RING FINGEMAN
| Цинковый пальцем, тип C3HC4 (безымянный палец) | |||
|---|---|---|---|
 Структура домена C3HC4. [ 1 ] Цинк -ионы - это черные сферы, координируемые остатками цистеинов (синий). | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | ZF-C3HC4 | ||
| Pfam | PF00097 | ||
| PFAM клан | CL0229 | ||
| Эко | 376.1.1 | ||
| InterPro | IPR001841 | ||
| УМНЫЙ | SM00184 | ||
| PROSITE | PDOC00449 | ||
| Краткое содержание | 1CHC / Scope / SUPFAM | ||
| |||
В молекулярной биологии кольцевой кольца (короткий для домена пальца промежуточного . домен - и 4 белков типа это структурный домен цинкового пальца мотив C 3 HC , , который содержит аминокислотный который связывает два цинковых катиона (семь цистеинов один гистидин договоренно не согласно). [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] Этот белковый домен содержит от 40 до 60 аминокислот. Многие белки, содержащие безымянный палец, играют ключевую роль в пути убиквитинирования . И наоборот, белки с доменами безымянного пальца являются самым большим типом убиквитин -лигаз в геноме человека. [ 6 ]
Цинковые пальцы
[ редактировать ]цинкового пальца (ZnF) Домены представляют собой относительно небольшие белковые мотивы , которые связывают один или несколько атомов цинка, и которые обычно содержат несколько похожих на пальцы выступы, которые делают тандемные контакты с их целевой молекулой. Они связывают ДНК , РНК , белок и/или липидные субстраты. [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] Их свойства связывания зависят от аминокислотной последовательности доменов пальцев и линкера между пальцами, а также от структур высшего порядка и количества пальцев. Домены ZnF часто встречаются в кластерах, где пальцы могут иметь различную специфичность связывания. Существует много суперсемейств мотивов ZnF, различающихся как по последовательности, так и по структуре. Они демонстрируют значительную универсальность в режимах связывания, даже между членами одного и того же класса (например, некоторые связывают ДНК, другие белки), что позволяет предположить, что мотивы ZnF являются стабильными каркасами, которые разработали специализированные функции. Например, ZnF-содержащие белки функционируют в транскрипции генов , трансляции, переносе мРНК, цитоскелета организации , развитии эпителия, клеточной адгезии , , складывании белка ремоделировании хроматина и чувствительности цинка. [ 12 ] Цинковые мотивы являются стабильными структурами, и они редко подвергаются конформационным изменениям при связывании своей цели.
Некоторые домены Zn Finger расходились так, что они по-прежнему поддерживают свою основную структуру, но потеряли свою способность связывать цинк, используя другие средства, такие как солевые мостики или связывание с другими металлами, для стабилизации складок, похожих на пальцы.
Функция
[ редактировать ]Многие домены ринг -пальца одновременно связывают убиквитинирование ферментов и их субстраты и, следовательно, функционируют как лигазы . Убиквитинирование, в свою очередь, нацелена на субстратный белок для деградации. [ 13 ] [ 14 ] [ 15 ]
Структура
[ редактировать ]Домен ригма имеет консенсусную последовательность -x 2 -c -x [ -c 9-39] [ 1-3 2 -h -x [ -c ] -c -x ] -x c 2-3 -x [4 -48] - c -x 2 - c . [ 2 ] где:
- C - консервативный остаток цистеина , включающий координацию цинка,
- H - консервативный гистидин, участвующий в координации цинка,
- Zn - это атом цинка, и
- X - любой аминокислотный остаток.
Ниже приводится схематическое представление структуры домена безымянного пальца: [ 2 ]
x x x x x x
x x x x
x x x x
x x x x
C C C C
x \ / x x \ / x
x Zn x x Zn x
C / \ H C / \ C
x x x x
x x x x x x x x x x x x x
Примеры
[ редактировать ]Примеры человеческих генов , которые кодируют белки, содержащие домен без рик, включают:
AMFR , BARD1 , BBAP , BFAR , BIRC2 , BIRC3 , BIRC7 , BIRC8 , BMI1 , BRAP , BRCA1 , CBL , CBLB , CBLC , CBLL1 , CHFR , CNOT4 , COMMD3 , DTX1 , DTX2 , DTX3 , DTX3L , DTX4 , DZIP3 , HCG . HLTF , Hoil-1 , IRF2BP2 , LNX1 , LNX2 , LONRF1 , LONRF2 , LONRF3 , 1 марта , 10 марта 2 , , Mex3b , mex3c марта 3, март-4 , март , 6 , марта 7 март- , , mex3c, mex3d, mdm2 , март-9 , MDM2 , Mex3a , mex3d, mgrn1, mex3a, mex3b , mex3a, mex3b, mex3c, mex3d, mdm2, mex3a , mex3b , mex3c, mex3d, mdm2, mex3a, mex3b mex3c, mex3d, mdm2, mex3a, mex3b , mex3c , mex3d . Mib1 , Mid1 , Mid2 , Mkrn1 , Mkrn2 , Mkrn3 , Mkrn4 , Mnat1 , MyLip , NFX1 , NFX2 , PCGF1 , PCGF2 , , PRJA , PRJA PCGF3, PCGF4 , PCGF6 PCGF5 , , PRJA1, PRJA, PRJA1, PRJA, PRJA, PCGF6 , PRJA1 , PDZRN3, PDZRN4 , PEX11 PRJA , PCGF6 , PRERF1, PRJA1 , , PRJA, PRJA1 , PRJA , PRJA, PRJA, PRJA , PRJA, PCGF6, PRJA, PCGF6, PRJA, PCGF6 , PM RAR , PXMP3 , RAD18 , RAG1 , RAPSN , RBCK1 , RBX1 , RC3H1 , RC3H2 , RCHY1 , RFP2 , RFPL1 , RFPL2 , RFPL3 , RFPL4B , RFWD2 , RFWD3 , RING1 , RNF2 , RNF4 , RNF5 , RNF6 , RNF7 , RNF8 , RNF10 , RNF11 , RNF12 , RNF13 , RNF14 , RNF19A , RNF20 , RNF24 , RNF25 , RNF26 , RNF32 , RNF38 , RNF39 , RNF40 , RNF41 , RNF43 , RNF44 , RNF55 , RNF71 , RNF103 , RNF111 , RNF113A , RNF113B , RNF121 , RNF122 , RNF123 , RNF125 , RNF126 , RNF128 , RNF130 , RNF133 , RNF135 , RNF138 , RNF139 , RNF141 , RNF144A , RNF145 , RNF146 , RNF148 , RNF149 , RNF150 , RNF151 , RNF152 , RNF157 , RNF165 , RNF166 , RNF167 , RNF168 , RNF169 , RNF170 , RNF175 , RNF180 , RNF181 , RNF182 , RNF185 , RNF207 , RNF213 , RNF215 , RNFT1 , SH3MD4 , SH3RF1 , SH3RF2 , SYVN1 , TIF1 , TMEM118 , TOPORS , TRAF2 , TRAF3 , TRAF4 , TRAF5 , TRAF6 , TRAF7 , TRAIP , TRIM2 , TRIM3 , TRIM4 , TRIM5 , TRIM6 , TRIM7 , TRIM8 , TRIM9 , TRIM10 , TRIM11 , TRIM13 , TRIM15 , TRIM17 , TRIM21 , TRIM22 , TRIM23 , TRIM24 , TRIM25, TRIM26 , TRIM27, TRIM28, TRIM22 , TRIM24 , TRIM2 , Trim31 , trim32 , trim33 , trim34 , trim35 , trim36 , trim38 trim46 trim39 , , trim40 , , trim41, trim42, trim43, trim45 trim47 , trim48 , trim49 , , trim52 , , trim550 , trim54 , , , trim55 , trim59, trim10, trim54 , trim54 trim56 trim56 trim55 , trim58 , trim58 , trim59 , trim55, trim56 , trim , TRIM61 , TRIM62 , TRIM63 , TRIM65 , TRIM67 , TRIM68 , TRIM69 , TRIM71 , TRIM72 , TRIM73 , TRIM74 , TRIML1 , TTC3 , UHRF1 , UHRF2 , VPS11 , VPS8 , ZNF179 , ZNF294 , ZNF313, ZNF651 , ZNF651 , ZNF651 , ZNF651 , ZNF651 ZNF651, ZNF651 , ZNF651 , F1 , Znrf2 , Znrf3 , Znrf4 и Zswim2 .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Barlow PN, Luisi B, Milner A, Elliott M, Everett R (март 1994 г.). «Структура домена C3HC4 с помощью 1H-ядерной магнитно-резонансной спектроскопии. Новый структурный класс цинкового пальца». J. Mol. Биол . 237 (2): 201–11. doi : 10.1006/jmbi.1994.1222 . PMID 8126734 .
- ^ Jump up to: а беременный в Borden KL, Freemont PS (1996). «Домен ринг-пальца: недавний пример семейства структур последовательности». Карт Мнение Структура Биол . 6 (3): 395–401. doi : 10.1016/s0959-440x (96) 80060-1 . PMID 8804826 .
- ^ Хансон И.М., Пустка А., Троусдейл Дж. (1991). «Новые гены в области класса II в рамках комплекса гистосовместимости человека». Геномика . 10 (2): 417–24. doi : 10.1016/0888-7543 (91) 90327-b . PMID 1906426 .
- ^ Freemont PS, Hanson IM, Trowsdale J (1991). «Новый мотив последовательности, богатый цистеином» . Клетка . 64 (3): 483–4. doi : 10.1016/0092-8674 (91) 90229-R . PMID 1991318 .
- ^ Lovering R, Hanson IM, Borden KL, Martin S, O'Reilly NJ, Evan GI, Rahman D, Pappin DJ, Trowsdale J, Freemont PS (1993). «Идентификация и предварительная характеристика белкового мотива, связанного с цинковым пальцем» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 90 (6): 2112–6. Bibcode : 1993pnas ... 90.2112L . doi : 10.1073/pnas.90.6.2112 . PMC 46035 . PMID 7681583 .
- ^ Скалия, Пьерлуиги; Уильямс, Стивен Дж.; Сума, Антонио; Carnevale, Vincenzo (2023-06-21). «Семейство белков DTX: новый набор убиквитин -лигаз E3 при раке» . Ячейки 12 (13): 1680. DOI : 10.3390/Cells12131680 . ISSN 2073-4409 . PMC 10340142 . PMID 37443713 .
- ^ Klug A (1999). «Пиптиды цинкового пальца для регуляции экспрессии генов». J. Mol. Биол . 293 (2): 215–8. doi : 10.1006/jmbi.1999.3007 . PMID 10529348 .
- ^ Холл ТМ (2005). «Многочисленные способы распознавания РНК белками цинковых пальцев» . Карт Мнение Структура Биол . 15 (3): 367–73. doi : 10.1016/j.sbi.2005.04.004 . PMID 15963892 .
- ^ Браун Р.С. (2005). «Белки цинкового пальца: сцепление с РНК». Карт Мнение Структура Биол . 15 (1): 94–8. doi : 10.1016/j.sbi.2005.01.006 . PMID 15718139 .
- ^ Gamsjaeger R, Liew CK, Loughlin FE, Crossley M, Mackay JP (2007). «Липкие пальцы: цинковые кусочки как мотивы распознавания белка». Тенденции Biochem. Наука 32 (2): 63–70. doi : 10.1016/j.tibs.2006.12.007 . PMID 17210253 .
- ^ Matthews JM, Sunde M (2002). «Цинковые пальцы-разбиты во многих случаях» . Жизнь iubmb . 54 (6): 351–5. doi : 10.1080/15216540216035 . PMID 12665246 . S2CID 22109146 .
- ^ Лонг Дж. Х., Ли Б.М., Райт П.Е. (2001). «Белки цинкового пальца: новое понимание структурного и функционального разнообразия». Карт Мнение Структура Биол . 11 (1): 39–46. doi : 10.1016/s0959-440x (00) 00167-6 . PMID 11179890 .
- ^ Лорик К.Л., Дженсен Дж.П., Фанг С., Онг А.М., Хатакеяма С., Вайсман А.М. (1999). «Пальки скважины опосредуют убиквитин-конъюгирующий фермент (E2) -зависимый убиквитинирование» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 96 (20): 11364–9. Bibcode : 1999pnas ... 9611364L . doi : 10.1073/pnas.96.20.11364 . PMC 18039 . PMID 10500182 .
- ^ JOAZEIRO CA, WEISSMAN AM (2000). «Белки без риска: медиаторы активности убиквитин лигазы» . Клетка . 102 (5): 549–52. doi : 10.1016/s0092-8674 (00) 00077-5 . PMID 11007473 .
- ^ Freemont PS (2000). "Кольцо для разрушения?" Полем Карт Биол . 10 (2): R84–7. doi : 10.1016/s0960-9822 (00) 00287-6 . PMID 10662664 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Кольцо+пальцы+домены в Национальной медицинской библиотеке Медицинской библиотеки США (Mesh)