ГРОМАКС

ГРОМАКС
Разработчик(и)	Университет Гронингена ; Королевский технологический институт ; Уппсальский университет
Первоначальный выпуск	1991 год ; 33 года назад
Стабильная версия	2024.2 / 10 мая 2024 г .; 2 месяца назад
Репозиторий	gitlab .с /громакс /громакс .git ;
Написано в	С++ , C , CUDA , OpenCL , SYCL
Операционная система	Linux , macOS , Windows , любая другая Unix. разновидность
Платформа	Много
Доступно в	Английский
Тип	молекулярной динамики Моделирование
Лицензия	Версии LGPL >= 4.6 , ; GPL < 4.6 Версии
Веб-сайт	www .gromacs .org

GROMACS — это пакет молекулярной динамики, предназначенный главным образом для моделирования белков , липидов и нуклеиновых кислот . Первоначально он был разработан на факультете биофизической химии Гронингенского университета и в настоящее время поддерживается сотрудниками университетов и исследовательских центров по всему миру. ^[5]^[6]^[7] GROMACS — один из самых быстрых и популярных пакетов программного обеспечения. ^[8]^[9] и может работать на центральных процессорах (ЦП) и графических процессорах (ГП). ^[10] Это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом , выпущенное под лицензией GNU Lesser General Public License (LGPL). ^[3] ( GPL до версии 4.6).

История

Проект GROMACS первоначально начался в 1991 году на факультете биофизической химии Гронингенского университета , Нидерланды (1991–2000). Его название первоначально произошло от этого времени ( GROningen MAchine for Chemical Simulation ), хотя в настоящее время GROMACS не является аббревиатурой чего-либо, поскольку в последние десятилетия в Гронингене велось мало активных разработок. Первоначальной целью было создание специализированной параллельной компьютерной системы для молекулярного моделирования на основе кольцевой архитектуры (которая была заменена современными аппаратными средствами). Специальные процедуры молекулярной динамики были переписаны на языке программирования C из Fortran 77 на базе программы GROMOS , которая была разработана той же группой. ^{[ нужна ссылка ]}

С 2001 года GROMACS разрабатывается группами разработчиков GROMACS Королевского технологического института и Уппсальского университета , Швеция .

Функции

GROMACS работает через интерфейс командной строки и может использовать файлы для ввода и вывода. Он обеспечивает обратную связь о ходе вычислений и расчетном времени прибытия (ETA), средство просмотра траектории и обширную библиотеку для анализа траектории. ^[3] Кроме того, поддержка различных силовых полей делает GROMACS очень гибким. Его можно выполнять параллельно, используя интерфейс передачи сообщений (MPI) или потоки . Он содержит сценарий для преобразования молекулярных координат из файлов банка данных белков (PDB) в форматы, которые он использует внутри себя. После создания файла конфигурации для моделирования нескольких молекул (возможно, включая растворитель ), запуск моделирования (который может занять много времени) создает файл траекторий, описывающий движения атомов во времени. Затем этот файл можно проанализировать или визуализировать с помощью нескольких прилагаемых инструментов. ^[11]

В GROMACS имеется поддержка разгрузки графического процессора, начиная с версии 4.5, которая изначально ограничивалась графическими процессорами Nvidia. Поддержка графических процессоров с годами расширялась и улучшалась. ^[12] а в версии 2023 GROMACS имеет серверные части CUDA, OpenCL и SYCL для работы на графических процессорах AMD, Apple, Intel и Nvidia, часто с большим ускорением по сравнению с процессором. ^[13]

пасхальные яйца

По состоянию на январь 2010 г. ^[update]Исходный код GROMACS содержит около 400 альтернативных бэкронимов GROMACS , что является шуткой среди разработчиков и исследователей биохимии . К ним относятся « Громаки работают на большинстве компьютерных систем », « Громаки работают за одну микросекунду со скоростью пушечного ядра », « Хороший крутой металлический алтарь для хронических грешников », « Работа над выращиванием старых MAkes el Chrono Sweat » и « Великий красный владеет многими Кры песка ». Они выбираются случайным образом и могут появиться в выходном потоке GROMACS. В одном случае такая аббревиатура « Предоставление россиянам опиума может изменить текущую ситуацию » вызвала оскорбление. ^[14]

Приложения

Под лицензией без лицензии GPL GROMACS широко используется в Folding@home проекте распределенных вычислений для моделирования сворачивания белков проекта , где он является базовым кодом для самой крупной и наиболее часто используемой серии вычислительных ядер . ^[15]^[16] EvoGrid, проект распределенных вычислений для развития искусственной жизни , также использует GROMACS. ^[17]

См. также

Ссылки

^ «Команда разработчиков GROMACS» . Архивировано из оригинала 26 февраля 2020 г. Проверено 27 июня 2012 г.
^ «Загрузки — документация GROMACS 2024.2» . gromacs.org . Проверено 24 мая 2024 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с «О ГРОМАКС» . gromacs.org. 17 мая 2021 г. Проверено 24 мая 2024 г.
^ «О Громаках» . gromacs.org. 16 августа 2010 г. Архивировано из оригинала 27 ноября 2020 г. Проверено 26 июня 2012 г.
^ «Люди — Громаки» . gromacs.org. 14 марта 2012 г. Архивировано из оригинала 26 февраля 2020 г. . Проверено 26 июня 2012 г.
^ Ван дер Спул Д., Линдал Э., Хесс Б., Гроенхоф Г., Марк А.Е., Берендсен Х.Дж. (2005). «GROMACS: быстро, гибко и бесплатно». J Comput Chem . 26 (16): 1701–18. дои : 10.1002/jcc.20291 . ПМИД 16211538 . S2CID 1231998 .
^ Хесс Б., Катцнер С., Ван дер Спул Д., Линдал Э. (2008). «GROMACS 4: Алгоритмы для высокоэффективного, сбалансированного по нагрузке и масштабируемого молекулярного моделирования». J Chem Theory Comput . 4 (2): 435–447. дои : 10.1021/ct700301q . hdl : 11858/00-001M-0000-0012-DDBF-0 . ПМИД 26620784 . S2CID 1142192 .
^ Карстен Катцнер; Дэвид Ван Дер Спул; Мартин Фехнер; Эрик Линдал; Удо В. Шмитт; Берт Л. Де Гроот; Хельмут Грубмюллер (2007). «Ускорение параллельного GROMACS в сетях с высокой задержкой». Журнал вычислительной химии . 28 (12): 2075–2084. дои : 10.1002/jcc.20703 . hdl : 11858/00-001M-0000-0012-E29A-0 . ПМИД 17405124 . S2CID 519769 .
^ Берк Хесс; Карстен Катцнер; Дэвид ван дер Спул; Эрик Линдал (2008). «GROMACS 4: Алгоритмы для высокоэффективного, сбалансированного по нагрузке и масштабируемого молекулярного моделирования». Журнал химической теории и вычислений . 4 (3): 435–447. дои : 10.1021/ct700301q . hdl : 11858/00-001M-0000-0012-DDBF-0 . ПМИД 26620784 . S2CID 1142192 .
^ «Руководство по установке» . gromacs.org. 10 мая 2024 г. Проверено 24 мая 2024 г.
^ «Блок-схема — документация GROMACS 2024.2» . gromacs.org. 10 мая 2024 г. Проверено 24 мая 2024 г.
^ Палл С, Жмуров А, Бауэр П, Абрахам М, Лундборг М, Грей А, Хесс Б, Линдал Э (2020). «Гетерогенное распараллеливание и ускорение молекулярно-динамического моделирования в GROMACS» . J Chem Phys . 153 (13): 134110. arXiv : 2006.09167 . дои : 10.1063/5.0018516 . ПМИД 33032406 .
^ «Гетерогенное распараллеливание и ускорение графического процессора — веб-страница GROMACS» . gromacs.org. 10 мая 2024 г. Проверено 24 мая 2024 г.
^ «Re: Работа над предоставлением россиянам опиума может изменить текущую ситуацию» . Складной@дома . 17 января 2010 года . Проверено 26 июня 2012 г.
^ Лаборатория Панде (11 июня 2012 г.). «Часто задаваемые вопросы по открытому исходному коду Folding@home» . Складной@дома . Стэнфордский университет . Архивировано из оригинала (FAQ) 17 июля 2012 года . Проверено 26 июня 2012 г.
^ Адам Беберг; Дэниел Энсайн; Гуха Джаячандран; Сирадж Халик; Виджай Панде (2009). «Folding@home: Уроки восьми лет волонтерской работы с распределенными вычислениями». Международный симпозиум IEEE по параллельной и распределенной обработке, 2009 г. (PDF) . стр. 1–8. дои : 10.1109/IPDPS.2009.5160922 . ISBN 978-1-4244-3751-1 . ISSN 1530-2075 . S2CID 15677970 .
^ Маркофф, Джон (29 сентября 2009 г.). «Разыскиваются: домашние компьютеры для участия в исследованиях искусственной жизни» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 26 июня 2012 г.

Внешние ссылки

[1] «Команда разработчиков GROMACS» . Архивировано из оригинала 26 февраля 2020 г. Проверено 27 июня 2012 г.

[manual-2] «Загрузки — документация GROMACS 2024.2» . gromacs.org . Проверено 24 мая 2024 г.

[About_GROMACS-3] Jump up to: ^а ^б ^с «О ГРОМАКС» . gromacs.org. 17 мая 2021 г. Проверено 24 мая 2024 г.

[About_Gromacs-4] «О Громаках» . gromacs.org. 16 августа 2010 г. Архивировано из оригинала 27 ноября 2020 г. Проверено 26 июня 2012 г.

[5] «Люди — Громаки» . gromacs.org. 14 марта 2012 г. Архивировано из оригинала 26 февраля 2020 г. . Проверено 26 июня 2012 г.

[pmid16211538-6] Ван дер Спул Д., Линдал Э., Хесс Б., Гроенхоф Г., Марк А.Е., Берендсен Х.Дж. (2005). «GROMACS: быстро, гибко и бесплатно». J Comput Chem . 26 (16): 1701–18. дои : 10.1002/jcc.20291 . ПМИД 16211538 . S2CID 1231998 .

[Hess_2008-7] Хесс Б., Катцнер С., Ван дер Спул Д., Линдал Э. (2008). «GROMACS 4: Алгоритмы для высокоэффективного, сбалансированного по нагрузке и масштабируемого молекулярного моделирования». J Chem Theory Comput . 4 (2): 435–447. дои : 10.1021/ct700301q . hdl : 11858/00-001M-0000-0012-DDBF-0 . ПМИД 26620784 . S2CID 1142192 .

[8] Карстен Катцнер; Дэвид Ван Дер Спул; Мартин Фехнер; Эрик Линдал; Удо В. Шмитт; Берт Л. Де Гроот; Хельмут Грубмюллер (2007). «Ускорение параллельного GROMACS в сетях с высокой задержкой». Журнал вычислительной химии . 28 (12): 2075–2084. дои : 10.1002/jcc.20703 . hdl : 11858/00-001M-0000-0012-E29A-0 . ПМИД 17405124 . S2CID 519769 .

[9] Берк Хесс; Карстен Катцнер; Дэвид ван дер Спул; Эрик Линдал (2008). «GROMACS 4: Алгоритмы для высокоэффективного, сбалансированного по нагрузке и масштабируемого молекулярного моделирования». Журнал химической теории и вычислений . 4 (3): 435–447. дои : 10.1021/ct700301q . hdl : 11858/00-001M-0000-0012-DDBF-0 . ПМИД 26620784 . S2CID 1142192 .

[10] «Руководство по установке» . gromacs.org. 10 мая 2024 г. Проверено 24 мая 2024 г.

[11] «Блок-схема — документация GROMACS 2024.2» . gromacs.org. 10 мая 2024 г. Проверено 24 мая 2024 г.

[12] Палл С, Жмуров А, Бауэр П, Абрахам М, Лундборг М, Грей А, Хесс Б, Линдал Э (2020). «Гетерогенное распараллеливание и ускорение молекулярно-динамического моделирования в GROMACS» . J Chem Phys . 153 (13): 134110. arXiv : 2006.09167 . дои : 10.1063/5.0018516 . ПМИД 33032406 .

[13] «Гетерогенное распараллеливание и ускорение графического процессора — веб-страница GROMACS» . gromacs.org. 10 мая 2024 г. Проверено 24 мая 2024 г.

[14] «Re: Работа над предоставлением россиянам опиума может изменить текущую ситуацию» . Складной@дома . 17 января 2010 года . Проверено 26 июня 2012 г.

[15] Лаборатория Панде (11 июня 2012 г.). «Часто задаваемые вопросы по открытому исходному коду Folding@home» . Складной@дома . Стэнфордский университет . Архивировано из оригинала (FAQ) 17 июля 2012 года . Проверено 26 июня 2012 г.

[16] Адам Беберг; Дэниел Энсайн; Гуха Джаячандран; Сирадж Халик; Виджай Панде (2009). «Folding@home: Уроки восьми лет волонтерской работы с распределенными вычислениями». Международный симпозиум IEEE по параллельной и распределенной обработке, 2009 г. (PDF) . стр. 1–8. дои : 10.1109/IPDPS.2009.5160922 . ISBN 978-1-4244-3751-1 . ISSN 1530-2075 . S2CID 15677970 .

[17] Маркофф, Джон (29 сентября 2009 г.). «Разыскиваются: домашние компьютеры для участия в исследованиях искусственной жизни» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 26 июня 2012 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]