Nitrospira inopinata , обнаруженная в 2015 г. ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} и выращен в 2017 году. ^{[ 8 ]}

Филогения

на основе 16S рРНК ДП _08_2023 ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}

120 однокопийных маркерных белков на основе GTDB 08-RS214 ^{[ 12 ]}^{[ 13 ]}^{[ 14 ]}

Нитроспирота

«Лептоспириллия»

«Лептоспирилловые».

	Л. феррифилум

	Л. феррооксиданс

Лептоспириллы

«Лептоспириллы»

Термодесульфовибриония

Дисульфуриспировые

Диссульфуриспира термофила

Термодесульфовибрионовые

Т. гидрогенифилус

Т. агрегаты

Т. тиофилус

	Т. островикус

	Т. йеллостонии

Термодесульфовибрион

Термодесульфовибрионалес

«Лептоспириллеота»

«Лептоспириллы»

« Лептоспириллум ».

Л. феррооксиданс

	« Л. рубарум »

	Л. феррифилум

«Лептоспирилловые».

«Лептоспириллия»

Нитроспирота

«Термодесульфовибриония»

«Магнитобактерии»

	" Ca. Magnetobacterium Casense "

	" Ca. Magnetominusculus xianensis "

«Сульфобиевые»	" Ca. Sulfobium mesophilum "

Дисульфуриспировые

Диссульфуриспира термофила

Термодесульфовибрионовые

Т. тиофилус

	Т. агрегаты

	Т. йеллостонии

Термодесульфовибрион

«Термодесульфовибрионалес»

« Нитроспирия »

«Трогглолеалес»

" Ca. Manganitropus noduliformans "

«Манганитрофовые»

« Нитроспиралес ».

Нитроспира

" Н. дефлювий "

" Н. японская "

« Н.лента »

Н. московский

« Ка. Н. неожиданный »

" Ка. Н. крефтии "

	" Ка. Н. нитроза "

	« Ка. Н. нитрификанс »

« Нитроспировые ».

Таксономия

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LSPN). ^{[ 15 ]} и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI). ^{[ 4 ]}

Тип « Нитроспирота » Garrity & Holt 2021 г.
- Род « Кандидат Magnetocorallium » Zhao et al. 2023 год
  - Вид « Ca.M. paracelense » Zhao et al. 2023 год
- Род « Кандидат в магнитомикробы » Zhang et al. 2021 год
  - Вид « Ca. M. cryptolimnococcus » Zhang et al. 2021 год
- Род « Кандидат Nitrobium » Arshad et al. 2017 год
  - Вид « Ca. N. универсальный » Arshad et al. 2017 год
- Род « Кандидат термомагнитовибриум » Lefèvre et al. 2010 год
  - Вид « Ca. T. paiutensis » Lefèvre et al. 2010 год
- Класс « Лептоспириллии ».
  - Отряд « Лептоспириллы ».
    - Семейство " Leptospirillaceae " Кавальер-Смит 2020 г.
      - Род Leptospirillum Markosyan 1972 ex Hippe 2000.
        Вид « L. Ferrodiazotropum » Tyson et al. 2005 г.
        
        Вид L.ferriphilum Coram & Rawlings, 2002 г.
        
        Вид L. Ferrooxydans Markosyan 1972 ex Hippe 2000
        
        Вид « L. rubarum » Алиага Гольцман и др. 2009 год
        
        Вид L. thermoferrooxydans Hippe 2000.
- Класс Nitrospiria Oren et al. 2015 год
  - Орден " Нитроспирале " Гаррити и Холт 2001 г.
    - Семейство Nitrospiraceae г. Гаррити и Холт, 2001
      - Род « Candidatus Nitronereus » Mueller et al. 2023 год
        Вид « Ca. N. thalassa » Mueller et al. 2023 год
      - Род Candidatus Porinitrospira Taylor et al . 2022 год
        Вид « Ca.P. cymbastela » Taylor et al. 2022 год
      - Род Nitrospira Watson et al. 1986 год
        « Ca.N.alalicolerans Вид » Daebeler et al. 2020 год
        
        Вид « Ca. N. bockiana » Лебедева и др. 2008 год
        
        Вид N.calida Lebedeva et al. 2011 год
        
        Вид N. defluvii Nowka et al. 2015 год
        
        Вид « Ca. N. inopinata » Daims et al. 2015 год
        
        Вид N. japonica Ushiki et al. 2013 год
        
        Вид « Ca. N. kreftii » Sakoula et al. 2021 год
        
        Вид N. lenta Nowka et al. 2015 год
        
        Вид N. marina Watson et al. 1986 г. (тип сп.)
        
        Вид N. moscoviensis Ehrich et al. 1995 год
        
        Вид « Ca.N. nitrificans » van Kessel et al. 2015 год
        
        Вид « Ca. N. nitrosa » van Kessel et al. 2015 год
        
        Вид « Ca. N. salsa » Haaijer et al. 2013 год
  - Отряд « Troglogloeales » Ю. и др. 2022 год
    - Род Candidatus Troglogloea корриг . Костаньсек и др. 2013 год
      - Вид " Ca. T. absolonii " исправ. Костаньсек и др. 2013 год
    - Семейство « Manganitropaceae » Ю. и др. 2022 год
      - Род « Candidatus Manganitropus » Yu & Leadbetter 2020
        Вид « Ca. M. morganii » Ю. и др. 2022 год
        
        Вид " Ca. M. noduliformans " Yu & Leadbetter 2020
- Класс Thermodesulfovibronia Umezawa et al. 2021 год
  - Орден « Mariimomonadales » Yoon et al. 2023 год
    - Семейство « Mariimomonadaceae » Yoon et al. 2023 год
      - Род « Ca. Mariimomonas Yoon et al. 2023 г.
        « Ca.M.ferrooxydans Вид » Yoon et al. 2023 год
  - Отряд « Thermodesulfovibrionales » Umezawa et al. 2021 год
    - Семейство Disulfurispiraceae Umezawa et al. 2021 год
      - Род Disulfurispira Umezawa et al. 2021 год
        Вид D. thermophila Umezawa et al. 2021 год
    - Семейство Thermodesulfovibrionaceae Umezawa et al. 2021 год
      - Род « Candidatus Magnetobacterium » Spring et al. 1993 год
        Вид « Ca. M. bavaricum » Spring et al. 1993 год
        
        Вид « » исправ Ca.M.casense . Лин и др. 2014 год
      - Род « Кандидат Magnetominiculus » Lin et al. 2017 год
        Вид « Ca.M. xianensis » Lin et al. 2017 год
      - Род Candidatus Magnetovum исправлен . Лефевр и др. 2011 год
        Вид " Ca.M. chiemensis " Колинко 2014 г.
        
        Вид « Ca. M. mohavensis » Lefevre et al. 2011 год
      - Род « Candidus Sulfobium » Zecchin et al. 2018 год
        Вид « Ca.S. mesophilum » Zecchin et al. 2018 год
      - Род Thermodesulfovibrio Henry et al. 1994 год Секигути и др. 2008 год
        Вид T. aggregans Sekiguchi et al. 2008 год
        
        Вид T. Hydrogeniphilus Haouari et al. 2009 год
        
        Виды T. Islandicus Sonne-Hansen и Ahring 2000.
        
        Вид T. thiophilus Sekiguchi et al. 2008 год
        
        Вид T. Yellowstonii Генри и др. 1994 г. (тип сп.)

См. также

Ссылки

^ Орен А., генеральный менеджер Гаррити (2021 г.). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот» . Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . ПМИД 34694987 .
^ Уотсон С.В., Бок Э., Валуа Ф.В., Уотербери Дж.Б., Шлоссер Ю. (1986). «Nitrospira marina gen. nov. sp. nov.: хемолитотрофная нитрит-окисляющая бактерия». Арка Микробиол . 144 (1): 1–7. дои : 10.1007/BF00454947 . S2CID 29796511 .
^ Эрих С., Беренс Д., Лебедева Е., Людвиг В., Бок Э. (июль 1995 г.). «Новая облигатно хемолитоавтотрофная нитрит-окисляющая бактерия Nitrospira moscoviensis sp. nov. и ее филогенетическое родство». Архив микробиологии . 164 (1): 16–23. дои : 10.1007/BF02568729 . ПМИД 7646315 . S2CID 2702110 .
^ Jump up to: ^а ^б Сэйерс. «Нитроспиры» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 20 марта 2016 г.
^ Даймс Х., Нильсен Дж.Л., Нильсен П.Х., Шляйфер К.Х., Вагнер М. (ноябрь 2001 г.). «Характеристика in situ нитроспироподобных нитритокисляющих бактерий, активных на очистных сооружениях» . Прикладная и экологическая микробиология . 67 (11): 5273–84. Бибкод : 2001ApEnM..67.5273D . дои : 10.1128/АЕМ.67.11.5273-5284.2001 . ПМЦ 93301 . ПМИД 11679356 .
^ Даймс Х., Лебедева Е.В., Пьевац П., Хан П., Гербольд С., Альбертсен М. и др. (декабрь 2015 г.). «Полная нитрификация бактериями Nitrospira» . Природы . 528 (7583): 504–9. Бибкод : 2015Natur.528..504D . дои : 10.1038/nature16461 . ПМК 5152751 . ПМИД 26610024 .
^ ван Кессель М.А., Спет Д.Р., Альбертсен М., Нильсен П.Х., Оп ден Кэмп Х.Дж., Картал Б. и др. (декабрь 2015 г.). «Полная нитрификация одним микроорганизмом» . Природа . 528 (7583): 555–9. Бибкод : 2015Natur.528..555V . дои : 10.1038/nature16459 . ПМЦ 4878690 . ПМИД 26610025 .
^ Китс К.Д., Седлачек С.Дж., Лебедева Е.В., Хан П., Булаев А., Пьевац П. и др. (сентябрь 2017 г.). «Кинетический анализ полного нитрификатора показывает олиготрофный образ жизни» . Природа . 549 (7671): 269–272. Бибкод : 2017Natur.549..269K . дои : 10.1038/nature23679 . ПМК 5600814 . ПМИД 28847001 .
^ «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ "bac120_r214.sp_label" . База данных таксономии геномов . Проверено 10 мая 2023 г.
^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ Эузеби Ж.П. « Нитроспиры » . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 20 марта 2016 г.

Дальнейшее чтение

Лефевр К.Т., Франкель Р.Б., Абреу Ф., Линс У., Базылински Д.А. (февраль 2011 г.). «Культурно-независимая характеристика нового, некультивируемого магнитотаксического представителя типа Nitrospirae» . Экологическая микробиология . 13 (2): 538–49. дои : 10.1111/j.1462-2920.2010.02361.x . ПМИД 20977572 .

Внешние ссылки

« Лептоспириллум сп» .

Эта бактериях статья о незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[1] Орен А., генеральный менеджер Гаррити (2021 г.). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот» . Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . ПМИД 34694987 .

[2] Уотсон С.В., Бок Э., Валуа Ф.В., Уотербери Дж.Б., Шлоссер Ю. (1986). «Nitrospira marina gen. nov. sp. nov.: хемолитотрофная нитрит-окисляющая бактерия». Арка Микробиол . 144 (1): 1–7. дои : 10.1007/BF00454947 . S2CID 29796511 .

[3] Эрих С., Беренс Д., Лебедева Е., Людвиг В., Бок Э. (июль 1995 г.). «Новая облигатно хемолитоавтотрофная нитрит-окисляющая бактерия Nitrospira moscoviensis sp. nov. и ее филогенетическое родство». Архив микробиологии . 164 (1): 16–23. дои : 10.1007/BF02568729 . ПМИД 7646315 . S2CID 2702110 .

[NCBI-4] Jump up to: ^а ^б Сэйерс. «Нитроспиры» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 20 марта 2016 г.

[5] Даймс Х., Нильсен Дж.Л., Нильсен П.Х., Шляйфер К.Х., Вагнер М. (ноябрь 2001 г.). «Характеристика in situ нитроспироподобных нитритокисляющих бактерий, активных на очистных сооружениях» . Прикладная и экологическая микробиология . 67 (11): 5273–84. Бибкод : 2001ApEnM..67.5273D . дои : 10.1128/АЕМ.67.11.5273-5284.2001 . ПМЦ 93301 . ПМИД 11679356 .

[6] Даймс Х., Лебедева Е.В., Пьевац П., Хан П., Гербольд С., Альбертсен М. и др. (декабрь 2015 г.). «Полная нитрификация бактериями Nitrospira» . Природы . 528 (7583): 504–9. Бибкод : 2015Natur.528..504D . дои : 10.1038/nature16461 . ПМК 5152751 . ПМИД 26610024 .

[7] ван Кессель М.А., Спет Д.Р., Альбертсен М., Нильсен П.Х., Оп ден Кэмп Х.Дж., Картал Б. и др. (декабрь 2015 г.). «Полная нитрификация одним микроорганизмом» . Природа . 528 (7583): 555–9. Бибкод : 2015Natur.528..555V . дои : 10.1038/nature16459 . ПМЦ 4878690 . ПМИД 26610025 .

[8] Китс К.Д., Седлачек С.Дж., Лебедева Е.В., Хан П., Булаев А., Пьевац П. и др. (сентябрь 2017 г.). «Кинетический анализ полного нитрификатора показывает олиготрофный образ жизни» . Природа . 549 (7671): 269–272. Бибкод : 2017Natur.549..269K . дои : 10.1038/nature23679 . ПМК 5600814 . ПМИД 28847001 .

[LTP-9] «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[10] «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[11] «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.

[about-12] «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[tree-13] "bac120_r214.sp_label" . База данных таксономии геномов . Проверено 10 мая 2023 г.

[taxon_history-14] «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[15] Эузеби Ж.П. « Нитроспиры » . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 20 марта 2016 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]