Диагностическая микробиология

Диагностическая микробиология - это изучение идентификации микроорганизмов. С момента открытия микробной теории болезней ученые находили способы сбора конкретных организмов. Используя такие методы, как дифференциальная среда или секвенирование генома , врачи и ученые могут наблюдать новые функции организмов для более эффективной и точной диагностики организмов. Методы, используемые в диагностической микробиологии, часто используются для того, чтобы воспользоваться конкретными различиями в организмах и получить информацию о том, к какому виду их можно идентифицировать, что часто делается на основе ссылок на предыдущие исследования. Новые исследования предоставляют информацию, на которую другие могут ссылаться, чтобы ученые могли получить базовое представление об организме, который они изучают.

Аэробный против анаэробного

Анаэробным организмам необходима бескислородная среда. При культивировании анаэробных микробов бульоны часто продувают газообразным азотом, чтобы погасить присутствующий кислород, а рост также может происходить на средах в камере без присутствия кислорода. ^{[ 1 ]} потенциала можно добавить резазурин натрия Для определения окислительно-восстановительного . ^{[ 2 ]} Перед исследованием роста культуры следует инкубировать в бескислородной среде в течение 48 часов при температуре 35 °C. ^{[ 3 ]}

Коллекция анаэробных бактерий может поступать из различных источников в образцах пациентов, включая кровь, желчь, костный мозг, спинномозговую жидкость , прямой аспират легких, биопсию тканей из обычно стерильного участка, жидкость из обычно стерильного участка (например, сустава), , абсцесс, абсцесс брюшной полости или таза, ножевая, огнестрельная или хирургическая рана или сильный ожог. ^{[ 4 ]}

Продолжительность инкубации

Время инкубации варьируется в зависимости от микроба, который требуется культивировать. Например, традиционные методы культивирования требуют менее 24 часов для культивирования Escherichia coli , но 6–8 недель для успешного культивирования Mycobacterium Tuberculosis , прежде чем будут получены окончательные результаты. ^{[ 5 ]} Преимущество некультуральных тестов состоит в том, что врачи и микробиологи не испытывают затруднений в периодах ожидания.

Инкубация следует переменной кривой роста для каждого микроорганизма. Культуры следуют фазе лага, логарифма, стационарности и, наконец, смерти. ^{[ 6 ]} Лаг -фаза малоизвестна в микробиологии, но предполагается, что эта фаза состоит из того, что микроорганизм приспосабливается к окружающей среде путем синтеза белков, специфичных для окружающей среды обитания. ^{[ 6 ]} Логарифмическая фаза — это период, когда культура испытывает логарифмический рост до тех пор, пока питательные вещества не станут дефицитными. Стационарная фаза – это когда концентрация культуры самая высокая и клетки перестают размножаться. Когда питательные вещества в окружающей среде истощаются, организмы вступают в фазу смерти, когда токсичных метаболитов становится много, а питательные вещества истощаются до такой степени, что гибель клеток превышает размножение. ^{[ 5 ]}

Быстрая идентификация после посева

Автоматизированные системы культивирования

Автоматические системы культивирования клеток становятся популярными из-за их способности поддерживать стерильную среду роста и снимать нагрузку с персонала лаборатории, связанную с повторяющимися экспериментами. ^{[ 7 ]} Лаборатории также могут устанавливать время инкубации с учетом лагового периода, связанного с ростом бактерий.

Культуры крови

Культуры крови могут позволить получить диагностические результаты после посева. Недавняя разработка ПЦР- диагностики на основе ДНК обеспечила более быстрые диагностические результаты по сравнению с ночными биохимическими тестами. Диагностический тест ДНК может диагностировать почти с той же специфичностью, что и биохимический тест, что приводит к тому же диагностическому результату в 90% случаев. ^{[ 8 ]}

Дыхательные тесты

Дыхательный тест для диагностики микробов у пациентов использовался в клинических условиях для выявления бактерий, включая Helicobacter pylori . ^{[ 9 ]} Диагностический тест с использованием дыхания пациентов позволяет выявить выделяемые метаболиты, вырабатываемые инфекционным микроорганизмом. H. pylori тестируется путем тестирования пациентов на концентрацию CO ₂ , повышенную из-за способности организма превращать мочевину в другие производные. ^{[ 10 ]}

Обычные тесты

Обнаружение антител

Преимущество обнаружения антител ( ELISA ) заключается в том, что идентификация белка в микроорганизме происходит быстрее, чем вестерн-блоттинг . Обнаружение антител осуществляется путем прикрепления индикатора к антителу с известной специфичностью и наблюдения за тем, прикрепляется ли антитело. ^{[ 11 ]} ИФА также может указывать на наличие вируса и является высокоспецифичным, его специфичность обнаружения составляет 10. ⁻⁹-10 ⁻¹² обнаружение молей на литр. Зная эпитопную последовательность антитела, ELISA также можно использовать для обнаружения антигена в образце. ^{[ 12 ]}

Гистологическое обнаружение и посев

Гистологические методы, используемые в микробиологии, полезны из-за их способности быстро идентифицировать заболевание, присутствующее в биопсии ткани .

микроскопия

Окрашивание

Окрашивание, используемое при микробиологической идентификации, включает: окраску по Граму , кислотоустойчивую окраску , окраску по Гимзе , окраску тушью , окраску по Цилю-Нильсену .

Мокрая подготовка

Экспресс-тесты на антигены

Иммунофлуоресценция

Иммунофлуоресценция осуществляется путем производства антиантител с прикрепленной флуоресцентной молекулой, что делает ее хемилюминесцентной молекулой, которая обеспечивает свечение под воздействием ультрафиолетового света. ^{[ 13 ]} Антитела добавляются к бактериальному раствору, обеспечивая антиген для связывания флуоресцентных анти-антител.

Масс-спектрометрия

MALDI-TOF ( лазерная десорбция/ионизация с помощью матрицы - время пролета) представляет собой особый тип масс-спектрометрии , который способен идентифицировать микроорганизмы. Чистую культуру изолируют и наносят непосредственно на мишень из нержавеющей стали или одноразовую мишень. Клетки лизируются и покрываются матриксом, который образует белковые комплексы с бактериальными белками. MALDI запускает лазер и ионизирует белковые комплексы, которые разрываются и перемещаются вверх по вакууму, где они обнаруживаются на основе массы и заряда. Полученные спектры белков сравниваются с известной базой данных ранее каталогизированных организмов, что приводит к быстрой диагностике микроорганизмов. ^{[ 14 ]} Недавние исследования показали, что эти тесты могут стать достаточно специфичными для диагностики вплоть до подвидового уровня путем наблюдения за новыми биомаркерами . ^{[ 14 ]}

Для метода идентификации MALDI-TOF требуются чистые культуры возрастом менее 72 часов. Это переводит организм в лог-фазу с обилием рибосомальных белков, которые являются наиболее распространенными белками, обнаруживаемыми в спектрах. Идентификация с помощью этой технологии также может быть нарушена, если культура подвергается воздействию низких температур, поскольку это может изменить типичное распределение белка.

Системы идентификации микробов на основе биохимических профилей

Фенотипические тесты используются для идентификации микробов на основе метаболических и биохимических путей, присутствующих у этих микробов. ^{[ 15 ]} Существует множество автоматизированных и полуавтоматических коммерческих систем. Эти методы могут быть очень информативными, но не так точны, как MALDI-TOF или генотипические методы.

6,5% солевой бульон

Тест на 6,5%-ном солевом бульоне используется для анализа уровня толерантности различных бактерий в галофильных условиях. Этот тест используется потому, что большинство организмов не могут выжить при высоких концентрациях соли, в то время как стафилококки , энтерококки и аэрококки , как ожидается, переносят концентрацию NaCl 6,5%. ^{[ 16 ]}

Использование ацетата

Тест на утилизацию ацетата используется в первую очередь для дифференциации Escherichia coli от представителей рода Shigella . Многие штаммы Escherichia coli обладают способностью использовать ацетат в качестве единственного источника углерода и энергии, в то время как Shigella этого не делает. Поскольку утилизация ацетата приводит к повышению pH, добавляют индикатор, меняющий цвет в условиях утилизации ацетата.

ЗЕМЛЯ

Тест ALA ( дельта-аминолевулиновая кислота ) используется для проверки наличия соединений порфирина и цитохрома . Обнаружение синтеза гемина указывает на то, что этот организм, вероятно, является Haemophilus . ^{[ 17 ]}

Аминопептидаза

Тест на аминопептидазу анализирует бактерии на выработку фермента L-аланин-аминопептидазы, фермента, обнаруженного во многих грамотрицательных бактериях . Добавление гидрохлорида L-аланин-4-нитроанилида к бактериальной культуре действует как индикатор, меняя цвет на желтый в присутствии L-аланин-аминопептидазы. ^{[ 18 ]}

Индекс аналитического профиля

Система быстрого тестирования API 20NE, через день после нанесения образца

Индекс аналитического профиля — это система быстрой идентификации, основанная на биохимических инкубационных тестах. Обычно этот тест используется для быстрой диагностики клинически значимых бактерий, позволяя врачам проводить около 20 тестов одновременно. ^{[ 19 ]}

Антибиотические диски

Диски с антибиотиком используются для проверки способности антибиотика подавлять рост микроорганизма. Этот метод, который обычно используется с агаром Мюллера-Хинтона , заключается в равномерном посеве бактерий на чашку Петри и наложении обработанного антибиотиком диска на верхнюю часть агара. Наблюдая за кольцом, образующимся вокруг диска, образовавшегося из-за отсутствия роста бактерий, можно обнаружить зону торможения , по которой определяют чувствительность организма к антибиотику. ^{[ 19 ]}

Желчно-скулиновый агар

Тест на эскулин желчи используется для дифференциации представителей рода Enterococcus от Streptococcus . ^{[ нужна ссылка ]}

Растворимость в желчи

Растворимость в желчи используется для проверки на Streptococcus Pneumoniae из-за их уникальной способности лизировать дезоксихолатом натрия . Лизис указывает на S. Pneumoniae, а отсутствие лизиса — нет. ^{[ 20 ]}

ЛАГЕРЬ

Тест CAMP используется для дифференциации Streptococcus agalactiae и других видов бета-гемолитических стрептококков. В этом биохимическом тесте используется тот факт, что Streptococcus agalactiae выделяет вещество CAMP, что делает его немного более гемолитическим, что можно наблюдать на кровяном агаре. ^{[ 21 ]}

Каталаза

Тест на каталазу проверяет, вырабатывает ли микроб фермент каталазу, который катализирует расщепление перекиси водорода. Нанесение образца колонии на предметное стекло и добавление раствора перекиси водорода (3% H ₂ O ₂ ) покажет, присутствует ли фермент или нет. Пузырение — положительный тест, а отсутствие событий — отрицательный результат. ^{[ 22 ]}

цетримидный агар

Скошенный цетримидный агар представляет собой селективный агар, используемый для выделения Pseudomonas aeruginosa .

CLO-тесты

Тест CLO используется для диагностики H. Pylori при биопсии пациентов. Образец биопсии помещают в среду, содержащую мочевину , которую H. Pylori может использовать в некоторых своих биохимических путях. Потребление мочевины указывает на положительный результат теста. ^{[ 23 ]}

Коагулаза

Тест на коагулазу определяет, может ли организм вырабатывать фермент коагулазу, который вызывает фибрина свертывание . Заражение пробирки с плазмой микробом показывает, вырабатывается ли коагулаза. Сгусток указывает на наличие коагулазы, а отсутствие сгустка указывает на отсутствие коагулазы. ^{[ 24 ]}

гидролиз ДНК

Агар с ДНКазой используется для проверки способности микроба вырабатывать экзофермент дезоксирибонуклеазу (ДНазу), которая гидролизует ДНК. Метиловый зеленый используется в качестве индикатора в питательной среде, поскольку представляет собой катион, обеспечивающий непрозрачность среды с наличием отрицательно заряженных нитей ДНК. Когда ДНК расщепляется, среда становится прозрачной, что свидетельствует о наличии активности ДНКазы. Гидролиз ДНК проверяется путем выращивания организма на чашке с ДНКазным тестовым агаром (содержащим питательные вещества и ДНК) и последующей проверкой чашки на гидролиз. На агаровой пластинке имеется комплекс ДНК-метиловый зеленый, и если организм на агаре гидролизует ДНК, то зеленый цвет тускнеет и колония окружается бесцветной зоной. ^{[ 25 ]}

Желатин

Желатиновый тест используется для анализа того, может ли микроб гидролизовать желатин с помощью фермента желатиназы . Желатин делает агар твердым, поэтому, если организм может вырабатывать желатиназу и потреблять желатин в качестве источника энергии и углерода, во время роста агар станет жидким. ^{[ 26 ]}

Gonocheck II

Тест Гоночека II, коммерческий биохимический тест, используется для дифференциации Neisseria Lactamica , Neisseria meningitidis , N. gonorrhoeae и Moraxella cataralis. Принцип этого теста заключается в использовании собственных ферментов организма для создания окрашенного продукта в присутствии чужеродных молекул. В тесте используется химическое вещество 5-бром-4-хлор-3-индолил-бета-D-галактозид, поскольку N. Lactamica может гидролизовать его с образованием β- галактозидазы , превращая раствор в синий цвет. Гамма-глутамил-п-нитроанилид добавляется к раствору, чтобы определить, является ли бактерия N. meningitides, которая гидролизует молекулу ферментом гамма-глутамиламинопептидазой с образованием желтого конечного продукта. Пролил-4-метоксинафтиламид используется в растворе для идентификации N. gonorrhoeae из-за его способности гидролизовать молекулу ферментом гидроксипролиламинопептидазой, образуя красно-розовое производное. M. cataralis не содержит ни одного из этих ферментов, что делает раствор бесцветным. В общей сложности этот процесс идентификации занимает около 30 минут. ^{[ 27 ]}

Гиппурат

Диагностический тест с гиппуратом используется для дифференциации Gardnerella vaginalis , Campylobacter jejuni , Listeria monocytogenes и стрептококков группы B с использованием химического вещества гиппурат. Путь гидролиза гиппурата, на который способны организмы с необходимыми ферментами, производит глицин в качестве побочного продукта. Использование индикатора нингидрина , меняющего цвет в присутствии глицина, покажет либо бесцветный продукт – отрицательный результат, темно-синего цвета – положительный результат. ^{[ 28 ]}

Индол-бутиратный диск

Индол -бутиратный диск используется для дифференциации Neisseria gonorrhoeae (отрицательный результат) и Moraxella cataralis (положительный результат). В этом тесте используется бутиратный диск, который при смазывании культурой меняет цвет при положительном результате после 5 минут инкубации. Синий цвет – результат положительного теста. ^{[ 29 ]}

Лизин-железо-агар скошенный

Скошенный тест на лизин-железо-агаре используется, чтобы определить, может ли организм декарбоксилировать лизин и/или производить сероводород .

Лизостафин

Лизостафиновый тест используется для дифференциации бактерий Staphylococcus и Micrococcus . Лизостафин может лизировать стафилококк, но бактерии Micrococcus устойчивы к этому химическому веществу. ^{[ 30 ]}

Метиловый красный тест

Тест с метиловым красным используется для анализа того, производит ли бактерия кислоты в результате ферментации сахара. ^{[ нужна ссылка ]}

Микродаза

Микродаза — это модифицированный оксидазный тест, используемый для дифференциации микрококков от стафилококков путем тестирования на наличие цитохрома с . Положительный результат дает темный цвет вокруг инокулянта, тогда как отрицательный результат не приводит к изменению цвета. ^{[ 31 ]}

Нитритный тест

Нитритный тест обычно используется для диагностики инфекций мочевыводящих путей путем измерения концентрации нитрита в растворе, что указывает на присутствие грамотрицательных микроорганизмов. Простой тест на нитрит можно провести, добавив к образцу 4 М серной кислоты до тех пор, пока он не станет кислым, а затем добавив к раствору 0,1 М сульфата железа (II). О положительном тесте на нитрит свидетельствует темно-коричневый раствор, образующийся из комплексного иона оксида железа и оксида азота. ^{[ нужна ссылка ]}

Оксидаза

Тест на оксидазу показывает, является ли микроб аэробным. Используя химическое вещество N,N,N,N-тетраметил-1,4-фенилендиамин , акцептор электронов, который меняет цвет при окислении цитохром-с-оксидазой , можно сделать вывод, может ли микроб выполнять аэробное дыхание. Изменение цвета на фиолетовый указывает на окислительное дыхание, тогда как отсутствие изменения цвета свидетельствует о том, что в организме нет цитохром с-оксидазы. ^{[ 22 ]}

Фенилаланиндезаминаза

Тест на фенилаланиндезаминазу используется, чтобы определить, может ли организм вырабатывать фермент деаминазу. Деаминаза — это фермент, который может дезаминировать аминокислоту фенилаланин до продуктов аммиак и фенилпировиноградную кислоту . Тест проводится путем добавления фенилаланина в питательную среду и обеспечения роста. После инкубации к раствору добавляют 10% хлорид железа , который вступает в реакцию с находящейся в растворе фенилпировиноградной кислотой с образованием темно-зеленого цвета, что приводит к положительному результату теста. ^{[ 32 ]}

ПИР

PYR-тест используется для проверки наличия в организме ферментов, гидролизующих L-пирролидонил-β-нафтиламид. Положительный результат указывает на то, что микроорганизм представляет собой стрептококк группы А и/или энтерококк группы D. ^{[ 33 ]}

Обратный лагерь

Обратный тест CAMP использует синергетические гемолитические способности фактора CAMP, продуцируемого Streptococcus agalactiae, с α-токсином, продуцируемым Clostridium perfringens . Нанесение штрихов этими двумя организмами перпендикулярно друг другу на пластинку с кровяным агаром приведет к очистке кровяного агара по принципу «галстука-бабочки» за счет гемолитических способностей токсинов двух организмов. Инкубация требует 24 часов при температуре 37 °C. ^{[ 34 ]}

Цитратный агар Симмонса

Цитратный агар Симмонса используется для проверки того, может ли организм использовать цитрат в качестве единственного источника углерода. ^{[ нужна ссылка ]}

Точечный индол

Точечный индоловый тест используется для определения способности микроба дезаминировать триптофан с образованием индола . Этот тест проводится путем насыщения кусочка фильтровальной бумаги реагентом Индола Ковача и соскабливания части микробов с бумаги. Изменение цвета до розово-красного указывает на положительный результат, тогда как отсутствие изменения цвета указывает на отсутствие триптофаназы . ^{[ 35 ]}

Сульфидно-индольная подвижная среда

Сульфидно -индоловая среда для подвижности представляет собой трехэтапный тест на способность организма восстанавливать сульфаты, вырабатывать индолы и подвижность. ^{[ нужна ссылка ]}

TSI наклон

Тест на тройное сахарное железо (TSI) представляет собой дифференциальную среду, используемую для определения того, может ли организм ферментировать глюкозу, сахарозу и/или лактозу и может ли организм производить газообразный сероводород. ^{[ 36 ]}

Скошенный агар с мочевиной

Скошенный уреазный агар используется для измерения способности организма вырабатывать уреазу , фермент, способный расщеплять мочевину в диоксиде углерода и аммиаке путем гидролиза. Поскольку аммиак является щелочным веществом, среда содержит феноловый красный — индикатор, цвет которого меняется с оранжевого на розовый при повышении pH выше 8,1. Когда концентрация аммиака увеличивается до достаточно высоких концентраций, среда меняет цвет на розовый, что указывает на наличие продукции уреазы. ^{[ 37 ]}

Voges–Proskauer test

Тест Фогеса-Проскауэра определяет, производит ли бактерия продукт ацетоин в результате переваривания глюкозы. ^{[ 38 ]}

Идентификация на основе клеточных жирных кислот

Анализ миколевой кислоты

Анализ миколевой кислоты стал развивающейся областью исследований газожидкостной хроматографии , поскольку он предлагает решение для замедления скорости роста микобактерий . Миколевая кислота — это жирная кислота, обнаруженная при заболевании туберкулезом , которая представляет собой химическую мишень для поиска диагностов. ^{[ 39 ]}

Методы экстракции нуклеиновых кислот

Центрифугирование в градиенте плотности хлорида цезия/бромида этидия

При высокоскоростном ультрацентрифугировании с плавучей плотностью создается градиент плотности хлорида цезия в воде. ДНК достигнет той плотности, которая отражает ее собственную, а бромид этидия , чтобы улучшить визуальные эффекты, которые обеспечивает полоса нуклеиновой кислоты. затем добавляется ^{[ 40 ]}

Метод магнитных шариков

Были разработаны новые методы экстракции с использованием магнитных шариков для очистки нуклеиновых кислот за счет использования заряженной и полимерной природы длинной цепи ДНК. Оба шарика не имеют покрытия для увеличения площади поверхности и урожайности, в то время как другие более селективны, поскольку покрыты функциональными группами, которые взаимодействуют с полимерами, присутствующими в микробах. ^{[ 41 ]} Одним из распространенных методов является использование полиэтиленгликоля для связывания ДНК с магнитными шариками. Молекулярная масса и концентрация ПЭГ будут контролировать молекулярную массу ДНК, с которой связывается.

Фенол-хлороформная экстракция

Фенол-хлороформная экстракция — это жидкостно-жидкостный метод, используемый биохимиками для отделения нуклеиновых кислот от белков и липидов после лизиса клеток. ^{[ 42 ]} ^{[ нужна ссылка ]} Этот метод потерял популярность у ученых и микробиологов, поскольку существуют более простые методы, требующие менее опасных химикатов.

Твердофазная экстракция

Твердофазная экстракция , которая отделяет длинные полимеры, такие как ДНК, от других веществ, обнаруженных в клетках. Это похоже на магнитные шарики, где твердая фаза фиксируется и избирательно связывает клеточный компонент, позволяя его изолировать.

Методы с электрофоретическим выходом

Гель-электрофорез — это метод разделения макромолекул с использованием заряда многих молекул, обнаруженных в нуклеиновых кислотах и белках. Это также ключевой метод секвенирования по Сэнгеру. Флуоресцентно-меченные фрагменты ДНК проходят через полимер и разделяются с точностью до одного основания. Лазер возбуждает флуоресцентную метку и фиксируется камерой. Результатом является электрофореграмма, считывающая последовательность ДНК.

На основе ферментов рестрикции

Оптическое картографирование

Оптическое картирование — это метод, использующий множество ферментов рестрикции для создания геномного «штрих-кода», на который можно ссылаться для диагностики неизвестного микроба.

Гель-электрофорез в импульсном поле

Гель-электрофорез в импульсном поле — это метод, используемый для разделения больших ДНК в электрическом поле, которое периодически меняет направление. Разрезая сегменты ДНК ферментами рестрикции , можно использовать импульсное поле для разделения сегментов ДНК.

Рестрикционные ферменты, затем гель-электрофорез

Ферменты рестрикции сначала используются для распознавания, а затем разрезания определенных последовательностей нуклеиновых кислот. Эти вырезанные фрагменты ДНК можно провести через гель-электрофорез, чтобы обеспечить диагностику организма, сверяясь с предыдущими результатами гель-электрофореза.

Риботипирование

Риботипирование — быстрый автоматизированный метод микробной диагностики, тестирования рРНК в бактериях с использованием расщепления ферментами рестрикции и технологии Саузерн-блоттинга. ^{[ 43 ]}

на основе ПЦР

Анализ множественных локусов VNTR

Анализ множественных локусов VNTR — это тест, используемый для обнаружения тандемных повторов с переменным числом , которые действуют как отпечатки пальцев ДНК в микробной диагностике. ^{[ 44 ]}

Методы, основанные на последовательностях ДНК

Типирование мультилокусной последовательности

Типирование мультилокусных последовательностей (MLST) — это секвенирование многочисленных локусов для диагностики организма путем сравнения последовательностей ДНК с базой данных известных организмов. ^{[ 45 ]}^{[ 46 ]} Этот метод часто используется для сравнения изолятов или штаммов одного и того же вида, чтобы увидеть, неотличимы ли они или отличаются друг от друга. Это обычное дело для отслеживания болезней пищевого происхождения и вспышек заболеваний общественного здравоохранения. Большинство анализов MLST публикуются в научных журналах, поэтому во всем мире используются последовательные методы. Существуют также общедоступные базы данных для отслеживания и сравнения.

Типирование последовательности одного локуса

Типирование последовательностей одного локуса (SLST) — это секвенирование одного локуса организма для получения данных, которые можно использовать для сравнения уровней штаммов между изолятами одного и того же вида. ^{[ 47 ]}

Генотипическая идентификация

Для идентификации бактерий микробиологи секвенируют ген 16S рРНК, а для идентификации грибов секвенируют области ITS. Обе области являются частью рибосомного оперона, поэтому они хорошо консервативны, но обеспечивают достаточную изменчивость, позволяющую видообразование. Точная идентификация требует высококачественных данных о последовательностях, надежного анализа данных и широкой микробной базы данных известных организмов. Для идентификации также полезно использовать дерево объединения соседей или какой-либо другой филогенетический подход.

Полногеномное секвенирование (WGS)

Приложения полногеномного секвенирования и геномики можно использовать для крупномасштабного сопоставления и сравнительного анализа как с бактериями, так и с грибами. WGS можно использовать для диагностики, идентификации или характеристики организма вплоть до отдельных пар оснований путем секвенирования всего генома. ^{[ 48 ]} WGS также может использоваться для сравнения геномов или средней нуклеотидной идентичности (ANI) общих генов между двумя штаммами и может быть надежным способом сравнения генетического родства, а также, если его часто использовать для исследования организмов, вовлеченных в болезни пищевого происхождения и другие вспышки.

Ссылки

^ Штигльмайер, Микаэла; Вирт, Рейнхард; Кминек, Герхард; Мойссль-Айхингер, Кристина (1 июня 2009 г.). «Культивирование анаэробных и факультативно анаэробных бактерий в чистых помещениях космических кораблей» . Прикладная и экологическая микробиология . 75 (11): 3484–3491. Бибкод : 2009ApEnM..75.3484S . дои : 10.1128/АЕМ.02565-08 . ISSN 0099-2240 . ПМЦ 2687301 . ПМИД 19363082 .
^ Пубхим. «Ресазурина натриевая соль | C12H6NNaO4 — ПабХим» . pubchem.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 3 апреля 2017 г.
^ «Культивирование анаэробных бактерий - процедура, кровь, осложнения, время, инфекция, виды, дети, определение» . www.surgeryencyclepedia.com . Проверено 3 апреля 2017 г.
^ Пфайффер, Габи Э.; Виттвер, Франциска (3 апреля 2017 г.). «Время инкубации микобактериальных культур: сколько времени достаточно, чтобы выдать клиницисту окончательный отрицательный отчет?» . Журнал клинической микробиологии . 50 (12): 4188–4189. дои : 10.1128/JCM.02283-12 . ISSN 0095-1137 . ПМК 3502948 . ПМИД 23052304 .
^ Jump up to: ^а ^б «Среда роста бактерий» . ЭКСПТЕК .
^ Jump up to: ^а ^б Рольф, Мэтью Д.; Райс, Кристофер Дж.; Луккини, Саша; Пин, Кармен; Томпсон, Артур; Кэмерон, Эндрю Д.С.; Олстон, Марк; Стрингер, Майкл Ф.; Беттс, Рой П. (3 апреля 2017 г.). «Лаг-фаза — это особая фаза роста, которая подготавливает бактерии к экспоненциальному росту и включает в себя временное накопление металлов» . Журнал бактериологии . 194 (3): 686–701. дои : 10.1128/JB.06112-11 . ISSN 0021-9193 . ПМК 3264077 . ПМИД 22139505 .
^ Кемпнер, Мария Э.; Фелдер, Робин А. (1 апреля 2002 г.). «Обзор автоматизации клеточных культур» . Журнал Ассоциации автоматизации лабораторий . 7 (2): 56–62. дои : 10.1016/S1535-5535-04-00183-2 . ISSN 1535-5535 .
^ Гаибани, Паоло (2009). «Системы культуры крови: быстрое обнаружение – как и почему?». Международный журнал противомикробных средств . 34 : С13–С15. дои : 10.1016/S0924-8579(09)70559-X . ПМИД 19931809 .
^ «Тест на H. Pylori с использованием диагностического дыхательного теста» . Кливлендская клиника . Проверено 3 апреля 2017 г.
^ «Тесты на H. pylori: Медицинская энциклопедия MedlinePlus» . medlineplus.gov . Проверено 3 апреля 2017 г.
^ «Обнаружение антигенов или антител методом ИФА» . www.virology.ws . 16 июля 2010 г. Проверено 3 апреля 2017 г.
^ Грандьен, М. (1 мая 1996 г.). «Вирусная диагностика методами обнаружения антигенов». Клинико-диагностическая вирусология . 5 (2–3): 81–90. дои : 10.1016/0928-0197(96)00209-7 . ISSN 0928-0197 . ПМИД 15566866 .
^ «Непрямая иммунофлуоресценция: простой и современный метод» . ЕВРОИММУН США, Inc. Проверено 3 апреля 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б Красиво, Лукас; Хайнек, Радован; Хохель, Игорь (01 ноября 2013 г.). «Идентификация бактерий методами масс-спектрометрии». Международный журнал масс-спектрометрии . 353 : 67–79. Бибкод : 2013IJMSp.353...67K . дои : 10.1016/j.ijms.2013.04.016 .
^ «Важность биохимических тестов бактерий» . YourArticleLibrary.com: Библиотека следующего поколения . 18 февраля 2014 г. Проверено 3 апреля 2017 г.
^ «Добро пожаловать в Microbugz — тест на толерантность к соли 6,5%» . www.austincc.edu . Проверено 3 апреля 2017 г.
^ «Дифференциационные диски ALA для идентификации видов Haemphilus» . каталог.hardydiagnostics.com . Проверено 3 апреля 2017 г.
^ Эрнандес Молина, JM; Мартинес, А.; Вайн, MC; Ортега, Мичиган (1 декабря 1991 г.). «[Полезность теста L-аланин-аминопептидазы для дифференциации структуры клеточной стенки бактерий]». Инфекционные болезни и клиническая микробиология . 9 (10): 637–639. ISSN 0213-005X . ПМИД 1726575 .
^ Jump up to: ^а ^б «Примеры методов тестирования чувствительности к антибиотикам — сайт изучения устойчивости к противомикробным препаратам для студентов-ветеринаров» . amrls.cvm.msu.edu . Проверено 3 апреля 2017 г.
^ Тан, И-Вэй (2013). Передовые методы диагностической микробиологии . Департамент лабораторной медицины Мемориальный онкологический центр Слоана-Кеттеринга, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк, США: Springer. п. 90. ИСБН 978-1-4614-3969-1 .
^ «КАМП-тест» . iws2.collin.edu . Архивировано из оригинала 4 мая 2017 г. Проверено 3 апреля 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б «Тест на каталазу и оксидазу» (PDF) . Остин CC .
^ «Тест CLO: причины, порядок действий и результаты» . www.medicalhealthtests.com . Проверено 3 апреля 2017 г.
^ «Добро пожаловать в Microbugz — тест на коагулазу» . www.austincc.edu . Проверено 3 апреля 2017 г.
^ «Добро пожаловать в Microbugz — тест ДНКазы» . www.austincc.edu . Проверено 3 апреля 2017 г.
^ «Тест гидролиза желатина» . www.vumicro.com . Проверено 3 апреля 2017 г.
^ «Тест на ферментный субстрат — Гонорея — Информация о ЗППП от CDC» . www.cdc.gov . Проверено 3 апреля 2017 г.
^ «Гиппуратный тест для выявления Gardnerella vaginalis, кампилобактерий, листерий, стрептококка группы В» . каталог.hardydiagnostics.com . Проверено 3 апреля 2017 г.
^ «Тест с бутиратным диском: принцип, процедура, результаты и использование - microbeonline» . микробеонлайн . 25 мая 2015 г. Проверено 3 апреля 2017 г.
^ Гири, К; Стивенс, М. (1 июня 1986 г.). «Быстрый лизостафиновый тест для дифференциации видов стафилококков и микрококков» . Журнал клинической микробиологии . 23 (6): 1044–1045. doi : 10.1128/JCM.23.6.1044-1045.1986 . ISSN 0095-1137 . ПМЦ 268789 . ПМИД 3519667 .
^ «Модифицированный тест на оксидазу (микродаза): принцип, процедура и использование - microbeonline» . микробеонлайн . 30 октября 2015 г. Проверено 3 апреля 2017 г.
^ «Добро пожаловать в Microbugz — тест на фенилаланиндезаминазу» . www.austincc.edu . Проверено 3 апреля 2017 г.
^ «Определения ClinicMicro» . www.antimicrobe.org . Проверено 3 апреля 2017 г.
^ «Обратный CAMP-тест для выявления Clostridium perfringens» . Заметки по микробиологии . 24 сентября 2015 г. Проверено 3 апреля 2017 г.
^ «ИНДОЛ ТЕСТ | Руководства студенческого медицинского центра» . shs-manual.ucsc.edu . Проверено 3 апреля 2017 г.
^ Томпсон, Райан; Перри, Джон Д.; Стэнфорт, Стивен П.; Дин, Джон Р. (1 июля 2018 г.). «Быстрое обнаружение сероводорода, продуцируемого патогенными бактериями, в целенаправленной питательной среде с использованием SHS-MCC-GC-IMS» (PDF) . Микрохимический журнал . 140 : 232–240. дои : 10.1016/j.microc.2018.04.026 . S2CID 104134082 .
^ «Уреазный тест – принцип, среда, процедура и результат» . Интернет-заметки по микробиологии . 20 сентября 2015 г. Проверено 3 апреля 2017 г.
^ Макфаддин, Дж. Ф. 1980. Биохимические тесты для идентификации медицинских бактерий, 2-е изд. Уильямс и Уилкинс, Балтимор
^ Уэлч, Д.Ф. (1 октября 1991 г.). «Применение клеточного анализа жирных кислот» . Обзоры клинической микробиологии . 4 (4): 422–438. дои : 10.1128/cmr.4.4.422 . ISSN 0893-8512 . ПМК 358210 . ПМИД 1747860 .
^ Карр, доктор Стивен М. «Центрифугирование в градиенте плотности CsCl» . www.mun.ca. Проверено 3 апреля 2017 г.
^ Мартинес, Луис. «Магнитная очистка ДНК: история и последние разработки» . Проверено 3 апреля 2017 г.
^ Маккирнан, Дэниэлсон, HE, PB (2017). Молекулярная диагностика (Третье изд.). Денвер, Колорадо: Academic Press. стр. 371–394. ISBN 978-0-12-802971-8 . {{cite book}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
^ Янежич, Сандра; Штрумбель, Изток; Рупник, Майя (1 августа 2011 г.). «Использование модифицированного ПЦР-риботипирования для прямого обнаружения риботипов Clostridium difficile в образцах стула» . Журнал клинической микробиологии . 49 (8): 3024–3025. дои : 10.1128/JCM.01013-11 . ISSN 0095-1137 . ПМК 3147761 . ПМИД 21632902 .
^ Дайот, Сандрин; Лебер, Жереми; Аргеми, Ксавьер; Франсуа, Патрис; Леме, Людовик; Прево, Жиль; Пестель-Карон, Мартина (3 августа 2018 г.). «Анализ тандемных повторов с множественными локусами и переменными числами (MLVA) и типирование тандемных повторных последовательностей (TRST), полезные инструменты для подтипирования Staphylococcus lugdunensis» . Научные отчеты . 8 (1): 11669. Бибкод : 2018NatSR...811669D . дои : 10.1038/s41598-018-30144-y . ISSN 2045-2322 . ПМК 6076266 . ПМИД 30076395 .
^ Белен, Ана; Павон, Ибарс; Мейден, Мартин CJ (2009). «Типирование мультилокусных последовательностей». Молекулярная эпидемиология микроорганизмов . Методы молекулярной биологии. Том. 551. стр. 129–140. дои : 10.1007/978-1-60327-999-4_11 . ISBN 978-1-60327-998-7 . ISSN 1064-3745 . ПМЦ 3988353 . ПМИД 19521872 .
^ Ларсен, Метте В.; Косентино, Сальваторе; Расмуссен, Саймон; Фриис, Карстен; Хасман, Хенрик; Марвиг, Расмус Ликке; Елсбак, Ларс; Зихеритц-Понтен, Томас; Ассери, Дэвид В.; Аареструп, Фрэнк М.; Лунд, Оле (01 апреля 2012 г.). «Мультилокусное секвенированное типирование бактерий, секвенированных тотальным геномом» . Журнал клинической микробиологии . 50 (4): 1355–1361. дои : 10.1128/JCM.06094-11 . ISSN 0095-1137 . ПМК 3318499 . ПМИД 22238442 .
^ Шольц, Кристиан Ф.П.; Дженсен, Андерс; Ломхольт, Ганс Б.; Брюггеманн, Хольгер; Килиан, Могенс (11 августа 2014 г.). «Новая схема типирования одиночных локусных последовательностей высокого разрешения для смешанных популяций Propionibacterium Acnes In Vivo» . ПЛОС ОДИН . 9 (8): e104199. Бибкод : 2014PLoSO...9j4199S . дои : 10.1371/journal.pone.0104199 . ISSN 1932-6203 . ПМК 4128656 . ПМИД 25111794 .
^ Ву, Сюэлин; Ву, Сяоянь; Шен, Ли; Ли, Цзяокунь; Ю, Ранлан; Лю, Юаньдун; Цю, Гуаньчжоу; Цзэн, Вэйминь (2019). «Полногеномное секвенирование и сравнительный геномный анализ Pandoraea sp. XY-2, нового вида, способного биоразлагать тетрациклин» . Границы микробиологии . 10:33 . дои : 10.3389/fmicb.2019.00033 . ISSN 1664-302X . ПМК 6361800 . ПМИД 30761094 .

[1] Штигльмайер, Микаэла; Вирт, Рейнхард; Кминек, Герхард; Мойссль-Айхингер, Кристина (1 июня 2009 г.). «Культивирование анаэробных и факультативно анаэробных бактерий в чистых помещениях космических кораблей» . Прикладная и экологическая микробиология . 75 (11): 3484–3491. Бибкод : 2009ApEnM..75.3484S . дои : 10.1128/АЕМ.02565-08 . ISSN 0099-2240 . ПМЦ 2687301 . ПМИД 19363082 .

[2] Пубхим. «Ресазурина натриевая соль | C12H6NNaO4 — ПабХим» . pubchem.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 3 апреля 2017 г.

[3] «Культивирование анаэробных бактерий - процедура, кровь, осложнения, время, инфекция, виды, дети, определение» . www.surgeryencyclepedia.com . Проверено 3 апреля 2017 г.

[4] Пфайффер, Габи Э.; Виттвер, Франциска (3 апреля 2017 г.). «Время инкубации микобактериальных культур: сколько времени достаточно, чтобы выдать клиницисту окончательный отрицательный отчет?» . Журнал клинической микробиологии . 50 (12): 4188–4189. дои : 10.1128/JCM.02283-12 . ISSN 0095-1137 . ПМК 3502948 . ПМИД 23052304 .

[:0-5] Jump up to: ^а ^б «Среда роста бактерий» . ЭКСПТЕК .

[:1-6] Jump up to: ^а ^б Рольф, Мэтью Д.; Райс, Кристофер Дж.; Луккини, Саша; Пин, Кармен; Томпсон, Артур; Кэмерон, Эндрю Д.С.; Олстон, Марк; Стрингер, Майкл Ф.; Беттс, Рой П. (3 апреля 2017 г.). «Лаг-фаза — это особая фаза роста, которая подготавливает бактерии к экспоненциальному росту и включает в себя временное накопление металлов» . Журнал бактериологии . 194 (3): 686–701. дои : 10.1128/JB.06112-11 . ISSN 0021-9193 . ПМК 3264077 . ПМИД 22139505 .

[7] Кемпнер, Мария Э.; Фелдер, Робин А. (1 апреля 2002 г.). «Обзор автоматизации клеточных культур» . Журнал Ассоциации автоматизации лабораторий . 7 (2): 56–62. дои : 10.1016/S1535-5535-04-00183-2 . ISSN 1535-5535 .

[8] Гаибани, Паоло (2009). «Системы культуры крови: быстрое обнаружение – как и почему?». Международный журнал противомикробных средств . 34 : С13–С15. дои : 10.1016/S0924-8579(09)70559-X . ПМИД 19931809 .

[9] «Тест на H. Pylori с использованием диагностического дыхательного теста» . Кливлендская клиника . Проверено 3 апреля 2017 г.

[10] «Тесты на H. pylori: Медицинская энциклопедия MedlinePlus» . medlineplus.gov . Проверено 3 апреля 2017 г.

[11] «Обнаружение антигенов или антител методом ИФА» . www.virology.ws . 16 июля 2010 г. Проверено 3 апреля 2017 г.

[12] Грандьен, М. (1 мая 1996 г.). «Вирусная диагностика методами обнаружения антигенов». Клинико-диагностическая вирусология . 5 (2–3): 81–90. дои : 10.1016/0928-0197(96)00209-7 . ISSN 0928-0197 . ПМИД 15566866 .

[13] «Непрямая иммунофлуоресценция: простой и современный метод» . ЕВРОИММУН США, Inc. Проверено 3 апреля 2017 г.

[:2-14] Jump up to: ^а ^б Красиво, Лукас; Хайнек, Радован; Хохель, Игорь (01 ноября 2013 г.). «Идентификация бактерий методами масс-спектрометрии». Международный журнал масс-спектрометрии . 353 : 67–79. Бибкод : 2013IJMSp.353...67K . дои : 10.1016/j.ijms.2013.04.016 .

[15] «Важность биохимических тестов бактерий» . YourArticleLibrary.com: Библиотека следующего поколения . 18 февраля 2014 г. Проверено 3 апреля 2017 г.

[16] «Добро пожаловать в Microbugz — тест на толерантность к соли 6,5%» . www.austincc.edu . Проверено 3 апреля 2017 г.

[17] «Дифференциационные диски ALA для идентификации видов Haemphilus» . каталог.hardydiagnostics.com . Проверено 3 апреля 2017 г.

[18] Эрнандес Молина, JM; Мартинес, А.; Вайн, MC; Ортега, Мичиган (1 декабря 1991 г.). «[Полезность теста L-аланин-аминопептидазы для дифференциации структуры клеточной стенки бактерий]». Инфекционные болезни и клиническая микробиология . 9 (10): 637–639. ISSN 0213-005X . ПМИД 1726575 .

[amrls.cvm.msu.edu-19] Jump up to: ^а ^б «Примеры методов тестирования чувствительности к антибиотикам — сайт изучения устойчивости к противомикробным препаратам для студентов-ветеринаров» . amrls.cvm.msu.edu . Проверено 3 апреля 2017 г.

[20] Тан, И-Вэй (2013). Передовые методы диагностической микробиологии . Департамент лабораторной медицины Мемориальный онкологический центр Слоана-Кеттеринга, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк, США: Springer. п. 90. ИСБН 978-1-4614-3969-1 .

[21] «КАМП-тест» . iws2.collin.edu . Архивировано из оригинала 4 мая 2017 г. Проверено 3 апреля 2017 г.

[:3-22] Jump up to: ^а ^б «Тест на каталазу и оксидазу» (PDF) . Остин CC .

[23] «Тест CLO: причины, порядок действий и результаты» . www.medicalhealthtests.com . Проверено 3 апреля 2017 г.

[24] «Добро пожаловать в Microbugz — тест на коагулазу» . www.austincc.edu . Проверено 3 апреля 2017 г.

[25] «Добро пожаловать в Microbugz — тест ДНКазы» . www.austincc.edu . Проверено 3 апреля 2017 г.

[26] «Тест гидролиза желатина» . www.vumicro.com . Проверено 3 апреля 2017 г.

[27] «Тест на ферментный субстрат — Гонорея — Информация о ЗППП от CDC» . www.cdc.gov . Проверено 3 апреля 2017 г.

[28] «Гиппуратный тест для выявления Gardnerella vaginalis, кампилобактерий, листерий, стрептококка группы В» . каталог.hardydiagnostics.com . Проверено 3 апреля 2017 г.

[29] «Тест с бутиратным диском: принцип, процедура, результаты и использование - microbeonline» . микробеонлайн . 25 мая 2015 г. Проверено 3 апреля 2017 г.

[30] Гири, К; Стивенс, М. (1 июня 1986 г.). «Быстрый лизостафиновый тест для дифференциации видов стафилококков и микрококков» . Журнал клинической микробиологии . 23 (6): 1044–1045. doi : 10.1128/JCM.23.6.1044-1045.1986 . ISSN 0095-1137 . ПМЦ 268789 . ПМИД 3519667 .

[31] «Модифицированный тест на оксидазу (микродаза): принцип, процедура и использование - microbeonline» . микробеонлайн . 30 октября 2015 г. Проверено 3 апреля 2017 г.

[32] «Добро пожаловать в Microbugz — тест на фенилаланиндезаминазу» . www.austincc.edu . Проверено 3 апреля 2017 г.

[33] «Определения ClinicMicro» . www.antimicrobe.org . Проверено 3 апреля 2017 г.

[34] «Обратный CAMP-тест для выявления Clostridium perfringens» . Заметки по микробиологии . 24 сентября 2015 г. Проверено 3 апреля 2017 г.

[35] «ИНДОЛ ТЕСТ | Руководства студенческого медицинского центра» . shs-manual.ucsc.edu . Проверено 3 апреля 2017 г.

[36] Томпсон, Райан; Перри, Джон Д.; Стэнфорт, Стивен П.; Дин, Джон Р. (1 июля 2018 г.). «Быстрое обнаружение сероводорода, продуцируемого патогенными бактериями, в целенаправленной питательной среде с использованием SHS-MCC-GC-IMS» (PDF) . Микрохимический журнал . 140 : 232–240. дои : 10.1016/j.microc.2018.04.026 . S2CID 104134082 .

[37] «Уреазный тест – принцип, среда, процедура и результат» . Интернет-заметки по микробиологии . 20 сентября 2015 г. Проверено 3 апреля 2017 г.

[38] Макфаддин, Дж. Ф. 1980. Биохимические тесты для идентификации медицинских бактерий, 2-е изд. Уильямс и Уилкинс, Балтимор

[39] Уэлч, Д.Ф. (1 октября 1991 г.). «Применение клеточного анализа жирных кислот» . Обзоры клинической микробиологии . 4 (4): 422–438. дои : 10.1128/cmr.4.4.422 . ISSN 0893-8512 . ПМК 358210 . ПМИД 1747860 .

[40] Карр, доктор Стивен М. «Центрифугирование в градиенте плотности CsCl» . www.mun.ca. Проверено 3 апреля 2017 г.

[41] Мартинес, Луис. «Магнитная очистка ДНК: история и последние разработки» . Проверено 3 апреля 2017 г.

[42] Маккирнан, Дэниэлсон, HE, PB (2017). Молекулярная диагностика (Третье изд.). Денвер, Колорадо: Academic Press. стр. 371–394. ISBN 978-0-12-802971-8 . {{cite book}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

[43] Янежич, Сандра; Штрумбель, Изток; Рупник, Майя (1 августа 2011 г.). «Использование модифицированного ПЦР-риботипирования для прямого обнаружения риботипов Clostridium difficile в образцах стула» . Журнал клинической микробиологии . 49 (8): 3024–3025. дои : 10.1128/JCM.01013-11 . ISSN 0095-1137 . ПМК 3147761 . ПМИД 21632902 .

[44] Дайот, Сандрин; Лебер, Жереми; Аргеми, Ксавьер; Франсуа, Патрис; Леме, Людовик; Прево, Жиль; Пестель-Карон, Мартина (3 августа 2018 г.). «Анализ тандемных повторов с множественными локусами и переменными числами (MLVA) и типирование тандемных повторных последовательностей (TRST), полезные инструменты для подтипирования Staphylococcus lugdunensis» . Научные отчеты . 8 (1): 11669. Бибкод : 2018NatSR...811669D . дои : 10.1038/s41598-018-30144-y . ISSN 2045-2322 . ПМК 6076266 . ПМИД 30076395 .

[45] Белен, Ана; Павон, Ибарс; Мейден, Мартин CJ (2009). «Типирование мультилокусных последовательностей». Молекулярная эпидемиология микроорганизмов . Методы молекулярной биологии. Том. 551. стр. 129–140. дои : 10.1007/978-1-60327-999-4_11 . ISBN 978-1-60327-998-7 . ISSN 1064-3745 . ПМЦ 3988353 . ПМИД 19521872 .

[46] Ларсен, Метте В.; Косентино, Сальваторе; Расмуссен, Саймон; Фриис, Карстен; Хасман, Хенрик; Марвиг, Расмус Ликке; Елсбак, Ларс; Зихеритц-Понтен, Томас; Ассери, Дэвид В.; Аареструп, Фрэнк М.; Лунд, Оле (01 апреля 2012 г.). «Мультилокусное секвенированное типирование бактерий, секвенированных тотальным геномом» . Журнал клинической микробиологии . 50 (4): 1355–1361. дои : 10.1128/JCM.06094-11 . ISSN 0095-1137 . ПМК 3318499 . ПМИД 22238442 .

[47] Шольц, Кристиан Ф.П.; Дженсен, Андерс; Ломхольт, Ганс Б.; Брюггеманн, Хольгер; Килиан, Могенс (11 августа 2014 г.). «Новая схема типирования одиночных локусных последовательностей высокого разрешения для смешанных популяций Propionibacterium Acnes In Vivo» . ПЛОС ОДИН . 9 (8): e104199. Бибкод : 2014PLoSO...9j4199S . дои : 10.1371/journal.pone.0104199 . ISSN 1932-6203 . ПМК 4128656 . ПМИД 25111794 .

[48] Ву, Сюэлин; Ву, Сяоянь; Шен, Ли; Ли, Цзяокунь; Ю, Ранлан; Лю, Юаньдун; Цю, Гуаньчжоу; Цзэн, Вэйминь (2019). «Полногеномное секвенирование и сравнительный геномный анализ Pandoraea sp. XY-2, нового вида, способного биоразлагать тетрациклин» . Границы микробиологии . 10:33 . дои : 10.3389/fmicb.2019.00033 . ISSN 1664-302X . ПМК 6361800 . ПМИД 30761094 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]

[ 27 ]

[ 28 ]

[ 29 ]

[ 30 ]

[ 31 ]

[ 32 ]

[ 33 ]

[ 34 ]

[ 35 ]

[ 36 ]

[ 37 ]

[ 38 ]

[ 39 ]

[ 40 ]

[ 41 ]

[ 42 ]

[ 43 ]

[ 44 ]

[ 45 ]

[ 46 ]

[ 47 ]

[ 48 ]