ТЕХ9
| ТЕХ9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | TEX9 , семенники выражены 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | МГИ : 1201610 ; Гомологен : 32072 ; Генные карты : TEX9 ; OMA : TEX9 — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Белок 9, экспрессируемый семенниками, представляет собой белок , который у человека кодируется геном TEX9 . TEX9, который кодирует белок длиной 391 аминокислоту, содержащий две спирально-спиральные области. [ 5 ] Ген консервативен у многих видов и кодирует ортологичные белки у эукарий , архей и одного вида бактерий . [ 6 ] Функция TEX9 еще не до конца понятна, но предполагается, что он обладает способностью связывать АТФ . [ 5 ]
Ген
[ редактировать ]Локус
[ редактировать ]TEX9 расположен в районе 15q21.3 и имеет 18 экзонов . [ 5 ] Однако некоторые экзоны перекрываются; имеется только 13 различимых экзонов следовательно, в геноме человека . [ 7 ] TEX9 находится в смысловой цепи и имеет диапазон от 56 365 573 до 56 428 441. TEX9 расположен в окружении генов CD24P2 , RFX7 , MNS1 и HMGB1P33. [ 5 ] [ 8 ]
Регуляция транскрипции
[ редактировать ]Промотор TEX9 был определен с использованием 19 поддерживающих транскриптов: GXP_7531542, охватывающий от основания 56 364 254 до основания 56 365 775 на смысловой цепи хромосомы 15. [ 9 ] Ряд факторов транскрипции со сходством матрицы больше или равным 0,780, которые, по прогнозам, будут регулировать транскрипцию TEX9, перечислены ниже с указанием соответствующего сайта связывания :
| Транскрипционный фактор | Связывающий сайт | Стрэнд |
|---|---|---|
| Элементы эстрогенового ответа (ER альфа) | АТТГГТСАГГКТГГТКТТГ | + |
| Рецептор, связанный с ретиноидным рецептором, связанный с семенниками | CCGACCAGAACTTGAGGGT и
ТТГТААТТСААГГТКАТАА |
- и + |
| Гиперметилирование при раке 1 | CTCTGCCCAGCCT и CTTCACCCGTGAT | + и - |
| T-box TF TBX21, димерный сайт связывания | ТАКТGTTTTGGTGTCATATCTAAG | + |
| Без глаз гомолог гомеобокса 4 | CTTTTGGTGTCATAT | + |
| Фактор, кодируемый экотропным сайтом интеграции вируса 1, аминоконцевой домен цинкового пальца | АААККАКАГТАТАТАГАТ | - |
| Эстрогенсвязанный рецептор альфа | GAATTGTAATTCAAGGTCATAAA и AGTGATTTGCCCAAGG/CCATATA | + и + |
| Регулятивный фактор Х, 4 | TTAGGTCTTTGATACATT и AGCCATTGGCGCAGCGTCA | + и - |
| Рецептор гормона щитовидной железы, бета | TCGAGGATTCAAATCCAGAAACT и CTGGTATGTAGTATAGTGCCA | - и - |
| Гомеодоменный белок NKX3.2 | ACTGTGAAGTGGGCACTAT | + |
| Лентивирусная коробка LTR TATA | CCATATAACTGGTAAGT | + |
| Cdx-2 млекопитающих, связанный с каудальным кишечным ТФ | GTTCCGGTATATTGACCAT | - |
| GA-связывающий белок TF, альфа | CTCTCGCGGGAAGATGCGTCG | + |
| Специфический фактор обонятельных нейронов | ACCTTTGAGAGCGCCCTTCTACG | - |
| Обогащенный почками крошкоподобный фактор | ГААГАТГГКГГГГКГААГТ | + |
Выражение
[ редактировать ]Экспрессия TEX9 наиболее высока в семенниках , за ними следуют щитовидная железа , двенадцатиперстная кишка и почки , хотя было показано, что и другие ткани экспрессируют TEX9. [ 5 ] Ожидается, что TEX9 будет иметь субклеточную локализацию в цитоплазме или ядре. [ 10 ]
мРНК
[ редактировать ]Характеристики изоформы 1
[ редактировать ]Изоформа 1 TEX9 имеет 5'-UTR- область из 27 пар оснований и 3'-UTR- область из 356 пар оснований. [ 11 ] Транскрипт имеет длину 1559 пар оснований. [ 12 ]
Дополнительная первичная последовательность и варианты (изоформы)
[ редактировать ]Менее распространенные изоформы TEX9 включают изоформы: 2, X1, X2, X3, X4, X5 и X6. [ 5 ]
Белок
[ редактировать ]Теоретическая молекулярная масса белка TEX9, состоящего из 391 аминокислоты, составляет 45 кДа, а теоретический pI равен 6. [ 13 ] Однако было показано, что экспериментальная молекулярная масса составляет ~ 55 кДа. [ 14 ]
Домены, мотивы и вторичная структура
[ редактировать ]Наиболее выраженными доменами в TEX9 являются два спирально-спиральных участка, которые включают аминокислоты 32–59 и 194–351. [ 15 ] Повторяющиеся домены внутри белка включают ALEE (34–37 и 302–305) и EKYK (251–254 и 307–310). [ 16 ] TEX9 содержит больше остатков глутамата , лизина и глутамина и меньше остатков глицина по сравнению с типичным человеческим белком. [ 16 ]
Было показано, что TEX9 фосфорилируется по остаткам тирозина (Y) 85 и 264 и имеет сайт убиквитилирования по остатку лизина (K) в положении 159. [ 12 ] Предполагается, что существует множество других сайтов фосфорилирования, гликирования , 0-бета-GlcNAc и SUMO . сайтов прикрепления белков [ 17 ] [ 18 ] [ 19 ] [ 20 ]
Две спиральные области TEX9 составляют его третичную структуру и могут быть визуализированы с помощью предсказанной структуры из Phyre2. [ 10 ] На структуре показаны два известных сайта фосфорилирования и один сайт убиквитилирования.
Четвертичная структура и белковые взаимодействия
[ редактировать ]Экспериментально было установлено, что TEX9 имеет взаимодействия, включая спирально-спиральный белок хромосомы 20 112 (CCDC112), открытую рамку считывания 112 (C20orf112) и ядрышковый белок 4 ( NOL4 ). [ 21 ] Textmining предположил, что TEX9 также взаимодействует с обонятельными рецепторами семейства 4, подсемейства C, членом 3, рецептором запаха ( OR4C3 ). [ 21 ] Другие взаимодействия включают генные продукты человеческих генов NOL4-2 (в неизвестном месте), GOGA2 (в мембране цис- сети Гольджи , полюсе веретена цитоскелета и мембране промежуточного компартмента ER-Гольджи ) и KDM1A (в ядре ). [ 13 ] Другое предполагаемое взаимодействие между TEX9 включает присоединение к белку SUMO, молекулярная масса которого составляет 11 кДа. [ 20 ] Реализованная молекулярная масса TEX9 составляет 55 кДа, но теоретическая молекулярная масса составляет 45 кДа, что свидетельствует об этом взаимодействии. [ 22 ]
Гомология и эволюция
[ редактировать ]Паралоги
[ редактировать ]нет . Паралогов TEX9 у человека [ 23 ]
Ортологи
[ редактировать ]TEX9 имеет гомологи более чем у 260 других организмов, включая позвоночных , беспозвоночных , архей и один вид бактерий . [ 5 ] TEX9 был обнаружен во всех группах организмов, кроме наземных растений. [ 23 ]
| Виды рода | Общее имя | Таксономическая группа | Дивергенция (MYA) | Инвентарный номер | Сек. Длина (аа) | Корр. ID к HP (%) | Корр. Сим. К HP (%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Мудрый человек | Человек | Люди | 0 | НП_940926.1 | 391 | 100 | 100 |
| Пан паниск | Бонобо | Предстоятель | 6.65 | XP_008951441.1 | 391 | 99 | 99 |
| Африканская локсодонта | Африканский слон кустарника/саванны | млекопитающее | 105 | XP_010596294.1 | 391 | 83 | 90 |
| Аптерикс рядовой | Окарито (коричневый) киви | Птица | 312 | XP_025916696.1 | 422 | 61 | 74 |
| Геккон японский | Вызов геккона | Рептилия | 312 | XP_015264647.1 | 359 | 49 | 63 |
| Ксенопус левис | Африканская когтистая лягушка | амфибия | 352 | XP_018108534.1 | 434 | 60 | 76 |
| Астианакс мексиканский | Мексиканская тетра/слепая пещерная рыба | Костистая рыба | 432 | XP_007244936.2 | 394 | 51 | 68 |
| Апостихопус японский | Японский (колючий) морской огурец | Иглокожие | 684 | ПИК45906.1 | 404 | 43 | 56 |
| Капителла телета | Капитал | Аннелиды | 797 | ELT92672.1 | 257 | 34 | 45 |
| Аноплофора глабрипеннис | Азиатский усач | Моллюска | 797 | XP_018561745.1 | 259 | 18 | 31 |
| Поциллопора дамикорнис | Цветная капуста (кружево) коралл | Книдарийцы | 824 | XP_027039795.1 | 387 | 42 | 60 |
| Клонорхис китайский | Китайский печеночный сосальщик | Платихельминты | 824 | РДЖВ72461.1 | 952 | 27 | 41 |
| Эхинококк многокамерный | Эхинококк | Платихельминты | 824 | CDS43228.1 | 299 | 18 | 33 |
| Трихоплакс сп. Н2 | Трихоплакс | Плакозоа | 948 | РДД37208.1 | 451 | 30 | 44 |
| Амфимедон Квинсландика | Амфимедон | Порифера | 951.8 | XP_003384031.2 | 339 | 27 | 41 |
| Spizellomyces punctatus DAOM BR117 | Спизелломицеты | Хитрис (грибы) | 1105 | XP_016611327.1 | 373 | 31 | 52 |
| Planoprotostelium fungivorum | Планопротостелий | Амебозоа (простейший) | 1480 | ПРП73397.1 | 373 | 12 | 18 |
| Клебсормидиум блестящий | Клебсормидиум | Харофит (зеленые водоросли) | 1496 | GAQ91967.1 | 345 | 29 | 45 |
| Хондаэа ферментальгиана | Хондаэа | Страменопилес (протист) | 1768 | ГБГ25987.1 | 379 | 22 | 35 |
| Текамонас трахеи ATCC 50062 | Текамонас | Апусозоа (простейший) | 2101 | XP_013753981.1 | 324 | 13 | 23 |
| Хламидия трахоматис | Хламидии | Бактерии | 4290 | CPS19605.1 | 72 | 14 | 14 |
Относительная скорость изменения TEX9 довольно медленная по сравнению с фибриногеном и бета-глобином , но не такая медленная, как цитохром с . [ 24 ]
Гомологические домены
[ редактировать ]Последовательности TEX9, которые наиболее консервативны у человека и других организмов, обнаружены в двух спирально-спиральных областях, где некоторые аминокислоты консервативны у позвоночных, беспозвоночных и микроорганизмов. Бактериальный ортолог больше всего похож на позвоночных, чем на беспозвоночных или микроорганизмы.
Филогения
[ редактировать ]
Все ортологи TEX9 произошли от одного и того же общего предка, за исключением гена, обнаруженного в хламидиях , который, как полагают, перешел от человека к бактерии. [ 25 ]
Клиническое значение
[ редактировать ]Патология
[ редактировать ]Не было показано ни одного заболевания, напрямую связанного с TEX9, но были обнаружены некоторые корреляции в отношении нокдауна рецептора эстрогена и увеличения экспрессии TEX9. [ 26 ] а также клетки колоректального рака со сниженной экспрессией TEX9. [ 27 ]
Ассоциация болезней
[ редактировать ]снижение экспрессии TEX9 Было показано, что ускоряет рост опухоли у иммунокомпетентных мышей, но не у мышей с ослабленным иммунитетом . [ 28 ] Этот результат позволил предположить, что TEX9 может действовать как опухолевый антиген в некоторых опухолях. Мутации белка TEX9 были обнаружены в 1-2% опухолей, взятых из некоторых видов рака, включая рак эндометрия , головы и шеи , колоректальный рак и плоскоклеточный рак легких . [ 29 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000151575 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000090626 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г «Яички TEX9 экспрессируют 9 [Homo sapiens (человек)] — Ген — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 8 февраля 2019 г.
- ^ «BLAST: базовый инструмент поиска локального выравнивания» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 25 февраля 2019 г.
- ^ «Пользовательская последовательность против геномики» . genome.ucsc.edu . Проверено 25 февраля 2019 г.
- ^ «Человеческий БЛАТ-поиск» . genome.ucsc.edu . Проверено 21 апреля 2019 г.
- ^ «Геноматикс: Страница входа» . www.genomatix.de . Проверено 5 мая 2019 г.
- ^ Jump up to: а б с «Согласование Phyre 2 TEX9_____ с c1ciiA_» . www.sbg.bio.ic.ac.uk. Проверено 5 мая 2019 г.
- ^ «Утилиты последовательности» . www.bioline.com . Проверено 5 мая 2019 г.
- ^ Jump up to: а б «Экспрессируемый семенниками белок 9, изоформа 1 [Homo sapiens] - Белок - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 8 февраля 2019 г.
- ^ Jump up to: а б «TEX9 - Белок 9, экспрессируемый семенниками - Homo sapiens (Человек) - Ген и белок TEX9» . www.uniprot.org . Проверено 8 февраля 2019 г.
- ^ «TEX9 - Антитела - Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 5 мая 2019 г.
- ^ «КОЙЛС Сервер» . embnet.vital-it.ch . Архивировано из оригинала 12 июля 2019 г. Проверено 21 апреля 2019 г.
- ^ Jump up to: а б «SAPS <Статистика последовательности <EMBL-EBI» . www.ebi.ac.uk. Проверено 21 апреля 2019 г.
- ^ «Сервер NetPhos 3.1» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 5 мая 2019 г.
- ^ «Сервер ИньОЯн 1.2» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 5 мая 2019 г.
- ^ «Сервер NetGlycate 1.0» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 5 мая 2019 г.
- ^ Jump up to: а б «Программа анализа SUMOplot™ | Abgent» . www.abgent.com . Архивировано из оригинала 3 января 2005 г. Проверено 5 мая 2019 г.
- ^ Jump up to: а б «Белок TEX9 (человек) — сеть взаимодействия STRING» . версия-10-5.string-db.org . Проверено 8 февраля 2019 г.
- ^ «Прогноз СУМО» . Архивировано из оригинала 3 января 2005 года . Проверено 20 апреля 2019 г.
- ^ Jump up to: а б «Protein BLAST: поиск по базам данных белков с помощью запроса белков» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 21 апреля 2019 г.
- ^ «Дерево Времени:: Временная шкала жизни» . timetree.org . Проверено 5 мая 2019 г.
- ^ «Бактерии и люди обменивались ДНК на протяжении тысячелетий» . Журнал «Ученый»® . Проверено 5 мая 2019 г.
- ^ «ГДС4061/243198_ат» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 21 апреля 2019 г.
- ^ «ГДС4511/243198_ат» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 21 апреля 2019 г.
- ^ Шуптрин К.В., Аджина Р., Фертиг Э.Дж., Яблонски С.А., Ким Лаерли Х., Хартман З.К., Вайнер Л.М. (декабрь 2017 г.). «Непредвзятый подход к скринингу функциональной геномики in vivo на мышах позволяет выявить новые регуляторы иммунного отторжения на основе опухолевых клеток» . Иммунология рака, иммунотерапия . 66 (12): 1529–1544. дои : 10.1007/s00262-017-2047-2 . ПМЦ 5854209 . ПМИД 28770278 .
- ^ «TEX9 (человек)» . www.фосфосайт.орг . Проверено 8 февраля 2019 г.