Apobec3f

Apobec3f
Доступные структуры
PDB	Поиск UNIPROT человека: PDBE RCSB
showСписок кодов идентификаторов PDB
	3WUS, 4IOU, 4J4J, 5HX5, 5HX4
Идентификаторы
Псевдонимы	Apobec3f , A3F, ARP8, BK150C2.4.MRNA, KA6, Аполипопротеин B Редактирование мРНК Фермент Каталитическая субъединица 3F 3F
Внешние идентификаторы	Омим : 608993 ; Гомологен : 105867 ; GeneCards : Apobec3f ; OMA : APOBEC3F - Ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 22 (human)
End	39,055,972 bp
showРНК -паттерн экспрессии
	Top expressed in
	granulocyte; ; monocyte; ; spleen; ; right ovary; ; left ovary; ; right uterine tube; ; lymph node; ; right adrenal gland; ; left adrenal cortex; ; right adrenal cortex;
	n/a
	More reference expression data
	n/a
showДжин Онтология
Molecular function	cytidine deaminase activity; zinc ion binding; metal ion binding; hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amidines; protein binding; catalytic activity; RNA binding; hydrolase activity; identical protein binding;
Cellular component	cytoplasm; P-body; apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex; nucleus; ribonucleoprotein complex;
Biological process	negative regulation of transposition; negative regulation of viral process; immune system process; base conversion or substitution editing; negative regulation of viral genome replication; defense response to virus; DNA cytosine deamination; DNA demethylation; innate immune response; negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate; positive regulation of defense response to virus by host; cytidine deamination; cytidine to uridine editing;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	200316
	n/a
	ENSG00000128394
	n/a
	Q8IUX4
	n/a
	NM_001006666 ; NM_145298
	n/a
	NP_001006667 ; NP_660341
	n/a
	Викидид
Посмотреть/редактировать человека

ДНК DC-> Du-Editing фермент Apobec-3F -это белок , который у людей кодируется ApoBec3F геном . ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}

Этот ген является членом семейства цитидина деаминазы генов . Это один из семи родственных генов или псевдогенов, обнаруженных в кластере , который, как считается, является результатом дупликации генов , на хромосоме 22 . Члены кластера кодируют белки, которые структурно и функционально связаны с C -редактированием C -РНК цитидин -деаминазы Apobec1 . Считается, что белки могут быть ферментами редактирования РНК и играть роль в контроле роста или клеточного цикла . Альтернативно сплайсированные варианты транскрипта , кодирующие различные изоформы . ^{[ 5 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000128394 - ENSEMBL , май 2017 г.
^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ Jarmuz A, Chester A, Bayliss J, Gisbourne J, Dunham I, Scott J, Navaratnam N (февраль 2002 г.). «Антропоид-специфический локус сирот C до U-РНК-редактирования ферментов на хромосоме 22». Геномика . 79 (3): 285–96. doi : 10.1006/geno.2002.6718 . PMID 11863358 .
^ Холмс Р.К., Конинг Ф.А., Бишоп КН, Малим М.Х. (январь 2007). «APOBEC3F может ингибировать накопление обратных транскрипционных продуктов ВИЧ-1 в отсутствие гипермутации. Сравнение с APOBEC3G» . J Biol Chem . 282 (4): 2587–95. doi : 10.1074/jbc.m607298200 . PMID 17121840 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} «Ген Entrez: APOBEC3F Аполипопротеин B Редактирование мРНК, каталитическое полипептид-подобное 3F» .

Человеческий ApoBec3F - еще один фактор хозяина, который блокирует репликацию вируса иммунодефицита человека типа 1. Чжэн Й.Х., Ирвин Д., Куросу Т., Токунага К., Сата Т., Питерлин Б.М. J Virol. 2004 июня; 78 (11): 6073-6. doi: 10.1128/jvi.78.11.6073-6076.2004.

Внешние ссылки

геном APOBEC3F Расположение генома APOBEC3F и и страница гена APOBEC3F в браузере генома UCSC .

Дальнейшее чтение

Wedekind JE, Dance GS, Sowden MP, Smith HC (2003). «Редактирование РНК Messenger у млекопитающих: новые члены семьи Apobec ищут роли в семейном бизнесе». Тенденции Genet . 19 (4): 207–16. doi : 10.1016/s0168-9525 (03) 00054-4 . PMID 12683974 .
Franca R, Spadari S, Maga G (2006). «Апобек деминазы как клеточные противовирусные факторы: новый естественный механизм защиты хозяина». Медик Наука Монит 12 (5): RA92–8. PMID 16641889 .
Прашар Ю., Вайсман С.М. (1996). «Анализ дифференциальной экспрессии генов путем отображения 3 'фрагментов конечных ограничений кДНК» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 93 (2): 659–63. Bibcode : 1996pnas ... 93..659p . doi : 10.1073/pnas.93.2.659 . PMC 40108 . PMID 8570611 .
Бональдо М.Ф., Леннон Г., Соарс М.Б. (1997). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов» . Геном Res . 6 (9): 791–806. doi : 10.1101/gr.6.9.791 . PMID 8889548 .
Dunham I, Shimizu N, Roe Ba, et al. (1999). «Последовательность ДНК хромосомы человека 22» . Природа . 402 (6761): 489–95. Bibcode : 1999natur.402..489d . doi : 10.1038/990031 . PMID 10591208 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Генерация и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 99 (26): 16899–903. Bibcode : 2002pnas ... 9916899m . doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
Zheng YH, Irwin D, Kurosu T, et al. (2004). «Человек ApoBec3F - еще один фактор хозяина, который блокирует репликацию вируса иммунодефицита человека типа 1» . J. Virol . 78 (11): 6073–6. doi : 10.1128/jvi.78.11.6073-6076.2004 . PMC 415831 . PMID 15141007 .
Wiegand HL, Doehle BP, Bogerd HP, Cullen BR (2004). «Второй антиретровирусный фактор человека Apobec3f подавляется белками ВИЧ-1 и ВИЧ-2 VIF» . Embo j . 23 (12): 2451–8. doi : 10.1038/sj.emboj.7600246 . PMC 423288 . PMID 15152192 .
Liddament MT, Brown WL, Schumacher AJ, Harris RS (2004). «Свойства APOBEC3F и предпочтения гипермутации указывают на активность против ВИЧ-1 in vivo» . Карт Биол . 14 (15): 1385–91. doi : 10.1016/j.cub.2004.06.050 . PMID 15296757 .
Коллинз JE, Wright CL, Edwards CA, et al. (2005). «Подход, основанный на аннотациях генома к клонированию человека Orfeome» . Геном биол . 5 (10): R84. doi : 10.1186/gb-2004-5-10-r84 . PMC 545604 . PMID 15461802 .
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). «Статус, качество и расширение полноразмерного проекта кДНК NIH: коллекция генов млекопитающих (MGC)» . Геном Res . 14 (10b): 2121–7. doi : 10.1101/gr.2596504 . PMC 528928 . PMID 15489334 .
Hache G, Liddament MT, Harris RS (2005). «Специфичность ретровирусной гипермутации APOBEC3F и APOBEC3G определяется доменом C-концевой ДНК-цитозин-деаминазой» . Дж. Биол. Химический 280 (12): 10920–4. doi : 10.1074/jbc.m500382200 . PMID 15647250 .
Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y, et al. (2006). «Диверсификация транскрипционной модуляции: крупномасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов человеческих генов» . Геном Res . 16 (1): 55–65. doi : 10.1101/gr.4039406 . PMC 1356129 . PMID 16344560 .
Zennou V, Bieniasz PD (2006). «Сравнительный анализ антиретровирусной активности APOBEC3G и APOBEC3F от приматов» . Вирусология . 349 (1): 31–40. doi : 10.1016/j.virol.2005.12.035 . PMID 16460778 .
Tian C, Yu X, Zhang W, et al. (2006). «Дифференциальная потребность в консервативных триптофанах в вирусе иммунодефицита человека типа 1 для селективного подавления APOBEC3G и APOBEC3F» . J. Virol . 80 (6): 3112–5. doi : 10.1128/jvi.80.6.3112-3115.2006 . PMC 1395459 . PMID 16501124 .
Stenglein MD, Harris RS (2006). «Apobec3b и Apobec3f ингибируют ретротранспозицию L1 с помощью ДНК-независимого механизма» . Дж. Биол. Химический 281 (25): 16837–41. doi : 10.1074/jbc.m602367200 . PMID 16648136 .
Wichroski MJ, Robb GB, Rana TM (2006). «Человеческие ретровирусные факторы ограничения хозяина APOBEC3G и APOBEC3F локализуются в телах обработки мРНК» . PLOS Pathog . 2 (5): E41. doi : 10.1371/journal.ppat.0020041 . PMC 1458959 . PMID 16699599 .

Эта статья о гене о хромосоме человека 22 является заглушкой . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000128394 - ENSEMBL , май 2017 г.

[2] «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[pmid11863358-3] Jarmuz A, Chester A, Bayliss J, Gisbourne J, Dunham I, Scott J, Navaratnam N (февраль 2002 г.). «Антропоид-специфический локус сирот C до U-РНК-редактирования ферментов на хромосоме 22». Геномика . 79 (3): 285–96. doi : 10.1006/geno.2002.6718 . PMID 11863358 .

[pmid17121840-4] Холмс Р.К., Конинг Ф.А., Бишоп КН, Малим М.Х. (январь 2007). «APOBEC3F может ингибировать накопление обратных транскрипционных продуктов ВИЧ-1 в отсутствие гипермутации. Сравнение с APOBEC3G» . J Biol Chem . 282 (4): 2587–95. doi : 10.1074/jbc.m607298200 . PMID 17121840 .

[entrez-5] Jump up to: ^а ^{беременный} «Ген Entrez: APOBEC3F Аполипопротеин B Редактирование мРНК, каталитическое полипептид-подобное 3F» .

[1]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

v Т и Гидролазы : непептид углерода-азота ( EC 3.5)
3.5.1: Linear amides / Amidohydrolases	Asparaginase Glutaminase Urease Biotinidase Aminoacylase ACY1 Aspartoacylase(ACY2) ACY3 Ceramidase Aspartylglucosaminidase Fatty acid amide hydrolase Histone deacetylase Sirtuin
3.5.2: Cyclic amides/ Amidohydrolases	Barbiturase Beta-lactamase Dihydroorotase
3.5.3: Linear amidines/ Ureohydrolases	Arginase Agmatinase Protein-arginine deiminase
3.5.4: Cyclic amidines/ Aminohydrolases	Guanine deaminase Adenosine deaminase AMP deaminase Inosine monophosphate synthase DCMP deaminase GTP cyclohydrolase I Cytidine deaminase AICDA Activation-induced cytidine deaminase
3.5.5: Nitriles/ Aminohydrolases	Nitrilase
3.5.99: Other	Riboflavinase Thiaminase II

v Т и Ферменты
Activity	Active site Binding site Catalytic triad Oxyanion hole Enzyme promiscuity Diffusion-limited enzyme Cofactor Enzyme catalysis
Regulation	Allosteric regulation Cooperativity Enzyme inhibitor Enzyme activator
Classification	EC number Enzyme superfamily Enzyme family List of enzymes
Kinetics	Enzyme kinetics Eadie–Hofstee diagram Hanes–Woolf plot Lineweaver–Burk plot Michaelis–Menten kinetics
Types	EC1 Oxidoreductases (list) EC2 Transferases (list) EC3 Hydrolases (list) EC4 Lyases (list) EC5 Isomerases (list) EC6 Ligases (list) EC7 Translocases (list)