L-изоаспартилметилтрансфераза

Белок-L-изоаспартат(D-аспартат)О-метилтрансфераза
Белок-L-изоаспартат(D-аспартат)О-метилтрансфераза
Идентификаторы
Символ	ПКМТ
Пфам	PF01135
ИнтерПро	ИПР000682
PROSITE	PDOC00985
ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2	1дл5 / СКОПе / СУПФАМ
Pfam
показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary
PDB	1jg2A:13-216 1jg3B:13-216 1jg4A:13-216 1jg1A:13-216 1r18A:8-221 1kr5A:8-221 1i1nA:8-221 1vbfA:2-201 1dl5B:1-213

показывать Поиск
PMC	articles
PubMed	articles
NCBI	proteins

Белок-L-изоаспартат (D-аспартат) О-метилтрансфераза (PIMT, PCMT)
Белок-L-изоаспартат (D-аспартат) О-метилтрансфераза (PIMT, PCMT)
	Кристаллографическая структура L-изоаспартилметилтрансферазы человека.
Идентификаторы
Номер ЕС.	2.1.1.77
Номер CAS.	105638-50-4
Базы данных
ИнтЭнк	вид IntEnz
БРЕНДА	БРЕНДА запись
Экспаси	Просмотр NiceZyme
КЕГГ	КЕГГ запись
МетаЦик	метаболический путь
ПРЯМОЙ	профиль
PDB Структуры	RCSB PDB PDBe PDBsum
Генная онтология	АмиГО / QuickGO
PMC
показывать Поиск
PMC	articles
PubMed	articles
NCBI	proteins

Белковая L-изоаспартилметилтрансфераза (PIMT, PCMT) , также называемая S-аденозил-L-метионин:протеин-L-изоаспартат-О-метилтрансфераза, представляет собой фермент , который распознает и катализирует восстановление поврежденных L -изоаспартильных и D -аспартильных групп в организме. белки. Это высококонсервативный фермент, который присутствует почти у всех эукариот , архебактерий и грамотрицательных эубактерий. ^{[ 1 ]}

Функция

PIMT переносит метильные группы от S -аденозил- L -метионина к карбоксильным группам альфа-боковой цепи поврежденных L -изоаспартил- и D -аспартиламинокислот. Фермент берет концевой метильный остаток из боковой цепи метионина и добавляет его к карбоксильной группе боковой цепи L -изоаспартата или D -аспартата, образуя метиловый эфир. Последующие неферментативные реакции приводят к быстрому превращению в L -сукцинимид, который является предшественником аспартата и изоаспартата. Затем L - сукцинимид может подвергаться неферментативному гидролизу, в результате которого образуются некоторые восстановленные остатки L -аспартила, а также некоторые остатки L -изоаспартила, которые затем могут снова войти в цикл для возможного преобразования в нормальную пептидную связь.

PIMT имеет тенденцию действовать на белки, которые были неферментативно повреждены из-за возраста. Выполняя этот механизм восстановления, фермент помогает поддерживать общую целостность белка. Этот механизм наблюдался несколькими группами и был подтвержден экспериментальными испытаниями. В одном отчете PIMT ингибировался аденозиновым диальдегидом. Результаты подтвердили предполагаемую функцию фермента, поскольку количество аномальных остатков L -аспартата увеличивалось, когда клетки обрабатывались непрямым ингибитором аденозиновым диальдегидом. ^{[ 2 ]} Кроме того, известно, что S -аденозилгомоцистеин является конкурентным ингибитором PIMT. ^{[ 2 ]} Когда PIMT отсутствует в клетках, аномальные остатки аспартила накапливаются, создавая аномальные белки, которые, как известно, вызывают фатальную прогрессирующую эпилепсию у мышей. ^{[ 3 ]} Было высказано предположение, что кальмодулин может играть роль в стимуляции функции PIMT, хотя взаимосвязь между этими двумя молекулами тщательно не изучена. ^{[ 4 ]} помимо кальмодулина активность PIMT стимулирует гуанозин-5'- O- [гамма-тио]трифосфат ( GTPgammaS ). Было обнаружено, что ^{[ 5 ]}

Структура

Фермент присутствует в цитозоле человека в двух формах благодаря альтернативному сплайсингу и различается у разных особей в популяции из-за единственного полиморфизма по остатку 119, либо валину , либо изолейцину . Структура фермента описывается как «сэндвич-структура с двойной обмоткой альфа/бета/альфа», которая вполне одинакова для всех проанализированных к настоящему времени видов. ^{[ 1 ]} Если и существуют какие-либо различия в последовательностях между разными организмами, то они возникают в областях, соединяющих три мотива в сэндвич-структуре, но последовательность отдельных мотивов имеет тенденцию быть высококонсервативной. Исследователи обнаружили, что активный сайт находится в петле между бета-структурой и второй альфа-спиралью, и определили, что он очень специфичен к изоаспартильным остаткам. Например, остатки, обнаруженные на С-конце PIMT дрозофилы (dPIMT), повернуты на 90 градусов, чтобы освободить больше места для взаимодействия субстрата с ферментом. Фактически, dPIMT, по-видимому, чередуется между этой уникальной открытой конформацией и менее открытой конформацией, обычной для PIMT у других организмов. Хотя, возможно, и не связанное с этим, повышенные уровни dPIMT у дрозофилы коррелируют с увеличением продолжительности жизни этих организмов из-за их важности в восстановлении белков. ^{[ 6 ]}

Реакция

См. также

Внешние ссылки

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ПДБ : 1КР5 ; Риттерсгаард С., Гриффит СК, Савайя М.Р., Макларен округ Колумбия, Кларк С., Йейтс Т.О. (март 2002 г.). «Кристаллическая структура L-изоаспартилметилтрансферазы человека» . Ж. Биол. Хим . 277 (12): 10642–6. дои : 10.1074/jbc.M200229200 . ПМИД 11792715 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Джонсон Б.А., Наджбауэр Дж., Асвад Д.В. (март 1993 г.). «Накопление субстратов белка L-изоаспартилметилтрансферазы в клетках PC12, обработанных аденозиновым диальдегидом». Ж. Биол. Хим . 268 (9): 6174–81. ПМИД 8454593 .
^ Ямамото А, Такаги Х, Китамура Д, Тацуока Х, Накано Х, Кавано Х, Куроянаги Х, Яхаги Ю, Кобаяши С, Коидзуми К, Сакаи Т, Сайто К, Чиба Т, Кавамура К, Сузуки К, Ватанабэ Т, Мори Х , Ширасава Т. (март 1998 г.). «Дефицит белка L-изоаспартилметилтрансферазы приводит к фатальной прогрессирующей эпилепсии» . Дж. Нейроски . 18 (6): 2063–74. doi : 10.1523/JNEUROSCI.18-06-02063.1998 . ПМК 6792936 . ПМИД 9482793 .
^ О'Коннор MB, О'Коннор CM (май 1998 г.). «Выявлены сложные взаимодействия белка L-изоаспартилметилтрансферазы и кальмодулина с бигибридной системой дрожжей» . Ж. Биол. Хим . 273 (21): 12909–13. дои : 10.1074/jbc.273.21.12909 . ПМИД 9582322 .
^ Билодо Д., Беливо Р. (январь 1999 г.). «Ингибирование GTPgammaS-зависимого метилирования L-изоаспартилового белка ингибиторами тирозинкиназы в почках». Клетка. Сигнал . 11 (1): 45–52. дои : 10.1016/S0898-6568(98)00030-8 . ПМИД 10206344 .
^ Беннетт Э.Дж., Бьеррегард Дж., Кнапп Дж.Э., Чавус Д.А., Фридман А.М., Ройер В.Е., О'Коннор К.М. (ноябрь 2003 г.). «Каталитические последствия структуры белка L-изоаспартилметилтрансферазы дрозофилы и сайт-направленного мутагенеза». Биохимия . 42 (44): 12844–53. дои : 10.1021/bi034891+ . ПМИД 14596598 .

[Ryttersgaard-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с ПДБ : 1КР5 ; Риттерсгаард С., Гриффит СК, Савайя М.Р., Макларен округ Колумбия, Кларк С., Йейтс Т.О. (март 2002 г.). «Кристаллическая структура L-изоаспартилметилтрансферазы человека» . Ж. Биол. Хим . 277 (12): 10642–6. дои : 10.1074/jbc.M200229200 . ПМИД 11792715 .

[Johnson-2] Перейти обратно: ^а ^б Джонсон Б.А., Наджбауэр Дж., Асвад Д.В. (март 1993 г.). «Накопление субстратов белка L-изоаспартилметилтрансферазы в клетках PC12, обработанных аденозиновым диальдегидом». Ж. Биол. Хим . 268 (9): 6174–81. ПМИД 8454593 .

[Yamamoto-3] Ямамото А, Такаги Х, Китамура Д, Тацуока Х, Накано Х, Кавано Х, Куроянаги Х, Яхаги Ю, Кобаяши С, Коидзуми К, Сакаи Т, Сайто К, Чиба Т, Кавамура К, Сузуки К, Ватанабэ Т, Мори Х , Ширасава Т. (март 1998 г.). «Дефицит белка L-изоаспартилметилтрансферазы приводит к фатальной прогрессирующей эпилепсии» . Дж. Нейроски . 18 (6): 2063–74. doi : 10.1523/JNEUROSCI.18-06-02063.1998 . ПМК 6792936 . ПМИД 9482793 .

[O’Connor-4] О'Коннор MB, О'Коннор CM (май 1998 г.). «Выявлены сложные взаимодействия белка L-изоаспартилметилтрансферазы и кальмодулина с бигибридной системой дрожжей» . Ж. Биол. Хим . 273 (21): 12909–13. дои : 10.1074/jbc.273.21.12909 . ПМИД 9582322 .

[Bilodeau-5] Билодо Д., Беливо Р. (январь 1999 г.). «Ингибирование GTPgammaS-зависимого метилирования L-изоаспартилового белка ингибиторами тирозинкиназы в почках». Клетка. Сигнал . 11 (1): 45–52. дои : 10.1016/S0898-6568(98)00030-8 . ПМИД 10206344 .

[Bennett-6] Беннетт Э.Дж., Бьеррегард Дж., Кнапп Дж.Э., Чавус Д.А., Фридман А.М., Ройер В.Е., О'Коннор К.М. (ноябрь 2003 г.). «Каталитические последствия структуры белка L-изоаспартилметилтрансферазы дрозофилы и сайт-направленного мутагенеза». Биохимия . 42 (44): 12844–53. дои : 10.1021/bi034891+ . ПМИД 14596598 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

v т и Ферменты
Activity	Active site Binding site Catalytic triad Oxyanion hole Enzyme promiscuity Diffusion-limited enzyme Cofactor Enzyme catalysis
Regulation	Allosteric regulation Cooperativity Enzyme inhibitor Enzyme activator
Classification	EC number Enzyme superfamily Enzyme family List of enzymes
Kinetics	Enzyme kinetics Eadie–Hofstee diagram Hanes–Woolf plot Lineweaver–Burk plot Michaelis–Menten kinetics
Types	EC1 Oxidoreductases (list) EC2 Transferases (list) EC3 Hydrolases (list) EC4 Lyases (list) EC5 Isomerases (list) EC6 Ligases (list) EC7 Translocases (list)